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***  CLN025  ***

LOGs for ID: 22121402384756360

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 22121402384756360.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 22121402384756360.atom to be opened. Openam> File opened: 22121402384756360.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 10 First residue number = 1 Last residue number = 10 Number of atoms found = 93 Mean number per residue = 9.3 Pdbmat> Coordinate statistics: = 20.376086 +/- 4.785041 From: 9.752000 To: 28.648000 = 21.077086 +/- 2.311815 From: 16.756000 To: 26.750000 = 9.106312 +/- 2.930791 From: 3.665000 To: 15.582000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 55.6887 % Filled. Pdbmat> 21752 non-zero elements. Pdbmat> 2356 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 50.67 +/- 13.42 Maximum number = 78 Minimum number = 19 Pdbmat> Matrix trace = 47120.0 Pdbmat> Larger element = 387.050 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 10 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 22121402384756360.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 22121402384756360.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 22121402384756360.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 93 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 10 residues. Blocpdb> 12 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 12 atoms in block 2 Block first atom: 13 Blocpdb> 8 atoms in block 3 Block first atom: 25 Blocpdb> 7 atoms in block 4 Block first atom: 33 Blocpdb> 9 atoms in block 5 Block first atom: 40 Blocpdb> 7 atoms in block 6 Block first atom: 49 Blocpdb> 4 atoms in block 7 Block first atom: 56 Blocpdb> 7 atoms in block 8 Block first atom: 60 Blocpdb> 14 atoms in block 9 Block first atom: 67 Blocpdb> 13 atoms in block 10 Block first atom: 80 Blocpdb> 10 blocks. Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. %Diagrtb-Wn> 60 eigenvectors, only, can be determined. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 21762 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 279 Prepmat> Matrix trace = 47120.0000 Prepmat> Last element read: 279 279 158.6028 Prepmat> 56 lines saved. Prepmat> 3 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 93 RTB> Total mass = 93.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 93 RTB> Number of blocks = 10 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 8550.8440 RTB> 1722 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 60 Diagstd> Nb of non-zero elements: 1722 Diagstd> Projected matrix trace = 8550.8440 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 60 eigenvectors are computed. Diagstd> 60 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 8550.8440 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 12.5012156 18.0886426 21.4378936 35.1780165 41.0666148 48.6139178 51.6610154 64.6080073 76.2324789 79.6980903 87.6629738 96.1041132 97.8814814 102.2660923 106.0124893 107.3492572 112.5829069 116.7432382 118.5960381 120.8500854 125.2840461 135.7202241 141.1738428 147.1610213 149.0185641 151.1637291 158.2398193 158.3984334 168.8134788 169.3615868 173.3817712 176.8283130 178.0371956 185.3669117 187.0887219 188.9971535 191.1716584 197.1882234 201.6847889 203.3696303 204.6417449 208.2171079 211.9365786 216.7074332 225.4212909 234.1609232 242.3599660 244.3803868 254.3417912 260.2569165 303.3224368 316.7455411 344.1156479 381.6525242 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034334 0.0034337 0.0034339 0.0034339 0.0034340 0.0034341 383.9471100 461.8471511 502.7896577 644.0668617 695.8886166 757.1389550 780.5069042 872.8476630 948.1243521 969.4362113 1016.7247132 1064.5504993 1074.3494037 1098.1485969 1118.0823619 1125.1095270 1152.2096529 1173.3056123 1182.5795667 1193.7647785 1215.4669815 1265.0787604 1290.2456350 1317.3211872 1325.6090714 1335.1162409 1366.0077694 1366.6922173 1410.9084683 1413.1970994 1429.8714604 1444.0132629 1448.9408367 1478.4661563 1485.3167696 1492.8731666 1501.4367238 1524.8803475 1542.1685874 1548.5967012 1553.4325301 1566.9440339 1580.8775781 1598.5719360 1630.3946684 1661.6995072 1690.5410535 1697.5729808 1731.8255516 1751.8479944 1891.2439356 1932.6380923 2014.4082485 2121.4331445 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 93 Rtb_to_modes> Number of blocs = 10 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9964E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9985E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 118.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 168.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 176.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 185.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 187.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 191.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 197.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 201.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 203.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 204.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 208.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 211.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 216.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 225.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 234.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 242.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 244.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 254.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 260.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 303.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 316.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 344.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 381.7 Rtb_to_modes> 60 vectors, with 60 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00001 0.99995 0.99996 1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99996 1.00006 1.00006 1.00001 0.99997 1.00000 1.00000 1.00002 0.99997 1.00004 0.99999 0.99999 1.00000 0.99994 1.00000 0.99997 1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 0.99997 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000 0.99997 1.00003 1.00003 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 0.99997 1.00000 0.99994 0.99997 0.99996 0.99999 1.00004 0.99997 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 1674 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 0.99995 0.99996 1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99996 1.00006 1.00006 1.00001 0.99997 1.00000 1.00000 1.00002 0.99997 1.00004 0.99999 0.99999 1.00000 0.99994 1.00000 0.99997 1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 0.99997 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000 0.99997 1.00003 1.00003 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 0.99997 1.00000 0.99994 0.99997 0.99996 0.99999 1.00004 0.99997 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4: 0.000 0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 60 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 22121402384756360.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 22121402384756360.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 22121402384756360.atom Openam> file on opening on unit 11: 22121402384756360.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 10 First residue number = 1 Last residue number = 10 Number of atoms found = 93 Mean number per residue = 9.3 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9964E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 118.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 176.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 187.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 191.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 197.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 201.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 203.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 204.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 208.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 211.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 216.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 225.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 234.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 242.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 244.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 254.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 260.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 303.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 316.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 344.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 381.7 Bfactors> 60 vectors, 279 coordinates in file. %Bfactors-Wn> All vectors required were not found in vector file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 12.500000 Bfactors> 54 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.323 for 10 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.068 +/- 0.03 Bfactors> = 6.106 +/- 1.13 Bfactors> Shiftng-fct= 6.038 Bfactors> Scaling-fct= 34.763 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 22121402384756360.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 22121402384756360.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 757.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 780.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 872.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1017. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1098. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1118. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1125. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1152. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1173. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1183. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1194. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1215. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1265. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1290. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1317. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1325. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1335. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1366. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1367. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1411. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1413. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1430. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1444. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1449. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1479. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1485. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1493. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1501. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1525. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1542. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1549. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1553. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1567. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1581. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1598. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1630. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1662. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1691. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1698. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1732. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1752. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1891. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1932. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2014. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2121. Chkmod> 60 vectors, 279 coordinates in file. Chkmod> That is: 93 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 12 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 14 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 16 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 0.9998 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 36 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 42 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 45 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 48 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7637 0.0034 0.9184 0.0034 0.7428 0.0034 0.8862 0.0034 0.7571 0.0034 0.8118 383.9120 0.3300 461.8447 0.5215 502.7928 0.5081 644.0574 0.3855 695.8874 0.5554 757.0759 0.6028 780.4657 0.2567 872.8237 0.4226 948.0682 0.5283 969.4062 0.5299 1016.6638 0.7806 1064.4820 0.4786 1074.2952 0.4958 1098.2835 0.1707 1117.9685 0.5070 1124.8031 0.1016 1152.2477 0.2424 1173.0380 0.6100 1182.5486 0.6018 1193.9600 0.6244 1215.4922 0.7251 1264.9302 0.6298 1290.3098 0.6142 1317.4391 0.4461 1325.4696 0.5985 1335.2191 0.5396 1365.7773 0.4155 1366.6403 0.6532 1410.7916 0.6243 1413.2967 0.3459 1429.8852 0.3165 1443.8357 0.6264 1448.7273 0.6397 1478.5346 0.3627 1485.2978 0.4469 1492.8203 0.3350 1501.4836 0.5424 1524.8604 0.4629 1542.1605 0.1486 1548.6458 0.2306 1553.2074 0.3743 1566.8124 0.4749 1580.6733 0.6097 1598.4759 0.1713 1630.2477 0.5238 1661.7668 0.6359 1690.6081 0.5986 1697.5682 0.5388 1731.6089 0.4564 1751.9178 0.5164 1891.0928 0.5809 1932.4162 0.4157 2014.2760 0.4304 2121.4740 0.4320 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 22121402384756360 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=0 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=20 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=40 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=60 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=80 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=100 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom making animated gifs 11 models are in 22121402384756360.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22121402384756360.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22121402384756360.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 22121402384756360 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=0 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=20 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=40 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=60 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=80 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=100 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom making animated gifs 11 models are in 22121402384756360.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22121402384756360.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22121402384756360.8.pdb, 1 models 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DQ=20 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=40 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=60 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=80 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom calculating perturbed structure for DQ=100 22121402384756360.eigenfacs 22121402384756360.atom making animated gifs 11 models are in 22121402384756360.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22121402384756360.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small 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