*** 2VIU_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220091834168138.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220091834168138.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220091834168138.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 320
First residue number = 1
Last residue number = 320
Number of atoms found = 2472
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 4.378864 +/- 20.982974 From: -32.250000 To: 74.062000
= 1.567924 +/- 9.101919 From: -15.977000 To: 30.000000
= -4.384249 +/- 18.056367 From: -49.000000 To: 26.516000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.2333 % Filled.
Pdbmat> 889242 non-zero elements.
Pdbmat> 97290 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.71 +/- 25.47
Maximum number = 136
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 1.945800E+06
Pdbmat> Larger element = 506.888
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
320 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220091834168138.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220091834168138.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220091834168138.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2472 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 320 residues.
Blocpdb> 13 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 12 atoms in block 2
Block first atom: 14
Blocpdb> 14 atoms in block 3
Block first atom: 26
Blocpdb> 12 atoms in block 4
Block first atom: 40
Blocpdb> 20 atoms in block 5
Block first atom: 52
Blocpdb> 12 atoms in block 6
Block first atom: 72
Blocpdb> 15 atoms in block 7
Block first atom: 84
Blocpdb> 11 atoms in block 8
Block first atom: 99
Blocpdb> 15 atoms in block 9
Block first atom: 110
Blocpdb> 16 atoms in block 10
Block first atom: 125
Blocpdb> 15 atoms in block 11
Block first atom: 141
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 156
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 172
Blocpdb> 16 atoms in block 14
Block first atom: 189
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 205
Blocpdb> 12 atoms in block 16
Block first atom: 220
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 232
Blocpdb> 16 atoms in block 18
Block first atom: 249
Blocpdb> 12 atoms in block 19
Block first atom: 265
Blocpdb> 13 atoms in block 20
Block first atom: 277
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 290
Blocpdb> 14 atoms in block 22
Block first atom: 303
Blocpdb> 16 atoms in block 23
Block first atom: 317
Blocpdb> 17 atoms in block 24
Block first atom: 333
Blocpdb> 19 atoms in block 25
Block first atom: 350
Blocpdb> 16 atoms in block 26
Block first atom: 369
Blocpdb> 12 atoms in block 27
Block first atom: 385
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 397
Blocpdb> 15 atoms in block 29
Block first atom: 411
Blocpdb> 16 atoms in block 30
Block first atom: 426
Blocpdb> 13 atoms in block 31
Block first atom: 442
Blocpdb> 12 atoms in block 32
Block first atom: 455
Blocpdb> 15 atoms in block 33
Block first atom: 467
Blocpdb> 16 atoms in block 34
Block first atom: 482
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 498
Blocpdb> 20 atoms in block 36
Block first atom: 513
Blocpdb> 17 atoms in block 37
Block first atom: 533
Blocpdb> 21 atoms in block 38
Block first atom: 550
Blocpdb> 16 atoms in block 39
Block first atom: 571
Blocpdb> 18 atoms in block 40
Block first atom: 587
Blocpdb> 20 atoms in block 41
Block first atom: 605
Blocpdb> 15 atoms in block 42
Block first atom: 625
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 640
Blocpdb> 14 atoms in block 44
Block first atom: 656
Blocpdb> 18 atoms in block 45
Block first atom: 670
Blocpdb> 19 atoms in block 46
Block first atom: 688
Blocpdb> 15 atoms in block 47
Block first atom: 707
Blocpdb> 15 atoms in block 48
Block first atom: 722
Blocpdb> 17 atoms in block 49
Block first atom: 737
Blocpdb> 14 atoms in block 50
Block first atom: 754
Blocpdb> 17 atoms in block 51
Block first atom: 768
Blocpdb> 15 atoms in block 52
Block first atom: 785
Blocpdb> 11 atoms in block 53
Block first atom: 800
Blocpdb> 10 atoms in block 54
Block first atom: 811
Blocpdb> 15 atoms in block 55
Block first atom: 821
Blocpdb> 20 atoms in block 56
Block first atom: 836
Blocpdb> 15 atoms in block 57
Block first atom: 856
Blocpdb> 13 atoms in block 58
Block first atom: 871
Blocpdb> 18 atoms in block 59
Block first atom: 884
Blocpdb> 21 atoms in block 60
Block first atom: 902
Blocpdb> 11 atoms in block 61
Block first atom: 923
Blocpdb> 17 atoms in block 62
Block first atom: 934
Blocpdb> 12 atoms in block 63
Block first atom: 951
Blocpdb> 10 atoms in block 64
Block first atom: 963
Blocpdb> 13 atoms in block 65
Block first atom: 973
Blocpdb> 15 atoms in block 66
Block first atom: 986
Blocpdb> 15 atoms in block 67
Block first atom: 1001
Blocpdb> 11 atoms in block 68
Block first atom: 1016
Blocpdb> 10 atoms in block 69
Block first atom: 1027
Blocpdb> 22 atoms in block 70
Block first atom: 1037
Blocpdb> 17 atoms in block 71
Block first atom: 1059
Blocpdb> 16 atoms in block 72
Block first atom: 1076
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1092
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1114
Blocpdb> 10 atoms in block 75
Block first atom: 1130
Blocpdb> 13 atoms in block 76
Block first atom: 1140
Blocpdb> 19 atoms in block 77
Block first atom: 1153
Blocpdb> 15 atoms in block 78
Block first atom: 1172
Blocpdb> 15 atoms in block 79
Block first atom: 1187
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1202
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1217
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1232
Blocpdb> 19 atoms in block 83
Block first atom: 1248
Blocpdb> 17 atoms in block 84
Block first atom: 1267
Blocpdb> 20 atoms in block 85
Block first atom: 1284
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 1304
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1326
Blocpdb> 20 atoms in block 88
Block first atom: 1338
Blocpdb> 13 atoms in block 89
Block first atom: 1358
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1371
Blocpdb> 18 atoms in block 91
Block first atom: 1386
Blocpdb> 16 atoms in block 92
Block first atom: 1404
Blocpdb> 14 atoms in block 93
Block first atom: 1420
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1434
Blocpdb> 14 atoms in block 95
Block first atom: 1453
Blocpdb> 10 atoms in block 96
Block first atom: 1467
Blocpdb> 18 atoms in block 97
Block first atom: 1477
Blocpdb> 14 atoms in block 98
Block first atom: 1495
Blocpdb> 13 atoms in block 99
Block first atom: 1509
Blocpdb> 22 atoms in block 100
Block first atom: 1522
Blocpdb> 15 atoms in block 101
Block first atom: 1544
Blocpdb> 16 atoms in block 102
Block first atom: 1559
Blocpdb> 16 atoms in block 103
Block first atom: 1575
Blocpdb> 15 atoms in block 104
Block first atom: 1591
Blocpdb> 12 atoms in block 105
Block first atom: 1606
Blocpdb> 17 atoms in block 106
Block first atom: 1618
Blocpdb> 21 atoms in block 107
Block first atom: 1635
Blocpdb> 18 atoms in block 108
Block first atom: 1656
Blocpdb> 12 atoms in block 109
Block first atom: 1674
Blocpdb> 12 atoms in block 110
Block first atom: 1686
Blocpdb> 19 atoms in block 111
Block first atom: 1698
Blocpdb> 14 atoms in block 112
Block first atom: 1717
Blocpdb> 26 atoms in block 113
Block first atom: 1731
Blocpdb> 15 atoms in block 114
Block first atom: 1757
Blocpdb> 16 atoms in block 115
Block first atom: 1772
Blocpdb> 11 atoms in block 116
Block first atom: 1788
Blocpdb> 15 atoms in block 117
Block first atom: 1799
Blocpdb> 15 atoms in block 118
Block first atom: 1814
Blocpdb> 16 atoms in block 119
Block first atom: 1829
Blocpdb> 14 atoms in block 120
Block first atom: 1845
Blocpdb> 12 atoms in block 121
Block first atom: 1859
Blocpdb> 16 atoms in block 122
Block first atom: 1871
Blocpdb> 12 atoms in block 123
Block first atom: 1887
Blocpdb> 15 atoms in block 124
Block first atom: 1899
Blocpdb> 23 atoms in block 125
Block first atom: 1914
Blocpdb> 17 atoms in block 126
Block first atom: 1937
Blocpdb> 18 atoms in block 127
Block first atom: 1954
Blocpdb> 13 atoms in block 128
Block first atom: 1972
Blocpdb> 12 atoms in block 129
Block first atom: 1985
Blocpdb> 16 atoms in block 130
Block first atom: 1997
Blocpdb> 17 atoms in block 131
Block first atom: 2013
Blocpdb> 13 atoms in block 132
Block first atom: 2030
Blocpdb> 15 atoms in block 133
Block first atom: 2043
Blocpdb> 15 atoms in block 134
Block first atom: 2058
Blocpdb> 14 atoms in block 135
Block first atom: 2073
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2087
Blocpdb> 14 atoms in block 137
Block first atom: 2102
Blocpdb> 14 atoms in block 138
Block first atom: 2116
Blocpdb> 12 atoms in block 139
Block first atom: 2130
Blocpdb> 14 atoms in block 140
Block first atom: 2142
Blocpdb> 15 atoms in block 141
Block first atom: 2156
Blocpdb> 17 atoms in block 142
Block first atom: 2171
Blocpdb> 18 atoms in block 143
Block first atom: 2188
Blocpdb> 17 atoms in block 144
Block first atom: 2206
Blocpdb> 15 atoms in block 145
Block first atom: 2223
Blocpdb> 17 atoms in block 146
Block first atom: 2238
Blocpdb> 19 atoms in block 147
Block first atom: 2255
Blocpdb> 9 atoms in block 148
Block first atom: 2274
Blocpdb> 13 atoms in block 149
Block first atom: 2283
Blocpdb> 21 atoms in block 150
Block first atom: 2296
Blocpdb> 16 atoms in block 151
Block first atom: 2317
Blocpdb> 17 atoms in block 152
Block first atom: 2333
Blocpdb> 15 atoms in block 153
Block first atom: 2350
Blocpdb> 17 atoms in block 154
Block first atom: 2365
Blocpdb> 12 atoms in block 155
Block first atom: 2382
Blocpdb> 12 atoms in block 156
Block first atom: 2394
Blocpdb> 19 atoms in block 157
Block first atom: 2406
Blocpdb> 14 atoms in block 158
Block first atom: 2425
Blocpdb> 18 atoms in block 159
Block first atom: 2439
Blocpdb> 16 atoms in block 160
Block first atom: 2456
Blocpdb> 160 blocks.
Blocpdb> At most, 26 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 889402 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 7416
Prepmat> Matrix trace = 1945800.0000
Prepmat> Last element read: 7416 7416 43.3968
Prepmat> 12881 lines saved.
Prepmat> 11299 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2472
RTB> Total mass = 2472.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2472
RTB> Number of blocks = 160
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 210738.7377
RTB> 54516 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 960
Diagstd> Nb of non-zero elements: 54516
Diagstd> Projected matrix trace = 210738.7377
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 960 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 210738.7377
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0295880 0.0486643 0.0900019 0.1156516
0.2462084 0.2722300 0.4088463 0.6643556 0.7975560
0.8176456 1.0972527 1.5896678 1.7627264 2.2556669
2.3975249 2.6715998 3.2172977 3.6623968 4.0806616
4.6750566 5.1216881 5.9478032 6.2860251 6.7866723
7.5916813 7.6312213 8.1422051 9.0137905 9.1900712
9.5222109 10.1860341 10.7655266 11.0573913 11.1268692
12.5361643 12.7655515 13.5699110 13.8741285 14.3860213
15.1744793 16.4271877 16.7797862 17.3467086 17.5706477
18.0990052 19.0366243 19.5080249 21.3138189 22.5128751
22.8780481 23.8827767 24.6431667 25.0606774 25.9608456
26.9727606 27.9354719 28.6080755 29.0457715 29.5715213
30.0384972 31.0625486 31.4176386 31.6768096 32.0696576
33.4469677 34.8469825 35.0800761 36.1844953 36.5272811
36.9659908 37.4361469 37.4886031 38.7952291 38.9963317
40.6061684 40.9761963 42.1080941 43.4627389 43.7501070
44.6056488 45.8073639 45.9954102 46.8306407 47.3803643
47.6566209 48.1489047 48.6681489 48.9279372 49.3823293
49.5180033 50.7292986 51.5916870 52.0547801 52.9385294
53.6305761 53.8090010 53.9693383 54.6043956 54.7437933
55.6598160
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034318 0.0034326 0.0034334 0.0034339 0.0034348
0.0034350 18.6789893 23.9552306 32.5777504 36.9292975
53.8823691 56.6582633 69.4345042 88.5106597 96.9785943
98.1923874 113.7492660 136.9141918 144.1742626 163.0920406
168.1422457 177.4928971 194.7784501 207.8155192 219.3615832
234.7949307 245.7547064 264.8338992 272.2596841 282.8939888
299.2018433 299.9800032 309.8605584 326.0235782 329.1961280
335.0920920 346.5754882 356.2976176 361.0951200 362.2277943
384.4834218 387.9851215 400.0219103 404.4810093 411.8751882
423.0115044 440.1258638 444.8242870 452.2762906 455.1862824
461.9794233 473.7947560 479.6251308 501.3325653 515.2414119
519.4033716 530.6860713 539.0679824 543.6153147 553.2923902
563.9725669 573.9489773 580.8173783 585.2436879 590.5166041
595.1608856 605.2207688 608.6702148 611.1755856 614.9537329
628.0202621 641.0292826 643.1696513 653.2155881 656.3023417
660.2318266 664.4171772 664.8825111 676.3701626 678.1209442
691.9764050 695.1221081 704.6574906 715.9024123 718.2652243
725.2541301 734.9586913 736.4657059 743.1223612 747.4712246
749.6471649 753.5090733 757.5611493 759.5803712 763.0993192
764.1468773 773.4365812 779.9830138 783.4758031 790.0984625
795.2460333 796.5677967 797.7536994 802.4335572 803.4571571
810.1513566
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2472
Rtb_to_modes> Number of blocs = 160
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9872E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9921E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.948
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.19
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.77
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.77
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.10
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.66
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 960 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99998 0.99997 1.00000
1.00000 0.99999 0.99998 1.00002 0.99998
0.99998 0.99999 0.99997 1.00001 1.00004
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0.99998 0.99999 1.00002 0.99999 0.99997
0.99995 1.00003 0.99998 1.00001 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
0.99998 1.00003 1.00001 1.00003 0.99999
1.00000 0.99998 1.00002 1.00004 0.99996
0.99998 1.00002 1.00001 1.00001 0.99996
1.00000 1.00001 1.00000 1.00005 0.99999
1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000
1.00003 0.99999 0.99996 1.00001 0.99998
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001
0.99995 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
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0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 0.99996
1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
1.00002 1.00005 1.00001 1.00002 1.00000
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 44496 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99998 0.99997 1.00000
1.00000 0.99999 0.99998 1.00002 0.99998
0.99998 0.99999 0.99997 1.00001 1.00004
0.99996 1.00001 1.00002 1.00001 1.00003
0.99998 0.99999 1.00002 0.99999 0.99997
0.99995 1.00003 0.99998 1.00001 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
0.99998 1.00003 1.00001 1.00003 0.99999
1.00000 0.99998 1.00002 1.00004 0.99996
0.99998 1.00002 1.00001 1.00001 0.99996
1.00000 1.00001 1.00000 1.00005 0.99999
1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000
1.00003 0.99999 0.99996 1.00001 0.99998
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001
0.99995 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
0.99998 0.99999 0.99998 1.00002 1.00003
0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 0.99996
1.00001 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
1.00002 1.00005 1.00001 1.00002 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220091834168138.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220091834168138.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220091834168138.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220091834168138.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 320
First residue number = 1
Last residue number = 320
Number of atoms found = 2472
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9872E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9921E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.9588E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.8664E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.0002E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1157
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2462
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2722
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4088
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6644
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7976
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8176
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.097
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.590
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.763
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.256
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.398
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.672
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.217
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.081
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.675
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.122
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.948
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.286
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.787
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.592
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.631
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.142
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.014
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.190
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.522
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.66
Bfactors> 106 vectors, 7416 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.029588
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.501 for 320 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.641 +/- 3.18
Bfactors> = 90.505 +/- 12.02
Bfactors> Shiftng-fct= 89.864
Bfactors> Scaling-fct= 3.779
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220091834168138 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220091834168138.eigenfacs
240220091834168138.atom
240220091834168138.10.pdb
240220091834168138.11.pdb
240220091834168138.12.pdb
240220091834168138.13.pdb
240220091834168138.14.pdb
240220091834168138.15.pdb
240220091834168138.16.pdb
240220091834168138.7.pdb
240220091834168138.8.pdb
240220091834168138.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m15.176s
user 0m15.128s
sys 0m0.048s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220091834168138.Chkmod.res: No such file or directory
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