*** EXP_3CYE_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24021912342430053.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24021912342430053.atom to be opened.
Openam> File opened: 24021912342430053.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 385
First residue number = 1
Last residue number = 385
Number of atoms found = 2963
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.633374 +/- 10.878227 From: -27.172000 To: 30.016000
= -1.703448 +/- 11.846852 From: -34.875000 To: 23.984000
= -1.919206 +/- 10.643932 From: -27.734000 To: 24.703000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.0088 % Filled.
Pdbmat> 1188809 non-zero elements.
Pdbmat> 130244 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 87.91 +/- 23.64
Maximum number = 133
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 2.604880E+06
Pdbmat> Larger element = 538.678
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
385 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24021912342430053.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24021912342430053.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24021912342430053.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2963 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 385 residues.
Blocpdb> 15 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 15 atoms in block 2
Block first atom: 16
Blocpdb> 12 atoms in block 3
Block first atom: 31
Blocpdb> 12 atoms in block 4
Block first atom: 43
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 55
Blocpdb> 15 atoms in block 6
Block first atom: 69
Blocpdb> 10 atoms in block 7
Block first atom: 84
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 94
Blocpdb> 20 atoms in block 9
Block first atom: 113
Blocpdb> 15 atoms in block 10
Block first atom: 133
Blocpdb> 16 atoms in block 11
Block first atom: 148
Blocpdb> 12 atoms in block 12
Block first atom: 164
Blocpdb> 19 atoms in block 13
Block first atom: 176
Blocpdb> 10 atoms in block 14
Block first atom: 195
Blocpdb> 13 atoms in block 15
Block first atom: 205
Blocpdb> 15 atoms in block 16
Block first atom: 218
Blocpdb> 18 atoms in block 17
Block first atom: 233
Blocpdb> 19 atoms in block 18
Block first atom: 251
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 270
Blocpdb> 19 atoms in block 20
Block first atom: 286
Blocpdb> 12 atoms in block 21
Block first atom: 305
Blocpdb> 16 atoms in block 22
Block first atom: 317
Blocpdb> 17 atoms in block 23
Block first atom: 333
Blocpdb> 17 atoms in block 24
Block first atom: 350
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 367
Blocpdb> 19 atoms in block 26
Block first atom: 385
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 404
Blocpdb> 9 atoms in block 28
Block first atom: 420
Blocpdb> 16 atoms in block 29
Block first atom: 429
Blocpdb> 16 atoms in block 30
Block first atom: 445
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 461
Blocpdb> 14 atoms in block 32
Block first atom: 480
Blocpdb> 11 atoms in block 33
Block first atom: 494
Blocpdb> 16 atoms in block 34
Block first atom: 505
Blocpdb> 19 atoms in block 35
Block first atom: 521
Blocpdb> 13 atoms in block 36
Block first atom: 540
Blocpdb> 23 atoms in block 37
Block first atom: 553
Blocpdb> 15 atoms in block 38
Block first atom: 576
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 591
Blocpdb> 13 atoms in block 40
Block first atom: 605
Blocpdb> 11 atoms in block 41
Block first atom: 618
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 629
Blocpdb> 13 atoms in block 43
Block first atom: 643
Blocpdb> 19 atoms in block 44
Block first atom: 656
Blocpdb> 14 atoms in block 45
Block first atom: 675
Blocpdb> 22 atoms in block 46
Block first atom: 689
Blocpdb> 15 atoms in block 47
Block first atom: 711
Blocpdb> 12 atoms in block 48
Block first atom: 726
Blocpdb> 20 atoms in block 49
Block first atom: 738
Blocpdb> 11 atoms in block 50
Block first atom: 758
Blocpdb> 11 atoms in block 51
Block first atom: 769
Blocpdb> 18 atoms in block 52
Block first atom: 780
Blocpdb> 12 atoms in block 53
Block first atom: 798
Blocpdb> 18 atoms in block 54
Block first atom: 810
Blocpdb> 15 atoms in block 55
Block first atom: 828
Blocpdb> 12 atoms in block 56
Block first atom: 843
Blocpdb> 14 atoms in block 57
Block first atom: 855
Blocpdb> 11 atoms in block 58
Block first atom: 869
Blocpdb> 16 atoms in block 59
Block first atom: 880
Blocpdb> 9 atoms in block 60
Block first atom: 896
Blocpdb> 12 atoms in block 61
Block first atom: 905
Blocpdb> 15 atoms in block 62
Block first atom: 917
Blocpdb> 21 atoms in block 63
Block first atom: 932
Blocpdb> 12 atoms in block 64
Block first atom: 953
Blocpdb> 16 atoms in block 65
Block first atom: 965
Blocpdb> 15 atoms in block 66
Block first atom: 981
Blocpdb> 15 atoms in block 67
Block first atom: 996
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1011
Blocpdb> 25 atoms in block 69
Block first atom: 1026
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1051
Blocpdb> 16 atoms in block 71
Block first atom: 1067
Blocpdb> 18 atoms in block 72
Block first atom: 1083
Blocpdb> 18 atoms in block 73
Block first atom: 1101
Blocpdb> 15 atoms in block 74
Block first atom: 1119
Blocpdb> 11 atoms in block 75
Block first atom: 1134
Blocpdb> 13 atoms in block 76
Block first atom: 1145
Blocpdb> 12 atoms in block 77
Block first atom: 1158
Blocpdb> 12 atoms in block 78
Block first atom: 1170
Blocpdb> 18 atoms in block 79
Block first atom: 1182
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1200
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1216
Blocpdb> 11 atoms in block 82
Block first atom: 1231
Blocpdb> 14 atoms in block 83
Block first atom: 1242
Blocpdb> 13 atoms in block 84
Block first atom: 1256
Blocpdb> 11 atoms in block 85
Block first atom: 1269
Blocpdb> 21 atoms in block 86
Block first atom: 1280
Blocpdb> 16 atoms in block 87
Block first atom: 1301
Blocpdb> 17 atoms in block 88
Block first atom: 1317
Blocpdb> 18 atoms in block 89
Block first atom: 1334
Blocpdb> 13 atoms in block 90
Block first atom: 1352
Blocpdb> 14 atoms in block 91
Block first atom: 1365
Blocpdb> 15 atoms in block 92
Block first atom: 1379
Blocpdb> 17 atoms in block 93
Block first atom: 1394
Blocpdb> 16 atoms in block 94
Block first atom: 1411
Blocpdb> 12 atoms in block 95
Block first atom: 1427
Blocpdb> 20 atoms in block 96
Block first atom: 1439
Blocpdb> 22 atoms in block 97
Block first atom: 1459
Blocpdb> 18 atoms in block 98
Block first atom: 1481
Blocpdb> 12 atoms in block 99
Block first atom: 1499
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 1511
Blocpdb> 15 atoms in block 101
Block first atom: 1529
Blocpdb> 11 atoms in block 102
Block first atom: 1544
Blocpdb> 16 atoms in block 103
Block first atom: 1555
Blocpdb> 14 atoms in block 104
Block first atom: 1571
Blocpdb> 13 atoms in block 105
Block first atom: 1585
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 1598
Blocpdb> 22 atoms in block 107
Block first atom: 1617
Blocpdb> 14 atoms in block 108
Block first atom: 1639
Blocpdb> 14 atoms in block 109
Block first atom: 1653
Blocpdb> 18 atoms in block 110
Block first atom: 1667
Blocpdb> 21 atoms in block 111
Block first atom: 1685
Blocpdb> 17 atoms in block 112
Block first atom: 1706
Blocpdb> 17 atoms in block 113
Block first atom: 1723
Blocpdb> 16 atoms in block 114
Block first atom: 1740
Blocpdb> 20 atoms in block 115
Block first atom: 1756
Blocpdb> 17 atoms in block 116
Block first atom: 1776
Blocpdb> 16 atoms in block 117
Block first atom: 1793
Blocpdb> 14 atoms in block 118
Block first atom: 1809
Blocpdb> 10 atoms in block 119
Block first atom: 1823
Blocpdb> 18 atoms in block 120
Block first atom: 1833
Blocpdb> 12 atoms in block 121
Block first atom: 1851
Blocpdb> 15 atoms in block 122
Block first atom: 1863
Blocpdb> 18 atoms in block 123
Block first atom: 1878
Blocpdb> 16 atoms in block 124
Block first atom: 1896
Blocpdb> 11 atoms in block 125
Block first atom: 1912
Blocpdb> 10 atoms in block 126
Block first atom: 1923
Blocpdb> 10 atoms in block 127
Block first atom: 1933
Blocpdb> 14 atoms in block 128
Block first atom: 1943
Blocpdb> 12 atoms in block 129
Block first atom: 1957
Blocpdb> 12 atoms in block 130
Block first atom: 1969
Blocpdb> 13 atoms in block 131
Block first atom: 1981
Blocpdb> 12 atoms in block 132
Block first atom: 1994
Blocpdb> 13 atoms in block 133
Block first atom: 2006
Blocpdb> 17 atoms in block 134
Block first atom: 2019
Blocpdb> 22 atoms in block 135
Block first atom: 2036
Blocpdb> 20 atoms in block 136
Block first atom: 2058
Blocpdb> 12 atoms in block 137
Block first atom: 2078
Blocpdb> 21 atoms in block 138
Block first atom: 2090
Blocpdb> 12 atoms in block 139
Block first atom: 2111
Blocpdb> 18 atoms in block 140
Block first atom: 2123
Blocpdb> 15 atoms in block 141
Block first atom: 2141
Blocpdb> 13 atoms in block 142
Block first atom: 2156
Blocpdb> 17 atoms in block 143
Block first atom: 2169
Blocpdb> 10 atoms in block 144
Block first atom: 2186
Blocpdb> 20 atoms in block 145
Block first atom: 2196
Blocpdb> 16 atoms in block 146
Block first atom: 2216
Blocpdb> 22 atoms in block 147
Block first atom: 2232
Blocpdb> 15 atoms in block 148
Block first atom: 2254
Blocpdb> 18 atoms in block 149
Block first atom: 2269
Blocpdb> 16 atoms in block 150
Block first atom: 2287
Blocpdb> 15 atoms in block 151
Block first atom: 2303
Blocpdb> 12 atoms in block 152
Block first atom: 2318
Blocpdb> 17 atoms in block 153
Block first atom: 2330
Blocpdb> 18 atoms in block 154
Block first atom: 2347
Blocpdb> 17 atoms in block 155
Block first atom: 2365
Blocpdb> 15 atoms in block 156
Block first atom: 2382
Blocpdb> 13 atoms in block 157
Block first atom: 2397
Blocpdb> 15 atoms in block 158
Block first atom: 2410
Blocpdb> 20 atoms in block 159
Block first atom: 2425
Blocpdb> 16 atoms in block 160
Block first atom: 2445
Blocpdb> 10 atoms in block 161
Block first atom: 2461
Blocpdb> 17 atoms in block 162
Block first atom: 2471
Blocpdb> 16 atoms in block 163
Block first atom: 2488
Blocpdb> 17 atoms in block 164
Block first atom: 2504
Blocpdb> 17 atoms in block 165
Block first atom: 2521
Blocpdb> 11 atoms in block 166
Block first atom: 2538
Blocpdb> 16 atoms in block 167
Block first atom: 2549
Blocpdb> 14 atoms in block 168
Block first atom: 2565
Blocpdb> 18 atoms in block 169
Block first atom: 2579
Blocpdb> 17 atoms in block 170
Block first atom: 2597
Blocpdb> 21 atoms in block 171
Block first atom: 2614
Blocpdb> 17 atoms in block 172
Block first atom: 2635
Blocpdb> 19 atoms in block 173
Block first atom: 2652
Blocpdb> 13 atoms in block 174
Block first atom: 2671
Blocpdb> 16 atoms in block 175
Block first atom: 2684
Blocpdb> 17 atoms in block 176
Block first atom: 2700
Blocpdb> 15 atoms in block 177
Block first atom: 2717
Blocpdb> 21 atoms in block 178
Block first atom: 2732
Blocpdb> 10 atoms in block 179
Block first atom: 2753
Blocpdb> 12 atoms in block 180
Block first atom: 2763
Blocpdb> 14 atoms in block 181
Block first atom: 2775
Blocpdb> 17 atoms in block 182
Block first atom: 2789
Blocpdb> 11 atoms in block 183
Block first atom: 2806
Blocpdb> 14 atoms in block 184
Block first atom: 2817
Blocpdb> 15 atoms in block 185
Block first atom: 2831
Blocpdb> 11 atoms in block 186
Block first atom: 2846
Blocpdb> 20 atoms in block 187
Block first atom: 2857
Blocpdb> 21 atoms in block 188
Block first atom: 2877
Blocpdb> 12 atoms in block 189
Block first atom: 2898
Blocpdb> 14 atoms in block 190
Block first atom: 2910
Blocpdb> 15 atoms in block 191
Block first atom: 2924
Blocpdb> 17 atoms in block 192
Block first atom: 2939
Blocpdb> 8 atoms in block 193
Block first atom: 2955
Blocpdb> 193 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1189002 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8889
Prepmat> Matrix trace = 2604880.0000
Prepmat> Last element read: 8889 8889 307.9185
Prepmat> 18722 lines saved.
Prepmat> 16402 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2963
RTB> Total mass = 2963.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2963
RTB> Number of blocks = 193
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 292096.3983
RTB> 80589 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1158
Diagstd> Nb of non-zero elements: 80589
Diagstd> Projected matrix trace = 292096.3983
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1158 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 292096.3983
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 4.5485559 5.6121962 7.4971624 7.7219231
10.4068831 10.4488761 12.0200009 12.5186959 13.7826542
14.2537190 15.8056568 17.1581532 17.4218150 18.3955795
18.8701616 19.4483973 21.0001892 21.3160383 21.7571929
22.8343942 23.4648651 24.7357503 25.6538207 27.2437151
27.6267154 27.8461156 28.6111421 29.2926645 29.9171069
30.6235120 31.4712265 32.1634017 32.9380720 33.6355173
34.9165246 35.1292034 35.7607964 36.6305854 36.8919913
37.2936417 37.5715641 38.1167498 39.1231276 39.9754769
40.5642035 41.0669655 41.7068007 42.5365098 43.1158131
44.0089692 44.5751784 45.5245307 46.6516867 47.5875367
48.2756199 48.8798492 49.9054908 50.4053751 50.9211923
51.4045697 52.2969575 53.1858974 54.4965846 54.6068116
56.0381060 56.3515791 56.7897711 57.5969098 58.5590962
59.1102850 59.7433070 60.2461493 60.5186858 61.4144427
62.1220871 63.1719822 64.3568282 64.9030581 65.2084261
65.6772840 66.1125103 66.4939406 67.1026898 68.1308771
69.4403980 69.9166822 70.3298528 70.7188733 71.0593042
71.6210678 72.5233320 72.6297508 73.4377126 74.0366461
74.3978970 75.0785917 75.7076815 76.3797561 76.6498898
77.4353122
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034341 0.0034341 0.0034345 0.0034348
0.0034354 231.5965315 257.2537433 297.3334283 301.7574611
350.3124871 351.0185509 376.4848719 384.2154501 403.1454017
409.9768899 431.7193891 449.8114958 453.2543487 465.7490925
471.7186966 478.8915666 497.6303782 501.3586666 506.5201325
518.9075947 526.0224876 540.0796638 550.0109148 566.7981781
570.7683816 573.0303059 580.8485071 587.7257504 593.9570980
600.9284673 609.1890866 615.8518742 623.2242844 629.7879340
641.6685964 643.6198524 649.3799439 657.2297438 659.5706606
663.1513796 665.6177857 670.4296473 679.2224987 686.5815158
691.6187471 695.8915887 701.2917317 708.2330780 713.0394698
720.3870191 725.0063749 732.6862119 741.7011554 749.1036142
754.4999407 759.2070096 767.1308462 770.9633015 774.8980397
778.5672732 785.2961932 791.9422737 801.6410029 802.4513093
812.8997773 815.1702575 818.3335175 824.1283838 830.9836193
834.8852859 839.3438441 842.8687007 844.7729995 851.0019163
855.8906842 863.0928770 871.1493084 874.8384462 876.8940825
880.0409328 882.9520193 885.4954133 889.5395149 896.3286337
904.9016521 907.9996602 910.6786067 913.1937842 915.3891397
919.0003487 924.7708988 925.4491421 930.5824350 934.3694896
936.6462742 940.9213847 944.8551909 949.0397737 950.7165360
955.5750615
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2963
Rtb_to_modes> Number of blocs = 193
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.61
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.44
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1158 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00003
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1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000
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0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
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1.00000 1.00002 0.99999 0.99997 1.00004
1.00003 1.00000 1.00003 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 1.00002 0.99999 1.00002 0.99999
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 53334 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00004
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1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00003
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1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000
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0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
1.00003 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999
1.00000 0.99996 1.00000 0.99998 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 1.00002 1.00000 1.00002 0.99997
1.00000 1.00002 0.99999 0.99997 1.00004
1.00003 1.00000 1.00003 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00002 1.00002 0.99999 1.00002 0.99999
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24021912342430053.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24021912342430053.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24021912342430053.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24021912342430053.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 385
First residue number = 1
Last residue number = 385
Number of atoms found = 2963
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.612
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.722
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.45
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.02
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.42
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.44
Bfactors> 106 vectors, 8889 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.549000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.511 for 385 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.015 +/- 0.01
Bfactors> = 92.305 +/- 8.44
Bfactors> Shiftng-fct= 92.290
Bfactors> Scaling-fct= 577.565
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912342430053 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
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getting mode 16
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912342430053.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912342430053.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912342430053.eigenfacs
24021912342430053.atom
24021912342430053.10.pdb
24021912342430053.11.pdb
24021912342430053.12.pdb
24021912342430053.13.pdb
24021912342430053.14.pdb
24021912342430053.15.pdb
24021912342430053.16.pdb
24021912342430053.7.pdb
24021912342430053.8.pdb
24021912342430053.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m23.635s
user 0m23.587s
sys 0m0.048s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912342430053.Chkmod.res: No such file or directory
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