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***  Essai_Carb  ***

LOGs for ID: 201220001529112825

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 201220001529112825.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 201220001529112825.atom to be opened. Openam> File opened: 201220001529112825.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 21 First residue number = 1 Last residue number = 21 Number of atoms found = 241 Mean number per residue = 11.5 Pdbmat> Coordinate statistics: = 17.086349 +/- 9.249079 From: 0.280000 To: 33.950000 = 19.969295 +/- 10.380802 From: -0.840000 To: 39.120000 = -18.017552 +/- 10.834777 From: -37.630000 To: 0.880000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'ACE ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'NH2 ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> 2 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 20.9410 % Filled. Pdbmat> 54808 non-zero elements. Pdbmat> 5943 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 49.32 +/- 9.11 Maximum number = 67 Minimum number = 18 Pdbmat> Matrix trace = 118860. Pdbmat> Larger element = 324.006 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 21 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 201220001529112825.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 201220001529112825.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 201220001529112825.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 241 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 21 residues. Blocpdb> 6 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 7 atoms in block 2 Block first atom: 7 Blocpdb> 14 atoms in block 3 Block first atom: 14 Blocpdb> 14 atoms in block 4 Block first atom: 28 Blocpdb> 7 atoms in block 5 Block first atom: 42 Blocpdb> 14 atoms in block 6 Block first atom: 49 Blocpdb> 14 atoms in block 7 Block first atom: 63 Blocpdb> 7 atoms in block 8 Block first atom: 77 Blocpdb> 14 atoms in block 9 Block first atom: 84 Blocpdb> 14 atoms in block 10 Block first atom: 98 Blocpdb> 22 atoms in block 11 Block first atom: 112 Blocpdb> 7 atoms in block 12 Block first atom: 134 Blocpdb> 14 atoms in block 13 Block first atom: 141 Blocpdb> 14 atoms in block 14 Block first atom: 155 Blocpdb> 7 atoms in block 15 Block first atom: 169 Blocpdb> 14 atoms in block 16 Block first atom: 176 Blocpdb> 14 atoms in block 17 Block first atom: 190 Blocpdb> 7 atoms in block 18 Block first atom: 204 Blocpdb> 14 atoms in block 19 Block first atom: 211 Blocpdb> 14 atoms in block 20 Block first atom: 225 Blocpdb> 3 atoms in block 21 Block first atom: 238 Blocpdb> 21 blocks. Blocpdb> At most, 22 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 3 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 54829 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 723 Prepmat> Matrix trace = 118860.0000 Prepmat> Last element read: 723 723 35.6298 Prepmat> 232 lines saved. Prepmat> 152 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 241 RTB> Total mass = 241.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 241 RTB> Number of blocks = 21 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 15809.4227 RTB> 2529 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 126 Diagstd> Nb of non-zero elements: 2529 Diagstd> Projected matrix trace = 15809.4227 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 126 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 15809.4227 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0993841 0.1342770 0.5727260 0.7468082 1.0007560 1.6517324 2.1236187 2.8411075 3.7815348 4.3001979 5.6549276 6.3078782 7.0193535 7.6739103 9.3012810 12.0845991 13.3220750 15.0191663 18.2677865 20.6470649 26.5141688 34.6050946 35.8250192 39.3144394 39.9865066 43.7403408 45.3473700 47.6266605 50.9280241 53.3131383 58.0947097 60.6601168 62.2806408 62.3498489 65.4323140 66.2165933 67.6118717 69.1620035 72.0009530 73.7069171 74.5298896 78.0915453 81.9586043 82.6778144 84.3552033 85.8971970 92.8841711 93.4532626 94.4591779 95.1133184 98.6051846 99.5338431 101.5412114 105.5641837 106.3076773 109.6844259 111.9049660 113.0415505 113.1257445 115.3742927 116.5706952 124.1570790 125.1529021 126.8713895 130.2839456 131.1080975 132.9834090 134.4787545 138.4184071 139.3738087 139.7629198 141.4429697 142.1916786 142.3609897 143.3789266 148.1382450 155.7279264 159.9861401 160.6764920 162.4504452 163.6489419 165.3182353 168.1305733 170.4330401 178.7750970 181.8381214 182.8402527 183.9634985 184.9812970 188.3769617 189.3554184 191.8988644 199.0631228 208.9017270 210.0543740 210.6009217 212.2987272 213.8842053 216.0441805 223.3327939 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034336 0.0034338 0.0034339 0.0034339 0.0034340 0.0034340 34.2336923 39.7920354 82.1804915 93.8425510 108.6324008 139.5613394 158.2462942 183.0370959 211.1685943 225.1850221 258.2312534 272.7325223 287.7026333 300.8178753 331.1819520 377.4951740 396.3521496 420.8411453 464.1285070 493.4287398 559.1576725 638.8005781 649.9627930 680.8811701 686.6762273 718.1850520 731.2591823 749.4114867 774.9500195 792.8890215 827.6821199 845.7595328 856.9822298 857.4582496 878.3981648 883.6467756 892.9080937 903.0859027 921.4343597 932.2865174 937.4767791 959.6155765 983.0883677 987.3923858 997.3583284 1006.4327866 1046.5648278 1049.7660279 1055.4006591 1059.0487387 1078.3137806 1083.3796327 1094.2497356 1115.7157843 1119.6379103 1137.2809474 1148.7352818 1154.5542204 1154.9840995 1166.4061641 1172.4382362 1209.9878894 1214.8306559 1223.1427019 1239.4834476 1243.3976377 1252.2585662 1259.2794588 1277.5920594 1281.9936216 1283.7819426 1291.4748799 1294.8884908 1295.6591895 1300.2831737 1321.6877897 1355.1224204 1373.5246584 1376.4848981 1384.0625995 1389.1587573 1396.2258057 1408.0517840 1417.6602935 1451.9404061 1464.3259144 1468.3554067 1472.8587878 1476.9275453 1490.4217315 1494.2874492 1504.2897027 1532.1126085 1569.5179807 1573.8420510 1575.8882378 1582.2276712 1588.1248358 1596.1237742 1622.8244031 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 241 Rtb_to_modes> Number of blocs = 21 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9384E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1343 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5727 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7468 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.001 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.652 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.124 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.841 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.782 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.300 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.655 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.308 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.019 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.674 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.301 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 138.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 143.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 148.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 155.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 162.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 165.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 168.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 170.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 181.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 182.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 184.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 185.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 188.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 189.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 191.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 199.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 208.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 210.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 210.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 212.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 213.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 216.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 223.3 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 126 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00003 1.00000 1.00004 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 0.99993 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000 1.00003 1.00002 0.99996 0.99998 1.00001 1.00003 0.99993 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99996 1.00001 1.00000 0.99997 1.00003 1.00003 0.99997 0.99999 0.99999 0.99995 0.99998 1.00005 1.00000 0.99999 0.99996 1.00002 0.99996 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002 1.00003 0.99998 1.00003 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999 1.00004 1.00004 1.00003 0.99998 0.99998 0.99999 0.99997 1.00000 1.00003 1.00002 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00004 1.00000 1.00000 1.00006 1.00001 1.00004 1.00002 0.99999 1.00001 1.00003 1.00004 0.99998 0.99999 1.00004 0.99995 1.00000 0.99997 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 0.99997 0.99995 0.99999 0.99995 0.99997 1.00003 1.00001 0.99997 0.99999 0.99998 0.99997 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 4338 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00003 1.00000 1.00004 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 0.99993 1.00002 1.00002 1.00003 1.00000 1.00003 1.00002 0.99996 0.99998 1.00001 1.00003 0.99993 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99996 1.00001 1.00000 0.99997 1.00003 1.00003 0.99997 0.99999 0.99999 0.99995 0.99998 1.00005 1.00000 0.99999 0.99996 1.00002 0.99996 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002 1.00003 0.99998 1.00003 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 0.99999 1.00004 1.00004 1.00003 0.99998 0.99998 0.99999 0.99997 1.00000 1.00003 1.00002 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00004 1.00000 1.00000 1.00006 1.00001 1.00004 1.00002 0.99999 1.00001 1.00003 1.00004 0.99998 0.99999 1.00004 0.99995 1.00000 0.99997 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 0.99997 0.99995 0.99999 0.99995 0.99997 1.00003 1.00001 0.99997 0.99999 0.99998 0.99997 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4:-0.000 0.000-0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 201220001529112825.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 201220001529112825.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 201220001529112825.atom Openam> file on opening on unit 11: 201220001529112825.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 21 First residue number = 1 Last residue number = 21 Number of atoms found = 241 Mean number per residue = 11.5 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9384E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1343 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5727 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7468 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.001 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.652 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.124 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.841 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.782 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.300 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.655 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.308 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.019 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.674 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.301 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 138.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 141.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 143.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 162.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 165.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 168.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 170.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 181.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 184.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 185.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 188.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 189.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 191.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 199.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 208.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 210.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 210.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 212.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 213.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 216.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 223.3 Bfactors> 106 vectors, 723 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.099384 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 1.271 +/- 0.91 Bfactors> = 0.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= -1.271 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 201220001529112825.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 201220001529112825.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 183.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 211.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 650.0 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Chkmod> That is: 241 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 8 is: 0.9998 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 27 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 50 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 74 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 75 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 78 is: 1.0002 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 99 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.6595 0.0034 0.8937 0.0034 0.6889 0.0034 0.9352 0.0034 0.8170 0.0034 0.6303 34.2322 0.6776 39.7937 0.6639 82.1751 0.5716 93.8380 0.7442 108.6410 0.7838 139.5667 0.5482 158.2537 0.6691 183.0258 0.7558 211.1725 0.5871 225.1702 0.4162 258.2218 0.8458 272.7234 0.7509 287.6830 0.5384 300.8067 0.5167 331.1627 0.5155 377.4071 0.4518 396.3043 0.1834 420.8348 0.2388 464.1367 0.6227 493.4426 0.7570 559.0897 0.7144 638.8184 0.4100 649.9801 0.3092 680.8135 0.3437 686.6767 0.1674 718.1514 0.5731 731.2490 0.1103 749.4056 0.2955 774.9318 0.6590 792.8316 0.6418 827.6130 0.5933 845.7224 0.5192 856.9410 0.0554 857.4225 0.4336 878.3449 0.1131 883.6316 0.2084 892.8574 0.3416 903.0341 0.2636 921.3887 0.0481 932.2660 0.2006 937.4372 0.1729 959.5649 0.1052 983.0545 0.2617 987.3631 0.2228 997.3439 0.4426 1006.4060 0.1775 1046.4964 0.5607 1049.7026 0.2995 1055.3599 0.4459 1058.9848 0.2627 1078.2938 0.2095 1083.3122 0.4057 1093.9807 0.4462 1115.8571 0.2944 1119.5494 0.3946 1137.3129 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gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 201220001529112825 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=0 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=20 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=40 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for 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300x300 11 models are in 201220001529112825.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 201220001529112825 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 201220001529112825.eigenfacs 201220001529112825.atom calculating perturbed structure for DQ=0 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