*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2404232132222129366.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2404232132222129366.atom to be opened.
Openam> File opened: 2404232132222129366.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 183
First residue number = 96
Last residue number = 288
Number of atoms found = 191
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 33.615058 +/- 9.083620 From: 11.460000 To: 53.033000
= 27.826838 +/- 8.647175 From: 6.241000 To: 48.000000
= 97.849775 +/- 9.283235 From: 77.117000 To: 117.891000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijf
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 9.9975 % Filled.
Pdbmat> 16441 non-zero elements.
Pdbmat> 1700 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 17.80 +/- 5.98
Maximum number = 32
Minimum number = 6
Pdbmat> Matrix trace = 34000.0
Pdbmat> Larger element = 125.685
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
using diagstd (there are 191 atoms in your structure)
Diagstd> Version 1.05, August 2004.
Diagstd> Matrix to be read from file: pdbmat.sdijf
Diagstd> Lecture de la matrice -Format CERFACS-
Diagstd> Matrix dimension (Nord) = 573
Diagstd> Number of non-zero elements 16441
Diagstd> Nb of elements found twice: 0
Diagstd> Nb of elements > 1E+10 : 0
Diagstd> Matrix trace: 34000.0000006
%Diagstd-Wn: Nb on non-zero elements there: 573
Openam> file on opening on unit 11:
pdbmat.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 573 eigenvectors are about to be computed.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 34000.0000006
Diagstd> Eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.5573836 0.7210268 0.8851250 0.9132356
1.0830862 1.5342611 1.5650736 1.8149974 2.0110255
2.2174617 2.2978049 2.4157237 2.7723238 2.8654169
3.1129929 3.2489199 3.5548886 3.6600560 3.8607975
4.1046859 4.2492835 4.3996112 4.6739832 4.7588767
5.0465825 5.1715358 5.4219168 5.4974752 5.8925852
6.1040774 6.2255544 6.6003128 6.6515074 6.6903747
6.9647478 7.0473633 7.3471242 7.6129498 7.8750141
8.0611648 8.1378640 8.1908975 8.3625490 8.9949768
9.2426083 9.3931146 9.6716501 10.0249336 10.2592244
10.5137839 10.7957950 10.8342733 11.0811159 11.2687281
11.4424768 11.4802900 11.7474010 12.0015440 12.1264056
12.5553079 12.7977606 12.9084454 13.2265920 13.4822523
13.6063771 13.8853752 14.2827814 14.3585053 14.7274226
14.7820891 14.9658019 15.0969827 15.2919324 15.3419955
15.7302362 16.0643121 16.4403426 16.5895275 16.8405150
17.1284684 17.3415672 17.5322919 17.7522898 17.8238189
17.9210944 18.0425140 18.3746269 18.6771094 18.7568125
18.8304909 19.0735184 19.3505280 19.7897440 19.8516258
19.9776032 20.1545608 20.6041054 20.9895145 21.1415825
21.2578887 21.5478187 21.6767509 21.8537565 22.1083503
22.2773304 22.5947934 22.7909968 22.9295666 23.1317695
23.4811925 23.8701392 24.0028436 24.1418627 24.4557754
24.5950032 24.7933756 24.9707471 25.1849835 25.3430189
25.4950931 25.6722500 25.7676153 25.9290797 26.3224762
26.5076950 26.6465357 26.7891852 26.9400770 27.1317025
27.3829966 27.5740281 27.6888776 27.9192725 27.9702962
28.1414615 28.3608206 28.5442311 28.6433303 28.8236554
28.9532950 29.1444956 29.3139160 29.4678788 29.6454405
30.0213666 30.1701790 30.4065424 30.4734303 30.9030038
31.1206140 31.4109288 31.5186262 31.6101577 31.8874906
31.9355560 32.1346013 32.3718258 32.4146027 32.7447522
33.0573404 33.2271126 33.3546915 33.7127144 33.7331920
33.7974719 33.9747999 34.2103968 34.5030839 34.6555012
34.9354909 35.0055262 35.1274447 35.1665578 35.2211694
35.5096172 35.5814281 35.8669492 36.0466316 36.0699529
36.1459229 36.2947567 36.5039206 36.7314115 36.9704608
37.0714848 37.1970999 37.3674456 37.5973538 37.7255158
38.0525213 38.3041089 38.4819122 38.5626010 38.7464956
38.8266514 39.0896387 39.1775678 39.4361576 39.7672627
39.9006987 39.9882907 40.1529838 40.2685418 40.4465125
40.6893852 40.7663008 40.9858730 41.2088500 41.3485302
41.5359207 41.7011495 41.8631719 42.1249380 42.2661945
42.4063421 42.6511053 42.8246699 42.9716379 43.1454791
43.2416885 43.3458088 43.7253739 43.8854220 44.0801651
44.2790896 44.3514684 44.3990846 44.7055694 44.7192786
45.2013707 45.2907840 45.5010863 45.6959934 45.7071641
45.8987661 46.0807417 46.3383678 46.5732756 46.6555894
46.8744337 47.1961295 47.2737641 47.3959371 47.6814565
47.8217333 48.0103839 48.2099988 48.3354350 48.5613252
48.7921411 48.8130512 48.9048709 49.0270977 49.1020845
49.2375581 49.3226029 49.5825442 49.7532255 50.0217922
50.2074361 50.3341249 50.6927005 50.7925083 50.9305964
50.9443122 51.0713196 51.0978181 51.4589598 51.5850785
51.7883794 51.9294379 51.9687026 52.2278104 52.3447219
52.5462282 52.8097666 53.1265756 53.4101592 53.5104973
53.5967249 53.7184988 54.0407855 54.1320762 54.3028692
54.5319693 54.7433639 54.8869790 55.0179077 55.1555291
55.4127219 55.4637053 55.6360463 55.7725201 55.9192482
56.0771443 56.1815010 56.3266927 56.4938303 56.7960486
57.0211145 57.1602193 57.3714206 57.9108499 58.0224589
58.3493236 58.6443751 58.8281805 58.9888277 59.4412408
59.5001130 59.8998668 60.1446762 60.1850697 60.4171806
60.4630498 60.5778149 60.6098137 60.8078546 61.1752140
61.3669792 61.6572406 61.8838767 62.0169489 62.2462567
62.5243002 62.7169035 62.8712099 62.9501356 63.1946282
63.8849234 64.0011383 64.2476119 64.3005900 64.5665468
64.8254193 65.0533216 65.3113937 65.4460776 65.6746449
65.8216955 66.2305205 66.5046455 66.5878195 66.6176331
66.6811080 67.2312603 67.4645105 67.5737820 67.9728105
68.2073676 68.2999362 68.3962174 68.7961387 68.9836894
69.2028552 69.5031528 69.5867769 69.8940694 70.1123675
70.1817803 70.4459194 70.5410173 70.6511333 71.0820163
71.1208370 71.2070055 71.5660327 71.7533535 71.9537734
72.0467380 72.4367519 72.5089728 72.6655216 72.8954288
73.2487900 73.5576891 73.9346884 74.1442262 74.3731888
74.6720518 74.8612410 74.8995171 75.2306413 75.3781788
75.6243685 75.9541845 76.3565990 76.5408351 76.6236257
76.9177349 77.0997689 77.3056866 77.6348917 77.9440286
78.1798511 78.3904554 78.8244670 79.2181439 79.4398552
79.5350498 79.7388730 80.2692958 80.3961034 80.4822698
80.7684544 81.0825739 81.2668198 81.4726738 81.7894484
82.0253341 82.0599872 82.1887638 82.4995950 83.0179770
83.1968142 83.2863362 83.4401615 83.7434752 83.9297833
84.3401627 84.8302168 85.2379660 85.4009251 85.4610893
85.7672071 86.1205152 86.5318077 86.9244125 87.1857861
87.5905589 87.8690741 88.0837595 88.4288041 88.6856585
88.8738001 89.1371948 89.5140548 89.6674683 89.7695587
90.2048667 90.4621575 90.6457973 90.7718077 90.9891032
91.1414401 91.5262536 91.6469903 91.9341465 92.0856084
92.4883153 92.7676840 93.2365415 93.2745468 93.5263592
93.9686302 94.2535574 94.5516125 95.1123900 95.5882555
95.7854873 95.8674416 96.1742145 96.5265955 96.7422957
96.9211313 97.0844799 97.4932100 97.8649297 98.2505074
98.5160454 99.4211642 99.6304948 100.1482804 100.5894148
100.7943499 101.3617350 101.8728815 101.9294918 102.5272253
102.9898248 103.1055642 103.1739834 103.2813600 103.8931586
104.3817384 104.7745289 105.0939885 105.4513081 105.5970336
106.1194310 106.5981956 106.9135494 107.3164920 107.9051095
108.1566507 108.5925223 108.9515947 109.3184615 109.6034261
109.6681068 110.7696612 111.0813892 111.4377844 111.8115157
112.3958807 112.5158187 112.9324774 113.7006175 113.7520008
114.7231923 115.4011439 115.6457339 115.9309773 116.5723819
117.4058921 117.7518224 118.0169618 118.6393261 119.1937880
119.7976299 120.0054101 120.7545629 121.4470263 121.6206177
121.8621606 123.0704045 123.2212555 123.6544296 123.8011363
125.2895163 126.3772173 126.8338023 127.2346910 128.0469553
128.5845086 128.7149681 129.5751392 130.6939123 131.1142790
131.7109787 132.1856757 133.1563534 133.4956690 134.1019851
135.1965464 136.4296899 136.6633085 137.0286957 138.0652799
140.8209793 141.1994315 142.9271181 144.4042854 145.8083246
147.1193415 148.7345586 149.8140983 150.4991874 153.9227553
156.5530553 158.5196699 160.5386784 160.9307497 165.6157999
168.8914366 172.9377924 175.1545170
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the matrix is a hessien in CHARMM units):
0.0034154 0.0034242 0.0034293 0.0034325 0.0034454
0.0034473 81.0722783 92.2085028 102.1639306 103.7735549
113.0125802 134.5070115 135.8509438 146.2962815 153.9940970
161.7049624 164.6083481 168.7791945 180.8078404 183.8184883
191.5950754 195.7333280 204.7426301 207.7490978 213.3702135
220.0063636 223.8479568 227.7730995 234.7679760 236.8904239
243.9461514 246.9477345 252.8550928 254.6108575 263.6017062
268.2905018 270.9469690 278.9828710 280.0627321 280.8797968
286.5813862 288.2760810 294.3431746 299.6206639 304.7340272
308.3146632 309.7779455 310.7856987 314.0252846 325.6831613
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1411.2342083 1428.0395504 1437.1627464
Diagstd> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2404232132222129366.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404232132222129366.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2404232132222129366.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404232132222129366.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 183
First residue number = 96
Last residue number = 288
Number of atoms found = 191
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.105
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.249
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.400
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.674
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.759
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.047
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.172
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.422
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.497
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.893
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.104
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.226
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.600
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.652
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.690
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.965
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.047
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.347
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.613
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.875
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.061
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.138
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.191
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.363
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.995
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.243
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.393
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.672
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.26
%Rdmodfacs-Wn> More than 106 vectors in file.
Bfactors> 106 vectors, 573 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.557400
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.453 for 191 C-alpha atoms.
Bfactors> = 1.635 +/- 2.60
Bfactors> = 21.631 +/- 11.73
Bfactors> Shiftng-fct= 19.996
Bfactors> Scaling-fct= 4.514
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2404232132222129366 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
making animated gifs
11 models are in 2404232132222129366.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404232132222129366.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404232132222129366.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2404232132222129366 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
making animated gifs
11 models are in 2404232132222129366.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404232132222129366.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404232132222129366.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2404232132222129366 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
making animated gifs
11 models are in 2404232132222129366.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404232132222129366.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404232132222129366.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2404232132222129366 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
making animated gifs
11 models are in 2404232132222129366.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404232132222129366.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404232132222129366.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2404232132222129366 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404232132222129366.eigenfacs
2404232132222129366.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404232132222129366.eigenfacs
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mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
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