*** NMDA ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2503131542382221122.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2503131542382221122.atom to be opened.
Openam> File opened: 2503131542382221122.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 784
First residue number = 25
Last residue number = 841
Number of atoms found = 5530
Mean number per residue = 7.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 124.076048 +/- 12.728224 From: 93.269000 To: 155.062000
= 156.257471 +/- 15.423704 From: 108.656000 To: 189.283000
= 145.549314 +/- 41.121632 From: 44.695000 To: 214.390000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.3763 % Filled.
Pdbmat> 1894122 non-zero elements.
Pdbmat> 206808 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 74.79 +/- 22.18
Maximum number = 123
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 4.136160E+06
Pdbmat> Larger element = 475.569
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
784 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2503131542382221122.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2503131542382221122.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2503131542382221122.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5530 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 784 residues.
Blocpdb> 32 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 24 atoms in block 2
Block first atom: 33
Blocpdb> 26 atoms in block 3
Block first atom: 57
Blocpdb> 25 atoms in block 4
Block first atom: 83
Blocpdb> 35 atoms in block 5
Block first atom: 108
Blocpdb> 25 atoms in block 6
Block first atom: 143
Blocpdb> 23 atoms in block 7
Block first atom: 168
Blocpdb> 10 atoms in block 8
Block first atom: 191
Blocpdb> 26 atoms in block 9
Block first atom: 201
Blocpdb> 27 atoms in block 10
Block first atom: 227
Blocpdb> 27 atoms in block 11
Block first atom: 254
Blocpdb> 26 atoms in block 12
Block first atom: 281
Blocpdb> 26 atoms in block 13
Block first atom: 307
Blocpdb> 24 atoms in block 14
Block first atom: 333
Blocpdb> 25 atoms in block 15
Block first atom: 357
Blocpdb> 32 atoms in block 16
Block first atom: 382
Blocpdb> 31 atoms in block 17
Block first atom: 414
Blocpdb> 28 atoms in block 18
Block first atom: 445
Blocpdb> 31 atoms in block 19
Block first atom: 473
Blocpdb> 26 atoms in block 20
Block first atom: 504
Blocpdb> 32 atoms in block 21
Block first atom: 530
Blocpdb> 32 atoms in block 22
Block first atom: 562
Blocpdb> 33 atoms in block 23
Block first atom: 594
Blocpdb> 27 atoms in block 24
Block first atom: 627
Blocpdb> 32 atoms in block 25
Block first atom: 654
Blocpdb> 34 atoms in block 26
Block first atom: 686
Blocpdb> 33 atoms in block 27
Block first atom: 720
Blocpdb> 33 atoms in block 28
Block first atom: 753
Blocpdb> 32 atoms in block 29
Block first atom: 786
Blocpdb> 35 atoms in block 30
Block first atom: 818
Blocpdb> 28 atoms in block 31
Block first atom: 853
Blocpdb> 42 atoms in block 32
Block first atom: 881
Blocpdb> 38 atoms in block 33
Block first atom: 923
Blocpdb> 38 atoms in block 34
Block first atom: 961
Blocpdb> 32 atoms in block 35
Block first atom: 999
Blocpdb> 29 atoms in block 36
Block first atom: 1031
Blocpdb> 34 atoms in block 37
Block first atom: 1060
Blocpdb> 28 atoms in block 38
Block first atom: 1094
Blocpdb> 35 atoms in block 39
Block first atom: 1122
Blocpdb> 26 atoms in block 40
Block first atom: 1157
Blocpdb> 21 atoms in block 41
Block first atom: 1183
Blocpdb> 22 atoms in block 42
Block first atom: 1204
Blocpdb> 33 atoms in block 43
Block first atom: 1226
Blocpdb> 23 atoms in block 44
Block first atom: 1259
Blocpdb> 27 atoms in block 45
Block first atom: 1282
Blocpdb> 33 atoms in block 46
Block first atom: 1309
Blocpdb> 27 atoms in block 47
Block first atom: 1342
Blocpdb> 28 atoms in block 48
Block first atom: 1369
Blocpdb> 30 atoms in block 49
Block first atom: 1397
Blocpdb> 21 atoms in block 50
Block first atom: 1427
Blocpdb> 22 atoms in block 51
Block first atom: 1448
Blocpdb> 35 atoms in block 52
Block first atom: 1470
Blocpdb> 23 atoms in block 53
Block first atom: 1505
Blocpdb> 27 atoms in block 54
Block first atom: 1528
Blocpdb> 29 atoms in block 55
Block first atom: 1555
Blocpdb> 33 atoms in block 56
Block first atom: 1584
Blocpdb> 29 atoms in block 57
Block first atom: 1617
Blocpdb> 23 atoms in block 58
Block first atom: 1646
Blocpdb> 27 atoms in block 59
Block first atom: 1669
Blocpdb> 24 atoms in block 60
Block first atom: 1696
Blocpdb> 29 atoms in block 61
Block first atom: 1720
Blocpdb> 25 atoms in block 62
Block first atom: 1749
Blocpdb> 32 atoms in block 63
Block first atom: 1774
Blocpdb> 29 atoms in block 64
Block first atom: 1806
Blocpdb> 21 atoms in block 65
Block first atom: 1835
Blocpdb> 28 atoms in block 66
Block first atom: 1856
Blocpdb> 31 atoms in block 67
Block first atom: 1884
Blocpdb> 26 atoms in block 68
Block first atom: 1915
Blocpdb> 25 atoms in block 69
Block first atom: 1941
Blocpdb> 24 atoms in block 70
Block first atom: 1966
Blocpdb> 21 atoms in block 71
Block first atom: 1990
Blocpdb> 31 atoms in block 72
Block first atom: 2011
Blocpdb> 30 atoms in block 73
Block first atom: 2042
Blocpdb> 31 atoms in block 74
Block first atom: 2072
Blocpdb> 25 atoms in block 75
Block first atom: 2103
Blocpdb> 29 atoms in block 76
Block first atom: 2128
Blocpdb> 21 atoms in block 77
Block first atom: 2157
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 2178
Blocpdb> 29 atoms in block 79
Block first atom: 2201
Blocpdb> 31 atoms in block 80
Block first atom: 2230
Blocpdb> 33 atoms in block 81
Block first atom: 2261
Blocpdb> 34 atoms in block 82
Block first atom: 2294
Blocpdb> 30 atoms in block 83
Block first atom: 2328
Blocpdb> 25 atoms in block 84
Block first atom: 2358
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 2383
Blocpdb> 29 atoms in block 86
Block first atom: 2411
Blocpdb> 27 atoms in block 87
Block first atom: 2440
Blocpdb> 23 atoms in block 88
Block first atom: 2467
Blocpdb> 37 atoms in block 89
Block first atom: 2490
Blocpdb> 20 atoms in block 90
Block first atom: 2527
Blocpdb> 28 atoms in block 91
Block first atom: 2547
Blocpdb> 33 atoms in block 92
Block first atom: 2575
Blocpdb> 32 atoms in block 93
Block first atom: 2608
Blocpdb> 31 atoms in block 94
Block first atom: 2640
Blocpdb> 32 atoms in block 95
Block first atom: 2671
Blocpdb> 37 atoms in block 96
Block first atom: 2703
Blocpdb> 30 atoms in block 97
Block first atom: 2740
Blocpdb> 23 atoms in block 98
Block first atom: 2770
Blocpdb> 31 atoms in block 99
Block first atom: 2793
Blocpdb> 34 atoms in block 100
Block first atom: 2824
Blocpdb> 24 atoms in block 101
Block first atom: 2858
Blocpdb> 32 atoms in block 102
Block first atom: 2882
Blocpdb> 25 atoms in block 103
Block first atom: 2914
Blocpdb> 30 atoms in block 104
Block first atom: 2939
Blocpdb> 23 atoms in block 105
Block first atom: 2969
Blocpdb> 24 atoms in block 106
Block first atom: 2992
Blocpdb> 29 atoms in block 107
Block first atom: 3016
Blocpdb> 33 atoms in block 108
Block first atom: 3045
Blocpdb> 30 atoms in block 109
Block first atom: 3078
Blocpdb> 29 atoms in block 110
Block first atom: 3108
Blocpdb> 31 atoms in block 111
Block first atom: 3137
Blocpdb> 38 atoms in block 112
Block first atom: 3168
Blocpdb> 30 atoms in block 113
Block first atom: 3206
Blocpdb> 24 atoms in block 114
Block first atom: 3236
Blocpdb> 31 atoms in block 115
Block first atom: 3260
Blocpdb> 32 atoms in block 116
Block first atom: 3291
Blocpdb> 21 atoms in block 117
Block first atom: 3323
Blocpdb> 29 atoms in block 118
Block first atom: 3344
Blocpdb> 25 atoms in block 119
Block first atom: 3373
Blocpdb> 29 atoms in block 120
Block first atom: 3398
Blocpdb> 24 atoms in block 121
Block first atom: 3427
Blocpdb> 31 atoms in block 122
Block first atom: 3451
Blocpdb> 27 atoms in block 123
Block first atom: 3482
Blocpdb> 29 atoms in block 124
Block first atom: 3509
Blocpdb> 37 atoms in block 125
Block first atom: 3538
Blocpdb> 34 atoms in block 126
Block first atom: 3575
Blocpdb> 36 atoms in block 127
Block first atom: 3609
Blocpdb> 29 atoms in block 128
Block first atom: 3645
Blocpdb> 30 atoms in block 129
Block first atom: 3674
Blocpdb> 28 atoms in block 130
Block first atom: 3704
Blocpdb> 22 atoms in block 131
Block first atom: 3732
Blocpdb> 24 atoms in block 132
Block first atom: 3754
Blocpdb> 22 atoms in block 133
Block first atom: 3778
Blocpdb> 22 atoms in block 134
Block first atom: 3800
Blocpdb> 32 atoms in block 135
Block first atom: 3822
Blocpdb> 21 atoms in block 136
Block first atom: 3854
Blocpdb> 27 atoms in block 137
Block first atom: 3875
Blocpdb> 30 atoms in block 138
Block first atom: 3902
Blocpdb> 29 atoms in block 139
Block first atom: 3932
Blocpdb> 25 atoms in block 140
Block first atom: 3961
Blocpdb> 35 atoms in block 141
Block first atom: 3986
Blocpdb> 21 atoms in block 142
Block first atom: 4021
Blocpdb> 29 atoms in block 143
Block first atom: 4042
Blocpdb> 18 atoms in block 144
Block first atom: 4071
Blocpdb> 21 atoms in block 145
Block first atom: 4089
Blocpdb> 22 atoms in block 146
Block first atom: 4110
Blocpdb> 25 atoms in block 147
Block first atom: 4132
Blocpdb> 29 atoms in block 148
Block first atom: 4157
Blocpdb> 19 atoms in block 149
Block first atom: 4186
Blocpdb> 22 atoms in block 150
Block first atom: 4205
Blocpdb> 29 atoms in block 151
Block first atom: 4227
Blocpdb> 26 atoms in block 152
Block first atom: 4256
Blocpdb> 31 atoms in block 153
Block first atom: 4282
Blocpdb> 22 atoms in block 154
Block first atom: 4313
Blocpdb> 35 atoms in block 155
Block first atom: 4335
Blocpdb> 28 atoms in block 156
Block first atom: 4370
Blocpdb> 31 atoms in block 157
Block first atom: 4398
Blocpdb> 23 atoms in block 158
Block first atom: 4429
Blocpdb> 36 atoms in block 159
Block first atom: 4452
Blocpdb> 28 atoms in block 160
Block first atom: 4488
Blocpdb> 28 atoms in block 161
Block first atom: 4516
Blocpdb> 39 atoms in block 162
Block first atom: 4544
Blocpdb> 30 atoms in block 163
Block first atom: 4583
Blocpdb> 26 atoms in block 164
Block first atom: 4613
Blocpdb> 32 atoms in block 165
Block first atom: 4639
Blocpdb> 25 atoms in block 166
Block first atom: 4671
Blocpdb> 31 atoms in block 167
Block first atom: 4696
Blocpdb> 20 atoms in block 168
Block first atom: 4727
Blocpdb> 25 atoms in block 169
Block first atom: 4747
Blocpdb> 26 atoms in block 170
Block first atom: 4772
Blocpdb> 34 atoms in block 171
Block first atom: 4798
Blocpdb> 36 atoms in block 172
Block first atom: 4832
Blocpdb> 25 atoms in block 173
Block first atom: 4868
Blocpdb> 27 atoms in block 174
Block first atom: 4893
Blocpdb> 24 atoms in block 175
Block first atom: 4920
Blocpdb> 29 atoms in block 176
Block first atom: 4944
Blocpdb> 28 atoms in block 177
Block first atom: 4973
Blocpdb> 32 atoms in block 178
Block first atom: 5001
Blocpdb> 27 atoms in block 179
Block first atom: 5033
Blocpdb> 29 atoms in block 180
Block first atom: 5060
Blocpdb> 32 atoms in block 181
Block first atom: 5089
Blocpdb> 26 atoms in block 182
Block first atom: 5121
Blocpdb> 30 atoms in block 183
Block first atom: 5147
Blocpdb> 34 atoms in block 184
Block first atom: 5177
Blocpdb> 31 atoms in block 185
Block first atom: 5211
Blocpdb> 26 atoms in block 186
Block first atom: 5242
Blocpdb> 37 atoms in block 187
Block first atom: 5268
Blocpdb> 27 atoms in block 188
Block first atom: 5305
Blocpdb> 6 atoms in block 189
Block first atom: 5332
Blocpdb> 20 atoms in block 190
Block first atom: 5338
Blocpdb> 19 atoms in block 191
Block first atom: 5358
Blocpdb> 23 atoms in block 192
Block first atom: 5377
Blocpdb> 18 atoms in block 193
Block first atom: 5400
Blocpdb> 19 atoms in block 194
Block first atom: 5418
Blocpdb> 35 atoms in block 195
Block first atom: 5437
Blocpdb> 29 atoms in block 196
Block first atom: 5472
Blocpdb> 20 atoms in block 197
Block first atom: 5501
Blocpdb> 10 atoms in block 198
Block first atom: 5520
Blocpdb> 198 blocks.
Blocpdb> At most, 42 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1894320 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 16590
Prepmat> Matrix trace = 4136160.0000
Prepmat> Last element read: 16590 16590 51.6195
Prepmat> 19702 lines saved.
Prepmat> 18112 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5530
RTB> Total mass = 5530.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5530
RTB> Number of blocks = 198
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 209808.3116
RTB> 54234 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1188
Diagstd> Nb of non-zero elements: 54234
Diagstd> Projected matrix trace = 209808.3116
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1188 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 209808.3116
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0032978 0.0055082 0.0086776 0.0162343
0.0222664 0.0361914 0.0463107 0.0908440 0.1201530
0.1968067 0.2904870 0.4092562 0.4337689 0.5879003
0.6661783 0.7567368 1.1611743 1.2792294 1.4933744
1.7997845 1.8991336 2.1077521 2.4995744 2.9400142
3.1582039 3.2057482 3.4405647 3.5610114 4.0717116
4.4071859 4.5100527 4.8363963 5.0087496 5.4601391
5.9065852 6.1991366 6.6930898 6.9404676 7.5281793
7.6987009 8.0844471 8.0925578 8.2318482 9.5402607
9.7376606 10.1411088 10.2912569 10.7587265 11.1059341
11.5187580 12.1036439 12.8142177 12.9698633 13.2153131
13.9381263 14.3977583 14.6173295 14.7862563 14.9137452
15.3583203 15.4820103 16.1885311 16.3206794 16.6001472
16.7292483 17.1419279 17.2165067 17.4269043 17.7891363
17.9165825 18.5306378 19.4919401 19.7024599 19.7909212
20.5111233 20.8447705 21.1357780 21.3898950 21.6234986
21.8652804 22.2583520 22.3230553 22.7253965 22.8832745
23.1511187 23.4314052 23.9395119 24.1371230 24.8887589
25.2971629 25.4510558 25.6852990 25.9474255 26.1709845
26.2607145 26.6281318 27.0067518 27.4797719 28.2387147
28.3434007
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034330 0.0034332 0.0034334 0.0034338 0.0034344
0.0034361 6.2359872 8.0593170 10.1156741 13.8360611
16.2039414 20.6584749 23.3687650 32.7297991 37.6411186
48.1742842 58.5273207 69.4692988 71.5195060 83.2620549
88.6319959 94.4642978 117.0156627 122.8201130 132.7026622
145.6818782 149.6487295 157.6540181 171.6834034 186.1958494
192.9813596 194.4285251 201.4235027 204.9188745 219.1208911
227.9690896 230.6142232 238.8120402 243.0300291 253.7447890
263.9146600 270.3714840 280.9367833 286.0814164 297.9478508
301.3033793 308.7595801 308.9144217 311.5616221 335.4095321
338.8617879 345.8103612 348.3609689 356.1850717 361.8868702
368.5514356 377.7925155 388.7239774 391.0776343 394.7607889
405.4128198 412.0431696 415.1731875 417.5652939 419.3615797
425.5662135 427.2764491 436.9170598 438.6967298 442.4368079
444.1539141 449.5987679 450.5757338 453.3205460 458.0076279
459.6453459 467.4557051 479.4273595 482.0093982 483.0902636
491.8016740 495.7855206 499.2342809 502.2264796 504.9614938
507.7767437 512.3205579 513.0646553 517.6676366 519.4626966
522.4939557 525.6473118 531.3160382 533.5044324 541.7474805
546.1742100 547.8329908 550.3482542 553.1493639 555.5271774
556.4787050 560.3580682 564.3278157 569.2484304 577.0557101
578.1243456
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5530
Rtb_to_modes> Number of blocs = 198
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.22
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.79
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.39
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.34
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1188 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 99540 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
1.00002 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001
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1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999
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1.00003 0.99999 1.00001 0.99997 0.99998
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1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2503131542382221122.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503131542382221122.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2503131542382221122.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2503131542382221122.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 784
First residue number = 25
Last residue number = 841
Number of atoms found = 5530
Mean number per residue = 7.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9942E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0012E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.6776E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.6191E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.34
Bfactors> 106 vectors, 16590 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.003298
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.037 for 784 C-alpha atoms.
Bfactors> = 2.456 +/- 6.24
Bfactors> = 102.281 +/- 47.95
Bfactors> Shiftng-fct= 99.824
Bfactors> Scaling-fct= 7.681
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2503131542382221122.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503131542382221122.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4359E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.236
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.059
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 13.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 32.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 88.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 94.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 117.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 201.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 286.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.1
Chkmod> 106 vectors, 16590 coordinates in file.
Chkmod> That is: 5530 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 16 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8248
0.0034 0.7205
0.0034 0.8100
0.0034 0.6002
0.0034 0.9854
0.0034 0.8173
6.2358 0.4155
8.0590 0.1308
10.1152 0.1716
13.8353 0.3146
16.2031 0.6583
20.6575 0.5435
23.3678 0.3264
32.7284 0.6563
37.6469 0.1306
48.1714 0.2468
58.5261 0.2977
69.4700 0.1525
71.5190 0.1810
83.2585 0.4542
88.6296 0.7652
94.4579 0.7604
117.0019 0.3261
122.8038 0.5984
132.6803 0.4360
145.6843 0.1451
149.6370 0.3029
157.6565 0.3693
171.6906 0.1392
186.1874 0.0690
192.9668 0.5016
194.4278 0.1511
201.4276 0.0896
204.9098 0.1920
219.1192 0.2007
227.9545 0.0888
230.6030 0.1443
238.7920 0.0533
243.0257 0.0745
253.7307 0.1069
263.9126 0.0773
270.3569 0.3818
280.9228 0.0025
286.0595 0.0593
297.9315 0.4669
301.2963 0.3071
308.7378 0.0435
308.9096 0.4128
311.5511 0.5239
335.3906 0.0194
338.8531 0.2890
345.7766 0.1524
348.3247 0.1381
356.1909 0.2974
361.9376 0.1163
368.5555 0.2674
377.7194 0.2384
388.6433 0.2620
391.0629 0.1402
394.8138 0.2232
405.4227 0.1058
412.0576 0.3139
415.1933 0.2227
417.6002 0.2236
419.2909 0.2862
425.5712 0.2172
427.2304 0.1212
436.9181 0.2076
438.6688 0.1217
442.4159 0.2991
444.1448 0.1402
449.5542 0.4001
450.6021 0.2836
453.3413 0.2049
457.9991 0.1676
459.6694 0.2239
467.4276 0.2430
479.3829 0.2387
481.9586 0.3399
483.0583 0.3320
491.7671 0.3889
495.7075 0.3746
499.2627 0.1976
502.2062 0.1941
504.8990 0.1654
507.8097 0.1356
512.3175 0.3724
513.0075 0.3456
517.6978 0.2914
519.4032 0.3189
522.4589 0.2818
525.6090 0.2126
531.2986 0.1848
533.5133 0.1660
541.7377 0.2804
546.1814 0.3345
547.7981 0.2936
550.3750 0.2162
553.1531 0.1095
555.4929 0.3964
556.4472 0.4611
560.3537 0.2910
564.3375 0.3251
569.2264 0.1628
577.0441 0.3723
578.0648 0.1796
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 2503131542382221122.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503131542382221122.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 2503131542382221122.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2503131542382221122.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 2503131542382221122.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
2503131542382221122.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4359E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.236
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.059
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 13.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 32.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 71.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 88.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 94.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 117.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 201.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 263.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 286.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 311.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.1
Projmod> 106 vectors, 16590 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 784
First residue number = 25
Last residue number = 841
Number of atoms found = 5530
Mean number per residue = 7.1
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 784
First residue number = 25
Last residue number = 841
Number of atoms found = 5387
Mean number per residue = 6.9
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Er> Not enough of them.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2503131542382221122 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
making animated gifs
11 models are in 2503131542382221122.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 784 3.364 622 1.513
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 784 3.148 625 1.513
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 784 2.943 629 1.516
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 784 2.750 565 1.865
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 784 2.572 598 1.848
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 784 2.414 630 1.826
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 784 2.278 664 1.801
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 784 2.169 689 1.756
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 784 2.092 695 1.685
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 784 2.049 701 1.639
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 784 2.044 704 1.614
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2503131542382221122 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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2503131542382221122.atom
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 784 2.784 675 1.683
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 784 2.653 671 1.692
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 784 2.548 662 1.716
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 784 2.471 654 1.765
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 784 2.426 650 1.813
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 784 2.414 630 1.826
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 784 2.436 612 1.847
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 784 2.490 593 1.847
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 784 2.576 638 1.500
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 784 2.689 639 1.497
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 784 2.826 640 1.491
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2503131542382221122 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=20
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calculating perturbed structure for DQ=60
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 784 2.655 658 1.799
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 784 2.547 654 1.787
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 784 2.466 653 1.798
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 784 2.416 649 1.813
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 784 2.399 635 1.805
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 784 2.414 630 1.826
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 784 2.461 622 1.845
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 784 2.540 616 1.872
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 784 2.646 608 1.911
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 784 2.777 593 1.941
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 784 2.929 566 1.958
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2503131542382221122 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-60
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
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2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2503131542382221122.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=40
2503131542382221122.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
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2503131542382221122.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 784 3.150 608 1.745
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 784 2.965 610 1.680
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 784 2.795 623 1.650
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 784 2.644 590 1.912
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 784 2.516 610 1.860
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 784 2.414 630 1.826
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 784 2.341 654 1.817
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 784 2.301 670 1.782
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 784 2.295 679 1.790
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 784 2.323 672 1.737
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 784 2.384 668 1.703
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2503131542382221122 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2503131542382221122.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2503131542382221122.eigenfacs
2503131542382221122.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2503131542382221122.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
2503131542382221122.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2503131542382221122.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 784 2.975 536 1.668
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 784 2.819 550 1.675
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 784 2.682 573 1.749
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 784 2.567 596 1.778
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 784 2.477 612 1.792
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 784 2.414 630 1.826
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 784 2.381 656 1.878
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 784 2.379 676 1.927
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 784 2.408 685 1.969
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 784 2.467 671 1.981
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 784 2.554 657 2.022
2503131542382221122.10.pdb
2503131542382221122.11.pdb
2503131542382221122.7.pdb
2503131542382221122.8.pdb
2503131542382221122.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m36.621s
user 0m36.552s
sys 0m0.068s
rm: cannot remove '2503131542382221122.sdijf': No such file or directory
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