*** EXP_4USM_unrelaxed_rank_001_alphafold2_ptm_model_5_seed_000 ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 24021912210317154.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 24021912210317154.atom to be opened.
Openam> File opened: 24021912210317154.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 345
First residue number = 1
Last residue number = 345
Number of atoms found = 2664
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -1.114132 +/- 14.647716 From: -36.656000 To: 29.547000
= -2.106565 +/- 9.669623 From: -28.219000 To: 19.844000
= 0.003585 +/- 10.824921 From: -28.453000 To: 24.469000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.1785 % Filled.
Pdbmat> 1015225 non-zero elements.
Pdbmat> 111164 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.46 +/- 22.82
Maximum number = 131
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 2.223280E+06
Pdbmat> Larger element = 491.311
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
345 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 24021912210317154.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 24021912210317154.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
24021912210317154.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2664 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 345 residues.
Blocpdb> 15 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 15 atoms in block 2
Block first atom: 16
Blocpdb> 19 atoms in block 3
Block first atom: 31
Blocpdb> 16 atoms in block 4
Block first atom: 50
Blocpdb> 12 atoms in block 5
Block first atom: 66
Blocpdb> 19 atoms in block 6
Block first atom: 78
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 97
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 109
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 122
Blocpdb> 11 atoms in block 10
Block first atom: 130
Blocpdb> 15 atoms in block 11
Block first atom: 141
Blocpdb> 12 atoms in block 12
Block first atom: 156
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 168
Blocpdb> 15 atoms in block 14
Block first atom: 185
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 200
Blocpdb> 16 atoms in block 16
Block first atom: 215
Blocpdb> 15 atoms in block 17
Block first atom: 231
Blocpdb> 13 atoms in block 18
Block first atom: 246
Blocpdb> 15 atoms in block 19
Block first atom: 259
Blocpdb> 19 atoms in block 20
Block first atom: 274
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 293
Blocpdb> 17 atoms in block 22
Block first atom: 310
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 327
Blocpdb> 16 atoms in block 24
Block first atom: 342
Blocpdb> 15 atoms in block 25
Block first atom: 358
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 373
Blocpdb> 12 atoms in block 27
Block first atom: 388
Blocpdb> 22 atoms in block 28
Block first atom: 400
Blocpdb> 13 atoms in block 29
Block first atom: 422
Blocpdb> 15 atoms in block 30
Block first atom: 435
Blocpdb> 18 atoms in block 31
Block first atom: 450
Blocpdb> 16 atoms in block 32
Block first atom: 468
Blocpdb> 19 atoms in block 33
Block first atom: 484
Blocpdb> 17 atoms in block 34
Block first atom: 503
Blocpdb> 14 atoms in block 35
Block first atom: 520
Blocpdb> 16 atoms in block 36
Block first atom: 534
Blocpdb> 17 atoms in block 37
Block first atom: 550
Blocpdb> 16 atoms in block 38
Block first atom: 567
Blocpdb> 11 atoms in block 39
Block first atom: 583
Blocpdb> 16 atoms in block 40
Block first atom: 594
Blocpdb> 18 atoms in block 41
Block first atom: 610
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 628
Blocpdb> 19 atoms in block 43
Block first atom: 642
Blocpdb> 18 atoms in block 44
Block first atom: 661
Blocpdb> 16 atoms in block 45
Block first atom: 679
Blocpdb> 19 atoms in block 46
Block first atom: 695
Blocpdb> 20 atoms in block 47
Block first atom: 714
Blocpdb> 14 atoms in block 48
Block first atom: 734
Blocpdb> 16 atoms in block 49
Block first atom: 748
Blocpdb> 13 atoms in block 50
Block first atom: 764
Blocpdb> 17 atoms in block 51
Block first atom: 777
Blocpdb> 14 atoms in block 52
Block first atom: 794
Blocpdb> 18 atoms in block 53
Block first atom: 808
Blocpdb> 14 atoms in block 54
Block first atom: 826
Blocpdb> 12 atoms in block 55
Block first atom: 840
Blocpdb> 9 atoms in block 56
Block first atom: 852
Blocpdb> 10 atoms in block 57
Block first atom: 861
Blocpdb> 12 atoms in block 58
Block first atom: 871
Blocpdb> 12 atoms in block 59
Block first atom: 883
Blocpdb> 13 atoms in block 60
Block first atom: 895
Blocpdb> 15 atoms in block 61
Block first atom: 908
Blocpdb> 14 atoms in block 62
Block first atom: 923
Blocpdb> 16 atoms in block 63
Block first atom: 937
Blocpdb> 14 atoms in block 64
Block first atom: 953
Blocpdb> 18 atoms in block 65
Block first atom: 967
Blocpdb> 17 atoms in block 66
Block first atom: 985
Blocpdb> 16 atoms in block 67
Block first atom: 1002
Blocpdb> 15 atoms in block 68
Block first atom: 1018
Blocpdb> 16 atoms in block 69
Block first atom: 1033
Blocpdb> 20 atoms in block 70
Block first atom: 1049
Blocpdb> 13 atoms in block 71
Block first atom: 1069
Blocpdb> 14 atoms in block 72
Block first atom: 1082
Blocpdb> 13 atoms in block 73
Block first atom: 1096
Blocpdb> 23 atoms in block 74
Block first atom: 1109
Blocpdb> 17 atoms in block 75
Block first atom: 1132
Blocpdb> 18 atoms in block 76
Block first atom: 1149
Blocpdb> 14 atoms in block 77
Block first atom: 1167
Blocpdb> 12 atoms in block 78
Block first atom: 1181
Blocpdb> 9 atoms in block 79
Block first atom: 1193
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1202
Blocpdb> 17 atoms in block 81
Block first atom: 1217
Blocpdb> 21 atoms in block 82
Block first atom: 1234
Blocpdb> 11 atoms in block 83
Block first atom: 1255
Blocpdb> 18 atoms in block 84
Block first atom: 1266
Blocpdb> 8 atoms in block 85
Block first atom: 1284
Blocpdb> 19 atoms in block 86
Block first atom: 1292
Blocpdb> 19 atoms in block 87
Block first atom: 1311
Blocpdb> 20 atoms in block 88
Block first atom: 1330
Blocpdb> 21 atoms in block 89
Block first atom: 1350
Blocpdb> 18 atoms in block 90
Block first atom: 1371
Blocpdb> 18 atoms in block 91
Block first atom: 1389
Blocpdb> 15 atoms in block 92
Block first atom: 1407
Blocpdb> 15 atoms in block 93
Block first atom: 1422
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1437
Blocpdb> 17 atoms in block 95
Block first atom: 1456
Blocpdb> 22 atoms in block 96
Block first atom: 1473
Blocpdb> 15 atoms in block 97
Block first atom: 1495
Blocpdb> 15 atoms in block 98
Block first atom: 1510
Blocpdb> 17 atoms in block 99
Block first atom: 1525
Blocpdb> 11 atoms in block 100
Block first atom: 1542
Blocpdb> 15 atoms in block 101
Block first atom: 1553
Blocpdb> 19 atoms in block 102
Block first atom: 1568
Blocpdb> 19 atoms in block 103
Block first atom: 1587
Blocpdb> 11 atoms in block 104
Block first atom: 1606
Blocpdb> 17 atoms in block 105
Block first atom: 1617
Blocpdb> 15 atoms in block 106
Block first atom: 1634
Blocpdb> 14 atoms in block 107
Block first atom: 1649
Blocpdb> 16 atoms in block 108
Block first atom: 1663
Blocpdb> 17 atoms in block 109
Block first atom: 1679
Blocpdb> 15 atoms in block 110
Block first atom: 1696
Blocpdb> 16 atoms in block 111
Block first atom: 1711
Blocpdb> 14 atoms in block 112
Block first atom: 1727
Blocpdb> 16 atoms in block 113
Block first atom: 1741
Blocpdb> 16 atoms in block 114
Block first atom: 1757
Blocpdb> 10 atoms in block 115
Block first atom: 1773
Blocpdb> 17 atoms in block 116
Block first atom: 1783
Blocpdb> 13 atoms in block 117
Block first atom: 1800
Blocpdb> 14 atoms in block 118
Block first atom: 1813
Blocpdb> 17 atoms in block 119
Block first atom: 1827
Blocpdb> 20 atoms in block 120
Block first atom: 1844
Blocpdb> 13 atoms in block 121
Block first atom: 1864
Blocpdb> 15 atoms in block 122
Block first atom: 1877
Blocpdb> 18 atoms in block 123
Block first atom: 1892
Blocpdb> 13 atoms in block 124
Block first atom: 1910
Blocpdb> 17 atoms in block 125
Block first atom: 1923
Blocpdb> 12 atoms in block 126
Block first atom: 1940
Blocpdb> 20 atoms in block 127
Block first atom: 1952
Blocpdb> 16 atoms in block 128
Block first atom: 1972
Blocpdb> 12 atoms in block 129
Block first atom: 1988
Blocpdb> 14 atoms in block 130
Block first atom: 2000
Blocpdb> 19 atoms in block 131
Block first atom: 2014
Blocpdb> 18 atoms in block 132
Block first atom: 2033
Blocpdb> 16 atoms in block 133
Block first atom: 2051
Blocpdb> 18 atoms in block 134
Block first atom: 2067
Blocpdb> 14 atoms in block 135
Block first atom: 2085
Blocpdb> 16 atoms in block 136
Block first atom: 2099
Blocpdb> 14 atoms in block 137
Block first atom: 2115
Blocpdb> 14 atoms in block 138
Block first atom: 2129
Blocpdb> 15 atoms in block 139
Block first atom: 2143
Blocpdb> 16 atoms in block 140
Block first atom: 2158
Blocpdb> 17 atoms in block 141
Block first atom: 2174
Blocpdb> 20 atoms in block 142
Block first atom: 2191
Blocpdb> 10 atoms in block 143
Block first atom: 2211
Blocpdb> 19 atoms in block 144
Block first atom: 2221
Blocpdb> 9 atoms in block 145
Block first atom: 2240
Blocpdb> 14 atoms in block 146
Block first atom: 2249
Blocpdb> 9 atoms in block 147
Block first atom: 2263
Blocpdb> 16 atoms in block 148
Block first atom: 2272
Blocpdb> 10 atoms in block 149
Block first atom: 2288
Blocpdb> 9 atoms in block 150
Block first atom: 2298
Blocpdb> 8 atoms in block 151
Block first atom: 2307
Blocpdb> 15 atoms in block 152
Block first atom: 2315
Blocpdb> 16 atoms in block 153
Block first atom: 2330
Blocpdb> 22 atoms in block 154
Block first atom: 2346
Blocpdb> 14 atoms in block 155
Block first atom: 2368
Blocpdb> 16 atoms in block 156
Block first atom: 2382
Blocpdb> 20 atoms in block 157
Block first atom: 2398
Blocpdb> 16 atoms in block 158
Block first atom: 2418
Blocpdb> 16 atoms in block 159
Block first atom: 2434
Blocpdb> 18 atoms in block 160
Block first atom: 2450
Blocpdb> 12 atoms in block 161
Block first atom: 2468
Blocpdb> 21 atoms in block 162
Block first atom: 2480
Blocpdb> 12 atoms in block 163
Block first atom: 2501
Blocpdb> 16 atoms in block 164
Block first atom: 2513
Blocpdb> 14 atoms in block 165
Block first atom: 2529
Blocpdb> 16 atoms in block 166
Block first atom: 2543
Blocpdb> 18 atoms in block 167
Block first atom: 2559
Blocpdb> 17 atoms in block 168
Block first atom: 2577
Blocpdb> 11 atoms in block 169
Block first atom: 2594
Blocpdb> 14 atoms in block 170
Block first atom: 2605
Blocpdb> 25 atoms in block 171
Block first atom: 2619
Blocpdb> 13 atoms in block 172
Block first atom: 2644
Blocpdb> 8 atoms in block 173
Block first atom: 2656
Blocpdb> 173 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1015398 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 7992
Prepmat> Matrix trace = 2223280.0000
Prepmat> Last element read: 7992 7992 112.8877
Prepmat> 15052 lines saved.
Prepmat> 13045 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2664
RTB> Total mass = 2664.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2664
RTB> Number of blocks = 173
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 248663.9718
RTB> 69610 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1038
Diagstd> Nb of non-zero elements: 69610
Diagstd> Projected matrix trace = 248663.9718
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1038 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 248663.9718
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 2.1450257 2.4196093 2.8990795 7.1950388
7.7402432 8.1156539 8.4898191 10.5625014 11.7953337
12.5842272 13.6820922 14.7123143 15.4521316 15.7307510
16.6164874 17.3612219 19.0431403 19.6696157 20.0890271
20.8931853 21.6603525 22.0771627 23.5947298 24.6100711
25.1901446 25.5218358 26.6339745 27.4125125 27.8617022
29.1908996 29.3962708 30.4962546 30.7617559 31.6702158
32.3594261 32.7918184 33.5627560 34.5827194 35.7359401
35.9173484 36.9412261 37.6204607 38.5223793 39.0173854
39.6507789 39.7940978 41.1757261 41.7959593 42.3075426
42.8717912 43.8069297 44.4110393 44.6518037 46.0805565
46.4340610 47.0920047 47.5130169 48.2050599 49.0693161
49.2352861 49.8561813 50.3276978 51.1295295 51.3468038
52.0917089 52.7662621 53.4095091 54.7882668 55.1705433
55.2549758 56.3505513 57.0996402 57.3948516 58.1716151
58.6609838 59.6585477 60.4833671 60.7280087 61.0200732
61.8476584 62.4415312 63.0490336 63.2334060 64.5897835
64.7226326 65.2631471 65.4325151 66.5007487 67.2664972
67.9038201 68.3553095 69.0761889 69.4116687 69.7419641
70.8615545 71.4679041 71.6518412 73.0100057 73.7583428
74.4270229
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034328 0.0034331 0.0034347 0.0034350
0.0034361 159.0418889 168.9148770 184.8950752 291.2807946
302.1152050 309.3549278 316.4058464 352.9219493 372.9498155
385.2197600 401.6719795 416.5199216 426.8639499 430.6951769
442.6545087 452.4654514 473.8758357 481.6074734 486.7150018
496.3609511 505.3916240 510.2310801 527.4760973 538.7058779
545.0177051 548.5942294 560.4195407 568.5513582 573.1906575
586.7039605 588.7642071 599.6785748 602.2833278 611.1119713
617.7257219 621.8391057 629.1063776 638.5940248 649.1542216
650.7998048 660.0106348 666.0507706 673.9874842 678.3039745
683.7874757 685.0221457 696.8124689 702.0409238 706.3243534
711.0188172 718.7315149 723.6702986 725.6292551 737.1470601
739.9691500 745.1931765 748.5168547 753.9483477 760.6769964
761.9623514 766.7517675 770.3690250 776.4816173 778.1296929
783.7536612 788.8118849 793.6053254 803.7834530 806.5827148
807.1996718 815.1628232 820.5630678 822.6815334 828.2297786
831.7062241 838.7482340 844.5264588 846.2326946 848.2651841
853.9981130 858.0884425 862.2525698 863.5123792 872.7245536
873.6216076 877.2619369 878.3995150 885.5407435 890.6246005
894.8338082 897.8037337 902.5254650 904.7144418 906.8644287
914.1145419 918.0171683 919.1977603 927.8685862 932.6116912
936.8295993
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2664
Rtb_to_modes> Number of blocs = 173
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.35
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.43
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1038 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000
1.00001 0.99999 1.00002 1.00002 0.99998
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1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999
1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 0.99996 1.00003 1.00002 0.99998
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0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
0.99999 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001
0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
1.00002 0.99998 0.99999 1.00002 1.00001
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1.00001 1.00002 0.99997 1.00000 1.00000
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 47952 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00003
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1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 1.00000
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1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999
1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 0.99996 1.00003 1.00002 0.99998
1.00000 1.00002 1.00002 0.99998 1.00001
0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000
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0.99999 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001
0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
1.00002 0.99998 0.99999 1.00002 1.00001
0.99999 1.00001 1.00003 0.99999 0.99998
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 0.99997 1.00000 1.00000
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 24021912210317154.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
24021912210317154.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 24021912210317154.atom
Openam> file on opening on unit 11:
24021912210317154.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 345
First residue number = 1
Last residue number = 345
Number of atoms found = 2664
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9920E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9930E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9948E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0012E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.145
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.420
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.899
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.195
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.740
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.116
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.490
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.58
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.62
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.36
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.67
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.09
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.66
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.43
Bfactors> 106 vectors, 7992 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 2.145000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.568 for 345 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.022 +/- 0.02
Bfactors> = 95.311 +/- 4.87
Bfactors> Shiftng-fct= 95.290
Bfactors> Scaling-fct= 217.710
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 24021912210317154 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
24021912210317154.eigenfacs
24021912210317154.atom
24021912210317154.10.pdb
24021912210317154.11.pdb
24021912210317154.12.pdb
24021912210317154.13.pdb
24021912210317154.14.pdb
24021912210317154.15.pdb
24021912210317154.16.pdb
24021912210317154.7.pdb
24021912210317154.8.pdb
24021912210317154.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m17.552s
user 0m17.515s
sys 0m0.036s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 24021912210317154.Chkmod.res: No such file or directory
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