***  TiaS  ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2502110905483508753.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2502110905483508753.atom to be opened.
Openam> File opened: 2502110905483508753.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 416
First residue number = 1
Last residue number = 420
Number of atoms found = 3271
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 22.344942 +/- 15.810460 From: -11.513000 To: 67.205000
= 7.815761 +/- 11.087342 From: -15.702000 To: 34.980000
= 50.949247 +/- 18.736249 From: 18.867000 To: 101.424000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.4725 % Filled.
Pdbmat> 1190564 non-zero elements.
Pdbmat> 130122 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.56 +/- 22.53
Maximum number = 128
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 2.602440E+06
Pdbmat> Larger element = 491.550
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
416 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2502110905483508753.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2502110905483508753.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2502110905483508753.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3271 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 416 residues.
Blocpdb> 26 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 25 atoms in block 2
Block first atom: 27
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 52
Blocpdb> 21 atoms in block 4
Block first atom: 76
Blocpdb> 15 atoms in block 5
Block first atom: 97
Blocpdb> 14 atoms in block 6
Block first atom: 112
Blocpdb> 27 atoms in block 7
Block first atom: 126
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 153
Blocpdb> 22 atoms in block 9
Block first atom: 173
Blocpdb> 27 atoms in block 10
Block first atom: 195
Blocpdb> 28 atoms in block 11
Block first atom: 222
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 250
Blocpdb> 23 atoms in block 13
Block first atom: 266
Blocpdb> 26 atoms in block 14
Block first atom: 289
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 315
Blocpdb> 22 atoms in block 16
Block first atom: 342
Blocpdb> 15 atoms in block 17
Block first atom: 364
Blocpdb> 17 atoms in block 18
Block first atom: 379
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 396
Blocpdb> 25 atoms in block 20
Block first atom: 412
Blocpdb> 23 atoms in block 21
Block first atom: 437
Blocpdb> 23 atoms in block 22
Block first atom: 460
Blocpdb> 21 atoms in block 23
Block first atom: 483
Blocpdb> 22 atoms in block 24
Block first atom: 504
Blocpdb> 24 atoms in block 25
Block first atom: 526
Blocpdb> 23 atoms in block 26
Block first atom: 550
Blocpdb> 24 atoms in block 27
Block first atom: 573
Blocpdb> 24 atoms in block 28
Block first atom: 597
Blocpdb> 26 atoms in block 29
Block first atom: 621
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 647
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 669
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 685
Blocpdb> 26 atoms in block 33
Block first atom: 708
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 734
Blocpdb> 24 atoms in block 35
Block first atom: 755
Blocpdb> 24 atoms in block 36
Block first atom: 779
Blocpdb> 22 atoms in block 37
Block first atom: 803
Blocpdb> 24 atoms in block 38
Block first atom: 825
Blocpdb> 25 atoms in block 39
Block first atom: 849
Blocpdb> 22 atoms in block 40
Block first atom: 874
Blocpdb> 26 atoms in block 41
Block first atom: 896
Blocpdb> 21 atoms in block 42
Block first atom: 922
Blocpdb> 31 atoms in block 43
Block first atom: 943
Blocpdb> 25 atoms in block 44
Block first atom: 974
Blocpdb> 30 atoms in block 45
Block first atom: 999
Blocpdb> 18 atoms in block 46
Block first atom: 1029
Blocpdb> 20 atoms in block 47
Block first atom: 1047
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 1067
Blocpdb> 17 atoms in block 49
Block first atom: 1084
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 1101
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1119
Blocpdb> 26 atoms in block 52
Block first atom: 1144
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1170
Blocpdb> 28 atoms in block 54
Block first atom: 1195
Blocpdb> 28 atoms in block 55
Block first atom: 1223
Blocpdb> 26 atoms in block 56
Block first atom: 1251
Blocpdb> 27 atoms in block 57
Block first atom: 1277
Blocpdb> 25 atoms in block 58
Block first atom: 1304
Blocpdb> 24 atoms in block 59
Block first atom: 1329
Blocpdb> 30 atoms in block 60
Block first atom: 1353
Blocpdb> 21 atoms in block 61
Block first atom: 1383
Blocpdb> 29 atoms in block 62
Block first atom: 1404
Blocpdb> 23 atoms in block 63
Block first atom: 1433
Blocpdb> 27 atoms in block 64
Block first atom: 1456
Blocpdb> 29 atoms in block 65
Block first atom: 1483
Blocpdb> 22 atoms in block 66
Block first atom: 1512
Blocpdb> 21 atoms in block 67
Block first atom: 1534
Blocpdb> 21 atoms in block 68
Block first atom: 1555
Blocpdb> 22 atoms in block 69
Block first atom: 1576
Blocpdb> 20 atoms in block 70
Block first atom: 1598
Blocpdb> 24 atoms in block 71
Block first atom: 1618
Blocpdb> 23 atoms in block 72
Block first atom: 1642
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1665
Blocpdb> 22 atoms in block 74
Block first atom: 1687
Blocpdb> 26 atoms in block 75
Block first atom: 1709
Blocpdb> 19 atoms in block 76
Block first atom: 1735
Blocpdb> 23 atoms in block 77
Block first atom: 1754
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 1777
Blocpdb> 30 atoms in block 79
Block first atom: 1800
Blocpdb> 27 atoms in block 80
Block first atom: 1830
Blocpdb> 22 atoms in block 81
Block first atom: 1857
Blocpdb> 22 atoms in block 82
Block first atom: 1879
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 1901
Blocpdb> 20 atoms in block 84
Block first atom: 1927
Blocpdb> 27 atoms in block 85
Block first atom: 1947
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 1974
Blocpdb> 25 atoms in block 87
Block first atom: 1996
Blocpdb> 29 atoms in block 88
Block first atom: 2021
Blocpdb> 31 atoms in block 89
Block first atom: 2050
Blocpdb> 20 atoms in block 90
Block first atom: 2081
Blocpdb> 22 atoms in block 91
Block first atom: 2101
Blocpdb> 28 atoms in block 92
Block first atom: 2123
Blocpdb> 25 atoms in block 93
Block first atom: 2151
Blocpdb> 18 atoms in block 94
Block first atom: 2176
Blocpdb> 29 atoms in block 95
Block first atom: 2194
Blocpdb> 25 atoms in block 96
Block first atom: 2223
Blocpdb> 27 atoms in block 97
Block first atom: 2248
Blocpdb> 17 atoms in block 98
Block first atom: 2275
Blocpdb> 20 atoms in block 99
Block first atom: 2292
Blocpdb> 25 atoms in block 100
Block first atom: 2312
Blocpdb> 23 atoms in block 101
Block first atom: 2337
Blocpdb> 31 atoms in block 102
Block first atom: 2360
Blocpdb> 23 atoms in block 103
Block first atom: 2391
Blocpdb> 27 atoms in block 104
Block first atom: 2414
Blocpdb> 18 atoms in block 105
Block first atom: 2441
Blocpdb> 22 atoms in block 106
Block first atom: 2459
Blocpdb> 28 atoms in block 107
Block first atom: 2481
Blocpdb> 18 atoms in block 108
Block first atom: 2509
Blocpdb> 26 atoms in block 109
Block first atom: 2527
Blocpdb> 23 atoms in block 110
Block first atom: 2553
Blocpdb> 26 atoms in block 111
Block first atom: 2576
Blocpdb> 25 atoms in block 112
Block first atom: 2602
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 2627
Blocpdb> 22 atoms in block 114
Block first atom: 2651
Blocpdb> 30 atoms in block 115
Block first atom: 2673
Blocpdb> 24 atoms in block 116
Block first atom: 2703
Blocpdb> 21 atoms in block 117
Block first atom: 2727
Blocpdb> 16 atoms in block 118
Block first atom: 2748
Blocpdb> 30 atoms in block 119
Block first atom: 2764
Blocpdb> 20 atoms in block 120
Block first atom: 2794
Blocpdb> 19 atoms in block 121
Block first atom: 2814
Blocpdb> 24 atoms in block 122
Block first atom: 2833
Blocpdb> 16 atoms in block 123
Block first atom: 2857
Blocpdb> 20 atoms in block 124
Block first atom: 2873
Blocpdb> 21 atoms in block 125
Block first atom: 2893
Blocpdb> 26 atoms in block 126
Block first atom: 2914
Blocpdb> 28 atoms in block 127
Block first atom: 2940
Blocpdb> 25 atoms in block 128
Block first atom: 2968
Blocpdb> 22 atoms in block 129
Block first atom: 2993
Blocpdb> 20 atoms in block 130
Block first atom: 3015
Blocpdb> 32 atoms in block 131
Block first atom: 3035
Blocpdb> 21 atoms in block 132
Block first atom: 3067
Blocpdb> 22 atoms in block 133
Block first atom: 3088
Blocpdb> 29 atoms in block 134
Block first atom: 3110
Blocpdb> 22 atoms in block 135
Block first atom: 3139
Blocpdb> 27 atoms in block 136
Block first atom: 3161
Blocpdb> 23 atoms in block 137
Block first atom: 3188
Blocpdb> 20 atoms in block 138
Block first atom: 3211
Blocpdb> 29 atoms in block 139
Block first atom: 3231
Blocpdb> 12 atoms in block 140
Block first atom: 3259
Blocpdb> 140 blocks.
Blocpdb> At most, 32 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1190704 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9813
Prepmat> Matrix trace = 2602440.0000
Prepmat> Last element read: 9813 9813 158.1466
Prepmat> 9871 lines saved.
Prepmat> 8557 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3271
RTB> Total mass = 3271.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3271
RTB> Number of blocks = 140
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 174026.5897
RTB> 45168 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 840
Diagstd> Nb of non-zero elements: 45168
Diagstd> Projected matrix trace = 174026.5897
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 840 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 174026.5897
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0522287 0.0881601 0.2724615 0.8420501
1.4373352 1.9242480 2.2474201 3.4450335 4.2338443
4.8328952 5.3532357 7.1908771 7.4591432 8.0582847
8.6812459 8.8847935 10.5791542 11.0089460 12.4110000
13.2619700 13.7336382 14.6629357 14.9157076 15.5872528
16.1274294 17.4770219 18.3124743 18.9319974 19.9185739
20.0467009 21.5622967 22.2569131 22.7947499 23.1632907
23.6972216 24.6530472 25.1942995 26.4700332 26.8290885
27.8425825 28.6047333 29.2123417 30.5754425 30.9833275
31.4009488 32.2632099 32.8802475 34.2669973 34.6600809
35.2755231 36.0336437 36.3439191 36.7631444 37.6470196
38.7918117 39.4882505 39.8986399 40.5540096 41.3425041
41.6913107 42.1216802 42.7586285 43.2023545 43.5813127
44.1228449 44.9581948 45.4610933 45.8503752 46.5324353
47.2035324 47.6333681 48.1571652 49.0686417 50.4676349
50.9266868 51.9836373 52.3903874 52.7581246 53.4757681
53.7545836 54.0893445 54.8295749 55.8510101 56.3079287
56.6169115 57.5057633 57.8974727 58.1387121 59.3874848
59.5477439 60.0568096 60.8803411 61.4128006 61.7522018
62.4070257 62.5694114 63.2367911 63.7482871 64.4751522
65.5734882
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034330 0.0034331 0.0034335 0.0034341
0.0034342 24.8170278 32.2426852 56.6823549 99.6470015
130.1890045 150.6349701 162.7936313 201.5542719 223.4409242
238.7255856 251.2484915 291.1965419 296.5785607 308.2595805
319.9530905 323.6822976 353.2000477 360.3032256 382.5592157
395.4570311 402.4278997 415.8203549 419.3891691 428.7262450
436.0917346 453.9719250 464.6958509 472.4909543 484.6457412
486.2019942 504.2463798 512.3039979 518.4569440 522.6312919
528.6204926 539.1760387 545.0626509 558.6920906 562.4685441
572.9939515 580.7834497 586.9194021 600.4566454 604.4485067
608.5085233 616.8066779 622.6769931 635.6723267 639.3078928
644.9588579 651.8525525 654.6529948 658.4178638 666.2858348
676.3403714 682.3846154 685.9213583 691.5318382 698.2222257
701.1614887 704.7711594 710.0798088 713.7547121 716.8782989
721.3184384 728.1145553 732.1755431 735.3036596 740.7525778
746.0750731 749.4642571 753.5737073 760.6717689 771.4392944
774.9398454 782.9402356 785.9973564 788.7510579 794.0974401
796.1649074 798.6401496 804.0864052 811.5416175 814.8544777
817.0871257 823.4760383 826.2758958 827.9955142 836.8406080
837.9689682 841.5431880 847.2933911 850.9905392 853.3388216
857.8513173 858.9666752 863.5354922 867.0208474 871.9497715
879.3452531
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3271
Rtb_to_modes> Number of blocs = 140
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9942E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9951E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.57
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 840 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 1.00002
1.00001 0.99998 0.99996 1.00001 1.00002
0.99999 1.00000 1.00003 1.00002 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 1.00002 0.99998 1.00001
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002
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1.00002 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001
1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002
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1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 58878 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99997
0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002
0.99999 1.00001 1.00001 0.99994 1.00000
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1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 1.00002 0.99998 1.00001
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002
1.00000 0.99998 0.99998 1.00001 0.99998
0.99997 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998
1.00001 0.99999 0.99998 0.99998 0.99998
1.00002 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001
1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00001 1.00001 1.00002 1.00001 1.00000
0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002
1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502110905483508753.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502110905483508753.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2502110905483508753.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2502110905483508753.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 416
First residue number = 1
Last residue number = 420
Number of atoms found = 3271
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9942E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9951E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9971E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.2229E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.8160E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2725
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8421
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.437
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.924
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.247
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.445
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.234
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.833
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.353
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.191
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.459
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.058
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.681
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.885
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.57
Bfactors> 106 vectors, 9813 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.052229
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.348 for 416 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.201 +/- 0.44
Bfactors> = 81.213 +/- 16.50
Bfactors> Shiftng-fct= 81.012
Bfactors> Scaling-fct= 37.581
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502110905483508753.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502110905483508753.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 32.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 201.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 323.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 353.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 658.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 666.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 794.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 837.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 850.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 853.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 863.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 879.3
Chkmod> 106 vectors, 9813 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3271 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 14 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 22 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9982
0.0034 0.6604
0.0034 0.9711
0.0034 0.7817
0.0034 0.4672
0.0034 0.7315
24.8160 0.3469
32.2413 0.2759
56.6839 0.0827
99.6457 0.4194
130.1682 0.3479
150.6188 0.4304
162.7714 0.6230
201.5446 0.1602
223.4354 0.4837
238.7179 0.0942
251.2322 0.5419
291.1865 0.6427
296.5630 0.6683
308.2409 0.2279
319.9348 0.2376
323.6722 0.1625
353.1990 0.6661
360.3050 0.4087
382.5274 0.5497
395.4107 0.1569
402.3573 0.5980
415.7609 0.3418
419.4315 0.2973
428.7456 0.5066
436.1078 0.4500
453.9911 0.4509
464.6445 0.4719
472.4457 0.4269
484.6423 0.3465
486.2211 0.3853
504.1979 0.5166
512.3175 0.3914
518.3807 0.4126
522.5717 0.3471
528.6288 0.2606
539.1196 0.1575
544.9927 0.3185
558.6678 0.3977
562.4540 0.3634
572.9428 0.3844
580.7105 0.4432
586.8707 0.3960
600.4756 0.5844
604.3901 0.4809
608.4732 0.5388
616.7495 0.3950
622.6479 0.4851
635.6729 0.6082
639.2797 0.4511
644.9721 0.5078
651.7916 0.2262
654.5896 0.4164
658.3614 0.3720
666.2836 0.5155
676.2955 0.2611
682.3704 0.5117
685.9036 0.4839
691.4680 0.4746
698.1711 0.3768
701.1204 0.2332
704.7268 0.4703
710.0607 0.5475
713.7046 0.4952
716.8367 0.3210
721.2642 0.4776
728.0979 0.5663
732.1353 0.3243
735.2691 0.3755
740.7014 0.4511
746.0151 0.3721
749.4056 0.5574
753.5635 0.4106
760.6496 0.3689
771.4243 0.3909
774.9318 0.3114
782.8792 0.4062
785.9607 0.3964
788.7312 0.4745
794.0948 0.4437
796.0968 0.3331
798.6107 0.4921
804.0550 0.4803
811.4994 0.4739
814.8345 0.4520
817.0743 0.3383
823.4710 0.4746
826.2585 0.0967
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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making thumbnail 100x100
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m13.190s
user 0m13.080s
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rm: cannot remove '2502110905483508753.sdijf': No such file or directory
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