*** 1P5V_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_4_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 240220090321150899.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 240220090321150899.atom to be opened.
Openam> File opened: 240220090321150899.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 196
First residue number = 1
Last residue number = 196
Number of atoms found = 1541
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.060572 +/- 12.854311 From: -25.281000 To: 32.281000
= 1.588656 +/- 9.814995 From: -21.547000 To: 28.797000
= -1.631507 +/- 10.905119 From: -24.984000 To: 26.656000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.0148 % Filled.
Pdbmat> 535998 non-zero elements.
Pdbmat> 58588 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 76.04 +/- 23.50
Maximum number = 127
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 1.171760E+06
Pdbmat> Larger element = 464.741
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
196 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 240220090321150899.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 240220090321150899.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
240220090321150899.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1541 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 196 residues.
Blocpdb> 11 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 5 atoms in block 2
Block first atom: 12
Blocpdb> 6 atoms in block 3
Block first atom: 17
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 23
Blocpdb> 9 atoms in block 5
Block first atom: 32
Blocpdb> 12 atoms in block 6
Block first atom: 41
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 53
Blocpdb> 7 atoms in block 8
Block first atom: 57
Blocpdb> 7 atoms in block 9
Block first atom: 64
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 71
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 79
Blocpdb> 9 atoms in block 12
Block first atom: 83
Blocpdb> 6 atoms in block 13
Block first atom: 92
Blocpdb> 11 atoms in block 14
Block first atom: 98
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 109
Blocpdb> 8 atoms in block 16
Block first atom: 117
Blocpdb> 12 atoms in block 17
Block first atom: 125
Blocpdb> 7 atoms in block 18
Block first atom: 137
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 144
Blocpdb> 8 atoms in block 20
Block first atom: 152
Blocpdb> 5 atoms in block 21
Block first atom: 160
Blocpdb> 5 atoms in block 22
Block first atom: 165
Blocpdb> 4 atoms in block 23
Block first atom: 170
Blocpdb> 7 atoms in block 24
Block first atom: 174
Blocpdb> 8 atoms in block 25
Block first atom: 181
Blocpdb> 7 atoms in block 26
Block first atom: 189
Blocpdb> 6 atoms in block 27
Block first atom: 196
Blocpdb> 6 atoms in block 28
Block first atom: 202
Blocpdb> 7 atoms in block 29
Block first atom: 208
Blocpdb> 7 atoms in block 30
Block first atom: 215
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 222
Blocpdb> 9 atoms in block 32
Block first atom: 229
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 238
Blocpdb> 7 atoms in block 34
Block first atom: 246
Blocpdb> 9 atoms in block 35
Block first atom: 253
Blocpdb> 8 atoms in block 36
Block first atom: 262
Blocpdb> 12 atoms in block 37
Block first atom: 270
Blocpdb> 7 atoms in block 38
Block first atom: 282
Blocpdb> 7 atoms in block 39
Block first atom: 289
Blocpdb> 8 atoms in block 40
Block first atom: 296
Blocpdb> 8 atoms in block 41
Block first atom: 304
Blocpdb> 9 atoms in block 42
Block first atom: 312
Blocpdb> 6 atoms in block 43
Block first atom: 321
Blocpdb> 11 atoms in block 44
Block first atom: 327
Blocpdb> 8 atoms in block 45
Block first atom: 338
Blocpdb> 12 atoms in block 46
Block first atom: 346
Blocpdb> 8 atoms in block 47
Block first atom: 358
Blocpdb> 7 atoms in block 48
Block first atom: 366
Blocpdb> 11 atoms in block 49
Block first atom: 373
Blocpdb> 7 atoms in block 50
Block first atom: 384
Blocpdb> 7 atoms in block 51
Block first atom: 391
Blocpdb> 7 atoms in block 52
Block first atom: 398
Blocpdb> 7 atoms in block 53
Block first atom: 405
Blocpdb> 7 atoms in block 54
Block first atom: 412
Blocpdb> 7 atoms in block 55
Block first atom: 419
Blocpdb> 8 atoms in block 56
Block first atom: 426
Blocpdb> 11 atoms in block 57
Block first atom: 434
Blocpdb> 11 atoms in block 58
Block first atom: 445
Blocpdb> 8 atoms in block 59
Block first atom: 456
Blocpdb> 8 atoms in block 60
Block first atom: 464
Blocpdb> 5 atoms in block 61
Block first atom: 472
Blocpdb> 9 atoms in block 62
Block first atom: 477
Blocpdb> 9 atoms in block 63
Block first atom: 486
Blocpdb> 9 atoms in block 64
Block first atom: 495
Blocpdb> 8 atoms in block 65
Block first atom: 504
Blocpdb> 6 atoms in block 66
Block first atom: 512
Blocpdb> 6 atoms in block 67
Block first atom: 518
Blocpdb> 8 atoms in block 68
Block first atom: 524
Blocpdb> 11 atoms in block 69
Block first atom: 532
Blocpdb> 8 atoms in block 70
Block first atom: 543
Blocpdb> 5 atoms in block 71
Block first atom: 551
Blocpdb> 9 atoms in block 72
Block first atom: 556
Blocpdb> 5 atoms in block 73
Block first atom: 565
Blocpdb> 4 atoms in block 74
Block first atom: 570
Blocpdb> 4 atoms in block 75
Block first atom: 574
Blocpdb> 7 atoms in block 76
Block first atom: 578
Blocpdb> 11 atoms in block 77
Block first atom: 585
Blocpdb> 7 atoms in block 78
Block first atom: 596
Blocpdb> 11 atoms in block 79
Block first atom: 603
Blocpdb> 8 atoms in block 80
Block first atom: 614
Blocpdb> 9 atoms in block 81
Block first atom: 622
Blocpdb> 9 atoms in block 82
Block first atom: 631
Blocpdb> 6 atoms in block 83
Block first atom: 640
Blocpdb> 8 atoms in block 84
Block first atom: 646
Blocpdb> 9 atoms in block 85
Block first atom: 654
Blocpdb> 14 atoms in block 86
Block first atom: 663
Blocpdb> 8 atoms in block 87
Block first atom: 677
Blocpdb> 6 atoms in block 88
Block first atom: 685
Blocpdb> 7 atoms in block 89
Block first atom: 691
Blocpdb> 9 atoms in block 90
Block first atom: 698
Blocpdb> 4 atoms in block 91
Block first atom: 707
Blocpdb> 8 atoms in block 92
Block first atom: 711
Blocpdb> 7 atoms in block 93
Block first atom: 719
Blocpdb> 9 atoms in block 94
Block first atom: 726
Blocpdb> 8 atoms in block 95
Block first atom: 735
Blocpdb> 7 atoms in block 96
Block first atom: 743
Blocpdb> 4 atoms in block 97
Block first atom: 750
Blocpdb> 7 atoms in block 98
Block first atom: 754
Blocpdb> 11 atoms in block 99
Block first atom: 761
Blocpdb> 7 atoms in block 100
Block first atom: 772
Blocpdb> 9 atoms in block 101
Block first atom: 779
Blocpdb> 11 atoms in block 102
Block first atom: 788
Blocpdb> 5 atoms in block 103
Block first atom: 799
Blocpdb> 8 atoms in block 104
Block first atom: 804
Blocpdb> 8 atoms in block 105
Block first atom: 812
Blocpdb> 8 atoms in block 106
Block first atom: 820
Blocpdb> 6 atoms in block 107
Block first atom: 828
Blocpdb> 8 atoms in block 108
Block first atom: 834
Blocpdb> 9 atoms in block 109
Block first atom: 842
Blocpdb> 8 atoms in block 110
Block first atom: 851
Blocpdb> 8 atoms in block 111
Block first atom: 859
Blocpdb> 7 atoms in block 112
Block first atom: 867
Blocpdb> 11 atoms in block 113
Block first atom: 874
Blocpdb> 7 atoms in block 114
Block first atom: 885
Blocpdb> 8 atoms in block 115
Block first atom: 892
Blocpdb> 9 atoms in block 116
Block first atom: 900
Blocpdb> 8 atoms in block 117
Block first atom: 909
Blocpdb> 9 atoms in block 118
Block first atom: 917
Blocpdb> 4 atoms in block 119
Block first atom: 926
Blocpdb> 7 atoms in block 120
Block first atom: 930
Blocpdb> 7 atoms in block 121
Block first atom: 937
Blocpdb> 8 atoms in block 122
Block first atom: 944
Blocpdb> 9 atoms in block 123
Block first atom: 952
Blocpdb> 11 atoms in block 124
Block first atom: 961
Blocpdb> 5 atoms in block 125
Block first atom: 972
Blocpdb> 9 atoms in block 126
Block first atom: 977
Blocpdb> 8 atoms in block 127
Block first atom: 986
Blocpdb> 8 atoms in block 128
Block first atom: 994
Blocpdb> 6 atoms in block 129
Block first atom: 1002
Blocpdb> 14 atoms in block 130
Block first atom: 1008
Blocpdb> 9 atoms in block 131
Block first atom: 1022
Blocpdb> 7 atoms in block 132
Block first atom: 1031
Blocpdb> 8 atoms in block 133
Block first atom: 1038
Blocpdb> 4 atoms in block 134
Block first atom: 1046
Blocpdb> 4 atoms in block 135
Block first atom: 1050
Blocpdb> 9 atoms in block 136
Block first atom: 1054
Blocpdb> 8 atoms in block 137
Block first atom: 1063
Blocpdb> 8 atoms in block 138
Block first atom: 1071
Blocpdb> 5 atoms in block 139
Block first atom: 1079
Blocpdb> 9 atoms in block 140
Block first atom: 1084
Blocpdb> 8 atoms in block 141
Block first atom: 1093
Blocpdb> 7 atoms in block 142
Block first atom: 1101
Blocpdb> 6 atoms in block 143
Block first atom: 1108
Blocpdb> 7 atoms in block 144
Block first atom: 1114
Blocpdb> 11 atoms in block 145
Block first atom: 1121
Blocpdb> 12 atoms in block 146
Block first atom: 1132
Blocpdb> 8 atoms in block 147
Block first atom: 1144
Blocpdb> 8 atoms in block 148
Block first atom: 1152
Blocpdb> 8 atoms in block 149
Block first atom: 1160
Blocpdb> 4 atoms in block 150
Block first atom: 1168
Blocpdb> 9 atoms in block 151
Block first atom: 1172
Blocpdb> 8 atoms in block 152
Block first atom: 1181
Blocpdb> 7 atoms in block 153
Block first atom: 1189
Blocpdb> 11 atoms in block 154
Block first atom: 1196
Blocpdb> 4 atoms in block 155
Block first atom: 1207
Blocpdb> 4 atoms in block 156
Block first atom: 1211
Blocpdb> 9 atoms in block 157
Block first atom: 1215
Blocpdb> 6 atoms in block 158
Block first atom: 1224
Blocpdb> 8 atoms in block 159
Block first atom: 1230
Blocpdb> 7 atoms in block 160
Block first atom: 1238
Blocpdb> 6 atoms in block 161
Block first atom: 1245
Blocpdb> 10 atoms in block 162
Block first atom: 1251
Blocpdb> 12 atoms in block 163
Block first atom: 1261
Blocpdb> 8 atoms in block 164
Block first atom: 1273
Blocpdb> 7 atoms in block 165
Block first atom: 1281
Blocpdb> 7 atoms in block 166
Block first atom: 1288
Blocpdb> 9 atoms in block 167
Block first atom: 1295
Blocpdb> 6 atoms in block 168
Block first atom: 1304
Blocpdb> 7 atoms in block 169
Block first atom: 1310
Blocpdb> 14 atoms in block 170
Block first atom: 1317
Blocpdb> 5 atoms in block 171
Block first atom: 1331
Blocpdb> 11 atoms in block 172
Block first atom: 1336
Blocpdb> 8 atoms in block 173
Block first atom: 1347
Blocpdb> 8 atoms in block 174
Block first atom: 1355
Blocpdb> 7 atoms in block 175
Block first atom: 1363
Blocpdb> 8 atoms in block 176
Block first atom: 1370
Blocpdb> 7 atoms in block 177
Block first atom: 1378
Blocpdb> 6 atoms in block 178
Block first atom: 1385
Blocpdb> 14 atoms in block 179
Block first atom: 1391
Blocpdb> 11 atoms in block 180
Block first atom: 1405
Blocpdb> 8 atoms in block 181
Block first atom: 1416
Blocpdb> 8 atoms in block 182
Block first atom: 1424
Blocpdb> 8 atoms in block 183
Block first atom: 1432
Blocpdb> 8 atoms in block 184
Block first atom: 1440
Blocpdb> 9 atoms in block 185
Block first atom: 1448
Blocpdb> 4 atoms in block 186
Block first atom: 1457
Blocpdb> 4 atoms in block 187
Block first atom: 1461
Blocpdb> 8 atoms in block 188
Block first atom: 1465
Blocpdb> 8 atoms in block 189
Block first atom: 1473
Blocpdb> 11 atoms in block 190
Block first atom: 1481
Blocpdb> 8 atoms in block 191
Block first atom: 1492
Blocpdb> 12 atoms in block 192
Block first atom: 1500
Blocpdb> 6 atoms in block 193
Block first atom: 1512
Blocpdb> 9 atoms in block 194
Block first atom: 1518
Blocpdb> 8 atoms in block 195
Block first atom: 1527
Blocpdb> 7 atoms in block 196
Block first atom: 1534
Blocpdb> 196 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 536194 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4623
Prepmat> Matrix trace = 1171760.0000
Prepmat> Last element read: 4623 4623 273.2491
Prepmat> 19307 lines saved.
Prepmat> 16980 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1541
RTB> Total mass = 1541.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1541
RTB> Number of blocks = 196
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 270842.6458
RTB> 80785 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1176
Diagstd> Nb of non-zero elements: 80785
Diagstd> Projected matrix trace = 270842.6458
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1176 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 270842.6458
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.2736895 0.4023798 0.8207067 1.0284517
1.6239855 2.5218810 3.0407938 3.3438266 4.0655895
4.6435040 5.6116041 6.1852296 7.5040363 8.8791155
9.0418022 10.0236583 11.0634415 11.6123487 12.5460580
13.3315964 13.5220709 15.2673583 15.4096354 16.7240347
17.8331581 18.3488975 20.4035635 20.7211222 21.5191622
22.3931728 22.9501336 24.0939023 25.0664142 25.5047763
26.2348144 27.1691342 27.7968822 28.3889859 29.1743310
29.9782778 30.0133538 30.2539242 31.7417412 32.8137767
33.1228134 34.1725846 35.1427712 35.3367950 35.8598992
37.2466152 38.1460412 38.7503232 38.8792737 39.5673498
40.1531128 41.0644944 42.1805246 42.8107693 43.7968037
44.5262605 45.4763263 45.8641330 46.7681778 47.5212584
47.7576749 48.3256924 48.9737772 49.7911651 50.0470891
50.5196123 50.9811098 51.2005295 52.1257296 52.3474104
52.9574154 53.7435611 54.2330444 55.0973466 55.4016613
55.9948876 56.6924764 56.9741906 57.7610246 58.2590122
58.5633004 58.8469519 59.5506750 59.8960110 60.5633467
61.1927966 61.9838222 62.7872974 63.1314843 63.4466086
64.4822276 65.4301588 65.9573333 66.0571301 66.4774084
67.7031007
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034333 0.0034336 0.0034336 0.0034343 0.0034346
0.0034353 56.8099475 68.8832117 98.3760253 110.1253296
138.3841523 172.4477676 189.3602279 198.5716082 218.9560983
234.0012590 257.2401729 270.0680409 297.4697049 323.5788544
326.5297699 343.8020062 361.1938960 370.0456602 384.6351113
396.4937619 399.3161585 424.3041006 426.2765690 444.0846992
458.5739817 465.1577574 490.5104818 494.3128674 503.7417650
513.8698009 520.2210121 533.0265633 543.6775328 548.4108516
556.2042178 566.0218277 572.5235080 578.5890627 586.5374319
594.5640137 594.9117465 597.2912294 611.8016633 622.0472715
624.9695946 634.7960183 643.7441310 645.5187461 650.2791249
662.7331376 670.6871982 675.9785962 677.1023984 683.0677186
688.1052792 695.8706516 705.2632739 710.5126204 718.6484423
724.6084454 732.2982007 735.4139682 742.6266061 748.5817694
750.4415433 754.8911306 759.9361091 766.2516532 768.2183760
771.8364509 775.3538055 777.0205532 784.0095514 785.6749040
790.2393848 796.0832756 799.7003248 806.0474760 808.2703995
812.5862493 817.6322146 819.6611713 825.3016712 828.8517117
831.0134483 833.0235256 837.9895918 840.4158420 845.0846502
849.4648852 854.9376769 860.4609686 862.8161797 864.9668963
871.9976133 878.3836989 881.9151936 882.5821322 885.3853273
893.5102929
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1541
Rtb_to_modes> Number of blocs = 196
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9977E-10
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.27
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.50
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.81
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.57
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.53
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.26
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.70
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1176 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997
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1.00002 1.00004 0.99996 0.99997 1.00000
0.99996 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998
0.99998 1.00003 1.00000 1.00003 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99997 0.99996 1.00000 1.00001
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0.99999 1.00003 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00001 1.00001 0.99998
1.00003 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001
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0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 27738 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00001 0.99996 1.00003 1.00005 1.00001
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1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997
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0.99998 1.00002 0.99999 1.00001 0.99996
1.00002 1.00004 0.99996 0.99997 1.00000
0.99996 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998
0.99998 1.00003 1.00000 1.00003 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99997 0.99996 1.00000 1.00001
1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999
0.99999 1.00003 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00001 1.00001 0.99998
1.00003 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001
0.99998 1.00002 0.99994 1.00001 1.00002
0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 240220090321150899.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
240220090321150899.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 240220090321150899.atom
Openam> file on opening on unit 11:
240220090321150899.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 196
First residue number = 1
Last residue number = 196
Number of atoms found = 1541
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9961E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2737
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4024
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8207
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.028
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.624
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.522
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.041
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.344
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.066
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.612
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.185
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.504
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.879
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.02
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.55
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.70
Bfactors> 106 vectors, 4623 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.273700
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.498 for 196 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.091 +/- 0.31
Bfactors> = 83.560 +/- 13.90
Bfactors> Shiftng-fct= 83.469
Bfactors> Scaling-fct= 44.761
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
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240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
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getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 240220090321150899 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
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240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
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240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
240220090321150899.eigenfacs
240220090321150899.atom
240220090321150899.10.pdb
240220090321150899.11.pdb
240220090321150899.12.pdb
240220090321150899.13.pdb
240220090321150899.14.pdb
240220090321150899.15.pdb
240220090321150899.16.pdb
240220090321150899.7.pdb
240220090321150899.8.pdb
240220090321150899.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m21.760s
user 0m21.728s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 240220090321150899.Chkmod.res: No such file or directory
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