*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2503090821423746068.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2503090821423746068.atom to be opened.
Openam> File opened: 2503090821423746068.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1369
First residue number = 1
Last residue number = 23
Number of atoms found = 11635
Mean number per residue = 8.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.178225 +/- 23.241605 From: -51.052000 To: 82.005000
= 0.931207 +/- 39.779843 From: -90.680000 To: 73.410000
= 0.310688 +/- 31.891522 From: -69.478000 To: 53.875000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DT ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DC ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'DG ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 47 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.6896 % Filled.
Pdbmat> 4201269 non-zero elements.
Pdbmat> 459131 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.92 +/- 21.36
Maximum number = 131
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 9.182620E+06
Pdbmat> Larger element = 518.936
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1369 non-zero elements, NRBL set to 7
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2503090821423746068.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 7
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2503090821423746068.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2503090821423746068.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 11635 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 7 residue(s) per block.
Blocpdb> 1369 residues.
Blocpdb> 52 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 63 atoms in block 2
Block first atom: 53
Blocpdb> 62 atoms in block 3
Block first atom: 116
Blocpdb> 51 atoms in block 4
Block first atom: 178
Blocpdb> 60 atoms in block 5
Block first atom: 229
Blocpdb> 59 atoms in block 6
Block first atom: 289
Blocpdb> 63 atoms in block 7
Block first atom: 348
Blocpdb> 43 atoms in block 8
Block first atom: 411
Blocpdb> 54 atoms in block 9
Block first atom: 454
Blocpdb> 47 atoms in block 10
Block first atom: 508
Blocpdb> 60 atoms in block 11
Block first atom: 555
Blocpdb> 52 atoms in block 12
Block first atom: 615
Blocpdb> 52 atoms in block 13
Block first atom: 667
Blocpdb> 56 atoms in block 14
Block first atom: 719
Blocpdb> 54 atoms in block 15
Block first atom: 775
Blocpdb> 49 atoms in block 16
Block first atom: 829
Blocpdb> 53 atoms in block 17
Block first atom: 878
Blocpdb> 54 atoms in block 18
Block first atom: 931
Blocpdb> 60 atoms in block 19
Block first atom: 985
Blocpdb> 51 atoms in block 20
Block first atom: 1045
Blocpdb> 66 atoms in block 21
Block first atom: 1096
Blocpdb> 60 atoms in block 22
Block first atom: 1162
Blocpdb> 58 atoms in block 23
Block first atom: 1222
Blocpdb> 59 atoms in block 24
Block first atom: 1280
Blocpdb> 47 atoms in block 25
Block first atom: 1339
Blocpdb> 49 atoms in block 26
Block first atom: 1386
Blocpdb> 54 atoms in block 27
Block first atom: 1435
Blocpdb> 56 atoms in block 28
Block first atom: 1489
Blocpdb> 56 atoms in block 29
Block first atom: 1545
Blocpdb> 56 atoms in block 30
Block first atom: 1601
Blocpdb> 59 atoms in block 31
Block first atom: 1657
Blocpdb> 63 atoms in block 32
Block first atom: 1716
Blocpdb> 59 atoms in block 33
Block first atom: 1779
Blocpdb> 67 atoms in block 34
Block first atom: 1838
Blocpdb> 52 atoms in block 35
Block first atom: 1905
Blocpdb> 63 atoms in block 36
Block first atom: 1957
Blocpdb> 54 atoms in block 37
Block first atom: 2020
Blocpdb> 49 atoms in block 38
Block first atom: 2074
Blocpdb> 49 atoms in block 39
Block first atom: 2123
Blocpdb> 50 atoms in block 40
Block first atom: 2172
Blocpdb> 55 atoms in block 41
Block first atom: 2222
Blocpdb> 54 atoms in block 42
Block first atom: 2277
Blocpdb> 55 atoms in block 43
Block first atom: 2331
Blocpdb> 60 atoms in block 44
Block first atom: 2386
Blocpdb> 60 atoms in block 45
Block first atom: 2446
Blocpdb> 54 atoms in block 46
Block first atom: 2506
Blocpdb> 67 atoms in block 47
Block first atom: 2560
Blocpdb> 55 atoms in block 48
Block first atom: 2627
Blocpdb> 59 atoms in block 49
Block first atom: 2682
Blocpdb> 59 atoms in block 50
Block first atom: 2741
Blocpdb> 56 atoms in block 51
Block first atom: 2800
Blocpdb> 72 atoms in block 52
Block first atom: 2856
Blocpdb> 64 atoms in block 53
Block first atom: 2928
Blocpdb> 57 atoms in block 54
Block first atom: 2992
Blocpdb> 51 atoms in block 55
Block first atom: 3049
Blocpdb> 57 atoms in block 56
Block first atom: 3100
Blocpdb> 64 atoms in block 57
Block first atom: 3157
Blocpdb> 56 atoms in block 58
Block first atom: 3221
Blocpdb> 60 atoms in block 59
Block first atom: 3277
Blocpdb> 68 atoms in block 60
Block first atom: 3337
Blocpdb> 63 atoms in block 61
Block first atom: 3405
Blocpdb> 61 atoms in block 62
Block first atom: 3468
Blocpdb> 48 atoms in block 63
Block first atom: 3529
Blocpdb> 53 atoms in block 64
Block first atom: 3577
Blocpdb> 53 atoms in block 65
Block first atom: 3630
Blocpdb> 59 atoms in block 66
Block first atom: 3683
Blocpdb> 48 atoms in block 67
Block first atom: 3742
Blocpdb> 62 atoms in block 68
Block first atom: 3790
Blocpdb> 51 atoms in block 69
Block first atom: 3852
Blocpdb> 58 atoms in block 70
Block first atom: 3903
Blocpdb> 58 atoms in block 71
Block first atom: 3961
Blocpdb> 58 atoms in block 72
Block first atom: 4019
Blocpdb> 63 atoms in block 73
Block first atom: 4077
Blocpdb> 55 atoms in block 74
Block first atom: 4140
Blocpdb> 63 atoms in block 75
Block first atom: 4195
Blocpdb> 50 atoms in block 76
Block first atom: 4258
Blocpdb> 52 atoms in block 77
Block first atom: 4308
Blocpdb> 43 atoms in block 78
Block first atom: 4360
Blocpdb> 63 atoms in block 79
Block first atom: 4403
Blocpdb> 54 atoms in block 80
Block first atom: 4466
Blocpdb> 56 atoms in block 81
Block first atom: 4520
Blocpdb> 59 atoms in block 82
Block first atom: 4576
Blocpdb> 56 atoms in block 83
Block first atom: 4635
Blocpdb> 42 atoms in block 84
Block first atom: 4691
Blocpdb> 48 atoms in block 85
Block first atom: 4733
Blocpdb> 59 atoms in block 86
Block first atom: 4781
Blocpdb> 48 atoms in block 87
Block first atom: 4840
Blocpdb> 64 atoms in block 88
Block first atom: 4888
Blocpdb> 56 atoms in block 89
Block first atom: 4952
Blocpdb> 59 atoms in block 90
Block first atom: 5008
Blocpdb> 51 atoms in block 91
Block first atom: 5067
Blocpdb> 62 atoms in block 92
Block first atom: 5118
Blocpdb> 50 atoms in block 93
Block first atom: 5180
Blocpdb> 64 atoms in block 94
Block first atom: 5230
Blocpdb> 59 atoms in block 95
Block first atom: 5294
Blocpdb> 52 atoms in block 96
Block first atom: 5353
Blocpdb> 55 atoms in block 97
Block first atom: 5405
Blocpdb> 59 atoms in block 98
Block first atom: 5460
Blocpdb> 58 atoms in block 99
Block first atom: 5519
Blocpdb> 55 atoms in block 100
Block first atom: 5577
Blocpdb> 54 atoms in block 101
Block first atom: 5632
Blocpdb> 54 atoms in block 102
Block first atom: 5686
Blocpdb> 51 atoms in block 103
Block first atom: 5740
Blocpdb> 57 atoms in block 104
Block first atom: 5791
Blocpdb> 58 atoms in block 105
Block first atom: 5848
Blocpdb> 58 atoms in block 106
Block first atom: 5906
Blocpdb> 59 atoms in block 107
Block first atom: 5964
Blocpdb> 56 atoms in block 108
Block first atom: 6023
Blocpdb> 59 atoms in block 109
Block first atom: 6079
Blocpdb> 53 atoms in block 110
Block first atom: 6138
Blocpdb> 55 atoms in block 111
Block first atom: 6191
Blocpdb> 53 atoms in block 112
Block first atom: 6246
Blocpdb> 62 atoms in block 113
Block first atom: 6299
Blocpdb> 60 atoms in block 114
Block first atom: 6361
Blocpdb> 46 atoms in block 115
Block first atom: 6421
Blocpdb> 51 atoms in block 116
Block first atom: 6467
Blocpdb> 61 atoms in block 117
Block first atom: 6518
Blocpdb> 58 atoms in block 118
Block first atom: 6579
Blocpdb> 61 atoms in block 119
Block first atom: 6637
Blocpdb> 50 atoms in block 120
Block first atom: 6698
Blocpdb> 52 atoms in block 121
Block first atom: 6748
Blocpdb> 56 atoms in block 122
Block first atom: 6800
Blocpdb> 55 atoms in block 123
Block first atom: 6856
Blocpdb> 57 atoms in block 124
Block first atom: 6911
Blocpdb> 65 atoms in block 125
Block first atom: 6968
Blocpdb> 57 atoms in block 126
Block first atom: 7033
Blocpdb> 56 atoms in block 127
Block first atom: 7090
Blocpdb> 49 atoms in block 128
Block first atom: 7146
Blocpdb> 52 atoms in block 129
Block first atom: 7195
Blocpdb> 57 atoms in block 130
Block first atom: 7247
Blocpdb> 56 atoms in block 131
Block first atom: 7304
Blocpdb> 52 atoms in block 132
Block first atom: 7360
Blocpdb> 57 atoms in block 133
Block first atom: 7412
Blocpdb> 60 atoms in block 134
Block first atom: 7469
Blocpdb> 71 atoms in block 135
Block first atom: 7529
Blocpdb> 56 atoms in block 136
Block first atom: 7600
Blocpdb> 54 atoms in block 137
Block first atom: 7656
Blocpdb> 49 atoms in block 138
Block first atom: 7710
Blocpdb> 59 atoms in block 139
Block first atom: 7759
Blocpdb> 64 atoms in block 140
Block first atom: 7818
Blocpdb> 62 atoms in block 141
Block first atom: 7882
Blocpdb> 64 atoms in block 142
Block first atom: 7944
Blocpdb> 58 atoms in block 143
Block first atom: 8008
Blocpdb> 59 atoms in block 144
Block first atom: 8066
Blocpdb> 58 atoms in block 145
Block first atom: 8125
Blocpdb> 53 atoms in block 146
Block first atom: 8183
Blocpdb> 51 atoms in block 147
Block first atom: 8236
Blocpdb> 58 atoms in block 148
Block first atom: 8287
Blocpdb> 63 atoms in block 149
Block first atom: 8345
Blocpdb> 50 atoms in block 150
Block first atom: 8408
Blocpdb> 53 atoms in block 151
Block first atom: 8458
Blocpdb> 63 atoms in block 152
Block first atom: 8511
Blocpdb> 59 atoms in block 153
Block first atom: 8574
Blocpdb> 54 atoms in block 154
Block first atom: 8633
Blocpdb> 57 atoms in block 155
Block first atom: 8687
Blocpdb> 55 atoms in block 156
Block first atom: 8744
Blocpdb> 57 atoms in block 157
Block first atom: 8799
Blocpdb> 50 atoms in block 158
Block first atom: 8856
Blocpdb> 54 atoms in block 159
Block first atom: 8906
Blocpdb> 49 atoms in block 160
Block first atom: 8960
Blocpdb> 53 atoms in block 161
Block first atom: 9009
Blocpdb> 53 atoms in block 162
Block first atom: 9062
Blocpdb> 60 atoms in block 163
Block first atom: 9115
Blocpdb> 66 atoms in block 164
Block first atom: 9175
Blocpdb> 55 atoms in block 165
Block first atom: 9241
Blocpdb> 51 atoms in block 166
Block first atom: 9296
Blocpdb> 67 atoms in block 167
Block first atom: 9347
Blocpdb> 59 atoms in block 168
Block first atom: 9414
Blocpdb> 58 atoms in block 169
Block first atom: 9473
Blocpdb> 59 atoms in block 170
Block first atom: 9531
Blocpdb> 45 atoms in block 171
Block first atom: 9590
Blocpdb> 70 atoms in block 172
Block first atom: 9635
Blocpdb> 22 atoms in block 173
Block first atom: 9705
Blocpdb> 57 atoms in block 174
Block first atom: 9727
Blocpdb> 59 atoms in block 175
Block first atom: 9784
Blocpdb> 58 atoms in block 176
Block first atom: 9843
Blocpdb> 53 atoms in block 177
Block first atom: 9901
Blocpdb> 52 atoms in block 178
Block first atom: 9954
Blocpdb> 59 atoms in block 179
Block first atom: 10006
Blocpdb> 66 atoms in block 180
Block first atom: 10065
Blocpdb> 56 atoms in block 181
Block first atom: 10131
Blocpdb> 54 atoms in block 182
Block first atom: 10187
Blocpdb> 57 atoms in block 183
Block first atom: 10241
Blocpdb> 55 atoms in block 184
Block first atom: 10298
Blocpdb> 61 atoms in block 185
Block first atom: 10353
Blocpdb> 55 atoms in block 186
Block first atom: 10414
Blocpdb> 55 atoms in block 187
Block first atom: 10469
Blocpdb> 49 atoms in block 188
Block first atom: 10524
Blocpdb> 64 atoms in block 189
Block first atom: 10573
Blocpdb> 37 atoms in block 190
Block first atom: 10637
Blocpdb> 139 atoms in block 191
Block first atom: 10674
Blocpdb> 146 atoms in block 192
Block first atom: 10813
Blocpdb> 139 atoms in block 193
Block first atom: 10959
Blocpdb> 62 atoms in block 194
Block first atom: 11098
Blocpdb> 145 atoms in block 195
Block first atom: 11160
Blocpdb> 145 atoms in block 196
Block first atom: 11305
Blocpdb> 143 atoms in block 197
Block first atom: 11450
Blocpdb> 43 atoms in block 198
Block first atom: 11592
Blocpdb> 198 blocks.
Blocpdb> At most, 146 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 22 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 4201467 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 34905
Prepmat> Matrix trace = 9182620.0000
Prepmat> Last element read: 34905 34905 67.8043
Prepmat> 19702 lines saved.
Prepmat> 18330 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 11635
RTB> Total mass = 11635.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 11635
RTB> Number of blocks = 198
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 184177.2057
RTB> 46386 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1188
Diagstd> Nb of non-zero elements: 46386
Diagstd> Projected matrix trace = 184177.2057
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1188 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 184177.2057
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0015529 0.0029925 0.0130863 0.0177711
0.0581843 0.1274034 0.1729634 0.2360941 0.2493978
0.3642394 0.3937053 0.5058321 0.5959557 0.7540435
0.8539535 0.8879298 1.0493421 1.1368589 1.3438194
1.4822981 1.7618935 2.1169740 2.3480960 2.4743788
2.5712455 2.9879563 3.3098343 3.4896785 3.7327790
3.8764768 4.0002118 4.1322448 4.5767188 4.7119928
5.1342154 5.5388200 5.6226137 5.8705980 5.8950305
6.2668592 6.4520135 7.0453657 7.2941042 7.3944099
7.6653362 7.9516528 8.2493967 8.3996905 8.6369816
9.3366260 9.4732693 9.7879919 10.0456329 10.2248660
10.5320565 10.7107510 11.0858381 11.3685043 11.4737475
12.0808130 12.5985182 12.7869239 12.9845667 13.3374586
13.4721034 13.6279765 13.8093151 13.9632907 14.3545344
14.7032985 15.1875831 15.4015922 15.5551400 15.9003956
16.0577367 16.3275427 16.9849234 17.3356752 17.7375203
17.9979693 18.2125375 18.2765305 18.6702640 19.2807735
19.6976889 20.0293149 20.3050683 20.3607213 20.5016315
21.1752805 21.2469810 22.0204290 22.1282350 22.5693951
22.6230144 23.2261009 23.3621927 23.8255666 24.1585033
24.2756533
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034318 0.0034322 0.0034333 0.0034339 0.0034346
0.0034351 4.2792459 5.9403120 12.4223380 14.4761219
26.1937712 38.7601814 45.1619219 52.7640217 54.2302425
65.5373315 68.1366731 77.2322110 83.8305388 94.2960442
100.3488497 102.3256692 111.2381665 115.7840017 125.8826092
132.2096204 144.1401966 157.9985267 166.3999552 170.8159329
174.1273759 187.7078339 197.5597223 202.8560610 209.8028675
213.8030389 217.1884736 220.7436913 232.3124022 235.7206282
246.0550726 255.5664876 257.4923920 263.1094538 263.6563940
271.8443103 275.8308981 288.2352228 293.2791983 295.2888451
300.6497748 306.2132538 311.8935360 314.7218702 319.1363532
331.8106037 334.2298404 339.7364010 344.1786535 347.2354790
352.4129592 355.3900308 361.5593081 366.1398044 367.8306591
377.4360354 385.4384301 388.3097729 391.2992455 396.5809252
398.5776882 400.8768421 403.5351320 405.7786290 411.4242020
416.3922785 423.1941087 426.1653052 428.2843862 433.0113155
435.1484559 438.7889625 447.5350737 452.1324329 457.3426802
460.6881422 463.4261212 464.2395729 469.2135112 476.8233412
481.9510355 485.9911128 489.3251158 489.9952389 491.6878678
499.7005944 500.5458848 509.5750650 510.8209115 515.8877787
516.5002268 523.3394029 524.8703992 530.0500730 533.7406656
535.0332143
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 11635
Rtb_to_modes> Number of blocs = 198
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9877E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9898E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.5529E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.9925E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.3086E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.7771E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.8184E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1274
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1730
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2361
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3642
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3937
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5058
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8540
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8879
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.049
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.137
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.344
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.482
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.762
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.117
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.474
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.988
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.310
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.490
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.733
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.876
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.000
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.132
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.577
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.712
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.134
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.539
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.623
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.871
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.895
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.267
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.452
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.045
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.294
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.394
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.665
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.952
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.249
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.400
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.337
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.473
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.788
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.28
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1188 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
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1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
1.00001 1.00003 0.99998 0.99999 1.00002
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0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
1.00000 0.99998 1.00004 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
0.99999 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001
1.00000 1.00003 1.00000 1.00000 0.99997
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000
0.99998 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 209430 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00003
1.00000 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
1.00000 0.99997 0.99999 0.99997 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
1.00001 1.00003 0.99998 0.99999 1.00002
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1.00000 0.99998 1.00004 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
0.99999 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001
1.00000 1.00003 1.00000 1.00000 0.99997
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
1.00000 0.99998 1.00000 0.99998 1.00000
0.99998 0.99999 1.00001 1.00002 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2503090821423746068.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503090821423746068.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2503090821423746068.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2503090821423746068.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1369
First residue number = 1
Last residue number = 23
Number of atoms found = 11635
Mean number per residue = 8.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9877E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9898E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9959E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.5529E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.9925E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3086E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.7771E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.8184E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1274
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1730
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2361
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Bfactors> 106 vectors, 34905 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.001553
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.039 for 1322 C-alpha atoms.
Bfactors> = 1.643 +/- 2.66
Bfactors> = 79.476 +/- 8.10
Bfactors> Shiftng-fct= 77.833
Bfactors> Scaling-fct= 3.046
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2503090821423746068.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2503090821423746068.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.1
Chkmod> 106 vectors, 34905 coordinates in file.
Chkmod> That is: 11635 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
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running: ../../bin/get_modes.sh 2503090821423746068 7 -200 200 20 on 0
normal mode computation
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m11.683s
user 1m11.478s
sys 0m0.172s
rm: cannot remove '2503090821423746068.sdijf': No such file or directory
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elNémo
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