*** 1AOL ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240228060428927675.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240228060428927675.atom to be opened.
Openam> File opened: 240228060428927675.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 228
First residue number = 1
Last residue number = 228
Number of atoms found = 1785
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 52.033567 +/- 13.452411 From: 20.834000 To: 84.020000
= 39.244648 +/- 6.836439 From: 22.593000 To: 60.201000
= 44.539389 +/- 10.235237 From: 21.402000 To: 71.010000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.7422 % Filled.
Pdbmat> 680062 non-zero elements.
Pdbmat> 74383 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.34 +/- 25.05
Maximum number = 133
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.487660E+06
Pdbmat> Larger element = 491.640
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
228 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240228060428927675.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240228060428927675.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240228060428927675.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1785 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 228 residues.
Blocpdb> 16 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 20 atoms in block 2
Block first atom: 17
Blocpdb> 15 atoms in block 3
Block first atom: 37
Blocpdb> 23 atoms in block 4
Block first atom: 52
Blocpdb> 14 atoms in block 5
Block first atom: 75
Blocpdb> 12 atoms in block 6
Block first atom: 89
Blocpdb> 19 atoms in block 7
Block first atom: 101
Blocpdb> 16 atoms in block 8
Block first atom: 120
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 136
Blocpdb> 13 atoms in block 10
Block first atom: 157
Blocpdb> 10 atoms in block 11
Block first atom: 170
Blocpdb> 18 atoms in block 12
Block first atom: 180
Blocpdb> 15 atoms in block 13
Block first atom: 198
Blocpdb> 21 atoms in block 14
Block first atom: 213
Blocpdb> 28 atoms in block 15
Block first atom: 234
Blocpdb> 14 atoms in block 16
Block first atom: 262
Blocpdb> 15 atoms in block 17
Block first atom: 276
Blocpdb> 15 atoms in block 18
Block first atom: 291
Blocpdb> 14 atoms in block 19
Block first atom: 306
Blocpdb> 16 atoms in block 20
Block first atom: 320
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 336
Blocpdb> 10 atoms in block 22
Block first atom: 349
Blocpdb> 14 atoms in block 23
Block first atom: 359
Blocpdb> 24 atoms in block 24
Block first atom: 373
Blocpdb> 12 atoms in block 25
Block first atom: 397
Blocpdb> 21 atoms in block 26
Block first atom: 409
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 430
Blocpdb> 19 atoms in block 28
Block first atom: 444
Blocpdb> 12 atoms in block 29
Block first atom: 463
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 475
Blocpdb> 11 atoms in block 31
Block first atom: 489
Blocpdb> 13 atoms in block 32
Block first atom: 500
Blocpdb> 12 atoms in block 33
Block first atom: 513
Blocpdb> 10 atoms in block 34
Block first atom: 525
Blocpdb> 10 atoms in block 35
Block first atom: 535
Blocpdb> 12 atoms in block 36
Block first atom: 545
Blocpdb> 9 atoms in block 37
Block first atom: 557
Blocpdb> 12 atoms in block 38
Block first atom: 566
Blocpdb> 19 atoms in block 39
Block first atom: 578
Blocpdb> 14 atoms in block 40
Block first atom: 597
Blocpdb> 16 atoms in block 41
Block first atom: 611
Blocpdb> 15 atoms in block 42
Block first atom: 627
Blocpdb> 14 atoms in block 43
Block first atom: 642
Blocpdb> 14 atoms in block 44
Block first atom: 656
Blocpdb> 17 atoms in block 45
Block first atom: 670
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 687
Blocpdb> 19 atoms in block 47
Block first atom: 702
Blocpdb> 19 atoms in block 48
Block first atom: 721
Blocpdb> 17 atoms in block 49
Block first atom: 740
Blocpdb> 16 atoms in block 50
Block first atom: 757
Blocpdb> 16 atoms in block 51
Block first atom: 773
Blocpdb> 17 atoms in block 52
Block first atom: 789
Blocpdb> 15 atoms in block 53
Block first atom: 806
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 821
Blocpdb> 15 atoms in block 55
Block first atom: 836
Blocpdb> 19 atoms in block 56
Block first atom: 851
Blocpdb> 13 atoms in block 57
Block first atom: 870
Blocpdb> 10 atoms in block 58
Block first atom: 883
Blocpdb> 21 atoms in block 59
Block first atom: 893
Blocpdb> 18 atoms in block 60
Block first atom: 914
Blocpdb> 14 atoms in block 61
Block first atom: 932
Blocpdb> 15 atoms in block 62
Block first atom: 946
Blocpdb> 10 atoms in block 63
Block first atom: 961
Blocpdb> 11 atoms in block 64
Block first atom: 971
Blocpdb> 14 atoms in block 65
Block first atom: 982
Blocpdb> 23 atoms in block 66
Block first atom: 996
Blocpdb> 11 atoms in block 67
Block first atom: 1019
Blocpdb> 20 atoms in block 68
Block first atom: 1030
Blocpdb> 10 atoms in block 69
Block first atom: 1050
Blocpdb> 16 atoms in block 70
Block first atom: 1060
Blocpdb> 11 atoms in block 71
Block first atom: 1076
Blocpdb> 18 atoms in block 72
Block first atom: 1087
Blocpdb> 26 atoms in block 73
Block first atom: 1105
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1131
Blocpdb> 12 atoms in block 75
Block first atom: 1147
Blocpdb> 20 atoms in block 76
Block first atom: 1159
Blocpdb> 20 atoms in block 77
Block first atom: 1179
Blocpdb> 15 atoms in block 78
Block first atom: 1199
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1214
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1229
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1245
Blocpdb> 13 atoms in block 82
Block first atom: 1260
Blocpdb> 14 atoms in block 83
Block first atom: 1273
Blocpdb> 16 atoms in block 84
Block first atom: 1287
Blocpdb> 13 atoms in block 85
Block first atom: 1303
Blocpdb> 17 atoms in block 86
Block first atom: 1316
Blocpdb> 17 atoms in block 87
Block first atom: 1333
Blocpdb> 20 atoms in block 88
Block first atom: 1350
Blocpdb> 15 atoms in block 89
Block first atom: 1370
Blocpdb> 13 atoms in block 90
Block first atom: 1385
Blocpdb> 17 atoms in block 91
Block first atom: 1398
Blocpdb> 18 atoms in block 92
Block first atom: 1415
Blocpdb> 13 atoms in block 93
Block first atom: 1433
Blocpdb> 13 atoms in block 94
Block first atom: 1446
Blocpdb> 16 atoms in block 95
Block first atom: 1459
Blocpdb> 13 atoms in block 96
Block first atom: 1475
Blocpdb> 21 atoms in block 97
Block first atom: 1488
Blocpdb> 11 atoms in block 98
Block first atom: 1509
Blocpdb> 22 atoms in block 99
Block first atom: 1520
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 1542
Blocpdb> 19 atoms in block 101
Block first atom: 1560
Blocpdb> 20 atoms in block 102
Block first atom: 1579
Blocpdb> 13 atoms in block 103
Block first atom: 1599
Blocpdb> 15 atoms in block 104
Block first atom: 1612
Blocpdb> 15 atoms in block 105
Block first atom: 1627
Blocpdb> 12 atoms in block 106
Block first atom: 1642
Blocpdb> 18 atoms in block 107
Block first atom: 1654
Blocpdb> 12 atoms in block 108
Block first atom: 1672
Blocpdb> 19 atoms in block 109
Block first atom: 1684
Blocpdb> 23 atoms in block 110
Block first atom: 1703
Blocpdb> 17 atoms in block 111
Block first atom: 1726
Blocpdb> 12 atoms in block 112
Block first atom: 1743
Blocpdb> 18 atoms in block 113
Block first atom: 1755
Blocpdb> 13 atoms in block 114
Block first atom: 1772
Blocpdb> 114 blocks.
Blocpdb> At most, 28 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 680176 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5355
Prepmat> Matrix trace = 1487660.0000
Prepmat> Last element read: 5355 5355 76.9316
Prepmat> 6556 lines saved.
Prepmat> 5349 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1785
RTB> Total mass = 1785.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1785
RTB> Number of blocks = 114
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 160000.0828
RTB> 41706 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 684
Diagstd> Nb of non-zero elements: 41706
Diagstd> Projected matrix trace = 160000.0828
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 684 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 160000.0828
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.9011341 2.7022300 3.8040061 4.9650970
6.0482904 7.9160105 9.3291167 9.5870371 11.7018321
12.6185875 13.3861822 13.9168557 15.9853730 17.0623275
18.3712528 18.9515413 19.7828794 20.6754171 21.6064169
23.8583904 25.0370276 25.7366349 27.2191581 27.8937553
29.6522943 30.0457699 30.7747640 31.4673894 32.6359022
33.7543495 34.0452732 35.4607808 36.4345358 38.0873961
38.9993751 41.2400389 41.4817766 43.0816741 43.5501277
44.5764600 46.5779511 48.3751247 48.6076187 49.8301320
50.3540275 50.5963023 51.7478182 53.5250989 54.7124750
55.3037644 56.1019397 58.0357070 58.4268412 58.8996449
60.0131875 60.6623270 61.7471277 62.0228668 62.1886494
62.8478812 64.6461969 65.1574022 65.7884210 67.2669475
68.4750191 69.1299154 69.7253387 71.2484301 71.2956773
72.6355876 73.3399055 74.3770736 75.1941926 75.6196144
77.1295247 78.0487900 78.7567733 80.4433807 81.2193628
81.7889135 82.1510574 83.0810305 83.4951826 83.8899015
85.9937592 86.0811478 87.0602602 88.1270776 88.3784894
89.0930064 89.3768019 90.3567093 90.6612676 92.7067453
92.9115251 93.3006447 94.8754073 95.2553608 96.5011633
96.6102147
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034322 0.0034329 0.0034341 0.0034346 0.0034347
0.0034348 149.7275289 178.5074874 211.7950869 241.9686776
267.0616928 305.5262022 331.6771428 336.2307927 371.4686874
385.7453082 397.3046481 405.1033569 434.1668573 448.5536728
465.4410323 472.7347728 482.9921051 493.7674082 504.7620047
530.4150657 543.3587491 550.8979560 566.5426697 573.5202722
591.3225362 595.2329286 602.4106565 609.1519483 620.3590063
630.8994541 633.6124350 646.6502164 655.4686131 670.1714487
678.1474056 697.3564358 699.3973051 712.7571226 716.6217690
725.0167975 741.1147730 755.2771206 757.0899005 766.5514320
770.5705139 772.4220618 781.1623481 794.4636288 803.2272998
807.5559611 813.3626376 827.2617038 830.0447056 833.3963971
841.2375064 845.7749403 853.3037625 855.2069045 856.3490943
860.8760002 873.1055939 876.5509418 880.7852069 890.6275811
898.5895448 902.8763828 906.7563311 916.6064944 916.9103604
925.4863281 929.9625363 936.5151852 941.6454895 944.3054788
953.6864406 959.3528442 963.6941830 973.9584662 978.6447466
982.0701246 984.2419220 989.7971925 992.2611547 994.6038191
1006.9983234 1007.5098598 1013.2235158 1019.4125232 1020.8655946
1024.9840030 1026.6151893 1032.2276382 1033.9657991 1045.5647844
1046.7189209 1048.9084949 1057.7233866 1059.8392361 1066.7473056
1067.3498758
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1785
Rtb_to_modes> Number of blocs = 114
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9899E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9940E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.901
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.702
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.804
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.965
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.048
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.916
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.329
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.587
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.61
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 684 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99996 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998
1.00002 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 1.00003 0.99999 0.99999
0.99994 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002
1.00002 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002
1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00003
0.99998 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 1.00002 1.00004 1.00005 0.99999
1.00000 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 0.99997 1.00000 1.00002
1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 0.99998
1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999
0.99998 0.99997 1.00002 0.99999 0.99998
0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00003
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 32130 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99996 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
0.99998 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998
1.00002 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 0.99999 1.00003 0.99999 0.99999
0.99994 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002
1.00002 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002
1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00003
0.99998 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 1.00002 1.00004 1.00005 0.99999
1.00000 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 0.99997 1.00000 1.00002
1.00000 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 0.99998
1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999
0.99998 0.99997 1.00002 0.99999 0.99998
0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 1.00003
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240228060428927675.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240228060428927675.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240228060428927675.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240228060428927675.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 228
First residue number = 1
Last residue number = 228
Number of atoms found = 1785
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9899E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9940E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.901
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.702
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.804
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.965
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.048
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.916
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.329
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.587
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.61
Bfactors> 106 vectors, 5355 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.901000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.286 for 228 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.034 +/- 0.06
Bfactors> = 14.828 +/- 5.74
Bfactors> Shiftng-fct= 14.795
Bfactors> Scaling-fct= 102.411
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240228060428927675 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240228060428927675.eigenfacs
240228060428927675.atom
240228060428927675.10.pdb
240228060428927675.11.pdb
240228060428927675.12.pdb
240228060428927675.13.pdb
240228060428927675.14.pdb
240228060428927675.15.pdb
240228060428927675.16.pdb
240228060428927675.7.pdb
240228060428927675.8.pdb
240228060428927675.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.198s
user 0m6.146s
sys 0m0.028s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240228060428927675.Chkmod.res: No such file or directory
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
|
