*** 1URZ_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220091131159337.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220091131159337.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220091131159337.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 382
First residue number = 1
Last residue number = 382
Number of atoms found = 2926
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -3.130444 +/- 26.044096 From: -50.156000 To: 52.688000
= -0.455984 +/- 9.453629 From: -22.453000 To: 24.109000
= 0.799093 +/- 20.281630 From: -48.062000 To: 41.438000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.6659 % Filled.
Pdbmat> 1027209 non-zero elements.
Pdbmat> 112387 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 76.82 +/- 22.67
Maximum number = 124
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 2.247740E+06
Pdbmat> Larger element = 472.717
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
382 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220091131159337.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220091131159337.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220091131159337.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2926 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 382 residues.
Blocpdb> 17 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 17 atoms in block 2
Block first atom: 18
Blocpdb> 17 atoms in block 3
Block first atom: 35
Blocpdb> 19 atoms in block 4
Block first atom: 52
Blocpdb> 19 atoms in block 5
Block first atom: 71
Blocpdb> 14 atoms in block 6
Block first atom: 90
Blocpdb> 11 atoms in block 7
Block first atom: 104
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 115
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 128
Blocpdb> 18 atoms in block 10
Block first atom: 142
Blocpdb> 15 atoms in block 11
Block first atom: 160
Blocpdb> 15 atoms in block 12
Block first atom: 175
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 190
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 207
Blocpdb> 13 atoms in block 15
Block first atom: 215
Blocpdb> 15 atoms in block 16
Block first atom: 228
Blocpdb> 12 atoms in block 17
Block first atom: 243
Blocpdb> 13 atoms in block 18
Block first atom: 255
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 268
Blocpdb> 14 atoms in block 20
Block first atom: 284
Blocpdb> 15 atoms in block 21
Block first atom: 298
Blocpdb> 22 atoms in block 22
Block first atom: 313
Blocpdb> 13 atoms in block 23
Block first atom: 335
Blocpdb> 20 atoms in block 24
Block first atom: 348
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 368
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 386
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 401
Blocpdb> 18 atoms in block 28
Block first atom: 415
Blocpdb> 21 atoms in block 29
Block first atom: 433
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 454
Blocpdb> 15 atoms in block 31
Block first atom: 468
Blocpdb> 17 atoms in block 32
Block first atom: 483
Blocpdb> 14 atoms in block 33
Block first atom: 500
Blocpdb> 16 atoms in block 34
Block first atom: 514
Blocpdb> 12 atoms in block 35
Block first atom: 530
Blocpdb> 16 atoms in block 36
Block first atom: 542
Blocpdb> 13 atoms in block 37
Block first atom: 558
Blocpdb> 15 atoms in block 38
Block first atom: 571
Blocpdb> 11 atoms in block 39
Block first atom: 586
Blocpdb> 12 atoms in block 40
Block first atom: 597
Blocpdb> 13 atoms in block 41
Block first atom: 609
Blocpdb> 18 atoms in block 42
Block first atom: 622
Blocpdb> 19 atoms in block 43
Block first atom: 640
Blocpdb> 8 atoms in block 44
Block first atom: 659
Blocpdb> 14 atoms in block 45
Block first atom: 667
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 681
Blocpdb> 19 atoms in block 47
Block first atom: 696
Blocpdb> 15 atoms in block 48
Block first atom: 715
Blocpdb> 19 atoms in block 49
Block first atom: 730
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 749
Blocpdb> 12 atoms in block 51
Block first atom: 767
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 779
Blocpdb> 12 atoms in block 53
Block first atom: 795
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 807
Blocpdb> 13 atoms in block 55
Block first atom: 822
Blocpdb> 14 atoms in block 56
Block first atom: 835
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 849
Blocpdb> 13 atoms in block 58
Block first atom: 861
Blocpdb> 14 atoms in block 59
Block first atom: 874
Blocpdb> 11 atoms in block 60
Block first atom: 888
Blocpdb> 14 atoms in block 61
Block first atom: 899
Blocpdb> 18 atoms in block 62
Block first atom: 913
Blocpdb> 14 atoms in block 63
Block first atom: 931
Blocpdb> 11 atoms in block 64
Block first atom: 945
Blocpdb> 17 atoms in block 65
Block first atom: 956
Blocpdb> 20 atoms in block 66
Block first atom: 973
Blocpdb> 13 atoms in block 67
Block first atom: 993
Blocpdb> 17 atoms in block 68
Block first atom: 1006
Blocpdb> 19 atoms in block 69
Block first atom: 1023
Blocpdb> 14 atoms in block 70
Block first atom: 1042
Blocpdb> 16 atoms in block 71
Block first atom: 1056
Blocpdb> 16 atoms in block 72
Block first atom: 1072
Blocpdb> 17 atoms in block 73
Block first atom: 1088
Blocpdb> 20 atoms in block 74
Block first atom: 1105
Blocpdb> 12 atoms in block 75
Block first atom: 1125
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1137
Blocpdb> 15 atoms in block 77
Block first atom: 1154
Blocpdb> 12 atoms in block 78
Block first atom: 1169
Blocpdb> 18 atoms in block 79
Block first atom: 1181
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1199
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1214
Blocpdb> 12 atoms in block 82
Block first atom: 1229
Blocpdb> 21 atoms in block 83
Block first atom: 1241
Blocpdb> 12 atoms in block 84
Block first atom: 1262
Blocpdb> 13 atoms in block 85
Block first atom: 1274
Blocpdb> 16 atoms in block 86
Block first atom: 1287
Blocpdb> 17 atoms in block 87
Block first atom: 1303
Blocpdb> 12 atoms in block 88
Block first atom: 1320
Blocpdb> 10 atoms in block 89
Block first atom: 1332
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1342
Blocpdb> 13 atoms in block 91
Block first atom: 1357
Blocpdb> 16 atoms in block 92
Block first atom: 1370
Blocpdb> 15 atoms in block 93
Block first atom: 1386
Blocpdb> 17 atoms in block 94
Block first atom: 1401
Blocpdb> 16 atoms in block 95
Block first atom: 1418
Blocpdb> 14 atoms in block 96
Block first atom: 1434
Blocpdb> 19 atoms in block 97
Block first atom: 1448
Blocpdb> 16 atoms in block 98
Block first atom: 1467
Blocpdb> 21 atoms in block 99
Block first atom: 1483
Blocpdb> 22 atoms in block 100
Block first atom: 1504
Blocpdb> 19 atoms in block 101
Block first atom: 1526
Blocpdb> 16 atoms in block 102
Block first atom: 1545
Blocpdb> 13 atoms in block 103
Block first atom: 1561
Blocpdb> 21 atoms in block 104
Block first atom: 1574
Blocpdb> 19 atoms in block 105
Block first atom: 1595
Blocpdb> 13 atoms in block 106
Block first atom: 1614
Blocpdb> 14 atoms in block 107
Block first atom: 1627
Blocpdb> 22 atoms in block 108
Block first atom: 1641
Blocpdb> 16 atoms in block 109
Block first atom: 1663
Blocpdb> 14 atoms in block 110
Block first atom: 1679
Blocpdb> 19 atoms in block 111
Block first atom: 1693
Blocpdb> 16 atoms in block 112
Block first atom: 1712
Blocpdb> 15 atoms in block 113
Block first atom: 1728
Blocpdb> 12 atoms in block 114
Block first atom: 1743
Blocpdb> 15 atoms in block 115
Block first atom: 1755
Blocpdb> 16 atoms in block 116
Block first atom: 1770
Blocpdb> 16 atoms in block 117
Block first atom: 1786
Blocpdb> 19 atoms in block 118
Block first atom: 1802
Blocpdb> 16 atoms in block 119
Block first atom: 1821
Blocpdb> 12 atoms in block 120
Block first atom: 1837
Blocpdb> 16 atoms in block 121
Block first atom: 1849
Blocpdb> 11 atoms in block 122
Block first atom: 1865
Blocpdb> 16 atoms in block 123
Block first atom: 1876
Blocpdb> 14 atoms in block 124
Block first atom: 1892
Blocpdb> 13 atoms in block 125
Block first atom: 1906
Blocpdb> 11 atoms in block 126
Block first atom: 1919
Blocpdb> 14 atoms in block 127
Block first atom: 1930
Blocpdb> 15 atoms in block 128
Block first atom: 1944
Blocpdb> 17 atoms in block 129
Block first atom: 1959
Blocpdb> 11 atoms in block 130
Block first atom: 1976
Blocpdb> 21 atoms in block 131
Block first atom: 1987
Blocpdb> 18 atoms in block 132
Block first atom: 2008
Blocpdb> 15 atoms in block 133
Block first atom: 2026
Blocpdb> 14 atoms in block 134
Block first atom: 2041
Blocpdb> 14 atoms in block 135
Block first atom: 2055
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2069
Blocpdb> 11 atoms in block 137
Block first atom: 2084
Blocpdb> 17 atoms in block 138
Block first atom: 2095
Blocpdb> 17 atoms in block 139
Block first atom: 2112
Blocpdb> 17 atoms in block 140
Block first atom: 2129
Blocpdb> 13 atoms in block 141
Block first atom: 2146
Blocpdb> 15 atoms in block 142
Block first atom: 2159
Blocpdb> 19 atoms in block 143
Block first atom: 2174
Blocpdb> 14 atoms in block 144
Block first atom: 2193
Blocpdb> 17 atoms in block 145
Block first atom: 2207
Blocpdb> 16 atoms in block 146
Block first atom: 2224
Blocpdb> 18 atoms in block 147
Block first atom: 2240
Blocpdb> 23 atoms in block 148
Block first atom: 2258
Blocpdb> 16 atoms in block 149
Block first atom: 2281
Blocpdb> 14 atoms in block 150
Block first atom: 2297
Blocpdb> 14 atoms in block 151
Block first atom: 2311
Blocpdb> 14 atoms in block 152
Block first atom: 2325
Blocpdb> 15 atoms in block 153
Block first atom: 2339
Blocpdb> 14 atoms in block 154
Block first atom: 2354
Blocpdb> 17 atoms in block 155
Block first atom: 2368
Blocpdb> 14 atoms in block 156
Block first atom: 2385
Blocpdb> 17 atoms in block 157
Block first atom: 2399
Blocpdb> 11 atoms in block 158
Block first atom: 2416
Blocpdb> 16 atoms in block 159
Block first atom: 2427
Blocpdb> 17 atoms in block 160
Block first atom: 2443
Blocpdb> 15 atoms in block 161
Block first atom: 2460
Blocpdb> 18 atoms in block 162
Block first atom: 2475
Blocpdb> 12 atoms in block 163
Block first atom: 2493
Blocpdb> 15 atoms in block 164
Block first atom: 2505
Blocpdb> 10 atoms in block 165
Block first atom: 2520
Blocpdb> 15 atoms in block 166
Block first atom: 2530
Blocpdb> 15 atoms in block 167
Block first atom: 2545
Blocpdb> 12 atoms in block 168
Block first atom: 2560
Blocpdb> 16 atoms in block 169
Block first atom: 2572
Blocpdb> 15 atoms in block 170
Block first atom: 2588
Blocpdb> 15 atoms in block 171
Block first atom: 2603
Blocpdb> 14 atoms in block 172
Block first atom: 2618
Blocpdb> 17 atoms in block 173
Block first atom: 2632
Blocpdb> 16 atoms in block 174
Block first atom: 2649
Blocpdb> 8 atoms in block 175
Block first atom: 2665
Blocpdb> 15 atoms in block 176
Block first atom: 2673
Blocpdb> 17 atoms in block 177
Block first atom: 2688
Blocpdb> 17 atoms in block 178
Block first atom: 2705
Blocpdb> 15 atoms in block 179
Block first atom: 2722
Blocpdb> 11 atoms in block 180
Block first atom: 2737
Blocpdb> 16 atoms in block 181
Block first atom: 2748
Blocpdb> 16 atoms in block 182
Block first atom: 2764
Blocpdb> 19 atoms in block 183
Block first atom: 2780
Blocpdb> 13 atoms in block 184
Block first atom: 2799
Blocpdb> 14 atoms in block 185
Block first atom: 2812
Blocpdb> 19 atoms in block 186
Block first atom: 2826
Blocpdb> 25 atoms in block 187
Block first atom: 2845
Blocpdb> 18 atoms in block 188
Block first atom: 2870
Blocpdb> 10 atoms in block 189
Block first atom: 2888
Blocpdb> 14 atoms in block 190
Block first atom: 2898
Blocpdb> 15 atoms in block 191
Block first atom: 2911
Blocpdb> 191 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1027400 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8778
Prepmat> Matrix trace = 2247740.0000
Prepmat> Last element read: 8778 8778 209.7156
Prepmat> 18337 lines saved.
Prepmat> 16410 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2926
RTB> Total mass = 2926.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2926
RTB> Number of blocks = 191
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 244491.3106
RTB> 66471 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1146
Diagstd> Nb of non-zero elements: 66471
Diagstd> Projected matrix trace = 244491.3106
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1146 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 244491.3106
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1342912 0.1364912 0.3305938 0.5112501
0.8399672 1.3451195 1.7223117 2.3092181 2.4513697
2.8838981 3.0101866 3.9204873 4.6750427 5.6942748
5.9865068 6.1669771 6.8178345 7.5662864 8.0855083
9.1309243 9.4383795 10.3953598 11.2594776 11.8905524
12.8279407 13.2378265 13.7267664 14.2863098 15.1495112
16.1308452 16.1439909 17.8327998 18.4108543 19.6045151
20.0101365 20.6858040 21.2546667 22.3108597 22.6977277
23.5401778 23.9018749 24.5459592 25.4348292 25.8241977
26.2008153 27.0193276 27.3406752 28.4769119 29.4969382
29.7327725 30.0115125 30.4977050 30.8440832 31.8838583
32.1864158 32.7276977 33.1530168 34.3351908 34.6261729
35.4661641 35.7220265 36.5367426 36.6760757 37.1210853
38.0347801 38.2033189 39.1752758 39.4573816 40.0950828
40.7565707 41.0019825 41.4734477 41.6337154 42.0418884
42.6091735 43.4187471 43.5175766 43.7539120 44.4025883
45.0344443 46.2115181 46.4379431 47.1968008 47.4323749
47.9177899 48.5520264 48.9784613 49.6163349 49.9209414
50.2971450 50.6405694 51.1456372 51.5562063 51.7692641
52.1706510 52.6952758 53.1899572 53.6205997 54.1459255
54.6441708
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034319 0.0034321 0.0034327 0.0034333 0.0034348
0.0034349 39.7941310 40.1187634 62.4370869 77.6447261
99.5236865 125.9434889 142.5119088 165.0166474 170.0198717
184.4103268 188.4048114 215.0132907 234.7945825 259.1280875
265.6941667 269.6692620 283.5427251 298.7009949 308.7798447
328.1350713 333.6137932 350.1184877 364.3798901 374.4521214
388.9320678 395.0969005 402.3272071 410.4453231 422.6633499
436.1379141 436.3155914 458.5693752 465.9424197 480.8098245
485.7583851 493.8914211 500.6364078 512.9244868 517.3524033
526.8659713 530.8982140 538.0037271 547.6583244 551.8343106
555.8436945 564.4591912 567.8058967 579.4843689 589.7714561
592.1244358 594.8934972 599.6928351 603.0887303 613.1697413
616.0721678 621.2308406 625.2544731 636.3045270 638.9950984
646.6992987 649.0278376 656.3873354 657.6377128 661.6154111
669.7083828 671.1905410 679.6750246 682.1178448 687.6078679
693.2567352 695.3407926 699.3270872 700.6770050 704.1033130
708.8377449 715.5400123 716.3539031 718.2964579 723.6014417
728.7317375 738.1938080 740.0000817 746.0218729 747.8813702
751.6984761 756.6568366 759.9724505 764.9052124 767.2495872
770.1351532 772.7598868 776.6039178 779.7147623 781.3242001
784.3473043 788.2811133 791.9724983 795.1720632 799.0577553
802.7257605
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2926
Rtb_to_modes> Number of blocs = 191
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.20
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.76
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.43
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.64
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1146 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000
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1.00000 0.99999 1.00000 1.00004 1.00000
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0.99999 1.00000 0.99998 0.99997 1.00001
1.00004 0.99998 0.99998 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 0.99997
1.00001 0.99999 1.00003 1.00000 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99997
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 52668 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
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1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999
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1.00000 0.99999 1.00000 1.00004 1.00000
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0.99999 1.00000 0.99998 0.99997 1.00001
1.00004 0.99998 0.99998 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 0.99997
1.00001 0.99999 1.00003 1.00000 1.00001
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1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
0.99998 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99997
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220091131159337.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220091131159337.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220091131159337.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220091131159337.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 382
First residue number = 1
Last residue number = 382
Number of atoms found = 2926
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9880E-10
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.64
Bfactors> 106 vectors, 8778 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.134300
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.188 for 382 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.145 +/- 0.13
Bfactors> = 89.245 +/- 8.33
Bfactors> Shiftng-fct= 89.100
Bfactors> Scaling-fct= 63.467
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091131159337 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091131159337.eigenfacs
240220091131159337.atom
240220091131159337.10.pdb
240220091131159337.11.pdb
240220091131159337.12.pdb
240220091131159337.13.pdb
240220091131159337.14.pdb
240220091131159337.15.pdb
240220091131159337.16.pdb
240220091131159337.7.pdb
240220091131159337.8.pdb
240220091131159337.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m22.844s
user 0m22.808s
sys 0m0.036s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220091131159337.Chkmod.res: No such file or directory
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