***  nome  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 221129135925108001.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 221129135925108001.atom to be opened.
Openam> File opened: 221129135925108001.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2916
First residue number = 27
Last residue number = 1147
Number of atoms found = 22812
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 209.999990 +/- 21.958653 From: 163.548000 To: 280.806000
= 209.999972 +/- 21.958650 From: 146.028000 To: 271.959000
= 207.259318 +/- 35.858545 From: 115.696000 To: 275.091000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 4.4794 % Filled.
Pdbmat> 8703178 non-zero elements.
Pdbmat> 952019 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.47 +/- 21.35
Maximum number = 130
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 1.904038E+07
Pdbmat> Larger element = 491.014
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
2916 non-zero elements, NRBL set to 15
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 221129135925108001.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 15
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 221129135925108001.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
221129135925108001.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 22812 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 15 residue(s) per block.
Blocpdb> 2916 residues.
Blocpdb> 126 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 123 atoms in block 2
Block first atom: 127
Blocpdb> 115 atoms in block 3
Block first atom: 250
Blocpdb> 117 atoms in block 4
Block first atom: 365
Blocpdb> 121 atoms in block 5
Block first atom: 482
Blocpdb> 112 atoms in block 6
Block first atom: 603
Blocpdb> 121 atoms in block 7
Block first atom: 715
Blocpdb> 30 atoms in block 8
Block first atom: 836
Blocpdb> 66 atoms in block 9
Block first atom: 866
Blocpdb> 134 atoms in block 10
Block first atom: 932
Blocpdb> 129 atoms in block 11
Block first atom: 1066
Blocpdb> 112 atoms in block 12
Block first atom: 1195
Blocpdb> 120 atoms in block 13
Block first atom: 1307
Blocpdb> 126 atoms in block 14
Block first atom: 1427
Blocpdb> 111 atoms in block 15
Block first atom: 1553
Blocpdb> 116 atoms in block 16
Block first atom: 1664
Blocpdb> 124 atoms in block 17
Block first atom: 1780
Blocpdb> 118 atoms in block 18
Block first atom: 1904
Blocpdb> 119 atoms in block 19
Block first atom: 2022
Blocpdb> 126 atoms in block 20
Block first atom: 2141
Blocpdb> 118 atoms in block 21
Block first atom: 2267
Blocpdb> 117 atoms in block 22
Block first atom: 2385
Blocpdb> 119 atoms in block 23
Block first atom: 2502
Blocpdb> 118 atoms in block 24
Block first atom: 2621
Blocpdb> 116 atoms in block 25
Block first atom: 2739
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 2855
Blocpdb> 75 atoms in block 27
Block first atom: 2870
Blocpdb> 63 atoms in block 28
Block first atom: 2945
Blocpdb> 111 atoms in block 29
Block first atom: 3008
Blocpdb> 125 atoms in block 30
Block first atom: 3119
Blocpdb> 105 atoms in block 31
Block first atom: 3244
Blocpdb> 119 atoms in block 32
Block first atom: 3349
Blocpdb> 115 atoms in block 33
Block first atom: 3468
Blocpdb> 118 atoms in block 34
Block first atom: 3583
Blocpdb> 117 atoms in block 35
Block first atom: 3701
Blocpdb> 99 atoms in block 36
Block first atom: 3818
Blocpdb> 100 atoms in block 37
Block first atom: 3917
Blocpdb> 112 atoms in block 38
Block first atom: 4017
Blocpdb> 108 atoms in block 39
Block first atom: 4129
Blocpdb> 45 atoms in block 40
Block first atom: 4237
Blocpdb> 109 atoms in block 41
Block first atom: 4282
Blocpdb> 112 atoms in block 42
Block first atom: 4391
Blocpdb> 111 atoms in block 43
Block first atom: 4503
Blocpdb> 109 atoms in block 44
Block first atom: 4614
Blocpdb> 116 atoms in block 45
Block first atom: 4723
Blocpdb> 113 atoms in block 46
Block first atom: 4839
Blocpdb> 125 atoms in block 47
Block first atom: 4952
Blocpdb> 120 atoms in block 48
Block first atom: 5077
Blocpdb> 124 atoms in block 49
Block first atom: 5197
Blocpdb> 31 atoms in block 50
Block first atom: 5321
Blocpdb> 116 atoms in block 51
Block first atom: 5352
Blocpdb> 107 atoms in block 52
Block first atom: 5468
Blocpdb> 108 atoms in block 53
Block first atom: 5575
Blocpdb> 116 atoms in block 54
Block first atom: 5683
Blocpdb> 127 atoms in block 55
Block first atom: 5799
Blocpdb> 101 atoms in block 56
Block first atom: 5926
Blocpdb> 109 atoms in block 57
Block first atom: 6027
Blocpdb> 112 atoms in block 58
Block first atom: 6136
Blocpdb> 115 atoms in block 59
Block first atom: 6248
Blocpdb> 118 atoms in block 60
Block first atom: 6363
Blocpdb> 122 atoms in block 61
Block first atom: 6481
Blocpdb> 105 atoms in block 62
Block first atom: 6603
Blocpdb> 118 atoms in block 63
Block first atom: 6708
Blocpdb> 114 atoms in block 64
Block first atom: 6826
Blocpdb> 120 atoms in block 65
Block first atom: 6940
Blocpdb> 114 atoms in block 66
Block first atom: 7060
Blocpdb> 127 atoms in block 67
Block first atom: 7174
Blocpdb> 125 atoms in block 68
Block first atom: 7301
Blocpdb> 109 atoms in block 69
Block first atom: 7426
Blocpdb> 70 atoms in block 70
Block first atom: 7535
Blocpdb> 126 atoms in block 71
Block first atom: 7605
Blocpdb> 123 atoms in block 72
Block first atom: 7731
Blocpdb> 115 atoms in block 73
Block first atom: 7854
Blocpdb> 117 atoms in block 74
Block first atom: 7969
Blocpdb> 121 atoms in block 75
Block first atom: 8086
Blocpdb> 112 atoms in block 76
Block first atom: 8207
Blocpdb> 121 atoms in block 77
Block first atom: 8319
Blocpdb> 30 atoms in block 78
Block first atom: 8440
Blocpdb> 66 atoms in block 79
Block first atom: 8470
Blocpdb> 134 atoms in block 80
Block first atom: 8536
Blocpdb> 129 atoms in block 81
Block first atom: 8670
Blocpdb> 112 atoms in block 82
Block first atom: 8799
Blocpdb> 120 atoms in block 83
Block first atom: 8911
Blocpdb> 126 atoms in block 84
Block first atom: 9031
Blocpdb> 111 atoms in block 85
Block first atom: 9157
Blocpdb> 116 atoms in block 86
Block first atom: 9268
Blocpdb> 124 atoms in block 87
Block first atom: 9384
Blocpdb> 118 atoms in block 88
Block first atom: 9508
Blocpdb> 119 atoms in block 89
Block first atom: 9626
Blocpdb> 126 atoms in block 90
Block first atom: 9745
Blocpdb> 118 atoms in block 91
Block first atom: 9871
Blocpdb> 117 atoms in block 92
Block first atom: 9989
Blocpdb> 119 atoms in block 93
Block first atom: 10106
Blocpdb> 118 atoms in block 94
Block first atom: 10225
Blocpdb> 116 atoms in block 95
Block first atom: 10343
Blocpdb> 15 atoms in block 96
Block first atom: 10459
Blocpdb> 75 atoms in block 97
Block first atom: 10474
Blocpdb> 63 atoms in block 98
Block first atom: 10549
Blocpdb> 111 atoms in block 99
Block first atom: 10612
Blocpdb> 125 atoms in block 100
Block first atom: 10723
Blocpdb> 105 atoms in block 101
Block first atom: 10848
Blocpdb> 119 atoms in block 102
Block first atom: 10953
Blocpdb> 115 atoms in block 103
Block first atom: 11072
Blocpdb> 118 atoms in block 104
Block first atom: 11187
Blocpdb> 117 atoms in block 105
Block first atom: 11305
Blocpdb> 99 atoms in block 106
Block first atom: 11422
Blocpdb> 100 atoms in block 107
Block first atom: 11521
Blocpdb> 112 atoms in block 108
Block first atom: 11621
Blocpdb> 108 atoms in block 109
Block first atom: 11733
Blocpdb> 45 atoms in block 110
Block first atom: 11841
Blocpdb> 109 atoms in block 111
Block first atom: 11886
Blocpdb> 112 atoms in block 112
Block first atom: 11995
Blocpdb> 111 atoms in block 113
Block first atom: 12107
Blocpdb> 109 atoms in block 114
Block first atom: 12218
Blocpdb> 116 atoms in block 115
Block first atom: 12327
Blocpdb> 113 atoms in block 116
Block first atom: 12443
Blocpdb> 125 atoms in block 117
Block first atom: 12556
Blocpdb> 120 atoms in block 118
Block first atom: 12681
Blocpdb> 124 atoms in block 119
Block first atom: 12801
Blocpdb> 31 atoms in block 120
Block first atom: 12925
Blocpdb> 116 atoms in block 121
Block first atom: 12956
Blocpdb> 107 atoms in block 122
Block first atom: 13072
Blocpdb> 108 atoms in block 123
Block first atom: 13179
Blocpdb> 116 atoms in block 124
Block first atom: 13287
Blocpdb> 127 atoms in block 125
Block first atom: 13403
Blocpdb> 101 atoms in block 126
Block first atom: 13530
Blocpdb> 109 atoms in block 127
Block first atom: 13631
Blocpdb> 112 atoms in block 128
Block first atom: 13740
Blocpdb> 115 atoms in block 129
Block first atom: 13852
Blocpdb> 118 atoms in block 130
Block first atom: 13967
Blocpdb> 122 atoms in block 131
Block first atom: 14085
Blocpdb> 105 atoms in block 132
Block first atom: 14207
Blocpdb> 118 atoms in block 133
Block first atom: 14312
Blocpdb> 114 atoms in block 134
Block first atom: 14430
Blocpdb> 120 atoms in block 135
Block first atom: 14544
Blocpdb> 114 atoms in block 136
Block first atom: 14664
Blocpdb> 127 atoms in block 137
Block first atom: 14778
Blocpdb> 125 atoms in block 138
Block first atom: 14905
Blocpdb> 109 atoms in block 139
Block first atom: 15030
Blocpdb> 70 atoms in block 140
Block first atom: 15139
Blocpdb> 126 atoms in block 141
Block first atom: 15209
Blocpdb> 123 atoms in block 142
Block first atom: 15335
Blocpdb> 115 atoms in block 143
Block first atom: 15458
Blocpdb> 117 atoms in block 144
Block first atom: 15573
Blocpdb> 121 atoms in block 145
Block first atom: 15690
Blocpdb> 112 atoms in block 146
Block first atom: 15811
Blocpdb> 121 atoms in block 147
Block first atom: 15923
Blocpdb> 30 atoms in block 148
Block first atom: 16044
Blocpdb> 66 atoms in block 149
Block first atom: 16074
Blocpdb> 134 atoms in block 150
Block first atom: 16140
Blocpdb> 129 atoms in block 151
Block first atom: 16274
Blocpdb> 112 atoms in block 152
Block first atom: 16403
Blocpdb> 120 atoms in block 153
Block first atom: 16515
Blocpdb> 126 atoms in block 154
Block first atom: 16635
Blocpdb> 111 atoms in block 155
Block first atom: 16761
Blocpdb> 116 atoms in block 156
Block first atom: 16872
Blocpdb> 124 atoms in block 157
Block first atom: 16988
Blocpdb> 118 atoms in block 158
Block first atom: 17112
Blocpdb> 119 atoms in block 159
Block first atom: 17230
Blocpdb> 126 atoms in block 160
Block first atom: 17349
Blocpdb> 118 atoms in block 161
Block first atom: 17475
Blocpdb> 117 atoms in block 162
Block first atom: 17593
Blocpdb> 119 atoms in block 163
Block first atom: 17710
Blocpdb> 118 atoms in block 164
Block first atom: 17829
Blocpdb> 116 atoms in block 165
Block first atom: 17947
Blocpdb> 15 atoms in block 166
Block first atom: 18063
Blocpdb> 75 atoms in block 167
Block first atom: 18078
Blocpdb> 63 atoms in block 168
Block first atom: 18153
Blocpdb> 111 atoms in block 169
Block first atom: 18216
Blocpdb> 125 atoms in block 170
Block first atom: 18327
Blocpdb> 105 atoms in block 171
Block first atom: 18452
Blocpdb> 119 atoms in block 172
Block first atom: 18557
Blocpdb> 115 atoms in block 173
Block first atom: 18676
Blocpdb> 118 atoms in block 174
Block first atom: 18791
Blocpdb> 117 atoms in block 175
Block first atom: 18909
Blocpdb> 99 atoms in block 176
Block first atom: 19026
Blocpdb> 100 atoms in block 177
Block first atom: 19125
Blocpdb> 112 atoms in block 178
Block first atom: 19225
Blocpdb> 108 atoms in block 179
Block first atom: 19337
Blocpdb> 45 atoms in block 180
Block first atom: 19445
Blocpdb> 109 atoms in block 181
Block first atom: 19490
Blocpdb> 112 atoms in block 182
Block first atom: 19599
Blocpdb> 111 atoms in block 183
Block first atom: 19711
Blocpdb> 109 atoms in block 184
Block first atom: 19822
Blocpdb> 116 atoms in block 185
Block first atom: 19931
Blocpdb> 113 atoms in block 186
Block first atom: 20047
Blocpdb> 125 atoms in block 187
Block first atom: 20160
Blocpdb> 120 atoms in block 188
Block first atom: 20285
Blocpdb> 124 atoms in block 189
Block first atom: 20405
Blocpdb> 31 atoms in block 190
Block first atom: 20529
Blocpdb> 116 atoms in block 191
Block first atom: 20560
Blocpdb> 107 atoms in block 192
Block first atom: 20676
Blocpdb> 108 atoms in block 193
Block first atom: 20783
Blocpdb> 116 atoms in block 194
Block first atom: 20891
Blocpdb> 127 atoms in block 195
Block first atom: 21007
Blocpdb> 101 atoms in block 196
Block first atom: 21134
Blocpdb> 109 atoms in block 197
Block first atom: 21235
Blocpdb> 112 atoms in block 198
Block first atom: 21344
Blocpdb> 115 atoms in block 199
Block first atom: 21456
Blocpdb> 118 atoms in block 200
Block first atom: 21571
Blocpdb> 122 atoms in block 201
Block first atom: 21689
Blocpdb> 105 atoms in block 202
Block first atom: 21811
Blocpdb> 118 atoms in block 203
Block first atom: 21916
Blocpdb> 114 atoms in block 204
Block first atom: 22034
Blocpdb> 120 atoms in block 205
Block first atom: 22148
Blocpdb> 114 atoms in block 206
Block first atom: 22268
Blocpdb> 127 atoms in block 207
Block first atom: 22382
Blocpdb> 125 atoms in block 208
Block first atom: 22509
Blocpdb> 109 atoms in block 209
Block first atom: 22634
Blocpdb> 70 atoms in block 210
Block first atom: 22742
Blocpdb> 210 blocks.
Blocpdb> At most, 134 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 15 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 8703388 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 68436
Prepmat> Matrix trace = 19040380.0001
Prepmat> Last element read: 68436 68436 91.7857
Prepmat> 22156 lines saved.
Prepmat> 20502 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 22812
RTB> Total mass = 22812.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 22812
RTB> Number of blocks = 210
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 195916.3030
RTB> 56358 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1260
Diagstd> Nb of non-zero elements: 56358
Diagstd> Projected matrix trace = 195916.3030
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1260 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 195916.3030
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.4991741 0.4993390 0.6603587 0.7948934
0.7952452 1.0540536 1.2454244 1.4512561 1.4513299
1.9510021 2.2116201 2.2119868 2.3787312 2.3794734
2.7170284 2.7952603 2.7954509 3.1709902 3.1712208
3.2549832 3.5109455 3.6326054 3.6337381 3.9103604
4.5315695 4.5318804 5.0162988 5.1721696 5.1727386
5.4850626 5.4854441 5.5398028 6.0239990 6.0247551
6.3171204 6.6516423 6.6522875 7.2875022 7.8618907
7.9111660 7.9112524 8.2117586 8.2118703 8.8827601
9.2809410 9.2815247 9.6349614 9.7649852 9.7653518
10.1611248 10.8779651 11.1533690 11.1548619 11.3160346
11.9583800 12.2562707 12.2574084 12.9899549 12.9918839
13.3790266 13.6658290 13.6665876 14.4176069 14.5337173
14.5359526 14.9419748 15.3623941 15.3632183 15.7133560
15.7145596 16.0248224 16.7947023 17.9821174 17.9829536
18.2800288 19.2105300 19.2109992 19.2475972 19.4056202
19.6212861 19.6217256 20.1627669 20.1631518 20.8833812
20.8853557 21.1249167 22.0668921 22.0674166 22.8309947
22.8316911 23.3038067 23.5380462 23.5385732 23.6443388
24.3478909 24.3489178 24.5360695 24.8972345 25.1772686
25.1782602
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034317 0.0034333 0.0034334 0.0034336 0.0034338
0.0034351 76.7222472 76.7349129 88.2440088 96.8165752
96.8380020 111.4876138 121.1864208 130.8179399 130.8212659
151.6785444 161.4918253 161.5052151 167.4819320 167.5080597
178.9956065 181.5542440 181.5604347 193.3716182 193.3786490
195.9158879 203.4732497 206.9685678 207.0008309 214.7354149
231.1636816 231.1716122 243.2131079 246.9628678 246.9764518
254.3232551 254.3321001 255.5891605 266.5248613 266.5415865
272.9322513 280.0655720 280.0791547 293.1464442 304.4800063
305.4326988 305.4343667 311.1812108 311.1833284 323.6452575
330.8196410 330.8300442 337.0701302 339.3368900 339.3432592
346.1514645 358.1534267 362.6588796 362.6831503 365.2938944
375.5186017 380.1670321 380.1846766 391.3804259 391.4094852
397.1984441 401.4331844 401.4443268 412.3270919 413.9840744
414.0159089 419.7582888 425.6226501 425.6340667 430.4569809
430.4734659 434.7022553 445.0219529 460.4852195 460.4959258
464.2840002 475.9539705 475.9597827 476.4129317 478.3646116
481.0154382 481.0208258 487.6074638 487.6121179 496.2444792
496.2679382 499.1059914 510.1123831 510.1184452 518.8689675
518.8768806 524.2141199 526.8421168 526.8480146 528.0303271
535.8286779 535.8399773 537.8953338 541.8397158 544.8783940
544.8891234
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 22812
Rtb_to_modes> Number of blocs = 210
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9870E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9962E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9969E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4992
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4993
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6604
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7949
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7952
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.054
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.245
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.451
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.451
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.951
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.379
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.379
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.717
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.795
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.795
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.171
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.171
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.255
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.511
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.633
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.634
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.910
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.532
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.532
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.016
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.172
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.173
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.485
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.485
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.540
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.024
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.025
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.317
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.652
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.652
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.288
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.862
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.911
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.911
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.883
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.281
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.282
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.635
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.765
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.765
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.18
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1260 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00003 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
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0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00003
1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001
1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
0.99998 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 410616 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00000 1.00003 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999
1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00003
1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001
1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001
0.99998 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 221129135925108001.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
221129135925108001.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 221129135925108001.atom
Openam> file on opening on unit 11:
221129135925108001.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2916
First residue number = 27
Last residue number = 1147
Number of atoms found = 22812
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9870E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9962E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9969E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.18
Bfactors> 106 vectors, 68436 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.499200
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.402 for 2916 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.015 +/- 0.01
Bfactors> = 28.253 +/- 19.45
Bfactors> Shiftng-fct= 28.238
Bfactors> Scaling-fct= 1455.017
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 221129135925108001.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
221129135925108001.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.8
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.4
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Chkmod> That is: 22812 cartesian points.
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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user 2m40.220s
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pstopnm: Writing ppmraw file
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