*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22121818104652421.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22121818104652421.atom to be opened.
Openam> File opened: 22121818104652421.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 4084
First residue number = 5
Last residue number = 166
Number of atoms found = 32038
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 146.533569 +/- 16.702193 From: 97.972000 To: 190.265000
= 147.196863 +/- 21.758019 From: 87.639000 To: 203.101000
= 133.554071 +/- 69.653081 From: 3.437000 To: 284.593000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'ADP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'ADP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'ADP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'ADP ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'MG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 18 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.7716 % Filled.
Pdbmat> 12221268 non-zero elements.
Pdbmat> 1336780 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.45 +/- 20.14
Maximum number = 132
Minimum number = 13
Pdbmat> Matrix trace = 2.673560E+07
Pdbmat> Larger element = 511.071
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22121818104652421.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 8
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22121818104652421.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22121818104652421.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 32038 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 8 residue(s) per block.
Blocpdb> 4084 residues.
Blocpdb> 56 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 47 atoms in block 2
Block first atom: 57
Blocpdb> 59 atoms in block 3
Block first atom: 104
Blocpdb> 55 atoms in block 4
Block first atom: 163
Blocpdb> 67 atoms in block 5
Block first atom: 218
Blocpdb> 55 atoms in block 6
Block first atom: 285
Blocpdb> 60 atoms in block 7
Block first atom: 340
Blocpdb> 64 atoms in block 8
Block first atom: 400
Blocpdb> 66 atoms in block 9
Block first atom: 464
Blocpdb> 71 atoms in block 10
Block first atom: 530
Blocpdb> 80 atoms in block 11
Block first atom: 601
Blocpdb> 65 atoms in block 12
Block first atom: 681
Blocpdb> 61 atoms in block 13
Block first atom: 746
Blocpdb> 63 atoms in block 14
Block first atom: 807
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Block first atom: 870
Blocpdb> 62 atoms in block 16
Block first atom: 939
Blocpdb> 61 atoms in block 17
Block first atom: 1001
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Blocpdb> At least, 15 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
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Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
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Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 12221801 matrix lines read.
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Prepmat> Matrix trace = 26735600.0001
Prepmat> Last element read: 96114 96114 126.7304
Prepmat> 142312 lines saved.
Prepmat> 137722 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 32038
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RTB> Number of atoms found in matrix: 32038
RTB> Number of blocks = 533
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 559517.9240
RTB> 157209 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
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Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 3198
Diagstd> Nb of non-zero elements: 157209
Diagstd> Projected matrix trace = 559517.9240
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 3198 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 559517.9240
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
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0.5545999 0.6756633 0.7216721 0.7638661 0.9161959
1.0305498 1.1587869 1.2725790 1.3555980 1.3897468
1.5209722 1.6663308 1.7446795 1.8688044 2.0546346
2.1349151 2.2347857 2.3316068 2.6282599 2.7295767
2.7345484 2.9397392 3.0402997 3.3022594 3.3366245
3.5328504 3.7408804 3.7867436 3.9638331 4.0841557
4.2161245 4.2956330 4.4029311 4.5215867 4.7132113
4.8076551 4.8814956 5.1064944 5.1544199 5.2980792
5.4444284 5.5640581 5.7114688 5.9052397 6.1272823
6.2465280 6.3253648 6.4840739 6.5939979 6.6732687
6.8304127 6.9160554 7.2098723 7.4525221 7.4893280
7.5587675 7.8865914 7.9633798 8.0802180 8.1040628
8.3300035 8.4355933 8.6412091 8.7369169 8.7896391
8.9629281 9.0282573 9.4709968 9.5547728 9.7234004
9.8086485 9.9687433 10.1468460 10.2948696 10.3743597
10.5876692 10.6914971 10.8050313 10.9037046 11.0024009
11.0230853 11.2156817 11.3963108 11.5146280 11.8507182
11.9114493 12.0932213 12.3272890 12.3477581 12.5417110
12.6317353
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
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0.0034346 20.5590255 28.5090170 33.4838807 49.8656315
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80.8695773 89.2607351 92.2497560 94.9082326 103.9416157
110.2376067 116.8953050 122.5004410 126.4330860 128.0156679
133.9232309 140.1767192 143.4343312 148.4489738 155.6548213
158.6666237 162.3353935 165.8146638 176.0473275 179.4084657
179.5717790 186.1871407 189.3448423 197.3335231 198.3576461
204.1070035 210.0304146 211.3139793 216.1986418 219.4554784
222.9728545 225.0654671 227.8590207 230.9089217 235.7511035
238.1013903 239.9229171 245.3899146 246.5387427 249.9507838
253.3794720 256.1480830 259.5190163 263.8846008 268.7999759
271.4029886 273.1102930 276.5153595 278.8493804 280.5204876
283.8041564 285.5778457 291.5808954 296.4469020 297.1780341
298.5525416 304.9579441 306.4389715 308.6788105 309.1339333
313.4136250 315.3937608 319.2144454 320.9773475 321.9443460
325.1024453 326.2851021 334.1897492 335.6645392 338.6135750
340.0947023 342.8589463 345.9081662 348.4221091 349.7646636
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360.5345299 363.6705370 366.5873064 368.4853582 373.8243752
374.7810153 377.6298183 381.2668700 381.5832792 384.5684702
385.9462171
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 32038
Rtb_to_modes> Number of blocs = 533
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2109
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.337
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.964
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.296
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.403
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.713
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.808
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.298
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.325
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.489
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.559
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.887
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.963
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.080
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.104
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.330
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.436
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.737
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.790
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.963
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.555
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.723
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.37
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.90
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.40
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.63
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 3198 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 576684 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22121818104652421.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22121818104652421.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22121818104652421.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22121818104652421.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 4084
First residue number = 5
Last residue number = 166
Number of atoms found = 32038
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.5844E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.8925E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.5078E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2109
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2225
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6757
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7217
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.666
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.735
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.337
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.533
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.787
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.084
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.216
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.296
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.403
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.522
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.713
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.808
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.881
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.106
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.154
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.298
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.444
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.564
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.711
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.905
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.594
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.641
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.471
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.555
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.63
Bfactors> 106 vectors, 96114 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.035844
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.130 for 4066 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.048 +/- 0.04
Bfactors> = 66.263 +/- 23.58
Bfactors> Shiftng-fct= 66.215
Bfactors> Scaling-fct= 599.500
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22121818104652421.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22121818104652421.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 51.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 94.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 133.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 197.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 211.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 235.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 283.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.9
Chkmod> 106 vectors, 96114 coordinates in file.
Chkmod> That is: 32038 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8182
0.0034 0.7319
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818104652421 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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22121818104652421.atom
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22121818104652421.atom
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22121818104652421.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
22121818104652421.eigenfacs
22121818104652421.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
22121818104652421.eigenfacs
22121818104652421.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22121818104652421.eigenfacs
22121818104652421.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
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22121818104652421.atom
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calculating perturbed structure for DQ=100
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22121818104652421.atom
making animated gifs
11 models are in 22121818104652421.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818104652421 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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22121818104652421.atom
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22121818104652421.atom
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22121818104652421.eigenfacs
22121818104652421.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22121818104652421.eigenfacs
22121818104652421.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22121818104652421.eigenfacs
22121818104652421.atom
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22121818104652421.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 22121818104652421.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818104652421 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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22121818104652421.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22121818104652421.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
22121818104652421.eigenfacs
22121818104652421.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22121818104652421.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818104652421 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 22121818104652421 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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22121818104652421.atom
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22121818104652421.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 22121818104652421.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121818104652421.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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