*** 3LZG_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_3_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220085807145176.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220085807145176.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220085807145176.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 323
First residue number = 1
Last residue number = 323
Number of atoms found = 2525
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -4.919276 +/- 21.059005 From: -65.188000 To: 28.391000
= 0.568053 +/- 10.375315 From: -23.344000 To: 22.453000
= 1.773446 +/- 14.836388 From: -31.453000 To: 41.656000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.1752 % Filled.
Pdbmat> 911095 non-zero elements.
Pdbmat> 99680 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.95 +/- 25.35
Maximum number = 128
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 1.993600E+06
Pdbmat> Larger element = 476.853
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
323 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220085807145176.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220085807145176.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220085807145176.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2525 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 323 residues.
Blocpdb> 15 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 14 atoms in block 2
Block first atom: 16
Blocpdb> 12 atoms in block 3
Block first atom: 30
Blocpdb> 22 atoms in block 4
Block first atom: 42
Blocpdb> 13 atoms in block 5
Block first atom: 64
Blocpdb> 14 atoms in block 6
Block first atom: 77
Blocpdb> 15 atoms in block 7
Block first atom: 91
Blocpdb> 14 atoms in block 8
Block first atom: 106
Blocpdb> 15 atoms in block 9
Block first atom: 120
Blocpdb> 15 atoms in block 10
Block first atom: 135
Blocpdb> 18 atoms in block 11
Block first atom: 150
Blocpdb> 15 atoms in block 12
Block first atom: 168
Blocpdb> 14 atoms in block 13
Block first atom: 183
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 197
Blocpdb> 13 atoms in block 15
Block first atom: 214
Blocpdb> 16 atoms in block 16
Block first atom: 227
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 243
Blocpdb> 17 atoms in block 18
Block first atom: 260
Blocpdb> 18 atoms in block 19
Block first atom: 277
Blocpdb> 13 atoms in block 20
Block first atom: 295
Blocpdb> 14 atoms in block 21
Block first atom: 308
Blocpdb> 17 atoms in block 22
Block first atom: 322
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 339
Blocpdb> 12 atoms in block 24
Block first atom: 354
Blocpdb> 15 atoms in block 25
Block first atom: 366
Blocpdb> 18 atoms in block 26
Block first atom: 381
Blocpdb> 13 atoms in block 27
Block first atom: 399
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 412
Blocpdb> 13 atoms in block 29
Block first atom: 426
Blocpdb> 18 atoms in block 30
Block first atom: 439
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 457
Blocpdb> 12 atoms in block 32
Block first atom: 473
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 485
Blocpdb> 15 atoms in block 34
Block first atom: 501
Blocpdb> 14 atoms in block 35
Block first atom: 516
Blocpdb> 13 atoms in block 36
Block first atom: 530
Blocpdb> 11 atoms in block 37
Block first atom: 543
Blocpdb> 20 atoms in block 38
Block first atom: 554
Blocpdb> 18 atoms in block 39
Block first atom: 574
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 592
Blocpdb> 16 atoms in block 41
Block first atom: 607
Blocpdb> 13 atoms in block 42
Block first atom: 623
Blocpdb> 14 atoms in block 43
Block first atom: 636
Blocpdb> 12 atoms in block 44
Block first atom: 650
Blocpdb> 13 atoms in block 45
Block first atom: 662
Blocpdb> 19 atoms in block 46
Block first atom: 675
Blocpdb> 12 atoms in block 47
Block first atom: 694
Blocpdb> 19 atoms in block 48
Block first atom: 706
Blocpdb> 20 atoms in block 49
Block first atom: 725
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 745
Blocpdb> 19 atoms in block 51
Block first atom: 763
Blocpdb> 18 atoms in block 52
Block first atom: 782
Blocpdb> 14 atoms in block 53
Block first atom: 800
Blocpdb> 13 atoms in block 54
Block first atom: 814
Blocpdb> 12 atoms in block 55
Block first atom: 827
Blocpdb> 20 atoms in block 56
Block first atom: 839
Blocpdb> 22 atoms in block 57
Block first atom: 859
Blocpdb> 17 atoms in block 58
Block first atom: 881
Blocpdb> 18 atoms in block 59
Block first atom: 898
Blocpdb> 16 atoms in block 60
Block first atom: 916
Blocpdb> 12 atoms in block 61
Block first atom: 932
Blocpdb> 21 atoms in block 62
Block first atom: 944
Blocpdb> 18 atoms in block 63
Block first atom: 965
Blocpdb> 14 atoms in block 64
Block first atom: 983
Blocpdb> 17 atoms in block 65
Block first atom: 997
Blocpdb> 11 atoms in block 66
Block first atom: 1014
Blocpdb> 12 atoms in block 67
Block first atom: 1025
Blocpdb> 11 atoms in block 68
Block first atom: 1037
Blocpdb> 17 atoms in block 69
Block first atom: 1048
Blocpdb> 9 atoms in block 70
Block first atom: 1065
Blocpdb> 14 atoms in block 71
Block first atom: 1074
Blocpdb> 17 atoms in block 72
Block first atom: 1088
Blocpdb> 21 atoms in block 73
Block first atom: 1105
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1126
Blocpdb> 22 atoms in block 75
Block first atom: 1142
Blocpdb> 15 atoms in block 76
Block first atom: 1164
Blocpdb> 18 atoms in block 77
Block first atom: 1179
Blocpdb> 12 atoms in block 78
Block first atom: 1197
Blocpdb> 18 atoms in block 79
Block first atom: 1209
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1227
Blocpdb> 14 atoms in block 81
Block first atom: 1243
Blocpdb> 15 atoms in block 82
Block first atom: 1257
Blocpdb> 20 atoms in block 83
Block first atom: 1272
Blocpdb> 16 atoms in block 84
Block first atom: 1292
Blocpdb> 13 atoms in block 85
Block first atom: 1308
Blocpdb> 18 atoms in block 86
Block first atom: 1321
Blocpdb> 15 atoms in block 87
Block first atom: 1339
Blocpdb> 15 atoms in block 88
Block first atom: 1354
Blocpdb> 18 atoms in block 89
Block first atom: 1369
Blocpdb> 18 atoms in block 90
Block first atom: 1387
Blocpdb> 17 atoms in block 91
Block first atom: 1405
Blocpdb> 13 atoms in block 92
Block first atom: 1422
Blocpdb> 11 atoms in block 93
Block first atom: 1435
Blocpdb> 17 atoms in block 94
Block first atom: 1446
Blocpdb> 15 atoms in block 95
Block first atom: 1463
Blocpdb> 20 atoms in block 96
Block first atom: 1478
Blocpdb> 17 atoms in block 97
Block first atom: 1498
Blocpdb> 13 atoms in block 98
Block first atom: 1515
Blocpdb> 19 atoms in block 99
Block first atom: 1528
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 1547
Blocpdb> 11 atoms in block 101
Block first atom: 1565
Blocpdb> 12 atoms in block 102
Block first atom: 1576
Blocpdb> 23 atoms in block 103
Block first atom: 1588
Blocpdb> 15 atoms in block 104
Block first atom: 1611
Blocpdb> 20 atoms in block 105
Block first atom: 1626
Blocpdb> 16 atoms in block 106
Block first atom: 1646
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 1662
Blocpdb> 13 atoms in block 108
Block first atom: 1679
Blocpdb> 18 atoms in block 109
Block first atom: 1692
Blocpdb> 16 atoms in block 110
Block first atom: 1710
Blocpdb> 19 atoms in block 111
Block first atom: 1726
Blocpdb> 18 atoms in block 112
Block first atom: 1745
Blocpdb> 15 atoms in block 113
Block first atom: 1763
Blocpdb> 16 atoms in block 114
Block first atom: 1778
Blocpdb> 24 atoms in block 115
Block first atom: 1794
Blocpdb> 21 atoms in block 116
Block first atom: 1818
Blocpdb> 15 atoms in block 117
Block first atom: 1839
Blocpdb> 16 atoms in block 118
Block first atom: 1854
Blocpdb> 12 atoms in block 119
Block first atom: 1870
Blocpdb> 17 atoms in block 120
Block first atom: 1882
Blocpdb> 18 atoms in block 121
Block first atom: 1899
Blocpdb> 14 atoms in block 122
Block first atom: 1917
Blocpdb> 11 atoms in block 123
Block first atom: 1931
Blocpdb> 16 atoms in block 124
Block first atom: 1942
Blocpdb> 14 atoms in block 125
Block first atom: 1958
Blocpdb> 18 atoms in block 126
Block first atom: 1972
Blocpdb> 17 atoms in block 127
Block first atom: 1990
Blocpdb> 16 atoms in block 128
Block first atom: 2007
Blocpdb> 17 atoms in block 129
Block first atom: 2023
Blocpdb> 19 atoms in block 130
Block first atom: 2040
Blocpdb> 9 atoms in block 131
Block first atom: 2059
Blocpdb> 10 atoms in block 132
Block first atom: 2068
Blocpdb> 16 atoms in block 133
Block first atom: 2078
Blocpdb> 14 atoms in block 134
Block first atom: 2094
Blocpdb> 15 atoms in block 135
Block first atom: 2108
Blocpdb> 14 atoms in block 136
Block first atom: 2123
Blocpdb> 18 atoms in block 137
Block first atom: 2137
Blocpdb> 14 atoms in block 138
Block first atom: 2155
Blocpdb> 14 atoms in block 139
Block first atom: 2169
Blocpdb> 15 atoms in block 140
Block first atom: 2183
Blocpdb> 14 atoms in block 141
Block first atom: 2198
Blocpdb> 13 atoms in block 142
Block first atom: 2212
Blocpdb> 13 atoms in block 143
Block first atom: 2225
Blocpdb> 15 atoms in block 144
Block first atom: 2238
Blocpdb> 14 atoms in block 145
Block first atom: 2253
Blocpdb> 18 atoms in block 146
Block first atom: 2267
Blocpdb> 17 atoms in block 147
Block first atom: 2285
Blocpdb> 18 atoms in block 148
Block first atom: 2302
Blocpdb> 15 atoms in block 149
Block first atom: 2320
Blocpdb> 15 atoms in block 150
Block first atom: 2335
Blocpdb> 13 atoms in block 151
Block first atom: 2350
Blocpdb> 13 atoms in block 152
Block first atom: 2363
Blocpdb> 21 atoms in block 153
Block first atom: 2376
Blocpdb> 16 atoms in block 154
Block first atom: 2397
Blocpdb> 13 atoms in block 155
Block first atom: 2413
Blocpdb> 17 atoms in block 156
Block first atom: 2426
Blocpdb> 19 atoms in block 157
Block first atom: 2443
Blocpdb> 12 atoms in block 158
Block first atom: 2462
Blocpdb> 12 atoms in block 159
Block first atom: 2474
Blocpdb> 19 atoms in block 160
Block first atom: 2486
Blocpdb> 15 atoms in block 161
Block first atom: 2505
Blocpdb> 6 atoms in block 162
Block first atom: 2519
Blocpdb> 162 blocks.
Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 911257 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 7575
Prepmat> Matrix trace = 1993600.0000
Prepmat> Last element read: 7575 7575 30.5064
Prepmat> 13204 lines saved.
Prepmat> 11577 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2525
RTB> Total mass = 2525.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2525
RTB> Number of blocks = 162
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 212910.8523
RTB> 56106 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 972
Diagstd> Nb of non-zero elements: 56106
Diagstd> Projected matrix trace = 212910.8523
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 972 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 212910.8523
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0661910 0.0966642 0.1807430 0.2792670
0.3446502 0.6882912 0.8838419 1.1885138 1.3631496
1.7647951 2.2358308 2.2949217 2.6202344 2.9029823
3.3420029 3.5657804 4.2508485 5.3736057 5.6821784
6.6864444 7.0898607 7.5406031 7.6904492 8.2218458
9.0772431 9.8103339 10.1941045 10.7966076 11.1175157
12.4362258 12.6552049 13.6873184 14.1153919 14.5431601
15.1585886 16.6416468 16.8591698 18.3292098 18.5702160
19.1214645 19.5979227 20.8574488 21.5471970 21.8141446
22.6233542 24.1917409 24.6393793 25.8626712 26.0588010
26.2608510 27.3896676 27.7635730 28.8642609 29.2542059
29.7237730 30.7088876 30.8887950 31.9069343 32.4838268
33.1200875 33.6738042 34.4128768 35.4003599 35.9327885
36.4826390 37.5617995 37.8243103 38.0573970 38.7020483
39.0059256 40.0886399 40.4376701 40.9754064 41.5164343
41.8272701 42.8565478 43.3539091 44.0571165 44.6929822
45.1887558 45.5445513 46.1298306 46.5273073 47.0444140
48.0061780 48.7616051 49.1584890 49.4662037 49.7700478
50.0704630 50.9372648 51.5153371 52.2552970 52.4778777
52.9064785 53.6144432 53.9291614 54.1627020 54.8747796
55.3374692
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034330 0.0034332 0.0034338 0.0034339
0.0034341 27.9379724 33.7620036 46.1664023 57.3858905
63.7506435 90.0909987 102.0898500 118.3851931 126.7847547
144.2588361 162.3733481 164.5050435 175.7783383 185.0194890
198.5174515 205.0560463 223.8891743 251.7260603 258.8527073
280.7972823 289.1439643 298.1936016 301.1418643 311.3722773
327.1690880 340.1239187 346.7127566 356.8115789 362.0755141
382.9478008 386.3045922 401.7486863 407.9827030 414.1185383
422.7899582 442.9894977 445.8752572 464.9081414 467.9546404
474.8493593 480.7289761 495.9362726 504.0697919 507.1826328
516.5041048 534.1077028 539.0265558 552.2452254 554.3352480
556.4801505 568.3144005 572.1803759 583.4121921 587.3398088
592.0348176 601.7655516 603.5256932 613.3915931 618.9119571
624.9438782 630.1462718 637.0239638 646.0990742 650.9396721
655.9011661 665.5312852 667.8528581 669.9074701 675.5574004
678.2043554 687.5526200 690.5392088 695.1154080 699.6894147
702.3038364 710.8924019 715.0055477 720.7809748 725.9637705
729.9791773 732.8473033 737.5410717 740.7117602 744.8165395
752.3914395 758.2881633 761.3678654 763.7470945 766.0891457
768.3977489 775.0203226 779.4056561 784.9833417 786.6533781
789.8592490 795.1264128 797.4567049 799.1815355 804.4178051
807.8020049
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2525
Rtb_to_modes> Number of blocs = 162
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9921E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9944E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9995E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.690
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.69
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.54
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.16
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.86
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.81
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.06
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.86
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.25
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.89
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.34
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 972 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99997 1.00002 1.00003
1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 1.00002
0.99996 0.99997 1.00004 0.99998 1.00000
1.00002 0.99997 0.99997 0.99997 1.00002
1.00000 0.99999 0.99999 0.99994 1.00003
1.00000 1.00002 0.99999 1.00002 1.00002
1.00003 0.99996 1.00000 1.00001 1.00001
1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00004
0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 0.99997
0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000
0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002
0.99995 0.99998 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 0.99997 0.99998
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
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1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 45450 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99997 1.00002 1.00003
1.00000 0.99998 1.00000 1.00003 1.00002
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1.00002 0.99997 0.99997 0.99997 1.00002
1.00000 0.99999 0.99999 0.99994 1.00003
1.00000 1.00002 0.99999 1.00002 1.00002
1.00003 0.99996 1.00000 1.00001 1.00001
1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00004
0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 0.99997
0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000
0.99998 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002
0.99995 0.99998 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 0.99997 0.99998
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
1.00003 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001
0.99997 0.99996 1.00001 0.99998 0.99999
1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220085807145176.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220085807145176.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220085807145176.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220085807145176.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 323
First residue number = 1
Last residue number = 323
Number of atoms found = 2525
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9921E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9944E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.6191E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.6664E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1807
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2793
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3447
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6883
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8838
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.189
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.363
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.765
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.236
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.295
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.620
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.903
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.342
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.566
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.251
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.541
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.690
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.222
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.077
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.810
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.19
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.34
Bfactors> 106 vectors, 7575 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.066191
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.622 for 323 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.284 +/- 1.14
Bfactors> = 91.118 +/- 11.63
Bfactors> Shiftng-fct= 90.834
Bfactors> Scaling-fct= 10.190
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220085807145176 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220085807145176.eigenfacs
240220085807145176.atom
240220085807145176.10.pdb
240220085807145176.11.pdb
240220085807145176.12.pdb
240220085807145176.13.pdb
240220085807145176.14.pdb
240220085807145176.15.pdb
240220085807145176.16.pdb
240220085807145176.7.pdb
240220085807145176.8.pdb
240220085807145176.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m14.692s
user 0m14.635s
sys 0m0.056s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220085807145176.Chkmod.res: No such file or directory
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