*** 1hhp ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402090927522044220.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402090927522044220.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402090927522044220.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 758
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 44.333530 +/- 6.596488 From: 29.854000 To: 58.353000
= 44.227468 +/- 8.664383 From: 25.358000 To: 61.272000
= -11.527855 +/- 8.244856 From: -28.556000 To: 9.685000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 9.0834 % Filled.
Pdbmat> 234959 non-zero elements.
Pdbmat> 25604 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 67.56 +/- 24.09
Maximum number = 117
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 512080.
Pdbmat> Larger element = 444.551
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
99 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402090927522044220.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402090927522044220.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402090927522044220.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 758 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 99 residues.
Blocpdb> 7 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 9 atoms in block 2
Block first atom: 8
Blocpdb> 8 atoms in block 3
Block first atom: 17
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 25
Blocpdb> 8 atoms in block 5
Block first atom: 32
Blocpdb> 14 atoms in block 6
Block first atom: 40
Blocpdb> 9 atoms in block 7
Block first atom: 54
Blocpdb> 11 atoms in block 8
Block first atom: 63
Blocpdb> 7 atoms in block 9
Block first atom: 74
Blocpdb> 8 atoms in block 10
Block first atom: 81
Blocpdb> 7 atoms in block 11
Block first atom: 89
Blocpdb> 7 atoms in block 12
Block first atom: 96
Blocpdb> 8 atoms in block 13
Block first atom: 103
Blocpdb> 9 atoms in block 14
Block first atom: 111
Blocpdb> 8 atoms in block 15
Block first atom: 120
Blocpdb> 4 atoms in block 16
Block first atom: 128
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 132
Blocpdb> 9 atoms in block 18
Block first atom: 136
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 145
Blocpdb> 9 atoms in block 20
Block first atom: 153
Blocpdb> 9 atoms in block 21
Block first atom: 162
Blocpdb> 5 atoms in block 22
Block first atom: 171
Blocpdb> 8 atoms in block 23
Block first atom: 176
Blocpdb> 8 atoms in block 24
Block first atom: 184
Blocpdb> 8 atoms in block 25
Block first atom: 192
Blocpdb> 7 atoms in block 26
Block first atom: 200
Blocpdb> 4 atoms in block 27
Block first atom: 207
Blocpdb> 5 atoms in block 28
Block first atom: 211
Blocpdb> 8 atoms in block 29
Block first atom: 216
Blocpdb> 8 atoms in block 30
Block first atom: 224
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 232
Blocpdb> 7 atoms in block 32
Block first atom: 239
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 246
Blocpdb> 9 atoms in block 34
Block first atom: 254
Blocpdb> 9 atoms in block 35
Block first atom: 263
Blocpdb> 8 atoms in block 36
Block first atom: 272
Blocpdb> 6 atoms in block 37
Block first atom: 280
Blocpdb> 8 atoms in block 38
Block first atom: 286
Blocpdb> 7 atoms in block 39
Block first atom: 294
Blocpdb> 4 atoms in block 40
Block first atom: 301
Blocpdb> 11 atoms in block 41
Block first atom: 305
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 316
Blocpdb> 9 atoms in block 43
Block first atom: 330
Blocpdb> 7 atoms in block 44
Block first atom: 339
Blocpdb> 9 atoms in block 45
Block first atom: 346
Blocpdb> 8 atoms in block 46
Block first atom: 355
Blocpdb> 8 atoms in block 47
Block first atom: 363
Blocpdb> 4 atoms in block 48
Block first atom: 371
Blocpdb> 4 atoms in block 49
Block first atom: 375
Blocpdb> 8 atoms in block 50
Block first atom: 379
Blocpdb> 4 atoms in block 51
Block first atom: 387
Blocpdb> 4 atoms in block 52
Block first atom: 391
Blocpdb> 11 atoms in block 53
Block first atom: 395
Blocpdb> 8 atoms in block 54
Block first atom: 406
Blocpdb> 9 atoms in block 55
Block first atom: 414
Blocpdb> 7 atoms in block 56
Block first atom: 423
Blocpdb> 11 atoms in block 57
Block first atom: 430
Blocpdb> 9 atoms in block 58
Block first atom: 441
Blocpdb> 12 atoms in block 59
Block first atom: 450
Blocpdb> 8 atoms in block 60
Block first atom: 462
Blocpdb> 9 atoms in block 61
Block first atom: 470
Blocpdb> 8 atoms in block 62
Block first atom: 479
Blocpdb> 8 atoms in block 63
Block first atom: 487
Blocpdb> 8 atoms in block 64
Block first atom: 495
Blocpdb> 9 atoms in block 65
Block first atom: 503
Blocpdb> 8 atoms in block 66
Block first atom: 512
Blocpdb> 6 atoms in block 67
Block first atom: 520
Blocpdb> 4 atoms in block 68
Block first atom: 526
Blocpdb> 10 atoms in block 69
Block first atom: 530
Blocpdb> 9 atoms in block 70
Block first atom: 540
Blocpdb> 5 atoms in block 71
Block first atom: 549
Blocpdb> 8 atoms in block 72
Block first atom: 554
Blocpdb> 4 atoms in block 73
Block first atom: 562
Blocpdb> 7 atoms in block 74
Block first atom: 566
Blocpdb> 7 atoms in block 75
Block first atom: 573
Blocpdb> 8 atoms in block 76
Block first atom: 580
Blocpdb> 7 atoms in block 77
Block first atom: 588
Blocpdb> 4 atoms in block 78
Block first atom: 595
Blocpdb> 7 atoms in block 79
Block first atom: 599
Blocpdb> 7 atoms in block 80
Block first atom: 606
Blocpdb> 7 atoms in block 81
Block first atom: 613
Blocpdb> 7 atoms in block 82
Block first atom: 620
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 627
Blocpdb> 8 atoms in block 84
Block first atom: 635
Blocpdb> 8 atoms in block 85
Block first atom: 643
Blocpdb> 4 atoms in block 86
Block first atom: 651
Blocpdb> 11 atoms in block 87
Block first atom: 655
Blocpdb> 8 atoms in block 88
Block first atom: 666
Blocpdb> 8 atoms in block 89
Block first atom: 674
Blocpdb> 8 atoms in block 90
Block first atom: 682
Blocpdb> 7 atoms in block 91
Block first atom: 690
Blocpdb> 9 atoms in block 92
Block first atom: 697
Blocpdb> 8 atoms in block 93
Block first atom: 706
Blocpdb> 4 atoms in block 94
Block first atom: 714
Blocpdb> 6 atoms in block 95
Block first atom: 718
Blocpdb> 7 atoms in block 96
Block first atom: 724
Blocpdb> 8 atoms in block 97
Block first atom: 731
Blocpdb> 8 atoms in block 98
Block first atom: 739
Blocpdb> 12 atoms in block 99
Block first atom: 746
Blocpdb> 99 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 235058 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 2274
Prepmat> Matrix trace = 512080.0000
Prepmat> Last element read: 2274 2274 108.9375
Prepmat> 4951 lines saved.
Prepmat> 3897 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 758
RTB> Total mass = 758.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 758
RTB> Number of blocks = 99
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 121624.5885
RTB> 36423 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 594
Diagstd> Nb of non-zero elements: 36423
Diagstd> Projected matrix trace = 121624.5885
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 594 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 121624.5885
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.2904106 1.9193667 2.1457177 2.5601082
4.0829085 4.2974169 4.9753768 5.7602965 6.5446142
7.5494880 9.5961151 10.4467839 11.5943873 12.1011225
12.7220170 13.0473278 14.5857135 16.2559568 16.8834589
17.8358751 18.2440581 19.6976669 20.3962336 22.6128977
23.1067178 23.8364499 24.3067406 24.8462690 25.8653789
26.5555353 27.5118904 28.4332600 29.0418372 29.7979744
30.9142365 33.2004862 34.2236244 34.5141713 36.8936897
36.9696959 37.4429380 37.8419906 38.8967066 39.6236478
40.1374719 41.1093109 42.6479481 43.1378737 43.8311181
44.3091456 45.4210266 46.0304949 46.5918464 47.5311332
48.5466460 48.6873479 49.4351847 50.5658457 51.1785989
51.8717524 52.9912493 53.9347059 54.6427725 56.9893937
57.6762089 58.7083328 59.4905665 60.3357361 61.2788724
62.3280289 64.1432366 65.1503780 65.9519502 66.5008605
67.6037419 67.8338420 68.4339883 68.8269501 70.7651103
72.5395907 73.6126408 73.8426006 74.3537716 75.0952780
76.4092943 76.6927120 77.6868228 78.4164493 78.7118449
79.8829152 80.9799285 81.6367394 82.3975448 83.2699349
83.5649686 84.4917140 85.6675511 85.9823472 86.9082187
87.4720061
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034329 0.0034337 0.0034337 0.0034340
0.0034350 123.3557038 150.4437891 159.0675423 173.7498521
219.4219665 225.1121960 242.2190337 260.6259774 277.8032387
298.3692266 336.3899432 350.9834069 369.7593643 377.7531631
387.3229820 392.2437810 414.7239532 437.8260001 446.1963283
458.6089138 463.8269758 481.9507665 490.4223671 516.3847275
521.9926766 530.1711211 535.3756851 541.2848498 552.2741336
559.5936917 569.5810036 579.0400569 585.2040511 592.7733242
603.7741880 625.7019412 635.2699034 637.9608171 659.5858433
660.2649138 664.4774383 668.0089286 677.2541823 683.5534942
687.9712468 696.2502733 709.1601952 713.2218631 718.9299149
722.8396523 731.8528245 736.7465356 741.2253109 748.6595424
756.6149101 757.7105587 763.5075940 772.1895462 776.8541253
782.0972168 790.4917821 797.4976973 802.7154898 819.7705243
824.6955162 832.0418173 837.5665654 843.4951462 850.0621183
857.3081979 869.7024938 876.5036929 881.8792040 885.5414880
892.8544097 894.3726047 898.3202835 900.8957600 913.4922646
924.8745534 931.6900969 933.1442232 936.3684709 941.0259397
949.2232662 950.9820686 957.1256620 961.6097700 963.4192642
970.5596524 977.2011619 981.1560937 985.7173839 990.9218229
992.6757382 998.1650066 1005.0865388 1006.9315032 1012.3383853
1015.6166774
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 758
Rtb_to_modes> Number of blocs = 99
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9925E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9939E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.290
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.919
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.146
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.560
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.083
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.297
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.975
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.760
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.545
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.549
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.596
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.47
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 594 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001
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0.99999 1.00004 1.00000 1.00001 1.00002
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
0.99997 1.00000 0.99999 0.99997 1.00004
0.99999 1.00001 0.99999 1.00003 1.00001
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1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99997 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000
1.00006 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00002 1.00003 0.99999 1.00001 0.99997
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99999
1.00002 1.00003 1.00001 0.99999 1.00001
0.99995 0.99998 0.99998 1.00003 1.00001
1.00001 0.99999 0.99994 0.99997 0.99997
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99996 0.99999 1.00000 0.99998 1.00004
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 13644 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001
1.00001 1.00000 0.99997 0.99999 1.00004
0.99999 1.00004 1.00000 1.00001 1.00002
1.00002 1.00000 0.99997 0.99996 1.00001
1.00000 0.99994 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
0.99997 1.00000 0.99999 0.99997 1.00004
0.99999 1.00001 0.99999 1.00003 1.00001
0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 1.00002
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99997 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000
1.00006 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00002 1.00003 0.99999 1.00001 0.99997
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99999
1.00002 1.00003 1.00001 0.99999 1.00001
0.99995 0.99998 0.99998 1.00003 1.00001
1.00001 0.99999 0.99994 0.99997 0.99997
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99996 0.99999 1.00000 0.99998 1.00004
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402090927522044220.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402090927522044220.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402090927522044220.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402090927522044220.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 99
First residue number = 1
Last residue number = 99
Number of atoms found = 758
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9925E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9939E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.290
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.919
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.146
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.560
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.083
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.297
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.975
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.760
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.545
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.549
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.596
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.47
Bfactors> 106 vectors, 2274 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.290000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.280 for 99 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.090 +/- 0.18
Bfactors> = 31.076 +/- 10.13
Bfactors> Shiftng-fct= 30.986
Bfactors> Scaling-fct= 56.676
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402090927522044220 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
making animated gifs
11 models are in 2402090927522044220.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402090927522044220 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
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2402090927522044220.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
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2402090927522044220.eigenfacs
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2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
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2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
making animated gifs
11 models are in 2402090927522044220.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402090927522044220 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402090927522044220.eigenfacs
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2402090927522044220.eigenfacs
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402090927522044220 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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2402090927522044220.eigenfacs
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2402090927522044220.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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making animated gifs
11 models are in 2402090927522044220.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402090927522044220 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402090927522044220.eigenfacs
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2402090927522044220.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402090927522044220.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402090927522044220.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
2402090927522044220.eigenfacs
2402090927522044220.atom
making animated gifs
11 models are in 2402090927522044220.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2402090927522044220.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2402090927522044220.10.pdb
2402090927522044220.11.pdb
2402090927522044220.7.pdb
2402090927522044220.8.pdb
2402090927522044220.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m3.370s
user 0m3.358s
sys 0m0.012s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402090927522044220.Chkmod.res: No such file or directory
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