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***  IPknot  ***

LOGs for ID: 22022821345290813

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 22022821345290813.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 22022821345290813.atom to be opened. Openam> File opened: 22022821345290813.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 60 First residue number = 1 Last residue number = 60 Number of atoms found = 1923 Mean number per residue = 32.0 Pdbmat> Coordinate statistics: = -26.589841 +/- 14.653300 From: -55.562000 To: 2.627000 = -30.796764 +/- 14.490851 From: -61.828000 To: 2.632000 = -18.993560 +/- 14.182158 From: -48.045000 To: 7.487000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'C ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'U ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> ........ %Pdbmat-W> 60 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 5.3014 % Filled. Pdbmat> 882337 non-zero elements. Pdbmat> 96771 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 100.65 +/- 28.15 Maximum number = 168 Minimum number = 29 Pdbmat> Matrix trace = 1.935420E+06 Pdbmat> Larger element = 683.911 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 60 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 22022821345290813.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 22022821345290813.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 22022821345290813.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1923 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 60 residues. Blocpdb> 32 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 34 atoms in block 2 Block first atom: 33 Blocpdb> 34 atoms in block 3 Block first atom: 67 Blocpdb> 33 atoms in block 4 Block first atom: 101 Blocpdb> 34 atoms in block 5 Block first atom: 134 Blocpdb> 33 atoms in block 6 Block first atom: 168 Blocpdb> 31 atoms in block 7 Block first atom: 201 Blocpdb> 33 atoms in block 8 Block first atom: 232 Blocpdb> 30 atoms in block 9 Block first atom: 265 Blocpdb> 34 atoms in block 10 Block first atom: 295 Blocpdb> 30 atoms in block 11 Block first atom: 329 Blocpdb> 31 atoms in block 12 Block first atom: 359 Blocpdb> 31 atoms in block 13 Block first atom: 390 Blocpdb> 30 atoms in block 14 Block first atom: 421 Blocpdb> 33 atoms in block 15 Block first atom: 451 Blocpdb> 31 atoms in block 16 Block first atom: 484 Blocpdb> 30 atoms in block 17 Block first atom: 515 Blocpdb> 34 atoms in block 18 Block first atom: 545 Blocpdb> 30 atoms in block 19 Block first atom: 579 Blocpdb> 30 atoms in block 20 Block first atom: 609 Blocpdb> 31 atoms in block 21 Block first atom: 639 Blocpdb> 33 atoms in block 22 Block first atom: 670 Blocpdb> 33 atoms in block 23 Block first atom: 703 Blocpdb> 34 atoms in block 24 Block first atom: 736 Blocpdb> 31 atoms in block 25 Block first atom: 770 Blocpdb> 31 atoms in block 26 Block first atom: 801 Blocpdb> 30 atoms in block 27 Block first atom: 832 Blocpdb> 31 atoms in block 28 Block first atom: 862 Blocpdb> 31 atoms in block 29 Block first atom: 893 Blocpdb> 33 atoms in block 30 Block first atom: 924 Blocpdb> 33 atoms in block 31 Block first atom: 957 Blocpdb> 34 atoms in block 32 Block first atom: 990 Blocpdb> 31 atoms in block 33 Block first atom: 1024 Blocpdb> 30 atoms in block 34 Block first atom: 1055 Blocpdb> 34 atoms in block 35 Block first atom: 1085 Blocpdb> 30 atoms in block 36 Block first atom: 1119 Blocpdb> 34 atoms in block 37 Block first atom: 1149 Blocpdb> 31 atoms in block 38 Block first atom: 1183 Blocpdb> 31 atoms in block 39 Block first atom: 1214 Blocpdb> 30 atoms in block 40 Block first atom: 1245 Blocpdb> 30 atoms in block 41 Block first atom: 1275 Blocpdb> 34 atoms in block 42 Block first atom: 1305 Blocpdb> 34 atoms in block 43 Block first atom: 1339 Blocpdb> 34 atoms in block 44 Block first atom: 1373 Blocpdb> 30 atoms in block 45 Block first atom: 1407 Blocpdb> 34 atoms in block 46 Block first atom: 1437 Blocpdb> 34 atoms in block 47 Block first atom: 1471 Blocpdb> 31 atoms in block 48 Block first atom: 1505 Blocpdb> 30 atoms in block 49 Block first atom: 1536 Blocpdb> 30 atoms in block 50 Block first atom: 1566 Blocpdb> 30 atoms in block 51 Block first atom: 1596 Blocpdb> 34 atoms in block 52 Block first atom: 1626 Blocpdb> 34 atoms in block 53 Block first atom: 1660 Blocpdb> 34 atoms in block 54 Block first atom: 1694 Blocpdb> 34 atoms in block 55 Block first atom: 1728 Blocpdb> 31 atoms in block 56 Block first atom: 1762 Blocpdb> 33 atoms in block 57 Block first atom: 1793 Blocpdb> 30 atoms in block 58 Block first atom: 1826 Blocpdb> 34 atoms in block 59 Block first atom: 1856 Blocpdb> 34 atoms in block 60 Block first atom: 1889 Blocpdb> 60 blocks. Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 30 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 882397 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 5769 Prepmat> Matrix trace = 1935420.0000 Prepmat> Last element read: 5769 5769 44.8067 Prepmat> 1831 lines saved. Prepmat> 1505 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1923 RTB> Total mass = 1923.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1923 RTB> Number of blocks = 60 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 90351.2416 RTB> 10800 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 360 Diagstd> Nb of non-zero elements: 10800 Diagstd> Projected matrix trace = 90351.2416 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 360 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 90351.2416 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0624858 0.0933766 0.1903367 0.2073033 0.3271057 0.3442145 0.7017880 1.0613689 1.2938812 1.5975888 2.1661994 2.4079907 2.5526877 4.0894589 5.3951194 6.1574279 6.6615527 7.1687533 9.5404616 11.1245047 12.9238929 14.2436839 14.5260739 18.6371334 20.1025197 22.2540632 23.7764619 25.8078851 26.2432207 27.5096907 27.9620240 29.4690974 29.8452104 30.6885677 33.9789293 35.1599811 36.8720827 37.9313995 39.9271636 40.5001434 43.4611554 46.6315548 47.6366719 48.4912423 49.5596427 50.4132478 51.3802371 52.5962215 54.6846171 56.0283227 57.1128143 57.9704330 58.9236820 60.8772903 61.5440999 63.4299376 64.3513109 65.5643148 65.7930608 67.2272895 68.1764612 69.0635630 70.9474004 72.7484033 74.5059230 76.5634249 76.9416158 77.4435350 80.0624248 80.4117471 82.0224374 83.8975674 85.3875568 87.1966771 88.6618277 89.1210229 91.0250501 92.6756437 94.1096311 94.3721648 96.3515262 98.3465240 99.7875534 102.1130300 103.7465638 105.4761910 106.4897166 107.2654046 108.7335781 111.0678162 111.6642801 112.2310232 113.0329929 115.6467546 117.2732328 121.1505754 123.4998966 125.3803958 127.0721194 128.8884363 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034324 0.0034328 0.0034336 0.0034339 0.0034346 0.0034347 27.1447467 33.1828967 47.3758026 49.4422640 62.1068220 63.7103355 90.9700084 111.8738167 123.5214766 137.2548750 159.8249203 168.5088393 173.4978600 219.5979121 252.2294603 269.4603975 280.2741299 290.7482429 335.4130649 362.1893044 390.3839508 409.8325455 413.8752018 468.7970149 486.8784237 512.2711980 529.5035733 551.6599915 556.2933222 569.5582333 574.2216758 589.4930611 593.2429730 601.5664264 632.9947753 643.9017374 659.3926701 668.7976120 686.1664983 691.0724198 715.8893709 741.5411027 749.4902480 756.1830450 764.4680925 771.0235070 778.3829818 787.5398763 803.0227847 812.8288151 820.6577228 826.7963530 833.5664349 847.2721610 851.8997532 864.8532511 871.1119662 879.2837432 880.8162655 890.3650026 896.6284349 902.4429787 914.6680807 926.2047695 937.3260344 950.1801565 952.5240097 955.6257960 971.6495409 973.7669475 983.4711298 994.6492619 1003.4426911 1014.0170274 1022.5007145 1025.1451505 1036.0381400 1045.3893847 1053.4460907 1054.9144447 1065.9199226 1076.8985385 1084.7595134 1097.3264859 1106.0687974 1115.2506866 1120.5961239 1124.6700184 1132.3407065 1144.4304292 1147.4992633 1150.4075984 1154.5105179 1167.7826140 1175.9659010 1195.2479865 1206.7813150 1215.9342691 1224.1099189 1232.8273420 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1923 Rtb_to_modes> Number of blocs = 60 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9911E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9931E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9995E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.2486E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.3377E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1903 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2073 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3271 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3442 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7018 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.061 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.294 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.598 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.166 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.408 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.553 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.089 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.395 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.157 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.662 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.169 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.540 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.9 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 360 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00001 1.00001 1.00002 0.99997 0.99995 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00004 0.99997 1.00001 1.00005 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 0.99995 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003 1.00003 0.99996 1.00003 1.00000 1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 1.00002 0.99997 0.99996 1.00000 1.00000 0.99998 1.00003 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00003 1.00000 1.00003 0.99998 0.99998 0.99997 1.00001 1.00000 1.00004 1.00006 0.99995 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 1.00002 0.99995 0.99999 1.00003 1.00003 1.00000 1.00000 0.99998 1.00003 1.00003 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001 0.99998 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003 0.99997 1.00003 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00003 0.99998 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 34614 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 1.00001 1.00002 0.99997 0.99995 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00004 0.99997 1.00001 1.00005 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000 0.99995 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00003 1.00003 0.99996 1.00003 1.00000 1.00001 1.00002 0.99998 0.99999 1.00002 0.99997 0.99996 1.00000 1.00000 0.99998 1.00003 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00003 1.00000 1.00003 0.99998 0.99998 0.99997 1.00001 1.00000 1.00004 1.00006 0.99995 1.00001 1.00001 1.00003 1.00001 1.00002 0.99995 0.99999 1.00003 1.00003 1.00000 1.00000 0.99998 1.00003 1.00003 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 1.00001 1.00001 0.99998 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003 0.99997 1.00003 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00003 0.99998 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000 0.000 Vector 4: 0.000 0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 22022821345290813.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 22022821345290813.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 22022821345290813.atom Openam> file on opening on unit 11: 22022821345290813.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 60 First residue number = 1 Last residue number = 60 Number of atoms found = 1923 Mean number per residue = 32.0 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9911E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9931E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9995E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.2486E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.3377E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1903 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2073 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3271 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3442 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7018 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.061 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.294 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.598 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.166 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.408 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.553 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.089 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.395 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.157 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.662 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.169 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.540 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.9 Bfactors> 106 vectors, 5769 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.062486 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> 0 negative values found in the B-factors column of pdb file. %Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 22022821345290813.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 22022821345290813.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 27.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 409.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 778.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 803.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 812.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 833.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 864.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 879.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 880.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 890.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 902.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 914.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 926.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 950.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 952.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 955.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 973.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 983.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 994.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1003. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1014. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1022. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1025. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1036. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1045. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1053. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1055. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1066. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1077. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1085. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1097. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1106. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1115. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1121. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1125. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1132. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1148. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1150. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1154. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1167. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1176. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1195. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1207. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1216. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1224. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1233. Chkmod> 106 vectors, 5769 coordinates in file. Chkmod> That is: 1923 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 13 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 58 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 59 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 106 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.8991 0.0034 0.7309 0.0034 0.7300 0.0034 0.9731 0.0034 0.9309 0.0034 0.7176 27.1436 0.7122 33.1815 0.5073 47.3692 0.6473 49.4398 0.6594 62.1036 0.6117 63.7063 0.3254 90.9669 0.5463 111.8496 0.7246 123.5218 0.4536 137.2666 0.4401 159.8107 0.6268 168.5019 0.6150 173.5010 0.6180 219.5762 0.6679 252.2158 0.7079 269.4395 0.6295 280.2715 0.6342 290.7408 0.6769 335.3906 0.5169 362.1004 0.4050 390.3084 0.6424 409.7620 0.5719 413.9134 0.4517 468.8129 0.4956 486.8270 0.2937 512.2024 0.6157 529.5202 0.6472 551.6589 0.3217 556.2353 0.3247 569.5370 0.6210 574.1762 0.6286 589.4768 0.6509 593.2651 0.5003 601.5546 0.2808 632.9776 0.4976 643.8743 0.4249 659.3457 0.5476 668.7566 0.4903 686.1614 0.6443 691.0415 0.3319 715.8491 0.6200 741.4969 0.4915 749.4843 0.3735 756.1409 0.4690 764.4380 0.3523 770.9656 0.4478 778.3478 0.6262 787.5344 0.5041 802.9544 0.5024 812.8061 0.3901 820.6023 0.4972 826.7578 0.5606 833.5046 0.4354 847.2546 0.5892 851.8348 0.6387 864.8166 0.5070 871.0657 0.5657 879.2171 0.4570 880.7580 0.5851 890.3447 0.4011 896.6132 0.4743 902.3810 0.4904 914.6456 0.4875 926.1752 0.4012 937.3114 0.5627 950.1181 0.5771 952.4731 0.5096 955.5630 0.5172 971.5931 0.3309 973.7146 0.6044 983.4143 0.4820 994.6210 0.5304 1003.4140 0.5341 1013.9928 0.5371 1022.4463 0.5928 1025.0953 0.4179 1036.0218 0.3915 1045.3691 0.5594 1053.4029 0.2468 1054.8571 0.5563 1065.8657 0.6271 1076.8713 0.4433 1084.7262 0.5497 1097.2094 0.3673 1105.7731 0.5589 1115.3287 0.4078 1120.6021 0.4499 1124.8031 0.5772 1132.1173 0.2487 1144.5471 0.6348 1147.6335 0.4842 1150.1992 0.5973 1154.2925 0.5386 1167.4964 0.4426 1176.0496 0.4032 1195.4404 0.5411 1206.7300 0.4156 1215.9771 0.3543 1224.1916 0.4805 1232.8297 0.2017 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 22022821345290813 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=0 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=20 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=40 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=60 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=80 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom calculating perturbed structure for DQ=100 22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom making animated gifs 11 models are in 22022821345290813.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22022821345290813.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22022821345290813.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 22022821345290813 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 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22022821345290813.eigenfacs 22022821345290813.atom making animated gifs 11 models are in 22022821345290813.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22022821345290813.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 22022821345290813.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: 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