*** 1PC3_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_3_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220090833156068.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220090833156068.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220090833156068.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 666
First residue number = 1
Last residue number = 666
Number of atoms found = 4846
Mean number per residue = 7.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.396275 +/- 19.972078 From: -49.750000 To: 37.938000
= -2.262957 +/- 13.901668 From: -36.281000 To: 34.250000
= -1.471884 +/- 21.145978 From: -50.688000 To: 35.062000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.8067 % Filled.
Pdbmat> 1909349 non-zero elements.
Pdbmat> 209284 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 86.37 +/- 23.74
Maximum number = 131
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 4.185680E+06
Pdbmat> Larger element = 509.051
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
666 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220090833156068.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220090833156068.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220090833156068.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4846 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 666 residues.
Blocpdb> 26 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 24 atoms in block 2
Block first atom: 27
Blocpdb> 29 atoms in block 3
Block first atom: 51
Blocpdb> 25 atoms in block 4
Block first atom: 80
Blocpdb> 29 atoms in block 5
Block first atom: 105
Blocpdb> 38 atoms in block 6
Block first atom: 134
Blocpdb> 34 atoms in block 7
Block first atom: 172
Blocpdb> 33 atoms in block 8
Block first atom: 206
Blocpdb> 39 atoms in block 9
Block first atom: 239
Blocpdb> 30 atoms in block 10
Block first atom: 278
Blocpdb> 25 atoms in block 11
Block first atom: 308
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 333
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 354
Blocpdb> 24 atoms in block 14
Block first atom: 376
Blocpdb> 26 atoms in block 15
Block first atom: 400
Blocpdb> 23 atoms in block 16
Block first atom: 426
Blocpdb> 33 atoms in block 17
Block first atom: 449
Blocpdb> 27 atoms in block 18
Block first atom: 482
Blocpdb> 28 atoms in block 19
Block first atom: 509
Blocpdb> 29 atoms in block 20
Block first atom: 537
Blocpdb> 29 atoms in block 21
Block first atom: 566
Blocpdb> 24 atoms in block 22
Block first atom: 595
Blocpdb> 33 atoms in block 23
Block first atom: 619
Blocpdb> 35 atoms in block 24
Block first atom: 652
Blocpdb> 26 atoms in block 25
Block first atom: 687
Blocpdb> 35 atoms in block 26
Block first atom: 713
Blocpdb> 28 atoms in block 27
Block first atom: 748
Blocpdb> 26 atoms in block 28
Block first atom: 776
Blocpdb> 32 atoms in block 29
Block first atom: 802
Blocpdb> 38 atoms in block 30
Block first atom: 834
Blocpdb> 32 atoms in block 31
Block first atom: 872
Blocpdb> 26 atoms in block 32
Block first atom: 904
Blocpdb> 26 atoms in block 33
Block first atom: 930
Blocpdb> 27 atoms in block 34
Block first atom: 956
Blocpdb> 26 atoms in block 35
Block first atom: 983
Blocpdb> 36 atoms in block 36
Block first atom: 1009
Blocpdb> 24 atoms in block 37
Block first atom: 1045
Blocpdb> 30 atoms in block 38
Block first atom: 1069
Blocpdb> 35 atoms in block 39
Block first atom: 1099
Blocpdb> 35 atoms in block 40
Block first atom: 1134
Blocpdb> 33 atoms in block 41
Block first atom: 1169
Blocpdb> 31 atoms in block 42
Block first atom: 1202
Blocpdb> 28 atoms in block 43
Block first atom: 1233
Blocpdb> 25 atoms in block 44
Block first atom: 1261
Blocpdb> 31 atoms in block 45
Block first atom: 1286
Blocpdb> 23 atoms in block 46
Block first atom: 1317
Blocpdb> 29 atoms in block 47
Block first atom: 1340
Blocpdb> 20 atoms in block 48
Block first atom: 1369
Blocpdb> 26 atoms in block 49
Block first atom: 1389
Blocpdb> 27 atoms in block 50
Block first atom: 1415
Blocpdb> 24 atoms in block 51
Block first atom: 1442
Blocpdb> 29 atoms in block 52
Block first atom: 1466
Blocpdb> 33 atoms in block 53
Block first atom: 1495
Blocpdb> 28 atoms in block 54
Block first atom: 1528
Blocpdb> 32 atoms in block 55
Block first atom: 1556
Blocpdb> 27 atoms in block 56
Block first atom: 1588
Blocpdb> 26 atoms in block 57
Block first atom: 1615
Blocpdb> 29 atoms in block 58
Block first atom: 1641
Blocpdb> 31 atoms in block 59
Block first atom: 1670
Blocpdb> 28 atoms in block 60
Block first atom: 1701
Blocpdb> 24 atoms in block 61
Block first atom: 1729
Blocpdb> 25 atoms in block 62
Block first atom: 1753
Blocpdb> 29 atoms in block 63
Block first atom: 1778
Blocpdb> 27 atoms in block 64
Block first atom: 1807
Blocpdb> 30 atoms in block 65
Block first atom: 1834
Blocpdb> 24 atoms in block 66
Block first atom: 1864
Blocpdb> 31 atoms in block 67
Block first atom: 1888
Blocpdb> 31 atoms in block 68
Block first atom: 1919
Blocpdb> 38 atoms in block 69
Block first atom: 1950
Blocpdb> 31 atoms in block 70
Block first atom: 1988
Blocpdb> 37 atoms in block 71
Block first atom: 2019
Blocpdb> 22 atoms in block 72
Block first atom: 2056
Blocpdb> 33 atoms in block 73
Block first atom: 2078
Blocpdb> 34 atoms in block 74
Block first atom: 2111
Blocpdb> 34 atoms in block 75
Block first atom: 2145
Blocpdb> 29 atoms in block 76
Block first atom: 2179
Blocpdb> 30 atoms in block 77
Block first atom: 2208
Blocpdb> 34 atoms in block 78
Block first atom: 2238
Blocpdb> 35 atoms in block 79
Block first atom: 2272
Blocpdb> 26 atoms in block 80
Block first atom: 2307
Blocpdb> 30 atoms in block 81
Block first atom: 2333
Blocpdb> 29 atoms in block 82
Block first atom: 2363
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 2392
Blocpdb> 25 atoms in block 84
Block first atom: 2418
Blocpdb> 25 atoms in block 85
Block first atom: 2443
Blocpdb> 27 atoms in block 86
Block first atom: 2468
Blocpdb> 29 atoms in block 87
Block first atom: 2495
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 2524
Blocpdb> 35 atoms in block 89
Block first atom: 2549
Blocpdb> 41 atoms in block 90
Block first atom: 2584
Blocpdb> 27 atoms in block 91
Block first atom: 2625
Blocpdb> 42 atoms in block 92
Block first atom: 2652
Blocpdb> 29 atoms in block 93
Block first atom: 2694
Blocpdb> 29 atoms in block 94
Block first atom: 2723
Blocpdb> 21 atoms in block 95
Block first atom: 2752
Blocpdb> 21 atoms in block 96
Block first atom: 2773
Blocpdb> 24 atoms in block 97
Block first atom: 2794
Blocpdb> 23 atoms in block 98
Block first atom: 2818
Blocpdb> 25 atoms in block 99
Block first atom: 2841
Blocpdb> 31 atoms in block 100
Block first atom: 2866
Blocpdb> 27 atoms in block 101
Block first atom: 2897
Blocpdb> 26 atoms in block 102
Block first atom: 2924
Blocpdb> 31 atoms in block 103
Block first atom: 2950
Blocpdb> 29 atoms in block 104
Block first atom: 2981
Blocpdb> 27 atoms in block 105
Block first atom: 3010
Blocpdb> 30 atoms in block 106
Block first atom: 3037
Blocpdb> 36 atoms in block 107
Block first atom: 3067
Blocpdb> 24 atoms in block 108
Block first atom: 3103
Blocpdb> 36 atoms in block 109
Block first atom: 3127
Blocpdb> 29 atoms in block 110
Block first atom: 3163
Blocpdb> 25 atoms in block 111
Block first atom: 3192
Blocpdb> 33 atoms in block 112
Block first atom: 3217
Blocpdb> 31 atoms in block 113
Block first atom: 3250
Blocpdb> 37 atoms in block 114
Block first atom: 3281
Blocpdb> 27 atoms in block 115
Block first atom: 3318
Blocpdb> 27 atoms in block 116
Block first atom: 3345
Blocpdb> 30 atoms in block 117
Block first atom: 3372
Blocpdb> 23 atoms in block 118
Block first atom: 3402
Blocpdb> 32 atoms in block 119
Block first atom: 3425
Blocpdb> 29 atoms in block 120
Block first atom: 3457
Blocpdb> 25 atoms in block 121
Block first atom: 3486
Blocpdb> 37 atoms in block 122
Block first atom: 3511
Blocpdb> 35 atoms in block 123
Block first atom: 3548
Blocpdb> 33 atoms in block 124
Block first atom: 3583
Blocpdb> 31 atoms in block 125
Block first atom: 3616
Blocpdb> 26 atoms in block 126
Block first atom: 3647
Blocpdb> 29 atoms in block 127
Block first atom: 3673
Blocpdb> 33 atoms in block 128
Block first atom: 3702
Blocpdb> 23 atoms in block 129
Block first atom: 3735
Blocpdb> 26 atoms in block 130
Block first atom: 3758
Blocpdb> 24 atoms in block 131
Block first atom: 3784
Blocpdb> 26 atoms in block 132
Block first atom: 3808
Blocpdb> 24 atoms in block 133
Block first atom: 3834
Blocpdb> 24 atoms in block 134
Block first atom: 3858
Blocpdb> 32 atoms in block 135
Block first atom: 3882
Blocpdb> 29 atoms in block 136
Block first atom: 3914
Blocpdb> 30 atoms in block 137
Block first atom: 3943
Blocpdb> 30 atoms in block 138
Block first atom: 3973
Blocpdb> 26 atoms in block 139
Block first atom: 4003
Blocpdb> 29 atoms in block 140
Block first atom: 4029
Blocpdb> 24 atoms in block 141
Block first atom: 4058
Blocpdb> 34 atoms in block 142
Block first atom: 4082
Blocpdb> 28 atoms in block 143
Block first atom: 4116
Blocpdb> 27 atoms in block 144
Block first atom: 4144
Blocpdb> 25 atoms in block 145
Block first atom: 4171
Blocpdb> 27 atoms in block 146
Block first atom: 4196
Blocpdb> 29 atoms in block 147
Block first atom: 4223
Blocpdb> 27 atoms in block 148
Block first atom: 4252
Blocpdb> 27 atoms in block 149
Block first atom: 4279
Blocpdb> 24 atoms in block 150
Block first atom: 4306
Blocpdb> 35 atoms in block 151
Block first atom: 4330
Blocpdb> 41 atoms in block 152
Block first atom: 4365
Blocpdb> 28 atoms in block 153
Block first atom: 4406
Blocpdb> 37 atoms in block 154
Block first atom: 4434
Blocpdb> 25 atoms in block 155
Block first atom: 4471
Blocpdb> 29 atoms in block 156
Block first atom: 4496
Blocpdb> 33 atoms in block 157
Block first atom: 4525
Blocpdb> 37 atoms in block 158
Block first atom: 4558
Blocpdb> 27 atoms in block 159
Block first atom: 4595
Blocpdb> 31 atoms in block 160
Block first atom: 4622
Blocpdb> 32 atoms in block 161
Block first atom: 4653
Blocpdb> 37 atoms in block 162
Block first atom: 4685
Blocpdb> 27 atoms in block 163
Block first atom: 4722
Blocpdb> 31 atoms in block 164
Block first atom: 4749
Blocpdb> 27 atoms in block 165
Block first atom: 4780
Blocpdb> 28 atoms in block 166
Block first atom: 4807
Blocpdb> 12 atoms in block 167
Block first atom: 4834
Blocpdb> 167 blocks.
Blocpdb> At most, 42 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1909516 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 14538
Prepmat> Matrix trace = 4185680.0000
Prepmat> Last element read: 14538 14538 153.7699
Prepmat> 14029 lines saved.
Prepmat> 12382 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4846
RTB> Total mass = 4846.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4846
RTB> Number of blocks = 167
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 219147.4215
RTB> 56751 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1002
Diagstd> Nb of non-zero elements: 56751
Diagstd> Projected matrix trace = 219147.4215
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1002 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 219147.4215
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0963052 0.1219059 0.1968865 1.2263520
1.4753438 2.2169229 3.8754506 4.7554198 5.2656503
5.5765934 6.3784199 7.8007907 12.1946810 12.9790914
13.5930266 14.0697657 14.2350903 15.4413633 16.8310270
17.2396228 18.8897105 19.4637089 19.7472300 21.3111431
21.6458762 21.8795701 22.4135129 23.8731586 24.1731940
24.7121975 25.5134458 25.8846289 27.2109411 27.5322220
28.2116905 28.7955429 29.4034966 30.3235269 30.8374757
31.5949876 32.1601535 33.1457516 33.2730680 34.3666348
34.9169768 35.3784461 35.6262851 36.1673236 36.9758357
37.9665035 38.1302184 38.7887081 39.3581022 39.7379595
40.3382395 40.6100809 41.6420196 42.1821272 42.7122703
43.1871412 43.7653116 43.9866833 44.4531698 44.7391005
45.6669354 46.2549881 47.0099895 47.4740550 48.2576350
48.5923715 48.6457831 49.1507106 49.5020134 49.8769289
50.7405189 51.0569730 51.8933989 52.3111679 53.2227702
53.5577846 53.9183715 54.0361981 54.6227112 55.2728566
56.0176845 56.9657905 57.4361267 57.8214687 58.2741326
58.9582278 59.2477119 59.8885891 60.3184875 60.9619243
61.1314457 61.4451361 61.9854816 62.3484232 63.6466270
63.8447465
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034304 0.0034325 0.0034331 0.0034333 0.0034343
0.0034344 33.6992393 37.9146970 48.1840463 120.2549204
131.8991217 161.6853133 213.7747368 236.8043688 249.1846504
256.4364583 274.2532813 303.2945400 379.2106300 391.2167355
400.3624728 407.3227924 409.7088960 426.7151877 445.5029551
450.8781191 471.9629758 479.0800433 482.5567247 501.3010946
505.2227116 507.9426412 514.1031262 530.5792015 533.9029232
539.8224768 548.5040508 552.4796068 566.4571478 569.7914287
576.7795259 582.7173057 588.8365639 597.9779038 603.0241295
610.3857339 615.8207763 625.1859591 626.3855119 636.5958224
641.6727511 645.8990670 648.1574985 653.0605751 660.3197382
669.1070126 670.5480852 676.3133150 681.2591599 684.5387881
689.6897161 692.0097408 700.7468792 705.2766716 709.6947762
713.6290302 718.3900239 720.2045957 724.0134719 726.3382320
733.8312709 738.5409269 744.5439814 748.2098905 754.3593848
756.9711496 757.3870582 761.3076274 764.0234911 766.9112926
773.5221108 775.9304796 782.2603875 785.4028782 792.2167457
794.7061653 797.3769250 798.2476946 802.5681242 807.3302686
812.7516447 819.6007449 822.9772933 825.7333770 828.9592636
833.8107513 835.8552446 840.3637710 843.3745697 847.8609119
849.0389492 851.2145439 854.9491209 857.4484459 866.3292476
867.6765569
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4846
Rtb_to_modes> Number of blocs = 167
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9795E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.19
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.44
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.24
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.46
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.31
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.17
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.74
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.84
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1002 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
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1.00003 0.99998 0.99997 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 0.99997 1.00003 0.99999 0.99999
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1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00002
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0.99999 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
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0.99997 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 87228 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
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1.00003 0.99998 0.99997 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001
0.99999 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001
1.00001 0.99997 1.00003 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00000 0.99997 1.00002
1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 1.00002
0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999
0.99999 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998
0.99997 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220090833156068.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220090833156068.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220090833156068.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220090833156068.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 666
First residue number = 1
Last residue number = 666
Number of atoms found = 4846
Mean number per residue = 7.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9795E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9916E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9951E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.6305E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1219
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1969
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.226
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.475
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.217
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.875
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.755
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.266
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.577
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.378
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.801
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.84
Bfactors> 106 vectors, 14538 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.096305
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.170 for 666 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.094 +/- 0.05
Bfactors> = 96.771 +/- 3.21
Bfactors> Shiftng-fct= 96.677
Bfactors> Scaling-fct= 64.006
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090833156068 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090833156068.eigenfacs
240220090833156068.atom
240220090833156068.10.pdb
240220090833156068.11.pdb
240220090833156068.12.pdb
240220090833156068.13.pdb
240220090833156068.14.pdb
240220090833156068.15.pdb
240220090833156068.16.pdb
240220090833156068.7.pdb
240220090833156068.8.pdb
240220090833156068.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m21.894s
user 0m21.822s
sys 0m0.072s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220090833156068.Chkmod.res: No such file or directory
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