CNRS Nantes University UFIP UFIP
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.


***  fii_egf1  ***

LOGs for ID: 220707022117141237

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 220707022117141237.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 220707022117141237.atom to be opened. Openam> File opened: 220707022117141237.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 125 First residue number = 1 Last residue number = 125 Number of atoms found = 1217 Mean number per residue = 9.7 Pdbmat> Coordinate statistics: = -11.422619 +/- 7.622408 From: -31.042000 To: 7.968000 = -0.551425 +/- 8.255150 From: -18.679000 To: 17.768000 = 19.880094 +/- 13.153936 From: -10.420000 To: 43.487000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 7.3668 % Filled. Pdbmat> 491126 non-zero elements. Pdbmat> 53766 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 88.36 +/- 27.59 Maximum number = 152 Minimum number = 20 Pdbmat> Matrix trace = 1.075320E+06 Pdbmat> Larger element = 577.634 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 125 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 220707022117141237.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 220707022117141237.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 220707022117141237.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1217 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 125 residues. Blocpdb> 8 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 11 atoms in block 2 Block first atom: 9 Blocpdb> 9 atoms in block 3 Block first atom: 20 Blocpdb> 12 atoms in block 4 Block first atom: 29 Blocpdb> 9 atoms in block 5 Block first atom: 41 Blocpdb> 10 atoms in block 6 Block first atom: 50 Blocpdb> 10 atoms in block 7 Block first atom: 60 Blocpdb> 8 atoms in block 8 Block first atom: 70 Blocpdb> 17 atoms in block 9 Block first atom: 78 Blocpdb> 13 atoms in block 10 Block first atom: 95 Blocpdb> 5 atoms in block 11 Block first atom: 108 Blocpdb> 11 atoms in block 12 Block first atom: 113 Blocpdb> 9 atoms in block 13 Block first atom: 124 Blocpdb> 10 atoms in block 14 Block first atom: 133 Blocpdb> 17 atoms in block 15 Block first atom: 143 Blocpdb> 10 atoms in block 16 Block first atom: 160 Blocpdb> 7 atoms in block 17 Block first atom: 170 Blocpdb> 8 atoms in block 18 Block first atom: 177 Blocpdb> 10 atoms in block 19 Block first atom: 185 Blocpdb> 10 atoms in block 20 Block first atom: 195 Blocpdb> 9 atoms in block 21 Block first atom: 205 Blocpdb> 7 atoms in block 22 Block first atom: 214 Blocpdb> 8 atoms in block 23 Block first atom: 221 Blocpdb> 14 atoms in block 24 Block first atom: 229 Blocpdb> 10 atoms in block 25 Block first atom: 243 Blocpdb> 10 atoms in block 26 Block first atom: 253 Blocpdb> 6 atoms in block 27 Block first atom: 263 Blocpdb> 12 atoms in block 28 Block first atom: 269 Blocpdb> 10 atoms in block 29 Block first atom: 281 Blocpdb> 6 atoms in block 30 Block first atom: 291 Blocpdb> 9 atoms in block 31 Block first atom: 297 Blocpdb> 10 atoms in block 32 Block first atom: 306 Blocpdb> 8 atoms in block 33 Block first atom: 316 Blocpdb> 8 atoms in block 34 Block first atom: 324 Blocpdb> 9 atoms in block 35 Block first atom: 332 Blocpdb> 6 atoms in block 36 Block first atom: 341 Blocpdb> 9 atoms in block 37 Block first atom: 347 Blocpdb> 9 atoms in block 38 Block first atom: 356 Blocpdb> 8 atoms in block 39 Block first atom: 365 Blocpdb> 12 atoms in block 40 Block first atom: 373 Blocpdb> 16 atoms in block 41 Block first atom: 385 Blocpdb> 6 atoms in block 42 Block first atom: 401 Blocpdb> 13 atoms in block 43 Block first atom: 407 Blocpdb> 14 atoms in block 44 Block first atom: 420 Blocpdb> 9 atoms in block 45 Block first atom: 434 Blocpdb> 6 atoms in block 46 Block first atom: 443 Blocpdb> 7 atoms in block 47 Block first atom: 449 Blocpdb> 6 atoms in block 48 Block first atom: 456 Blocpdb> 10 atoms in block 49 Block first atom: 462 Blocpdb> 5 atoms in block 50 Block first atom: 472 Blocpdb> 9 atoms in block 51 Block first atom: 477 Blocpdb> 5 atoms in block 52 Block first atom: 486 Blocpdb> 9 atoms in block 53 Block first atom: 491 Blocpdb> 11 atoms in block 54 Block first atom: 500 Blocpdb> 14 atoms in block 55 Block first atom: 511 Blocpdb> 17 atoms in block 56 Block first atom: 525 Blocpdb> 5 atoms in block 57 Block first atom: 542 Blocpdb> 11 atoms in block 58 Block first atom: 547 Blocpdb> 8 atoms in block 59 Block first atom: 558 Blocpdb> 11 atoms in block 60 Block first atom: 566 Blocpdb> 9 atoms in block 61 Block first atom: 577 Blocpdb> 9 atoms in block 62 Block first atom: 586 Blocpdb> 17 atoms in block 63 Block first atom: 595 Blocpdb> 8 atoms in block 64 Block first atom: 612 Blocpdb> 5 atoms in block 65 Block first atom: 620 Blocpdb> 9 atoms in block 66 Block first atom: 625 Blocpdb> 10 atoms in block 67 Block first atom: 634 Blocpdb> 7 atoms in block 68 Block first atom: 644 Blocpdb> 12 atoms in block 69 Block first atom: 651 Blocpdb> 9 atoms in block 70 Block first atom: 663 Blocpdb> 16 atoms in block 71 Block first atom: 672 Blocpdb> 17 atoms in block 72 Block first atom: 688 Blocpdb> 8 atoms in block 73 Block first atom: 705 Blocpdb> 17 atoms in block 74 Block first atom: 713 Blocpdb> 14 atoms in block 75 Block first atom: 730 Blocpdb> 7 atoms in block 76 Block first atom: 744 Blocpdb> 11 atoms in block 77 Block first atom: 751 Blocpdb> 13 atoms in block 78 Block first atom: 762 Blocpdb> 7 atoms in block 79 Block first atom: 775 Blocpdb> 10 atoms in block 80 Block first atom: 782 Blocpdb> 9 atoms in block 81 Block first atom: 792 Blocpdb> 11 atoms in block 82 Block first atom: 801 Blocpdb> 8 atoms in block 83 Block first atom: 812 Blocpdb> 9 atoms in block 84 Block first atom: 820 Blocpdb> 9 atoms in block 85 Block first atom: 829 Blocpdb> 11 atoms in block 86 Block first atom: 838 Blocpdb> 7 atoms in block 87 Block first atom: 849 Blocpdb> 5 atoms in block 88 Block first atom: 856 Blocpdb> 6 atoms in block 89 Block first atom: 861 Blocpdb> 9 atoms in block 90 Block first atom: 867 Blocpdb> 9 atoms in block 91 Block first atom: 876 Blocpdb> 12 atoms in block 92 Block first atom: 885 Blocpdb> 10 atoms in block 93 Block first atom: 897 Blocpdb> 11 atoms in block 94 Block first atom: 907 Blocpdb> 12 atoms in block 95 Block first atom: 918 Blocpdb> 7 atoms in block 96 Block first atom: 930 Blocpdb> 17 atoms in block 97 Block first atom: 937 Blocpdb> 11 atoms in block 98 Block first atom: 954 Blocpdb> 7 atoms in block 99 Block first atom: 965 Blocpdb> 9 atoms in block 100 Block first atom: 972 Blocpdb> 8 atoms in block 101 Block first atom: 981 Blocpdb> 8 atoms in block 102 Block first atom: 989 Blocpdb> 9 atoms in block 103 Block first atom: 997 Blocpdb> 9 atoms in block 104 Block first atom: 1006 Blocpdb> 5 atoms in block 105 Block first atom: 1015 Blocpdb> 7 atoms in block 106 Block first atom: 1020 Blocpdb> 16 atoms in block 107 Block first atom: 1027 Blocpdb> 7 atoms in block 108 Block first atom: 1043 Blocpdb> 14 atoms in block 109 Block first atom: 1050 Blocpdb> 9 atoms in block 110 Block first atom: 1064 Blocpdb> 9 atoms in block 111 Block first atom: 1073 Blocpdb> 9 atoms in block 112 Block first atom: 1082 Blocpdb> 7 atoms in block 113 Block first atom: 1091 Blocpdb> 9 atoms in block 114 Block first atom: 1098 Blocpdb> 8 atoms in block 115 Block first atom: 1107 Blocpdb> 17 atoms in block 116 Block first atom: 1115 Blocpdb> 17 atoms in block 117 Block first atom: 1132 Blocpdb> 12 atoms in block 118 Block first atom: 1149 Blocpdb> 10 atoms in block 119 Block first atom: 1161 Blocpdb> 7 atoms in block 120 Block first atom: 1171 Blocpdb> 8 atoms in block 121 Block first atom: 1178 Blocpdb> 9 atoms in block 122 Block first atom: 1186 Blocpdb> 7 atoms in block 123 Block first atom: 1195 Blocpdb> 8 atoms in block 124 Block first atom: 1202 Blocpdb> 8 atoms in block 125 Block first atom: 1209 Blocpdb> 125 blocks. Blocpdb> At most, 17 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 491251 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 3651 Prepmat> Matrix trace = 1075320.0000 Prepmat> Last element read: 3651 3651 164.7379 Prepmat> 7876 lines saved. Prepmat> 6399 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1217 RTB> Total mass = 1217.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1217 RTB> Number of blocks = 125 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 201502.6535 RTB> 51261 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 750 Diagstd> Nb of non-zero elements: 51261 Diagstd> Projected matrix trace = 201502.6535 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 750 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 201502.6535 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 1.0245652 1.6974157 1.9295436 5.5357185 7.8631590 8.2126055 9.9839802 12.8817467 15.1560049 16.7541695 18.0241275 19.8102852 21.9145521 23.1335992 24.3906707 26.5482030 28.5610554 30.1216936 30.4489940 31.0045881 32.5405264 34.0891868 36.0662368 37.1356493 38.1265420 39.1515266 40.2038341 41.7349567 42.2792020 43.2586935 44.2997691 45.0924821 47.1580674 48.7701847 48.9975423 49.4963911 51.4930213 52.2018077 52.6358919 53.9052702 54.6202666 56.6913473 57.9438689 58.5593733 60.6353723 61.8363818 62.4239157 64.9954138 65.7144364 66.6244043 67.8375310 68.1523732 69.4927075 70.3318577 71.5755030 72.2977672 73.8677744 75.3576314 77.2268928 77.3859570 79.3228444 80.6915875 82.5094245 83.4836270 84.4024910 85.2395868 87.3361568 89.5260242 89.8791474 90.7503197 91.1095946 91.5711899 92.5644627 93.1325517 94.5062760 95.5685824 96.6242248 97.1782846 97.7298042 98.3305689 98.5531367 99.8909384 101.2000990 103.2203368 104.8858375 105.3409908 105.7056597 106.8748880 107.0406513 107.4651284 108.9626028 109.5487542 110.8447089 111.0933116 111.2455881 113.7719866 113.9660162 114.4842674 115.3595887 115.8880920 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034320 0.0034338 0.0034341 0.0034342 0.0034343 0.0034347 109.9170553 141.4781555 150.8421024 255.4949260 304.5045654 311.1972580 343.1208715 389.7468890 422.7539253 444.4846141 461.0228016 483.3265411 508.3485391 522.2962215 536.2992028 559.5164320 580.3398678 595.9845113 599.2137281 604.6558557 619.4518684 634.0209384 652.1472916 661.7451864 670.5157580 679.4689739 688.5397479 701.5284110 706.0877405 714.2199540 722.7631660 729.2011602 745.7156881 758.3548704 760.1204706 763.9801021 779.2368235 784.5814785 787.8368187 797.2800445 802.5501644 817.6240721 826.6068981 830.9855852 845.5870136 853.9202551 857.9673952 875.4606631 880.2898089 886.3636756 894.3969238 896.4700234 905.2424191 910.6915874 918.7079713 923.3316502 933.3032696 942.6682937 954.2882159 955.2704838 967.1512998 975.4598764 986.3863629 992.1924883 997.6378376 1002.5728695 1014.8277135 1027.4718431 1029.4962103 1034.4734814 1036.5191672 1039.1415465 1044.7621309 1047.9631979 1055.6637415 1061.5803038 1067.4272647 1070.4832954 1073.5166744 1076.8111804 1078.0291540 1085.3213011 1092.4102058 1103.2601105 1112.1252608 1114.5356888 1116.4631692 1122.6208828 1123.4911397 1125.7165767 1133.5325997 1136.5773624 1143.2804148 1144.5617723 1145.3459340 1158.2783828 1159.2656405 1161.8984838 1166.3318347 1169.0004724 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1217 Rtb_to_modes> Number of blocs = 125 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9887E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.025 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.697 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.930 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.536 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.863 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.213 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.984 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.9 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 750 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00003 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000 0.99997 0.99998 0.99997 0.99998 1.00002 0.99997 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 0.99997 1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002 1.00002 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 21906 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00003 1.00003 0.99999 1.00000 1.00000 0.99997 0.99998 0.99997 0.99998 1.00002 0.99997 0.99998 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 0.99997 1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 1.00002 1.00002 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000 0.000 Vector 4: 0.000 0.000 0.000 Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 220707022117141237.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 220707022117141237.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 220707022117141237.atom Openam> file on opening on unit 11: 220707022117141237.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 125 First residue number = 1 Last residue number = 125 Number of atoms found = 1217 Mean number per residue = 9.7 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9887E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.025 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.697 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.930 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.536 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.863 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.213 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.984 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.9 Bfactors> 106 vectors, 3651 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.025000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 0.045 +/- 0.04 Bfactors> = 0.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= -0.045 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 220707022117141237.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 220707022117141237.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 634.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 670.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 745.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 779.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 831.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 845.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 853.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 875.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 880.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 894.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 905.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 918.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 923.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 933.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 942.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 954.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 955.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 967.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 975.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 986.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 992.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1003. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1015. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1027. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1029. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1034. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1036. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1039. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1045. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1048. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1056. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1062. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1067. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1070. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1073. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1077. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1078. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1085. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1092. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1103. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1112. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1114. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1116. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1123. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1123. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1126. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1134. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1136. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1143. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1159. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1162. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1166. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1169. Chkmod> 106 vectors, 3651 coordinates in file. Chkmod> That is: 1217 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 1.0001 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.8333 0.0034 0.7018 0.0034 0.9616 0.0034 0.9506 0.0034 0.8593 0.0034 0.7495 109.9357 0.6607 141.4548 0.4510 150.8535 0.6855 255.4905 0.5288 304.4884 0.6155 311.1914 0.5128 343.1065 0.1795 389.7037 0.3664 422.7915 0.5949 444.4102 0.4127 460.9502 0.2147 483.3023 0.2786 508.2739 0.2118 522.2332 0.3391 536.2688 0.2942 559.5113 0.3695 580.3042 0.2586 595.9422 0.0886 599.1979 0.2513 604.5852 0.4518 619.4203 0.0665 634.0013 0.5687 652.1533 0.3557 661.7555 0.2903 670.5174 0.3136 679.4266 0.4890 688.4774 0.5080 701.4566 0.1947 706.0641 0.2126 714.2001 0.2252 722.7340 0.1584 729.1498 0.3362 745.6990 0.4893 758.3209 0.1702 760.1069 0.2433 763.9752 0.4246 779.1805 0.5724 784.5342 0.3510 787.8337 0.3974 797.2808 0.5020 802.5138 0.4147 817.5793 0.4722 826.5438 0.5660 830.9544 0.3442 845.5830 0.3076 853.9086 0.2711 857.9037 0.3361 875.4540 0.3317 880.2223 0.5854 886.2963 0.4895 894.3748 0.3333 896.4159 0.4429 905.1859 0.4039 910.6405 0.2085 918.6974 0.2895 923.3063 0.2998 933.2773 0.3923 942.6426 0.3222 954.2664 0.4658 955.2544 0.3002 967.0924 0.4350 975.4084 0.2938 986.3475 0.3783 992.1283 0.4104 997.5803 0.1970 1002.5323 0.2418 1014.8065 0.4660 1027.4505 0.3578 1029.4569 0.3083 1034.4273 0.2982 1036.4770 0.2973 1039.0902 0.4706 1044.6921 0.4319 1047.9039 0.4632 1055.6392 0.4278 1061.5426 0.2528 1067.3581 0.1203 1070.4468 0.2007 1073.4717 0.0880 1076.7618 0.2021 1077.9657 0.3851 1085.2696 0.3920 1092.3628 0.3402 1103.1041 0.3369 1112.1526 0.2574 1114.2710 0.0687 1116.3854 0.3138 1122.7046 0.2749 1123.2296 0.3284 1125.8509 0.4162 1133.6784 0.2148 1136.2756 0.2885 1143.0008 0.1014 1144.5471 0.3168 1145.0621 0.2742 1158.3712 0.3400 1159.3887 0.3939 1161.9284 0.3814 1166.4860 0.2911 1169.0103 0.1829 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 12 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 12 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 12 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.12.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.12.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.12.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 13 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 13 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 13 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.13.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.13.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.13.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 14 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 14 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 14 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.14.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.14.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.14.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 15 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 15 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 15 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.15.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.15.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.15.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 16 running: ../../bin/get_modes.sh 220707022117141237 16 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 16 calculating perturbed structure for DQ=-100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=0 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=20 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=40 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=60 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=80 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom calculating perturbed structure for DQ=100 220707022117141237.eigenfacs 220707022117141237.atom making animated gifs 11 models are in 220707022117141237.16.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.16.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 220707022117141237.16.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 220707022117141237.10.pdb 220707022117141237.11.pdb 220707022117141237.12.pdb 220707022117141237.13.pdb 220707022117141237.14.pdb 220707022117141237.15.pdb 220707022117141237.16.pdb 220707022117141237.7.pdb 220707022117141237.8.pdb 220707022117141237.9.pdb STDERR: real 0m5.126s user 0m5.096s sys 0m0.004s pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: October 18th, 2018.