*** 6t1v ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 250215173327367820.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 250215173327367820.atom to be opened.
Openam> File opened: 250215173327367820.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 278
First residue number = 1
Last residue number = 278
Number of atoms found = 4567
Mean number per residue = 16.4
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 35.152867 +/- 10.176728 From: 9.243000 To: 58.265000
= 35.035300 +/- 9.833401 From: 6.502000 To: 56.801000
= 39.635667 +/- 12.883705 From: 8.994000 To: 70.127000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> 5 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.4902 % Filled.
Pdbmat> 3276141 non-zero elements.
Pdbmat> 361016 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 158.10 +/- 48.12
Maximum number = 250
Minimum number = 26
Pdbmat> Matrix trace = 7.220320E+06
Pdbmat> Larger element = 899.982
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
278 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 250215173327367820.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 250215173327367820.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
250215173327367820.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4567 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 278 residues.
Blocpdb> 33 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 34 atoms in block 2
Block first atom: 34
Blocpdb> 29 atoms in block 3
Block first atom: 68
Blocpdb> 39 atoms in block 4
Block first atom: 97
Blocpdb> 40 atoms in block 5
Block first atom: 136
Blocpdb> 23 atoms in block 6
Block first atom: 176
Blocpdb> 40 atoms in block 7
Block first atom: 199
Blocpdb> 33 atoms in block 8
Block first atom: 239
Blocpdb> 34 atoms in block 9
Block first atom: 272
Blocpdb> 33 atoms in block 10
Block first atom: 306
Blocpdb> 32 atoms in block 11
Block first atom: 339
Blocpdb> 32 atoms in block 12
Block first atom: 371
Blocpdb> 34 atoms in block 13
Block first atom: 403
Blocpdb> 38 atoms in block 14
Block first atom: 437
Blocpdb> 21 atoms in block 15
Block first atom: 475
Blocpdb> 36 atoms in block 16
Block first atom: 496
Blocpdb> 26 atoms in block 17
Block first atom: 532
Blocpdb> 33 atoms in block 18
Block first atom: 558
Blocpdb> 34 atoms in block 19
Block first atom: 591
Blocpdb> 35 atoms in block 20
Block first atom: 625
Blocpdb> 33 atoms in block 21
Block first atom: 660
Blocpdb> 31 atoms in block 22
Block first atom: 693
Blocpdb> 30 atoms in block 23
Block first atom: 724
Blocpdb> 34 atoms in block 24
Block first atom: 754
Blocpdb> 22 atoms in block 25
Block first atom: 788
Blocpdb> 34 atoms in block 26
Block first atom: 810
Blocpdb> 41 atoms in block 27
Block first atom: 844
Blocpdb> 42 atoms in block 28
Block first atom: 885
Blocpdb> 36 atoms in block 29
Block first atom: 927
Blocpdb> 28 atoms in block 30
Block first atom: 963
Blocpdb> 36 atoms in block 31
Block first atom: 991
Blocpdb> 32 atoms in block 32
Block first atom: 1027
Blocpdb> 33 atoms in block 33
Block first atom: 1059
Blocpdb> 31 atoms in block 34
Block first atom: 1092
Blocpdb> 29 atoms in block 35
Block first atom: 1123
Blocpdb> 43 atoms in block 36
Block first atom: 1152
Blocpdb> 37 atoms in block 37
Block first atom: 1195
Blocpdb> 18 atoms in block 38
Block first atom: 1232
Blocpdb> 37 atoms in block 39
Block first atom: 1250
Blocpdb> 35 atoms in block 40
Block first atom: 1287
Blocpdb> 31 atoms in block 41
Block first atom: 1322
Blocpdb> 26 atoms in block 42
Block first atom: 1353
Blocpdb> 32 atoms in block 43
Block first atom: 1379
Blocpdb> 33 atoms in block 44
Block first atom: 1411
Blocpdb> 36 atoms in block 45
Block first atom: 1444
Blocpdb> 32 atoms in block 46
Block first atom: 1480
Blocpdb> 30 atoms in block 47
Block first atom: 1512
Blocpdb> 21 atoms in block 48
Block first atom: 1542
Blocpdb> 36 atoms in block 49
Block first atom: 1563
Blocpdb> 33 atoms in block 50
Block first atom: 1599
Blocpdb> 31 atoms in block 51
Block first atom: 1632
Blocpdb> 26 atoms in block 52
Block first atom: 1663
Blocpdb> 33 atoms in block 53
Block first atom: 1689
Blocpdb> 33 atoms in block 54
Block first atom: 1722
Blocpdb> 41 atoms in block 55
Block first atom: 1755
Blocpdb> 28 atoms in block 56
Block first atom: 1796
Blocpdb> 33 atoms in block 57
Block first atom: 1824
Blocpdb> 34 atoms in block 58
Block first atom: 1857
Blocpdb> 40 atoms in block 59
Block first atom: 1891
Blocpdb> 31 atoms in block 60
Block first atom: 1931
Blocpdb> 29 atoms in block 61
Block first atom: 1962
Blocpdb> 30 atoms in block 62
Block first atom: 1991
Blocpdb> 31 atoms in block 63
Block first atom: 2021
Blocpdb> 34 atoms in block 64
Block first atom: 2052
Blocpdb> 23 atoms in block 65
Block first atom: 2086
Blocpdb> 38 atoms in block 66
Block first atom: 2109
Blocpdb> 26 atoms in block 67
Block first atom: 2147
Blocpdb> 24 atoms in block 68
Block first atom: 2173
Blocpdb> 27 atoms in block 69
Block first atom: 2197
Blocpdb> 31 atoms in block 70
Block first atom: 2224
Blocpdb> 39 atoms in block 71
Block first atom: 2255
Blocpdb> 39 atoms in block 72
Block first atom: 2294
Blocpdb> 33 atoms in block 73
Block first atom: 2333
Blocpdb> 43 atoms in block 74
Block first atom: 2366
Blocpdb> 36 atoms in block 75
Block first atom: 2409
Blocpdb> 27 atoms in block 76
Block first atom: 2445
Blocpdb> 32 atoms in block 77
Block first atom: 2472
Blocpdb> 32 atoms in block 78
Block first atom: 2504
Blocpdb> 36 atoms in block 79
Block first atom: 2536
Blocpdb> 35 atoms in block 80
Block first atom: 2572
Blocpdb> 30 atoms in block 81
Block first atom: 2607
Blocpdb> 38 atoms in block 82
Block first atom: 2637
Blocpdb> 34 atoms in block 83
Block first atom: 2675
Blocpdb> 29 atoms in block 84
Block first atom: 2709
Blocpdb> 34 atoms in block 85
Block first atom: 2738
Blocpdb> 24 atoms in block 86
Block first atom: 2772
Blocpdb> 23 atoms in block 87
Block first atom: 2796
Blocpdb> 29 atoms in block 88
Block first atom: 2819
Blocpdb> 39 atoms in block 89
Block first atom: 2848
Blocpdb> 29 atoms in block 90
Block first atom: 2887
Blocpdb> 35 atoms in block 91
Block first atom: 2916
Blocpdb> 38 atoms in block 92
Block first atom: 2951
Blocpdb> 18 atoms in block 93
Block first atom: 2989
Blocpdb> 36 atoms in block 94
Block first atom: 3007
Blocpdb> 21 atoms in block 95
Block first atom: 3043
Blocpdb> 38 atoms in block 96
Block first atom: 3064
Blocpdb> 30 atoms in block 97
Block first atom: 3102
Blocpdb> 36 atoms in block 98
Block first atom: 3132
Blocpdb> 34 atoms in block 99
Block first atom: 3168
Blocpdb> 31 atoms in block 100
Block first atom: 3202
Blocpdb> 29 atoms in block 101
Block first atom: 3233
Blocpdb> 33 atoms in block 102
Block first atom: 3262
Blocpdb> 36 atoms in block 103
Block first atom: 3295
Blocpdb> 29 atoms in block 104
Block first atom: 3331
Blocpdb> 34 atoms in block 105
Block first atom: 3360
Blocpdb> 36 atoms in block 106
Block first atom: 3394
Blocpdb> 41 atoms in block 107
Block first atom: 3430
Blocpdb> 31 atoms in block 108
Block first atom: 3471
Blocpdb> 29 atoms in block 109
Block first atom: 3502
Blocpdb> 22 atoms in block 110
Block first atom: 3531
Blocpdb> 36 atoms in block 111
Block first atom: 3553
Blocpdb> 30 atoms in block 112
Block first atom: 3589
Blocpdb> 41 atoms in block 113
Block first atom: 3619
Blocpdb> 36 atoms in block 114
Block first atom: 3660
Blocpdb> 39 atoms in block 115
Block first atom: 3696
Blocpdb> 26 atoms in block 116
Block first atom: 3735
Blocpdb> 43 atoms in block 117
Block first atom: 3761
Blocpdb> 36 atoms in block 118
Block first atom: 3804
Blocpdb> 30 atoms in block 119
Block first atom: 3840
Blocpdb> 32 atoms in block 120
Block first atom: 3870
Blocpdb> 33 atoms in block 121
Block first atom: 3902
Blocpdb> 38 atoms in block 122
Block first atom: 3935
Blocpdb> 33 atoms in block 123
Block first atom: 3973
Blocpdb> 41 atoms in block 124
Block first atom: 4006
Blocpdb> 36 atoms in block 125
Block first atom: 4047
Blocpdb> 29 atoms in block 126
Block first atom: 4083
Blocpdb> 29 atoms in block 127
Block first atom: 4112
Blocpdb> 30 atoms in block 128
Block first atom: 4141
Blocpdb> 35 atoms in block 129
Block first atom: 4171
Blocpdb> 38 atoms in block 130
Block first atom: 4206
Blocpdb> 32 atoms in block 131
Block first atom: 4244
Blocpdb> 40 atoms in block 132
Block first atom: 4276
Blocpdb> 34 atoms in block 133
Block first atom: 4316
Blocpdb> 41 atoms in block 134
Block first atom: 4350
Blocpdb> 27 atoms in block 135
Block first atom: 4391
Blocpdb> 38 atoms in block 136
Block first atom: 4418
Blocpdb> 44 atoms in block 137
Block first atom: 4456
Blocpdb> 38 atoms in block 138
Block first atom: 4500
Blocpdb> 30 atoms in block 139
Block first atom: 4537
Blocpdb> 139 blocks.
Blocpdb> At most, 44 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 18 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3276280 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 13701
Prepmat> Matrix trace = 7220320.0000
Prepmat> Last element read: 13701 13701 117.6767
Prepmat> 9731 lines saved.
Prepmat> 7994 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4567
RTB> Total mass = 4567.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4567
RTB> Number of blocks = 139
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 367828.9473
RTB> 60411 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 834
Diagstd> Nb of non-zero elements: 60411
Diagstd> Projected matrix trace = 367828.9473
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 834 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 367828.9473
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 6.7042018 9.2811386 10.0928479 11.9730149
16.0415668 17.1412629 18.0197919 21.1425894 24.5136116
26.8566071 28.6407640 29.8714847 32.1029830 32.9453690
34.6228943 36.0427714 38.2896663 39.2382741 39.9968391
44.2021523 45.0462913 45.9364310 46.5501075 48.8887499
50.7478036 51.0834300 52.1113544 52.8340250 54.5387329
55.7814126 58.5626791 59.3669590 61.6292713 64.2148885
66.1647504 66.7687432 69.7211643 70.2642386 73.2445659
74.4288200 76.2686986 77.0344668 79.4933303 79.9888224
81.7321356 84.3727129 86.1652689 86.7723077 87.6445711
88.8750504 89.8681362 92.0229805 92.9416281 93.6543322
95.3841781 97.3263340 98.9030175 99.6894546 101.1052766
101.8213820 104.6694942 105.2247389 107.0590547 109.2223503
110.7013279 111.9511153 115.1089623 117.1763726 117.5011646
118.5829255 119.5338321 119.9421850 121.3035498 123.6087157
125.4509864 125.6023972 126.8966400 128.1518586 128.7918064
130.1453832 133.3862870 134.1049900 134.7714401 135.5271450
136.1343443 137.3401199 137.8223240 141.3507410 143.5666827
145.7939304 146.0313708 146.3401519 148.9769854 150.2833836
151.3949632 152.0026132 154.2154743 154.6929460 157.2960923
157.4222855
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034314 0.0034331 0.0034334 0.0034343 0.0034345
0.0034353 281.1698964 330.8231630 344.9865354 375.7483144
434.9293070 449.5900468 460.9673499 499.3147181 537.6491096
562.7569319 581.1491132 593.5040470 615.2731658 623.2933144
638.9648458 651.9351077 671.9486275 680.2213028 686.7649396
721.9664041 728.8275833 735.9933752 740.8932266 759.2761293
773.5776352 776.1314914 783.9014376 789.3182219 801.9509422
811.0358174 831.0090402 836.6959794 852.4890254 870.1881132
883.3007916 887.3232907 906.7291873 910.2536989 929.3578786
936.8409098 948.3495627 953.0985762 968.1900745 971.2028134
981.7291891 997.4618334 1008.0020240 1011.5465052 1016.6179893
1023.7294815 1029.4331459 1041.7018321 1046.8884735 1050.8947343
1060.5556237 1071.2984159 1079.9410541 1084.2261813 1091.8983030
1095.7583124 1110.9777032 1113.9205312 1123.5877162 1134.8828654
1142.5407419 1148.9721252 1165.0641791 1175.4801643 1177.1081478
1182.5141887 1187.2459632 1189.2721761 1196.0023562 1207.3128616
1216.2765135 1217.0102737 1223.2644136 1229.2995848 1232.3651190
1238.8241515 1254.1540128 1257.5282476 1260.6490906 1264.1785733
1267.0073439 1272.6060731 1274.8381889 1291.0537547 1301.1342619
1311.1881101 1312.2553777 1313.6420170 1325.4241252 1331.2228472
1336.1370096 1338.8157334 1348.5257921 1350.6117866 1361.9283087
1362.4745128
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4567
Rtb_to_modes> Number of blocs = 139
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9853E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9949E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 135.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 141.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 143.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 145.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 152.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 154.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 154.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 157.4
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 834 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999
0.99999 0.99997 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999 1.00002 0.99997 0.99998 1.00004
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0.99999 0.99998 0.99998 1.00003 1.00000
1.00002 0.99998 1.00001 1.00002 1.00002
0.99999 0.99998 0.99998 1.00001 0.99997
1.00001 0.99998 0.99999 0.99996 0.99999
1.00003 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998
0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998
1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 0.99998
1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 0.99999
0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998
1.00002 0.99997 0.99999 1.00002 1.00003
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 1.00003 1.00002 0.99999
1.00000 1.00003 1.00002 1.00002 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
0.99999 1.00003 1.00002 1.00001 0.99999
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 82206 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999
0.99999 0.99997 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999 1.00002 0.99997 0.99998 1.00004
1.00000 0.99997 0.99998 0.99999 1.00003
0.99999 0.99998 0.99998 1.00003 1.00000
1.00002 0.99998 1.00001 1.00002 1.00002
0.99999 0.99998 0.99998 1.00001 0.99997
1.00001 0.99998 0.99999 0.99996 0.99999
1.00003 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998
0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 0.99998
1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 0.99998
1.00001 0.99998 0.99999 1.00001 0.99999
0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998
1.00002 0.99997 0.99999 1.00002 1.00003
1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 1.00003 1.00002 0.99999
1.00000 1.00003 1.00002 1.00002 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
0.99999 1.00003 1.00002 1.00001 0.99999
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 250215173327367820.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
250215173327367820.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 250215173327367820.atom
Openam> file on opening on unit 11:
250215173327367820.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 278
First residue number = 1
Last residue number = 278
Number of atoms found = 4567
Mean number per residue = 16.4
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9853E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9949E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9967E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.704
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.281
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.94
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.65
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 145.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 152.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 157.4
Bfactors> 106 vectors, 13701 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 6.704000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.005 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.005
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 250215173327367820.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
250215173327367820.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4313E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 434.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 671.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 831.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 852.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 870.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 883.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 906.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 929.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 953.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 968.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 981.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1017.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1029.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1047.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1051.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1060.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1071.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1080.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1084.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1092.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1096.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1114.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1124.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1135.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1142.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1149.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1165.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1176.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1177.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1183.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1187.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1189.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1196.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1207.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1216.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1217.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1223.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1229.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1232.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1239.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1254.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1257.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1261.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1264.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1267.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1272.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1275.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1291.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1301.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1311.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1312.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1313.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1325.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1331.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1336.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1339.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1348.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1351.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1362.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1362.
Chkmod> 106 vectors, 13701 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4567 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 39 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 41 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7335
0.0034 0.8392
0.0034 0.6991
0.0034 0.7289
0.0034 0.8726
0.0034 0.8128
281.1536 0.1308
330.8065 0.5747
344.9231 0.2751
375.6849 0.4517
434.8894 0.0800
449.5542 0.1367
460.9502 0.2202
499.2627 0.5100
537.5864 0.5576
562.7683 0.6191
581.1164 0.3193
593.4638 0.5244
615.2182 0.2842
623.3104 0.3990
638.9107 0.2877
651.8821 0.3040
671.9227 0.2415
680.2071 0.3536
686.7626 0.4287
721.9178 0.5366
728.8263 0.3891
735.9904 0.2680
740.8606 0.4116
759.2532 0.4348
773.5612 0.3537
776.0721 0.3002
783.8576 0.1368
789.2543 0.3443
801.9258 0.3069
810.9907 0.4155
830.9544 0.3287
836.6815 0.3835
852.4575 0.2284
870.1176 0.4484
883.2312 0.0799
887.2936 0.3631
906.6827 0.5104
910.1872 0.4829
929.2890 0.3246
936.8081 0.4170
948.3169 0.4381
953.0300 0.3834
968.1282 0.3233
971.1683 0.3649
981.6742 0.2739
997.4030 0.2937
1007.9864 0.4417
1011.4896 0.3483
1016.5478 0.3132
1023.7140 0.3452
1029.3996 0.4849
1041.6402 0.5062
1046.8344 0.2795
1050.8253 0.3232
1060.4869 0.4801
1071.2726 0.3796
1079.8782 0.4258
1084.1826 0.4525
1091.8229 0.4627
1095.5962 0.4612
1111.0919 0.3879
1113.7418 0.4566
1123.7543 0.4144
1134.7180 0.3453
1142.4848 0.3733
1149.1736 0.5599
1164.9688 0.4243
1175.5482 0.5350
1177.0518 0.4664
1182.5486 0.4501
1187.0270 0.2605
1189.0120 0.4475
1195.9335 0.3945
1207.2185 0.4063
1216.4619 0.3967
1216.9464 0.4471
1223.2281 0.4283
1229.4777 0.5846
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getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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generate a series of perturbations for mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 250215173327367820.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 250215173327367820 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 250215173327367820 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 250215173327367820.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 250215173327367820 12 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 12
calculating perturbed structure for DQ=-100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 250215173327367820.12.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 250215173327367820.12.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 250215173327367820 13 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 13
calculating perturbed structure for DQ=-100
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250215173327367820.eigenfacs
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250215173327367820.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
250215173327367820.eigenfacs
250215173327367820.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
250215173327367820.eigenfacs
250215173327367820.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
250215173327367820.eigenfacs
250215173327367820.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
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calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
250215173327367820.eigenfacs
250215173327367820.atom
making animated gifs
11 models are in 250215173327367820.13.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 250215173327367820.13.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 250215173327367820.13.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 14
running: ../../bin/get_modes.sh 250215173327367820 14 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 14
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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normal mode computation
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 250215173327367820.15.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 250215173327367820.15.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 16
running: ../../bin/get_modes.sh 250215173327367820 16 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 16
calculating perturbed structure for DQ=-100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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250215173327367820.8.pdb
250215173327367820.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m16.681s
user 0m16.577s
sys 0m0.104s
rm: cannot remove '250215173327367820.sdijf': No such file or directory
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