*** TPPP_av_complex ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403081621082348546.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403081621082348546.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403081621082348546.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 3344
Mean number per residue = 15.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 43.773182 +/- 14.444242 From: 11.519000 To: 70.959000
= 49.604729 +/- 9.641764 From: 28.940000 To: 76.541000
= 49.225713 +/- 12.011289 From: 16.651000 To: 77.628000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.4546 % Filled.
Pdbmat> 2241778 non-zero elements.
Pdbmat> 246915 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 147.68 +/- 47.37
Maximum number = 344
Minimum number = 33
Pdbmat> Matrix trace = 4.938300E+06
Pdbmat> Larger element = 1688.12
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
219 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403081621082348546.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403081621082348546.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403081621082348546.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3344 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 219 residues.
Blocpdb> 29 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 34 atoms in block 2
Block first atom: 30
Blocpdb> 32 atoms in block 3
Block first atom: 64
Blocpdb> 24 atoms in block 4
Block first atom: 96
Blocpdb> 32 atoms in block 5
Block first atom: 120
Blocpdb> 24 atoms in block 6
Block first atom: 152
Blocpdb> 38 atoms in block 7
Block first atom: 176
Blocpdb> 28 atoms in block 8
Block first atom: 214
Blocpdb> 33 atoms in block 9
Block first atom: 242
Blocpdb> 21 atoms in block 10
Block first atom: 275
Blocpdb> 26 atoms in block 11
Block first atom: 296
Blocpdb> 33 atoms in block 12
Block first atom: 322
Blocpdb> 36 atoms in block 13
Block first atom: 355
Blocpdb> 20 atoms in block 14
Block first atom: 391
Blocpdb> 46 atoms in block 15
Block first atom: 411
Blocpdb> 30 atoms in block 16
Block first atom: 457
Blocpdb> 34 atoms in block 17
Block first atom: 487
Blocpdb> 26 atoms in block 18
Block first atom: 521
Blocpdb> 17 atoms in block 19
Block first atom: 547
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 564
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 586
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 603
Blocpdb> 25 atoms in block 23
Block first atom: 623
Blocpdb> 34 atoms in block 24
Block first atom: 648
Blocpdb> 21 atoms in block 25
Block first atom: 682
Blocpdb> 34 atoms in block 26
Block first atom: 703
Blocpdb> 25 atoms in block 27
Block first atom: 737
Blocpdb> 44 atoms in block 28
Block first atom: 762
Blocpdb> 44 atoms in block 29
Block first atom: 806
Blocpdb> 26 atoms in block 30
Block first atom: 850
Blocpdb> 24 atoms in block 31
Block first atom: 876
Blocpdb> 22 atoms in block 32
Block first atom: 900
Blocpdb> 34 atoms in block 33
Block first atom: 922
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 956
Blocpdb> 39 atoms in block 35
Block first atom: 977
Blocpdb> 34 atoms in block 36
Block first atom: 1016
Blocpdb> 29 atoms in block 37
Block first atom: 1050
Blocpdb> 38 atoms in block 38
Block first atom: 1079
Blocpdb> 33 atoms in block 39
Block first atom: 1117
Blocpdb> 30 atoms in block 40
Block first atom: 1150
Blocpdb> 34 atoms in block 41
Block first atom: 1180
Blocpdb> 28 atoms in block 42
Block first atom: 1214
Blocpdb> 35 atoms in block 43
Block first atom: 1242
Blocpdb> 19 atoms in block 44
Block first atom: 1277
Blocpdb> 38 atoms in block 45
Block first atom: 1296
Blocpdb> 30 atoms in block 46
Block first atom: 1334
Blocpdb> 30 atoms in block 47
Block first atom: 1364
Blocpdb> 28 atoms in block 48
Block first atom: 1394
Blocpdb> 31 atoms in block 49
Block first atom: 1422
Blocpdb> 36 atoms in block 50
Block first atom: 1453
Blocpdb> 33 atoms in block 51
Block first atom: 1489
Blocpdb> 41 atoms in block 52
Block first atom: 1522
Blocpdb> 29 atoms in block 53
Block first atom: 1563
Blocpdb> 22 atoms in block 54
Block first atom: 1592
Blocpdb> 38 atoms in block 55
Block first atom: 1614
Blocpdb> 33 atoms in block 56
Block first atom: 1652
Blocpdb> 35 atoms in block 57
Block first atom: 1685
Blocpdb> 37 atoms in block 58
Block first atom: 1720
Blocpdb> 32 atoms in block 59
Block first atom: 1757
Blocpdb> 29 atoms in block 60
Block first atom: 1789
Blocpdb> 30 atoms in block 61
Block first atom: 1818
Blocpdb> 29 atoms in block 62
Block first atom: 1848
Blocpdb> 44 atoms in block 63
Block first atom: 1877
Blocpdb> 44 atoms in block 64
Block first atom: 1921
Blocpdb> 34 atoms in block 65
Block first atom: 1965
Blocpdb> 33 atoms in block 66
Block first atom: 1999
Blocpdb> 26 atoms in block 67
Block first atom: 2032
Blocpdb> 25 atoms in block 68
Block first atom: 2058
Blocpdb> 40 atoms in block 69
Block first atom: 2083
Blocpdb> 31 atoms in block 70
Block first atom: 2123
Blocpdb> 41 atoms in block 71
Block first atom: 2154
Blocpdb> 38 atoms in block 72
Block first atom: 2195
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 2233
Blocpdb> 32 atoms in block 74
Block first atom: 2255
Blocpdb> 33 atoms in block 75
Block first atom: 2287
Blocpdb> 30 atoms in block 76
Block first atom: 2320
Blocpdb> 23 atoms in block 77
Block first atom: 2350
Blocpdb> 36 atoms in block 78
Block first atom: 2373
Blocpdb> 29 atoms in block 79
Block first atom: 2409
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 2438
Blocpdb> 28 atoms in block 81
Block first atom: 2460
Blocpdb> 27 atoms in block 82
Block first atom: 2488
Blocpdb> 43 atoms in block 83
Block first atom: 2515
Blocpdb> 26 atoms in block 84
Block first atom: 2558
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 2584
Blocpdb> 42 atoms in block 86
Block first atom: 2612
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 2654
Blocpdb> 28 atoms in block 88
Block first atom: 2675
Blocpdb> 37 atoms in block 89
Block first atom: 2703
Blocpdb> 44 atoms in block 90
Block first atom: 2740
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 2784
Blocpdb> 18 atoms in block 92
Block first atom: 2810
Blocpdb> 29 atoms in block 93
Block first atom: 2828
Blocpdb> 29 atoms in block 94
Block first atom: 2857
Blocpdb> 32 atoms in block 95
Block first atom: 2886
Blocpdb> 31 atoms in block 96
Block first atom: 2918
Blocpdb> 28 atoms in block 97
Block first atom: 2949
Blocpdb> 35 atoms in block 98
Block first atom: 2977
Blocpdb> 27 atoms in block 99
Block first atom: 3012
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 3039
Blocpdb> 37 atoms in block 101
Block first atom: 3057
Blocpdb> 18 atoms in block 102
Block first atom: 3094
Blocpdb> 43 atoms in block 103
Block first atom: 3112
Blocpdb> 27 atoms in block 104
Block first atom: 3155
Blocpdb> 21 atoms in block 105
Block first atom: 3182
Blocpdb> 33 atoms in block 106
Block first atom: 3203
Blocpdb> 39 atoms in block 107
Block first atom: 3236
Blocpdb> 33 atoms in block 108
Block first atom: 3275
Blocpdb> 14 atoms in block 109
Block first atom: 3308
Blocpdb> 23 atoms in block 110
Block first atom: 3321
Blocpdb> 110 blocks.
Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2241888 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10032
Prepmat> Matrix trace = 4938300.0000
Prepmat> Last element read: 10032 10032 848.1001
Prepmat> 6106 lines saved.
Prepmat> 5145 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3344
RTB> Total mass = 3344.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3344
RTB> Number of blocks = 110
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 268820.2085
RTB> 32910 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 660
Diagstd> Nb of non-zero elements: 32910
Diagstd> Projected matrix trace = 268820.2085
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 660 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 268820.2085
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.4044819 0.5468931 0.8885548 1.6287306
2.0792144 2.8516941 4.8772096 6.2072558 8.8526667
9.5219167 10.2827325 11.4341690 14.1896423 15.6764688
18.1895591 19.4919666 20.8976807 22.5415690 23.7180269
26.5852931 30.1645065 30.4870190 32.0969601 33.5248967
36.7578023 37.2594704 38.2377465 39.2485923 40.7304129
42.9377532 45.1965381 46.9516090 47.1024560 49.5036588
51.8012509 52.7033596 53.7550206 57.2908486 57.6030998
58.9202296 60.0419925 62.1021822 64.2431170 65.6352898
66.9756466 69.4113378 70.8360080 73.9708267 74.8287614
75.2989451 75.9026987 76.5376295 79.8511072 80.5098298
81.9033312 82.9777471 84.3333857 85.5147605 88.8985421
89.0970304 90.9048114 91.3549056 92.6422614 95.4503772
97.7739576 99.2422228 101.4995203 103.0655411 103.6119627
104.7678965 107.4185940 110.0255747 111.3688608 112.8633063
113.2470068 115.5307896 117.1269901 118.6835306 119.6024799
120.7339034 121.6034194 122.3839341 123.9714290 124.7750925
125.6982231 128.4498311 129.6088198 131.5970888 132.2200189
133.2567768 135.2711282 135.9028750 137.9899763 139.5518643
139.9642599 141.2165325 142.5999530 144.6111373 146.3003201
147.6110566
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034315 0.0034332 0.0034332 0.0034343 0.0034346
0.0034349 69.0629035 80.3057270 102.3616772 138.5861738
156.5831121 183.3777959 239.8175645 270.5484817 323.0965617
335.0869154 348.2166637 367.1956978 409.0543396 429.9514334
463.1336812 479.4276855 496.4143473 515.5696586 528.8524966
559.9071407 596.4079073 599.5877629 615.2154472 628.7514566
658.3700246 662.8474949 671.4928999 680.3107334 693.0342313
711.5655897 730.0420324 744.0815227 745.2758641 764.0361892
781.5655423 788.3415744 796.1681439 821.9358210 824.1726676
833.5420148 841.4393702 855.7535529 870.3793573 879.7595377
888.6970487 904.7122852 913.9497522 933.9540644 939.3545828
942.3011610 946.0713461 950.0200778 970.3664030 974.3606454
982.7568128 989.1817609 997.2293418 1004.1898381 1023.8647697
1025.0071499 1035.3536414 1037.9136339 1045.2010904 1060.9235864
1073.7591494 1081.7913930 1094.0250723 1102.4325410 1105.3510560
1111.4998094 1125.4728221 1139.0482028 1145.9803450 1153.6436091
1155.6029617 1167.1969688 1175.2324428 1183.0157018 1187.5868297
1193.1908139 1197.4797387 1201.3166189 1209.0829134 1212.9956140
1217.4744322 1230.7279086 1236.2678017 1245.7142178 1248.6591033
1253.5450100 1262.9839641 1265.9297392 1275.6133340 1282.8122591
1284.7063071 1290.4406995 1296.7461625 1305.8585928 1313.4632273
1319.3339091
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3344
Rtb_to_modes> Number of blocs = 110
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9855E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4045
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5469
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8886
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.629
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.079
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.852
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.877
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.207
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.853
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.522
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.6
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 660 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
0.99999 1.00001 1.00004 1.00001 1.00000
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1.00000 1.00000 1.00003 1.00002 0.99999
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1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
1.00003 1.00000 0.99999 0.99997 1.00001
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1.00002 1.00004 1.00002 0.99999 0.99998
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1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 60192 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
1.00003 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998
0.99997 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 0.99999
0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
0.99999 1.00001 1.00004 1.00001 1.00000
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0.99999 1.00003 1.00000 1.00004 1.00002
1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 0.99997
1.00000 1.00000 1.00003 1.00002 0.99999
0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001
0.99998 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
1.00002 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
1.00003 1.00000 0.99999 0.99997 1.00001
1.00001 1.00004 0.99998 1.00000 1.00002
0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002
1.00002 1.00004 1.00002 0.99999 0.99998
0.99999 1.00000 0.99996 1.00000 0.99997
1.00001 0.99998 0.99999 1.00003 1.00001
0.99997 1.00002 1.00002 0.99999 0.99996
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403081621082348546.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403081621082348546.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403081621082348546.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403081621082348546.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 3344
Mean number per residue = 15.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9855E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4045
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5469
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8886
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.629
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.079
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.852
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.877
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.207
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.853
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.522
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.72
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.6
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.6
Bfactors> 106 vectors, 10032 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.404500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.437 for 219 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.037 +/- 0.03
Bfactors> = 386.381 +/- 527.31
Bfactors> Shiftng-fct= 386.344
Bfactors> Scaling-fct= 16729.981
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081621082348546 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403081621082348546.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403081621082348546.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081621082348546.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081621082348546 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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2403081621082348546.atom
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calculating perturbed structure for DQ=100
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2403081621082348546.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081621082348546.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081621082348546 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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2403081621082348546.atom
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calculating perturbed structure for DQ=20
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081621082348546 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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2403081621082348546.eigenfacs
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2403081621082348546.eigenfacs
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2403081621082348546.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2403081621082348546.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403081621082348546 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403081621082348546.eigenfacs
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2403081621082348546.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2403081621082348546.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403081621082348546.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2403081621082348546.eigenfacs
2403081621082348546.atom
making animated gifs
11 models are in 2403081621082348546.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403081621082348546.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403081621082348546.10.pdb
2403081621082348546.11.pdb
2403081621082348546.7.pdb
2403081621082348546.8.pdb
2403081621082348546.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m9.278s
user 0m9.152s
sys 0m0.072s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403081621082348546.Chkmod.res: No such file or directory
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