*** EXP_1OVA_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24021912231718871.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24021912231718871.atom to be opened.
Openam> File opened: 24021912231718871.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 385
First residue number = 1
Last residue number = 385
Number of atoms found = 2996
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.997811 +/- 15.488744 From: -33.062000 To: 30.219000
= -0.632943 +/- 9.774877 From: -22.984000 To: 28.688000
= -0.907467 +/- 11.950032 From: -32.969000 To: 26.047000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.8132 % Filled.
Pdbmat> 1136446 non-zero elements.
Pdbmat> 124395 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.04 +/- 22.19
Maximum number = 127
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 2.487900E+06
Pdbmat> Larger element = 491.530
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
385 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24021912231718871.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24021912231718871.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24021912231718871.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2996 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 385 residues.
Blocpdb> 10 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 12 atoms in block 2
Block first atom: 11
Blocpdb> 10 atoms in block 3
Block first atom: 23
Blocpdb> 14 atoms in block 4
Block first atom: 33
Blocpdb> 20 atoms in block 5
Block first atom: 47
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 67
Blocpdb> 15 atoms in block 7
Block first atom: 84
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 99
Blocpdb> 17 atoms in block 9
Block first atom: 119
Blocpdb> 16 atoms in block 10
Block first atom: 136
Blocpdb> 20 atoms in block 11
Block first atom: 152
Blocpdb> 13 atoms in block 12
Block first atom: 172
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 185
Blocpdb> 19 atoms in block 14
Block first atom: 202
Blocpdb> 18 atoms in block 15
Block first atom: 221
Blocpdb> 15 atoms in block 16
Block first atom: 239
Blocpdb> 13 atoms in block 17
Block first atom: 254
Blocpdb> 14 atoms in block 18
Block first atom: 267
Blocpdb> 13 atoms in block 19
Block first atom: 281
Blocpdb> 13 atoms in block 20
Block first atom: 294
Blocpdb> 19 atoms in block 21
Block first atom: 307
Blocpdb> 12 atoms in block 22
Block first atom: 326
Blocpdb> 14 atoms in block 23
Block first atom: 338
Blocpdb> 14 atoms in block 24
Block first atom: 352
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 366
Blocpdb> 16 atoms in block 26
Block first atom: 384
Blocpdb> 16 atoms in block 27
Block first atom: 400
Blocpdb> 16 atoms in block 28
Block first atom: 416
Blocpdb> 18 atoms in block 29
Block first atom: 432
Blocpdb> 19 atoms in block 30
Block first atom: 450
Blocpdb> 17 atoms in block 31
Block first atom: 469
Blocpdb> 11 atoms in block 32
Block first atom: 486
Blocpdb> 15 atoms in block 33
Block first atom: 497
Blocpdb> 14 atoms in block 34
Block first atom: 512
Blocpdb> 17 atoms in block 35
Block first atom: 526
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 543
Blocpdb> 10 atoms in block 37
Block first atom: 557
Blocpdb> 13 atoms in block 38
Block first atom: 567
Blocpdb> 15 atoms in block 39
Block first atom: 580
Blocpdb> 17 atoms in block 40
Block first atom: 595
Blocpdb> 12 atoms in block 41
Block first atom: 612
Blocpdb> 19 atoms in block 42
Block first atom: 624
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 643
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 659
Blocpdb> 17 atoms in block 45
Block first atom: 675
Blocpdb> 16 atoms in block 46
Block first atom: 692
Blocpdb> 15 atoms in block 47
Block first atom: 708
Blocpdb> 15 atoms in block 48
Block first atom: 723
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 738
Blocpdb> 17 atoms in block 50
Block first atom: 756
Blocpdb> 13 atoms in block 51
Block first atom: 773
Blocpdb> 17 atoms in block 52
Block first atom: 786
Blocpdb> 20 atoms in block 53
Block first atom: 803
Blocpdb> 14 atoms in block 54
Block first atom: 823
Blocpdb> 20 atoms in block 55
Block first atom: 837
Blocpdb> 19 atoms in block 56
Block first atom: 857
Blocpdb> 16 atoms in block 57
Block first atom: 876
Blocpdb> 16 atoms in block 58
Block first atom: 892
Blocpdb> 20 atoms in block 59
Block first atom: 908
Blocpdb> 15 atoms in block 60
Block first atom: 928
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 943
Blocpdb> 17 atoms in block 62
Block first atom: 959
Blocpdb> 23 atoms in block 63
Block first atom: 976
Blocpdb> 8 atoms in block 64
Block first atom: 999
Blocpdb> 17 atoms in block 65
Block first atom: 1007
Blocpdb> 15 atoms in block 66
Block first atom: 1024
Blocpdb> 19 atoms in block 67
Block first atom: 1039
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1058
Blocpdb> 10 atoms in block 69
Block first atom: 1074
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1084
Blocpdb> 16 atoms in block 71
Block first atom: 1101
Blocpdb> 17 atoms in block 72
Block first atom: 1117
Blocpdb> 16 atoms in block 73
Block first atom: 1134
Blocpdb> 20 atoms in block 74
Block first atom: 1150
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1170
Blocpdb> 15 atoms in block 76
Block first atom: 1186
Blocpdb> 15 atoms in block 77
Block first atom: 1201
Blocpdb> 12 atoms in block 78
Block first atom: 1216
Blocpdb> 19 atoms in block 79
Block first atom: 1228
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1247
Blocpdb> 17 atoms in block 81
Block first atom: 1262
Blocpdb> 13 atoms in block 82
Block first atom: 1279
Blocpdb> 13 atoms in block 83
Block first atom: 1292
Blocpdb> 14 atoms in block 84
Block first atom: 1305
Blocpdb> 16 atoms in block 85
Block first atom: 1319
Blocpdb> 13 atoms in block 86
Block first atom: 1335
Blocpdb> 15 atoms in block 87
Block first atom: 1348
Blocpdb> 15 atoms in block 88
Block first atom: 1363
Blocpdb> 13 atoms in block 89
Block first atom: 1378
Blocpdb> 18 atoms in block 90
Block first atom: 1391
Blocpdb> 13 atoms in block 91
Block first atom: 1409
Blocpdb> 22 atoms in block 92
Block first atom: 1422
Blocpdb> 18 atoms in block 93
Block first atom: 1444
Blocpdb> 16 atoms in block 94
Block first atom: 1462
Blocpdb> 17 atoms in block 95
Block first atom: 1478
Blocpdb> 17 atoms in block 96
Block first atom: 1495
Blocpdb> 16 atoms in block 97
Block first atom: 1512
Blocpdb> 13 atoms in block 98
Block first atom: 1528
Blocpdb> 18 atoms in block 99
Block first atom: 1541
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 1559
Blocpdb> 16 atoms in block 101
Block first atom: 1577
Blocpdb> 18 atoms in block 102
Block first atom: 1593
Blocpdb> 15 atoms in block 103
Block first atom: 1611
Blocpdb> 14 atoms in block 104
Block first atom: 1626
Blocpdb> 17 atoms in block 105
Block first atom: 1640
Blocpdb> 20 atoms in block 106
Block first atom: 1657
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 1677
Blocpdb> 12 atoms in block 108
Block first atom: 1694
Blocpdb> 22 atoms in block 109
Block first atom: 1706
Blocpdb> 12 atoms in block 110
Block first atom: 1728
Blocpdb> 14 atoms in block 111
Block first atom: 1740
Blocpdb> 11 atoms in block 112
Block first atom: 1754
Blocpdb> 18 atoms in block 113
Block first atom: 1765
Blocpdb> 17 atoms in block 114
Block first atom: 1783
Blocpdb> 16 atoms in block 115
Block first atom: 1800
Blocpdb> 17 atoms in block 116
Block first atom: 1816
Blocpdb> 18 atoms in block 117
Block first atom: 1833
Blocpdb> 11 atoms in block 118
Block first atom: 1851
Blocpdb> 11 atoms in block 119
Block first atom: 1862
Blocpdb> 14 atoms in block 120
Block first atom: 1873
Blocpdb> 16 atoms in block 121
Block first atom: 1887
Blocpdb> 15 atoms in block 122
Block first atom: 1903
Blocpdb> 15 atoms in block 123
Block first atom: 1918
Blocpdb> 17 atoms in block 124
Block first atom: 1933
Blocpdb> 13 atoms in block 125
Block first atom: 1950
Blocpdb> 12 atoms in block 126
Block first atom: 1963
Blocpdb> 18 atoms in block 127
Block first atom: 1975
Blocpdb> 17 atoms in block 128
Block first atom: 1993
Blocpdb> 14 atoms in block 129
Block first atom: 2010
Blocpdb> 16 atoms in block 130
Block first atom: 2024
Blocpdb> 20 atoms in block 131
Block first atom: 2040
Blocpdb> 17 atoms in block 132
Block first atom: 2060
Blocpdb> 16 atoms in block 133
Block first atom: 2077
Blocpdb> 21 atoms in block 134
Block first atom: 2093
Blocpdb> 12 atoms in block 135
Block first atom: 2114
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2126
Blocpdb> 17 atoms in block 137
Block first atom: 2141
Blocpdb> 20 atoms in block 138
Block first atom: 2158
Blocpdb> 17 atoms in block 139
Block first atom: 2178
Blocpdb> 16 atoms in block 140
Block first atom: 2195
Blocpdb> 20 atoms in block 141
Block first atom: 2211
Blocpdb> 18 atoms in block 142
Block first atom: 2231
Blocpdb> 17 atoms in block 143
Block first atom: 2249
Blocpdb> 17 atoms in block 144
Block first atom: 2266
Blocpdb> 18 atoms in block 145
Block first atom: 2283
Blocpdb> 20 atoms in block 146
Block first atom: 2301
Blocpdb> 15 atoms in block 147
Block first atom: 2321
Blocpdb> 13 atoms in block 148
Block first atom: 2336
Blocpdb> 16 atoms in block 149
Block first atom: 2349
Blocpdb> 13 atoms in block 150
Block first atom: 2365
Blocpdb> 12 atoms in block 151
Block first atom: 2378
Blocpdb> 15 atoms in block 152
Block first atom: 2390
Blocpdb> 18 atoms in block 153
Block first atom: 2405
Blocpdb> 12 atoms in block 154
Block first atom: 2423
Blocpdb> 11 atoms in block 155
Block first atom: 2435
Blocpdb> 16 atoms in block 156
Block first atom: 2446
Blocpdb> 10 atoms in block 157
Block first atom: 2462
Blocpdb> 14 atoms in block 158
Block first atom: 2472
Blocpdb> 11 atoms in block 159
Block first atom: 2486
Blocpdb> 15 atoms in block 160
Block first atom: 2497
Blocpdb> 17 atoms in block 161
Block first atom: 2512
Blocpdb> 14 atoms in block 162
Block first atom: 2529
Blocpdb> 14 atoms in block 163
Block first atom: 2543
Blocpdb> 17 atoms in block 164
Block first atom: 2557
Blocpdb> 10 atoms in block 165
Block first atom: 2574
Blocpdb> 15 atoms in block 166
Block first atom: 2584
Blocpdb> 17 atoms in block 167
Block first atom: 2599
Blocpdb> 17 atoms in block 168
Block first atom: 2616
Blocpdb> 9 atoms in block 169
Block first atom: 2633
Blocpdb> 20 atoms in block 170
Block first atom: 2642
Blocpdb> 14 atoms in block 171
Block first atom: 2662
Blocpdb> 10 atoms in block 172
Block first atom: 2676
Blocpdb> 14 atoms in block 173
Block first atom: 2686
Blocpdb> 9 atoms in block 174
Block first atom: 2700
Blocpdb> 15 atoms in block 175
Block first atom: 2709
Blocpdb> 10 atoms in block 176
Block first atom: 2724
Blocpdb> 13 atoms in block 177
Block first atom: 2734
Blocpdb> 15 atoms in block 178
Block first atom: 2747
Blocpdb> 20 atoms in block 179
Block first atom: 2762
Blocpdb> 16 atoms in block 180
Block first atom: 2782
Blocpdb> 18 atoms in block 181
Block first atom: 2798
Blocpdb> 18 atoms in block 182
Block first atom: 2816
Blocpdb> 19 atoms in block 183
Block first atom: 2834
Blocpdb> 14 atoms in block 184
Block first atom: 2853
Blocpdb> 19 atoms in block 185
Block first atom: 2867
Blocpdb> 13 atoms in block 186
Block first atom: 2886
Blocpdb> 15 atoms in block 187
Block first atom: 2899
Blocpdb> 12 atoms in block 188
Block first atom: 2914
Blocpdb> 19 atoms in block 189
Block first atom: 2926
Blocpdb> 15 atoms in block 190
Block first atom: 2945
Blocpdb> 17 atoms in block 191
Block first atom: 2960
Blocpdb> 13 atoms in block 192
Block first atom: 2977
Blocpdb> 7 atoms in block 193
Block first atom: 2989
Blocpdb> 193 blocks.
Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1136639 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8988
Prepmat> Matrix trace = 2487900.0000
Prepmat> Last element read: 8988 8988 353.8853
Prepmat> 18722 lines saved.
Prepmat> 16519 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2996
RTB> Total mass = 2996.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2996
RTB> Number of blocks = 193
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 270965.4366
RTB> 76366 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1158
Diagstd> Nb of non-zero elements: 76366
Diagstd> Projected matrix trace = 270965.4366
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1158 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 270965.4366
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 2.2824654 2.5217314 3.2285080 6.4913371
7.1070390 7.5426690 8.1107984 8.7456588 9.6836509
10.9461251 11.5154545 12.6304237 13.5051833 14.4960390
15.1783214 16.4353475 17.0057491 17.5056328 17.9129845
18.8805107 19.9124175 20.8072927 21.8240387 22.2130228
22.4400078 23.0857554 24.0542001 25.0518745 25.1907716
25.5071768 26.3876041 26.8353454 27.2738457 27.8845657
28.9661615 29.3160701 29.9517509 30.4717597 31.2296207
31.8774281 32.3321635 32.9954719 34.6805592 35.9521705
36.0367108 36.0816145 36.7335585 37.2629312 38.2077848
38.4766623 39.4872494 40.0850860 40.1206263 41.1397731
41.5438492 41.8857233 42.7254621 43.2358933 44.1375904
44.6116827 45.7083823 45.9053102 46.2658687 47.0285912
47.3113657 47.6318468 48.1071901 49.2489901 49.7399537
50.7169334 50.9516078 51.4181510 51.6554174 52.7862692
52.9055788 53.5169706 53.7787534 54.5020013 54.7245128
55.4731753 56.1110987 56.6431965 57.3772769 57.6417310
57.8722755 58.6066630 58.7304477 59.8346136 60.2598746
61.0186370 61.4846543 61.6439371 62.3607708 62.9488945
64.2513202 64.7155515 64.9759003 65.9009417 66.6017172
67.0445975
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034328 0.0034331 0.0034332 0.0034338 0.0034344
0.0034349 164.0579871 172.4426505 195.1174965 276.6701858
289.4940425 298.2344472 309.2623733 321.1378862 337.9207361
359.2737471 368.4985831 385.9261794 399.0667287 413.4471044
423.0650537 440.2351601 447.8093574 454.3433619 459.5991910
471.8480325 484.5708386 495.3396225 507.2976401 511.7986208
514.4068957 521.7558475 532.5872189 543.5198308 545.0244875
548.4366594 557.8215143 562.5341273 567.1115202 573.4257917
584.4411063 587.9605077 594.3009003 599.4376924 606.8461977
613.1079081 617.4654519 623.7670827 639.4967266 651.1152053
651.8802938 652.2863067 658.1528731 662.8782781 671.2297698
673.5874327 682.3759655 687.5221430 687.8268615 696.5081879
699.9203921 702.7943966 709.8043631 714.0317091 721.4389572
725.3031817 734.1642042 735.7440244 738.6277855 744.6912740
746.9267656 749.4522890 753.1825952 762.0683853 765.8574981
773.3423137 775.1294305 778.6701167 780.4646155 788.9614152
789.8525331 794.4033025 796.3438784 801.6808419 803.3156583
808.7918997 813.4290277 817.2767741 822.5555682 824.4489849
826.0960770 831.3210498 832.1985138 839.9849899 842.9647068
848.2552019 851.4882280 852.5904514 857.5333470 861.5675513
870.4349246 873.5738166 875.3292338 881.5381065 886.2127495
889.1543840
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2996
Rtb_to_modes> Number of blocs = 193
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.95
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.78
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.64
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.87
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.90
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.04
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1158 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 0.99999
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 1.00004
0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999
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1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999
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0.99999 0.99998 0.99998 0.99998 0.99998
1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001
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1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 53928 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
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0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 1.00003
1.00002 0.99998 0.99998 1.00001 1.00002
1.00000 1.00002 0.99997 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999
0.99999 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99998 0.99998 0.99998 0.99998
1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001
0.99999 0.99996 0.99998 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24021912231718871.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24021912231718871.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24021912231718871.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24021912231718871.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 385
First residue number = 1
Last residue number = 385
Number of atoms found = 2996
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9949E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9955E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.522
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.229
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.491
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.107
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.543
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.50
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.04
Bfactors> 106 vectors, 8988 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 2.282000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.637 for 385 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.022 +/- 0.02
Bfactors> = 92.778 +/- 11.20
Bfactors> Shiftng-fct= 92.756
Bfactors> Scaling-fct= 510.100
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912231718871 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912231718871.eigenfacs
24021912231718871.atom
24021912231718871.10.pdb
24021912231718871.11.pdb
24021912231718871.12.pdb
24021912231718871.13.pdb
24021912231718871.14.pdb
24021912231718871.15.pdb
24021912231718871.16.pdb
24021912231718871.7.pdb
24021912231718871.8.pdb
24021912231718871.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m23.767s
user 0m23.711s
sys 0m0.056s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912231718871.Chkmod.res: No such file or directory
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