Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* conf_2 *

LOGs for ID: 2404230347251977942

output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2404230347251977942.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2404230347251977942.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2404230347251977942.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     40
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     40
            Number of atoms found    =    598
            Mean number per residue  =     14.9

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    24.781381 +/-     5.642833 From:    12.792000 To:    35.902000
 =    25.334525 +/-     6.180946 From:    10.612000 To:    38.082000
 =    23.413237 +/-     5.525041 From:    12.247000 To:    36.447000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is  18.6741 % Filled.
 Pdbmat>       300675  non-zero elements.
 Pdbmat>        33078 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=    110.63 +/-     38.95
         Maximum number =    197
         Minimum number =     24

 Pdbmat> Matrix trace   =  661560.    
 Pdbmat> Larger element =  744.952    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
40 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2404230347251977942.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2404230347251977942.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2404230347251977942.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>   598 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    40 residues.
 Blocpdb>    14 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    10 atoms in block      2
 Block first atom:     15
 Blocpdb>    15 atoms in block      3
 Block first atom:     25
 Blocpdb>    20 atoms in block      4
 Block first atom:     40
 Blocpdb>    24 atoms in block      5
 Block first atom:     60
 Blocpdb>    17 atoms in block      6
 Block first atom:     84
 Blocpdb>    12 atoms in block      7
 Block first atom:    101
 Blocpdb>    11 atoms in block      8
 Block first atom:    113
 Blocpdb>     7 atoms in block      9
 Block first atom:    124
 Blocpdb>    21 atoms in block     10
 Block first atom:    131
 Blocpdb>    15 atoms in block     11
 Block first atom:    152
 Blocpdb>    16 atoms in block     12
 Block first atom:    167
 Blocpdb>    17 atoms in block     13
 Block first atom:    183
 Blocpdb>    17 atoms in block     14
 Block first atom:    200
 Blocpdb>    17 atoms in block     15
 Block first atom:    217
 Blocpdb>    22 atoms in block     16
 Block first atom:    234
 Blocpdb>    19 atoms in block     17
 Block first atom:    256
 Blocpdb>    16 atoms in block     18
 Block first atom:    275
 Blocpdb>    20 atoms in block     19
 Block first atom:    291
 Blocpdb>    20 atoms in block     20
 Block first atom:    311
 Blocpdb>    10 atoms in block     21
 Block first atom:    331
 Blocpdb>    15 atoms in block     22
 Block first atom:    341
 Blocpdb>    12 atoms in block     23
 Block first atom:    356
 Blocpdb>    16 atoms in block     24
 Block first atom:    368
 Blocpdb>     7 atoms in block     25
 Block first atom:    384
 Blocpdb>    11 atoms in block     26
 Block first atom:    391
 Blocpdb>    14 atoms in block     27
 Block first atom:    402
 Blocpdb>    22 atoms in block     28
 Block first atom:    416
 Blocpdb>     7 atoms in block     29
 Block first atom:    438
 Blocpdb>    10 atoms in block     30
 Block first atom:    445
 Blocpdb>    19 atoms in block     31
 Block first atom:    455
 Blocpdb>    19 atoms in block     32
 Block first atom:    474
 Blocpdb>     7 atoms in block     33
 Block first atom:    493
 Blocpdb>    19 atoms in block     34
 Block first atom:    500
 Blocpdb>    17 atoms in block     35
 Block first atom:    519
 Blocpdb>    16 atoms in block     36
 Block first atom:    536
 Blocpdb>     7 atoms in block     37
 Block first atom:    552
 Blocpdb>     7 atoms in block     38
 Block first atom:    559
 Blocpdb>    16 atoms in block     39
 Block first atom:    566
 Blocpdb>    17 atoms in block     40
 Block first atom:    581

 Blocpdb>    40 blocks.

 Blocpdb> At most,     24 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,     7 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       300715 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       1794

 Prepmat> Matrix trace    =     661560.0000
 Prepmat> Last element read:    1794   1794       122.8618
 Prepmat>          821 lines saved.
 Prepmat>          451 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:   598
 RTB> Total mass =         598.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:   598
 RTB> Number of blocks =    40
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   78296.9014
 RTB>     12684 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      240
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    12684
 Diagstd> Projected matrix trace =   78296.9014

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    240 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  78296.9014
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      9.6344847     15.3043408     20.3238204     25.0500128
     27.2571975     31.8831060     36.9169149     39.9559993     46.3980220
     48.0150013     51.1688776     55.1312449     57.2371604     59.9603623
     63.0495811     66.1448820     71.1093560     75.5807534     77.4068429
     81.6854165     85.1733195     88.7461534     91.0408992     94.6894747
     99.1429009    104.5324891    109.5748051    111.8487161    113.3739654
    116.7593532    123.8256416    131.4130081    134.4223599    135.5561800
    138.0446814    142.4157265    149.0656679    151.7928215    153.0007397
    157.0568562    157.9891369    162.4724135    164.1808544    169.0005399
    170.8465606    171.3360899    177.5966028    180.3665160    182.1893891
    185.4526875    186.4546560    187.9887610    190.1655447    190.9186636
    195.0883638    197.3114176    198.2598093    200.1680339    202.6012873
    203.6894970    204.7981943    206.9188001    213.2289368    213.9910827
    215.5618974    217.4269372    221.4381459    224.5396183    225.8717345
    226.6285045    229.4076141    235.6460552    236.5823404    239.7962540
    240.5251297    241.6398286    245.9926341    247.5167430    250.7644084
    252.0175306    255.0310404    259.1342118    260.3827473    262.3750451
    264.4544524    266.4667680    267.4443920    267.9626737    269.1361400
    273.1538576    275.0485442    277.6745270    278.8350714    280.4902456
    281.9725952    285.4692993    287.3071114    288.1228436    289.9030453
    292.0774022

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034308      0.0034323      0.0034325      0.0034338      0.0034347
      0.0034352    337.0617921    424.8176910    489.5510145    543.4996340
    566.9384094    613.1625081    659.7934203    686.4142308    739.6819369
    752.4605795    776.7803410    806.2953962    821.5506054    840.8671854
    862.2563135    883.1681594    915.7114674    944.0628077    955.3993855
    981.4485648   1002.1830816   1022.9868458   1036.1283328   1056.6864389
   1081.2499274   1110.2503691   1136.7124943   1148.4465355   1156.2505402
   1173.3865900   1208.3717783   1244.8426478   1259.0153877   1264.3139831
   1275.8661626   1295.9082511   1325.8185633   1337.8915079   1343.2042137
   1360.8922168   1364.9253303   1384.1561803   1391.4145357   1411.6899610
   1419.3790813   1421.4111113   1447.1468620   1458.3885250   1465.7395956
   1478.8081858   1482.7976757   1488.8852348   1497.4805701   1500.4429012
   1516.7393822   1525.3566113   1529.0180856   1536.3587634   1545.6685860
   1549.8140658   1554.0262192   1562.0511679   1585.6902323   1588.5215771
   1594.3412368   1601.2234967   1615.9261106   1627.2031276   1632.0228075
   1634.7545195   1644.7473461   1666.9607236   1670.2690822   1681.5759116
   1684.1295999   1688.0275866   1703.1634625   1708.4315029   1719.6031355
   1723.8943892   1734.1705295   1748.0653213   1752.2714409   1758.9623489
   1765.9187667   1772.6247446   1775.8735059   1777.5934099   1781.4813900
   1794.7292851   1800.9429503   1809.5196378   1813.2971507   1818.6710834
   1823.4704552   1834.7419242   1840.6383575   1843.2495073   1848.9351079
   1855.8559298

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =    598
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     40

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9816E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9901E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9915E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9993E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0007E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.634    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.88    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.96    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   204.8    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   213.2    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   214.0    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   221.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   224.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   225.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   226.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   229.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   235.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   236.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   239.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   240.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   241.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   246.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   247.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   250.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   255.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   259.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   260.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   262.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   264.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   266.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   267.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   268.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   269.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   273.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   275.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   277.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   278.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   280.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   282.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   285.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   287.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   288.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   289.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   292.1    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    240 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 1.00001 1.00002 1.00004 1.00003 1.00001
 1.00002 1.00001 1.00000 0.99995 1.00003
 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
 0.99998 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000
 1.00003 1.00003 1.00000 1.00004 1.00002
 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 0.99998
 0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00003
 1.00003 1.00001 0.99993 1.00000 0.99998
 0.99998 1.00000 0.99995 1.00001 0.99998
 1.00000 1.00003 1.00004 0.99999 1.00001
 1.00001 0.99998 0.99998 1.00003 0.99999
 0.99999 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
 0.99998 1.00001 0.99999 0.99997 0.99997
 1.00000 1.00000 0.99996 1.00004 1.00003
 0.99999 1.00002 0.99996 1.00003 1.00000
 0.99996 0.99996 1.00001 0.99999 1.00003
 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 0.99996
 1.00004 0.99999 1.00002 0.99996 1.00000
 1.00003 0.99999 0.99997 1.00002 1.00001
 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003 0.99998
 1.00001 0.99999 1.00003 0.99999 0.99997
 1.00000

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    10764 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 1.00001 1.00002 1.00004 1.00003 1.00001
 1.00002 1.00001 1.00000 0.99995 1.00003
 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
 0.99998 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000
 1.00003 1.00003 1.00000 1.00004 1.00002
 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 0.99998
 0.99997 1.00002 1.00000 1.00000 1.00003
 1.00003 1.00001 0.99993 1.00000 0.99998
 0.99998 1.00000 0.99995 1.00001 0.99998
 1.00000 1.00003 1.00004 0.99999 1.00001
 1.00001 0.99998 0.99998 1.00003 0.99999
 0.99999 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
 0.99998 1.00001 0.99999 0.99997 0.99997
 1.00000 1.00000 0.99996 1.00004 1.00003
 0.99999 1.00002 0.99996 1.00003 1.00000
 0.99996 0.99996 1.00001 0.99999 1.00003
 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 0.99996
 1.00004 0.99999 1.00002 0.99996 1.00000
 1.00003 0.99999 0.99997 1.00002 1.00001
 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003 0.99998
 1.00001 0.99999 1.00003 0.99999 0.99997
 1.00000

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000 0.000
 Vector   4:-0.000 0.000-0.000
 Vector   5: 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector   6: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   7: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector   8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector   9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector  10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2404230347251977942.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2404230347251977942.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2404230347251977942.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2404230347251977942.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     40
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     40
            Number of atoms found    =    598
            Mean number per residue  =     14.9

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9816E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9901E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9915E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9993E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0004E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0007E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.634    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   85.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   88.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   94.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   104.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   109.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   111.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   113.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   116.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   123.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   131.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   134.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   135.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   138.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   142.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   149.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   151.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   153.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   157.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   158.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   162.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   164.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   169.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   170.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   171.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   177.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   180.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   182.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   185.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   186.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   188.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   190.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   190.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   195.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   197.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   198.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   200.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   202.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   203.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   204.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   206.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   213.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   214.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   215.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   217.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   221.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   224.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   225.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   226.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   229.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   235.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   236.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   239.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   240.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   241.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   246.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   247.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   250.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   252.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   255.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   259.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   260.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   262.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   264.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   266.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   267.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   268.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   269.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   273.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   275.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   277.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   278.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   280.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   282.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   285.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   287.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   288.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   289.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   292.1    

 Bfactors>  106 vectors,   1794 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     9.634000
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !

 Bfactors> =      0.017 +/-   0.01
 Bfactors> =      0.000 +/-   0.00
 Bfactors> Shiftng-fct=     -0.017
 Bfactors> Scaling-fct=      0.000

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347251977942 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347251977942.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347251977942 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347251977942.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347251977942 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347251977942.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347251977942 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347251977942.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2404230347251977942 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404230347251977942.eigenfacs
2404230347251977942.atom
making animated gifs
11 models are in 2404230347251977942.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404230347251977942.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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11 models are in 2404230347251977942.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2404230347251977942.10.pdb
2404230347251977942.11.pdb
2404230347251977942.7.pdb
2404230347251977942.8.pdb
2404230347251977942.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m0.668s
user	0m0.652s
sys	0m0.016s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2404230347251977942.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
Should you encounter any unexpected behaviour, please let us know.

*** conf_2 ***

LOGs for ID: 2404230347251977942

output from eigenvector calculation:

Should you encounter any unexpected behaviour,
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* conf_2 *
