*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 23012019000545531.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 23012019000545531.atom to be opened.
Openam> File opened: 23012019000545531.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 376
First residue number = 1
Last residue number = 376
Number of atoms found = 5950
Mean number per residue = 15.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 61.224537 +/- 11.304193 From: 33.110000 To: 87.848000
= 61.232515 +/- 11.055891 From: 32.626000 To: 87.159000
= 61.233956 +/- 11.492031 From: 34.719000 To: 88.579000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.9302 % Filled.
Pdbmat> 4668393 non-zero elements.
Pdbmat> 514837 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 173.05 +/- 47.68
Maximum number = 261
Minimum number = 31
Pdbmat> Matrix trace = 1.029674E+07
Pdbmat> Larger element = 915.899
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
376 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 23012019000545531.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 23012019000545531.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
23012019000545531.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5950 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 376 residues.
Blocpdb> 28 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 33 atoms in block 2
Block first atom: 29
Blocpdb> 26 atoms in block 3
Block first atom: 62
Blocpdb> 26 atoms in block 4
Block first atom: 88
Blocpdb> 29 atoms in block 5
Block first atom: 114
Blocpdb> 31 atoms in block 6
Block first atom: 143
Blocpdb> 30 atoms in block 7
Block first atom: 174
Blocpdb> 26 atoms in block 8
Block first atom: 204
Blocpdb> 38 atoms in block 9
Block first atom: 230
Blocpdb> 32 atoms in block 10
Block first atom: 268
Blocpdb> 31 atoms in block 11
Block first atom: 300
Blocpdb> 34 atoms in block 12
Block first atom: 331
Blocpdb> 26 atoms in block 13
Block first atom: 365
Blocpdb> 36 atoms in block 14
Block first atom: 391
Blocpdb> 35 atoms in block 15
Block first atom: 427
Blocpdb> 29 atoms in block 16
Block first atom: 462
Blocpdb> 27 atoms in block 17
Block first atom: 491
Blocpdb> 28 atoms in block 18
Block first atom: 518
Blocpdb> 38 atoms in block 19
Block first atom: 546
Blocpdb> 30 atoms in block 20
Block first atom: 584
Blocpdb> 38 atoms in block 21
Block first atom: 614
Blocpdb> 33 atoms in block 22
Block first atom: 652
Blocpdb> 24 atoms in block 23
Block first atom: 685
Blocpdb> 46 atoms in block 24
Block first atom: 709
Blocpdb> 31 atoms in block 25
Block first atom: 755
Blocpdb> 23 atoms in block 26
Block first atom: 786
Blocpdb> 29 atoms in block 27
Block first atom: 809
Blocpdb> 36 atoms in block 28
Block first atom: 838
Blocpdb> 30 atoms in block 29
Block first atom: 874
Blocpdb> 36 atoms in block 30
Block first atom: 904
Blocpdb> 36 atoms in block 31
Block first atom: 940
Blocpdb> 24 atoms in block 32
Block first atom: 976
Blocpdb> 38 atoms in block 33
Block first atom: 1000
Blocpdb> 22 atoms in block 34
Block first atom: 1038
Blocpdb> 22 atoms in block 35
Block first atom: 1060
Blocpdb> 38 atoms in block 36
Block first atom: 1082
Blocpdb> 30 atoms in block 37
Block first atom: 1120
Blocpdb> 33 atoms in block 38
Block first atom: 1150
Blocpdb> 24 atoms in block 39
Block first atom: 1183
Blocpdb> 22 atoms in block 40
Block first atom: 1207
Blocpdb> 26 atoms in block 41
Block first atom: 1229
Blocpdb> 39 atoms in block 42
Block first atom: 1255
Blocpdb> 29 atoms in block 43
Block first atom: 1294
Blocpdb> 22 atoms in block 44
Block first atom: 1323
Blocpdb> 27 atoms in block 45
Block first atom: 1345
Blocpdb> 28 atoms in block 46
Block first atom: 1372
Blocpdb> 41 atoms in block 47
Block first atom: 1400
Blocpdb> 21 atoms in block 48
Block first atom: 1441
Blocpdb> 35 atoms in block 49
Block first atom: 1462
Blocpdb> 21 atoms in block 50
Block first atom: 1497
Blocpdb> 38 atoms in block 51
Block first atom: 1518
Blocpdb> 35 atoms in block 52
Block first atom: 1556
Blocpdb> 39 atoms in block 53
Block first atom: 1591
Blocpdb> 36 atoms in block 54
Block first atom: 1630
Blocpdb> 30 atoms in block 55
Block first atom: 1666
Blocpdb> 27 atoms in block 56
Block first atom: 1696
Blocpdb> 29 atoms in block 57
Block first atom: 1723
Blocpdb> 35 atoms in block 58
Block first atom: 1752
Blocpdb> 34 atoms in block 59
Block first atom: 1787
Blocpdb> 31 atoms in block 60
Block first atom: 1821
Blocpdb> 33 atoms in block 61
Block first atom: 1852
Blocpdb> 32 atoms in block 62
Block first atom: 1885
Blocpdb> 32 atoms in block 63
Block first atom: 1917
Blocpdb> 33 atoms in block 64
Block first atom: 1949
Blocpdb> 33 atoms in block 65
Block first atom: 1982
Blocpdb> 21 atoms in block 66
Block first atom: 2015
Blocpdb> 33 atoms in block 67
Block first atom: 2036
Blocpdb> 39 atoms in block 68
Block first atom: 2069
Blocpdb> 33 atoms in block 69
Block first atom: 2108
Blocpdb> 36 atoms in block 70
Block first atom: 2141
Blocpdb> 24 atoms in block 71
Block first atom: 2177
Blocpdb> 32 atoms in block 72
Block first atom: 2201
Blocpdb> 37 atoms in block 73
Block first atom: 2233
Blocpdb> 37 atoms in block 74
Block first atom: 2270
Blocpdb> 24 atoms in block 75
Block first atom: 2307
Blocpdb> 28 atoms in block 76
Block first atom: 2331
Blocpdb> 21 atoms in block 77
Block first atom: 2359
Blocpdb> 33 atoms in block 78
Block first atom: 2380
Blocpdb> 27 atoms in block 79
Block first atom: 2413
Blocpdb> 29 atoms in block 80
Block first atom: 2440
Blocpdb> 31 atoms in block 81
Block first atom: 2469
Blocpdb> 36 atoms in block 82
Block first atom: 2500
Blocpdb> 29 atoms in block 83
Block first atom: 2536
Blocpdb> 29 atoms in block 84
Block first atom: 2565
Blocpdb> 46 atoms in block 85
Block first atom: 2594
Blocpdb> 41 atoms in block 86
Block first atom: 2640
Blocpdb> 37 atoms in block 87
Block first atom: 2681
Blocpdb> 30 atoms in block 88
Block first atom: 2718
Blocpdb> 26 atoms in block 89
Block first atom: 2748
Blocpdb> 30 atoms in block 90
Block first atom: 2774
Blocpdb> 21 atoms in block 91
Block first atom: 2804
Blocpdb> 26 atoms in block 92
Block first atom: 2825
Blocpdb> 31 atoms in block 93
Block first atom: 2851
Blocpdb> 25 atoms in block 94
Block first atom: 2882
Blocpdb> 31 atoms in block 95
Block first atom: 2907
Blocpdb> 32 atoms in block 96
Block first atom: 2938
Blocpdb> 26 atoms in block 97
Block first atom: 2970
Blocpdb> 43 atoms in block 98
Block first atom: 2996
Blocpdb> 26 atoms in block 99
Block first atom: 3039
Blocpdb> 36 atoms in block 100
Block first atom: 3065
Blocpdb> 41 atoms in block 101
Block first atom: 3101
Blocpdb> 31 atoms in block 102
Block first atom: 3142
Blocpdb> 27 atoms in block 103
Block first atom: 3173
Blocpdb> 34 atoms in block 104
Block first atom: 3200
Blocpdb> 35 atoms in block 105
Block first atom: 3234
Blocpdb> 33 atoms in block 106
Block first atom: 3269
Blocpdb> 28 atoms in block 107
Block first atom: 3302
Blocpdb> 30 atoms in block 108
Block first atom: 3330
Blocpdb> 41 atoms in block 109
Block first atom: 3360
Blocpdb> 43 atoms in block 110
Block first atom: 3401
Blocpdb> 21 atoms in block 111
Block first atom: 3444
Blocpdb> 33 atoms in block 112
Block first atom: 3465
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 3498
Blocpdb> 33 atoms in block 114
Block first atom: 3522
Blocpdb> 38 atoms in block 115
Block first atom: 3555
Blocpdb> 37 atoms in block 116
Block first atom: 3593
Blocpdb> 29 atoms in block 117
Block first atom: 3630
Blocpdb> 21 atoms in block 118
Block first atom: 3659
Blocpdb> 30 atoms in block 119
Block first atom: 3680
Blocpdb> 39 atoms in block 120
Block first atom: 3710
Blocpdb> 30 atoms in block 121
Block first atom: 3749
Blocpdb> 27 atoms in block 122
Block first atom: 3779
Blocpdb> 29 atoms in block 123
Block first atom: 3806
Blocpdb> 38 atoms in block 124
Block first atom: 3835
Blocpdb> 33 atoms in block 125
Block first atom: 3873
Blocpdb> 28 atoms in block 126
Block first atom: 3906
Blocpdb> 40 atoms in block 127
Block first atom: 3934
Blocpdb> 28 atoms in block 128
Block first atom: 3974
Blocpdb> 35 atoms in block 129
Block first atom: 4002
Blocpdb> 31 atoms in block 130
Block first atom: 4037
Blocpdb> 25 atoms in block 131
Block first atom: 4068
Blocpdb> 17 atoms in block 132
Block first atom: 4093
Blocpdb> 25 atoms in block 133
Block first atom: 4110
Blocpdb> 33 atoms in block 134
Block first atom: 4135
Blocpdb> 31 atoms in block 135
Block first atom: 4168
Blocpdb> 36 atoms in block 136
Block first atom: 4199
Blocpdb> 35 atoms in block 137
Block first atom: 4235
Blocpdb> 27 atoms in block 138
Block first atom: 4270
Blocpdb> 38 atoms in block 139
Block first atom: 4297
Blocpdb> 37 atoms in block 140
Block first atom: 4335
Blocpdb> 42 atoms in block 141
Block first atom: 4372
Blocpdb> 27 atoms in block 142
Block first atom: 4414
Blocpdb> 32 atoms in block 143
Block first atom: 4441
Blocpdb> 31 atoms in block 144
Block first atom: 4473
Blocpdb> 22 atoms in block 145
Block first atom: 4504
Blocpdb> 32 atoms in block 146
Block first atom: 4526
Blocpdb> 35 atoms in block 147
Block first atom: 4558
Blocpdb> 37 atoms in block 148
Block first atom: 4593
Blocpdb> 35 atoms in block 149
Block first atom: 4630
Blocpdb> 28 atoms in block 150
Block first atom: 4665
Blocpdb> 35 atoms in block 151
Block first atom: 4693
Blocpdb> 28 atoms in block 152
Block first atom: 4728
Blocpdb> 35 atoms in block 153
Block first atom: 4756
Blocpdb> 38 atoms in block 154
Block first atom: 4791
Blocpdb> 29 atoms in block 155
Block first atom: 4829
Blocpdb> 35 atoms in block 156
Block first atom: 4858
Blocpdb> 28 atoms in block 157
Block first atom: 4893
Blocpdb> 26 atoms in block 158
Block first atom: 4921
Blocpdb> 35 atoms in block 159
Block first atom: 4947
Blocpdb> 14 atoms in block 160
Block first atom: 4982
Blocpdb> 29 atoms in block 161
Block first atom: 4996
Blocpdb> 43 atoms in block 162
Block first atom: 5025
Blocpdb> 22 atoms in block 163
Block first atom: 5068
Blocpdb> 37 atoms in block 164
Block first atom: 5090
Blocpdb> 28 atoms in block 165
Block first atom: 5127
Blocpdb> 33 atoms in block 166
Block first atom: 5155
Blocpdb> 38 atoms in block 167
Block first atom: 5188
Blocpdb> 31 atoms in block 168
Block first atom: 5226
Blocpdb> 33 atoms in block 169
Block first atom: 5257
Blocpdb> 33 atoms in block 170
Block first atom: 5290
Blocpdb> 36 atoms in block 171
Block first atom: 5323
Blocpdb> 32 atoms in block 172
Block first atom: 5359
Blocpdb> 30 atoms in block 173
Block first atom: 5391
Blocpdb> 29 atoms in block 174
Block first atom: 5421
Blocpdb> 39 atoms in block 175
Block first atom: 5450
Blocpdb> 29 atoms in block 176
Block first atom: 5489
Blocpdb> 32 atoms in block 177
Block first atom: 5518
Blocpdb> 43 atoms in block 178
Block first atom: 5550
Blocpdb> 26 atoms in block 179
Block first atom: 5593
Blocpdb> 22 atoms in block 180
Block first atom: 5619
Blocpdb> 38 atoms in block 181
Block first atom: 5641
Blocpdb> 43 atoms in block 182
Block first atom: 5679
Blocpdb> 35 atoms in block 183
Block first atom: 5722
Blocpdb> 41 atoms in block 184
Block first atom: 5757
Blocpdb> 33 atoms in block 185
Block first atom: 5798
Blocpdb> 36 atoms in block 186
Block first atom: 5831
Blocpdb> 46 atoms in block 187
Block first atom: 5867
Blocpdb> 38 atoms in block 188
Block first atom: 5912
Blocpdb> 188 blocks.
Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 4668581 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 17850
Prepmat> Matrix trace = 10296740.0000
Prepmat> Last element read: 17850 17850 158.8258
Prepmat> 17767 lines saved.
Prepmat> 15082 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5950
RTB> Total mass = 5950.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5950
RTB> Number of blocks = 188
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 564908.0432
RTB> 93804 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1128
Diagstd> Nb of non-zero elements: 93804
Diagstd> Projected matrix trace = 564908.0432
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1128 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 564908.0432
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 10.2286576 11.4172897 14.1317578 17.0114602
20.0712181 20.5466255 23.9872543 26.8974726 29.0002328
31.0174487 33.3162577 34.0372628 35.5562215 38.0126858
38.5307478 40.1522075 41.8950832 42.4930630 43.1089690
47.5866958 48.1318819 53.4270025 55.1561475 58.0721578
62.3270217 63.8581130 66.3106648 66.7042396 68.5305065
69.4298048 72.7099275 72.9576126 75.7852792 76.5504945
77.8721177 79.1979351 82.0779541 83.4085703 85.3460420
85.7035876 86.6205985 87.2597910 88.4196052 92.0193950
94.1485428 95.7725956 96.4324379 97.9835570 99.2153359
102.0112848 103.8291688 105.2470720 106.9432712 107.5160913
110.0550791 111.5453796 113.2873595 114.3027497 114.8919540
116.4378081 118.2258217 119.3373255 121.3077265 122.7909597
124.5765186 126.8801018 129.1464129 131.7528899 133.8243454
135.3138580 136.2452319 137.3194310 138.3006315 139.5022476
140.8377701 142.8940523 144.4995239 146.2559909 147.3703637
148.6967195 149.9778122 151.3309833 152.4594806 153.8951464
154.6255777 155.2160230 156.4813051 158.3161982 160.0439460
161.4058498 162.8352921 164.1575813 165.8951418 166.8582255
168.7215692 169.1616334 170.1301394 171.7965848 172.0245243
174.3316010
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034326 0.0034339 0.0034352 0.0034357
0.0034377 347.2998536 366.9245672 408.2191488 447.8845455
486.4992163 492.2271144 531.8455749 563.1849196 584.7847279
604.7812478 626.7919158 633.5378908 647.5198431 669.5138384
674.0606881 688.0975217 702.8729163 707.8712905 712.9828744
749.0969963 753.3758623 793.7352805 806.4774756 827.5214542
857.3012709 867.7673801 884.2742348 886.8945763 898.9535487
904.8326273 925.9598080 927.5355999 945.3392887 950.0999175
958.2664270 966.3895155 983.8039039 991.7463681 1003.1987278
1005.2979141 1010.6618448 1014.3839397 1021.1030326 1041.6815379
1053.6638533 1062.7127940 1066.3673841 1074.9094495 1081.6448424
1096.7796630 1106.5090467 1114.0387350 1122.9799758 1125.9834678
1139.2009156 1146.8881704 1155.8088285 1160.9770088 1163.9654464
1171.7697737 1180.7323186 1186.2696805 1196.0229465 1203.3126354
1212.0300160 1223.1846984 1234.0605076 1246.4514157 1256.2117293
1263.1834254 1267.5232567 1272.5102166 1277.0484133 1282.5841916
1288.7089670 1298.0826836 1305.3545530 1313.2642217 1318.2578251
1324.1767979 1329.8687699 1335.8546520 1340.8262328 1347.1245222
1350.3176609 1352.8933312 1358.3963628 1366.3374006 1373.7727758
1379.6054955 1385.7010595 1391.3159137 1398.6598695 1402.7138676
1410.5243353 1412.3626214 1416.3999712 1423.3199716 1424.2638883
1433.7827121
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5950
Rtb_to_modes> Number of blocs = 188
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.26
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.42
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.3
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.4
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.5
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 156.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 161.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 164.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 165.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 166.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 168.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 172.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 174.3
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1128 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999
1.00003 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999
1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001
1.00000 1.00004 0.99999 1.00002 0.99999
1.00001 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999
1.00000 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 0.99999
1.00002 0.99998 0.99999 1.00004 1.00001
1.00001 0.99999 0.99998 0.99997 1.00000
0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
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0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 107100 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 0.99996
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1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999
1.00003 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999
1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001
1.00000 1.00004 0.99999 1.00002 0.99999
1.00001 0.99999 1.00002 1.00002 0.99999
1.00000 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 0.99999
1.00002 0.99998 0.99999 1.00004 1.00001
1.00001 0.99999 0.99998 0.99997 1.00000
0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00003
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00002 1.00002 0.99999 1.00000 0.99997
0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 23012019000545531.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
23012019000545531.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 23012019000545531.atom
Openam> file on opening on unit 11:
23012019000545531.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 376
First residue number = 1
Last residue number = 376
Number of atoms found = 5950
Mean number per residue = 15.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9920E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0022E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.00
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.53
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 161.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 164.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 172.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 174.3
Bfactors> 106 vectors, 17850 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 10.230000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.272 for 376 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.004 +/- 0.00
Bfactors> = 2.158 +/- 1.60
Bfactors> Shiftng-fct= 2.155
Bfactors> Scaling-fct= 386.421
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 23012019000545531.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
23012019000545531.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4355E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4376E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 827.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 884.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 898.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 904.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 925.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 945.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 950.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 958.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 966.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 983.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 991.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1003.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1005.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1014.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1021.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1054.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1063.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1066.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1075.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1082.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1097.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1106.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1114.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1123.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1126.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1139.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1147.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1156.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1161.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1164.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1172.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1181.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1186.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1196.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1203.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1212.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1223.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1234.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1247.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1256.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1263.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1267.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1272.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1277.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1283.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1288.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1298.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1305.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1313.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1318.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1324.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1330.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1336.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1341.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1347.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1350.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1353.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1358.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1366.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1374.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1380.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1385.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1391.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1399.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1403.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1410.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1412.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1416.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1423.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1424.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1434.
Chkmod> 106 vectors, 17850 coordinates in file.
Chkmod> That is: 5950 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9719
0.0034 0.8968
0.0034 0.7378
0.0034 0.8609
0.0034 0.7717
0.0034 0.7147
347.3077 0.1221
366.9524 0.2463
408.1762 0.5592
447.8461 0.2702
486.4636 0.3875
492.2464 0.3455
531.8532 0.4219
563.1872 0.5230
584.7573 0.1964
604.7802 0.4829
626.8002 0.7370
633.5362 0.5284
647.5264 0.2116
669.4614 0.6110
674.0252 0.6740
688.0491 0.6990
702.8840 0.5515
707.8154 0.6861
712.9608 0.6112
749.0908 0.3954
753.3288 0.4493
793.7235 0.3027
806.4710 0.4900
827.4706 0.4647
857.2850 0.4608
867.7429 0.5401
884.2318 0.5483
886.8283 0.5556
898.9116 0.6036
904.7951 0.4596
925.9205 0.4564
927.5110 0.5049
945.3281 0.5669
950.0561 0.3833
958.2123 0.6240
966.3606 0.5576
983.7739 0.4002
991.7123 0.4512
1003.1789 0.4995
1005.2337 0.5233
1010.6150 0.4437
1014.3416 0.5880
1021.0615 0.4321
1041.6402 0.3948
1053.6268 0.4527
1062.6528 0.4906
1066.3081 0.5167
1074.8438 0.5363
1081.6238 0.4194
1096.6719 0.3819
1106.3061 0.4924
1113.7418 0.4297
1122.7046 0.3912
1125.8509 0.4879
1139.3845 0.5364
1146.6056 0.3994
1155.8237 0.5304
1160.9132 0.4232
1163.9562 0.4049
1171.5292 0.3439
1180.5527 0.4336
1186.0332 0.3541
1195.9335 0.5225
1203.3053 0.3111
1212.0922 0.3851
1223.2281 0.4296
1233.7858 0.4979
1246.6207 0.3333
1256.0435 0.4329
1263.0645 0.3020
1267.2584 0.4143
1272.3656 0.4797
1276.9907 0.4271
1282.5188 0.4428
1288.4808 0.5319
1298.0540 0.4614
1305.3007 0.5109
1313.4054 0.3700
1318.3338 0.4120
1324.1346 0.4765
1329.9100 0.4573
1335.6606 0.4480
1340.9468 0.4130
1347.0879 0.4757
1350.1480 0.4631
1352.7654 0.3834
1358.4192 0.4656
1366.2088 0.4906
1373.5252 0.5185
1379.5213 0.2594
1385.4914 0.4311
1391.4359 0.4408
1398.6203 0.5042
1402.8292 0.5221
1410.3736 0.4033
1412.4621 0.2705
1416.2137 0.3180
1423.2730 0.4811
1424.1012 0.5557
1433.5912 0.4491
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 23012019000545531.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
23012019000545531.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 23012019000545531.atom
Openam> file on opening on unit 11:
23012019000545531.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 23012019000545531.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
23012019000545531.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4355E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4376E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 408.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 827.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 884.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 898.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 904.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 925.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 945.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 950.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 958.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 966.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 983.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 991.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1003.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1005.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1014.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1021.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1054.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1063.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1066.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1075.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1082.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1097.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1106.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1114.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1123.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1126.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1139.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1147.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1156.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1161.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1164.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1172.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1181.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1186.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1196.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1203.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1212.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1223.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1234.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1247.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1256.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1263.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1267.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1272.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1277.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1283.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1288.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1298.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1305.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1313.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1318.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1324.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1330.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1336.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1341.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1347.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1350.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1353.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1358.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1366.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1374.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1380.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1385.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1391.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1399.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1403.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1410.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1412.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1416.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1423.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1424.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1434.
Projmod> 106 vectors, 17850 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 376
First residue number = 1
Last residue number = 376
Number of atoms found = 5950
Mean number per residue = 15.8
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 352
First residue number = 1
Last residue number = 352
Number of atoms found = 5586
Mean number per residue = 15.9
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Wn> Different number of residues for the other conformer.
%Projmod-Er> Not enough of them.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 23012019000545531 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
making animated gifs
11 models are in 23012019000545531.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23012019000545531.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23012019000545531.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 352 12.224 227 0.773
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 352 12.226 226 0.696
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 352 12.233 226 0.656
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 352 12.245 226 0.628
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 352 12.262 226 0.613
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 352 12.285 227 0.648
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 352 12.312 227 0.660
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 352 12.344 229 0.744
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 352 12.382 229 0.775
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 352 12.424 229 0.815
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 352 12.471 229 0.865
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 23012019000545531 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
23012019000545531.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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23012019000545531.atom
making animated gifs
11 models are in 23012019000545531.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23012019000545531.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 23012019000545531.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 352 12.541 228 1.020
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 352 12.480 227 0.860
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 352 12.424 228 0.784
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 352 12.372 228 0.715
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 352 12.326 229 0.714
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 352 12.285 227 0.648
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 352 12.249 227 0.682
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 352 12.217 225 0.685
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 352 12.191 225 0.783
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 352 12.171 223 0.852
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 352 12.155 222 0.960
getting mode 9
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=40
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23012019000545531.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23012019000545531.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 352 12.355 220 1.249
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 352 12.330 224 1.196
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 352 12.311 227 1.006
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 352 12.297 228 0.854
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 352 12.288 228 0.731
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 352 12.285 227 0.648
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 352 12.287 224 0.584
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 352 12.295 224 0.707
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 352 12.308 221 0.826
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 352 12.327 218 0.934
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 352 12.351 215 1.075
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 23012019000545531 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
23012019000545531.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
23012019000545531.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
23012019000545531.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
23012019000545531.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23012019000545531.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 352 12.095 230 0.901
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 352 12.122 231 0.882
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 352 12.154 229 0.818
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 352 12.192 232 0.864
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 352 12.236 231 0.764
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 352 12.285 227 0.648
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 352 12.339 226 0.706
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 352 12.400 222 0.731
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 352 12.465 219 0.796
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 352 12.536 215 0.732
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 352 12.612 214 0.813
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 23012019000545531 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
23012019000545531.eigenfacs
23012019000545531.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
23012019000545531.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
23012019000545531.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 23012019000545531.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23012019000545531.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 23012019000545531.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 352 12.375 218 1.068
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 352 12.347 224 1.026
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 352 12.324 227 0.926
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 352 12.306 227 0.783
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 352 12.293 228 0.713
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 352 12.285 227 0.648
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 352 12.282 223 0.532
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 352 12.285 221 0.541
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 352 12.292 221 0.684
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 352 12.305 219 0.809
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 352 12.323 217 0.935
23012019000545531.10.pdb
23012019000545531.11.pdb
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user 0m24.748s
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