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***  4m8  ***

LOGs for ID: 22092722260083457

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 22092722260083457.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 22092722260083457.atom to be opened. Openam> File opened: 22092722260083457.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 742 First residue number = 554 Last residue number = 168 Number of atoms found = 5633 Mean number per residue = 7.6 Pdbmat> Coordinate statistics: = -15.639604 +/- 19.775010 From: -56.169000 To: 35.288000 = 190.969924 +/- 13.287894 From: 161.134000 To: 227.070000 = -206.438745 +/- 14.842479 From: -243.323000 To: -171.524000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 1.4424 % Filled. Pdbmat> 2059746 non-zero elements. Pdbmat> 225142 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 79.94 +/- 22.18 Maximum number = 130 Minimum number = 11 Pdbmat> Matrix trace = 4.502840E+06 Pdbmat> Larger element = 493.248 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 742 non-zero elements, NRBL set to 4 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 22092722260083457.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 4 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 22092722260083457.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 22092722260083457.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 5633 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 4 residue(s) per block. Blocpdb> 742 residues. Blocpdb> 20 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 20 atoms in block 2 Block first atom: 21 Blocpdb> 34 atoms in block 3 Block first atom: 41 Blocpdb> 31 atoms in block 4 Block first atom: 75 Blocpdb> 29 atoms in block 5 Block first atom: 106 Blocpdb> 36 atoms in block 6 Block first atom: 135 Blocpdb> 30 atoms in block 7 Block first atom: 171 Blocpdb> 29 atoms in block 8 Block first atom: 201 Blocpdb> 27 atoms in block 9 Block first atom: 230 Blocpdb> 8 atoms in block 10 Block first atom: 257 Blocpdb> 24 atoms in block 11 Block first atom: 265 Blocpdb> 34 atoms in block 12 Block first atom: 289 Blocpdb> 42 atoms in block 13 Block first atom: 323 Blocpdb> 30 atoms in block 14 Block first atom: 365 Blocpdb> 38 atoms in block 15 Block first atom: 395 Blocpdb> 24 atoms in block 16 Block first atom: 433 Blocpdb> 27 atoms in block 17 Block first atom: 457 Blocpdb> 13 atoms in block 18 Block first atom: 484 Blocpdb> 22 atoms in block 19 Block first atom: 497 Blocpdb> 23 atoms in block 20 Block first atom: 519 Blocpdb> 30 atoms in block 21 Block first atom: 542 Blocpdb> 26 atoms in block 22 Block first atom: 572 Blocpdb> 26 atoms in block 23 Block first atom: 598 Blocpdb> 31 atoms in block 24 Block first atom: 624 Blocpdb> 31 atoms in block 25 Block first atom: 655 Blocpdb> 31 atoms in block 26 Block first atom: 686 Blocpdb> 34 atoms in block 27 Block first atom: 717 Blocpdb> 30 atoms in block 28 Block first atom: 751 Blocpdb> 25 atoms in block 29 Block first atom: 781 Blocpdb> 29 atoms in block 30 Block first atom: 806 Blocpdb> 31 atoms in block 31 Block first atom: 835 Blocpdb> 28 atoms in block 32 Block first atom: 866 Blocpdb> 36 atoms in block 33 Block first atom: 894 Blocpdb> 33 atoms in block 34 Block first atom: 930 Blocpdb> 31 atoms in block 35 Block first atom: 963 Blocpdb> 29 atoms in block 36 Block first atom: 994 Blocpdb> 24 atoms in block 37 Block first atom: 1023 Blocpdb> 32 atoms in block 38 Block first atom: 1047 Blocpdb> 38 atoms in block 39 Block first atom: 1079 Blocpdb> 30 atoms in block 40 Block first atom: 1117 Blocpdb> 33 atoms in block 41 Block first atom: 1147 Blocpdb> 37 atoms in block 42 Block first atom: 1180 Blocpdb> 28 atoms in block 43 Block first atom: 1217 Blocpdb> 35 atoms in block 44 Block first atom: 1245 Blocpdb> 30 atoms in block 45 Block first atom: 1280 Blocpdb> 27 atoms in block 46 Block first atom: 1310 Blocpdb> 35 atoms in block 47 Block first atom: 1337 Blocpdb> 26 atoms in block 48 Block first atom: 1372 Blocpdb> 33 atoms in block 49 Block first atom: 1398 Blocpdb> 26 atoms in block 50 Block first atom: 1431 Blocpdb> 28 atoms in block 51 Block first atom: 1457 Blocpdb> 30 atoms in block 52 Block first atom: 1485 Blocpdb> 35 atoms in block 53 Block first atom: 1515 Blocpdb> 37 atoms in block 54 Block first atom: 1550 Blocpdb> 31 atoms in block 55 Block first atom: 1587 Blocpdb> 26 atoms in block 56 Block first atom: 1618 Blocpdb> 29 atoms in block 57 Block first atom: 1644 Blocpdb> 27 atoms in block 58 Block first atom: 1673 Blocpdb> 21 atoms in block 59 Block first atom: 1700 Blocpdb> 22 atoms in block 60 Block first atom: 1721 Blocpdb> 29 atoms in block 61 Block first atom: 1743 Blocpdb> 25 atoms in block 62 Block first atom: 1772 Blocpdb> 29 atoms in block 63 Block first atom: 1797 Blocpdb> 33 atoms in block 64 Block first atom: 1826 Blocpdb> 34 atoms in block 65 Block first atom: 1859 Blocpdb> 32 atoms in block 66 Block first atom: 1893 Blocpdb> 40 atoms in block 67 Block first atom: 1925 Blocpdb> 31 atoms in block 68 Block first atom: 1965 Blocpdb> 29 atoms in block 69 Block first atom: 1996 Blocpdb> 35 atoms in block 70 Block first atom: 2025 Blocpdb> 38 atoms in block 71 Block first atom: 2060 Blocpdb> 27 atoms in block 72 Block first atom: 2098 Blocpdb> 31 atoms in block 73 Block first atom: 2125 Blocpdb> 33 atoms in block 74 Block first atom: 2156 Blocpdb> 26 atoms in block 75 Block first atom: 2189 Blocpdb> 26 atoms in block 76 Block first atom: 2215 Blocpdb> 27 atoms in block 77 Block first atom: 2241 Blocpdb> 31 atoms in block 78 Block first atom: 2268 Blocpdb> 36 atoms in block 79 Block first atom: 2299 Blocpdb> 23 atoms in block 80 Block first atom: 2335 Blocpdb> 24 atoms in block 81 Block first atom: 2358 Blocpdb> 27 atoms in block 82 Block first atom: 2382 Blocpdb> 23 atoms in block 83 Block first atom: 2409 Blocpdb> 26 atoms in block 84 Block first atom: 2432 Blocpdb> 30 atoms in block 85 Block first atom: 2458 Blocpdb> 34 atoms in block 86 Block first atom: 2488 Blocpdb> 33 atoms in block 87 Block first atom: 2522 Blocpdb> 38 atoms in block 88 Block first atom: 2555 Blocpdb> 28 atoms in block 89 Block first atom: 2593 Blocpdb> 20 atoms in block 90 Block first atom: 2621 Blocpdb> 27 atoms in block 91 Block first atom: 2641 Blocpdb> 34 atoms in block 92 Block first atom: 2668 Blocpdb> 33 atoms in block 93 Block first atom: 2702 Blocpdb> 30 atoms in block 94 Block first atom: 2735 Blocpdb> 29 atoms in block 95 Block first atom: 2765 Blocpdb> 33 atoms in block 96 Block first atom: 2794 Blocpdb> 32 atoms in block 97 Block first atom: 2827 Blocpdb> 32 atoms in block 98 Block first atom: 2859 Blocpdb> 31 atoms in block 99 Block first atom: 2891 Blocpdb> 25 atoms in block 100 Block first atom: 2922 Blocpdb> 33 atoms in block 101 Block first atom: 2947 Blocpdb> 41 atoms in block 102 Block first atom: 2980 Blocpdb> 31 atoms in block 103 Block first atom: 3021 Blocpdb> 24 atoms in block 104 Block first atom: 3052 Blocpdb> 26 atoms in block 105 Block first atom: 3076 Blocpdb> 30 atoms in block 106 Block first atom: 3102 Blocpdb> 41 atoms in block 107 Block first atom: 3132 Blocpdb> 29 atoms in block 108 Block first atom: 3173 Blocpdb> 37 atoms in block 109 Block first atom: 3202 Blocpdb> 37 atoms in block 110 Block first atom: 3239 Blocpdb> 32 atoms in block 111 Block first atom: 3276 Blocpdb> 37 atoms in block 112 Block first atom: 3308 Blocpdb> 27 atoms in block 113 Block first atom: 3345 Blocpdb> 32 atoms in block 114 Block first atom: 3372 Blocpdb> 26 atoms in block 115 Block first atom: 3404 Blocpdb> 29 atoms in block 116 Block first atom: 3430 Blocpdb> 30 atoms in block 117 Block first atom: 3459 Blocpdb> 33 atoms in block 118 Block first atom: 3489 Blocpdb> 29 atoms in block 119 Block first atom: 3522 Blocpdb> 28 atoms in block 120 Block first atom: 3551 Blocpdb> 28 atoms in block 121 Block first atom: 3579 Blocpdb> 32 atoms in block 122 Block first atom: 3607 Blocpdb> 33 atoms in block 123 Block first atom: 3639 Blocpdb> 32 atoms in block 124 Block first atom: 3672 Blocpdb> 35 atoms in block 125 Block first atom: 3704 Blocpdb> 34 atoms in block 126 Block first atom: 3739 Blocpdb> 36 atoms in block 127 Block first atom: 3773 Blocpdb> 30 atoms in block 128 Block first atom: 3809 Blocpdb> 25 atoms in block 129 Block first atom: 3839 Blocpdb> 27 atoms in block 130 Block first atom: 3864 Blocpdb> 31 atoms in block 131 Block first atom: 3891 Blocpdb> 21 atoms in block 132 Block first atom: 3922 Blocpdb> 36 atoms in block 133 Block first atom: 3943 Blocpdb> 37 atoms in block 134 Block first atom: 3979 Blocpdb> 23 atoms in block 135 Block first atom: 4016 Blocpdb> 40 atoms in block 136 Block first atom: 4039 Blocpdb> 38 atoms in block 137 Block first atom: 4079 Blocpdb> 39 atoms in block 138 Block first atom: 4117 Blocpdb> 37 atoms in block 139 Block first atom: 4156 Blocpdb> 23 atoms in block 140 Block first atom: 4193 Blocpdb> 22 atoms in block 141 Block first atom: 4216 Blocpdb> 27 atoms in block 142 Block first atom: 4238 Blocpdb> 31 atoms in block 143 Block first atom: 4265 Blocpdb> 32 atoms in block 144 Block first atom: 4296 Blocpdb> 29 atoms in block 145 Block first atom: 4328 Blocpdb> 27 atoms in block 146 Block first atom: 4357 Blocpdb> 31 atoms in block 147 Block first atom: 4384 Blocpdb> 22 atoms in block 148 Block first atom: 4415 Blocpdb> 24 atoms in block 149 Block first atom: 4437 Blocpdb> 26 atoms in block 150 Block first atom: 4461 Blocpdb> 34 atoms in block 151 Block first atom: 4487 Blocpdb> 32 atoms in block 152 Block first atom: 4521 Blocpdb> 33 atoms in block 153 Block first atom: 4553 Blocpdb> 30 atoms in block 154 Block first atom: 4586 Blocpdb> 35 atoms in block 155 Block first atom: 4616 Blocpdb> 28 atoms in block 156 Block first atom: 4651 Blocpdb> 29 atoms in block 157 Block first atom: 4679 Blocpdb> 28 atoms in block 158 Block first atom: 4708 Blocpdb> 33 atoms in block 159 Block first atom: 4736 Blocpdb> 24 atoms in block 160 Block first atom: 4769 Blocpdb> 36 atoms in block 161 Block first atom: 4793 Blocpdb> 31 atoms in block 162 Block first atom: 4829 Blocpdb> 36 atoms in block 163 Block first atom: 4860 Blocpdb> 30 atoms in block 164 Block first atom: 4896 Blocpdb> 28 atoms in block 165 Block first atom: 4926 Blocpdb> 33 atoms in block 166 Block first atom: 4954 Blocpdb> 27 atoms in block 167 Block first atom: 4987 Blocpdb> 34 atoms in block 168 Block first atom: 5014 Blocpdb> 33 atoms in block 169 Block first atom: 5048 Blocpdb> 33 atoms in block 170 Block first atom: 5081 Blocpdb> 29 atoms in block 171 Block first atom: 5114 Blocpdb> 25 atoms in block 172 Block first atom: 5143 Blocpdb> 30 atoms in block 173 Block first atom: 5168 Blocpdb> 27 atoms in block 174 Block first atom: 5198 Blocpdb> 31 atoms in block 175 Block first atom: 5225 Blocpdb> 37 atoms in block 176 Block first atom: 5256 Blocpdb> 23 atoms in block 177 Block first atom: 5293 Blocpdb> 31 atoms in block 178 Block first atom: 5316 Blocpdb> 32 atoms in block 179 Block first atom: 5347 Blocpdb> 36 atoms in block 180 Block first atom: 5379 Blocpdb> 30 atoms in block 181 Block first atom: 5415 Blocpdb> 26 atoms in block 182 Block first atom: 5445 Blocpdb> 32 atoms in block 183 Block first atom: 5471 Blocpdb> 32 atoms in block 184 Block first atom: 5503 Blocpdb> 39 atoms in block 185 Block first atom: 5535 Blocpdb> 35 atoms in block 186 Block first atom: 5574 Blocpdb> 25 atoms in block 187 Block first atom: 5608 Blocpdb> 187 blocks. Blocpdb> At most, 42 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 2059933 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 16899 Prepmat> Matrix trace = 4502840.0000 Prepmat> Last element read: 16899 16899 41.5337 Prepmat> 17579 lines saved. Prepmat> 15861 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5633 RTB> Total mass = 5633.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 5633 RTB> Number of blocks = 187 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 215465.9758 RTB> 59007 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1122 Diagstd> Nb of non-zero elements: 59007 Diagstd> Projected matrix trace = 215465.9758 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1122 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 215465.9758 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.2545747 0.3852649 0.5016294 0.8297133 0.9590132 1.6709192 2.1123364 2.2539620 2.6937738 3.2652957 3.6964544 3.7066205 4.5410593 4.7959232 5.4910383 5.7281594 6.0582202 6.6261081 7.3450193 8.5156088 9.0983476 9.4047417 9.7510204 9.9828745 10.7755469 11.0907939 11.4059076 11.7228565 12.0459994 12.3878462 12.7232344 13.3844708 13.7054179 14.0192610 14.7183333 15.2644024 15.6509979 15.9230157 16.5254121 16.8286564 16.9729541 17.5983672 18.1800198 18.6156474 18.7801441 19.8524954 20.0306646 20.3098983 20.7564988 21.5715445 21.9056381 22.4404695 22.6846704 23.0030697 23.4146586 23.6417063 24.1423708 24.9973608 25.3348209 25.4534909 25.9582521 26.1226608 26.5620409 26.7366247 27.3069513 27.7156629 28.1549713 28.4786028 28.7095847 29.7089659 29.9417201 30.0408717 30.3227241 30.5928164 30.9245028 32.0516148 32.2547928 32.9364071 33.1766760 33.5956951 33.9704607 34.2294476 34.5401605 35.1069691 35.4380138 35.5849923 35.9352231 36.2074947 36.2516368 37.1029547 37.8432781 38.2266570 38.6427046 38.9679481 39.1740940 39.4792472 39.9966452 40.1566849 40.5325426 40.7370610 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034317 0.0034323 0.0034337 0.0034340 0.0034343 0.0034359 54.7901990 67.4023419 76.9107022 98.9143535 106.3426718 140.3695823 157.8253731 163.0303931 178.2279619 196.2259938 208.7795484 209.0664482 231.4056000 237.8106998 254.4617543 259.8979341 267.2808277 279.5274994 294.3010083 316.8860575 327.5491989 333.0187730 339.0941615 343.1018712 356.4633958 361.6401144 366.7416245 371.8022424 376.8918089 382.2022001 387.3415129 397.2792495 402.0142259 406.5910747 416.6051141 424.2630239 429.6020025 433.3192093 441.4397420 445.4715795 447.3773556 455.5451930 463.0122237 468.5267076 470.5922167 483.8411840 486.0074876 489.3833103 494.7346518 504.3545006 508.2451405 514.4121879 517.2035740 520.8206292 525.4594362 528.0009315 533.5624258 542.9281498 546.5805834 547.8591975 553.2647533 555.0140609 559.6622327 561.4984610 567.4556022 571.6864720 576.1994305 579.5015733 581.8469139 591.8873364 594.2013758 595.1844080 597.9699881 600.6272205 603.8744338 614.7807177 616.7262137 623.2085330 625.4775347 629.4150109 632.9158892 635.3239474 638.2009642 643.4161364 646.4425980 647.7817644 650.9617233 653.4231522 653.8213390 661.4538195 668.0202919 671.3955214 675.0392691 677.8741131 679.6647731 682.3068188 686.7632754 688.1358857 691.3487853 693.0907883 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5633 Rtb_to_modes> Number of blocs = 187 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9871E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9904E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9986E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0011E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2546 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3853 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5016 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8297 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9590 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.671 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.112 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.254 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.694 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.265 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.696 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.707 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.541 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.796 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.491 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.728 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.058 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.626 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.345 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.516 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.098 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.405 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.751 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.983 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.74 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1122 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99996 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 0.99996 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 0.99997 0.99999 1.00004 0.99997 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00003 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 0.99996 0.99998 1.00000 1.00000 1.00003 1.00001 1.00003 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 101394 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99996 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 0.99997 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 0.99996 1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 0.99997 0.99999 1.00004 0.99997 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00003 0.99998 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 0.99996 0.99998 1.00000 1.00000 1.00003 1.00001 1.00003 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4:-0.000 0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 22092722260083457.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 22092722260083457.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 22092722260083457.atom Openam> file on opening on unit 11: 22092722260083457.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 742 First residue number = 554 Last residue number = 168 Number of atoms found = 5633 Mean number per residue = 7.6 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9871E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9904E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0011E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2546 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3853 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5016 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8297 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9590 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.671 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.112 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.254 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.694 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.265 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.696 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.707 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.541 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.796 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.491 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.728 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.058 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.626 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.345 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.516 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.098 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.405 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.751 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.983 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.74 Bfactors> 106 vectors, 16899 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.254600 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.296 for 742 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.058 +/- 0.19 Bfactors> = 135.027 +/- 30.08 Bfactors> Shiftng-fct= 134.969 Bfactors> Scaling-fct= 160.409 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 22092722260083457.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 22092722260083457.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4316E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4357E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 98.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 106.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 231.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 371.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 445.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 470.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.0 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Chkmod> That is: 5633 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. 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plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22092722260083457.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22092722260083457.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 22092722260083457 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure 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0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=0 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=20 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=40 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=60 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=80 22092722260083457.eigenfacs 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100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 22092722260083457 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=0 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=20 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=40 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=60 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MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 22092722260083457 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=0 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=20 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=40 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=60 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=80 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom calculating perturbed structure for DQ=100 22092722260083457.eigenfacs 22092722260083457.atom making animated gifs 11 models are in 22092722260083457.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22092722260083457.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22092722260083457.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 22092722260083457.10.pdb 22092722260083457.11.pdb 22092722260083457.7.pdb 22092722260083457.8.pdb 22092722260083457.9.pdb STDERR: real 0m23.235s user 0m23.160s sys 0m0.040s pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing 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