*** urztest ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2402062358181752690.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2402062358181752690.atom to be opened.
Openam> File opened: 2402062358181752690.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 382
First residue number = 1
Last residue number = 382
Number of atoms found = 2921
Mean number per residue = 7.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 8.699052 +/- 25.910508 From: -51.356000 To: 46.884000
= 13.237442 +/- 12.281960 From: -10.216000 To: 47.352000
= 84.917427 +/- 11.264138 From: 55.610000 To: 110.624000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.6957 % Filled.
Pdbmat> 1035142 non-zero elements.
Pdbmat> 113089 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.43 +/- 21.42
Maximum number = 125
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 2.261780E+06
Pdbmat> Larger element = 470.429
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
382 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2402062358181752690.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2402062358181752690.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2402062358181752690.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2921 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 382 residues.
Blocpdb> 11 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 17 atoms in block 2
Block first atom: 12
Blocpdb> 17 atoms in block 3
Block first atom: 29
Blocpdb> 19 atoms in block 4
Block first atom: 46
Blocpdb> 19 atoms in block 5
Block first atom: 65
Blocpdb> 14 atoms in block 6
Block first atom: 84
Blocpdb> 11 atoms in block 7
Block first atom: 98
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 109
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 122
Blocpdb> 18 atoms in block 10
Block first atom: 136
Blocpdb> 15 atoms in block 11
Block first atom: 154
Blocpdb> 15 atoms in block 12
Block first atom: 169
Blocpdb> 17 atoms in block 13
Block first atom: 184
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 201
Blocpdb> 13 atoms in block 15
Block first atom: 209
Blocpdb> 15 atoms in block 16
Block first atom: 222
Blocpdb> 12 atoms in block 17
Block first atom: 237
Blocpdb> 13 atoms in block 18
Block first atom: 249
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 262
Blocpdb> 14 atoms in block 20
Block first atom: 278
Blocpdb> 15 atoms in block 21
Block first atom: 292
Blocpdb> 22 atoms in block 22
Block first atom: 307
Blocpdb> 13 atoms in block 23
Block first atom: 329
Blocpdb> 20 atoms in block 24
Block first atom: 342
Blocpdb> 18 atoms in block 25
Block first atom: 362
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 380
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 395
Blocpdb> 18 atoms in block 28
Block first atom: 409
Blocpdb> 21 atoms in block 29
Block first atom: 427
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 448
Blocpdb> 15 atoms in block 31
Block first atom: 462
Blocpdb> 17 atoms in block 32
Block first atom: 477
Blocpdb> 14 atoms in block 33
Block first atom: 494
Blocpdb> 16 atoms in block 34
Block first atom: 508
Blocpdb> 12 atoms in block 35
Block first atom: 524
Blocpdb> 16 atoms in block 36
Block first atom: 536
Blocpdb> 13 atoms in block 37
Block first atom: 552
Blocpdb> 15 atoms in block 38
Block first atom: 565
Blocpdb> 11 atoms in block 39
Block first atom: 580
Blocpdb> 12 atoms in block 40
Block first atom: 591
Blocpdb> 13 atoms in block 41
Block first atom: 603
Blocpdb> 18 atoms in block 42
Block first atom: 616
Blocpdb> 19 atoms in block 43
Block first atom: 634
Blocpdb> 8 atoms in block 44
Block first atom: 653
Blocpdb> 14 atoms in block 45
Block first atom: 661
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 675
Blocpdb> 19 atoms in block 47
Block first atom: 690
Blocpdb> 15 atoms in block 48
Block first atom: 709
Blocpdb> 19 atoms in block 49
Block first atom: 724
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 743
Blocpdb> 12 atoms in block 51
Block first atom: 761
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 773
Blocpdb> 12 atoms in block 53
Block first atom: 789
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 801
Blocpdb> 13 atoms in block 55
Block first atom: 816
Blocpdb> 14 atoms in block 56
Block first atom: 829
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 843
Blocpdb> 13 atoms in block 58
Block first atom: 855
Blocpdb> 14 atoms in block 59
Block first atom: 868
Blocpdb> 11 atoms in block 60
Block first atom: 882
Blocpdb> 14 atoms in block 61
Block first atom: 893
Blocpdb> 18 atoms in block 62
Block first atom: 907
Blocpdb> 14 atoms in block 63
Block first atom: 925
Blocpdb> 11 atoms in block 64
Block first atom: 939
Blocpdb> 17 atoms in block 65
Block first atom: 950
Blocpdb> 20 atoms in block 66
Block first atom: 967
Blocpdb> 13 atoms in block 67
Block first atom: 987
Blocpdb> 17 atoms in block 68
Block first atom: 1000
Blocpdb> 19 atoms in block 69
Block first atom: 1017
Blocpdb> 14 atoms in block 70
Block first atom: 1036
Blocpdb> 16 atoms in block 71
Block first atom: 1050
Blocpdb> 16 atoms in block 72
Block first atom: 1066
Blocpdb> 17 atoms in block 73
Block first atom: 1082
Blocpdb> 20 atoms in block 74
Block first atom: 1099
Blocpdb> 12 atoms in block 75
Block first atom: 1119
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1131
Blocpdb> 15 atoms in block 77
Block first atom: 1148
Blocpdb> 12 atoms in block 78
Block first atom: 1163
Blocpdb> 18 atoms in block 79
Block first atom: 1175
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1193
Blocpdb> 15 atoms in block 81
Block first atom: 1208
Blocpdb> 12 atoms in block 82
Block first atom: 1223
Blocpdb> 21 atoms in block 83
Block first atom: 1235
Blocpdb> 12 atoms in block 84
Block first atom: 1256
Blocpdb> 13 atoms in block 85
Block first atom: 1268
Blocpdb> 16 atoms in block 86
Block first atom: 1281
Blocpdb> 17 atoms in block 87
Block first atom: 1297
Blocpdb> 12 atoms in block 88
Block first atom: 1314
Blocpdb> 10 atoms in block 89
Block first atom: 1326
Blocpdb> 15 atoms in block 90
Block first atom: 1336
Blocpdb> 13 atoms in block 91
Block first atom: 1351
Blocpdb> 16 atoms in block 92
Block first atom: 1364
Blocpdb> 15 atoms in block 93
Block first atom: 1380
Blocpdb> 17 atoms in block 94
Block first atom: 1395
Blocpdb> 16 atoms in block 95
Block first atom: 1412
Blocpdb> 14 atoms in block 96
Block first atom: 1428
Blocpdb> 19 atoms in block 97
Block first atom: 1442
Blocpdb> 16 atoms in block 98
Block first atom: 1461
Blocpdb> 21 atoms in block 99
Block first atom: 1477
Blocpdb> 22 atoms in block 100
Block first atom: 1498
Blocpdb> 19 atoms in block 101
Block first atom: 1520
Blocpdb> 16 atoms in block 102
Block first atom: 1539
Blocpdb> 13 atoms in block 103
Block first atom: 1555
Blocpdb> 21 atoms in block 104
Block first atom: 1568
Blocpdb> 19 atoms in block 105
Block first atom: 1589
Blocpdb> 13 atoms in block 106
Block first atom: 1608
Blocpdb> 14 atoms in block 107
Block first atom: 1621
Blocpdb> 22 atoms in block 108
Block first atom: 1635
Blocpdb> 16 atoms in block 109
Block first atom: 1657
Blocpdb> 14 atoms in block 110
Block first atom: 1673
Blocpdb> 19 atoms in block 111
Block first atom: 1687
Blocpdb> 16 atoms in block 112
Block first atom: 1706
Blocpdb> 15 atoms in block 113
Block first atom: 1722
Blocpdb> 12 atoms in block 114
Block first atom: 1737
Blocpdb> 15 atoms in block 115
Block first atom: 1749
Blocpdb> 16 atoms in block 116
Block first atom: 1764
Blocpdb> 16 atoms in block 117
Block first atom: 1780
Blocpdb> 19 atoms in block 118
Block first atom: 1796
Blocpdb> 16 atoms in block 119
Block first atom: 1815
Blocpdb> 12 atoms in block 120
Block first atom: 1831
Blocpdb> 16 atoms in block 121
Block first atom: 1843
Blocpdb> 11 atoms in block 122
Block first atom: 1859
Blocpdb> 16 atoms in block 123
Block first atom: 1870
Blocpdb> 14 atoms in block 124
Block first atom: 1886
Blocpdb> 13 atoms in block 125
Block first atom: 1900
Blocpdb> 11 atoms in block 126
Block first atom: 1913
Blocpdb> 14 atoms in block 127
Block first atom: 1924
Blocpdb> 15 atoms in block 128
Block first atom: 1938
Blocpdb> 17 atoms in block 129
Block first atom: 1953
Blocpdb> 11 atoms in block 130
Block first atom: 1970
Blocpdb> 21 atoms in block 131
Block first atom: 1981
Blocpdb> 18 atoms in block 132
Block first atom: 2002
Blocpdb> 15 atoms in block 133
Block first atom: 2020
Blocpdb> 14 atoms in block 134
Block first atom: 2035
Blocpdb> 14 atoms in block 135
Block first atom: 2049
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2063
Blocpdb> 11 atoms in block 137
Block first atom: 2078
Blocpdb> 17 atoms in block 138
Block first atom: 2089
Blocpdb> 17 atoms in block 139
Block first atom: 2106
Blocpdb> 17 atoms in block 140
Block first atom: 2123
Blocpdb> 13 atoms in block 141
Block first atom: 2140
Blocpdb> 15 atoms in block 142
Block first atom: 2153
Blocpdb> 19 atoms in block 143
Block first atom: 2168
Blocpdb> 14 atoms in block 144
Block first atom: 2187
Blocpdb> 17 atoms in block 145
Block first atom: 2201
Blocpdb> 16 atoms in block 146
Block first atom: 2218
Blocpdb> 18 atoms in block 147
Block first atom: 2234
Blocpdb> 23 atoms in block 148
Block first atom: 2252
Blocpdb> 16 atoms in block 149
Block first atom: 2275
Blocpdb> 14 atoms in block 150
Block first atom: 2291
Blocpdb> 14 atoms in block 151
Block first atom: 2305
Blocpdb> 14 atoms in block 152
Block first atom: 2319
Blocpdb> 15 atoms in block 153
Block first atom: 2333
Blocpdb> 14 atoms in block 154
Block first atom: 2348
Blocpdb> 17 atoms in block 155
Block first atom: 2362
Blocpdb> 14 atoms in block 156
Block first atom: 2379
Blocpdb> 17 atoms in block 157
Block first atom: 2393
Blocpdb> 11 atoms in block 158
Block first atom: 2410
Blocpdb> 16 atoms in block 159
Block first atom: 2421
Blocpdb> 17 atoms in block 160
Block first atom: 2437
Blocpdb> 15 atoms in block 161
Block first atom: 2454
Blocpdb> 18 atoms in block 162
Block first atom: 2469
Blocpdb> 12 atoms in block 163
Block first atom: 2487
Blocpdb> 15 atoms in block 164
Block first atom: 2499
Blocpdb> 10 atoms in block 165
Block first atom: 2514
Blocpdb> 15 atoms in block 166
Block first atom: 2524
Blocpdb> 15 atoms in block 167
Block first atom: 2539
Blocpdb> 12 atoms in block 168
Block first atom: 2554
Blocpdb> 16 atoms in block 169
Block first atom: 2566
Blocpdb> 15 atoms in block 170
Block first atom: 2582
Blocpdb> 15 atoms in block 171
Block first atom: 2597
Blocpdb> 14 atoms in block 172
Block first atom: 2612
Blocpdb> 17 atoms in block 173
Block first atom: 2626
Blocpdb> 16 atoms in block 174
Block first atom: 2643
Blocpdb> 8 atoms in block 175
Block first atom: 2659
Blocpdb> 15 atoms in block 176
Block first atom: 2667
Blocpdb> 17 atoms in block 177
Block first atom: 2682
Blocpdb> 17 atoms in block 178
Block first atom: 2699
Blocpdb> 15 atoms in block 179
Block first atom: 2716
Blocpdb> 11 atoms in block 180
Block first atom: 2731
Blocpdb> 16 atoms in block 181
Block first atom: 2742
Blocpdb> 16 atoms in block 182
Block first atom: 2758
Blocpdb> 19 atoms in block 183
Block first atom: 2774
Blocpdb> 13 atoms in block 184
Block first atom: 2793
Blocpdb> 14 atoms in block 185
Block first atom: 2806
Blocpdb> 19 atoms in block 186
Block first atom: 2820
Blocpdb> 25 atoms in block 187
Block first atom: 2839
Blocpdb> 18 atoms in block 188
Block first atom: 2864
Blocpdb> 10 atoms in block 189
Block first atom: 2882
Blocpdb> 14 atoms in block 190
Block first atom: 2892
Blocpdb> 16 atoms in block 191
Block first atom: 2905
Blocpdb> 191 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1035333 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8763
Prepmat> Matrix trace = 2261780.0000
Prepmat> Last element read: 8763 8763 165.4181
Prepmat> 18337 lines saved.
Prepmat> 16435 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2921
RTB> Total mass = 2921.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2921
RTB> Number of blocks = 191
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 246906.2302
RTB> 65571 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1146
Diagstd> Nb of non-zero elements: 65571
Diagstd> Projected matrix trace = 246906.2302
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1146 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 246906.2302
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1827584 0.2733560 0.5561604 0.8491692
1.4310550 1.7502232 2.1027698 2.5372967 3.2082322
3.5677129 4.1726005 5.1714633 5.9953349 6.3168545
6.7794695 7.3640711 7.6522040 9.0417193 9.1696275
9.9114472 10.4398994 11.2443242 12.1438686 13.0344574
14.1425639 15.2689677 15.6283359 15.9758239 16.6846033
17.3826676 18.3131048 18.9266299 20.0652941 21.1421922
21.8614674 22.5643024 23.3986166 23.7140333 24.2405374
24.9257203 25.7349544 26.2495452 26.3760485 26.6560643
27.9013855 28.2633905 29.1135704 29.2630982 30.6248408
31.1964794 31.6552324 31.8425877 32.0413073 32.3640366
32.6716277 33.3277807 33.8272823 35.2461398 36.0170286
36.7282685 36.9113213 37.1433377 37.4971456 38.2781279
38.7127503 39.3333914 39.4451854 40.1320979 41.0572439
41.7898734 42.4742763 42.7911534 43.2502037 44.0115363
44.7596607 45.0760785 45.5769794 46.6478677 46.7350384
47.9250302 48.2565599 48.7632213 48.9906975 49.7901713
50.0460988 50.3830057 51.2071970 51.3390805 52.1743808
52.4028849 52.8486737 53.0008237 54.1439441 54.3449760
54.5170741 55.0587174 55.5453178 55.6944785 56.3000757
56.8503624
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034318 0.0034328 0.0034341 0.0034348 0.0034349
0.0034354 46.4230795 56.7753172 80.9832700 100.0673492
129.9042755 143.6620292 157.4675787 172.9740306 194.5038373
205.1116028 221.8189689 246.9460036 265.8899991 272.9265072
282.7438300 294.6824469 300.3921288 326.5282727 328.8297695
341.8722235 350.8677383 364.1346106 378.4197638 392.0502710
408.3751946 424.3264642 429.2908663 434.0371598 443.5608666
452.7448231 464.7038497 472.4239699 486.4274160 499.3100286
507.7324672 515.8295718 525.2794023 528.8079706 534.6460986
542.1495961 550.8799704 556.3603503 557.6993609 560.6518941
573.5987085 577.3077793 585.9263309 587.4290673 600.9415046
606.5241156 610.9673934 612.7727689 614.6818560 617.7697268
620.6984577 626.9003004 631.5806763 644.6901872 651.7022499
658.1054811 659.7434336 661.8136861 664.9582598 671.8473754
675.6507971 681.0452636 682.0124162 687.9251892 695.8092155
701.9898096 707.7147943 710.3498234 714.1498660 720.4080290
726.5051098 729.0685154 733.1081534 741.6707961 742.3634513
751.7552638 754.3509815 758.3007299 760.0673755 766.2440064
768.2107754 770.7922096 777.0711446 778.0711694 784.3753412
786.0910989 789.4276373 790.5631918 799.0431352 800.5251506
801.7916885 805.7648633 809.3176430 810.4035804 814.7976538
818.7699574
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2921
Rtb_to_modes> Number of blocs = 191
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.76
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.99
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.85
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1146 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
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1.00000 1.00002 0.99998 0.99998 1.00002
1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00001 0.99997 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001
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1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 52578 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
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1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000
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0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 0.99998 0.99998 1.00002
1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00001 0.99997 1.00001 0.99998 1.00000
0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
1.00000 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00002 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
0.99999 1.00000 1.00000 0.99997 1.00000
1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001
1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2402062358181752690.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2402062358181752690.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2402062358181752690.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2402062358181752690.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 382
First residue number = 1
Last residue number = 382
Number of atoms found = 2921
Mean number per residue = 7.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9875E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9935E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1828
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2734
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5562
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8492
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.431
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.85
Bfactors> 106 vectors, 8763 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.182800
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.586 for 382 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.096 +/- 0.09
Bfactors> = 34.156 +/- 14.82
Bfactors> Shiftng-fct= 34.059
Bfactors> Scaling-fct= 158.026
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 7 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 8 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 9 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 10 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 11 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 12 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 13 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 14 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
getting mode 15
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 15 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 15
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2402062358181752690.atom
getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 2402062358181752690 16 -100 100 20 0 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2402062358181752690.eigenfacs
2402062358181752690.atom
2402062358181752690.10.pdb
2402062358181752690.11.pdb
2402062358181752690.12.pdb
2402062358181752690.13.pdb
2402062358181752690.14.pdb
2402062358181752690.15.pdb
2402062358181752690.16.pdb
2402062358181752690.7.pdb
2402062358181752690.8.pdb
2402062358181752690.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m22.705s
user 0m22.664s
sys 0m0.032s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2402062358181752690.Chkmod.res: No such file or directory
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