***  CLN025  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 22121402384756360.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 22121402384756360.atom to be opened.
Openam> File opened: 22121402384756360.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 10
First residue number = 1
Last residue number = 10
Number of atoms found = 93
Mean number per residue = 9.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 20.376086 +/- 4.785041 From: 9.752000 To: 28.648000
= 21.077086 +/- 2.311815 From: 16.756000 To: 26.750000
= 9.106312 +/- 2.930791 From: 3.665000 To: 15.582000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 55.6887 % Filled.
Pdbmat> 21752 non-zero elements.
Pdbmat> 2356 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 50.67 +/- 13.42
Maximum number = 78
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 47120.0
Pdbmat> Larger element = 387.050
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
10 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 22121402384756360.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 22121402384756360.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
22121402384756360.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 93 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 10 residues.
Blocpdb> 12 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 12 atoms in block 2
Block first atom: 13
Blocpdb> 8 atoms in block 3
Block first atom: 25
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 33
Blocpdb> 9 atoms in block 5
Block first atom: 40
Blocpdb> 7 atoms in block 6
Block first atom: 49
Blocpdb> 4 atoms in block 7
Block first atom: 56
Blocpdb> 7 atoms in block 8
Block first atom: 60
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 67
Blocpdb> 13 atoms in block 10
Block first atom: 80
Blocpdb> 10 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
%Diagrtb-Wn> 60 eigenvectors, only, can be determined.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 21762 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 279
Prepmat> Matrix trace = 47120.0000
Prepmat> Last element read: 279 279 158.6028
Prepmat> 56 lines saved.
Prepmat> 3 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 93
RTB> Total mass = 93.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 93
RTB> Number of blocks = 10
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 8550.8440
RTB> 1722 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 60
Diagstd> Nb of non-zero elements: 1722
Diagstd> Projected matrix trace = 8550.8440
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 60 eigenvectors are computed.
Diagstd> 60 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 8550.8440
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 12.5012156 18.0886426 21.4378936 35.1780165
41.0666148 48.6139178 51.6610154 64.6080073 76.2324789
79.6980903 87.6629738 96.1041132 97.8814814 102.2660923
106.0124893 107.3492572 112.5829069 116.7432382 118.5960381
120.8500854 125.2840461 135.7202241 141.1738428 147.1610213
149.0185641 151.1637291 158.2398193 158.3984334 168.8134788
169.3615868 173.3817712 176.8283130 178.0371956 185.3669117
187.0887219 188.9971535 191.1716584 197.1882234 201.6847889
203.3696303 204.6417449 208.2171079 211.9365786 216.7074332
225.4212909 234.1609232 242.3599660 244.3803868 254.3417912
260.2569165 303.3224368 316.7455411 344.1156479 381.6525242
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034334 0.0034337 0.0034339 0.0034339 0.0034340
0.0034341 383.9471100 461.8471511 502.7896577 644.0668617
695.8886166 757.1389550 780.5069042 872.8476630 948.1243521
969.4362113 1016.7247132 1064.5504993 1074.3494037 1098.1485969
1118.0823619 1125.1095270 1152.2096529 1173.3056123 1182.5795667
1193.7647785 1215.4669815 1265.0787604 1290.2456350 1317.3211872
1325.6090714 1335.1162409 1366.0077694 1366.6922173 1410.9084683
1413.1970994 1429.8714604 1444.0132629 1448.9408367 1478.4661563
1485.3167696 1492.8731666 1501.4367238 1524.8803475 1542.1685874
1548.5967012 1553.4325301 1566.9440339 1580.8775781 1598.5719360
1630.3946684 1661.6995072 1690.5410535 1697.5729808 1731.8255516
1751.8479944 1891.2439356 1932.6380923 2014.4082485 2121.4331445
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 93
Rtb_to_modes> Number of blocs = 10
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9964E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 168.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 176.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 185.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 187.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 191.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 197.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 201.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 203.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 204.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 208.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 211.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 216.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 225.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 234.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 242.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 244.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 254.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 260.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 303.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 316.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 344.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 381.7
Rtb_to_modes> 60 vectors, with 60 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 0.99995 0.99996 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99996
1.00006 1.00006 1.00001 0.99997 1.00000
1.00000 1.00002 0.99997 1.00004 0.99999
0.99999 1.00000 0.99994 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 0.99997
1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000
0.99997 1.00003 1.00003 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 0.99997 1.00000 0.99994
0.99997 0.99996 0.99999 1.00004 0.99997
0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998
0.99999 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 1674 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99995 0.99996 1.00001 0.99999
1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99996
1.00006 1.00006 1.00001 0.99997 1.00000
1.00000 1.00002 0.99997 1.00004 0.99999
0.99999 1.00000 0.99994 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 0.99997
1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000
0.99997 1.00003 1.00003 1.00000 0.99999
1.00001 0.99998 0.99997 1.00000 0.99994
0.99997 0.99996 0.99999 1.00004 0.99997
0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998
0.99999 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 60 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22121402384756360.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22121402384756360.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 22121402384756360.atom
Openam> file on opening on unit 11:
22121402384756360.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 10
First residue number = 1
Last residue number = 10
Number of atoms found = 93
Mean number per residue = 9.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9964E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 176.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 187.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 191.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 197.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 201.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 203.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 208.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 211.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 216.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 225.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 234.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 242.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 244.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 254.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 260.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 303.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 316.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 344.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 381.7
Bfactors> 60 vectors, 279 coordinates in file.
%Bfactors-Wn> All vectors required were not found in vector file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 12.500000
Bfactors> 54 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.323 for 10 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.068 +/- 0.03
Bfactors> = 6.106 +/- 1.13
Bfactors> Shiftng-fct= 6.038
Bfactors> Scaling-fct= 34.763
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 22121402384756360.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
22121402384756360.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 757.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 780.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 872.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1017.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1098.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1118.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1125.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1152.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1173.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1183.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1194.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1215.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1265.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1290.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1317.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1325.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1335.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1366.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1367.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1411.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1413.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1430.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1444.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1449.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1479.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1485.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1493.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1501.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1525.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1542.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1549.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1553.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1567.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1581.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1598.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1630.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1662.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1691.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1698.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1732.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1752.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1891.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1932.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2014.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2121.
Chkmod> 60 vectors, 279 coordinates in file.
Chkmod> That is: 93 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 12 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 14 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 16 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 36 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 42 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 45 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 48 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7637
0.0034 0.9184
0.0034 0.7428
0.0034 0.8862
0.0034 0.7571
0.0034 0.8118
383.9120 0.3300
461.8447 0.5215
502.7928 0.5081
644.0574 0.3855
695.8874 0.5554
757.0759 0.6028
780.4657 0.2567
872.8237 0.4226
948.0682 0.5283
969.4062 0.5299
1016.6638 0.7806
1064.4820 0.4786
1074.2952 0.4958
1098.2835 0.1707
1117.9685 0.5070
1124.8031 0.1016
1152.2477 0.2424
1173.0380 0.6100
1182.5486 0.6018
1193.9600 0.6244
1215.4922 0.7251
1264.9302 0.6298
1290.3098 0.6142
1317.4391 0.4461
1325.4696 0.5985
1335.2191 0.5396
1365.7773 0.4155
1366.6403 0.6532
1410.7916 0.6243
1413.2967 0.3459
1429.8852 0.3165
1443.8357 0.6264
1448.7273 0.6397
1478.5346 0.3627
1485.2978 0.4469
1492.8203 0.3350
1501.4836 0.5424
1524.8604 0.4629
1542.1605 0.1486
1548.6458 0.2306
1553.2074 0.3743
1566.8124 0.4749
1580.6733 0.6097
1598.4759 0.1713
1630.2477 0.5238
1661.7668 0.6359
1690.6081 0.5986
1697.5682 0.5388
1731.6089 0.4564
1751.9178 0.5164
1891.0928 0.5809
1932.4162 0.4157
2014.2760 0.4304
2121.4740 0.4320
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 22121402384756360 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
making animated gifs
11 models are in 22121402384756360.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121402384756360.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121402384756360.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 22121402384756360 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
22121402384756360.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
making animated gifs
11 models are in 22121402384756360.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121402384756360.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121402384756360.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 22121402384756360 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
22121402384756360.eigenfacs
22121402384756360.atom
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121402384756360.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 22121402384756360.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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