*** R62L ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2503190538293469316.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2503190538293469316.atom to be opened.
Openam> File opened: 2503190538293469316.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 130
First residue number = 1
Last residue number = 130
Number of atoms found = 1341
Mean number per residue = 10.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 13.393495 +/- 8.407991 From: -5.106000 To: 31.716000
= 15.031787 +/- 8.633302 From: -8.768000 To: 37.076000
= 27.845908 +/- 8.052597 From: 9.485000 To: 46.784000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 7.2342 % Filled.
Pdbmat> 585559 non-zero elements.
Pdbmat> 64177 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 95.72 +/- 27.39
Maximum number = 153
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 1.283540E+06
Pdbmat> Larger element = 585.718
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
130 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2503190538293469316.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2503190538293469316.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2503190538293469316.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1341 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 130 residues.
Blocpdb> 15 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 8 atoms in block 2
Block first atom: 16
Blocpdb> 12 atoms in block 3
Block first atom: 24
Blocpdb> 10 atoms in block 4
Block first atom: 36
Blocpdb> 17 atoms in block 5
Block first atom: 46
Blocpdb> 7 atoms in block 6
Block first atom: 63
Blocpdb> 10 atoms in block 7
Block first atom: 70
Blocpdb> 9 atoms in block 8
Block first atom: 80
Blocpdb> 6 atoms in block 9
Block first atom: 89
Blocpdb> 17 atoms in block 10
Block first atom: 95
Blocpdb> 9 atoms in block 11
Block first atom: 112
Blocpdb> 9 atoms in block 12
Block first atom: 121
Blocpdb> 13 atoms in block 13
Block first atom: 130
Blocpdb> 29 atoms in block 14
Block first atom: 143
Blocpdb> 9 atoms in block 15
Block first atom: 172
Blocpdb> 5 atoms in block 16
Block first atom: 181
Blocpdb> 9 atoms in block 17
Block first atom: 186
Blocpdb> 9 atoms in block 18
Block first atom: 195
Blocpdb> 5 atoms in block 19
Block first atom: 204
Blocpdb> 14 atoms in block 20
Block first atom: 209
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 223
Blocpdb> 5 atoms in block 22
Block first atom: 240
Blocpdb> 9 atoms in block 23
Block first atom: 245
Blocpdb> 8 atoms in block 24
Block first atom: 254
Blocpdb> 13 atoms in block 25
Block first atom: 262
Blocpdb> 6 atoms in block 26
Block first atom: 275
Blocpdb> 11 atoms in block 27
Block first atom: 281
Blocpdb> 16 atoms in block 28
Block first atom: 292
Blocpdb> 9 atoms in block 29
Block first atom: 308
Blocpdb> 7 atoms in block 30
Block first atom: 317
Blocpdb> 9 atoms in block 31
Block first atom: 324
Blocpdb> 6 atoms in block 32
Block first atom: 333
Blocpdb> 13 atoms in block 33
Block first atom: 339
Blocpdb> 16 atoms in block 34
Block first atom: 352
Blocpdb> 10 atoms in block 35
Block first atom: 368
Blocpdb> 8 atoms in block 36
Block first atom: 378
Blocpdb> 5 atoms in block 37
Block first atom: 386
Blocpdb> 14 atoms in block 38
Block first atom: 391
Blocpdb> 11 atoms in block 39
Block first atom: 405
Blocpdb> 9 atoms in block 40
Block first atom: 416
Blocpdb> 29 atoms in block 41
Block first atom: 425
Blocpdb> 6 atoms in block 42
Block first atom: 454
Blocpdb> 9 atoms in block 43
Block first atom: 460
Blocpdb> 11 atoms in block 44
Block first atom: 469
Blocpdb> 14 atoms in block 45
Block first atom: 480
Blocpdb> 11 atoms in block 46
Block first atom: 494
Blocpdb> 6 atoms in block 47
Block first atom: 505
Blocpdb> 5 atoms in block 48
Block first atom: 511
Blocpdb> 9 atoms in block 49
Block first atom: 516
Blocpdb> 17 atoms in block 50
Block first atom: 525
Blocpdb> 8 atoms in block 51
Block first atom: 542
Blocpdb> 9 atoms in block 52
Block first atom: 550
Blocpdb> 9 atoms in block 53
Block first atom: 559
Blocpdb> 14 atoms in block 54
Block first atom: 568
Blocpdb> 5 atoms in block 55
Block first atom: 582
Blocpdb> 9 atoms in block 56
Block first atom: 587
Blocpdb> 12 atoms in block 57
Block first atom: 596
Blocpdb> 12 atoms in block 58
Block first atom: 608
Blocpdb> 9 atoms in block 59
Block first atom: 620
Blocpdb> 11 atoms in block 60
Block first atom: 629
Blocpdb> 8 atoms in block 61
Block first atom: 640
Blocpdb> 9 atoms in block 62
Block first atom: 648
Blocpdb> 14 atoms in block 63
Block first atom: 657
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 671
Blocpdb> 7 atoms in block 65
Block first atom: 687
Blocpdb> 11 atoms in block 66
Block first atom: 694
Blocpdb> 9 atoms in block 67
Block first atom: 705
Blocpdb> 5 atoms in block 68
Block first atom: 714
Blocpdb> 13 atoms in block 69
Block first atom: 719
Blocpdb> 9 atoms in block 70
Block first atom: 732
Blocpdb> 7 atoms in block 71
Block first atom: 741
Blocpdb> 5 atoms in block 72
Block first atom: 748
Blocpdb> 6 atoms in block 73
Block first atom: 753
Blocpdb> 8 atoms in block 74
Block first atom: 759
Blocpdb> 11 atoms in block 75
Block first atom: 767
Blocpdb> 6 atoms in block 76
Block first atom: 778
Blocpdb> 7 atoms in block 77
Block first atom: 784
Blocpdb> 12 atoms in block 78
Block first atom: 791
Blocpdb> 9 atoms in block 79
Block first atom: 803
Blocpdb> 8 atoms in block 80
Block first atom: 812
Blocpdb> 7 atoms in block 81
Block first atom: 820
Blocpdb> 11 atoms in block 82
Block first atom: 827
Blocpdb> 6 atoms in block 83
Block first atom: 838
Blocpdb> 9 atoms in block 84
Block first atom: 844
Blocpdb> 9 atoms in block 85
Block first atom: 853
Blocpdb> 12 atoms in block 86
Block first atom: 862
Blocpdb> 9 atoms in block 87
Block first atom: 874
Blocpdb> 11 atoms in block 88
Block first atom: 883
Blocpdb> 9 atoms in block 89
Block first atom: 894
Blocpdb> 6 atoms in block 90
Block first atom: 903
Blocpdb> 9 atoms in block 91
Block first atom: 909
Blocpdb> 6 atoms in block 92
Block first atom: 918
Blocpdb> 8 atoms in block 93
Block first atom: 924
Blocpdb> 6 atoms in block 94
Block first atom: 932
Blocpdb> 7 atoms in block 95
Block first atom: 938
Blocpdb> 6 atoms in block 96
Block first atom: 945
Blocpdb> 13 atoms in block 97
Block first atom: 951
Blocpdb> 17 atoms in block 98
Block first atom: 964
Blocpdb> 8 atoms in block 99
Block first atom: 981
Blocpdb> 8 atoms in block 100
Block first atom: 989
Blocpdb> 17 atoms in block 101
Block first atom: 997
Blocpdb> 9 atoms in block 102
Block first atom: 1014
Blocpdb> 7 atoms in block 103
Block first atom: 1023
Blocpdb> 12 atoms in block 104
Block first atom: 1030
Blocpdb> 5 atoms in block 105
Block first atom: 1042
Blocpdb> 9 atoms in block 106
Block first atom: 1047
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 1056
Blocpdb> 6 atoms in block 108
Block first atom: 1073
Blocpdb> 16 atoms in block 109
Block first atom: 1079
Blocpdb> 8 atoms in block 110
Block first atom: 1095
Blocpdb> 6 atoms in block 111
Block first atom: 1103
Blocpdb> 16 atoms in block 112
Block first atom: 1109
Blocpdb> 17 atoms in block 113
Block first atom: 1125
Blocpdb> 11 atoms in block 114
Block first atom: 1142
Blocpdb> 17 atoms in block 115
Block first atom: 1153
Blocpdb> 7 atoms in block 116
Block first atom: 1170
Blocpdb> 12 atoms in block 117
Block first atom: 1177
Blocpdb> 11 atoms in block 118
Block first atom: 1189
Blocpdb> 17 atoms in block 119
Block first atom: 1200
Blocpdb> 9 atoms in block 120
Block first atom: 1217
Blocpdb> 8 atoms in block 121
Block first atom: 1226
Blocpdb> 29 atoms in block 122
Block first atom: 1234
Blocpdb> 12 atoms in block 123
Block first atom: 1263
Blocpdb> 14 atoms in block 124
Block first atom: 1275
Blocpdb> 8 atoms in block 125
Block first atom: 1289
Blocpdb> 19 atoms in block 126
Block first atom: 1297
Blocpdb> 5 atoms in block 127
Block first atom: 1316
Blocpdb> 7 atoms in block 128
Block first atom: 1321
Blocpdb> 5 atoms in block 129
Block first atom: 1328
Blocpdb> 9 atoms in block 130
Block first atom: 1332
Blocpdb> 130 blocks.
Blocpdb> At most, 29 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 585689 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 4023
Prepmat> Matrix trace = 1283540.0000
Prepmat> Last element read: 4023 4023 300.8195
Prepmat> 8516 lines saved.
Prepmat> 6806 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1341
RTB> Total mass = 1341.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1341
RTB> Number of blocks = 130
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 231249.6970
RTB> 59574 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 780
Diagstd> Nb of non-zero elements: 59574
Diagstd> Projected matrix trace = 231249.6970
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 780 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 231249.6970
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 4.2928647 6.6324229 11.5120886 13.5724367
16.1406653 17.8974023 19.9002267 23.5997241 25.6525738
26.8447321 28.6785840 29.3650479 31.8137485 32.9386972
35.1882524 35.6152948 36.0635526 38.4340062 40.3373088
41.6720199 44.7065079 45.4718292 46.8807738 48.2375411
50.2810122 52.4902696 52.8737830 53.2855111 54.1962902
55.6574955 57.7036864 58.6068165 60.5326573 61.9385086
65.0408285 66.5578713 67.5359980 69.3544939 69.7426659
71.6622910 73.0772473 73.6397925 75.8014371 77.1016594
79.0043997 79.2779915 81.2442385 81.5464098 82.9443096
83.6221183 84.9502645 86.0107421 86.8208896 87.5579599
87.6275498 89.6929870 91.3925516 92.2899484 93.7224787
95.6597908 97.2545235 97.6230806 99.3118528 100.4489618
102.1641192 102.6533547 103.9446950 104.3323958 104.6657655
107.4820698 107.7982209 108.5370482 111.0081675 111.6274749
112.1608972 112.7568247 114.5562754 115.2478401 116.7274363
117.6757819 119.0458926 120.0665414 120.8581456 121.4686665
123.1176549 124.7217602 124.8869608 125.3905144 125.7127260
126.4986258 127.1162540 127.8653304 128.3748219 130.1723469
131.1315969 131.3717592 132.6576291 134.2690562 134.4930671
135.0950880
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034327 0.0034333 0.0034333 0.0034340 0.0034340
0.0034348 224.9929353 279.6606649 368.4447244 400.0591365
436.2706497 459.3992489 484.4224836 527.5319197 549.9975478
562.6325023 581.5326891 588.4514499 612.4952180 623.2301992
644.1605577 648.0575163 652.1230238 673.2139525 689.6817597
700.9992547 726.0736135 732.2619924 743.5200182 754.2023151
770.0116329 786.7462507 789.6151501 792.6835546 799.4292968
810.1344682 824.8919389 831.3221379 844.8705074 854.6251164
875.7664683 885.9209912 892.4069447 904.3417556 906.8689917
919.2647868 928.2957670 931.8619060 945.4400596 953.5141510
965.2080137 966.8778247 978.7946041 980.6131276 988.9824357
993.0151234 1000.8699449 1007.0977546 1011.8296369 1016.1155490
1016.5192664 1028.4294958 1038.1274663 1043.2117786 1051.2770010
1062.0867569 1070.9031237 1072.9303600 1082.1708277 1088.3485586
1097.6009591 1100.2258727 1107.1244574 1109.1872544 1110.9579149
1125.8053049 1127.4598285 1131.3169223 1144.1230810 1147.3101364
1150.0481336 1153.0992748 1162.2638303 1165.7667863 1173.2262024
1177.9824671 1184.8203042 1189.8885368 1193.8045877 1196.8160704
1204.9123274 1212.7363523 1213.5392537 1215.9833332 1217.5446654
1221.3445086 1224.3224787 1227.9245517 1230.3685101 1238.9524756
1243.5090640 1244.6472620 1250.7237474 1258.2972526 1259.3464700
1262.1618803
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1341
Rtb_to_modes> Number of blocs = 130
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9924E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9960E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.293
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.632
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 111.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 115.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 126.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.1
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 780 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998
0.99999 1.00003 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001
0.99997 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999
1.00004 1.00003 0.99999 1.00002 0.99997
1.00003 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 1.00004 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00005
0.99997 0.99998 1.00001 0.99997 1.00000
0.99996 1.00001 0.99997 1.00001 0.99999
0.99998 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000
0.99997 1.00002 0.99998 1.00000 1.00003
0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002
0.99997 0.99998 0.99999 1.00004 1.00000
1.00001 1.00002 0.99998 1.00002 0.99999
1.00002 0.99998 1.00000 1.00004 1.00001
1.00003 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001
0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
0.99998 0.99997 0.99999 1.00001 1.00002
0.99997 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 24138 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998
0.99999 1.00003 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001
0.99997 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999
1.00004 1.00003 0.99999 1.00002 0.99997
1.00003 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001
1.00001 1.00001 1.00001 1.00004 0.99999
1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00005
0.99997 0.99998 1.00001 0.99997 1.00000
0.99996 1.00001 0.99997 1.00001 0.99999
0.99998 1.00001 0.99997 1.00001 1.00000
0.99997 1.00002 0.99998 1.00000 1.00003
0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002
0.99997 0.99998 0.99999 1.00004 1.00000
1.00001 1.00002 0.99998 1.00002 0.99999
1.00002 0.99998 1.00000 1.00004 1.00001
1.00003 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001
0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999
0.99998 0.99997 0.99999 1.00001 1.00002
0.99997 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2503190538293469316.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503190538293469316.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2503190538293469316.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2503190538293469316.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 130
First residue number = 1
Last residue number = 130
Number of atoms found = 1341
Mean number per residue = 10.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9924E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9960E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.293
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.632
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 107.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 135.1
Bfactors> 106 vectors, 4023 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 4.293000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.574 for 130 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.019 +/- 0.02
Bfactors> = 15.959 +/- 5.01
Bfactors> Shiftng-fct= 15.941
Bfactors> Scaling-fct= 232.163
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2503190538293469316.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503190538293469316.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 549.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 799.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 810.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 831.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 844.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 875.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 904.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 906.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 928.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 945.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 953.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 965.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 966.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 978.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 980.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 988.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 993.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1007.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1012.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1028.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1038.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1043.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1051.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1062.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1071.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1073.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1082.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1088.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1098.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1100.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1107.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1109.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1126.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1127.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1131.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1144.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1147.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1150.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1153.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1162.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1165.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1173.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1178.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1185.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1190.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1194.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1197.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1205.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1213.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1214.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1216.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1217.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1221.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1224.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1228.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1230.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1239.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1243.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1245.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1251.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1258.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1259.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1262.
Chkmod> 106 vectors, 4023 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1341 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 74 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7744
0.0034 0.9423
0.0034 0.9999
0.0034 0.7781
0.0034 0.7295
0.0034 0.7259
224.9868 0.3748
279.6397 0.4615
368.3955 0.4861
400.0061 0.3514
436.2429 0.5086
459.4129 0.4971
484.3989 0.4465
527.5124 0.4993
549.9463 0.4151
562.5588 0.3153
581.5221 0.4829
588.4758 0.5635
612.4328 0.4664
623.2158 0.5411
644.1489 0.5493
648.0725 0.4622
652.0629 0.5948
673.1500 0.5574
689.6752 0.4920
700.9522 0.5743
726.0708 0.4656
732.2158 0.2334
743.4820 0.4596
754.1892 0.3229
769.9708 0.4709
786.7105 0.2920
789.5530 0.6108
792.6829 0.1294
799.4223 0.4473
810.1179 0.4056
824.8302 0.3013
831.3090 0.4008
844.8157 0.3326
854.5987 0.5546
875.7233 0.4564
885.8971 0.3665
892.3951 0.5960
904.2736 0.5055
906.8127 0.3620
919.2106 0.3909
928.2734 0.4843
931.8232 0.3475
945.3905 0.2901
953.4630 0.4197
965.1397 0.5101
966.8486 0.3292
978.7271 0.3536
980.5926 0.3785
988.9143 0.2753
992.9599 0.4145
1000.8254 0.2676
1007.0502 0.3793
1011.7810 0.4121
1016.0838 0.2200
1016.4898 0.3243
1028.3682 0.3211
1038.0684 0.3528
1043.1673 0.2625
1051.2180 0.2492
1062.0423 0.3206
1070.8322 0.4396
1072.8674 0.3533
1082.1143 0.3808
1088.0366 0.4788
1097.7466 0.3836
1100.4286 0.2447
1106.8389 0.4055
1108.9674 0.1710
1111.0919 0.3701
1125.8509 0.3565
1127.4207 0.2925
1131.0753 0.4528
1144.0319 0.4128
1147.1197 0.3709
1150.1992 0.4263
1153.2705 0.4967
1162.4357 0.4298
1165.4748 0.4111
1173.0380 0.4328
1178.0531 0.1813
1184.5411 0.1915
1190.0032 0.4281
1193.9600 0.3952
1196.9190 0.4273
1204.7742 0.4027
1212.5785 0.5164
1213.5505 0.2987
1215.9771 0.3935
1217.4308 0.3793
1221.2987 0.3154
1224.1916 0.3937
1228.0383 0.0781
1230.4363 0.3950
1239.0309 0.4047
1243.3059 0.3878
1244.7276 0.4886
1250.8698 0.4121
1258.3882 0.3139
1259.3249 0.4664
1262.1306 0.2385
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2503190538293469316 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
making animated gifs
11 models are in 2503190538293469316.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2503190538293469316 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
making animated gifs
11 models are in 2503190538293469316.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2503190538293469316 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
making animated gifs
11 models are in 2503190538293469316.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2503190538293469316 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
making animated gifs
11 models are in 2503190538293469316.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2503190538293469316 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2503190538293469316.eigenfacs
2503190538293469316.atom
making animated gifs
11 models are in 2503190538293469316.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503190538293469316.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2503190538293469316.10.pdb
2503190538293469316.11.pdb
2503190538293469316.7.pdb
2503190538293469316.8.pdb
2503190538293469316.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m7.257s
user 0m7.229s
sys 0m0.028s
rm: cannot remove '2503190538293469316.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 8th, 2025.
|
