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***  EXP_1TME_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_2_seed_000  ***

LOGs for ID: 24021912501950589

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 24021912501950589.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 24021912501950589.atom to be opened. Openam> File opened: 24021912501950589.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 25 First residue number = 1 Last residue number = 25 Number of atoms found = 192 Mean number per residue = 7.7 Pdbmat> Coordinate statistics: = -3.111104 +/- 4.413502 From: -13.562000 To: 4.551000 = 6.521984 +/- 2.422981 From: -1.278000 To: 11.773000 = -3.215000 +/- 9.757867 From: -21.719000 To: 16.953000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 29.2244 % Filled. Pdbmat> 48564 non-zero elements. Pdbmat> 5273 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 54.93 +/- 14.91 Maximum number = 79 Minimum number = 20 Pdbmat> Matrix trace = 105460. Pdbmat> Larger element = 386.346 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 25 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 24021912501950589.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 24021912501950589.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 24021912501950589.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 192 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 25 residues. Blocpdb> 6 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 4 atoms in block 2 Block first atom: 7 Blocpdb> 8 atoms in block 3 Block first atom: 11 Blocpdb> 9 atoms in block 4 Block first atom: 19 Blocpdb> 4 atoms in block 5 Block first atom: 28 Blocpdb> 7 atoms in block 6 Block first atom: 32 Blocpdb> 8 atoms in block 7 Block first atom: 39 Blocpdb> 8 atoms in block 8 Block first atom: 47 Blocpdb> 8 atoms in block 9 Block first atom: 55 Blocpdb> 8 atoms in block 10 Block first atom: 63 Blocpdb> 11 atoms in block 11 Block first atom: 71 Blocpdb> 12 atoms in block 12 Block first atom: 82 Blocpdb> 6 atoms in block 13 Block first atom: 94 Blocpdb> 8 atoms in block 14 Block first atom: 100 Blocpdb> 9 atoms in block 15 Block first atom: 108 Blocpdb> 12 atoms in block 16 Block first atom: 117 Blocpdb> 9 atoms in block 17 Block first atom: 129 Blocpdb> 8 atoms in block 18 Block first atom: 138 Blocpdb> 6 atoms in block 19 Block first atom: 146 Blocpdb> 8 atoms in block 20 Block first atom: 152 Blocpdb> 8 atoms in block 21 Block first atom: 160 Blocpdb> 8 atoms in block 22 Block first atom: 168 Blocpdb> 6 atoms in block 23 Block first atom: 176 Blocpdb> 5 atoms in block 24 Block first atom: 182 Blocpdb> 6 atoms in block 25 Block first atom: 186 Blocpdb> 25 blocks. Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 48589 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 576 Prepmat> Matrix trace = 105460.0000 Prepmat> Last element read: 576 576 165.6428 Prepmat> 326 lines saved. Prepmat> 158 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 192 RTB> Total mass = 192.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 192 RTB> Number of blocks = 25 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 22663.4621 RTB> 5637 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 150 Diagstd> Nb of non-zero elements: 5637 Diagstd> Projected matrix trace = 22663.4621 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 150 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 22663.4621 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 1.6449072 2.3672174 4.0970363 6.1436326 7.6631069 11.7583720 12.2391626 17.8745159 20.3754163 22.3299003 24.2503818 28.4719946 35.2963867 36.3277431 38.4404461 40.4232082 42.8526053 49.5430310 52.4103632 54.1535836 57.2938165 59.2908889 60.5555907 63.3777081 64.3086202 67.3791565 71.1891627 74.0243112 79.5892508 82.0863542 82.5393054 83.8252457 86.6748192 87.6846939 88.8972479 90.7773462 92.5934181 94.3686367 96.6170395 97.0841141 98.7274109 100.7200466 103.6502763 104.4778818 105.0708933 108.4945752 108.7254105 109.4330439 112.4234790 113.7662289 114.9036183 119.2699610 120.9674854 122.3273135 124.7565716 126.9524008 127.9447596 130.3846306 133.4928891 134.4955866 138.1490411 138.7213002 140.1341428 141.2859174 144.1809860 145.8500139 146.9742788 147.7855513 149.4187329 150.6573180 152.5083706 153.1144013 155.4118951 157.2471586 157.7885378 158.3867433 160.1497170 161.4893253 162.8508203 163.6550501 164.9715010 167.8477479 168.5130048 169.0027521 169.8758696 171.0869372 172.2323886 173.4859054 175.4711957 175.7933225 177.4578004 178.8148932 179.5822821 181.5497114 182.4082096 184.4246440 185.2748383 186.4850205 188.2962691 190.0115081 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034326 0.0034336 0.0034337 0.0034337 0.0034338 0.0034340 139.2726972 167.0761093 219.8012634 269.1583755 300.6060534 372.3650208 379.9016092 459.1054253 490.1720301 513.1433117 534.7546508 579.4343356 645.1495587 654.5072910 673.2703509 690.4157175 710.8597026 764.3399624 786.1471877 799.1142608 821.9571105 836.1597556 845.0305357 864.4971086 870.8229700 891.3701061 916.2251794 934.2916504 968.7740311 983.8542451 986.5649570 994.2204635 1010.9781108 1016.8506610 1023.8573169 1034.6275093 1044.9255262 1054.8947252 1067.3875755 1069.9644941 1078.9818870 1089.8161496 1105.5554053 1109.9603363 1113.1059203 1131.0955457 1132.2981776 1135.9769517 1151.3935458 1158.2490737 1164.0245304 1185.9348157 1194.3444800 1201.0386941 1212.9055856 1223.5331469 1228.3058823 1239.9622992 1254.6550717 1259.3582659 1276.3483392 1278.9891363 1285.4857327 1290.7576813 1303.9149832 1311.4402772 1316.4851033 1320.1134877 1327.3877485 1332.8779893 1341.0412004 1343.7030427 1353.7466922 1361.7164489 1364.0585311 1366.6417841 1374.2266552 1379.9621998 1385.7671292 1389.1846825 1394.7608330 1406.8669894 1409.6522589 1411.6992005 1415.3411274 1420.3772448 1425.1241267 1430.3007907 1438.4613522 1439.7810973 1446.5812355 1452.1020018 1455.2145333 1463.1641837 1466.6195527 1474.7036568 1478.0989270 1482.9184092 1490.1024810 1496.8739580 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 192 Rtb_to_modes> Number of blocs = 25 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9922E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9986E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9987E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.645 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.367 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.097 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.144 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.663 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 145.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 155.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 161.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 165.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 167.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 168.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 172.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 177.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 179.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 181.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 182.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 184.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 185.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 188.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 190.0 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 150 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00004 0.99991 1.00002 0.99998 1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00003 0.99998 0.99997 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003 0.99998 1.00003 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001 1.00002 1.00007 1.00004 1.00002 1.00001 1.00003 1.00002 0.99998 1.00006 0.99998 0.99998 0.99997 1.00001 0.99996 1.00001 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 1.00004 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 0.99998 0.99996 1.00003 0.99997 1.00000 1.00000 0.99996 1.00002 1.00003 0.99999 1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 0.99997 0.99995 0.99998 1.00003 1.00004 0.99998 0.99997 1.00000 1.00003 0.99996 0.99999 1.00007 1.00002 0.99992 1.00003 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 0.99997 1.00003 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002 1.00005 1.00001 1.00002 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 3456 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00004 0.99991 1.00002 0.99998 1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00003 0.99998 0.99997 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003 0.99998 1.00003 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001 1.00002 1.00007 1.00004 1.00002 1.00001 1.00003 1.00002 0.99998 1.00006 0.99998 0.99998 0.99997 1.00001 0.99996 1.00001 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 1.00004 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 0.99998 0.99996 1.00003 0.99997 1.00000 1.00000 0.99996 1.00002 1.00003 0.99999 1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 0.99997 0.99995 0.99998 1.00003 1.00004 0.99998 0.99997 1.00000 1.00003 0.99996 0.99999 1.00007 1.00002 0.99992 1.00003 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 0.99997 1.00003 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002 1.00005 1.00001 1.00002 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000 0.000 Vector 4:-0.000-0.000-0.000 Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 24021912501950589.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 24021912501950589.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 24021912501950589.atom Openam> file on opening on unit 11: 24021912501950589.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 25 First residue number = 1 Last residue number = 25 Number of atoms found = 192 Mean number per residue = 7.7 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9922E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9987E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.645 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.367 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.097 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.144 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.663 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 161.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 172.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 181.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 184.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 188.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.0 Bfactors> 106 vectors, 576 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.645000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.955 for 25 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.188 +/- 0.21 Bfactors> = 89.951 +/- 8.28 Bfactors> Shiftng-fct= 89.763 Bfactors> Scaling-fct= 39.466 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 7 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=0 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 8 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=0 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 12 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 12 calculating perturbed structure for DQ=-100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=0 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom getting mode 13 running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 13 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 13 calculating perturbed structure for DQ=-100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=0 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom getting mode 14 running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 14 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 14 calculating perturbed structure for DQ=-100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=0 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=20 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=40 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom getting mode 15 running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 15 -100 100 20 0 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 15 calculating perturbed structure for DQ=-100 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 24021912501950589.eigenfacs 24021912501950589.atom calculating 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