CNRS Nantes University UFIP UFIP
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.


***    ***

LOGs for ID: 20092315384935428

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 20092315384935428.atom Pdbmat> Distance cutoff = 10.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 20092315384935428.atom to be opened. Openam> File opened: 20092315384935428.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 58 First residue number = 1 Last residue number = 58 Number of atoms found = 1836 Mean number per residue = 31.7 Pdbmat> Coordinate statistics: = -0.033494 +/- 4.555799 From: -9.804000 To: 9.804000 = 0.052800 +/- 4.484143 From: -10.292000 To: 10.292000 = 47.405422 +/- 28.267136 From: -3.453000 To: 98.092000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> ........ %Pdbmat-W> 58 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 9.8442 % Filled. Pdbmat> 1493548 non-zero elements. Pdbmat> 164863 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 179.59 +/- 49.39 Maximum number = 271 Minimum number = 55 Pdbmat> Matrix trace = 3.297260E+06 Pdbmat> Larger element = 1075.86 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 58 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 20092315384935428.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 20092315384935428.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 20092315384935428.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1836 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 58 residues. Blocpdb> 28 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 33 atoms in block 2 Block first atom: 29 Blocpdb> 30 atoms in block 3 Block first atom: 62 Blocpdb> 30 atoms in block 4 Block first atom: 92 Blocpdb> 33 atoms in block 5 Block first atom: 122 Blocpdb> 30 atoms in block 6 Block first atom: 155 Blocpdb> 30 atoms in block 7 Block first atom: 185 Blocpdb> 32 atoms in block 8 Block first atom: 215 Blocpdb> 33 atoms in block 9 Block first atom: 247 Blocpdb> 30 atoms in block 10 Block first atom: 280 Blocpdb> 33 atoms in block 11 Block first atom: 310 Blocpdb> 32 atoms in block 12 Block first atom: 343 Blocpdb> 30 atoms in block 13 Block first atom: 375 Blocpdb> 32 atoms in block 14 Block first atom: 405 Blocpdb> 32 atoms in block 15 Block first atom: 437 Blocpdb> 30 atoms in block 16 Block first atom: 469 Blocpdb> 33 atoms in block 17 Block first atom: 499 Blocpdb> 32 atoms in block 18 Block first atom: 532 Blocpdb> 32 atoms in block 19 Block first atom: 564 Blocpdb> 30 atoms in block 20 Block first atom: 596 Blocpdb> 32 atoms in block 21 Block first atom: 626 Blocpdb> 30 atoms in block 22 Block first atom: 658 Blocpdb> 33 atoms in block 23 Block first atom: 688 Blocpdb> 32 atoms in block 24 Block first atom: 721 Blocpdb> 30 atoms in block 25 Block first atom: 753 Blocpdb> 32 atoms in block 26 Block first atom: 783 Blocpdb> 32 atoms in block 27 Block first atom: 815 Blocpdb> 32 atoms in block 28 Block first atom: 847 Blocpdb> 31 atoms in block 29 Block first atom: 879 Blocpdb> 31 atoms in block 30 Block first atom: 910 Blocpdb> 32 atoms in block 31 Block first atom: 941 Blocpdb> 32 atoms in block 32 Block first atom: 973 Blocpdb> 32 atoms in block 33 Block first atom: 1005 Blocpdb> 33 atoms in block 34 Block first atom: 1037 Blocpdb> 32 atoms in block 35 Block first atom: 1070 Blocpdb> 30 atoms in block 36 Block first atom: 1102 Blocpdb> 33 atoms in block 37 Block first atom: 1132 Blocpdb> 32 atoms in block 38 Block first atom: 1165 Blocpdb> 33 atoms in block 39 Block first atom: 1197 Blocpdb> 32 atoms in block 40 Block first atom: 1230 Blocpdb> 32 atoms in block 41 Block first atom: 1262 Blocpdb> 30 atoms in block 42 Block first atom: 1294 Blocpdb> 33 atoms in block 43 Block first atom: 1324 Blocpdb> 32 atoms in block 44 Block first atom: 1357 Blocpdb> 32 atoms in block 45 Block first atom: 1389 Blocpdb> 33 atoms in block 46 Block first atom: 1421 Blocpdb> 32 atoms in block 47 Block first atom: 1454 Blocpdb> 30 atoms in block 48 Block first atom: 1486 Blocpdb> 33 atoms in block 49 Block first atom: 1516 Blocpdb> 30 atoms in block 50 Block first atom: 1549 Blocpdb> 32 atoms in block 51 Block first atom: 1579 Blocpdb> 33 atoms in block 52 Block first atom: 1611 Blocpdb> 33 atoms in block 53 Block first atom: 1644 Blocpdb> 30 atoms in block 54 Block first atom: 1677 Blocpdb> 33 atoms in block 55 Block first atom: 1707 Blocpdb> 33 atoms in block 56 Block first atom: 1740 Blocpdb> 30 atoms in block 57 Block first atom: 1773 Blocpdb> 34 atoms in block 58 Block first atom: 1802 Blocpdb> 58 blocks. Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 28 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1493606 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 5508 Prepmat> Matrix trace = 3297260.0000 Prepmat> Last element read: 5508 5508 214.7744 Prepmat> 1712 lines saved. Prepmat> 1299 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1836 RTB> Total mass = 1836.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1836 RTB> Number of blocks = 58 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 177210.8008 RTB> 13962 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 348 Diagstd> Nb of non-zero elements: 13962 Diagstd> Projected matrix trace = 177210.8008 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 348 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 177210.8008 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.3373754 0.3556557 2.0984767 2.1328281 2.6074061 4.0200077 5.5051287 6.4582523 10.9081490 12.2581504 17.2922282 24.8637810 27.6099415 35.7422817 40.8236023 42.1197680 47.6323065 58.1899191 59.8886719 72.4918876 76.2098099 77.8834076 91.5337356 92.8882110 103.6825266 110.3070075 113.1970906 117.0860594 125.0804630 133.6190710 134.4788137 147.0722576 152.8385299 158.0190689 159.9877818 169.0932944 178.0309363 182.6840116 186.7159324 190.0744724 197.1151907 199.9308573 207.7722179 215.2235169 218.2087915 220.0900087 224.5808829 233.2488958 241.4797689 241.9552916 247.7649954 249.7823347 256.9705129 263.3619337 265.8222470 269.1536273 272.6892902 275.8118020 277.9356593 282.4346130 283.9979124 286.5491745 288.5340902 291.4811739 291.9795211 293.5316652 296.7148203 296.7382239 297.9679711 298.8432141 299.6862110 301.4379328 302.1230301 303.5647447 305.7722655 307.5437052 309.3436816 311.1070481 312.1752875 312.7852652 315.2216013 317.8191400 318.7923814 321.3510215 323.4833841 323.8851025 326.6697784 327.3344492 328.2692628 329.3733276 330.8486064 337.3920707 340.2445851 348.3203732 350.7887793 353.4988418 355.0894044 357.0145035 363.8716728 365.2809328 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034315 0.0034316 0.0034319 0.0034339 0.0034343 0.0034344 63.0742327 64.7604962 157.3067490 158.5890551 175.3475172 217.7252114 254.7880287 275.9642247 358.6499798 380.1961828 451.5655056 541.4755687 570.5950812 649.2118176 693.8265946 704.7551617 749.4559060 828.3600716 840.3643517 924.5703977 947.9833712 958.3358896 1038.9290108 1046.5875873 1105.7273862 1140.5040496 1155.3482547 1175.0270788 1214.4790301 1255.2479021 1259.2797364 1316.9238401 1342.4919991 1365.0546209 1373.5317057 1412.0773049 1448.9153660 1467.7279011 1483.8362243 1497.1219476 1524.5979361 1535.4482877 1565.2691226 1593.0893787 1604.0998652 1610.9996426 1627.3526394 1658.4602948 1687.4684279 1689.1290946 1709.2880430 1716.2325739 1740.7520925 1762.2672947 1770.4796637 1781.5392658 1793.2024396 1803.4400212 1810.3702975 1824.9637402 1830.0074345 1838.2088858 1844.5645014 1853.9607490 1855.5449363 1860.4703769 1870.5309556 1870.6047238 1874.4768111 1877.2278110 1879.8736511 1885.3597522 1887.5010250 1891.9991910 1898.8660326 1904.3584681 1909.9232046 1915.3590822 1918.6446210 1920.5181829 1927.9832908 1935.9106293 1938.8724838 1946.6376670 1953.0855603 1954.2979053 1962.6811852 1964.6768917 1967.4802894 1970.7861156 1975.1948069 1994.6316965 2003.0458543 2026.6778395 2033.8462864 2041.6875378 2046.2756533 2051.8150452 2071.4259085 2075.4333058 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1836 Rtb_to_modes> Number of blocs = 58 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9856E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9860E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9878E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3374 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3557 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.098 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.133 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.607 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.020 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.505 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.458 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 160.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 178.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 182.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 186.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 190.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 197.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 199.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 207.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 215.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 218.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 220.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 224.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 233.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 241.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 242.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 247.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 249.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 257.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 263.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 265.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 269.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 272.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 275.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 277.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 282.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 284.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 286.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 288.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 291.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 292.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 293.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 296.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 296.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 298.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 298.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 299.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 301.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 302.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 303.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 305.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 307.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 309.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 311.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 312.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 312.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 315.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 317.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 318.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 321.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 323.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 323.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 326.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 327.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 328.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 329.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 330.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 337.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 340.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 348.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 350.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 353.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 355.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 357.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 363.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 365.3 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 348 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 0.99998 1.00003 0.99999 1.00002 0.99998 1.00002 0.99995 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99995 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00003 0.99998 1.00003 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00003 1.00004 1.00000 0.99995 1.00000 1.00005 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99996 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00005 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998 1.00003 1.00003 0.99999 0.99999 0.99993 1.00003 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 33048 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 0.99998 1.00003 0.99999 1.00002 0.99998 1.00002 0.99995 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99995 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 0.99999 1.00003 0.99998 1.00003 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00003 1.00004 1.00000 0.99995 1.00000 1.00005 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99996 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00005 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99998 1.00003 1.00003 0.99999 0.99999 0.99993 1.00003 0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3:-0.000 0.000 Vector 4:-0.000-0.000-0.000 Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 20092315384935428.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 20092315384935428.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 20092315384935428.atom Openam> file on opening on unit 11: 20092315384935428.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 58 First residue number = 1 Last residue number = 58 Number of atoms found = 1836 Mean number per residue = 31.7 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9856E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9860E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9878E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3374 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3557 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.098 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.133 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.607 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.020 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.505 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.458 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 178.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 182.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 186.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 190.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 197.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 199.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 207.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 215.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 218.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 220.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 233.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 241.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 242.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 247.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 249.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 257.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 263.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 265.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 269.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 272.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 275.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 277.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 282.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 284.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 286.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 288.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 291.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 292.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 293.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 296.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 296.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 298.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 298.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 299.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 301.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 302.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 303.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 305.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 307.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 309.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 311.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 312.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 312.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 315.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 317.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 318.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 321.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 323.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 323.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 326.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 327.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 328.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 329.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 330.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 337.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 340.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 348.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 350.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 353.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 355.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 357.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 363.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 365.3 Bfactors> 106 vectors, 5508 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.337400 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> 0 negative values found in the B-factors column of pdb file. %Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 20092315384935428.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 20092315384935428.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4313E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4314E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 64.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 217.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 275.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 828.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 840.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 947.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 958.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1039. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1047. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1106. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1140. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1155. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1175. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1215. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1255. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1259. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1317. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1342. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1365. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1374. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1412. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1449. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1468. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1484. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1497. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1524. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1535. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1565. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1593. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1604. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1611. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1627. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1658. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1687. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1689. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1709. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1716. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1741. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1762. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1770. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1782. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1793. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1803. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1810. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1825. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1830. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1838. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1844. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1854. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1856. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1860. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1870. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1870. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1874. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1877. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1880. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1885. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1887. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1892. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1899. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1904. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1910. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1915. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1919. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1920. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1928. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1936. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1939. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1947. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1953. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1954. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1963. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1964. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1967. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1971. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1975. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1995. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2003. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2027. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2034. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2042. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2046. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2052. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2071. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2075. Chkmod> 106 vectors, 5508 coordinates in file. Chkmod> That is: 1836 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 20 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 42 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 78 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 96 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.6751 0.0034 0.7012 0.0034 0.7331 0.0034 0.6157 0.0034 0.7418 0.0034 0.9728 63.0738 0.7121 64.7617 0.7101 157.2821 0.7778 158.5886 0.7662 175.3263 0.6736 217.7157 0.8529 254.7741 0.7825 275.9470 0.6696 358.6650 0.5939 380.2085 0.6761 451.5170 0.6103 541.4112 0.6123 570.5712 0.5870 649.1632 0.7892 693.7662 0.5679 704.7268 0.5465 749.4056 0.7925 828.3251 0.5494 840.3376 0.5615 924.5187 0.6769 947.9439 0.4625 958.2738 0.6724 1038.8632 0.4687 1046.5527 0.4396 1105.7731 0.6267 1140.4189 0.6256 1155.3135 0.7085 1175.0466 0.6779 1214.5217 0.6953 1255.1044 0.6713 1259.3249 0.6808 1316.9915 0.5923 1342.2651 0.6646 1364.9137 0.6955 1373.5252 0.6276 1412.0447 0.5223 1448.7273 0.5242 1467.7291 0.5664 1483.7092 0.4382 1497.1582 0.6349 1524.4737 0.4751 1535.2639 0.4408 1565.3066 0.5170 1592.9340 0.5129 1603.9987 0.5916 1610.9671 0.6434 1627.3520 0.4676 1658.2153 0.5026 1687.4667 0.4841 1689.2126 0.6197 1709.3354 0.6207 1716.2196 0.6144 1740.7772 0.5598 1762.3190 0.5333 1770.3296 0.6167 1781.6162 0.4771 1793.1607 0.5604 1803.3240 0.5194 1810.1764 0.4686 1824.7736 0.4814 1829.9356 0.6121 1837.9722 0.4603 1844.3764 0.6009 1853.9410 0.4552 1855.5304 0.4983 1860.2902 0.5033 1870.4039 0.4667 1870.4039 0.5119 1874.4971 0.4920 1877.0115 0.6173 1879.8362 0.4796 1885.1602 0.4013 1887.3481 0.4806 1892.0278 0.4625 1898.8706 0.4240 1904.1414 0.4711 1909.7064 0.4765 1915.2552 0.5408 1918.6382 0.5847 1920.4810 0.4694 1927.8345 0.5009 1935.7692 0.4807 1938.8124 0.4970 1946.7024 0.5231 1953.0519 0.2469 1954.2590 0.2686 1962.6877 0.4543 1964.4892 0.4901 1967.4879 0.4248 1970.7813 0.4023 1974.9649 0.1625 1994.5695 0.5384 2002.8286 0.3966 2026.5316 0.4954 2033.7915 0.6220 2041.6032 0.4821 2046.2183 0.6227 2051.6853 0.6248 2071.4176 0.4872 2075.3984 0.6148 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 20092315384935428 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=0 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=20 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=40 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=60 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=80 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=100 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom making animated gifs 11 models are in 20092315384935428.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20092315384935428.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20092315384935428.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 20092315384935428 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=0 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=20 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=40 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=60 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=80 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=100 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom making animated gifs 11 models are in 20092315384935428.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20092315384935428.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20092315384935428.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 20092315384935428 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=0 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=20 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=40 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=60 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=80 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom calculating perturbed structure for DQ=100 20092315384935428.eigenfacs 20092315384935428.atom making animated gifs 11 models are in 20092315384935428.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20092315384935428.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 20092315384935428.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 20092315384935428.7.pdb 20092315384935428.8.pdb 20092315384935428.9.pdb STDERR: real 0m2.039s user 0m1.996s sys 0m0.024s pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file pstopnm: Writing ppmraw file




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: October 18th, 2018.