*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2404031129352161750.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2404031129352161750.atom to be opened.
Openam> File opened: 2404031129352161750.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 537
First residue number = 79
Last residue number = 615
Number of atoms found = 4292
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -1.627279 +/- 12.698566 From: -31.481000 To: 29.756000
= 10.452514 +/- 11.797865 From: -18.842000 To: 37.723000
= 28.393381 +/- 17.431107 From: -13.001000 To: 62.122000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.8388 % Filled.
Pdbmat> 1524427 non-zero elements.
Pdbmat> 166555 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.61 +/- 19.04
Maximum number = 119
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 3.331100E+06
Pdbmat> Larger element = 486.119
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
537 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2404031129352161750.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2404031129352161750.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2404031129352161750.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4292 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 537 residues.
Blocpdb> 27 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 27 atoms in block 2
Block first atom: 28
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 55
Blocpdb> 27 atoms in block 4
Block first atom: 79
Blocpdb> 21 atoms in block 5
Block first atom: 106
Blocpdb> 21 atoms in block 6
Block first atom: 127
Blocpdb> 23 atoms in block 7
Block first atom: 148
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 171
Blocpdb> 36 atoms in block 9
Block first atom: 190
Blocpdb> 27 atoms in block 10
Block first atom: 226
Blocpdb> 27 atoms in block 11
Block first atom: 253
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 280
Blocpdb> 20 atoms in block 13
Block first atom: 296
Blocpdb> 23 atoms in block 14
Block first atom: 316
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 339
Blocpdb> 21 atoms in block 16
Block first atom: 366
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 387
Blocpdb> 23 atoms in block 18
Block first atom: 406
Blocpdb> 31 atoms in block 19
Block first atom: 429
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 460
Blocpdb> 21 atoms in block 21
Block first atom: 482
Blocpdb> 33 atoms in block 22
Block first atom: 503
Blocpdb> 18 atoms in block 23
Block first atom: 536
Blocpdb> 22 atoms in block 24
Block first atom: 554
Blocpdb> 34 atoms in block 25
Block first atom: 576
Blocpdb> 21 atoms in block 26
Block first atom: 610
Blocpdb> 28 atoms in block 27
Block first atom: 631
Blocpdb> 16 atoms in block 28
Block first atom: 659
Blocpdb> 25 atoms in block 29
Block first atom: 675
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 700
Blocpdb> 28 atoms in block 31
Block first atom: 722
Blocpdb> 19 atoms in block 32
Block first atom: 750
Blocpdb> 32 atoms in block 33
Block first atom: 769
Blocpdb> 23 atoms in block 34
Block first atom: 801
Blocpdb> 24 atoms in block 35
Block first atom: 824
Blocpdb> 32 atoms in block 36
Block first atom: 848
Blocpdb> 22 atoms in block 37
Block first atom: 880
Blocpdb> 24 atoms in block 38
Block first atom: 902
Blocpdb> 25 atoms in block 39
Block first atom: 926
Blocpdb> 28 atoms in block 40
Block first atom: 951
Blocpdb> 21 atoms in block 41
Block first atom: 979
Blocpdb> 28 atoms in block 42
Block first atom: 1000
Blocpdb> 19 atoms in block 43
Block first atom: 1028
Blocpdb> 21 atoms in block 44
Block first atom: 1047
Blocpdb> 31 atoms in block 45
Block first atom: 1068
Blocpdb> 23 atoms in block 46
Block first atom: 1099
Blocpdb> 23 atoms in block 47
Block first atom: 1122
Blocpdb> 29 atoms in block 48
Block first atom: 1145
Blocpdb> 23 atoms in block 49
Block first atom: 1174
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 1197
Blocpdb> 29 atoms in block 51
Block first atom: 1215
Blocpdb> 30 atoms in block 52
Block first atom: 1244
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1274
Blocpdb> 27 atoms in block 54
Block first atom: 1299
Blocpdb> 26 atoms in block 55
Block first atom: 1326
Blocpdb> 21 atoms in block 56
Block first atom: 1352
Blocpdb> 20 atoms in block 57
Block first atom: 1373
Blocpdb> 18 atoms in block 58
Block first atom: 1393
Blocpdb> 31 atoms in block 59
Block first atom: 1411
Blocpdb> 19 atoms in block 60
Block first atom: 1442
Blocpdb> 24 atoms in block 61
Block first atom: 1461
Blocpdb> 26 atoms in block 62
Block first atom: 1485
Blocpdb> 27 atoms in block 63
Block first atom: 1511
Blocpdb> 25 atoms in block 64
Block first atom: 1538
Blocpdb> 27 atoms in block 65
Block first atom: 1563
Blocpdb> 23 atoms in block 66
Block first atom: 1590
Blocpdb> 19 atoms in block 67
Block first atom: 1613
Blocpdb> 28 atoms in block 68
Block first atom: 1632
Blocpdb> 19 atoms in block 69
Block first atom: 1660
Blocpdb> 25 atoms in block 70
Block first atom: 1679
Blocpdb> 28 atoms in block 71
Block first atom: 1704
Blocpdb> 21 atoms in block 72
Block first atom: 1732
Blocpdb> 23 atoms in block 73
Block first atom: 1753
Blocpdb> 20 atoms in block 74
Block first atom: 1776
Blocpdb> 22 atoms in block 75
Block first atom: 1796
Blocpdb> 23 atoms in block 76
Block first atom: 1818
Blocpdb> 22 atoms in block 77
Block first atom: 1841
Blocpdb> 31 atoms in block 78
Block first atom: 1863
Blocpdb> 24 atoms in block 79
Block first atom: 1894
Blocpdb> 31 atoms in block 80
Block first atom: 1918
Blocpdb> 25 atoms in block 81
Block first atom: 1949
Blocpdb> 20 atoms in block 82
Block first atom: 1974
Blocpdb> 29 atoms in block 83
Block first atom: 1994
Blocpdb> 18 atoms in block 84
Block first atom: 2023
Blocpdb> 22 atoms in block 85
Block first atom: 2041
Blocpdb> 28 atoms in block 86
Block first atom: 2063
Blocpdb> 19 atoms in block 87
Block first atom: 2091
Blocpdb> 19 atoms in block 88
Block first atom: 2110
Blocpdb> 23 atoms in block 89
Block first atom: 2129
Blocpdb> 21 atoms in block 90
Block first atom: 2152
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 2173
Blocpdb> 28 atoms in block 92
Block first atom: 2199
Blocpdb> 22 atoms in block 93
Block first atom: 2227
Blocpdb> 29 atoms in block 94
Block first atom: 2249
Blocpdb> 20 atoms in block 95
Block first atom: 2278
Blocpdb> 20 atoms in block 96
Block first atom: 2298
Blocpdb> 21 atoms in block 97
Block first atom: 2318
Blocpdb> 21 atoms in block 98
Block first atom: 2339
Blocpdb> 24 atoms in block 99
Block first atom: 2360
Blocpdb> 22 atoms in block 100
Block first atom: 2384
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 2406
Blocpdb> 19 atoms in block 102
Block first atom: 2432
Blocpdb> 25 atoms in block 103
Block first atom: 2451
Blocpdb> 28 atoms in block 104
Block first atom: 2476
Blocpdb> 25 atoms in block 105
Block first atom: 2504
Blocpdb> 22 atoms in block 106
Block first atom: 2529
Blocpdb> 21 atoms in block 107
Block first atom: 2551
Blocpdb> 17 atoms in block 108
Block first atom: 2572
Blocpdb> 21 atoms in block 109
Block first atom: 2589
Blocpdb> 27 atoms in block 110
Block first atom: 2610
Blocpdb> 24 atoms in block 111
Block first atom: 2637
Blocpdb> 22 atoms in block 112
Block first atom: 2661
Blocpdb> 21 atoms in block 113
Block first atom: 2683
Blocpdb> 18 atoms in block 114
Block first atom: 2704
Blocpdb> 29 atoms in block 115
Block first atom: 2722
Blocpdb> 21 atoms in block 116
Block first atom: 2751
Blocpdb> 30 atoms in block 117
Block first atom: 2772
Blocpdb> 24 atoms in block 118
Block first atom: 2802
Blocpdb> 19 atoms in block 119
Block first atom: 2826
Blocpdb> 22 atoms in block 120
Block first atom: 2845
Blocpdb> 23 atoms in block 121
Block first atom: 2867
Blocpdb> 21 atoms in block 122
Block first atom: 2890
Blocpdb> 19 atoms in block 123
Block first atom: 2911
Blocpdb> 19 atoms in block 124
Block first atom: 2930
Blocpdb> 25 atoms in block 125
Block first atom: 2949
Blocpdb> 28 atoms in block 126
Block first atom: 2974
Blocpdb> 26 atoms in block 127
Block first atom: 3002
Blocpdb> 31 atoms in block 128
Block first atom: 3028
Blocpdb> 31 atoms in block 129
Block first atom: 3059
Blocpdb> 20 atoms in block 130
Block first atom: 3090
Blocpdb> 22 atoms in block 131
Block first atom: 3110
Blocpdb> 24 atoms in block 132
Block first atom: 3132
Blocpdb> 21 atoms in block 133
Block first atom: 3156
Blocpdb> 22 atoms in block 134
Block first atom: 3177
Blocpdb> 26 atoms in block 135
Block first atom: 3199
Blocpdb> 13 atoms in block 136
Block first atom: 3225
Blocpdb> 26 atoms in block 137
Block first atom: 3238
Blocpdb> 25 atoms in block 138
Block first atom: 3264
Blocpdb> 30 atoms in block 139
Block first atom: 3289
Blocpdb> 16 atoms in block 140
Block first atom: 3319
Blocpdb> 19 atoms in block 141
Block first atom: 3335
Blocpdb> 22 atoms in block 142
Block first atom: 3354
Blocpdb> 21 atoms in block 143
Block first atom: 3376
Blocpdb> 21 atoms in block 144
Block first atom: 3397
Blocpdb> 18 atoms in block 145
Block first atom: 3418
Blocpdb> 37 atoms in block 146
Block first atom: 3436
Blocpdb> 19 atoms in block 147
Block first atom: 3473
Blocpdb> 26 atoms in block 148
Block first atom: 3492
Blocpdb> 26 atoms in block 149
Block first atom: 3518
Blocpdb> 26 atoms in block 150
Block first atom: 3544
Blocpdb> 23 atoms in block 151
Block first atom: 3570
Blocpdb> 17 atoms in block 152
Block first atom: 3593
Blocpdb> 39 atoms in block 153
Block first atom: 3610
Blocpdb> 25 atoms in block 154
Block first atom: 3649
Blocpdb> 26 atoms in block 155
Block first atom: 3674
Blocpdb> 21 atoms in block 156
Block first atom: 3700
Blocpdb> 27 atoms in block 157
Block first atom: 3721
Blocpdb> 27 atoms in block 158
Block first atom: 3748
Blocpdb> 20 atoms in block 159
Block first atom: 3775
Blocpdb> 27 atoms in block 160
Block first atom: 3795
Blocpdb> 20 atoms in block 161
Block first atom: 3822
Blocpdb> 28 atoms in block 162
Block first atom: 3842
Blocpdb> 28 atoms in block 163
Block first atom: 3870
Blocpdb> 32 atoms in block 164
Block first atom: 3898
Blocpdb> 33 atoms in block 165
Block first atom: 3930
Blocpdb> 22 atoms in block 166
Block first atom: 3963
Blocpdb> 24 atoms in block 167
Block first atom: 3985
Blocpdb> 18 atoms in block 168
Block first atom: 4009
Blocpdb> 19 atoms in block 169
Block first atom: 4027
Blocpdb> 25 atoms in block 170
Block first atom: 4046
Blocpdb> 22 atoms in block 171
Block first atom: 4071
Blocpdb> 25 atoms in block 172
Block first atom: 4093
Blocpdb> 31 atoms in block 173
Block first atom: 4118
Blocpdb> 23 atoms in block 174
Block first atom: 4149
Blocpdb> 18 atoms in block 175
Block first atom: 4172
Blocpdb> 29 atoms in block 176
Block first atom: 4190
Blocpdb> 27 atoms in block 177
Block first atom: 4219
Blocpdb> 23 atoms in block 178
Block first atom: 4246
Blocpdb> 24 atoms in block 179
Block first atom: 4268
Blocpdb> 179 blocks.
Blocpdb> At most, 39 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1524606 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 12876
Prepmat> Matrix trace = 3331100.0000
Prepmat> Last element read: 12876 12876 151.3585
Prepmat> 16111 lines saved.
Prepmat> 14358 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4292
RTB> Total mass = 4292.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4292
RTB> Number of blocks = 179
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 216075.7009
RTB> 60387 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1074
Diagstd> Nb of non-zero elements: 60387
Diagstd> Projected matrix trace = 216075.7009
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1074 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 216075.7009
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.4151901 1.9279069 2.8368446 3.0390984
4.1096535 5.1579402 5.3513536 5.8570462 6.4387718
6.8399194 7.2254404 8.2778301 8.5380880 9.1444405
9.7310216 10.3810762 10.7130657 11.2551359 12.2015957
12.4658594 13.3056604 13.5562438 14.1789958 14.7373082
14.9624942 15.2448886 15.5472935 16.2444550 16.8724307
17.5574917 18.0440124 18.6560104 18.9447014 19.2273861
20.0242561 20.0544781 20.5763480 21.1221976 21.8625057
22.5810586 23.0480551 23.5703161 24.0561164 24.8683553
25.1318539 25.3548399 25.7620120 25.9232742 26.6940467
27.3683491 27.6813416 28.8074459 29.1137440 29.8896296
30.3481826 30.5420359 31.0473245 31.8451566 32.1183071
32.5602313 32.9132533 33.3394048 33.7407953 34.6181671
34.7656948 35.3236094 35.7271047 35.8228894 36.8999242
37.1851175 37.3376804 37.4993449 38.0466260 38.5309502
39.0400401 39.5051470 39.6260963 40.5537876 40.9893310
41.7334519 42.0360267 42.2311684 42.7614988 43.3142049
43.7966393 44.0105975 44.4448514 44.6740430 44.8606239
45.7351548 45.7889449 46.0756976 47.0413867 47.6107649
48.3130305 48.6986963 49.7280502 50.0312602 50.3391300
51.2194018
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034335 0.0034343 0.0034345 0.0034347 0.0034349
0.0034354 129.1822001 150.7781142 182.8997266 189.3074298
220.1394525 246.6229186 251.2043204 262.8055944 275.5477047
284.0015904 291.8955287 312.4305797 317.3040344 328.3778451
338.7462519 349.8778670 355.4284306 364.3096303 379.3181250
383.4037825 396.1078948 399.8204157 408.9008535 416.8735715
420.0464110 423.9917520 428.1763527 437.6710824 446.0505782
455.0158408 461.2770404 469.0343697 472.6494566 476.1627351
485.9297360 486.2962966 492.5830108 499.0738685 507.7445241
516.0210629 521.3296455 527.2031345 532.6084334 541.5253751
544.3867469 546.7964886 551.1694902 552.8918742 561.0511908
568.0931868 571.3323924 582.8377295 585.9280771 593.6842763
598.2209591 600.1285281 605.0724381 612.7974858 615.4199963
619.6393949 622.9894420 627.0096163 630.7727711 638.9212245
640.2811808 645.3982998 649.0739678 649.9434724 659.6415712
662.1857941 663.5428092 664.9777598 669.8126651 674.0624585
678.5008682 682.5305908 683.5746132 691.5299460 695.2335075
701.5157636 704.0542266 705.6865315 710.1036414 714.6780660
718.6470936 720.4003462 723.9457274 725.8099359 727.3240276
734.3791822 734.8109145 737.1081954 744.7925741 749.2864169
754.7922291 757.7988604 765.7658524 768.0968808 770.4565167
777.1637431
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4292
Rtb_to_modes> Number of blocs = 179
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.110
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.857
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.96
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.24
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.56
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.23
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.87
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.13
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.56
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.22
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1074 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00002 0.99997 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999
1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999
0.99998 0.99999 1.00000 0.99997 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 1.00001 0.99997 0.99999
0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 0.99997 1.00001 1.00000
0.99996 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
1.00003 0.99997 1.00001 0.99999 1.00003
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 1.00002 0.99998
1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 77256 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 1.00006 0.99999 0.99999 0.99999
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1.00000 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999
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1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
1.00000 0.99998 1.00001 0.99997 0.99999
0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 0.99997 1.00001 1.00000
0.99996 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
1.00003 0.99997 1.00001 0.99999 1.00003
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 1.00002 0.99998
1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2404031129352161750.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404031129352161750.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2404031129352161750.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404031129352161750.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 537
First residue number = 79
Last residue number = 615
Number of atoms found = 4292
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.415
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.928
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.837
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.039
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.110
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.158
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.351
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.857
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.439
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.840
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.225
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.278
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.538
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.144
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.731
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.38
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.22
Bfactors> 106 vectors, 12876 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.415000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.276 for 537 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.022 +/- 0.03
Bfactors> = 229.092 +/- 15.82
Bfactors> Shiftng-fct= 229.070
Bfactors> Scaling-fct= 590.632
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2404031129352161750.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2404031129352161750.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2404031129352161750.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2404031129352161750.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2404031129352161750.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2404031129352161750.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 275.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 355.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 663.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 720.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 727.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 757.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 768.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.1
Projmod> 106 vectors, 12876 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 537
First residue number = 79
Last residue number = 615
Number of atoms found = 4292
Mean number per residue = 8.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 540
First residue number = 78
Last residue number = 617
Number of atoms found = 4314
Mean number per residue = 8.0
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Wn> Different number of residues for the other conformer.
%Projmod-Er> Atom 4292 of first conformer: GLU 615 OXT not found in second one.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031129352161750 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 537 4.035 400 1.560
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 537 3.936 401 1.546
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 537 3.858 403 1.526
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 537 3.802 411 1.534
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 537 3.770 420 1.525
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 537 3.775 426 1.584
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 537 3.812 421 1.617
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 537 3.873 418 1.639
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 537 3.955 417 1.667
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 537 4.058 412 1.673
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031129352161750 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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calculating perturbed structure for DQ=20
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 537 4.071 384 1.729
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 537 3.966 395 1.682
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 537 3.882 408 1.639
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 537 3.818 416 1.581
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 537 3.778 415 1.556
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 537 3.766 428 1.564
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 537 3.796 424 1.607
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 537 3.848 418 1.670
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 537 3.923 410 1.723
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 537 4.018 402 1.774
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031129352161750 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2404031129352161750.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
2404031129352161750.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2404031129352161750.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2404031129352161750.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2404031129352161750.eigenfacs
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2404031129352161750.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 537 4.076 392 1.590
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 537 3.971 403 1.607
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 537 3.886 412 1.552
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 537 3.821 416 1.527
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 537 3.779 424 1.537
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 537 3.764 424 1.571
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 537 3.791 424 1.575
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 537 3.841 417 1.601
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 537 3.913 403 1.607
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 537 4.005 399 1.679
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031129352161750 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404031129352161750.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=60
2404031129352161750.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 537 3.779 394 1.634
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 537 3.730 402 1.621
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 537 3.704 413 1.557
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 537 3.700 423 1.560
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 537 3.719 424 1.533
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 537 3.823 425 1.553
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 537 3.907 426 1.598
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 537 4.010 421 1.637
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 537 4.132 416 1.688
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 537 4.269 404 1.730
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2404031129352161750 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2404031129352161750.eigenfacs
2404031129352161750.atom
making animated gifs
11 models are in 2404031129352161750.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2404031129352161750.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 537 3.930 420 1.672
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 537 3.855 419 1.628
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 537 3.800 421 1.596
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 537 3.765 428 1.574
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 537 3.752 427 1.537
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 537 3.760 424 1.530
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 537 3.789 420 1.562
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 537 3.839 406 1.591
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 537 3.909 393 1.599
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 537 3.998 388 1.634
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 537 4.104 382 1.683
2404031129352161750.10.pdb
2404031129352161750.11.pdb
2404031129352161750.7.pdb
2404031129352161750.8.pdb
2404031129352161750.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m23.026s
user 0m22.981s
sys 0m0.044s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2404031129352161750.Chkmod.res: No such file or directory
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