*** 3CYE_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220090630154274.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220090630154274.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220090630154274.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 770
First residue number = 1
Last residue number = 770
Number of atoms found = 5926
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -2.493971 +/- 18.501826 From: -44.188000 To: 37.312000
= -0.675167 +/- 12.071934 From: -29.344000 To: 34.594000
= 1.284436 +/- 17.589008 From: -39.281000 To: 43.438000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.5095 % Filled.
Pdbmat> 2385501 non-zero elements.
Pdbmat> 261487 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 88.25 +/- 24.23
Maximum number = 138
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 5.229740E+06
Pdbmat> Larger element = 523.639
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
770 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220090630154274.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220090630154274.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220090630154274.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5926 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 770 residues.
Blocpdb> 30 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 24 atoms in block 2
Block first atom: 31
Blocpdb> 29 atoms in block 3
Block first atom: 55
Blocpdb> 29 atoms in block 4
Block first atom: 84
Blocpdb> 35 atoms in block 5
Block first atom: 113
Blocpdb> 28 atoms in block 6
Block first atom: 148
Blocpdb> 29 atoms in block 7
Block first atom: 176
Blocpdb> 28 atoms in block 8
Block first atom: 205
Blocpdb> 37 atoms in block 9
Block first atom: 233
Blocpdb> 35 atoms in block 10
Block first atom: 270
Blocpdb> 28 atoms in block 11
Block first atom: 305
Blocpdb> 34 atoms in block 12
Block first atom: 333
Blocpdb> 37 atoms in block 13
Block first atom: 367
Blocpdb> 25 atoms in block 14
Block first atom: 404
Blocpdb> 32 atoms in block 15
Block first atom: 429
Blocpdb> 33 atoms in block 16
Block first atom: 461
Blocpdb> 27 atoms in block 17
Block first atom: 494
Blocpdb> 32 atoms in block 18
Block first atom: 521
Blocpdb> 38 atoms in block 19
Block first atom: 553
Blocpdb> 27 atoms in block 20
Block first atom: 591
Blocpdb> 25 atoms in block 21
Block first atom: 618
Blocpdb> 32 atoms in block 22
Block first atom: 643
Blocpdb> 36 atoms in block 23
Block first atom: 675
Blocpdb> 27 atoms in block 24
Block first atom: 711
Blocpdb> 31 atoms in block 25
Block first atom: 738
Blocpdb> 29 atoms in block 26
Block first atom: 769
Blocpdb> 30 atoms in block 27
Block first atom: 798
Blocpdb> 27 atoms in block 28
Block first atom: 828
Blocpdb> 25 atoms in block 29
Block first atom: 855
Blocpdb> 25 atoms in block 30
Block first atom: 880
Blocpdb> 27 atoms in block 31
Block first atom: 905
Blocpdb> 33 atoms in block 32
Block first atom: 932
Blocpdb> 31 atoms in block 33
Block first atom: 965
Blocpdb> 30 atoms in block 34
Block first atom: 996
Blocpdb> 41 atoms in block 35
Block first atom: 1026
Blocpdb> 34 atoms in block 36
Block first atom: 1067
Blocpdb> 33 atoms in block 37
Block first atom: 1101
Blocpdb> 24 atoms in block 38
Block first atom: 1134
Blocpdb> 24 atoms in block 39
Block first atom: 1158
Blocpdb> 34 atoms in block 40
Block first atom: 1182
Blocpdb> 26 atoms in block 41
Block first atom: 1216
Blocpdb> 27 atoms in block 42
Block first atom: 1242
Blocpdb> 32 atoms in block 43
Block first atom: 1269
Blocpdb> 33 atoms in block 44
Block first atom: 1301
Blocpdb> 31 atoms in block 45
Block first atom: 1334
Blocpdb> 29 atoms in block 46
Block first atom: 1365
Blocpdb> 33 atoms in block 47
Block first atom: 1394
Blocpdb> 32 atoms in block 48
Block first atom: 1427
Blocpdb> 40 atoms in block 49
Block first atom: 1459
Blocpdb> 30 atoms in block 50
Block first atom: 1499
Blocpdb> 26 atoms in block 51
Block first atom: 1529
Blocpdb> 30 atoms in block 52
Block first atom: 1555
Blocpdb> 32 atoms in block 53
Block first atom: 1585
Blocpdb> 36 atoms in block 54
Block first atom: 1617
Blocpdb> 32 atoms in block 55
Block first atom: 1653
Blocpdb> 38 atoms in block 56
Block first atom: 1685
Blocpdb> 33 atoms in block 57
Block first atom: 1723
Blocpdb> 37 atoms in block 58
Block first atom: 1756
Blocpdb> 30 atoms in block 59
Block first atom: 1793
Blocpdb> 28 atoms in block 60
Block first atom: 1823
Blocpdb> 27 atoms in block 61
Block first atom: 1851
Blocpdb> 34 atoms in block 62
Block first atom: 1878
Blocpdb> 21 atoms in block 63
Block first atom: 1912
Blocpdb> 24 atoms in block 64
Block first atom: 1933
Blocpdb> 24 atoms in block 65
Block first atom: 1957
Blocpdb> 25 atoms in block 66
Block first atom: 1981
Blocpdb> 30 atoms in block 67
Block first atom: 2006
Blocpdb> 42 atoms in block 68
Block first atom: 2036
Blocpdb> 33 atoms in block 69
Block first atom: 2078
Blocpdb> 30 atoms in block 70
Block first atom: 2111
Blocpdb> 28 atoms in block 71
Block first atom: 2141
Blocpdb> 27 atoms in block 72
Block first atom: 2169
Blocpdb> 36 atoms in block 73
Block first atom: 2196
Blocpdb> 37 atoms in block 74
Block first atom: 2232
Blocpdb> 34 atoms in block 75
Block first atom: 2269
Blocpdb> 27 atoms in block 76
Block first atom: 2303
Blocpdb> 35 atoms in block 77
Block first atom: 2330
Blocpdb> 32 atoms in block 78
Block first atom: 2365
Blocpdb> 28 atoms in block 79
Block first atom: 2397
Blocpdb> 36 atoms in block 80
Block first atom: 2425
Blocpdb> 27 atoms in block 81
Block first atom: 2461
Blocpdb> 33 atoms in block 82
Block first atom: 2488
Blocpdb> 28 atoms in block 83
Block first atom: 2521
Blocpdb> 30 atoms in block 84
Block first atom: 2549
Blocpdb> 35 atoms in block 85
Block first atom: 2579
Blocpdb> 38 atoms in block 86
Block first atom: 2614
Blocpdb> 32 atoms in block 87
Block first atom: 2652
Blocpdb> 33 atoms in block 88
Block first atom: 2684
Blocpdb> 36 atoms in block 89
Block first atom: 2717
Blocpdb> 22 atoms in block 90
Block first atom: 2753
Blocpdb> 31 atoms in block 91
Block first atom: 2775
Blocpdb> 25 atoms in block 92
Block first atom: 2806
Blocpdb> 26 atoms in block 93
Block first atom: 2831
Blocpdb> 41 atoms in block 94
Block first atom: 2857
Blocpdb> 26 atoms in block 95
Block first atom: 2898
Blocpdb> 32 atoms in block 96
Block first atom: 2924
Blocpdb> 31 atoms in block 97
Block first atom: 2956
Blocpdb> 25 atoms in block 98
Block first atom: 2987
Blocpdb> 27 atoms in block 99
Block first atom: 3012
Blocpdb> 32 atoms in block 100
Block first atom: 3039
Blocpdb> 31 atoms in block 101
Block first atom: 3071
Blocpdb> 29 atoms in block 102
Block first atom: 3102
Blocpdb> 31 atoms in block 103
Block first atom: 3131
Blocpdb> 27 atoms in block 104
Block first atom: 3162
Blocpdb> 33 atoms in block 105
Block first atom: 3189
Blocpdb> 38 atoms in block 106
Block first atom: 3222
Blocpdb> 26 atoms in block 107
Block first atom: 3260
Blocpdb> 33 atoms in block 108
Block first atom: 3286
Blocpdb> 40 atoms in block 109
Block first atom: 3319
Blocpdb> 28 atoms in block 110
Block first atom: 3359
Blocpdb> 29 atoms in block 111
Block first atom: 3387
Blocpdb> 33 atoms in block 112
Block first atom: 3416
Blocpdb> 26 atoms in block 113
Block first atom: 3449
Blocpdb> 34 atoms in block 114
Block first atom: 3475
Blocpdb> 37 atoms in block 115
Block first atom: 3509
Blocpdb> 28 atoms in block 116
Block first atom: 3546
Blocpdb> 27 atoms in block 117
Block first atom: 3574
Blocpdb> 25 atoms in block 118
Block first atom: 3601
Blocpdb> 37 atoms in block 119
Block first atom: 3626
Blocpdb> 33 atoms in block 120
Block first atom: 3663
Blocpdb> 30 atoms in block 121
Block first atom: 3696
Blocpdb> 27 atoms in block 122
Block first atom: 3726
Blocpdb> 24 atoms in block 123
Block first atom: 3753
Blocpdb> 37 atoms in block 124
Block first atom: 3777
Blocpdb> 22 atoms in block 125
Block first atom: 3814
Blocpdb> 27 atoms in block 126
Block first atom: 3836
Blocpdb> 24 atoms in block 127
Block first atom: 3863
Blocpdb> 37 atoms in block 128
Block first atom: 3887
Blocpdb> 27 atoms in block 129
Block first atom: 3924
Blocpdb> 32 atoms in block 130
Block first atom: 3951
Blocpdb> 39 atoms in block 131
Block first atom: 3983
Blocpdb> 35 atoms in block 132
Block first atom: 4022
Blocpdb> 31 atoms in block 133
Block first atom: 4057
Blocpdb> 26 atoms in block 134
Block first atom: 4088
Blocpdb> 25 atoms in block 135
Block first atom: 4114
Blocpdb> 32 atoms in block 136
Block first atom: 4139
Blocpdb> 27 atoms in block 137
Block first atom: 4171
Blocpdb> 25 atoms in block 138
Block first atom: 4198
Blocpdb> 32 atoms in block 139
Block first atom: 4223
Blocpdb> 34 atoms in block 140
Block first atom: 4255
Blocpdb> 30 atoms in block 141
Block first atom: 4289
Blocpdb> 32 atoms in block 142
Block first atom: 4319
Blocpdb> 31 atoms in block 143
Block first atom: 4351
Blocpdb> 28 atoms in block 144
Block first atom: 4382
Blocpdb> 43 atoms in block 145
Block first atom: 4410
Blocpdb> 27 atoms in block 146
Block first atom: 4453
Blocpdb> 34 atoms in block 147
Block first atom: 4480
Blocpdb> 28 atoms in block 148
Block first atom: 4514
Blocpdb> 30 atoms in block 149
Block first atom: 4542
Blocpdb> 40 atoms in block 150
Block first atom: 4572
Blocpdb> 29 atoms in block 151
Block first atom: 4612
Blocpdb> 34 atoms in block 152
Block first atom: 4641
Blocpdb> 36 atoms in block 153
Block first atom: 4675
Blocpdb> 37 atoms in block 154
Block first atom: 4711
Blocpdb> 32 atoms in block 155
Block first atom: 4748
Blocpdb> 23 atoms in block 156
Block first atom: 4780
Blocpdb> 31 atoms in block 157
Block first atom: 4803
Blocpdb> 33 atoms in block 158
Block first atom: 4834
Blocpdb> 23 atoms in block 159
Block first atom: 4867
Blocpdb> 23 atoms in block 160
Block first atom: 4890
Blocpdb> 27 atoms in block 161
Block first atom: 4913
Blocpdb> 21 atoms in block 162
Block first atom: 4940
Blocpdb> 32 atoms in block 163
Block first atom: 4961
Blocpdb> 40 atoms in block 164
Block first atom: 4993
Blocpdb> 27 atoms in block 165
Block first atom: 5033
Blocpdb> 37 atoms in block 166
Block first atom: 5060
Blocpdb> 29 atoms in block 167
Block first atom: 5097
Blocpdb> 29 atoms in block 168
Block first atom: 5126
Blocpdb> 32 atoms in block 169
Block first atom: 5155
Blocpdb> 37 atoms in block 170
Block first atom: 5187
Blocpdb> 33 atoms in block 171
Block first atom: 5224
Blocpdb> 30 atoms in block 172
Block first atom: 5257
Blocpdb> 30 atoms in block 173
Block first atom: 5287
Blocpdb> 36 atoms in block 174
Block first atom: 5317
Blocpdb> 27 atoms in block 175
Block first atom: 5353
Blocpdb> 32 atoms in block 176
Block first atom: 5380
Blocpdb> 28 atoms in block 177
Block first atom: 5412
Blocpdb> 37 atoms in block 178
Block first atom: 5440
Blocpdb> 31 atoms in block 179
Block first atom: 5477
Blocpdb> 26 atoms in block 180
Block first atom: 5508
Blocpdb> 32 atoms in block 181
Block first atom: 5534
Blocpdb> 41 atoms in block 182
Block first atom: 5566
Blocpdb> 31 atoms in block 183
Block first atom: 5607
Blocpdb> 34 atoms in block 184
Block first atom: 5638
Blocpdb> 37 atoms in block 185
Block first atom: 5672
Blocpdb> 23 atoms in block 186
Block first atom: 5709
Blocpdb> 31 atoms in block 187
Block first atom: 5732
Blocpdb> 25 atoms in block 188
Block first atom: 5763
Blocpdb> 28 atoms in block 189
Block first atom: 5788
Blocpdb> 38 atoms in block 190
Block first atom: 5816
Blocpdb> 24 atoms in block 191
Block first atom: 5854
Blocpdb> 35 atoms in block 192
Block first atom: 5878
Blocpdb> 14 atoms in block 193
Block first atom: 5912
Blocpdb> 193 blocks.
Blocpdb> At most, 43 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2385694 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 17778
Prepmat> Matrix trace = 5229740.0000
Prepmat> Last element read: 17778 17778 92.6323
Prepmat> 18722 lines saved.
Prepmat> 16748 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5926
RTB> Total mass = 5926.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5926
RTB> Number of blocks = 193
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 263154.8759
RTB> 68133 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1158
Diagstd> Nb of non-zero elements: 68133
Diagstd> Projected matrix trace = 263154.8759
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1158 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 263154.8759
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.0123285 1.0709194 1.5747305 3.7784927
3.9488967 4.9480466 5.3525143 5.9562880 7.3339686
8.9236401 9.9813021 10.7674195 11.5214431 12.2388261
12.6850785 13.9878123 14.7121800 15.4268056 15.7236276
16.4680403 16.7541066 17.2045455 17.5413134 18.2841038
18.7315201 19.1683932 19.3710048 19.8701186 20.6798367
20.8764529 21.3557800 22.1890527 23.1589273 23.4601725
24.2768488 24.5857756 24.9875011 25.9434791 26.6151003
26.8994008 27.8108118 29.1675154 29.4668402 30.0505233
30.3407593 31.1317515 31.1843804 31.7427911 32.3821560
33.2043721 33.6122359 33.8772536 34.2773442 34.5469721
34.9901279 35.7068868 35.9617939 37.1452386 37.4676712
38.2976703 39.2598046 39.3506434 39.9604776 40.1717638
40.9405390 41.3253656 41.6199036 41.8965686 42.7451548
42.8603761 43.2046673 44.0673683 44.3808053 44.5059278
45.0893932 45.6232786 45.7612361 46.2020348 46.7351591
47.4764808 48.6047927 48.7315513 49.0111561 49.4631693
49.9144995 50.5770171 50.8727299 51.1713737 51.3140329
51.6792639 52.2551190 52.6432299 52.8925029 53.4402963
53.8540428 54.3230806 55.1072467 56.0582566 56.3753441
56.6501783
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034322 0.0034335 0.0034336 0.0034338 0.0034346
0.0034353 109.2586950 112.3760246 136.2694166 211.0836398
215.7909193 241.5528523 251.2315614 265.0227317 294.0795346
324.3891384 343.0748486 356.3289412 368.5943889 379.8963858
386.7602744 406.1347762 416.5180201 426.5139927 430.5976490
440.6727957 444.4837799 450.4191873 454.8061558 464.3357473
469.9826136 475.4316996 477.9377714 484.0558913 493.8201789
496.1621549 501.8258160 511.5224058 522.5820638 525.9698878
535.0463888 538.4399030 542.8210658 553.1072969 560.2209346
563.2051056 572.6669421 586.4689152 589.4704842 595.2800117
598.1477909 605.8945664 606.4064896 611.8117810 617.9426352
625.7385572 629.5699374 632.0470050 635.7682904 638.2638903
642.3445520 648.8902872 651.2023421 661.8306207 664.6968650
672.0188552 680.4078998 681.1946036 686.4526963 688.2650718
694.8195960 698.0774877 700.5607720 702.8853766 709.9679233
710.9241528 713.7738166 720.8648306 723.4239281 724.4429825
729.1761845 733.4804217 734.5885488 738.1180603 742.3644096
748.2290059 757.0678926 758.0544452 760.2260618 763.7236686
767.2000823 772.2748402 774.5292111 776.7992871 777.8813415
780.6447440 784.9820047 787.8917338 789.7549186 793.8340240
796.9011178 800.3638695 806.1198896 813.0459186 815.3421293
817.3271411
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5926
Rtb_to_modes> Number of blocs = 193
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.46
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.11
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.65
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1158 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999
1.00002 0.99997 1.00001 0.99997 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
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0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00002 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 106668 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
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1.00002 0.99997 1.00001 0.99997 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
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0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00002 1.00000 1.00001 0.99998 0.99998
0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 1.00002
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0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 1.00002
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220090630154274.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220090630154274.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220090630154274.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220090630154274.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 770
First residue number = 1
Last residue number = 770
Number of atoms found = 5926
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9898E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.071
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.778
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.949
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.948
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.65
Bfactors> 106 vectors, 17778 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.012000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.498 for 770 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.018 +/- 0.02
Bfactors> = 82.186 +/- 15.57
Bfactors> Shiftng-fct= 82.168
Bfactors> Scaling-fct= 769.308
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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240220090630154274.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090630154274 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090630154274.eigenfacs
240220090630154274.atom
240220090630154274.10.pdb
240220090630154274.11.pdb
240220090630154274.12.pdb
240220090630154274.13.pdb
240220090630154274.14.pdb
240220090630154274.15.pdb
240220090630154274.16.pdb
240220090630154274.7.pdb
240220090630154274.8.pdb
240220090630154274.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m32.213s
user 0m32.133s
sys 0m0.080s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220090630154274.Chkmod.res: No such file or directory
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