*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2403061123481892617.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2403061123481892617.atom to be opened.
Openam> File opened: 2403061123481892617.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 3344
Mean number per residue = 15.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 43.461848 +/- 13.670192 From: 16.950000 To: 76.390000
= 49.609701 +/- 13.653617 From: 15.885000 To: 77.455000
= 49.349139 +/- 9.087969 From: 21.665000 To: 71.675000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.9742 % Filled.
Pdbmat> 2000016 non-zero elements.
Pdbmat> 220370 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 131.80 +/- 45.35
Maximum number = 233
Minimum number = 18
Pdbmat> Matrix trace = 4.407400E+06
Pdbmat> Larger element = 838.651
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
219 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2403061123481892617.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2403061123481892617.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2403061123481892617.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3344 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 219 residues.
Blocpdb> 29 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 34 atoms in block 2
Block first atom: 30
Blocpdb> 32 atoms in block 3
Block first atom: 64
Blocpdb> 24 atoms in block 4
Block first atom: 96
Blocpdb> 32 atoms in block 5
Block first atom: 120
Blocpdb> 24 atoms in block 6
Block first atom: 152
Blocpdb> 38 atoms in block 7
Block first atom: 176
Blocpdb> 28 atoms in block 8
Block first atom: 214
Blocpdb> 33 atoms in block 9
Block first atom: 242
Blocpdb> 21 atoms in block 10
Block first atom: 275
Blocpdb> 26 atoms in block 11
Block first atom: 296
Blocpdb> 33 atoms in block 12
Block first atom: 322
Blocpdb> 36 atoms in block 13
Block first atom: 355
Blocpdb> 20 atoms in block 14
Block first atom: 391
Blocpdb> 46 atoms in block 15
Block first atom: 411
Blocpdb> 30 atoms in block 16
Block first atom: 457
Blocpdb> 34 atoms in block 17
Block first atom: 487
Blocpdb> 26 atoms in block 18
Block first atom: 521
Blocpdb> 17 atoms in block 19
Block first atom: 547
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 564
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 586
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 603
Blocpdb> 25 atoms in block 23
Block first atom: 623
Blocpdb> 34 atoms in block 24
Block first atom: 648
Blocpdb> 21 atoms in block 25
Block first atom: 682
Blocpdb> 34 atoms in block 26
Block first atom: 703
Blocpdb> 25 atoms in block 27
Block first atom: 737
Blocpdb> 44 atoms in block 28
Block first atom: 762
Blocpdb> 44 atoms in block 29
Block first atom: 806
Blocpdb> 26 atoms in block 30
Block first atom: 850
Blocpdb> 24 atoms in block 31
Block first atom: 876
Blocpdb> 22 atoms in block 32
Block first atom: 900
Blocpdb> 34 atoms in block 33
Block first atom: 922
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 956
Blocpdb> 39 atoms in block 35
Block first atom: 977
Blocpdb> 34 atoms in block 36
Block first atom: 1016
Blocpdb> 29 atoms in block 37
Block first atom: 1050
Blocpdb> 38 atoms in block 38
Block first atom: 1079
Blocpdb> 33 atoms in block 39
Block first atom: 1117
Blocpdb> 30 atoms in block 40
Block first atom: 1150
Blocpdb> 34 atoms in block 41
Block first atom: 1180
Blocpdb> 28 atoms in block 42
Block first atom: 1214
Blocpdb> 35 atoms in block 43
Block first atom: 1242
Blocpdb> 19 atoms in block 44
Block first atom: 1277
Blocpdb> 38 atoms in block 45
Block first atom: 1296
Blocpdb> 30 atoms in block 46
Block first atom: 1334
Blocpdb> 30 atoms in block 47
Block first atom: 1364
Blocpdb> 28 atoms in block 48
Block first atom: 1394
Blocpdb> 31 atoms in block 49
Block first atom: 1422
Blocpdb> 36 atoms in block 50
Block first atom: 1453
Blocpdb> 33 atoms in block 51
Block first atom: 1489
Blocpdb> 41 atoms in block 52
Block first atom: 1522
Blocpdb> 29 atoms in block 53
Block first atom: 1563
Blocpdb> 22 atoms in block 54
Block first atom: 1592
Blocpdb> 38 atoms in block 55
Block first atom: 1614
Blocpdb> 33 atoms in block 56
Block first atom: 1652
Blocpdb> 35 atoms in block 57
Block first atom: 1685
Blocpdb> 37 atoms in block 58
Block first atom: 1720
Blocpdb> 32 atoms in block 59
Block first atom: 1757
Blocpdb> 29 atoms in block 60
Block first atom: 1789
Blocpdb> 30 atoms in block 61
Block first atom: 1818
Blocpdb> 29 atoms in block 62
Block first atom: 1848
Blocpdb> 44 atoms in block 63
Block first atom: 1877
Blocpdb> 44 atoms in block 64
Block first atom: 1921
Blocpdb> 34 atoms in block 65
Block first atom: 1965
Blocpdb> 33 atoms in block 66
Block first atom: 1999
Blocpdb> 26 atoms in block 67
Block first atom: 2032
Blocpdb> 25 atoms in block 68
Block first atom: 2058
Blocpdb> 40 atoms in block 69
Block first atom: 2083
Blocpdb> 31 atoms in block 70
Block first atom: 2123
Blocpdb> 41 atoms in block 71
Block first atom: 2154
Blocpdb> 38 atoms in block 72
Block first atom: 2195
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 2233
Blocpdb> 32 atoms in block 74
Block first atom: 2255
Blocpdb> 33 atoms in block 75
Block first atom: 2287
Blocpdb> 30 atoms in block 76
Block first atom: 2320
Blocpdb> 23 atoms in block 77
Block first atom: 2350
Blocpdb> 36 atoms in block 78
Block first atom: 2373
Blocpdb> 29 atoms in block 79
Block first atom: 2409
Blocpdb> 22 atoms in block 80
Block first atom: 2438
Blocpdb> 28 atoms in block 81
Block first atom: 2460
Blocpdb> 27 atoms in block 82
Block first atom: 2488
Blocpdb> 43 atoms in block 83
Block first atom: 2515
Blocpdb> 26 atoms in block 84
Block first atom: 2558
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 2584
Blocpdb> 42 atoms in block 86
Block first atom: 2612
Blocpdb> 21 atoms in block 87
Block first atom: 2654
Blocpdb> 28 atoms in block 88
Block first atom: 2675
Blocpdb> 37 atoms in block 89
Block first atom: 2703
Blocpdb> 44 atoms in block 90
Block first atom: 2740
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 2784
Blocpdb> 18 atoms in block 92
Block first atom: 2810
Blocpdb> 29 atoms in block 93
Block first atom: 2828
Blocpdb> 29 atoms in block 94
Block first atom: 2857
Blocpdb> 32 atoms in block 95
Block first atom: 2886
Blocpdb> 31 atoms in block 96
Block first atom: 2918
Blocpdb> 28 atoms in block 97
Block first atom: 2949
Blocpdb> 35 atoms in block 98
Block first atom: 2977
Blocpdb> 27 atoms in block 99
Block first atom: 3012
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 3039
Blocpdb> 37 atoms in block 101
Block first atom: 3057
Blocpdb> 18 atoms in block 102
Block first atom: 3094
Blocpdb> 43 atoms in block 103
Block first atom: 3112
Blocpdb> 27 atoms in block 104
Block first atom: 3155
Blocpdb> 21 atoms in block 105
Block first atom: 3182
Blocpdb> 33 atoms in block 106
Block first atom: 3203
Blocpdb> 39 atoms in block 107
Block first atom: 3236
Blocpdb> 33 atoms in block 108
Block first atom: 3275
Blocpdb> 14 atoms in block 109
Block first atom: 3308
Blocpdb> 23 atoms in block 110
Block first atom: 3321
Blocpdb> 110 blocks.
Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2000126 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10032
Prepmat> Matrix trace = 4407400.0000
Prepmat> Last element read: 10032 10032 276.5574
Prepmat> 6106 lines saved.
Prepmat> 5039 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3344
RTB> Total mass = 3344.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3344
RTB> Number of blocks = 110
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 233624.7761
RTB> 36726 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 660
Diagstd> Nb of non-zero elements: 36726
Diagstd> Projected matrix trace = 233624.7761
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 660 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 233624.7761
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.7009432 0.9343752 1.1853613 1.6501897
3.2468766 4.4014470 5.7462814 6.4949284 6.6617244
7.0304560 9.0715835 10.9334917 11.9679748 12.4758229
15.2057756 16.1590902 16.6935839 17.5554384 18.6771039
19.1333279 20.5749094 21.3502678 22.1271834 22.8658720
25.9833837 28.1198036 29.9992262 31.2805518 33.2039487
35.0310529 36.9023267 39.5156563 40.9343123 41.4540109
42.0975931 46.5095245 47.7263611 49.6814579 50.6425459
52.1223516 53.2298878 53.8302776 55.8372839 56.3809213
60.6766920 61.7050502 63.9451599 64.4810842 65.0965385
67.0811225 68.0375696 69.8617898 70.5157658 72.3091256
72.9983533 74.3731448 76.7413881 77.1905357 78.6695272
79.4864735 80.7614448 82.3633480 83.4408775 85.0937291
87.9272204 89.9994576 91.8376095 93.7573729 94.2482651
95.8371199 97.0266704 98.4317883 98.6810493 100.3674668
101.8837935 102.2498041 103.4796473 104.8561678 106.8124169
108.5241225 108.8128308 109.9294934 111.7859271 113.8506435
114.7727534 115.7283146 117.4210269 118.1671312 119.2130162
120.5118445 120.6447152 121.7251585 124.6161648 126.0533366
127.7177216 128.5647067 129.3883247 130.2715374 133.4086455
134.0600352
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034310 0.0034321 0.0034331 0.0034349 0.0034359
0.0034364 90.9152428 104.9677601 118.2280841 139.4961472
195.6717701 227.8206147 260.3087259 276.7467082 280.2777433
287.9300733 327.0670778 359.0663606 375.6692206 383.5569721
423.4474952 436.5195845 443.6802247 454.9892338 469.2994532
474.9966398 492.5657898 501.7610475 510.8087741 519.2651356
553.5325106 575.8394600 594.7717146 607.3408366 625.7345676
642.7200910 659.6630443 682.6213697 694.7667559 699.1631964
704.5696207 740.5701963 750.1954778 765.4070288 772.7749672
783.9841472 792.2697159 796.7252663 811.4418876 815.3824587
845.8750750 853.0129713 868.3586186 871.9898827 876.1414516
889.3965506 895.7146469 907.6431494 911.8814764 923.4041780
927.7945390 936.4904504 951.2838097 954.0635585 963.1602489
968.1483171 975.8820281 985.5128155 991.9384198 1001.7147266
1018.2559403 1030.1850099 1040.6521018 1051.4726852 1054.2217268
1063.0707213 1069.6479038 1077.3652614 1078.7285167 1087.9069765
1096.0940843 1098.0611405 1104.6450484 1111.9679530 1122.2927342
1131.2495559 1132.7532963 1138.5507494 1148.1241358 1158.6787047
1163.3614819 1168.1943311 1176.7066760 1180.4392086 1185.6516729
1192.0930257 1192.7500171 1198.0789963 1212.2228634 1219.1929793
1227.2155834 1231.2781197 1235.2157630 1239.4244222 1254.2591205
1257.3174552
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3344
Rtb_to_modes> Number of blocs = 110
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9826E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9893E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9950E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7009
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9344
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.185
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.650
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.247
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.401
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.746
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.495
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.662
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.030
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.072
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.1
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 660 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00006 0.99998 1.00000 0.99999
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1.00001 0.99998 0.99999 1.00003 0.99998
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1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002
1.00003
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 60192 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99995 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001
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1.00000 1.00006 0.99998 1.00000 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
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1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 1.00000
1.00004 0.99999 0.99997 0.99998 1.00003
0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 1.00003 0.99998 1.00000 1.00002
0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00002 0.99997 1.00002 0.99999 1.00000
1.00001 0.99998 0.99999 1.00003 0.99998
0.99997 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00002
0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002
1.00003
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2403061123481892617.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2403061123481892617.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2403061123481892617.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2403061123481892617.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 219
First residue number = 1
Last residue number = 219
Number of atoms found = 3344
Mean number per residue = 15.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9826E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9893E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9950E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7009
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9344
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.185
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.650
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.247
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.401
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.746
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.662
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.030
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.072
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.5
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.8
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.7
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.4
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.4
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.1
Bfactors> 106 vectors, 10032 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.700900
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.027 +/- 0.02
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.027
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061123481892617 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061123481892617.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061123481892617 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061123481892617.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061123481892617 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2403061123481892617.atom
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2403061123481892617.atom
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2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
2403061123481892617.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061123481892617.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061123481892617 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061123481892617.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2403061123481892617 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2403061123481892617.eigenfacs
2403061123481892617.atom
making animated gifs
11 models are in 2403061123481892617.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2403061123481892617.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2403061123481892617.10.pdb
2403061123481892617.11.pdb
2403061123481892617.7.pdb
2403061123481892617.8.pdb
2403061123481892617.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m9.200s
user 0m9.098s
sys 0m0.076s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2403061123481892617.Chkmod.res: No such file or directory
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