*** HYDROLASE 05-JAN-98 1JSF ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2503181052443221375.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2503181052443221375.atom to be opened.
Openam> File opened: 2503181052443221375.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 130
First residue number = 1
Last residue number = 130
Number of atoms found = 2116
Mean number per residue = 16.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 13.326350 +/- 8.254125 From: -5.110000 To: 31.715000
= 15.208372 +/- 8.564680 From: -8.783000 To: 37.076000
= 27.953691 +/- 7.919741 From: 9.482000 To: 46.785000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 7.5122 % Filled.
Pdbmat> 1513848 non-zero elements.
Pdbmat> 166813 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 157.67 +/- 49.13
Maximum number = 256
Minimum number = 31
Pdbmat> Matrix trace = 3.336260E+06
Pdbmat> Larger element = 952.524
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
130 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2503181052443221375.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2503181052443221375.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2503181052443221375.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2116 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 130 residues.
Blocpdb> 24 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 16 atoms in block 2
Block first atom: 25
Blocpdb> 20 atoms in block 3
Block first atom: 41
Blocpdb> 15 atoms in block 4
Block first atom: 61
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 76
Blocpdb> 10 atoms in block 6
Block first atom: 100
Blocpdb> 15 atoms in block 7
Block first atom: 110
Blocpdb> 19 atoms in block 8
Block first atom: 125
Blocpdb> 10 atoms in block 9
Block first atom: 144
Blocpdb> 24 atoms in block 10
Block first atom: 154
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 178
Blocpdb> 19 atoms in block 12
Block first atom: 192
Blocpdb> 22 atoms in block 13
Block first atom: 211
Blocpdb> 42 atoms in block 14
Block first atom: 233
Blocpdb> 19 atoms in block 15
Block first atom: 275
Blocpdb> 7 atoms in block 16
Block first atom: 294
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 301
Blocpdb> 12 atoms in block 18
Block first atom: 318
Blocpdb> 7 atoms in block 19
Block first atom: 330
Blocpdb> 21 atoms in block 20
Block first atom: 337
Blocpdb> 24 atoms in block 21
Block first atom: 358
Blocpdb> 7 atoms in block 22
Block first atom: 382
Blocpdb> 19 atoms in block 23
Block first atom: 389
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 408
Blocpdb> 32 atoms in block 25
Block first atom: 419
Blocpdb> 10 atoms in block 26
Block first atom: 451
Blocpdb> 14 atoms in block 27
Block first atom: 461
Blocpdb> 24 atoms in block 28
Block first atom: 475
Blocpdb> 17 atoms in block 29
Block first atom: 499
Blocpdb> 10 atoms in block 30
Block first atom: 516
Blocpdb> 19 atoms in block 31
Block first atom: 526
Blocpdb> 10 atoms in block 32
Block first atom: 545
Blocpdb> 22 atoms in block 33
Block first atom: 555
Blocpdb> 24 atoms in block 34
Block first atom: 577
Blocpdb> 15 atoms in block 35
Block first atom: 601
Blocpdb> 11 atoms in block 36
Block first atom: 616
Blocpdb> 7 atoms in block 37
Block first atom: 627
Blocpdb> 21 atoms in block 38
Block first atom: 634
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 655
Blocpdb> 14 atoms in block 40
Block first atom: 669
Blocpdb> 42 atoms in block 41
Block first atom: 683
Blocpdb> 10 atoms in block 42
Block first atom: 725
Blocpdb> 14 atoms in block 43
Block first atom: 735
Blocpdb> 14 atoms in block 44
Block first atom: 749
Blocpdb> 21 atoms in block 45
Block first atom: 763
Blocpdb> 14 atoms in block 46
Block first atom: 784
Blocpdb> 10 atoms in block 47
Block first atom: 798
Blocpdb> 7 atoms in block 48
Block first atom: 808
Blocpdb> 12 atoms in block 49
Block first atom: 815
Blocpdb> 24 atoms in block 50
Block first atom: 827
Blocpdb> 11 atoms in block 51
Block first atom: 851
Blocpdb> 14 atoms in block 52
Block first atom: 862
Blocpdb> 12 atoms in block 53
Block first atom: 876
Blocpdb> 21 atoms in block 54
Block first atom: 888
Blocpdb> 7 atoms in block 55
Block first atom: 909
Blocpdb> 19 atoms in block 56
Block first atom: 916
Blocpdb> 20 atoms in block 57
Block first atom: 935
Blocpdb> 17 atoms in block 58
Block first atom: 955
Blocpdb> 19 atoms in block 59
Block first atom: 972
Blocpdb> 14 atoms in block 60
Block first atom: 991
Blocpdb> 11 atoms in block 61
Block first atom: 1005
Blocpdb> 24 atoms in block 62
Block first atom: 1016
Blocpdb> 21 atoms in block 63
Block first atom: 1040
Blocpdb> 24 atoms in block 64
Block first atom: 1061
Blocpdb> 21 atoms in block 65
Block first atom: 1085
Blocpdb> 14 atoms in block 66
Block first atom: 1106
Blocpdb> 12 atoms in block 67
Block first atom: 1120
Blocpdb> 7 atoms in block 68
Block first atom: 1132
Blocpdb> 22 atoms in block 69
Block first atom: 1139
Blocpdb> 14 atoms in block 70
Block first atom: 1161
Blocpdb> 14 atoms in block 71
Block first atom: 1175
Blocpdb> 7 atoms in block 72
Block first atom: 1189
Blocpdb> 10 atoms in block 73
Block first atom: 1196
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1206
Blocpdb> 14 atoms in block 75
Block first atom: 1222
Blocpdb> 10 atoms in block 76
Block first atom: 1236
Blocpdb> 10 atoms in block 77
Block first atom: 1246
Blocpdb> 17 atoms in block 78
Block first atom: 1256
Blocpdb> 19 atoms in block 79
Block first atom: 1273
Blocpdb> 11 atoms in block 80
Block first atom: 1292
Blocpdb> 11 atoms in block 81
Block first atom: 1303
Blocpdb> 16 atoms in block 82
Block first atom: 1314
Blocpdb> 10 atoms in block 83
Block first atom: 1330
Blocpdb> 19 atoms in block 84
Block first atom: 1340
Blocpdb> 19 atoms in block 85
Block first atom: 1359
Blocpdb> 17 atoms in block 86
Block first atom: 1378
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1395
Blocpdb> 14 atoms in block 88
Block first atom: 1407
Blocpdb> 19 atoms in block 89
Block first atom: 1421
Blocpdb> 10 atoms in block 90
Block first atom: 1440
Blocpdb> 12 atoms in block 91
Block first atom: 1450
Blocpdb> 10 atoms in block 92
Block first atom: 1462
Blocpdb> 16 atoms in block 93
Block first atom: 1472
Blocpdb> 10 atoms in block 94
Block first atom: 1488
Blocpdb> 10 atoms in block 95
Block first atom: 1498
Blocpdb> 10 atoms in block 96
Block first atom: 1508
Blocpdb> 22 atoms in block 97
Block first atom: 1518
Blocpdb> 24 atoms in block 98
Block first atom: 1540
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1564
Blocpdb> 16 atoms in block 100
Block first atom: 1580
Blocpdb> 24 atoms in block 101
Block first atom: 1596
Blocpdb> 12 atoms in block 102
Block first atom: 1620
Blocpdb> 14 atoms in block 103
Block first atom: 1632
Blocpdb> 17 atoms in block 104
Block first atom: 1646
Blocpdb> 7 atoms in block 105
Block first atom: 1663
Blocpdb> 19 atoms in block 106
Block first atom: 1670
Blocpdb> 24 atoms in block 107
Block first atom: 1689
Blocpdb> 10 atoms in block 108
Block first atom: 1713
Blocpdb> 24 atoms in block 109
Block first atom: 1723
Blocpdb> 16 atoms in block 110
Block first atom: 1747
Blocpdb> 10 atoms in block 111
Block first atom: 1763
Blocpdb> 24 atoms in block 112
Block first atom: 1773
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 1797
Blocpdb> 14 atoms in block 114
Block first atom: 1821
Blocpdb> 24 atoms in block 115
Block first atom: 1835
Blocpdb> 10 atoms in block 116
Block first atom: 1859
Blocpdb> 17 atoms in block 117
Block first atom: 1869
Blocpdb> 14 atoms in block 118
Block first atom: 1886
Blocpdb> 24 atoms in block 119
Block first atom: 1900
Blocpdb> 12 atoms in block 120
Block first atom: 1924
Blocpdb> 16 atoms in block 121
Block first atom: 1936
Blocpdb> 42 atoms in block 122
Block first atom: 1952
Blocpdb> 17 atoms in block 123
Block first atom: 1994
Blocpdb> 21 atoms in block 124
Block first atom: 2011
Blocpdb> 16 atoms in block 125
Block first atom: 2032
Blocpdb> 28 atoms in block 126
Block first atom: 2048
Blocpdb> 7 atoms in block 127
Block first atom: 2076
Blocpdb> 10 atoms in block 128
Block first atom: 2083
Blocpdb> 7 atoms in block 129
Block first atom: 2093
Blocpdb> 17 atoms in block 130
Block first atom: 2099
Blocpdb> 130 blocks.
Blocpdb> At most, 42 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1513978 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 6348
Prepmat> Matrix trace = 3336260.0000
Prepmat> Last element read: 6348 6348 716.0700
Prepmat> 8516 lines saved.
Prepmat> 6623 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2116
RTB> Total mass = 2116.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2116
RTB> Number of blocks = 130
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 375320.6728
RTB> 66162 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 780
Diagstd> Nb of non-zero elements: 66162
Diagstd> Projected matrix trace = 375320.6728
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 780 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 375320.6728
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 7.6003596 11.5363019 19.2060888 25.4416552
28.8293507 34.9272429 37.0607273 43.6927255 46.3289910
51.1549402 52.6936738 54.7114562 58.5994513 62.1174709
64.1384214 65.3400230 67.7100429 69.8895160 75.0477802
77.3938269 80.8858721 82.9876661 84.5977644 87.9619438
91.8276896 95.2413749 97.2917836 98.0918357 99.9674983
101.4575724 104.6243503 106.2569984 108.2638481 111.1539988
111.6966192 115.5435604 117.3979907 119.3043733 123.1456151
126.1857410 128.0814385 129.5275276 132.9694184 134.4050791
134.5730737 139.2987537 140.0761496 142.9313010 144.0040293
146.0954293 147.9810369 149.6029706 150.1673442 150.8501571
152.9936814 155.3421013 156.3439913 157.0815460 160.0875502
161.0329201 161.4676657 163.6514714 168.6138792 169.3457627
172.0570540 173.4868572 174.7826735 177.0866581 178.5018652
181.3459524 182.1694632 184.4007932 189.2353605 189.4279134
190.1725959 190.7385211 192.5689356 194.1554186 196.5581260
197.5604452 198.5994258 201.0020326 202.9117239 203.8807870
205.2313210 206.7953756 208.0544811 209.3097590 210.0740793
211.4085504 213.3238648 213.8962735 217.6177962 217.9448254
218.8171884 221.5413090 222.2759345 223.3182066 224.1203285
225.7525430
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034317 0.0034327 0.0034328 0.0034336 0.0034349
0.0034358 299.3728069 368.8319948 475.8989505 547.7318076
583.0592784 641.7670752 661.0773072 717.7940408 739.1314825
776.6745439 788.2691310 803.2198213 831.2698999 855.8588837
869.6698488 877.7784648 893.5561014 907.8232411 940.7282929
955.3190565 976.6334986 989.2408816 998.7912373 1018.4569809
1040.5958966 1059.7614277 1071.1082461 1075.5032110 1085.7371355
1093.7989788 1110.7380956 1119.3710020 1129.8921985 1144.8743511
1147.6654153 1167.2614784 1176.5912444 1186.1058891 1205.0491383
1219.8331218 1228.9617852 1235.8800399 1252.1926920 1258.9344581
1259.7209914 1281.6483883 1285.2197120 1298.2518606 1303.1145751
1312.5431649 1320.9862992 1328.2058504 1330.7088043 1333.7307483
1343.1732306 1353.4426814 1357.8002293 1360.9991808 1373.9599062
1378.0107780 1379.8696538 1389.1694933 1410.0741150 1413.1310775
1424.3985457 1430.3047141 1435.6364271 1445.0677252 1450.8304419
1462.3428758 1465.6594401 1474.6082955 1493.8136592 1494.5734671
1497.5083328 1499.7348580 1506.9137484 1513.1083853 1522.4420885
1526.3188873 1530.3271192 1539.5560506 1546.8523112 1550.5416298
1555.6686523 1561.5852265 1566.3319880 1571.0500436 1573.9158707
1578.9070154 1586.0431619 1588.1696394 1601.9261255 1603.1293357
1606.3345370 1616.3024790 1618.9800705 1622.7714036 1625.6831540
1631.5921449
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2116
Rtb_to_modes> Number of blocs = 130
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9870E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9926E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9935E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.600
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 225.8
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 780 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000
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1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 38088 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00002 1.00002 1.00002 1.00001 1.00000
1.00000 1.00001 0.99996 1.00002 0.99999
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0.99999 0.99997 1.00001 1.00000 0.99997
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2503181052443221375.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503181052443221375.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2503181052443221375.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2503181052443221375.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 130
First residue number = 1
Last residue number = 130
Number of atoms found = 2116
Mean number per residue = 16.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9870E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9926E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9935E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0011E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.600
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 115.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 126.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 155.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 160.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 222.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 223.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 224.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 225.8
Bfactors> 106 vectors, 6348 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 7.600000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.596 for 130 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.007 +/- 0.01
Bfactors> = 15.959 +/- 5.01
Bfactors> Shiftng-fct= 15.952
Bfactors> Scaling-fct= 612.260
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2503181052443221375.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503181052443221375.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4316E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4357E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 739.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 803.2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 893.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 955.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1120.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1130.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1148.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1167.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1177.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1186.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1205.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1220.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1229.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1236.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1252.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1259.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1260.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1282.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1285.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1298.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1303.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1313.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1321.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1328.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1331.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1334.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1343.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1353.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1358.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1361.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1374.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1378.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1380.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1389.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1410.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1413.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1425.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1430.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1436.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1445.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1451.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1462.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1466.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1475.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1494.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1494.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1498.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1500.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1507.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1513.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1526.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1530.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1555.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1566.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1574.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1579.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1586.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1588.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1602.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1603.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1606.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1616.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1619.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1623.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1626.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1632.
Chkmod> 106 vectors, 6348 coordinates in file.
Chkmod> That is: 2116 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 34 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 40 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 52 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 87 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7612
0.0034 0.9455
0.0034 0.8073
0.0034 0.7498
0.0034 0.7301
0.0034 0.7199
299.3529 0.3912
368.8753 0.4557
475.9270 0.4432
547.6905 0.4060
583.0408 0.4700
641.7649 0.5839
661.0424 0.5331
717.7408 0.5171
739.1078 0.2922
776.6037 0.3770
788.2078 0.3380
803.1747 0.3931
831.2381 0.3457
855.8396 0.4000
869.6432 0.4582
877.7406 0.3962
893.5175 0.5620
907.7874 0.4006
940.7018 0.3918
955.2544 0.4000
976.6165 0.6368
989.2123 0.4136
998.7616 0.4796
1018.4020 0.4951
1040.5643 0.4639
1059.7083 0.4057
1071.0524 0.2454
1075.4470 0.1511
1085.7041 0.2861
1093.9807 0.2720
1110.5612 0.2726
1119.5494 0.3941
1130.0323 0.2810
1145.0621 0.1175
1147.6335 0.2398
1166.9913 0.4003
1176.5508 0.3393
1186.0332 0.1437
1204.7742 0.4655
1219.8497 0.3961
1228.9981 0.3505
1235.6957 0.2064
1252.2829 0.3421
1258.8566 0.2972
1259.7929 0.3631
1281.5991 0.2947
1285.2739 0.4396
1298.0540 0.3337
1303.0404 0.3578
1312.5074 0.3679
1321.0142 0.2478
1328.1356 0.2708
1330.7964 0.3341
1333.8938 0.3283
1343.1433 0.2014
1353.2012 0.2239
1357.5509 0.2409
1361.0207 0.3073
1373.9543 0.2648
1377.8108 0.3547
1379.9486 0.4938
1389.3158 0.2679
1409.9556 0.2445
1412.8795 0.4487
1424.5151 0.1520
1430.2975 0.3677
1435.6460 0.4417
1445.0601 0.4444
1450.7606 0.4603
1462.0948 0.3708
1465.7194 0.4077
1474.5418 0.4522
1493.6100 0.4355
1494.3992 0.4343
1497.5519 0.4654
1499.5190 0.3866
1506.9706 0.2206
1513.2171 0.3690
1522.5389 0.2746
1526.4061 0.0475
1530.2636 0.0905
1539.4822 0.3291
1546.7412 0.4330
1550.5481 0.3696
1555.4832 0.2259
1561.5357 0.2470
1566.4361 0.2775
1570.9460 0.3721
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making small animated gif 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m9.016s
user 0m8.960s
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rm: cannot remove '2503181052443221375.sdijf': No such file or directory
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