*** TRANSCRIPTION/DNA 28-JUN-93 1GAT ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2401041811253864911.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2401041811253864911.atom to be opened.
Openam> File opened: 2401041811253864911.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 76
First residue number = 106
Last residue number = 60
Number of atoms found = 1458
Mean number per residue = 19.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -6.576324 +/- 8.396613 From: -25.311000 To: 14.134000
= 4.014593 +/- 6.528943 From: -11.237000 To: 18.255000
= -2.639385 +/- 8.106882 From: -24.122000 To: 21.016000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DA ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 16 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 8.8033 % Filled.
Pdbmat> 842312 non-zero elements.
Pdbmat> 92631 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 127.07 +/- 44.28
Maximum number = 236
Minimum number = 22
Pdbmat> Matrix trace = 1.852620E+06
Pdbmat> Larger element = 844.418
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
76 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2401041811253864911.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2401041811253864911.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2401041811253864911.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1458 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 76 residues.
Blocpdb> 32 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 33 atoms in block 2
Block first atom: 33
Blocpdb> 32 atoms in block 3
Block first atom: 66
Blocpdb> 32 atoms in block 4
Block first atom: 98
Blocpdb> 32 atoms in block 5
Block first atom: 130
Blocpdb> 32 atoms in block 6
Block first atom: 162
Blocpdb> 32 atoms in block 7
Block first atom: 194
Blocpdb> 30 atoms in block 8
Block first atom: 226
Blocpdb> 33 atoms in block 9
Block first atom: 256
Blocpdb> 32 atoms in block 10
Block first atom: 289
Blocpdb> 32 atoms in block 11
Block first atom: 321
Blocpdb> 32 atoms in block 12
Block first atom: 353
Blocpdb> 32 atoms in block 13
Block first atom: 385
Blocpdb> 32 atoms in block 14
Block first atom: 417
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 449
Blocpdb> 32 atoms in block 16
Block first atom: 479
Blocpdb> 24 atoms in block 17
Block first atom: 511
Blocpdb> 24 atoms in block 18
Block first atom: 535
Blocpdb> 10 atoms in block 19
Block first atom: 559
Blocpdb> 7 atoms in block 20
Block first atom: 569
Blocpdb> 14 atoms in block 21
Block first atom: 576
Blocpdb> 16 atoms in block 22
Block first atom: 590
Blocpdb> 10 atoms in block 23
Block first atom: 606
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 616
Blocpdb> 14 atoms in block 25
Block first atom: 627
Blocpdb> 10 atoms in block 26
Block first atom: 641
Blocpdb> 17 atoms in block 27
Block first atom: 651
Blocpdb> 14 atoms in block 28
Block first atom: 668
Blocpdb> 11 atoms in block 29
Block first atom: 682
Blocpdb> 14 atoms in block 30
Block first atom: 693
Blocpdb> 14 atoms in block 31
Block first atom: 707
Blocpdb> 14 atoms in block 32
Block first atom: 721
Blocpdb> 19 atoms in block 33
Block first atom: 735
Blocpdb> 24 atoms in block 34
Block first atom: 754
Blocpdb> 24 atoms in block 35
Block first atom: 778
Blocpdb> 24 atoms in block 36
Block first atom: 802
Blocpdb> 11 atoms in block 37
Block first atom: 826
Blocpdb> 14 atoms in block 38
Block first atom: 837
Blocpdb> 17 atoms in block 39
Block first atom: 851
Blocpdb> 7 atoms in block 40
Block first atom: 868
Blocpdb> 12 atoms in block 41
Block first atom: 875
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 887
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 901
Blocpdb> 10 atoms in block 44
Block first atom: 917
Blocpdb> 14 atoms in block 45
Block first atom: 927
Blocpdb> 10 atoms in block 46
Block first atom: 941
Blocpdb> 10 atoms in block 47
Block first atom: 951
Blocpdb> 7 atoms in block 48
Block first atom: 961
Blocpdb> 19 atoms in block 49
Block first atom: 968
Blocpdb> 21 atoms in block 50
Block first atom: 987
Blocpdb> 21 atoms in block 51
Block first atom: 1008
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 1029
Blocpdb> 19 atoms in block 53
Block first atom: 1051
Blocpdb> 17 atoms in block 54
Block first atom: 1070
Blocpdb> 17 atoms in block 55
Block first atom: 1087
Blocpdb> 16 atoms in block 56
Block first atom: 1104
Blocpdb> 14 atoms in block 57
Block first atom: 1120
Blocpdb> 24 atoms in block 58
Block first atom: 1134
Blocpdb> 14 atoms in block 59
Block first atom: 1158
Blocpdb> 19 atoms in block 60
Block first atom: 1172
Blocpdb> 14 atoms in block 61
Block first atom: 1191
Blocpdb> 17 atoms in block 62
Block first atom: 1205
Blocpdb> 24 atoms in block 63
Block first atom: 1222
Blocpdb> 22 atoms in block 64
Block first atom: 1246
Blocpdb> 12 atoms in block 65
Block first atom: 1268
Blocpdb> 7 atoms in block 66
Block first atom: 1280
Blocpdb> 19 atoms in block 67
Block first atom: 1287
Blocpdb> 17 atoms in block 68
Block first atom: 1306
Blocpdb> 14 atoms in block 69
Block first atom: 1323
Blocpdb> 24 atoms in block 70
Block first atom: 1337
Blocpdb> 14 atoms in block 71
Block first atom: 1361
Blocpdb> 24 atoms in block 72
Block first atom: 1375
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1399
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1421
Blocpdb> 11 atoms in block 75
Block first atom: 1437
Blocpdb> 11 atoms in block 76
Block first atom: 1447
Blocpdb> 76 blocks.
Blocpdb> At most, 33 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 842388 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4374
Prepmat> Matrix trace = 1852620.0000
Prepmat> Last element read: 4374 4374 212.1203
Prepmat> 2927 lines saved.
Prepmat> 2086 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1458
RTB> Total mass = 1458.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1458
RTB> Number of blocks = 76
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 171055.0830
RTB> 29100 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 456
Diagstd> Nb of non-zero elements: 29100
Diagstd> Projected matrix trace = 171055.0830
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 456 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 171055.0830
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 4.6914424 7.6066976 12.0173917 12.5702098
14.0155611 18.9534545 20.2826698 22.5507519 27.1360483
28.7396778 30.5529849 32.1441069 35.8692119 37.3008595
39.2346162 41.6769124 44.9125095 46.8900620 49.7161981
52.3678558 54.7378939 58.9608096 59.2469276 61.9746681
65.5603001 67.6032458 69.7432330 71.2162232 73.5901268
75.2758336 78.4283877 80.8264770 83.0484255 84.9591871
85.8554300 89.0373539 89.7270420 91.1591656 93.1438359
97.1504933 98.5046115 100.0170535 102.1749333 104.9951109
106.0898984 107.1570499 108.3807612 111.0412884 112.3933468
114.1947409 115.8412749 119.7689431 121.0729183 122.7833203
126.7207981 127.4301368 129.8253922 130.2415096 132.9615768
135.2259019 137.0761301 139.7336042 139.8860312 143.4278895
144.7909906 145.3150986 147.2437256 149.2034980 150.5518559
151.2202895 152.6802648 153.5936097 155.0792460 156.7508197
158.3627095 159.6715558 163.1802798 165.2261150 165.5799370
169.4040961 170.7825324 171.7140649 173.1911233 174.1543343
175.8885599 179.6474199 180.4878220 183.3176201 185.9539189
186.9057816 188.0113701 190.3742702 194.4072166 196.1206407
199.4447123 200.5208901 202.1484176 203.7336386 204.5841601
206.0576968
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034292 0.0034310 0.0034324 0.0034329 0.0034329
0.0034331 235.2060419 299.4976074 376.4440084 385.0051534
406.5374177 472.7586333 489.0551546 515.6746628 565.6770793
582.1517775 600.2360878 615.6671219 650.3635571 663.2155493
680.1895958 701.0404035 727.7445160 743.5936693 765.6745907
785.8283205 803.4138642 833.8290077 835.8497119 854.8745443
879.2568222 892.8511332 906.8726785 916.3993013 931.5476099
942.1565397 961.6829662 976.2748580 989.6029515 1000.9225055
1006.1880707 1024.6638216 1028.6247166 1036.8011037 1048.0266828
1070.3302147 1077.7637231 1086.0062090 1097.6590481 1112.7044335
1118.4904931 1124.1018295 1130.5021138 1144.2937515 1151.2392347
1160.4283545 1168.7643190 1188.4129862 1194.8648502 1203.2752030
1222.4165752 1225.8331307 1237.3002533 1239.2815695 1252.1557687
1262.7728146 1271.3824079 1283.6472977 1284.3472335 1300.5051738
1306.6703904 1309.0331678 1317.6913017 1326.4313653 1332.4113917
1335.3659952 1341.7967406 1345.8041213 1352.2971122 1359.5656722
1366.5380923 1372.1735977 1387.1681769 1395.8367423 1397.3304941
1413.3744422 1419.1130858 1422.9780956 1429.0851120 1433.0535657
1440.1710508 1455.4784257 1458.8788642 1470.2709808 1480.8052583
1484.5904007 1488.9747651 1498.3021614 1514.0892342 1520.7468725
1533.5803798 1537.7123138 1543.9401223 1549.9819869 1553.2139519
1558.7975008
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1458
Rtb_to_modes> Number of blocs = 76
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9723E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9828E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9936E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.691
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.607
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 143.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 145.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 155.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 156.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 159.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 165.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 165.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 174.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 179.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 180.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 183.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 188.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 190.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 194.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 196.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 199.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 200.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 202.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 203.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 204.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 206.1
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 456 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99998 1.00003 1.00002 0.99996 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 0.99996 1.00004
1.00004 1.00003 1.00000 0.99997 1.00001
0.99995 1.00001 1.00003 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00004 0.99997 0.99998
1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00003 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
1.00002 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999
1.00004 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
1.00004 1.00000 1.00005 0.99998 0.99997
0.99999 1.00002 1.00003 0.99999 0.99999
1.00002 1.00000 1.00004 1.00000 1.00001
1.00000 0.99998 1.00002 0.99998 0.99998
1.00000 1.00000 1.00004 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000
1.00002 0.99996 0.99999 1.00002 1.00003
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00003
1.00001 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999
1.00002 0.99998 1.00002 0.99999 0.99996
0.99997
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 26244 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 1.00003 1.00002 0.99996 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 0.99996 1.00004
1.00004 1.00003 1.00000 0.99997 1.00001
0.99995 1.00001 1.00003 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00004 0.99997 0.99998
1.00003 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00003 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
1.00002 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999
1.00004 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002
1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
1.00004 1.00000 1.00005 0.99998 0.99997
0.99999 1.00002 1.00003 0.99999 0.99999
1.00002 1.00000 1.00004 1.00000 1.00001
1.00000 0.99998 1.00002 0.99998 0.99998
1.00000 1.00000 1.00004 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00000
1.00002 0.99996 0.99999 1.00002 1.00003
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00003
1.00001 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999
1.00002 0.99998 1.00002 0.99999 0.99996
0.99997
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2401041811253864911.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2401041811253864911.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2401041811253864911.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2401041811253864911.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 76
First residue number = 106
Last residue number = 60
Number of atoms found = 1458
Mean number per residue = 19.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9723E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9828E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9936E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9937E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.691
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.607
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 159.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 174.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 180.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 183.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 188.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 194.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 196.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 199.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 200.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 202.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 203.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 206.1
Bfactors> 106 vectors, 4374 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.691000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.813 for 60 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.012 +/- 0.01
Bfactors> = 0.802 +/- 0.45
Bfactors> Shiftng-fct= 0.790
Bfactors> Scaling-fct= 31.716
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041811253864911 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041811253864911.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041811253864911 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041811253864911.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041811253864911 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041811253864911.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041811253864911 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041811253864911.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2401041811253864911 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2401041811253864911.eigenfacs
2401041811253864911.atom
making animated gifs
11 models are in 2401041811253864911.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2401041811253864911.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2401041811253864911.10.pdb
2401041811253864911.11.pdb
2401041811253864911.7.pdb
2401041811253864911.8.pdb
2401041811253864911.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m2.857s
user 0m2.821s
sys 0m0.036s
../../bin/check_modes: error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
mv: cannot stat 'Chkmod.res': No such file or directory
cat: 2401041811253864911.Chkmod.res: No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 25th, 2023.
|
