CNRS Nantes University UFIP UFIP
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.


***  3pf9_Mono_no_lig  ***

LOGs for ID: 21071519051674083

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 21071519051674083.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 21071519051674083.atom to be opened. Openam> File opened: 21071519051674083.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 251 First residue number = -5 Last residue number = 245 Number of atoms found = 1988 Mean number per residue = 7.9 Pdbmat> Coordinate statistics: = -24.508860 +/- 9.394370 From: -44.726000 To: -2.065000 = -13.326241 +/- 12.127133 From: -38.112000 To: 18.193000 = -9.122710 +/- 8.658404 From: -30.039000 To: 10.417000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 4.3460 % Filled. Pdbmat> 773042 non-zero elements. Pdbmat> 84576 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 85.09 +/- 23.32 Maximum number = 129 Minimum number = 12 Pdbmat> Matrix trace = 1.691520E+06 Pdbmat> Larger element = 513.209 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 251 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 21071519051674083.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 21071519051674083.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 21071519051674083.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1988 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 251 residues. Blocpdb> 16 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 23 atoms in block 2 Block first atom: 17 Blocpdb> 13 atoms in block 3 Block first atom: 40 Blocpdb> 13 atoms in block 4 Block first atom: 53 Blocpdb> 15 atoms in block 5 Block first atom: 66 Blocpdb> 15 atoms in block 6 Block first atom: 81 Blocpdb> 20 atoms in block 7 Block first atom: 96 Blocpdb> 12 atoms in block 8 Block first atom: 116 Blocpdb> 17 atoms in block 9 Block first atom: 128 Blocpdb> 15 atoms in block 10 Block first atom: 145 Blocpdb> 11 atoms in block 11 Block first atom: 160 Blocpdb> 20 atoms in block 12 Block first atom: 171 Blocpdb> 16 atoms in block 13 Block first atom: 191 Blocpdb> 15 atoms in block 14 Block first atom: 207 Blocpdb> 22 atoms in block 15 Block first atom: 222 Blocpdb> 20 atoms in block 16 Block first atom: 244 Blocpdb> 13 atoms in block 17 Block first atom: 264 Blocpdb> 16 atoms in block 18 Block first atom: 277 Blocpdb> 21 atoms in block 19 Block first atom: 293 Blocpdb> 15 atoms in block 20 Block first atom: 314 Blocpdb> 12 atoms in block 21 Block first atom: 329 Blocpdb> 19 atoms in block 22 Block first atom: 341 Blocpdb> 15 atoms in block 23 Block first atom: 360 Blocpdb> 14 atoms in block 24 Block first atom: 375 Blocpdb> 19 atoms in block 25 Block first atom: 389 Blocpdb> 17 atoms in block 26 Block first atom: 408 Blocpdb> 13 atoms in block 27 Block first atom: 425 Blocpdb> 14 atoms in block 28 Block first atom: 438 Blocpdb> 19 atoms in block 29 Block first atom: 452 Blocpdb> 17 atoms in block 30 Block first atom: 471 Blocpdb> 13 atoms in block 31 Block first atom: 488 Blocpdb> 17 atoms in block 32 Block first atom: 501 Blocpdb> 22 atoms in block 33 Block first atom: 518 Blocpdb> 19 atoms in block 34 Block first atom: 540 Blocpdb> 12 atoms in block 35 Block first atom: 559 Blocpdb> 14 atoms in block 36 Block first atom: 571 Blocpdb> 14 atoms in block 37 Block first atom: 585 Blocpdb> 12 atoms in block 38 Block first atom: 599 Blocpdb> 20 atoms in block 39 Block first atom: 611 Blocpdb> 17 atoms in block 40 Block first atom: 631 Blocpdb> 15 atoms in block 41 Block first atom: 648 Blocpdb> 15 atoms in block 42 Block first atom: 663 Blocpdb> 17 atoms in block 43 Block first atom: 678 Blocpdb> 17 atoms in block 44 Block first atom: 695 Blocpdb> 13 atoms in block 45 Block first atom: 712 Blocpdb> 13 atoms in block 46 Block first atom: 725 Blocpdb> 16 atoms in block 47 Block first atom: 738 Blocpdb> 20 atoms in block 48 Block first atom: 754 Blocpdb> 16 atoms in block 49 Block first atom: 774 Blocpdb> 15 atoms in block 50 Block first atom: 790 Blocpdb> 17 atoms in block 51 Block first atom: 805 Blocpdb> 18 atoms in block 52 Block first atom: 822 Blocpdb> 16 atoms in block 53 Block first atom: 840 Blocpdb> 20 atoms in block 54 Block first atom: 856 Blocpdb> 11 atoms in block 55 Block first atom: 876 Blocpdb> 15 atoms in block 56 Block first atom: 887 Blocpdb> 13 atoms in block 57 Block first atom: 902 Blocpdb> 11 atoms in block 58 Block first atom: 915 Blocpdb> 12 atoms in block 59 Block first atom: 926 Blocpdb> 14 atoms in block 60 Block first atom: 938 Blocpdb> 13 atoms in block 61 Block first atom: 952 Blocpdb> 12 atoms in block 62 Block first atom: 965 Blocpdb> 19 atoms in block 63 Block first atom: 977 Blocpdb> 16 atoms in block 64 Block first atom: 996 Blocpdb> 17 atoms in block 65 Block first atom: 1012 Blocpdb> 16 atoms in block 66 Block first atom: 1029 Blocpdb> 15 atoms in block 67 Block first atom: 1045 Blocpdb> 13 atoms in block 68 Block first atom: 1060 Blocpdb> 12 atoms in block 69 Block first atom: 1073 Blocpdb> 12 atoms in block 70 Block first atom: 1085 Blocpdb> 17 atoms in block 71 Block first atom: 1097 Blocpdb> 12 atoms in block 72 Block first atom: 1114 Blocpdb> 13 atoms in block 73 Block first atom: 1126 Blocpdb> 19 atoms in block 74 Block first atom: 1139 Blocpdb> 15 atoms in block 75 Block first atom: 1158 Blocpdb> 13 atoms in block 76 Block first atom: 1173 Blocpdb> 14 atoms in block 77 Block first atom: 1186 Blocpdb> 20 atoms in block 78 Block first atom: 1200 Blocpdb> 15 atoms in block 79 Block first atom: 1220 Blocpdb> 18 atoms in block 80 Block first atom: 1235 Blocpdb> 15 atoms in block 81 Block first atom: 1253 Blocpdb> 19 atoms in block 82 Block first atom: 1268 Blocpdb> 18 atoms in block 83 Block first atom: 1287 Blocpdb> 17 atoms in block 84 Block first atom: 1305 Blocpdb> 15 atoms in block 85 Block first atom: 1322 Blocpdb> 12 atoms in block 86 Block first atom: 1337 Blocpdb> 15 atoms in block 87 Block first atom: 1349 Blocpdb> 20 atoms in block 88 Block first atom: 1364 Blocpdb> 24 atoms in block 89 Block first atom: 1384 Blocpdb> 14 atoms in block 90 Block first atom: 1408 Blocpdb> 17 atoms in block 91 Block first atom: 1422 Blocpdb> 15 atoms in block 92 Block first atom: 1439 Blocpdb> 21 atoms in block 93 Block first atom: 1454 Blocpdb> 13 atoms in block 94 Block first atom: 1475 Blocpdb> 14 atoms in block 95 Block first atom: 1488 Blocpdb> 18 atoms in block 96 Block first atom: 1502 Blocpdb> 16 atoms in block 97 Block first atom: 1520 Blocpdb> 13 atoms in block 98 Block first atom: 1536 Blocpdb> 16 atoms in block 99 Block first atom: 1549 Blocpdb> 14 atoms in block 100 Block first atom: 1565 Blocpdb> 15 atoms in block 101 Block first atom: 1579 Blocpdb> 15 atoms in block 102 Block first atom: 1594 Blocpdb> 14 atoms in block 103 Block first atom: 1609 Blocpdb> 13 atoms in block 104 Block first atom: 1623 Blocpdb> 13 atoms in block 105 Block first atom: 1636 Blocpdb> 15 atoms in block 106 Block first atom: 1649 Blocpdb> 21 atoms in block 107 Block first atom: 1664 Blocpdb> 23 atoms in block 108 Block first atom: 1685 Blocpdb> 20 atoms in block 109 Block first atom: 1708 Blocpdb> 17 atoms in block 110 Block first atom: 1728 Blocpdb> 13 atoms in block 111 Block first atom: 1745 Blocpdb> 18 atoms in block 112 Block first atom: 1758 Blocpdb> 16 atoms in block 113 Block first atom: 1776 Blocpdb> 13 atoms in block 114 Block first atom: 1792 Blocpdb> 13 atoms in block 115 Block first atom: 1805 Blocpdb> 16 atoms in block 116 Block first atom: 1818 Blocpdb> 17 atoms in block 117 Block first atom: 1834 Blocpdb> 14 atoms in block 118 Block first atom: 1851 Blocpdb> 21 atoms in block 119 Block first atom: 1865 Blocpdb> 17 atoms in block 120 Block first atom: 1886 Blocpdb> 12 atoms in block 121 Block first atom: 1903 Blocpdb> 16 atoms in block 122 Block first atom: 1915 Blocpdb> 14 atoms in block 123 Block first atom: 1931 Blocpdb> 19 atoms in block 124 Block first atom: 1945 Blocpdb> 17 atoms in block 125 Block first atom: 1964 Blocpdb> 8 atoms in block 126 Block first atom: 1980 Blocpdb> 126 blocks. Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 773168 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 5964 Prepmat> Matrix trace = 1691520.0000 Prepmat> Last element read: 5964 5964 127.4758 Prepmat> 8002 lines saved. Prepmat> 6549 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1988 RTB> Total mass = 1988.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1988 RTB> Number of blocks = 126 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 183825.9311 RTB> 50382 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 756 Diagstd> Nb of non-zero elements: 50382 Diagstd> Projected matrix trace = 183825.9311 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 756 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 183825.9311 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 3.9589129 5.0904480 6.0359845 8.6431022 9.6905476 11.5956794 13.9797917 15.4683818 16.0496306 17.0164582 17.4487453 20.7168036 21.7935084 22.4799241 23.9878999 25.0522652 25.4802177 25.7373144 27.8169288 28.9837641 29.9393180 31.1474180 32.9517589 34.8618919 36.1528717 36.9745654 37.2720859 39.1292242 39.7756413 41.4412383 41.9808066 42.7314070 44.1249954 44.5348058 45.5481355 46.7175458 47.4746115 48.0093265 48.7365779 49.2885535 51.5846057 52.6045139 52.8798916 53.8215937 53.9688071 54.6333953 56.3846061 57.3544096 58.8064349 59.3285747 60.0512679 60.3924661 61.6042934 63.3374669 63.6823588 64.3411506 64.4778829 67.0827944 68.2129509 68.5042352 68.9364769 70.0237302 70.7231644 71.4234184 72.8968394 73.1639006 75.3608146 75.8212053 76.0926093 76.3839335 77.2419358 78.3521977 78.9271723 79.4908048 79.7556430 80.2116318 81.0344397 81.2355161 83.6641728 84.4390525 84.7398603 85.1798036 85.7080397 86.0774224 87.0735682 87.6049304 88.9162572 90.0006070 90.8867090 91.4218992 92.5263215 93.5005471 94.5546054 95.0415352 95.5855539 96.0306581 97.2114573 97.7381236 98.7295283 99.4888650 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034322 0.0034323 0.0034337 0.0034342 0.0034346 0.0034354 216.0644180 245.0040616 266.7898720 319.2494116 338.0410477 369.7799668 406.0183201 427.0883472 435.0386075 447.9503353 453.6045293 494.2613542 506.9426787 514.8642070 531.8527320 543.5240686 548.1467549 550.9052283 572.7299175 584.6186600 594.1775406 606.0470004 623.3537561 641.1664011 652.9300852 660.3083956 662.9597005 679.2754189 684.8632704 699.0554763 703.5916380 709.8537433 721.3360157 724.6779741 732.8761390 742.2245078 748.2142758 752.4161123 758.0935398 762.3744214 779.9294832 787.6019566 789.6607618 796.6609996 797.7497737 802.6466102 815.4091033 822.3916400 832.7367019 836.4254485 841.5043609 843.8915969 852.3162538 864.2226125 866.5723964 871.0431941 871.9682360 889.4076340 896.8683516 898.7812241 901.6122885 908.6945040 913.2214891 917.7314106 927.1492037 928.8459801 942.6882032 945.5633319 947.2541545 949.0657259 954.3811544 961.2157346 964.7361491 968.1746947 969.7861795 972.5545190 977.5300059 978.7420606 993.2647913 997.8538926 999.6297027 1002.2212283 1005.3240248 1007.4880578 1013.3009530 1016.3880605 1023.9667795 1030.1915886 1035.2505483 1038.2941327 1044.5468616 1050.0315693 1055.9336341 1058.6490248 1061.6745599 1064.1435887 1070.6659892 1073.5623659 1078.9934577 1083.1348225 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1988 Rtb_to_modes> Number of blocs = 126 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9896E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9902E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9988E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.959 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.090 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.036 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.643 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.691 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.49 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 756 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00001 1.00000 0.99996 0.99998 1.00002 1.00000 1.00004 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00002 0.99998 0.99998 1.00003 1.00001 1.00003 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997 1.00001 0.99996 1.00000 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000 1.00004 1.00003 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99995 0.99998 1.00003 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 0.99998 1.00002 1.00000 0.99997 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 35784 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 1.00000 0.99996 0.99998 1.00002 1.00000 1.00004 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00002 0.99998 0.99998 1.00003 1.00001 1.00003 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997 1.00001 0.99996 1.00000 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000 1.00004 1.00003 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99995 0.99998 1.00003 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 0.99998 1.00002 1.00000 0.99997 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000 0.000 Vector 4:-0.000-0.000 0.000 Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 21071519051674083.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 21071519051674083.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 21071519051674083.atom Openam> file on opening on unit 11: 21071519051674083.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 251 First residue number = -5 Last residue number = 245 Number of atoms found = 1988 Mean number per residue = 7.9 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9896E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9902E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9988E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.959 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.090 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.036 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.643 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.691 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.49 Bfactors> 106 vectors, 5964 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.959000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.556 for 256 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.019 +/- 0.02 Bfactors> = 28.464 +/- 5.12 Bfactors> Shiftng-fct= 28.445 Bfactors> Scaling-fct= 321.109 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 21071519051674083.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 21071519051674083.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 724.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 779.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 843.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 852.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 866.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 889.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 898.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 901.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 917.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 928.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 942.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 945.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 947.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 949.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 954.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 961.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 964.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 968.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 972.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 977.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 978.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 993.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 999.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1005. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1007. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1013. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1030. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1035. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1038. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1045. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1056. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1059. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1062. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1071. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1079. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1083. Chkmod> 106 vectors, 5964 coordinates in file. Chkmod> That is: 1988 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7677 0.0034 0.8447 0.0034 0.8310 0.0034 0.8876 0.0034 0.8732 0.0034 0.9927 216.0575 0.4908 244.9828 0.4445 266.7788 0.4024 319.2338 0.3632 338.0344 0.4294 369.8330 0.4640 406.0039 0.6719 427.0924 0.4263 435.0249 0.4411 447.9777 0.5622 453.6014 0.5103 494.2783 0.5906 506.8801 0.4262 514.8430 0.5174 531.8532 0.2588 543.4762 0.5501 548.1209 0.3246 550.9103 0.6991 572.7369 0.4987 584.5556 0.4194 594.1588 0.2249 606.0461 0.5509 623.3104 0.1231 641.1215 0.2623 652.8761 0.4761 660.2393 0.3766 662.9127 0.1816 679.2530 0.1938 684.8714 0.3904 699.0150 0.4425 703.5547 0.3666 709.8116 0.3744 721.2642 0.5704 724.6078 0.4785 732.8597 0.4548 742.2121 0.3692 748.1458 0.4429 752.3891 0.3377 758.0876 0.4011 762.3529 0.4690 779.8612 0.4893 787.5344 0.3961 789.6277 0.4601 796.6150 0.3356 797.7243 0.3315 802.5872 0.5116 815.3408 0.4250 822.3247 0.4679 832.7262 0.2990 836.3996 0.4197 841.4594 0.3297 843.8381 0.3728 852.2500 0.2883 864.2028 0.3217 866.5191 0.4796 870.9980 0.4613 871.9451 0.4510 889.3509 0.3756 896.8105 0.5060 898.7149 0.4771 901.5966 0.5238 908.6313 0.5151 913.1619 0.5616 917.6701 0.5179 927.1295 0.5349 928.7813 0.5544 942.6426 0.2233 945.5152 0.5342 947.1973 0.3804 949.0005 0.4975 954.3282 0.4315 961.1610 0.5883 964.7120 0.3823 968.1282 0.4465 969.7710 0.3595 972.5029 0.3567 977.4613 0.4690 978.7271 0.4665 993.1974 0.3160 997.8167 0.4551 999.5876 0.4219 1002.1794 0.5520 1005.2924 0.1985 1007.4599 0.4504 1013.2367 0.4199 1016.3158 0.4584 1023.9444 0.3509 1030.1439 0.5090 1035.2248 0.4696 1038.2388 0.5619 1044.5228 0.4781 1049.9834 0.4267 1055.8626 0.4814 1058.5950 0.4209 1061.6537 0.3762 1064.0943 0.3059 1070.6120 0.4275 1073.5266 0.4262 1078.9497 0.3989 1083.0945 0.5123 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 21071519051674083 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=0 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom making animated gifs 11 models are in 21071519051674083.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 21071519051674083 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=0 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom making animated gifs 11 models are in 21071519051674083.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 21071519051674083 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=0 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom making animated gifs 11 models are in 21071519051674083.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 21071519051674083 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=0 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom making animated gifs 11 models are in 21071519051674083.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 21071519051674083 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=0 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=20 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=40 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=60 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=80 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom calculating perturbed structure for DQ=100 21071519051674083.eigenfacs 21071519051674083.atom making animated gifs 11 models are in 21071519051674083.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 21071519051674083.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 21071519051674083.10.pdb 21071519051674083.11.pdb 21071519051674083.7.pdb 21071519051674083.8.pdb 21071519051674083.9.pdb STDERR: real 0m6.147s user 0m6.120s sys 0m0.024s pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: October 18th, 2018.