*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403151720273370288.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403151720273370288.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403151720273370288.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1395
First residue number = 12
Last residue number = 1882
Number of atoms found = 11210
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 180.150601 +/- 24.183844 From: 123.101000 To: 250.212000
= 178.447176 +/- 24.086511 From: 121.294000 To: 243.628000
= 176.414564 +/- 23.921633 From: 116.924000 To: 245.780000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.6348 % Filled.
Pdbmat> 3589941 non-zero elements.
Pdbmat> 391469 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 69.84 +/- 17.67
Maximum number = 116
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 7.829380E+06
Pdbmat> Larger element = 478.170
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1395 non-zero elements, NRBL set to 7
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403151720273370288.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 7
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403151720273370288.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403151720273370288.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 11210 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 7 residue(s) per block.
Blocpdb> 1395 residues.
Blocpdb> 68 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 50 atoms in block 2
Block first atom: 69
Blocpdb> 60 atoms in block 3
Block first atom: 119
Blocpdb> 33 atoms in block 4
Block first atom: 179
Blocpdb> 57 atoms in block 5
Block first atom: 212
Blocpdb> 53 atoms in block 6
Block first atom: 269
Blocpdb> 56 atoms in block 7
Block first atom: 322
Blocpdb> 56 atoms in block 8
Block first atom: 378
Blocpdb> 53 atoms in block 9
Block first atom: 434
Blocpdb> 60 atoms in block 10
Block first atom: 487
Blocpdb> 58 atoms in block 11
Block first atom: 547
Blocpdb> 59 atoms in block 12
Block first atom: 605
Blocpdb> 50 atoms in block 13
Block first atom: 664
Blocpdb> 61 atoms in block 14
Block first atom: 714
Blocpdb> 54 atoms in block 15
Block first atom: 775
Blocpdb> 56 atoms in block 16
Block first atom: 829
Blocpdb> 57 atoms in block 17
Block first atom: 885
Blocpdb> 51 atoms in block 18
Block first atom: 942
Blocpdb> 58 atoms in block 19
Block first atom: 993
Blocpdb> 63 atoms in block 20
Block first atom: 1051
Blocpdb> 59 atoms in block 21
Block first atom: 1114
Blocpdb> 60 atoms in block 22
Block first atom: 1173
Blocpdb> 56 atoms in block 23
Block first atom: 1233
Blocpdb> 58 atoms in block 24
Block first atom: 1289
Blocpdb> 70 atoms in block 25
Block first atom: 1347
Blocpdb> 56 atoms in block 26
Block first atom: 1417
Blocpdb> 59 atoms in block 27
Block first atom: 1473
Blocpdb> 48 atoms in block 28
Block first atom: 1532
Blocpdb> 60 atoms in block 29
Block first atom: 1580
Blocpdb> 56 atoms in block 30
Block first atom: 1640
Blocpdb> 48 atoms in block 31
Block first atom: 1696
Blocpdb> 47 atoms in block 32
Block first atom: 1744
Blocpdb> 53 atoms in block 33
Block first atom: 1791
Blocpdb> 52 atoms in block 34
Block first atom: 1844
Blocpdb> 54 atoms in block 35
Block first atom: 1896
Blocpdb> 56 atoms in block 36
Block first atom: 1950
Blocpdb> 58 atoms in block 37
Block first atom: 2006
Blocpdb> 55 atoms in block 38
Block first atom: 2064
Blocpdb> 45 atoms in block 39
Block first atom: 2119
Blocpdb> 48 atoms in block 40
Block first atom: 2164
Blocpdb> 65 atoms in block 41
Block first atom: 2212
Blocpdb> 58 atoms in block 42
Block first atom: 2277
Blocpdb> 50 atoms in block 43
Block first atom: 2335
Blocpdb> 49 atoms in block 44
Block first atom: 2385
Blocpdb> 42 atoms in block 45
Block first atom: 2434
Blocpdb> 57 atoms in block 46
Block first atom: 2476
Blocpdb> 50 atoms in block 47
Block first atom: 2533
Blocpdb> 58 atoms in block 48
Block first atom: 2583
Blocpdb> 60 atoms in block 49
Block first atom: 2641
Blocpdb> 58 atoms in block 50
Block first atom: 2701
Blocpdb> 65 atoms in block 51
Block first atom: 2759
Blocpdb> 62 atoms in block 52
Block first atom: 2824
Blocpdb> 54 atoms in block 53
Block first atom: 2886
Blocpdb> 64 atoms in block 54
Block first atom: 2940
Blocpdb> 56 atoms in block 55
Block first atom: 3004
Blocpdb> 51 atoms in block 56
Block first atom: 3060
Blocpdb> 57 atoms in block 57
Block first atom: 3111
Blocpdb> 51 atoms in block 58
Block first atom: 3168
Blocpdb> 63 atoms in block 59
Block first atom: 3219
Blocpdb> 59 atoms in block 60
Block first atom: 3282
Blocpdb> 64 atoms in block 61
Block first atom: 3341
Blocpdb> 58 atoms in block 62
Block first atom: 3405
Blocpdb> 62 atoms in block 63
Block first atom: 3463
Blocpdb> 50 atoms in block 64
Block first atom: 3525
Blocpdb> 56 atoms in block 65
Block first atom: 3575
Blocpdb> 52 atoms in block 66
Block first atom: 3631
Blocpdb> 55 atoms in block 67
Block first atom: 3683
Blocpdb> 60 atoms in block 68
Block first atom: 3738
Blocpdb> 63 atoms in block 69
Block first atom: 3798
Blocpdb> 52 atoms in block 70
Block first atom: 3861
Blocpdb> 52 atoms in block 71
Block first atom: 3913
Blocpdb> 56 atoms in block 72
Block first atom: 3965
Blocpdb> 71 atoms in block 73
Block first atom: 4021
Blocpdb> 62 atoms in block 74
Block first atom: 4092
Blocpdb> 51 atoms in block 75
Block first atom: 4154
Blocpdb> 51 atoms in block 76
Block first atom: 4205
Blocpdb> 54 atoms in block 77
Block first atom: 4256
Blocpdb> 63 atoms in block 78
Block first atom: 4310
Blocpdb> 60 atoms in block 79
Block first atom: 4373
Blocpdb> 57 atoms in block 80
Block first atom: 4433
Blocpdb> 53 atoms in block 81
Block first atom: 4490
Blocpdb> 42 atoms in block 82
Block first atom: 4543
Blocpdb> 51 atoms in block 83
Block first atom: 4585
Blocpdb> 57 atoms in block 84
Block first atom: 4636
Blocpdb> 51 atoms in block 85
Block first atom: 4693
Blocpdb> 63 atoms in block 86
Block first atom: 4744
Blocpdb> 48 atoms in block 87
Block first atom: 4807
Blocpdb> 66 atoms in block 88
Block first atom: 4855
Blocpdb> 64 atoms in block 89
Block first atom: 4921
Blocpdb> 56 atoms in block 90
Block first atom: 4985
Blocpdb> 69 atoms in block 91
Block first atom: 5041
Blocpdb> 48 atoms in block 92
Block first atom: 5110
Blocpdb> 52 atoms in block 93
Block first atom: 5158
Blocpdb> 57 atoms in block 94
Block first atom: 5210
Blocpdb> 50 atoms in block 95
Block first atom: 5267
Blocpdb> 56 atoms in block 96
Block first atom: 5317
Blocpdb> 29 atoms in block 97
Block first atom: 5373
Blocpdb> 58 atoms in block 98
Block first atom: 5402
Blocpdb> 55 atoms in block 99
Block first atom: 5460
Blocpdb> 45 atoms in block 100
Block first atom: 5515
Blocpdb> 48 atoms in block 101
Block first atom: 5560
Blocpdb> 74 atoms in block 102
Block first atom: 5608
Blocpdb> 59 atoms in block 103
Block first atom: 5682
Blocpdb> 68 atoms in block 104
Block first atom: 5741
Blocpdb> 59 atoms in block 105
Block first atom: 5809
Blocpdb> 45 atoms in block 106
Block first atom: 5868
Blocpdb> 63 atoms in block 107
Block first atom: 5913
Blocpdb> 59 atoms in block 108
Block first atom: 5976
Blocpdb> 59 atoms in block 109
Block first atom: 6035
Blocpdb> 63 atoms in block 110
Block first atom: 6094
Blocpdb> 63 atoms in block 111
Block first atom: 6157
Blocpdb> 62 atoms in block 112
Block first atom: 6220
Blocpdb> 65 atoms in block 113
Block first atom: 6282
Blocpdb> 58 atoms in block 114
Block first atom: 6347
Blocpdb> 49 atoms in block 115
Block first atom: 6405
Blocpdb> 48 atoms in block 116
Block first atom: 6454
Blocpdb> 51 atoms in block 117
Block first atom: 6502
Blocpdb> 58 atoms in block 118
Block first atom: 6553
Blocpdb> 56 atoms in block 119
Block first atom: 6611
Blocpdb> 61 atoms in block 120
Block first atom: 6667
Blocpdb> 46 atoms in block 121
Block first atom: 6728
Blocpdb> 50 atoms in block 122
Block first atom: 6774
Blocpdb> 52 atoms in block 123
Block first atom: 6824
Blocpdb> 66 atoms in block 124
Block first atom: 6876
Blocpdb> 51 atoms in block 125
Block first atom: 6942
Blocpdb> 53 atoms in block 126
Block first atom: 6993
Blocpdb> 53 atoms in block 127
Block first atom: 7046
Blocpdb> 57 atoms in block 128
Block first atom: 7099
Blocpdb> 55 atoms in block 129
Block first atom: 7156
Blocpdb> 50 atoms in block 130
Block first atom: 7211
Blocpdb> 66 atoms in block 131
Block first atom: 7261
Blocpdb> 53 atoms in block 132
Block first atom: 7327
Blocpdb> 50 atoms in block 133
Block first atom: 7380
Blocpdb> 52 atoms in block 134
Block first atom: 7430
Blocpdb> 63 atoms in block 135
Block first atom: 7482
Blocpdb> 53 atoms in block 136
Block first atom: 7545
Blocpdb> 66 atoms in block 137
Block first atom: 7598
Blocpdb> 68 atoms in block 138
Block first atom: 7664
Blocpdb> 65 atoms in block 139
Block first atom: 7732
Blocpdb> 58 atoms in block 140
Block first atom: 7797
Blocpdb> 54 atoms in block 141
Block first atom: 7855
Blocpdb> 61 atoms in block 142
Block first atom: 7909
Blocpdb> 52 atoms in block 143
Block first atom: 7970
Blocpdb> 60 atoms in block 144
Block first atom: 8022
Blocpdb> 64 atoms in block 145
Block first atom: 8082
Blocpdb> 53 atoms in block 146
Block first atom: 8146
Blocpdb> 56 atoms in block 147
Block first atom: 8199
Blocpdb> 64 atoms in block 148
Block first atom: 8255
Blocpdb> 57 atoms in block 149
Block first atom: 8319
Blocpdb> 56 atoms in block 150
Block first atom: 8376
Blocpdb> 56 atoms in block 151
Block first atom: 8432
Blocpdb> 54 atoms in block 152
Block first atom: 8488
Blocpdb> 54 atoms in block 153
Block first atom: 8542
Blocpdb> 57 atoms in block 154
Block first atom: 8596
Blocpdb> 57 atoms in block 155
Block first atom: 8653
Blocpdb> 51 atoms in block 156
Block first atom: 8710
Blocpdb> 48 atoms in block 157
Block first atom: 8761
Blocpdb> 71 atoms in block 158
Block first atom: 8809
Blocpdb> 63 atoms in block 159
Block first atom: 8880
Blocpdb> 54 atoms in block 160
Block first atom: 8943
Blocpdb> 47 atoms in block 161
Block first atom: 8997
Blocpdb> 65 atoms in block 162
Block first atom: 9044
Blocpdb> 61 atoms in block 163
Block first atom: 9109
Blocpdb> 58 atoms in block 164
Block first atom: 9170
Blocpdb> 58 atoms in block 165
Block first atom: 9228
Blocpdb> 52 atoms in block 166
Block first atom: 9286
Blocpdb> 55 atoms in block 167
Block first atom: 9338
Blocpdb> 53 atoms in block 168
Block first atom: 9393
Blocpdb> 55 atoms in block 169
Block first atom: 9446
Blocpdb> 60 atoms in block 170
Block first atom: 9501
Blocpdb> 55 atoms in block 171
Block first atom: 9561
Blocpdb> 61 atoms in block 172
Block first atom: 9616
Blocpdb> 55 atoms in block 173
Block first atom: 9677
Blocpdb> 57 atoms in block 174
Block first atom: 9732
Blocpdb> 58 atoms in block 175
Block first atom: 9789
Blocpdb> 51 atoms in block 176
Block first atom: 9847
Blocpdb> 49 atoms in block 177
Block first atom: 9898
Blocpdb> 51 atoms in block 178
Block first atom: 9947
Blocpdb> 51 atoms in block 179
Block first atom: 9998
Blocpdb> 47 atoms in block 180
Block first atom: 10049
Blocpdb> 41 atoms in block 181
Block first atom: 10096
Blocpdb> 64 atoms in block 182
Block first atom: 10137
Blocpdb> 56 atoms in block 183
Block first atom: 10201
Blocpdb> 56 atoms in block 184
Block first atom: 10257
Blocpdb> 57 atoms in block 185
Block first atom: 10313
Blocpdb> 52 atoms in block 186
Block first atom: 10370
Blocpdb> 57 atoms in block 187
Block first atom: 10422
Blocpdb> 70 atoms in block 188
Block first atom: 10479
Blocpdb> 58 atoms in block 189
Block first atom: 10549
Blocpdb> 62 atoms in block 190
Block first atom: 10607
Blocpdb> 53 atoms in block 191
Block first atom: 10669
Blocpdb> 54 atoms in block 192
Block first atom: 10722
Blocpdb> 54 atoms in block 193
Block first atom: 10776
Blocpdb> 54 atoms in block 194
Block first atom: 10830
Blocpdb> 51 atoms in block 195
Block first atom: 10884
Blocpdb> 56 atoms in block 196
Block first atom: 10935
Blocpdb> 61 atoms in block 197
Block first atom: 10991
Blocpdb> 48 atoms in block 198
Block first atom: 11052
Blocpdb> 55 atoms in block 199
Block first atom: 11100
Blocpdb> 56 atoms in block 200
Block first atom: 11154
Blocpdb> 200 blocks.
Blocpdb> At most, 74 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 29 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3590141 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 33630
Prepmat> Matrix trace = 7829380.0000
Prepmat> Last element read: 33630 33630 92.1303
Prepmat> 20101 lines saved.
Prepmat> 18894 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 11210
RTB> Total mass = 11210.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 11210
RTB> Number of blocks = 200
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 146581.6982
RTB> 40416 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1200
Diagstd> Nb of non-zero elements: 40416
Diagstd> Projected matrix trace = 146581.6982
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1200 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 146581.6982
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0208747 0.0749313 0.1038030 0.1374516
0.1740158 0.1921180 0.2086496 0.2495199 0.2835378
0.3579714 0.3956791 0.4836395 0.5573055 0.6560954
0.7017728 0.7992822 0.8239086 0.8955312 0.9214206
1.0738172 1.1633927 1.2165139 1.2631581 1.3614988
1.4140717 1.4275976 1.5900737 1.7813517 1.9748974
2.0725532 2.2099575 2.2798280 2.4444113 2.5765871
2.6548551 2.8644221 2.9618653 3.0486836 3.1216037
3.2392873 3.3122639 3.5607218 3.6389417 3.8128295
3.9763546 4.1616969 4.2137459 4.3422671 4.4116931
4.5695646 4.8413765 4.9184299 5.0211489 5.0866110
5.3678868 5.4386361 5.4708082 5.5932025 5.6777326
6.0650382 6.4178946 6.5231004 6.6231974 6.6631999
7.0064071 7.0865288 7.2572026 7.4349746 7.5907517
7.7828561 7.8647689 8.0287588 8.2257078 8.4359053
8.5716695 8.7011630 8.8739907 8.9866002 9.3157026
9.4544753 9.5331829 9.9062072 10.0140329 10.2019470
10.6986993 10.7472293 10.9199155 11.2462973 11.3872779
11.5842481 11.7386691 11.8385095 12.0182005 12.1306773
12.2881513 12.6931304 12.8508159 13.1221654 13.2255298
13.3281661
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034329 0.0034332 0.0034335 0.0034339
0.0034343 15.6893793 29.7253469 34.9864842 40.2596717
45.2991032 47.5969641 49.6025568 54.2435242 57.8230184
64.9709843 68.3072583 75.5189881 81.0665976 87.9586915
90.9690278 97.0834821 98.5677418 102.7627320 104.2375600
112.5279653 117.1273853 119.7715932 122.0461656 126.7079630
129.1311430 129.7472587 136.9316700 144.9339457 152.6045736
156.3320878 161.4311140 163.9631748 169.7783946 174.3081498
176.9357894 183.7865762 186.8865001 189.6057286 191.8598781
195.4429517 197.6322191 204.9105431 207.1489948 212.0405744
216.5398506 221.5289567 222.9099483 226.2838426 228.0856301
232.1307575 238.9349655 240.8288555 243.3306588 244.9117057
251.5920748 253.2446498 253.9925772 256.8180536 258.7514243
267.4311864 275.1006218 277.3462595 279.4660970 280.3087803
287.4371931 289.0760136 292.5363939 296.0976947 299.1835246
302.9456911 304.5357368 307.6943252 311.4453998 315.3995925
317.9274225 320.3199086 323.4854597 325.5314782 331.4386018
333.8981378 335.2850920 341.7818400 343.6368962 346.8460971
355.1900334 355.9947040 358.8433643 364.1665571 366.4419952
369.5976543 372.0529143 373.6317671 376.4566760 378.2141776
380.6611497 386.8830045 389.2786911 393.3671007 394.9133541
396.4427482
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 11210
Rtb_to_modes> Number of blocs = 200
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9928E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9940E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.0875E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.4931E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1038
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1375
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1740
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1921
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2086
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2495
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2835
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3580
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3957
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4836
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5573
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6561
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7018
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7993
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8239
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8955
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9214
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.074
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.163
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.217
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.263
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.361
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.414
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.428
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.590
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.781
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.975
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.073
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.210
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.280
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.444
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.577
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.655
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.864
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.962
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.049
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.122
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.239
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.312
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.561
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.639
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.813
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.976
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.162
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.214
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.342
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.412
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.570
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.841
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.918
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.021
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.087
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.368
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.439
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.471
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.593
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.678
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.065
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.418
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.523
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.623
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.663
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.006
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.087
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.257
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.435
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.591
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.783
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.865
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.029
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.226
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.436
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.572
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.701
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.874
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.987
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.316
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.454
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.533
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.906
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.33
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1200 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997
1.00000 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003
1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002
0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000
0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998
1.00001 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 1.00002
0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 1.00003
1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
0.99997 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000
1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 201780 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997
1.00000 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00003
1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002
0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000
0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998
1.00001 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 1.00002
0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 1.00003
1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999
0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
0.99997 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000
1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403151720273370288.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403151720273370288.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403151720273370288.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403151720273370288.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1395
First residue number = 12
Last residue number = 1882
Number of atoms found = 11210
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9928E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9940E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.0875E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.4931E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1038
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1375
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1740
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1921
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2086
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2835
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3580
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3957
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4836
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5573
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6561
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.906
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.33
Bfactors> 106 vectors, 33630 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.020875
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.564 for 1395 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.187 +/- 0.34
Bfactors> = 74.626 +/- 20.87
Bfactors> Shiftng-fct= 74.440
Bfactors> Scaling-fct= 60.724
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2403151720273370288.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403151720273370288.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2403151720273370288.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403151720273370288.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2403151720273370288.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2403151720273370288.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 15.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 45.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 64.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 75.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 87.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.97
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 98.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 117.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 197.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 275.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.5
Projmod> 106 vectors, 33630 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1395
First residue number = 12
Last residue number = 1882
Number of atoms found = 11210
Mean number per residue = 8.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1395
First residue number = 12
Last residue number = 1882
Number of atoms found = 11210
Mean number per residue = 8.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 11210 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 2.83
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.127 Sum= 0.016 q= -38.0981
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.024 Sum= 0.017 q= -7.0677
Vector: 3 F= 0.00 Cos= -0.060 Sum= 0.020 q= -18.0369
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.029 Sum= 0.021 q= 8.7943
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.033 Sum= 0.022 q= 9.9727
Vector: 6 F= 0.00 Cos= 0.297 Sum= 0.111 q= 88.9444
Vector: 7 F= 15.69 Cos= 0.493 Sum= 0.354 q= 147.5689
Vector: 8 F= 29.72 Cos= 0.036 Sum= 0.356 q= 10.7551
Vector: 9 F= 34.98 Cos= 0.058 Sum= 0.359 q= 17.3478
Vector: 10 F= 40.27 Cos= 0.013 Sum= 0.359 q= 3.9999
Vector: 11 F= 45.30 Cos= 0.028 Sum= 0.360 q= 8.4313
Vector: 12 F= 47.59 Cos= 0.030 Sum= 0.361 q= 8.8483
Vector: 13 F= 49.59 Cos= 0.009 Sum= 0.361 q= 2.8226
Vector: 14 F= 54.24 Cos= -0.003 Sum= 0.361 q= -0.8478
Vector: 15 F= 57.82 Cos= -0.016 Sum= 0.361 q= -4.7248
Vector: 16 F= 64.97 Cos= -0.038 Sum= 0.363 q= -11.4226
Vector: 17 F= 68.31 Cos= -0.027 Sum= 0.363 q= -8.1494
Vector: 18 F= 75.51 Cos= 0.016 Sum= 0.364 q= 4.9293
Vector: 19 F= 81.06 Cos= -0.080 Sum= 0.370 q= -24.0751
Vector: 20 F= 87.96 Cos= -0.040 Sum= 0.372 q= -12.0421
Vector: 21 F= 90.97 Cos= 0.038 Sum= 0.373 q= 11.3001
Vector: 22 F= 97.08 Cos= -0.124 Sum= 0.388 q= -37.0205
Vector: 23 F= 98.56 Cos= -0.036 Sum= 0.390 q= -10.6846
Vector: 24 F= 102.76 Cos= -0.023 Sum= 0.390 q= -6.8320
Vector: 25 F= 104.23 Cos= 0.160 Sum= 0.416 q= 47.9906
Vector: 26 F= 112.53 Cos= 0.068 Sum= 0.421 q= 20.3798
Vector: 27 F= 117.10 Cos= 0.116 Sum= 0.434 q= 34.7841
Vector: 28 F= 119.79 Cos= 0.040 Sum= 0.436 q= 11.8483
Vector: 29 F= 122.03 Cos= 0.146 Sum= 0.457 q= 43.7870
Vector: 30 F= 126.68 Cos= 0.071 Sum= 0.462 q= 21.1109
Vector: 31 F= 129.12 Cos= -0.087 Sum= 0.470 q= -26.0541
Vector: 32 F= 129.76 Cos= 0.035 Sum= 0.471 q= 10.5354
Vector: 33 F= 136.92 Cos= -0.053 Sum= 0.474 q= -15.8795
Vector: 34 F= 144.91 Cos= -0.005 Sum= 0.474 q= -1.5098
Vector: 35 F= 152.60 Cos= 0.053 Sum= 0.477 q= 15.8791
Vector: 36 F= 156.34 Cos= -0.005 Sum= 0.477 q= -1.3915
Vector: 37 F= 161.43 Cos= -0.032 Sum= 0.478 q= -9.6975
Vector: 38 F= 163.96 Cos= 0.057 Sum= 0.481 q= 17.0647
Vector: 39 F= 169.76 Cos= 0.031 Sum= 0.482 q= 9.2944
Vector: 40 F= 174.31 Cos= -0.043 Sum= 0.484 q= -12.9443
Vector: 41 F= 176.93 Cos= 0.019 Sum= 0.484 q= 5.5373
Vector: 42 F= 183.77 Cos= 0.065 Sum= 0.488 q= 19.4800
Vector: 43 F= 186.88 Cos= -0.014 Sum= 0.489 q= -4.1011
Vector: 44 F= 189.61 Cos= 0.016 Sum= 0.489 q= 4.7347
Vector: 45 F= 191.86 Cos= 0.065 Sum= 0.493 q= 19.3298
Vector: 46 F= 195.43 Cos= 0.022 Sum= 0.493 q= 6.5830
Vector: 47 F= 197.62 Cos= -0.022 Sum= 0.494 q= -6.5556
Vector: 48 F= 204.91 Cos= 0.011 Sum= 0.494 q= 3.2798
Vector: 49 F= 207.14 Cos= 0.009 Sum= 0.494 q= 2.8300
Vector: 50 F= 212.04 Cos= 0.020 Sum= 0.495 q= 5.9504
Vector: 51 F= 216.52 Cos= 0.031 Sum= 0.495 q= 9.2646
Vector: 52 F= 221.53 Cos= -0.005 Sum= 0.496 q= -1.6295
Vector: 53 F= 222.91 Cos= -0.032 Sum= 0.497 q= -9.5510
Vector: 54 F= 226.27 Cos= -0.031 Sum= 0.497 q= -9.2620
Vector: 55 F= 228.08 Cos= 0.006 Sum= 0.498 q= 1.8710
Vector: 56 F= 232.13 Cos= 0.017 Sum= 0.498 q= 5.1809
Vector: 57 F= 238.92 Cos= -0.045 Sum= 0.500 q= -13.5370
Vector: 58 F= 240.81 Cos= -0.010 Sum= 0.500 q= -2.8835
Vector: 59 F= 243.32 Cos= 0.024 Sum= 0.501 q= 7.2730
Vector: 60 F= 244.91 Cos= 0.006 Sum= 0.501 q= 1.8610
Vector: 61 F= 251.58 Cos= 0.020 Sum= 0.501 q= 6.0399
Vector: 62 F= 253.24 Cos= 0.021 Sum= 0.501 q= 6.2772
Vector: 63 F= 253.99 Cos= 0.008 Sum= 0.502 q= 2.3547
Vector: 64 F= 256.80 Cos= 0.034 Sum= 0.503 q= 10.1178
Vector: 65 F= 258.75 Cos= 0.009 Sum= 0.503 q= 2.7053
Vector: 66 F= 267.42 Cos= -0.026 Sum= 0.503 q= -7.6922
Vector: 67 F= 275.09 Cos= 0.020 Sum= 0.504 q= 6.0368
Vector: 68 F= 277.33 Cos= 0.023 Sum= 0.504 q= 6.7329
Vector: 69 F= 279.45 Cos= -0.033 Sum= 0.505 q= -9.8893
Vector: 70 F= 280.29 Cos= 0.019 Sum= 0.506 q= 5.6337
Vector: 71 F= 287.42 Cos= 0.003 Sum= 0.506 q= 0.8045
Vector: 72 F= 289.07 Cos= -0.027 Sum= 0.506 q= -8.0434
Vector: 73 F= 292.52 Cos= 0.005 Sum= 0.507 q= 1.3822
Vector: 74 F= 296.09 Cos= -0.048 Sum= 0.509 q= -14.4802
Vector: 75 F= 299.18 Cos= 0.004 Sum= 0.509 q= 1.3141
Vector: 76 F= 302.94 Cos= -0.029 Sum= 0.510 q= -8.7966
Vector: 77 F= 304.53 Cos= -0.035 Sum= 0.511 q= -10.5823
Vector: 78 F= 307.69 Cos= -0.005 Sum= 0.511 q= -1.4792
Vector: 79 F= 311.44 Cos= 0.016 Sum= 0.511 q= 4.8680
Vector: 80 F= 315.39 Cos= 0.008 Sum= 0.511 q= 2.3149
Vector: 81 F= 317.92 Cos= -0.009 Sum= 0.511 q= -2.5614
Vector: 82 F= 320.30 Cos= -0.025 Sum= 0.512 q= -7.3683
Vector: 83 F= 323.47 Cos= 0.033 Sum= 0.513 q= 9.9974
Vector: 84 F= 325.52 Cos= 0.002 Sum= 0.513 q= 0.4617
Vector: 85 F= 331.43 Cos= -0.007 Sum= 0.513 q= -2.2178
Vector: 86 F= 333.88 Cos= -0.006 Sum= 0.513 q= -1.8166
Vector: 87 F= 335.27 Cos= 0.018 Sum= 0.514 q= 5.3004
Vector: 88 F= 341.76 Cos= 0.003 Sum= 0.514 q= 0.7855
Vector: 89 F= 343.55 Cos= -0.013 Sum= 0.514 q= -3.8902
Vector: 90 F= 346.80 Cos= 0.003 Sum= 0.514 q= 0.9127
Vector: 91 F= 355.20 Cos= 0.014 Sum= 0.514 q= 4.1563
Vector: 92 F= 356.03 Cos= 0.036 Sum= 0.515 q= 10.8600
Vector: 93 F= 358.83 Cos= -0.002 Sum= 0.515 q= -0.5460
Vector: 94 F= 364.21 Cos= -0.023 Sum= 0.516 q= -6.9126
Vector: 95 F= 366.47 Cos= 0.014 Sum= 0.516 q= 4.1430
Vector: 96 F= 369.51 Cos= -0.007 Sum= 0.516 q= -2.0893
Vector: 97 F= 372.06 Cos= 0.016 Sum= 0.516 q= 4.8984
Vector: 98 F= 373.64 Cos= -0.011 Sum= 0.516 q= -3.3525
Vector: 99 F= 376.47 Cos= 0.015 Sum= 0.517 q= 4.6183
Vector: 100 F= 378.19 Cos= 0.028 Sum= 0.517 q= 8.4094
Vector: 101 F= 380.67 Cos= -0.010 Sum= 0.518 q= -2.9525
Vector: 102 F= 386.82 Cos= 0.000 Sum= 0.518 q= 0.1010
Vector: 103 F= 389.25 Cos= 0.018 Sum= 0.518 q= 5.4571
Vector: 104 F= 393.32 Cos= -0.015 Sum= 0.518 q= -4.4646
Vector: 105 F= 394.96 Cos= -0.024 Sum= 0.519 q= -7.0327
Vector: 106 F= 396.45 Cos= 0.005 Sum= 0.519 q= 1.5628
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003433
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 15.688805
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.49 for mode 7 with F= 15.69 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.243 0.358 0.411 0.438 0.452 0.519
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151720273370288 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
making animated gifs
11 models are in 2403151720273370288.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 1395 2.929 1258 1.035
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 1395 2.781 1257 1.032
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 1395 2.638 1257 1.032
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 1395 2.501 1257 1.032
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 1395 2.370 1256 1.029
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 1395 2.136 1258 1.035
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 1395 2.035 1260 1.073
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 1395 1.948 1269 1.081
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 1395 1.875 1276 1.078
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 1395 1.819 1292 1.105
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151720273370288 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
making animated gifs
11 models are in 2403151720273370288.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 1395 2.493 1247 1.129
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 1395 2.418 1252 1.097
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 1395 2.354 1257 1.075
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 1395 2.304 1258 1.051
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 1395 2.269 1257 1.034
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 1395 2.243 1260 1.052
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 1395 2.254 1257 1.067
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 1395 2.280 1255 1.097
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 1395 2.321 1248 1.123
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 1395 2.376 1240 1.152
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151720273370288 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
making animated gifs
11 models are in 2403151720273370288.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 1395 2.486 1199 1.200
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 1395 2.412 1226 1.181
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 1395 2.351 1239 1.129
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 1395 2.302 1248 1.084
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 1395 2.268 1253 1.047
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 1395 2.244 1263 1.048
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 1395 2.255 1260 1.062
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 1395 2.281 1259 1.107
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 1395 2.322 1251 1.148
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 1395 2.376 1239 1.186
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151720273370288 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
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2403151720273370288.eigenfacs
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2403151720273370288.atom
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2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 1395 2.463 1203 1.199
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 1395 2.393 1221 1.166
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 1395 2.336 1241 1.140
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 1395 2.292 1250 1.090
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 1395 2.263 1255 1.053
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 1395 2.249 1263 1.052
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 1395 2.265 1263 1.083
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 1395 2.296 1259 1.130
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 1395 2.341 1245 1.168
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 1395 2.399 1233 1.217
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403151720273370288 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403151720273370288.eigenfacs
2403151720273370288.atom
making animated gifs
11 models are in 2403151720273370288.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403151720273370288.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 1395 2.475 1215 1.194
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 1395 2.403 1227 1.148
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 1395 2.343 1239 1.104
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 1395 2.297 1243 1.055
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 1395 2.265 1251 1.036
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 1395 2.248 1256 1.029
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 1395 2.247 1261 1.046
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 1395 2.260 1263 1.082
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 1395 2.289 1262 1.135
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 1395 2.332 1252 1.184
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 1395 2.389 1236 1.228
2403151720273370288.10.pdb
2403151720273370288.11.pdb
2403151720273370288.7.pdb
2403151720273370288.8.pdb
2403151720273370288.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m2.726s
user 1m2.556s
sys 0m0.168s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403151720273370288.Chkmod.res: No such file or directory
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elNémo
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