*** 3TG7_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220090428152176.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220090428152176.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220090428152176.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 901
First residue number = 1
Last residue number = 901
Number of atoms found = 7235
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -4.282381 +/- 24.564887 From: -59.000000 To: 43.250000
= -1.409850 +/- 12.451833 From: -35.000000 To: 27.891000
= -0.111845 +/- 21.922202 From: -52.031000 To: 56.406000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.0523 % Filled.
Pdbmat> 2478802 non-zero elements.
Pdbmat> 271094 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 74.94 +/- 23.02
Maximum number = 132
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 5.421880E+06
Pdbmat> Larger element = 497.589
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
901 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220090428152176.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220090428152176.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220090428152176.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 7235 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 901 residues.
Blocpdb> 48 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 36 atoms in block 2
Block first atom: 49
Blocpdb> 37 atoms in block 3
Block first atom: 85
Blocpdb> 37 atoms in block 4
Block first atom: 122
Blocpdb> 40 atoms in block 5
Block first atom: 159
Blocpdb> 39 atoms in block 6
Block first atom: 199
Blocpdb> 45 atoms in block 7
Block first atom: 238
Blocpdb> 47 atoms in block 8
Block first atom: 283
Blocpdb> 33 atoms in block 9
Block first atom: 330
Blocpdb> 39 atoms in block 10
Block first atom: 363
Blocpdb> 41 atoms in block 11
Block first atom: 402
Blocpdb> 45 atoms in block 12
Block first atom: 443
Blocpdb> 41 atoms in block 13
Block first atom: 488
Blocpdb> 40 atoms in block 14
Block first atom: 529
Blocpdb> 44 atoms in block 15
Block first atom: 569
Blocpdb> 42 atoms in block 16
Block first atom: 613
Blocpdb> 38 atoms in block 17
Block first atom: 655
Blocpdb> 36 atoms in block 18
Block first atom: 693
Blocpdb> 44 atoms in block 19
Block first atom: 729
Blocpdb> 38 atoms in block 20
Block first atom: 773
Blocpdb> 37 atoms in block 21
Block first atom: 811
Blocpdb> 45 atoms in block 22
Block first atom: 848
Blocpdb> 36 atoms in block 23
Block first atom: 893
Blocpdb> 34 atoms in block 24
Block first atom: 929
Blocpdb> 31 atoms in block 25
Block first atom: 963
Blocpdb> 46 atoms in block 26
Block first atom: 994
Blocpdb> 39 atoms in block 27
Block first atom: 1040
Blocpdb> 39 atoms in block 28
Block first atom: 1079
Blocpdb> 35 atoms in block 29
Block first atom: 1118
Blocpdb> 39 atoms in block 30
Block first atom: 1153
Blocpdb> 33 atoms in block 31
Block first atom: 1192
Blocpdb> 43 atoms in block 32
Block first atom: 1225
Blocpdb> 43 atoms in block 33
Block first atom: 1268
Blocpdb> 37 atoms in block 34
Block first atom: 1311
Blocpdb> 50 atoms in block 35
Block first atom: 1348
Blocpdb> 42 atoms in block 36
Block first atom: 1398
Blocpdb> 32 atoms in block 37
Block first atom: 1440
Blocpdb> 40 atoms in block 38
Block first atom: 1472
Blocpdb> 37 atoms in block 39
Block first atom: 1512
Blocpdb> 40 atoms in block 40
Block first atom: 1549
Blocpdb> 36 atoms in block 41
Block first atom: 1589
Blocpdb> 34 atoms in block 42
Block first atom: 1625
Blocpdb> 35 atoms in block 43
Block first atom: 1659
Blocpdb> 40 atoms in block 44
Block first atom: 1694
Blocpdb> 45 atoms in block 45
Block first atom: 1734
Blocpdb> 38 atoms in block 46
Block first atom: 1779
Blocpdb> 38 atoms in block 47
Block first atom: 1817
Blocpdb> 42 atoms in block 48
Block first atom: 1855
Blocpdb> 39 atoms in block 49
Block first atom: 1897
Blocpdb> 39 atoms in block 50
Block first atom: 1936
Blocpdb> 42 atoms in block 51
Block first atom: 1975
Blocpdb> 36 atoms in block 52
Block first atom: 2017
Blocpdb> 40 atoms in block 53
Block first atom: 2053
Blocpdb> 38 atoms in block 54
Block first atom: 2093
Blocpdb> 41 atoms in block 55
Block first atom: 2131
Blocpdb> 47 atoms in block 56
Block first atom: 2172
Blocpdb> 39 atoms in block 57
Block first atom: 2219
Blocpdb> 48 atoms in block 58
Block first atom: 2258
Blocpdb> 33 atoms in block 59
Block first atom: 2306
Blocpdb> 28 atoms in block 60
Block first atom: 2339
Blocpdb> 37 atoms in block 61
Block first atom: 2367
Blocpdb> 35 atoms in block 62
Block first atom: 2404
Blocpdb> 44 atoms in block 63
Block first atom: 2439
Blocpdb> 42 atoms in block 64
Block first atom: 2483
Blocpdb> 41 atoms in block 65
Block first atom: 2525
Blocpdb> 37 atoms in block 66
Block first atom: 2566
Blocpdb> 47 atoms in block 67
Block first atom: 2603
Blocpdb> 44 atoms in block 68
Block first atom: 2650
Blocpdb> 41 atoms in block 69
Block first atom: 2694
Blocpdb> 41 atoms in block 70
Block first atom: 2735
Blocpdb> 39 atoms in block 71
Block first atom: 2776
Blocpdb> 41 atoms in block 72
Block first atom: 2815
Blocpdb> 39 atoms in block 73
Block first atom: 2856
Blocpdb> 34 atoms in block 74
Block first atom: 2895
Blocpdb> 39 atoms in block 75
Block first atom: 2929
Blocpdb> 38 atoms in block 76
Block first atom: 2968
Blocpdb> 43 atoms in block 77
Block first atom: 3006
Blocpdb> 38 atoms in block 78
Block first atom: 3049
Blocpdb> 42 atoms in block 79
Block first atom: 3087
Blocpdb> 39 atoms in block 80
Block first atom: 3129
Blocpdb> 40 atoms in block 81
Block first atom: 3168
Blocpdb> 41 atoms in block 82
Block first atom: 3208
Blocpdb> 46 atoms in block 83
Block first atom: 3249
Blocpdb> 50 atoms in block 84
Block first atom: 3295
Blocpdb> 35 atoms in block 85
Block first atom: 3345
Blocpdb> 44 atoms in block 86
Block first atom: 3380
Blocpdb> 42 atoms in block 87
Block first atom: 3424
Blocpdb> 38 atoms in block 88
Block first atom: 3466
Blocpdb> 37 atoms in block 89
Block first atom: 3504
Blocpdb> 47 atoms in block 90
Block first atom: 3541
Blocpdb> 42 atoms in block 91
Block first atom: 3588
Blocpdb> 31 atoms in block 92
Block first atom: 3630
Blocpdb> 40 atoms in block 93
Block first atom: 3661
Blocpdb> 36 atoms in block 94
Block first atom: 3701
Blocpdb> 48 atoms in block 95
Block first atom: 3737
Blocpdb> 39 atoms in block 96
Block first atom: 3785
Blocpdb> 46 atoms in block 97
Block first atom: 3824
Blocpdb> 36 atoms in block 98
Block first atom: 3870
Blocpdb> 48 atoms in block 99
Block first atom: 3906
Blocpdb> 32 atoms in block 100
Block first atom: 3954
Blocpdb> 48 atoms in block 101
Block first atom: 3986
Blocpdb> 41 atoms in block 102
Block first atom: 4034
Blocpdb> 45 atoms in block 103
Block first atom: 4075
Blocpdb> 41 atoms in block 104
Block first atom: 4120
Blocpdb> 33 atoms in block 105
Block first atom: 4161
Blocpdb> 54 atoms in block 106
Block first atom: 4194
Blocpdb> 47 atoms in block 107
Block first atom: 4248
Blocpdb> 38 atoms in block 108
Block first atom: 4295
Blocpdb> 33 atoms in block 109
Block first atom: 4333
Blocpdb> 42 atoms in block 110
Block first atom: 4366
Blocpdb> 31 atoms in block 111
Block first atom: 4408
Blocpdb> 42 atoms in block 112
Block first atom: 4439
Blocpdb> 38 atoms in block 113
Block first atom: 4481
Blocpdb> 42 atoms in block 114
Block first atom: 4519
Blocpdb> 40 atoms in block 115
Block first atom: 4561
Blocpdb> 36 atoms in block 116
Block first atom: 4601
Blocpdb> 40 atoms in block 117
Block first atom: 4637
Blocpdb> 40 atoms in block 118
Block first atom: 4677
Blocpdb> 45 atoms in block 119
Block first atom: 4717
Blocpdb> 32 atoms in block 120
Block first atom: 4762
Blocpdb> 43 atoms in block 121
Block first atom: 4794
Blocpdb> 33 atoms in block 122
Block first atom: 4837
Blocpdb> 37 atoms in block 123
Block first atom: 4870
Blocpdb> 38 atoms in block 124
Block first atom: 4907
Blocpdb> 43 atoms in block 125
Block first atom: 4945
Blocpdb> 45 atoms in block 126
Block first atom: 4988
Blocpdb> 42 atoms in block 127
Block first atom: 5033
Blocpdb> 38 atoms in block 128
Block first atom: 5075
Blocpdb> 34 atoms in block 129
Block first atom: 5113
Blocpdb> 46 atoms in block 130
Block first atom: 5147
Blocpdb> 36 atoms in block 131
Block first atom: 5193
Blocpdb> 39 atoms in block 132
Block first atom: 5229
Blocpdb> 46 atoms in block 133
Block first atom: 5268
Blocpdb> 46 atoms in block 134
Block first atom: 5314
Blocpdb> 38 atoms in block 135
Block first atom: 5360
Blocpdb> 33 atoms in block 136
Block first atom: 5398
Blocpdb> 41 atoms in block 137
Block first atom: 5431
Blocpdb> 41 atoms in block 138
Block first atom: 5472
Blocpdb> 45 atoms in block 139
Block first atom: 5513
Blocpdb> 41 atoms in block 140
Block first atom: 5558
Blocpdb> 37 atoms in block 141
Block first atom: 5599
Blocpdb> 35 atoms in block 142
Block first atom: 5636
Blocpdb> 40 atoms in block 143
Block first atom: 5671
Blocpdb> 49 atoms in block 144
Block first atom: 5711
Blocpdb> 41 atoms in block 145
Block first atom: 5760
Blocpdb> 41 atoms in block 146
Block first atom: 5801
Blocpdb> 42 atoms in block 147
Block first atom: 5842
Blocpdb> 42 atoms in block 148
Block first atom: 5884
Blocpdb> 47 atoms in block 149
Block first atom: 5926
Blocpdb> 47 atoms in block 150
Block first atom: 5973
Blocpdb> 41 atoms in block 151
Block first atom: 6020
Blocpdb> 42 atoms in block 152
Block first atom: 6061
Blocpdb> 45 atoms in block 153
Block first atom: 6103
Blocpdb> 45 atoms in block 154
Block first atom: 6148
Blocpdb> 39 atoms in block 155
Block first atom: 6193
Blocpdb> 36 atoms in block 156
Block first atom: 6232
Blocpdb> 42 atoms in block 157
Block first atom: 6268
Blocpdb> 38 atoms in block 158
Block first atom: 6310
Blocpdb> 39 atoms in block 159
Block first atom: 6348
Blocpdb> 38 atoms in block 160
Block first atom: 6387
Blocpdb> 39 atoms in block 161
Block first atom: 6425
Blocpdb> 36 atoms in block 162
Block first atom: 6464
Blocpdb> 36 atoms in block 163
Block first atom: 6500
Blocpdb> 43 atoms in block 164
Block first atom: 6536
Blocpdb> 48 atoms in block 165
Block first atom: 6579
Blocpdb> 43 atoms in block 166
Block first atom: 6627
Blocpdb> 39 atoms in block 167
Block first atom: 6670
Blocpdb> 32 atoms in block 168
Block first atom: 6709
Blocpdb> 37 atoms in block 169
Block first atom: 6741
Blocpdb> 41 atoms in block 170
Block first atom: 6778
Blocpdb> 34 atoms in block 171
Block first atom: 6819
Blocpdb> 43 atoms in block 172
Block first atom: 6853
Blocpdb> 38 atoms in block 173
Block first atom: 6896
Blocpdb> 39 atoms in block 174
Block first atom: 6934
Blocpdb> 47 atoms in block 175
Block first atom: 6973
Blocpdb> 40 atoms in block 176
Block first atom: 7020
Blocpdb> 46 atoms in block 177
Block first atom: 7060
Blocpdb> 40 atoms in block 178
Block first atom: 7106
Blocpdb> 43 atoms in block 179
Block first atom: 7146
Blocpdb> 42 atoms in block 180
Block first atom: 7189
Blocpdb> 5 atoms in block 181
Block first atom: 7230
Blocpdb> 181 blocks.
Blocpdb> At most, 54 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2478983 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 21705
Prepmat> Matrix trace = 5421880.0000
Prepmat> Last element read: 21705 21705 111.0477
Prepmat> 16472 lines saved.
Prepmat> 14971 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 7235
RTB> Total mass = 7235.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 7235
RTB> Number of blocks = 181
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 184055.3822
RTB> 51285 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1086
Diagstd> Nb of non-zero elements: 51285
Diagstd> Projected matrix trace = 184055.3822
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1086 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 184055.3822
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1029927 0.1904118 0.2816747 0.3719281
0.5330595 0.7614028 1.1018242 1.2738887 1.2997138
1.6337750 1.9592064 2.0429432 2.2218453 2.2637932
2.4215829 2.5468756 3.1931734 3.2931546 3.4918791
3.9320742 4.4411468 4.6149241 4.6389496 5.1292202
5.1376695 5.8547975 5.9222642 6.3756124 6.4027136
6.8130724 7.3353268 7.6328342 8.1327110 8.3259461
8.6993096 8.8914408 8.9180851 9.1590934 9.1893685
9.4924005 9.8639036 10.1982893 10.3821900 10.6403604
10.7791477 11.0099952 11.4892911 11.8144291 11.9132558
11.9702881 12.0890105 12.2874021 12.8414536 13.2008440
13.4949447 13.7794132 14.1815398 14.4727395 14.6757985
14.8442274 15.3912712 15.6574401 16.1886798 16.3654672
16.6237127 16.9479702 17.3500904 17.4753182 17.8484724
18.0477099 18.1792398 18.4224329 18.6413961 19.3083262
19.5193445 19.7618751 19.8828135 20.0970980 20.9025066
21.0720572 21.3871139 21.8655723 22.0140662 22.0706432
22.1855620 22.7838676 22.8895773 23.1759151 23.3179627
23.5540847 23.9198512 24.3456836 24.8662166 25.3191060
25.3993042 25.8162435 26.0585351 26.2700923 26.8314532
27.0076504
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034328 0.0034336 0.0034338 0.0034347
0.0034354 34.8496607 47.3851492 57.6327349 66.2254245
79.2835573 94.7550812 113.9859804 122.5634626 123.7995716
138.8006185 151.9971260 155.2113326 161.8647171 163.3855534
168.9837514 173.3002347 194.0468198 197.0612973 202.9200130
215.3307883 228.8457465 233.2800285 233.8864736 245.9353473
246.1378258 262.7551401 264.2647079 274.1929190 274.7750651
283.4436836 294.1067638 300.0117024 309.6798517 313.3372856
320.2857927 323.8033607 324.2881551 328.6408342 329.1835419
334.5671577 341.0512844 346.7839146 349.8966356 354.2203015
356.5229510 360.3203954 368.0797263 373.2515758 374.8094334
375.7055252 377.5640683 380.6495455 389.1368629 394.5446231
398.9154297 403.0979984 408.9375347 413.1147038 416.0027003
418.3830488 426.0224887 429.6904090 436.9190660 439.2982608
442.7507371 447.0479684 452.3203747 453.9497967 458.7708408
461.3242993 463.0022901 466.0889123 468.8506232 477.1639155
479.7642624 482.7356314 484.2104968 486.8127629 496.4716626
498.4811595 502.1938284 507.7801324 509.5014387 510.1557368
511.4821679 518.3331730 519.5342303 522.7736945 524.3733145
527.0215774 531.0978181 535.8043898 541.5020885 546.4110376
547.2757312 551.7493173 554.3324204 556.5780556 562.4933307
564.3372041
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 7235
Rtb_to_modes> Number of blocs = 181
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.326
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.864
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.90
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.01
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1086 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
0.99999 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
1.00005 1.00002 1.00002 1.00001 0.99999
1.00003 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002
0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997
1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998
0.99998 0.99997 1.00002 0.99997 1.00001
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1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998
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1.00002 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 130230 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
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0.99999 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002
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1.00003 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002
0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997
1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 0.99998
1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998
0.99998 0.99997 1.00002 0.99997 1.00001
1.00003 0.99998 1.00003 0.99997 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998
1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999
1.00002 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220090428152176.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220090428152176.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220090428152176.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220090428152176.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 901
First residue number = 1
Last residue number = 901
Number of atoms found = 7235
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9932E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1030
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1904
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2817
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3719
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5331
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7614
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.102
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.274
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.300
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.138
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.376
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.403
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.813
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.335
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.633
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.133
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.326
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.699
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.891
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.918
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.159
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.189
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.492
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.864
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.01
Bfactors> 106 vectors, 21705 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.103000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.259 for 901 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.072 +/- 0.30
Bfactors> = 64.712 +/- 14.04
Bfactors> Shiftng-fct= 64.640
Bfactors> Scaling-fct= 46.060
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090428152176.eigenfacs
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getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090428152176 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090428152176.eigenfacs
240220090428152176.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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240220090428152176.14.pdb
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240220090428152176.16.pdb
240220090428152176.7.pdb
240220090428152176.8.pdb
240220090428152176.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m34.572s
user 0m34.420s
sys 0m0.120s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220090428152176.Chkmod.res: No such file or directory
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