*** d ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402130202232571447.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402130202232571447.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402130202232571447.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 229
First residue number = 42
Last residue number = 270
Number of atoms found = 1745
Mean number per residue = 7.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 30.984435 +/- 9.704280 From: 5.597000 To: 52.418000
= 28.612211 +/- 8.659612 From: 9.256000 To: 52.543000
= 29.363069 +/- 9.430742 From: 9.689000 To: 52.210000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.9993 % Filled.
Pdbmat> 685171 non-zero elements.
Pdbmat> 74979 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 85.94 +/- 24.97
Maximum number = 136
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.499580E+06
Pdbmat> Larger element = 507.569
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
229 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402130202232571447.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402130202232571447.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402130202232571447.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1745 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 229 residues.
Blocpdb> 12 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 20 atoms in block 2
Block first atom: 13
Blocpdb> 15 atoms in block 3
Block first atom: 33
Blocpdb> 16 atoms in block 4
Block first atom: 48
Blocpdb> 18 atoms in block 5
Block first atom: 64
Blocpdb> 31 atoms in block 6
Block first atom: 82
Blocpdb> 13 atoms in block 7
Block first atom: 113
Blocpdb> 15 atoms in block 8
Block first atom: 126
Blocpdb> 21 atoms in block 9
Block first atom: 141
Blocpdb> 19 atoms in block 10
Block first atom: 162
Blocpdb> 13 atoms in block 11
Block first atom: 181
Blocpdb> 20 atoms in block 12
Block first atom: 194
Blocpdb> 21 atoms in block 13
Block first atom: 214
Blocpdb> 11 atoms in block 14
Block first atom: 235
Blocpdb> 15 atoms in block 15
Block first atom: 246
Blocpdb> 12 atoms in block 16
Block first atom: 261
Blocpdb> 11 atoms in block 17
Block first atom: 273
Blocpdb> 12 atoms in block 18
Block first atom: 284
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 296
Blocpdb> 18 atoms in block 20
Block first atom: 312
Blocpdb> 12 atoms in block 21
Block first atom: 330
Blocpdb> 15 atoms in block 22
Block first atom: 342
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 357
Blocpdb> 14 atoms in block 24
Block first atom: 372
Blocpdb> 15 atoms in block 25
Block first atom: 386
Blocpdb> 19 atoms in block 26
Block first atom: 401
Blocpdb> 15 atoms in block 27
Block first atom: 420
Blocpdb> 17 atoms in block 28
Block first atom: 435
Blocpdb> 12 atoms in block 29
Block first atom: 452
Blocpdb> 17 atoms in block 30
Block first atom: 464
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 481
Blocpdb> 22 atoms in block 32
Block first atom: 497
Blocpdb> 18 atoms in block 33
Block first atom: 519
Blocpdb> 17 atoms in block 34
Block first atom: 537
Blocpdb> 16 atoms in block 35
Block first atom: 554
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 570
Blocpdb> 13 atoms in block 37
Block first atom: 584
Blocpdb> 12 atoms in block 38
Block first atom: 597
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 609
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 623
Blocpdb> 19 atoms in block 41
Block first atom: 638
Blocpdb> 17 atoms in block 42
Block first atom: 657
Blocpdb> 17 atoms in block 43
Block first atom: 674
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 691
Blocpdb> 13 atoms in block 45
Block first atom: 708
Blocpdb> 18 atoms in block 46
Block first atom: 721
Blocpdb> 10 atoms in block 47
Block first atom: 739
Blocpdb> 12 atoms in block 48
Block first atom: 749
Blocpdb> 12 atoms in block 49
Block first atom: 761
Blocpdb> 17 atoms in block 50
Block first atom: 773
Blocpdb> 13 atoms in block 51
Block first atom: 790
Blocpdb> 14 atoms in block 52
Block first atom: 803
Blocpdb> 17 atoms in block 53
Block first atom: 817
Blocpdb> 13 atoms in block 54
Block first atom: 834
Blocpdb> 16 atoms in block 55
Block first atom: 847
Blocpdb> 13 atoms in block 56
Block first atom: 863
Blocpdb> 15 atoms in block 57
Block first atom: 876
Blocpdb> 10 atoms in block 58
Block first atom: 891
Blocpdb> 19 atoms in block 59
Block first atom: 901
Blocpdb> 14 atoms in block 60
Block first atom: 920
Blocpdb> 18 atoms in block 61
Block first atom: 934
Blocpdb> 10 atoms in block 62
Block first atom: 952
Blocpdb> 12 atoms in block 63
Block first atom: 962
Blocpdb> 21 atoms in block 64
Block first atom: 974
Blocpdb> 16 atoms in block 65
Block first atom: 995
Blocpdb> 12 atoms in block 66
Block first atom: 1011
Blocpdb> 12 atoms in block 67
Block first atom: 1023
Blocpdb> 19 atoms in block 68
Block first atom: 1035
Blocpdb> 11 atoms in block 69
Block first atom: 1054
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1065
Blocpdb> 18 atoms in block 71
Block first atom: 1082
Blocpdb> 19 atoms in block 72
Block first atom: 1100
Blocpdb> 11 atoms in block 73
Block first atom: 1119
Blocpdb> 14 atoms in block 74
Block first atom: 1130
Blocpdb> 16 atoms in block 75
Block first atom: 1144
Blocpdb> 16 atoms in block 76
Block first atom: 1160
Blocpdb> 15 atoms in block 77
Block first atom: 1176
Blocpdb> 11 atoms in block 78
Block first atom: 1191
Blocpdb> 26 atoms in block 79
Block first atom: 1202
Blocpdb> 11 atoms in block 80
Block first atom: 1228
Blocpdb> 16 atoms in block 81
Block first atom: 1239
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1255
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 1271
Blocpdb> 14 atoms in block 84
Block first atom: 1279
Blocpdb> 17 atoms in block 85
Block first atom: 1293
Blocpdb> 14 atoms in block 86
Block first atom: 1310
Blocpdb> 14 atoms in block 87
Block first atom: 1324
Blocpdb> 15 atoms in block 88
Block first atom: 1338
Blocpdb> 12 atoms in block 89
Block first atom: 1353
Blocpdb> 16 atoms in block 90
Block first atom: 1365
Blocpdb> 12 atoms in block 91
Block first atom: 1381
Blocpdb> 13 atoms in block 92
Block first atom: 1393
Blocpdb> 16 atoms in block 93
Block first atom: 1406
Blocpdb> 22 atoms in block 94
Block first atom: 1422
Blocpdb> 10 atoms in block 95
Block first atom: 1444
Blocpdb> 11 atoms in block 96
Block first atom: 1454
Blocpdb> 16 atoms in block 97
Block first atom: 1465
Blocpdb> 15 atoms in block 98
Block first atom: 1481
Blocpdb> 10 atoms in block 99
Block first atom: 1496
Blocpdb> 18 atoms in block 100
Block first atom: 1506
Blocpdb> 14 atoms in block 101
Block first atom: 1524
Blocpdb> 14 atoms in block 102
Block first atom: 1538
Blocpdb> 15 atoms in block 103
Block first atom: 1552
Blocpdb> 19 atoms in block 104
Block first atom: 1567
Blocpdb> 16 atoms in block 105
Block first atom: 1586
Blocpdb> 12 atoms in block 106
Block first atom: 1602
Blocpdb> 14 atoms in block 107
Block first atom: 1614
Blocpdb> 16 atoms in block 108
Block first atom: 1628
Blocpdb> 13 atoms in block 109
Block first atom: 1644
Blocpdb> 17 atoms in block 110
Block first atom: 1657
Blocpdb> 12 atoms in block 111
Block first atom: 1674
Blocpdb> 19 atoms in block 112
Block first atom: 1686
Blocpdb> 13 atoms in block 113
Block first atom: 1705
Blocpdb> 17 atoms in block 114
Block first atom: 1718
Blocpdb> 11 atoms in block 115
Block first atom: 1734
Blocpdb> 115 blocks.
Blocpdb> At most, 31 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 685286 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5235
Prepmat> Matrix trace = 1499580.0000
Prepmat> Last element read: 5235 5235 224.8318
Prepmat> 6671 lines saved.
Prepmat> 5395 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1745
RTB> Total mass = 1745.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1745
RTB> Number of blocks = 115
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 169376.3516
RTB> 44175 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 690
Diagstd> Nb of non-zero elements: 44175
Diagstd> Projected matrix trace = 169376.3516
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 690 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 169376.3516
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 4.8416617 6.1443073 7.2763715 8.9269176
10.6078059 12.5943727 15.3350709 16.5098959 17.6257023
17.9457899 19.2373651 21.2614197 22.5627658 23.2253344
24.3672635 25.6350545 26.2485507 26.7820519 27.7633852
28.5534699 30.2047721 31.0781591 31.8703609 32.5987376
33.1218258 34.9996000 36.2416681 37.9903183 38.1423105
39.3164228 41.2363333 42.0947006 43.0706394 44.0454186
45.3962402 46.3143986 47.3251165 48.4838822 49.2288634
49.3119380 50.0855475 51.2491864 52.1196089 52.7684620
55.0405131 55.8499773 57.1342097 57.4701596 58.6840181
59.8437549 60.5299484 61.6475022 63.3433176 63.7812001
64.1976980 64.5171781 66.2924140 67.2134972 68.5106874
69.0377871 70.2003495 71.6303558 72.2916052 73.4444957
74.1205989 74.6727530 74.8186510 76.4227396 78.0257265
78.9092680 79.8630770 81.6403193 82.1068791 82.4855780
83.0219860 83.9572979 84.9502296 85.7081396 86.3067673
87.0243661 88.7312829 89.3846743 89.7131528 90.7300399
92.4281911 93.5639231 93.9984555 94.4504204 95.0222750
98.0980703 99.2070225 99.2779406 100.0788868 101.4098781
101.8249595 102.5512610 102.9105030 103.4871769 105.1597230
105.4843032
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034320 0.0034334 0.0034341 0.0034342 0.0034342
0.0034352 238.9420031 269.1731545 292.9224873 324.4487036
353.6780141 385.3750114 425.2439802 441.2324526 455.8988486
460.0198482 476.2862826 500.7159325 515.8120081 523.3307673
536.0418044 549.8097061 556.3498114 561.9752690 572.1784408
580.2627967 596.8058370 605.3728273 613.0399412 620.0056846
624.9602776 642.4314905 653.7314367 669.3168316 670.6544012
680.8983451 697.3251051 704.5454142 712.6658359 720.6852790
731.6531102 739.0150701 747.0353035 756.1256554 761.9126508
762.5552508 768.5134861 777.3896741 783.9635199 788.8283280
805.6316457 811.5341138 820.8114243 823.2210787 831.8694997
840.0491523 844.8516024 852.6151057 864.2625273 867.2446386
870.0716297 872.2339002 884.1525365 890.2736648 898.8235500
902.2745582 909.8397725 919.0599359 923.2923015 930.6254107
934.8990965 938.3748552 939.2911210 949.3067771 959.2110888
964.6267199 970.4391300 981.1776064 983.9772390 986.2438121
989.4454128 995.0032670 1000.8697389 1005.3246108 1008.8293418
1013.0146232 1022.9011354 1026.6604008 1028.5451012 1034.3578894
1043.9928083 1050.3873722 1052.8236671 1055.3517336 1058.5417516
1075.5373893 1081.5995249 1081.9860468 1086.3418567 1093.5418560
1095.7775623 1099.6786229 1101.6030526 1104.6852371 1113.5763451
1115.2935727
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1745
Rtb_to_modes> Number of blocs = 115
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9888E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9969E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.842
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.144
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.276
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.927
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.5
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 690 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00002 0.99996 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99997
1.00000 0.99997 1.00002 0.99997 0.99998
1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002
0.99997 1.00002 1.00001 0.99996 1.00001
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1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00003
1.00000 1.00002 1.00003 1.00000 1.00001
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1.00003 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001
0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
0.99998 1.00002 1.00002 1.00002 0.99999
1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 0.99999
1.00000 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999
1.00000 0.99997 1.00003 0.99999 0.99999
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 31410 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001
0.99999 0.99999 0.99993 1.00002 0.99999
1.00002 1.00002 0.99997 1.00000 1.00004
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00002 0.99996 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99997
1.00000 0.99997 1.00002 0.99997 0.99998
1.00002 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002
0.99997 1.00002 1.00001 0.99996 1.00001
1.00003 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001
1.00002 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00003
1.00000 1.00002 1.00003 1.00000 1.00001
0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 1.00002
1.00003 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001
0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
0.99998 1.00002 1.00002 1.00002 0.99999
1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 0.99999
1.00000 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999
1.00000 0.99997 1.00003 0.99999 0.99999
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402130202232571447.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402130202232571447.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402130202232571447.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402130202232571447.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 229
First residue number = 42
Last residue number = 270
Number of atoms found = 1745
Mean number per residue = 7.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9888E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9969E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.842
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.144
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.276
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.927
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.8
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.9
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.5
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.5
Bfactors> 106 vectors, 5235 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.842000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.507 for 237 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.022 +/- 0.03
Bfactors> = 21.407 +/- 9.11
Bfactors> Shiftng-fct= 21.385
Bfactors> Scaling-fct= 284.698
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402130202232571447 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
making animated gifs
11 models are in 2402130202232571447.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402130202232571447 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402130202232571447.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
making animated gifs
11 models are in 2402130202232571447.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402130202232571447 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402130202232571447.atom
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2402130202232571447.atom
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2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
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2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
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2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
making animated gifs
11 models are in 2402130202232571447.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402130202232571447 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
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2402130202232571447.eigenfacs
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2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402130202232571447.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
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2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
making animated gifs
11 models are in 2402130202232571447.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402130202232571447 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402130202232571447.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2402130202232571447.eigenfacs
2402130202232571447.atom
making animated gifs
11 models are in 2402130202232571447.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402130202232571447.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2402130202232571447.10.pdb
2402130202232571447.11.pdb
2402130202232571447.7.pdb
2402130202232571447.8.pdb
2402130202232571447.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m6.009s
user 0m5.993s
sys 0m0.016s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402130202232571447.Chkmod.res: No such file or directory
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