*** 3JWO ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240228060919933712.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240228060919933712.atom to be opened.
Openam> File opened: 240228060919933712.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 353
First residue number = 1
Last residue number = 353
Number of atoms found = 2747
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 30.825851 +/- 12.061110 From: 2.248000 To: 61.163000
= 99.960054 +/- 15.636022 From: 75.105000 To: 158.133000
= 3.306380 +/- 10.288870 From: -26.097000 To: 28.838000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.8804 % Filled.
Pdbmat> 978215 non-zero elements.
Pdbmat> 106872 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.81 +/- 23.57
Maximum number = 134
Minimum number = 14
Pdbmat> Matrix trace = 2.137440E+06
Pdbmat> Larger element = 498.420
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
353 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240228060919933712.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240228060919933712.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240228060919933712.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2747 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 353 residues.
Blocpdb> 22 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 14 atoms in block 2
Block first atom: 23
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 37
Blocpdb> 16 atoms in block 4
Block first atom: 56
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 72
Blocpdb> 21 atoms in block 6
Block first atom: 86
Blocpdb> 18 atoms in block 7
Block first atom: 107
Blocpdb> 12 atoms in block 8
Block first atom: 125
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 137
Blocpdb> 19 atoms in block 10
Block first atom: 151
Blocpdb> 11 atoms in block 11
Block first atom: 170
Blocpdb> 14 atoms in block 12
Block first atom: 181
Blocpdb> 14 atoms in block 13
Block first atom: 195
Blocpdb> 17 atoms in block 14
Block first atom: 209
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 226
Blocpdb> 16 atoms in block 16
Block first atom: 241
Blocpdb> 18 atoms in block 17
Block first atom: 257
Blocpdb> 21 atoms in block 18
Block first atom: 275
Blocpdb> 12 atoms in block 19
Block first atom: 296
Blocpdb> 15 atoms in block 20
Block first atom: 308
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 323
Blocpdb> 14 atoms in block 22
Block first atom: 336
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 350
Blocpdb> 15 atoms in block 24
Block first atom: 365
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 380
Blocpdb> 14 atoms in block 26
Block first atom: 398
Blocpdb> 15 atoms in block 27
Block first atom: 412
Blocpdb> 15 atoms in block 28
Block first atom: 427
Blocpdb> 16 atoms in block 29
Block first atom: 442
Blocpdb> 19 atoms in block 30
Block first atom: 458
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 477
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 493
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 516
Blocpdb> 15 atoms in block 34
Block first atom: 532
Blocpdb> 18 atoms in block 35
Block first atom: 547
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 565
Blocpdb> 17 atoms in block 37
Block first atom: 583
Blocpdb> 16 atoms in block 38
Block first atom: 600
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 616
Blocpdb> 22 atoms in block 40
Block first atom: 630
Blocpdb> 15 atoms in block 41
Block first atom: 652
Blocpdb> 17 atoms in block 42
Block first atom: 667
Blocpdb> 13 atoms in block 43
Block first atom: 684
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 697
Blocpdb> 15 atoms in block 45
Block first atom: 713
Blocpdb> 8 atoms in block 46
Block first atom: 728
Blocpdb> 13 atoms in block 47
Block first atom: 736
Blocpdb> 15 atoms in block 48
Block first atom: 749
Blocpdb> 14 atoms in block 49
Block first atom: 764
Blocpdb> 13 atoms in block 50
Block first atom: 778
Blocpdb> 16 atoms in block 51
Block first atom: 791
Blocpdb> 17 atoms in block 52
Block first atom: 807
Blocpdb> 16 atoms in block 53
Block first atom: 824
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 840
Blocpdb> 18 atoms in block 55
Block first atom: 855
Blocpdb> 18 atoms in block 56
Block first atom: 873
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 891
Blocpdb> 9 atoms in block 58
Block first atom: 903
Blocpdb> 16 atoms in block 59
Block first atom: 912
Blocpdb> 16 atoms in block 60
Block first atom: 928
Blocpdb> 15 atoms in block 61
Block first atom: 944
Blocpdb> 16 atoms in block 62
Block first atom: 959
Blocpdb> 16 atoms in block 63
Block first atom: 975
Blocpdb> 19 atoms in block 64
Block first atom: 991
Blocpdb> 11 atoms in block 65
Block first atom: 1010
Blocpdb> 11 atoms in block 66
Block first atom: 1021
Blocpdb> 13 atoms in block 67
Block first atom: 1032
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1045
Blocpdb> 13 atoms in block 69
Block first atom: 1060
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1073
Blocpdb> 13 atoms in block 71
Block first atom: 1089
Blocpdb> 14 atoms in block 72
Block first atom: 1102
Blocpdb> 19 atoms in block 73
Block first atom: 1116
Blocpdb> 14 atoms in block 74
Block first atom: 1135
Blocpdb> 13 atoms in block 75
Block first atom: 1149
Blocpdb> 15 atoms in block 76
Block first atom: 1162
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1177
Blocpdb> 16 atoms in block 78
Block first atom: 1193
Blocpdb> 10 atoms in block 79
Block first atom: 1209
Blocpdb> 13 atoms in block 80
Block first atom: 1219
Blocpdb> 18 atoms in block 81
Block first atom: 1232
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1250
Blocpdb> 15 atoms in block 83
Block first atom: 1266
Blocpdb> 17 atoms in block 84
Block first atom: 1281
Blocpdb> 15 atoms in block 85
Block first atom: 1298
Blocpdb> 18 atoms in block 86
Block first atom: 1313
Blocpdb> 16 atoms in block 87
Block first atom: 1331
Blocpdb> 14 atoms in block 88
Block first atom: 1347
Blocpdb> 15 atoms in block 89
Block first atom: 1361
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1376
Blocpdb> 17 atoms in block 91
Block first atom: 1391
Blocpdb> 15 atoms in block 92
Block first atom: 1408
Blocpdb> 13 atoms in block 93
Block first atom: 1423
Blocpdb> 17 atoms in block 94
Block first atom: 1436
Blocpdb> 14 atoms in block 95
Block first atom: 1453
Blocpdb> 11 atoms in block 96
Block first atom: 1467
Blocpdb> 9 atoms in block 97
Block first atom: 1478
Blocpdb> 16 atoms in block 98
Block first atom: 1487
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1503
Blocpdb> 16 atoms in block 100
Block first atom: 1519
Blocpdb> 14 atoms in block 101
Block first atom: 1535
Blocpdb> 22 atoms in block 102
Block first atom: 1549
Blocpdb> 15 atoms in block 103
Block first atom: 1571
Blocpdb> 17 atoms in block 104
Block first atom: 1586
Blocpdb> 17 atoms in block 105
Block first atom: 1603
Blocpdb> 11 atoms in block 106
Block first atom: 1620
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 1631
Blocpdb> 20 atoms in block 108
Block first atom: 1648
Blocpdb> 20 atoms in block 109
Block first atom: 1668
Blocpdb> 12 atoms in block 110
Block first atom: 1688
Blocpdb> 17 atoms in block 111
Block first atom: 1700
Blocpdb> 15 atoms in block 112
Block first atom: 1717
Blocpdb> 19 atoms in block 113
Block first atom: 1732
Blocpdb> 18 atoms in block 114
Block first atom: 1751
Blocpdb> 12 atoms in block 115
Block first atom: 1769
Blocpdb> 8 atoms in block 116
Block first atom: 1781
Blocpdb> 15 atoms in block 117
Block first atom: 1789
Blocpdb> 17 atoms in block 118
Block first atom: 1804
Blocpdb> 14 atoms in block 119
Block first atom: 1821
Blocpdb> 24 atoms in block 120
Block first atom: 1835
Blocpdb> 19 atoms in block 121
Block first atom: 1859
Blocpdb> 10 atoms in block 122
Block first atom: 1878
Blocpdb> 13 atoms in block 123
Block first atom: 1888
Blocpdb> 22 atoms in block 124
Block first atom: 1901
Blocpdb> 18 atoms in block 125
Block first atom: 1923
Blocpdb> 14 atoms in block 126
Block first atom: 1941
Blocpdb> 16 atoms in block 127
Block first atom: 1955
Blocpdb> 19 atoms in block 128
Block first atom: 1971
Blocpdb> 14 atoms in block 129
Block first atom: 1990
Blocpdb> 21 atoms in block 130
Block first atom: 2004
Blocpdb> 19 atoms in block 131
Block first atom: 2025
Blocpdb> 13 atoms in block 132
Block first atom: 2044
Blocpdb> 13 atoms in block 133
Block first atom: 2057
Blocpdb> 14 atoms in block 134
Block first atom: 2070
Blocpdb> 15 atoms in block 135
Block first atom: 2084
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2099
Blocpdb> 13 atoms in block 137
Block first atom: 2114
Blocpdb> 19 atoms in block 138
Block first atom: 2127
Blocpdb> 18 atoms in block 139
Block first atom: 2146
Blocpdb> 16 atoms in block 140
Block first atom: 2164
Blocpdb> 16 atoms in block 141
Block first atom: 2180
Blocpdb> 23 atoms in block 142
Block first atom: 2196
Blocpdb> 16 atoms in block 143
Block first atom: 2219
Blocpdb> 13 atoms in block 144
Block first atom: 2235
Blocpdb> 13 atoms in block 145
Block first atom: 2248
Blocpdb> 17 atoms in block 146
Block first atom: 2261
Blocpdb> 14 atoms in block 147
Block first atom: 2278
Blocpdb> 14 atoms in block 148
Block first atom: 2292
Blocpdb> 13 atoms in block 149
Block first atom: 2306
Blocpdb> 19 atoms in block 150
Block first atom: 2319
Blocpdb> 12 atoms in block 151
Block first atom: 2338
Blocpdb> 14 atoms in block 152
Block first atom: 2350
Blocpdb> 15 atoms in block 153
Block first atom: 2364
Blocpdb> 12 atoms in block 154
Block first atom: 2379
Blocpdb> 16 atoms in block 155
Block first atom: 2391
Blocpdb> 18 atoms in block 156
Block first atom: 2407
Blocpdb> 12 atoms in block 157
Block first atom: 2425
Blocpdb> 12 atoms in block 158
Block first atom: 2437
Blocpdb> 14 atoms in block 159
Block first atom: 2449
Blocpdb> 17 atoms in block 160
Block first atom: 2463
Blocpdb> 15 atoms in block 161
Block first atom: 2480
Blocpdb> 19 atoms in block 162
Block first atom: 2495
Blocpdb> 18 atoms in block 163
Block first atom: 2514
Blocpdb> 8 atoms in block 164
Block first atom: 2532
Blocpdb> 12 atoms in block 165
Block first atom: 2540
Blocpdb> 19 atoms in block 166
Block first atom: 2552
Blocpdb> 16 atoms in block 167
Block first atom: 2571
Blocpdb> 25 atoms in block 168
Block first atom: 2587
Blocpdb> 15 atoms in block 169
Block first atom: 2612
Blocpdb> 20 atoms in block 170
Block first atom: 2627
Blocpdb> 21 atoms in block 171
Block first atom: 2647
Blocpdb> 16 atoms in block 172
Block first atom: 2668
Blocpdb> 16 atoms in block 173
Block first atom: 2684
Blocpdb> 17 atoms in block 174
Block first atom: 2700
Blocpdb> 15 atoms in block 175
Block first atom: 2717
Blocpdb> 11 atoms in block 176
Block first atom: 2732
Blocpdb> 5 atoms in block 177
Block first atom: 2742
Blocpdb> 177 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 978392 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8241
Prepmat> Matrix trace = 2137440.0000
Prepmat> Last element read: 8241 8241 132.4930
Prepmat> 15754 lines saved.
Prepmat> 13961 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2747
RTB> Total mass = 2747.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2747
RTB> Number of blocks = 177
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 227273.6837
RTB> 61857 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1062
Diagstd> Nb of non-zero elements: 61857
Diagstd> Projected matrix trace = 227273.6837
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1062 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 227273.6837
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0584224 0.1331863 0.5945834 0.6622296
1.3024617 1.8643207 2.1593701 2.4457409 3.1672083
3.2683954 3.5035843 3.7402306 3.9404337 4.3477156
5.1167083 5.6175561 6.0761813 6.6151869 6.8199331
7.1058430 7.4975824 8.0059954 8.2231210 8.6098596
9.4441480 10.2225263 10.5834602 10.9497437 11.3602175
12.2992283 12.7338677 13.4838006 14.0343136 14.5293191
15.1281134 15.8304940 16.1488653 16.4629663 18.0291881
18.2599923 18.8636557 19.1830099 19.6918913 20.2955072
20.7277085 21.0565845 22.0012984 22.5874856 23.4732615
23.6795248 24.4883771 25.3321288 25.4955670 26.3994888
26.8294073 27.1499697 27.4209898 28.2752936 28.6324676
28.9125290 29.3876308 29.9365243 30.8235975 31.3301297
31.7248835 32.4113039 32.9520976 32.9619503 33.8614751
34.2323215 35.1346393 35.5274728 36.0416579 36.9246568
37.1769668 37.6410873 38.2351545 38.4349675 39.4146465
39.9895759 40.5764165 40.7039266 40.9994148 41.8525894
43.0172791 43.3736932 44.1492030 44.3407787 45.1285533
45.1585597 46.0497788 46.2874535 46.7657757 46.9802565
47.3445224 47.8936337 48.4771992 48.6949663 49.0967755
49.9077540
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034329 0.0034330 0.0034337 0.0034338 0.0034355
0.0034356 26.2473267 39.6300843 83.7339664 88.3689243
123.9303760 148.2707878 159.5727822 169.8245612 193.2562714
196.3191097 203.2598348 210.0121731 215.5595625 226.4257661
245.6352054 257.3765590 267.6767440 279.2970438 283.5863596
289.4696813 297.3417566 307.2578221 311.3964234 318.6348806
333.7157249 347.1957487 353.2719215 359.3331274 366.0063363
380.8326822 387.5033368 398.7506846 406.8092957 413.9214289
422.3647507 432.0584602 436.3814550 440.6049029 461.0875173
464.0294827 471.6373720 475.6129331 481.8801035 489.2098975
494.3914211 498.2981149 509.3536653 516.0944924 526.1165923
528.4230725 537.3723084 546.5515417 548.3118321 557.9471184
562.4718853 565.8221638 568.6392638 577.4293331 581.0649363
583.8997924 588.6776779 594.1498185 602.8884206 607.8219457
611.6391810 618.2206848 623.3569602 623.4501454 631.8997988
635.3506180 643.6696466 647.2580164 651.9250366 659.8626000
662.1132164 666.2333371 671.4701408 673.2223714 681.7483541
686.7025804 691.7228549 692.8088609 695.3190193 702.5163665
712.2242377 715.1686723 721.5338567 723.0976297 729.4927599
729.7352431 736.9008452 738.8000643 742.6075349 744.3084887
747.1884503 751.5089795 756.0735414 757.7698384 760.8898055
767.1482398
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2747
Rtb_to_modes> Number of blocs = 177
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.446
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.167
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.36
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.13
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.30
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.42
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.91
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1062 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
0.99999 1.00002 1.00000 0.99998 0.99998
1.00003 1.00000 0.99997 0.99999 1.00003
1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 0.99998
0.99999 1.00000 0.99996 1.00000 0.99998
1.00001 1.00001 1.00000 0.99995 0.99999
1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 0.99996
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 0.99998
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1.00000 1.00002 0.99998 0.99997 0.99998
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000
1.00003 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000
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1.00003 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 1.00001
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 49446 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99996
1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
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1.00003 1.00000 0.99997 0.99999 1.00003
1.00000 1.00002 0.99998 1.00002 0.99998
0.99999 1.00000 0.99996 1.00000 0.99998
1.00001 1.00001 1.00000 0.99995 0.99999
1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 0.99996
1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 0.99998
1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 0.99998
0.99999 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 1.00002 0.99998 0.99997 0.99998
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000
1.00003 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000
0.99997 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998
1.00003 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240228060919933712.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240228060919933712.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240228060919933712.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240228060919933712.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 353
First residue number = 1
Last residue number = 353
Number of atoms found = 2747
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9943E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.8422E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1332
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5946
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6622
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.302
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.864
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.159
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.446
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.167
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.940
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.348
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.618
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.498
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.006
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.223
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.610
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.444
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.91
Bfactors> 106 vectors, 8241 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.058422
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.280 for 353 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.151 +/- 0.78
Bfactors> = 100.631 +/- 30.49
Bfactors> Shiftng-fct= 100.480
Bfactors> Scaling-fct= 38.937
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060919933712 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060919933712.eigenfacs
240228060919933712.atom
240228060919933712.10.pdb
240228060919933712.11.pdb
240228060919933712.12.pdb
240228060919933712.13.pdb
240228060919933712.14.pdb
240228060919933712.15.pdb
240228060919933712.16.pdb
240228060919933712.7.pdb
240228060919933712.8.pdb
240228060919933712.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m18.817s
user 0m18.777s
sys 0m0.040s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240228060919933712.Chkmod.res: No such file or directory
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