***  EXP_1TME_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_2_seed_000  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24021912501950589.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24021912501950589.atom to be opened.
Openam> File opened: 24021912501950589.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 25
First residue number = 1
Last residue number = 25
Number of atoms found = 192
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -3.111104 +/- 4.413502 From: -13.562000 To: 4.551000
= 6.521984 +/- 2.422981 From: -1.278000 To: 11.773000
= -3.215000 +/- 9.757867 From: -21.719000 To: 16.953000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 29.2244 % Filled.
Pdbmat> 48564 non-zero elements.
Pdbmat> 5273 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 54.93 +/- 14.91
Maximum number = 79
Minimum number = 20
Pdbmat> Matrix trace = 105460.
Pdbmat> Larger element = 386.346
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
25 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24021912501950589.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24021912501950589.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24021912501950589.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 192 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 25 residues.
Blocpdb> 6 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 4 atoms in block 2
Block first atom: 7
Blocpdb> 8 atoms in block 3
Block first atom: 11
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 19
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 28
Blocpdb> 7 atoms in block 6
Block first atom: 32
Blocpdb> 8 atoms in block 7
Block first atom: 39
Blocpdb> 8 atoms in block 8
Block first atom: 47
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 55
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 63
Blocpdb> 11 atoms in block 11
Block first atom: 71
Blocpdb> 12 atoms in block 12
Block first atom: 82
Blocpdb> 6 atoms in block 13
Block first atom: 94
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 100
Blocpdb> 9 atoms in block 15
Block first atom: 108
Blocpdb> 12 atoms in block 16
Block first atom: 117
Blocpdb> 9 atoms in block 17
Block first atom: 129
Blocpdb> 8 atoms in block 18
Block first atom: 138
Blocpdb> 6 atoms in block 19
Block first atom: 146
Blocpdb> 8 atoms in block 20
Block first atom: 152
Blocpdb> 8 atoms in block 21
Block first atom: 160
Blocpdb> 8 atoms in block 22
Block first atom: 168
Blocpdb> 6 atoms in block 23
Block first atom: 176
Blocpdb> 5 atoms in block 24
Block first atom: 182
Blocpdb> 6 atoms in block 25
Block first atom: 186
Blocpdb> 25 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 48589 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 576
Prepmat> Matrix trace = 105460.0000
Prepmat> Last element read: 576 576 165.6428
Prepmat> 326 lines saved.
Prepmat> 158 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 192
RTB> Total mass = 192.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 192
RTB> Number of blocks = 25
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 22663.4621
RTB> 5637 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 150
Diagstd> Nb of non-zero elements: 5637
Diagstd> Projected matrix trace = 22663.4621
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 150 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 22663.4621
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.6449072 2.3672174 4.0970363 6.1436326
7.6631069 11.7583720 12.2391626 17.8745159 20.3754163
22.3299003 24.2503818 28.4719946 35.2963867 36.3277431
38.4404461 40.4232082 42.8526053 49.5430310 52.4103632
54.1535836 57.2938165 59.2908889 60.5555907 63.3777081
64.3086202 67.3791565 71.1891627 74.0243112 79.5892508
82.0863542 82.5393054 83.8252457 86.6748192 87.6846939
88.8972479 90.7773462 92.5934181 94.3686367 96.6170395
97.0841141 98.7274109 100.7200466 103.6502763 104.4778818
105.0708933 108.4945752 108.7254105 109.4330439 112.4234790
113.7662289 114.9036183 119.2699610 120.9674854 122.3273135
124.7565716 126.9524008 127.9447596 130.3846306 133.4928891
134.4955866 138.1490411 138.7213002 140.1341428 141.2859174
144.1809860 145.8500139 146.9742788 147.7855513 149.4187329
150.6573180 152.5083706 153.1144013 155.4118951 157.2471586
157.7885378 158.3867433 160.1497170 161.4893253 162.8508203
163.6550501 164.9715010 167.8477479 168.5130048 169.0027521
169.8758696 171.0869372 172.2323886 173.4859054 175.4711957
175.7933225 177.4578004 178.8148932 179.5822821 181.5497114
182.4082096 184.4246440 185.2748383 186.4850205 188.2962691
190.0115081
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034336 0.0034337 0.0034337 0.0034338
0.0034340 139.2726972 167.0761093 219.8012634 269.1583755
300.6060534 372.3650208 379.9016092 459.1054253 490.1720301
513.1433117 534.7546508 579.4343356 645.1495587 654.5072910
673.2703509 690.4157175 710.8597026 764.3399624 786.1471877
799.1142608 821.9571105 836.1597556 845.0305357 864.4971086
870.8229700 891.3701061 916.2251794 934.2916504 968.7740311
983.8542451 986.5649570 994.2204635 1010.9781108 1016.8506610
1023.8573169 1034.6275093 1044.9255262 1054.8947252 1067.3875755
1069.9644941 1078.9818870 1089.8161496 1105.5554053 1109.9603363
1113.1059203 1131.0955457 1132.2981776 1135.9769517 1151.3935458
1158.2490737 1164.0245304 1185.9348157 1194.3444800 1201.0386941
1212.9055856 1223.5331469 1228.3058823 1239.9622992 1254.6550717
1259.3582659 1276.3483392 1278.9891363 1285.4857327 1290.7576813
1303.9149832 1311.4402772 1316.4851033 1320.1134877 1327.3877485
1332.8779893 1341.0412004 1343.7030427 1353.7466922 1361.7164489
1364.0585311 1366.6417841 1374.2266552 1379.9621998 1385.7671292
1389.1846825 1394.7608330 1406.8669894 1409.6522589 1411.6992005
1415.3411274 1420.3772448 1425.1241267 1430.3007907 1438.4613522
1439.7810973 1446.5812355 1452.1020018 1455.2145333 1463.1641837
1466.6195527 1474.7036568 1478.0989270 1482.9184092 1490.1024810
1496.8739580
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 192
Rtb_to_modes> Number of blocs = 25
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9922E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9987E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.645
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.367
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.097
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.144
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.663
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 145.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 155.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 161.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 165.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 167.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 168.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 172.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 177.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 179.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 181.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 182.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 184.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 185.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 188.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 190.0
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 150 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 1.00004 0.99991 1.00002 0.99998
1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
1.00003 0.99998 0.99997 0.99998 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003
0.99998 1.00003 1.00000 0.99998 1.00002
1.00000 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001
1.00002 1.00007 1.00004 1.00002 1.00001
1.00003 1.00002 0.99998 1.00006 0.99998
0.99998 0.99997 1.00001 0.99996 1.00001
1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 1.00004
1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 0.99998
0.99996 1.00003 0.99997 1.00000 1.00000
0.99996 1.00002 1.00003 0.99999 1.00004
1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 0.99997
0.99995 0.99998 1.00003 1.00004 0.99998
0.99997 1.00000 1.00003 0.99996 0.99999
1.00007 1.00002 0.99992 1.00003 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00001 0.99997 1.00003 0.99999
1.00000 0.99998 1.00002 1.00005 1.00001
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 3456 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 1.00004 0.99991 1.00002 0.99998
1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
1.00003 0.99998 0.99997 0.99998 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003
0.99998 1.00003 1.00000 0.99998 1.00002
1.00000 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001
1.00002 1.00007 1.00004 1.00002 1.00001
1.00003 1.00002 0.99998 1.00006 0.99998
0.99998 0.99997 1.00001 0.99996 1.00001
1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 1.00004
1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 0.99998
0.99996 1.00003 0.99997 1.00000 1.00000
0.99996 1.00002 1.00003 0.99999 1.00004
1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 0.99997
0.99995 0.99998 1.00003 1.00004 0.99998
0.99997 1.00000 1.00003 0.99996 0.99999
1.00007 1.00002 0.99992 1.00003 1.00001
1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00001 0.99997 1.00003 0.99999
1.00000 0.99998 1.00002 1.00005 1.00001
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24021912501950589.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24021912501950589.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24021912501950589.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24021912501950589.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 25
First residue number = 1
Last residue number = 25
Number of atoms found = 192
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9922E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9987E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.645
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.367
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.097
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.144
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.663
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 161.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 167.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 172.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 181.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 184.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 188.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.0
Bfactors> 106 vectors, 576 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.645000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.955 for 25 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.188 +/- 0.21
Bfactors> = 89.951 +/- 8.28
Bfactors> Shiftng-fct= 89.763
Bfactors> Scaling-fct= 39.466
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912501950589 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912501950589.eigenfacs
24021912501950589.atom
24021912501950589.10.pdb
24021912501950589.11.pdb
24021912501950589.12.pdb
24021912501950589.13.pdb
24021912501950589.14.pdb
24021912501950589.15.pdb
24021912501950589.16.pdb
24021912501950589.7.pdb
24021912501950589.8.pdb
24021912501950589.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m0.186s
user 0m0.178s
sys 0m0.008s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912501950589.Chkmod.res: No such file or directory
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
|