*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403061401291920764.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403061401291920764.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403061401291920764.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 3344
Mean number per residue = 15.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 52.775641 +/- 13.388897 From: 15.363000 To: 77.993000
= 41.062178 +/- 9.462322 From: 21.513000 To: 71.843000
= 50.084794 +/- 14.286544 From: 13.068000 To: 80.288000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.0560 % Filled.
Pdbmat> 2041225 non-zero elements.
Pdbmat> 224961 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 134.55 +/- 46.27
Maximum number = 229
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 4.499220E+06
Pdbmat> Larger element = 820.220
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
219 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403061401291920764.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403061401291920764.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403061401291920764.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3344 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 219 residues.
Blocpdb> 29 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 34 atoms in block 2
Block first atom: 30
Blocpdb> 32 atoms in block 3
Block first atom: 64
Blocpdb> 24 atoms in block 4
Block first atom: 96
Blocpdb> 32 atoms in block 5
Block first atom: 120
Blocpdb> 24 atoms in block 6
Block first atom: 152
Blocpdb> 38 atoms in block 7
Block first atom: 176
Blocpdb> 28 atoms in block 8
Block first atom: 214
Blocpdb> 33 atoms in block 9
Block first atom: 242
Blocpdb> 21 atoms in block 10
Block first atom: 275
Blocpdb> 26 atoms in block 11
Block first atom: 296
Blocpdb> 33 atoms in block 12
Block first atom: 322
Blocpdb> 36 atoms in block 13
Block first atom: 355
Blocpdb> 20 atoms in block 14
Block first atom: 391
Blocpdb> 46 atoms in block 15
Block first atom: 411
Blocpdb> 30 atoms in block 16
Block first atom: 457
Blocpdb> 34 atoms in block 17
Block first atom: 487
Blocpdb> 26 atoms in block 18
Block first atom: 521
Blocpdb> 17 atoms in block 19
Block first atom: 547
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 564
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 586
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 603
Blocpdb> 25 atoms in block 23
Block first atom: 623
Blocpdb> 34 atoms in block 24
Block first atom: 648
Blocpdb> 21 atoms in block 25
Block first atom: 682
Blocpdb> 34 atoms in block 26
Block first atom: 703
Blocpdb> 25 atoms in block 27
Block first atom: 737
Blocpdb> 44 atoms in block 28
Block first atom: 762
Blocpdb> 44 atoms in block 29
Block first atom: 806
Blocpdb> 26 atoms in block 30
Block first atom: 850
Blocpdb> 24 atoms in block 31
Block first atom: 876
Blocpdb> 22 atoms in block 32
Block first atom: 900
Blocpdb> 34 atoms in block 33
Block first atom: 922
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 956
Blocpdb> 39 atoms in block 35
Block first atom: 977
Blocpdb> 34 atoms in block 36
Block first atom: 1016
Blocpdb> 29 atoms in block 37
Block first atom: 1050
Blocpdb> 38 atoms in block 38
Block first atom: 1079
Blocpdb> 33 atoms in block 39
Block first atom: 1117
Blocpdb> 30 atoms in block 40
Block first atom: 1150
Blocpdb> 34 atoms in block 41
Block first atom: 1180
Blocpdb> 28 atoms in block 42
Block first atom: 1214
Blocpdb> 35 atoms in block 43
Block first atom: 1242
Blocpdb> 19 atoms in block 44
Block first atom: 1277
Blocpdb> 38 atoms in block 45
Block first atom: 1296
Blocpdb> 30 atoms in block 46
Block first atom: 1334
Blocpdb> 30 atoms in block 47
Block first atom: 1364
Blocpdb> 28 atoms in block 48
Block first atom: 1394
Blocpdb> 31 atoms in block 49
Block first atom: 1422
Blocpdb> 36 atoms in block 50
Block first atom: 1453
Blocpdb> 33 atoms in block 51
Block first atom: 1489
Blocpdb> 41 atoms in block 52
Block first atom: 1522
Blocpdb> 29 atoms in block 53
Block first atom: 1563
Blocpdb> 22 atoms in block 54
Block first atom: 1592
Blocpdb> 38 atoms in block 55
Block first atom: 1614
Blocpdb> 33 atoms in block 56
Block first atom: 1652
Blocpdb> 35 atoms in block 57
Block first atom: 1685
Blocpdb> 37 atoms in block 58
Block first atom: 1720
Blocpdb> 32 atoms in block 59
Block first atom: 1757
Blocpdb> 29 atoms in block 60
Block first atom: 1789
Blocpdb> 30 atoms in block 61
Block first atom: 1818
Blocpdb> 29 atoms in block 62
Block first atom: 1848
Blocpdb> 44 atoms in block 63
Block first atom: 1877
Blocpdb> 44 atoms in block 64
Block first atom: 1921
Blocpdb> 34 atoms in block 65
Block first atom: 1965
Blocpdb> 33 atoms in block 66
Block first atom: 1999
Blocpdb> 26 atoms in block 67
Block first atom: 2032
Blocpdb> 25 atoms in block 68
Block first atom: 2058
Blocpdb> 40 atoms in block 69
Block first atom: 2083
Blocpdb> 31 atoms in block 70
Block first atom: 2123
Blocpdb> 41 atoms in block 71
Block first atom: 2154
Blocpdb> 38 atoms in block 72
Block first atom: 2195
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 2233
Blocpdb> 32 atoms in block 74
Block first atom: 2255
Blocpdb> 33 atoms in block 75
Block first atom: 2287
Blocpdb> 30 atoms in block 76
Block first atom: 2320
Blocpdb> 23 atoms in block 77
Block first atom: 2350
Blocpdb> 36 atoms in block 78
Block first atom: 2373
Blocpdb> 29 atoms in block 79
Block first atom: 2409
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 2438
Blocpdb> 28 atoms in block 81
Block first atom: 2460
Blocpdb> 27 atoms in block 82
Block first atom: 2488
Blocpdb> 43 atoms in block 83
Block first atom: 2515
Blocpdb> 26 atoms in block 84
Block first atom: 2558
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 2584
Blocpdb> 42 atoms in block 86
Block first atom: 2612
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 2654
Blocpdb> 28 atoms in block 88
Block first atom: 2675
Blocpdb> 37 atoms in block 89
Block first atom: 2703
Blocpdb> 44 atoms in block 90
Block first atom: 2740
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 2784
Blocpdb> 18 atoms in block 92
Block first atom: 2810
Blocpdb> 29 atoms in block 93
Block first atom: 2828
Blocpdb> 29 atoms in block 94
Block first atom: 2857
Blocpdb> 32 atoms in block 95
Block first atom: 2886
Blocpdb> 31 atoms in block 96
Block first atom: 2918
Blocpdb> 28 atoms in block 97
Block first atom: 2949
Blocpdb> 35 atoms in block 98
Block first atom: 2977
Blocpdb> 27 atoms in block 99
Block first atom: 3012
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 3039
Blocpdb> 37 atoms in block 101
Block first atom: 3057
Blocpdb> 18 atoms in block 102
Block first atom: 3094
Blocpdb> 43 atoms in block 103
Block first atom: 3112
Blocpdb> 27 atoms in block 104
Block first atom: 3155
Blocpdb> 21 atoms in block 105
Block first atom: 3182
Blocpdb> 33 atoms in block 106
Block first atom: 3203
Blocpdb> 39 atoms in block 107
Block first atom: 3236
Blocpdb> 33 atoms in block 108
Block first atom: 3275
Blocpdb> 14 atoms in block 109
Block first atom: 3308
Blocpdb> 23 atoms in block 110
Block first atom: 3321
Blocpdb> 110 blocks.
Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2041335 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10032
Prepmat> Matrix trace = 4499220.0000
Prepmat> Last element read: 10032 10032 251.9494
Prepmat> 6106 lines saved.
Prepmat> 5011 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3344
RTB> Total mass = 3344.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3344
RTB> Number of blocks = 110
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 242998.5200
RTB> 37734 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 660
Diagstd> Nb of non-zero elements: 37734
Diagstd> Projected matrix trace = 242998.5200
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 660 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 242998.5200
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3209978 0.4546545 1.1545622 1.3108467
2.3572061 2.5707191 4.5123155 6.5805243 7.5057815
8.3076770 9.2587984 13.4395261 13.7924803 14.9318541
16.4738330 17.4940660 18.5316714 20.3196787 22.3446905
23.5351360 26.1339672 29.0477510 29.9357502 32.3578787
33.8964266 34.9623849 36.2260382 38.6492675 40.2502314
44.0829910 44.6269984 46.5393733 48.7687702 49.4192466
49.9746214 51.4131371 52.9907989 55.2786452 55.6307205
57.0199597 59.1939013 61.0780815 61.8718399 63.8752245
65.2553790 65.8828023 67.9909436 69.3024675 71.0427734
73.0154421 73.2729458 74.4257810 75.6327065 77.7623918
80.0067106 81.5496390 82.5109599 83.8492802 83.9546344
85.3792925 86.3388969 87.7389286 91.0642858 92.2386861
93.7589716 95.2520582 97.0236818 98.4947351 99.0980174
100.7179511 101.4807994 103.9251645 104.5843833 105.4472859
106.5495826 107.0659027 109.3411683 110.1226373 111.1607443
111.8084345 112.4276764 114.2173798 115.9459611 116.6305143
118.1233045 121.1315399 124.0453008 126.7336903 127.2933784
128.2563920 129.1386885 131.2600954 132.3370776 133.8149680
134.4332636 136.2199877 137.4443621 138.9860811 141.0337726
141.8959390
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034304 0.0034326 0.0034330 0.0034335 0.0034339
0.0034347 61.5242442 73.2210633 116.6820231 124.3286563
166.7224421 174.1095498 230.6720680 278.5643454 297.5042947
312.9933286 330.4247678 398.0954906 403.2890834 419.6161059
440.7502933 454.1932343 467.4687412 489.5011296 513.3132229
526.8095468 555.1341584 585.2636300 594.1421361 617.7109520
632.2258346 642.0898506 653.5904544 675.0965891 688.9369389
720.9925996 725.4276733 740.8077986 758.3438732 763.3845047
767.6619884 778.6321511 790.4884229 807.3725422 809.9395801
819.9903347 835.4755838 848.6682869 854.1650468 867.8836363
877.2097263 881.4167755 895.4076791 904.0024954 915.2826583
927.9031301 929.5379093 936.8217834 944.3872197 957.5910656
971.3114041 980.6325432 986.3955402 994.3629853 994.9874835
1003.3941304 1009.0171038 1017.1650839 1036.2614046 1042.9220132
1051.4816499 1059.8208632 1069.6314302 1077.7096918 1081.0051504
1089.8048128 1093.9241751 1107.0204423 1110.5259215 1115.0978624
1120.9110659 1123.6236504 1135.4999911 1139.5505158 1144.9090896
1148.2397136 1151.4150396 1160.5433749 1169.2923081 1172.7390205
1180.2202835 1195.1540828 1209.4430927 1222.4787562 1225.1751702
1229.8008519 1234.0236018 1244.1181846 1249.2117205 1256.1677155
1259.0664490 1267.4058246 1273.0889403 1280.2091742 1289.6053969
1293.5411929
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3344
Rtb_to_modes> Number of blocs = 110
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9794E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9920E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3210
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4547
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.155
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.311
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.357
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.571
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.512
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.581
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.506
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.308
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.259
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.9
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 660 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00002 0.99998 1.00003 0.99997
1.00001 1.00003 0.99997 1.00003 0.99997
1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00001
1.00002 0.99999 1.00003 1.00003 0.99998
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0.99994 1.00001 1.00004 1.00002 1.00001
1.00002 0.99996 1.00001 1.00001 0.99996
0.99996 0.99999 0.99998 1.00002 1.00004
1.00001 0.99999 0.99996 0.99999 1.00004
0.99997 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 1.00001
1.00002 1.00004 0.99999 0.99997 1.00001
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0.99999 1.00001 0.99998 1.00004 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999
1.00002 0.99997 0.99997 1.00000 1.00003
0.99999 1.00001 1.00000 1.00005 1.00002
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0.99999 0.99997 1.00001 0.99998 1.00003
0.99999 1.00002 0.99999 0.99997 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 60192 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00002 0.99998 1.00003 0.99997
1.00001 1.00003 0.99997 1.00003 0.99997
1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00001
1.00002 0.99999 1.00003 1.00003 0.99998
1.00001 1.00004 1.00001 0.99997 1.00002
0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996
0.99994 1.00001 1.00004 1.00002 1.00001
1.00002 0.99996 1.00001 1.00001 0.99996
0.99996 0.99999 0.99998 1.00002 1.00004
1.00001 0.99999 0.99996 0.99999 1.00004
0.99997 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 1.00001
1.00002 1.00004 0.99999 0.99997 1.00001
0.99999 1.00001 1.00001 1.00003 0.99998
0.99999 1.00001 0.99998 1.00004 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999
1.00002 0.99997 0.99997 1.00000 1.00003
0.99999 1.00001 1.00000 1.00005 1.00002
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0.99999 0.99997 1.00001 0.99998 1.00003
0.99999 1.00002 0.99999 0.99997 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403061401291920764.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403061401291920764.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403061401291920764.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403061401291920764.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 3344
Mean number per residue = 15.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9794E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9920E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9946E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3210
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4547
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.155
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.311
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.357
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.571
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.512
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.581
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.506
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.308
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.259
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.9
Bfactors> 106 vectors, 10032 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.321000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.038 +/- 0.05
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.038
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2403061401291920764.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403061401291920764.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2403061401291920764.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403061401291920764.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2403061401291920764.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2403061401291920764.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4303E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 73.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 124.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 403.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 720.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 763.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 778.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 848.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 877.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 881.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 903.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 915.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 929.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 944.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 980.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 986.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 994.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 994.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1003.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1009.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1017.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1036.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1043.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1051.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1060.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1070.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1078.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1081.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1090.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1094.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1107.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1115.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1121.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1124.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1135.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1139.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1148.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1151.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1160.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1169.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1173.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1180.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1195.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1209.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1222.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1225.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1230.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1234.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1244.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1249.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1256.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1259.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1267.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1273.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1280.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1289.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1294.
Projmod> 106 vectors, 10032 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 3344
Mean number per residue = 15.3
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 3344
Mean number per residue = 15.3
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 3344 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 34.52
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.099 Sum= 0.010 q= -196.9213
Vector: 2 F= 0.00 Cos= -0.058 Sum= 0.013 q= -115.4530
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.444 Sum= 0.210 q= 885.7882
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.032 Sum= 0.211 q= 63.1024
Vector: 5 F= 0.00 Cos= 0.010 Sum= 0.211 q= 19.1528
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.052 Sum= 0.214 q= -104.5320
Vector: 7 F= 61.52 Cos= 0.317 Sum= 0.314 q= 632.3700
Vector: 8 F= 73.22 Cos= -0.068 Sum= 0.319 q= -134.8254
Vector: 9 F= 116.70 Cos= -0.120 Sum= 0.333 q= -238.6914
Vector: 10 F= 124.33 Cos= -0.034 Sum= 0.334 q= -68.6736
Vector: 11 F= 166.71 Cos= -0.065 Sum= 0.338 q= -129.8804
Vector: 12 F= 174.11 Cos= -0.004 Sum= 0.338 q= -7.5556
Vector: 13 F= 230.65 Cos= -0.168 Sum= 0.367 q= -335.9635
Vector: 14 F= 278.56 Cos= -0.255 Sum= 0.432 q= -508.4942
Vector: 15 F= 297.50 Cos= 0.077 Sum= 0.438 q= 154.5917
Vector: 16 F= 312.99 Cos= -0.119 Sum= 0.452 q= -236.9417
Vector: 17 F= 330.41 Cos= -0.321 Sum= 0.555 q= -640.2080
Vector: 18 F= 398.09 Cos= -0.228 Sum= 0.606 q= -454.3768
Vector: 19 F= 403.24 Cos= 0.006 Sum= 0.607 q= 11.9147
Vector: 20 F= 419.57 Cos= 0.195 Sum= 0.644 q= 388.4910
Vector: 21 F= 440.68 Cos= -0.077 Sum= 0.650 q= -153.2698
%Projmod-Wn> Eigenvector 22 Norm= 1.0001
Vector: 22 F= 454.12 Cos= 0.047 Sum= 0.652 q= 93.1507
Vector: 23 F= 467.43 Cos= 0.049 Sum= 0.655 q= 96.8539
Vector: 24 F= 489.48 Cos= 0.216 Sum= 0.702 q= 431.7688
Vector: 25 F= 513.24 Cos= 0.006 Sum= 0.702 q= 11.9443
Vector: 26 F= 526.84 Cos= -0.151 Sum= 0.724 q= -301.5151
Vector: 27 F= 555.07 Cos= 0.066 Sum= 0.729 q= 132.4852
Vector: 28 F= 585.26 Cos= 0.076 Sum= 0.735 q= 150.7486
Vector: 29 F= 594.16 Cos= 0.041 Sum= 0.736 q= 82.2841
Vector: 30 F= 617.70 Cos= -0.056 Sum= 0.739 q= -112.5971
%Projmod-Wn> Eigenvector 31 Norm= 0.9999
Vector: 31 F= 632.23 Cos= -0.034 Sum= 0.741 q= -68.4617
Vector: 32 F= 642.04 Cos= -0.128 Sum= 0.757 q= -254.6239
Vector: 33 F= 653.60 Cos= -0.066 Sum= 0.761 q= -132.2563
Vector: 34 F= 675.07 Cos= -0.044 Sum= 0.763 q= -88.3942
Vector: 35 F= 688.91 Cos= -0.086 Sum= 0.771 q= -172.1008
Vector: 36 F= 720.94 Cos= -0.049 Sum= 0.773 q= -97.9859
Vector: 37 F= 725.42 Cos= -0.109 Sum= 0.785 q= -218.3915
Vector: 38 F= 740.78 Cos= 0.044 Sum= 0.787 q= 87.1660
Vector: 39 F= 758.32 Cos= 0.060 Sum= 0.791 q= 119.8412
Vector: 40 F= 763.36 Cos= 0.027 Sum= 0.791 q= 53.5883
Vector: 41 F= 767.59 Cos= 0.020 Sum= 0.792 q= 39.5760
Vector: 42 F= 778.57 Cos= 0.050 Sum= 0.794 q= 100.3698
Vector: 43 F= 790.45 Cos= -0.053 Sum= 0.797 q= -105.9830
Vector: 44 F= 807.35 Cos= -0.028 Sum= 0.798 q= -56.7249
Vector: 45 F= 809.90 Cos= -0.030 Sum= 0.799 q= -59.9652
Vector: 46 F= 819.96 Cos= 0.049 Sum= 0.801 q= 98.7180
Vector: 47 F= 835.41 Cos= 0.010 Sum= 0.801 q= 20.4166
Vector: 48 F= 848.65 Cos= -0.021 Sum= 0.802 q= -42.7779
Vector: 49 F= 854.12 Cos= -0.063 Sum= 0.806 q= -126.0521
Vector: 50 F= 867.88 Cos= 0.003 Sum= 0.806 q= 6.3300
Vector: 51 F= 877.20 Cos= -0.013 Sum= 0.806 q= -24.9539
Vector: 52 F= 881.36 Cos= -0.037 Sum= 0.807 q= -73.7978
Vector: 53 F= 895.36 Cos= 0.025 Sum= 0.808 q= 50.8146
Vector: 54 F= 903.95 Cos= 0.049 Sum= 0.810 q= 97.4639
Vector: 55 F= 915.23 Cos= 0.014 Sum= 0.810 q= 27.2255
Vector: 56 F= 927.89 Cos= 0.048 Sum= 0.813 q= 96.6660
Vector: 57 F= 929.48 Cos= 0.005 Sum= 0.813 q= 9.5214
Vector: 58 F= 936.81 Cos= 0.024 Sum= 0.813 q= 48.5131
Vector: 59 F= 944.33 Cos= -0.019 Sum= 0.814 q= -38.0354
Vector: 60 F= 957.54 Cos= -0.017 Sum= 0.814 q= -33.6027
Vector: 61 F= 971.29 Cos= -0.044 Sum= 0.816 q= -88.3770
Vector: 62 F= 980.59 Cos= 0.008 Sum= 0.816 q= 15.9608
Vector: 63 F= 986.35 Cos= -0.067 Sum= 0.821 q= -133.0439
Vector: 64 F= 994.32 Cos= -0.046 Sum= 0.823 q= -92.6796
Vector: 65 F= 994.92 Cos= -0.001 Sum= 0.823 q= -1.5180
Vector: 66 F= 1003.36 Cos= -0.000 Sum= 0.823 q= -0.4586
Vector: 67 F= 1008.98 Cos= 0.004 Sum= 0.823 q= 8.4264
Vector: 68 F= 1017.13 Cos= 0.001 Sum= 0.823 q= 2.9728
Vector: 69 F= 1036.19 Cos= 0.013 Sum= 0.823 q= 26.2346
Vector: 70 F= 1042.88 Cos= 0.027 Sum= 0.824 q= 54.8757
Vector: 71 F= 1051.44 Cos= -0.060 Sum= 0.827 q= -120.1753
Vector: 72 F= 1059.76 Cos= 0.013 Sum= 0.827 q= 25.6812
Vector: 73 F= 1069.57 Cos= -0.024 Sum= 0.828 q= -47.0227
Vector: 74 F= 1077.64 Cos= 0.013 Sum= 0.828 q= 26.0254
Vector: 75 F= 1080.97 Cos= 0.053 Sum= 0.831 q= 105.9142
Vector: 76 F= 1089.66 Cos= -0.000 Sum= 0.831 q= -0.4367
Vector: 77 F= 1093.98 Cos= -0.028 Sum= 0.832 q= -56.0878
Vector: 78 F= 1106.84 Cos= 0.030 Sum= 0.833 q= 59.8532
Vector: 79 F= 1110.56 Cos= 0.005 Sum= 0.833 q= 9.6739
Vector: 80 F= 1114.80 Cos= 0.019 Sum= 0.833 q= 38.0666
Vector: 81 F= 1120.60 Cos= 0.001 Sum= 0.833 q= 2.7230
Vector: 82 F= 1123.75 Cos= 0.017 Sum= 0.833 q= 33.5762
Vector: 83 F= 1135.24 Cos= -0.003 Sum= 0.833 q= -5.1290
Vector: 84 F= 1139.38 Cos= 0.065 Sum= 0.838 q= 129.7169
Vector: 85 F= 1145.06 Cos= 0.011 Sum= 0.838 q= 22.1032
Vector: 86 F= 1148.15 Cos= 0.038 Sum= 0.839 q= 76.4325
Vector: 87 F= 1151.22 Cos= -0.065 Sum= 0.843 q= -128.8115
Vector: 88 F= 1160.41 Cos= 0.035 Sum= 0.845 q= 70.7554
Vector: 89 F= 1169.01 Cos= -0.025 Sum= 0.845 q= -50.7662
Vector: 90 F= 1172.54 Cos= 0.022 Sum= 0.846 q= 43.1196
Vector: 91 F= 1180.05 Cos= 0.006 Sum= 0.846 q= 11.6277
Vector: 92 F= 1194.95 Cos= -0.001 Sum= 0.846 q= -2.9361
Vector: 93 F= 1209.17 Cos= -0.082 Sum= 0.853 q= -164.4392
Vector: 94 F= 1222.26 Cos= -0.035 Sum= 0.854 q= -70.4114
Vector: 95 F= 1225.15 Cos= 0.027 Sum= 0.855 q= 54.6134
Vector: 96 F= 1229.96 Cos= -0.010 Sum= 0.855 q= -19.9844
Vector: 97 F= 1233.79 Cos= -0.003 Sum= 0.855 q= -6.6877
Vector: 98 F= 1244.25 Cos= -0.051 Sum= 0.857 q= -102.1707
Vector: 99 F= 1248.98 Cos= -0.007 Sum= 0.857 q= -14.1631
Vector: 100 F= 1256.04 Cos= -0.079 Sum= 0.864 q= -158.0726
Vector: 101 F= 1258.86 Cos= 0.038 Sum= 0.865 q= 75.4228
Vector: 102 F= 1267.26 Cos= 0.006 Sum= 0.865 q= 12.5981
Vector: 103 F= 1272.83 Cos= -0.033 Sum= 0.866 q= -65.2867
Vector: 104 F= 1280.22 Cos= -0.024 Sum= 0.867 q= -48.0524
Vector: 105 F= 1289.40 Cos= 0.018 Sum= 0.867 q= 36.8514
Vector: 106 F= 1293.50 Cos= 0.008 Sum= 0.867 q= 16.4346
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003430
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003434
Projmod> Lowest non-zero frequency : 61.521817
Projmod> Best overlap with diff.vect. = 0.44 for mode 3 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.197 0.400 0.564 0.653 0.697 0.867
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061401291920764 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061401291920764.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 219 8.900 31 1.961
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 219 8.909 33 1.828
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 219 8.928 30 1.963
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 219 8.958 30 1.929
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 219 8.999 33 1.917
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 219 9.050 34 1.883
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 219 9.111 34 1.906
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 219 9.182 35 1.970
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 219 9.263 34 1.935
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 219 9.354 33 1.939
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 219 9.454 32 1.890
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061401291920764 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061401291920764.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 219 8.766 28 2.078
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 219 8.801 24 2.007
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 219 8.847 35 1.796
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 219 8.904 34 1.864
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 219 8.972 30 2.007
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 219 9.050 34 1.883
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 219 9.138 32 1.849
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 219 9.235 32 1.843
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 219 9.342 33 1.898
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 219 9.459 33 1.893
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 219 9.583 33 1.888
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061401291920764 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061401291920764.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061401291920764.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 219 8.559 36 1.780
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 219 8.637 37 1.788
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 219 8.725 37 1.836
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 219 8.823 37 1.900
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 219 8.932 34 1.817
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 219 9.050 34 1.883
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 219 9.177 28 1.847
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 219 9.313 29 1.965
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 219 9.458 27 2.049
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 219 9.611 31 1.917
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 219 9.772 28 1.980
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061401291920764 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061401291920764.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 219 9.185 36 1.757
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 219 9.140 32 1.976
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 219 9.104 35 1.834
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 219 9.077 32 1.979
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 219 9.059 34 1.904
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 219 9.050 34 1.883
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 219 9.050 33 1.844
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 219 9.059 33 1.843
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 219 9.078 36 1.982
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 219 9.105 31 2.050
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 219 9.142 22 1.958
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061401291920764 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061401291920764.eigenfacs
2403061401291920764.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061401291920764.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061401291920764.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 219 9.412 35 1.694
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 219 9.321 36 1.709
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 219 9.238 34 2.008
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 219 9.166 29 1.883
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 219 9.103 34 1.751
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 219 9.050 34 1.883
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 219 9.007 33 1.912
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 219 8.975 32 2.044
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 219 8.953 32 2.062
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 219 8.941 30 2.088
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 219 8.940 28 2.029
2403061401291920764.10.pdb
2403061401291920764.11.pdb
2403061401291920764.7.pdb
2403061401291920764.8.pdb
2403061401291920764.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m8.822s
user 0m8.766s
sys 0m0.056s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403061401291920764.Chkmod.res: No such file or directory
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elNémo
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