Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* tRNA_Gly *

LOGs for ID: 2502041726212038515

output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2502041726212038515.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2502041726212038515.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2502041726212038515.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =     75
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     75
            Number of atoms found    =   1599
            Mean number per residue  =     21.3

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    17.348278 +/-     6.028629 From:     2.733000 To:    31.160000
 =   -21.171468 +/-    12.062341 From:   -45.213000 To:    13.777000
 =    -4.782310 +/-    17.547420 From:   -29.952000 To:    35.266000
 Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'C   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A   ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........

%Pdbmat-W>     75 residue(s) not known.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   4.7839 % Filled.
 Pdbmat>       550536  non-zero elements.
 Pdbmat>        60113 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     75.19 +/-     25.69
         Maximum number =    143
         Minimum number =     14

 Pdbmat> Matrix trace   = 1.202260E+06
 Pdbmat> Larger element =  526.466    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
75 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2502041726212038515.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          1
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2502041726212038515.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2502041726212038515.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  1599 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     1 residue(s) per block.
 Blocpdb>    75 residues.
 Blocpdb>    24 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    20 atoms in block      2
 Block first atom:     25
 Blocpdb>    22 atoms in block      3
 Block first atom:     45
 Blocpdb>    23 atoms in block      4
 Block first atom:     67
 Blocpdb>    22 atoms in block      5
 Block first atom:     90
 Blocpdb>    22 atoms in block      6
 Block first atom:    112
 Blocpdb>    23 atoms in block      7
 Block first atom:    134
 Blocpdb>    20 atoms in block      8
 Block first atom:    157
 Blocpdb>    22 atoms in block      9
 Block first atom:    177
 Blocpdb>    23 atoms in block     10
 Block first atom:    199
 Blocpdb>    20 atoms in block     11
 Block first atom:    222
 Blocpdb>    20 atoms in block     12
 Block first atom:    242
 Blocpdb>    20 atoms in block     13
 Block first atom:    262
 Blocpdb>    22 atoms in block     14
 Block first atom:    282
 Blocpdb>    23 atoms in block     15
 Block first atom:    304
 Blocpdb>    20 atoms in block     16
 Block first atom:    327
 Blocpdb>    23 atoms in block     17
 Block first atom:    347
 Blocpdb>    23 atoms in block     18
 Block first atom:    370
 Blocpdb>    20 atoms in block     19
 Block first atom:    393
 Blocpdb>    22 atoms in block     20
 Block first atom:    413
 Blocpdb>    23 atoms in block     21
 Block first atom:    435
 Blocpdb>    22 atoms in block     22
 Block first atom:    458
 Blocpdb>    22 atoms in block     23
 Block first atom:    480
 Blocpdb>    20 atoms in block     24
 Block first atom:    502
 Blocpdb>    22 atoms in block     25
 Block first atom:    522
 Blocpdb>    20 atoms in block     26
 Block first atom:    544
 Blocpdb>    22 atoms in block     27
 Block first atom:    564
 Blocpdb>    22 atoms in block     28
 Block first atom:    586
 Blocpdb>    20 atoms in block     29
 Block first atom:    608
 Blocpdb>    20 atoms in block     30
 Block first atom:    628
 Blocpdb>    20 atoms in block     31
 Block first atom:    648
 Blocpdb>    20 atoms in block     32
 Block first atom:    668
 Blocpdb>    23 atoms in block     33
 Block first atom:    688
 Blocpdb>    20 atoms in block     34
 Block first atom:    711
 Blocpdb>    20 atoms in block     35
 Block first atom:    731
 Blocpdb>    22 atoms in block     36
 Block first atom:    751
 Blocpdb>    22 atoms in block     37
 Block first atom:    773
 Blocpdb>    23 atoms in block     38
 Block first atom:    795
 Blocpdb>    23 atoms in block     39
 Block first atom:    818
 Blocpdb>    20 atoms in block     40
 Block first atom:    841
 Blocpdb>    20 atoms in block     41
 Block first atom:    861
 Blocpdb>    23 atoms in block     42
 Block first atom:    881
 Blocpdb>    23 atoms in block     43
 Block first atom:    904
 Blocpdb>    23 atoms in block     44
 Block first atom:    927
 Blocpdb>    23 atoms in block     45
 Block first atom:    950
 Blocpdb>    20 atoms in block     46
 Block first atom:    973
 Blocpdb>    20 atoms in block     47
 Block first atom:    993
 Blocpdb>    23 atoms in block     48
 Block first atom:   1013
 Blocpdb>    20 atoms in block     49
 Block first atom:   1036
 Blocpdb>    23 atoms in block     50
 Block first atom:   1056
 Blocpdb>    23 atoms in block     51
 Block first atom:   1079
 Blocpdb>    23 atoms in block     52
 Block first atom:   1102
 Blocpdb>    20 atoms in block     53
 Block first atom:   1125
 Blocpdb>    20 atoms in block     54
 Block first atom:   1145
 Blocpdb>    20 atoms in block     55
 Block first atom:   1165
 Blocpdb>    23 atoms in block     56
 Block first atom:   1185
 Blocpdb>    22 atoms in block     57
 Block first atom:   1208
 Blocpdb>    22 atoms in block     58
 Block first atom:   1230
 Blocpdb>    20 atoms in block     59
 Block first atom:   1252
 Blocpdb>    20 atoms in block     60
 Block first atom:   1272
 Blocpdb>    20 atoms in block     61
 Block first atom:   1292
 Blocpdb>    20 atoms in block     62
 Block first atom:   1312
 Blocpdb>    23 atoms in block     63
 Block first atom:   1332
 Blocpdb>    20 atoms in block     64
 Block first atom:   1355
 Blocpdb>    20 atoms in block     65
 Block first atom:   1375
 Blocpdb>    20 atoms in block     66
 Block first atom:   1395
 Blocpdb>    20 atoms in block     67
 Block first atom:   1415
 Blocpdb>    20 atoms in block     68
 Block first atom:   1435
 Blocpdb>    20 atoms in block     69
 Block first atom:   1455
 Blocpdb>    23 atoms in block     70
 Block first atom:   1475
 Blocpdb>    20 atoms in block     71
 Block first atom:   1498
 Blocpdb>    20 atoms in block     72
 Block first atom:   1518
 Blocpdb>    20 atoms in block     73
 Block first atom:   1538
 Blocpdb>    20 atoms in block     74
 Block first atom:   1558
 Blocpdb>    22 atoms in block     75
 Block first atom:   1577

 Blocpdb>    75 blocks.

 Blocpdb> At most,     24 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    20 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>       550611 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =       4797

 Prepmat> Matrix trace    =    1202260.0000
 Prepmat> Last element read:    4797   4797       170.9853
 Prepmat>         2851 lines saved.
 Prepmat>         2364 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  1599
 RTB> Total mass =        1599.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  1599
 RTB> Number of blocks =    75
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =   87355.7000
 RTB>     16371 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      450
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    16371
 Diagstd> Projected matrix trace =   87355.7000

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    450 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues =  87355.7000
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.0982647      0.2207943      0.3371349      0.4200064
      0.4695966      0.6620839      1.0797388      1.2963789      1.8084107
      2.4046597      2.5180195      2.7838067      3.1489800      3.8072667
      4.0732559      4.6883749      5.4853504      5.8735064      6.2971832
      7.6639756      7.7038484      9.0806579      9.7052604     10.4914111
     11.1159962     11.7386615     12.0089470     13.9337621     14.8217134
     14.9514043     16.0729860     16.4975292     17.5980422     18.3926017
     19.6492096     21.5535434     22.0001235     22.3954398     22.9233873
     23.5728671     25.0550035     26.1328052     26.4772491     27.3066023
     29.0263245     29.5564916     30.2431862     30.7930081     31.3104388
     31.6601500     31.9727101     33.0107959     34.4716489     35.0500078
     35.1843150     36.5100004     36.5277342     37.5483579     38.1345366
     38.2669871     39.2940809     39.9383951     40.6375848     41.1763479
     41.5786190     42.4203374     43.6246991     44.7117741     45.8625413
     46.3327064     46.6881747     46.9626476     48.1452856     48.7962263
     49.6431577     50.1407172     51.7644047     52.6604170     53.0930833
     53.7583686     55.9958609     56.2948480     57.1602015     57.4879486
     58.7956581     59.1940801     59.7141354     60.7665829     61.0183090
     62.5648949     62.9667825     63.3526004     64.5200665     64.8201611
     65.6812368     66.6776073     67.0936978     67.8319924     68.9349759
     70.1309511

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034324      0.0034332      0.0034337      0.0034341      0.0034344
      0.0034345     34.0403565     51.0257291     63.0517523     70.3757807
     74.4145323     88.3592036    112.8378048    123.6406432    146.0305807
    168.3922482    172.3156917    181.1819026    192.6993405    211.8858367
    219.1624413    235.1291343    254.3299281    263.1746203    272.5012164
    300.6230925    301.4040928    327.2306218    338.2975689    351.7322840
    362.0507698    372.0527935    376.3117205    405.3493455    418.0656509
    419.8907162    435.3550269    441.0671696    455.5409865    465.7113933
    481.3575881    504.1440195    509.3400655    513.8958120    519.9177879
    527.2316629    543.5537723    555.1218165    558.7682367    567.4519759
    585.0477359    590.3665211    597.1852216    602.5891930    607.6309087
    611.0148487    614.0235179    623.9119126    637.5677033    642.8939510
    644.1245177    656.1470779    656.3064121    665.4121927    670.5860531
    671.7495981    680.7048544    686.2630007    692.2440394    696.8177302
    700.2132275    707.2652808    717.2350463    726.1163762    735.4012065
    739.1611200    741.9911544    744.1689871    753.4807544    758.5573115
    765.1119403    768.9366321    781.2875295    788.0203393    791.2509669
    796.1929371    812.5933115    814.7598238    820.9981073    823.3484764
    832.6603948    835.4768453    839.1389007    846.5014139    848.2529218
    858.9356727    861.6899573    864.3258527    872.2534248    874.2795764
    880.0674153    886.7175082    889.4799118    894.3604116    901.6024729
    909.3899381

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   1599
 Rtb_to_modes> Number of blocs =     75

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9909E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9957E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9987E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.8265E-02

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.2208    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3371    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.4200    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.4696    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.6621    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.080    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.296    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.808    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.405    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.518    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.784    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.149    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.807    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.073    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.688    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.485    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.874    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.297    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.664    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.704    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.081    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.705    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.74    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.82    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.50    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   17.60    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.48    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.31    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.27    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.42    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.62    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.15    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.66    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.76    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.19    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.77    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.56    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.82    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.09    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   70.13    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    450 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002 0.99999
 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002
 1.00001 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000
 0.99998 0.99996 1.00001 1.00000 1.00000
 0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002
 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
 1.00002 0.99998 1.00001 1.00002 0.99998
 1.00002 1.00000 1.00002 1.00003 1.00003
 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 0.99997
 1.00003 0.99998 1.00002 0.99996 1.00002
 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 1.00002
 1.00000 1.00002 1.00005 1.00001 1.00000
 0.99998 1.00003 0.99999 1.00003 1.00000
 0.99995 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002
 1.00000 1.00000 1.00000 0.99995 1.00001
 1.00002 1.00001 1.00003 1.00002 1.00000
 1.00001 0.99998 1.00001 1.00004 1.00002
 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001
 1.00002 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998
 1.00000 1.00002 0.99997 1.00000 0.99999
 0.99999

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    28782 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002 0.99999
 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002
 1.00001 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000
 0.99998 0.99996 1.00001 1.00000 1.00000
 0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002
 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998
 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
 1.00002 0.99998 1.00001 1.00002 0.99998
 1.00002 1.00000 1.00002 1.00003 1.00003
 0.99998 1.00001 1.00001 1.00002 0.99997
 1.00003 0.99998 1.00002 0.99996 1.00002
 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998 1.00002
 1.00000 1.00002 1.00005 1.00001 1.00000
 0.99998 1.00003 0.99999 1.00003 1.00000
 0.99995 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002
 1.00000 1.00000 1.00000 0.99995 1.00001
 1.00002 1.00001 1.00003 1.00002 1.00000
 1.00001 0.99998 1.00001 1.00004 1.00002
 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001
 1.00002 0.99999 1.00001 1.00002 0.99998
 1.00000 1.00002 0.99997 1.00000 0.99999
 0.99999

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3:-0.000-0.000
 Vector   4:-0.000-0.000-0.000
 Vector   5:-0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector   7:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector   9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
 Vector  10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2502041726212038515.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2502041726212038515.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2502041726212038515.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2502041726212038515.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =     75
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     75
            Number of atoms found    =   1599
            Mean number per residue  =     21.3

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9909E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9957E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9987E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.8265E-02

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.2208    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3371    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4200    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4696    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.6621    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.080    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.296    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.808    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.405    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.518    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.784    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.149    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.807    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.073    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.688    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.485    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.874    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.297    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.664    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.704    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.081    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.705    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.82    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   17.60    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.27    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.42    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.66    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.76    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.77    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.82    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.09    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   70.13    

 Bfactors>  106 vectors,   4797 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.098265
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

%Bfactors-Wn>     0 negative values found in the B-factors column of pdb file.
%Bfactors-Wn> So, only mass-weighted predicted B-factors will be saved.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2502041726212038515.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2502041726212038515.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4323E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4331E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4336E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4343E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4343E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   34.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   51.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   63.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   70.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   74.41    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   88.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   112.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   123.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   146.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   168.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   172.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   181.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   192.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   211.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   219.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   235.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   254.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   263.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   272.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   300.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   301.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   327.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   338.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   351.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   362.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   372.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   376.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   405.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   418.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   419.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   435.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   441.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   455.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   465.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   481.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   504.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   509.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   513.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   519.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   527.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   543.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   555.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   558.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   567.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   585.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   590.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   597.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   602.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   607.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   611.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   614.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   623.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   637.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   642.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   644.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   656.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   656.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   665.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   670.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   671.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   680.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   686.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   692.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   696.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   700.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   707.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   717.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   726.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   735.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   739.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   742.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   744.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   753.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   758.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   765.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   768.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   781.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   788.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   791.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   796.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   812.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   814.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   821.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   823.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   832.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   835.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   839.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   846.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   848.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   858.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   861.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   864.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   872.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   874.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   880.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   886.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   889.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   894.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   901.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   909.3    

 Chkmod>  106 vectors,   4797 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   1599 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.5916
      0.0034      0.9323
      0.0034      0.7597
      0.0034      0.8014
      0.0034      0.7977
      0.0034      0.6733
     34.0389      0.3425
     51.0242      0.3230
     63.0458      0.4567
     70.3722      0.3170
     74.4116      0.3909
     88.3565      0.5648
    112.8466      0.3692
    123.6173      0.5747
    146.0077      0.2365
    168.3969      0.5575
    172.3076      0.5230
    181.1804      0.3335
    192.6917      0.5072
    211.8693      0.1689
    219.1461      0.5373
    235.1096      0.2209
    254.3109      0.2877
    263.1744      0.5597
    272.4856      0.6774
    300.6107      0.4403
    301.3941      0.2149
    327.2227      0.5280
    338.2785      0.3543
    351.6935      0.4199
    362.1004      0.2417
    372.0580      0.1483
    376.3121      0.4835
    405.2772      0.6411
    418.0235      0.5695
    419.8530      0.5821
    435.2959      0.6589
    441.0813      0.5078
    455.5468      0.5425
    465.6585      0.3441
    481.3466      0.4169
    504.0809      0.4386
    509.3168      0.4053
    513.9261      0.1280
    519.8571      0.3041
    527.1770      0.5592
    543.5846      0.5074
    555.0682      0.4645
    558.7733      0.3419
    567.4629      0.4680
    585.0597      0.4788
    590.3762      0.2481
    597.1281      0.2756
    602.5339      0.4158
    607.6006      0.3966
    610.9872      0.3284
    613.9711      0.4308
    623.8776      0.4156
    637.5251      0.4040
    642.8663      0.3972
    644.0574      0.4397
    656.1189      0.4924
    656.2986      0.5226
    665.3982      0.2101
    670.5174      0.4107
    671.7472      0.4773
    680.6403      0.3929
    686.2473      0.3356
    692.2349      0.2315
    696.8187      0.4424
    700.1948      0.4880
    707.2321      0.4159
    717.1656      0.5113
    726.0708      0.5820
    735.3493      0.5403
    739.1078      0.5341
    741.9738      0.3937
    744.1161      0.4515
    753.4853      0.3579
    758.5541      0.4881
    765.0548      0.4332
    768.8981      0.3696
    781.2208      0.3876
    787.9834      0.4112
    791.1940      0.4282
    796.1708      0.4708
    812.5885      0.3253
    814.6898      0.5538
    820.9614      0.5674
    823.3278      0.4557
    832.6554      0.3557
    835.4122      0.3398
    839.0738      0.4003
    846.4889      0.4270
    848.2283      0.5717
    858.8652      0.5560
    861.6750      0.5716
    864.2710      0.2588
    872.2155      0.5126
    874.2410      0.4111
    880.0214      0.5690
    886.6954      0.2529
    889.4172      0.5329
    894.3089      0.4508
    901.5312      0.4906
    909.3447      0.4913
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041726212038515 7 -100 100 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
making animated gifs
21 models are in 2502041726212038515.7.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.7.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.7.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041726212038515 8 -100 100 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
making animated gifs
21 models are in 2502041726212038515.8.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.8.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.8.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041726212038515 9 -100 100 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
making animated gifs
21 models are in 2502041726212038515.9.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.9.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.9.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041726212038515 10 -100 100 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
making animated gifs
21 models are in 2502041726212038515.10.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.10.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.10.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041726212038515 11 -100 100 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=50
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=70
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=90
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041726212038515.eigenfacs
2502041726212038515.atom
making animated gifs
21 models are in 2502041726212038515.11.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.11.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502041726212038515.11.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2502041726212038515.10.pdb
2502041726212038515.11.pdb
2502041726212038515.7.pdb
2502041726212038515.8.pdb
2502041726212038515.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m2.679s
user	0m2.663s
sys	0m0.016s
rm: cannot remove '2502041726212038515.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 8th, 2025.
Should you encounter any unexpected behaviour, please let us know.

*** tRNA_Gly ***

LOGs for ID: 2502041726212038515

output from eigenvector calculation:

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.

* tRNA_Gly *
