*** RIBONUCLEASE 06-OCT-99 1QMT ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2502041040431983891.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2502041040431983891.atom to be opened.
Openam> File opened: 2502041040431983891.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 134
First residue number = 0
Last residue number = 133
Number of atoms found = 1102
Mean number per residue = 8.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 56.838988 +/- 10.073857 From: 32.183000 To: 75.975000
= 10.970426 +/- 8.044616 From: -7.455000 To: 29.635000
= 0.526263 +/- 8.345943 From: -16.981000 To: 23.689000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 6.9894 % Filled.
Pdbmat> 382071 non-zero elements.
Pdbmat> 41726 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 75.73 +/- 22.64
Maximum number = 126
Minimum number = 18
Pdbmat> Matrix trace = 834520.
Pdbmat> Larger element = 494.628
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
134 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2502041040431983891.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2502041040431983891.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2502041040431983891.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1102 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 134 residues.
Blocpdb> 8 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 11 atoms in block 2
Block first atom: 9
Blocpdb> 7 atoms in block 3
Block first atom: 20
Blocpdb> 7 atoms in block 4
Block first atom: 27
Blocpdb> 9 atoms in block 5
Block first atom: 34
Blocpdb> 11 atoms in block 6
Block first atom: 43
Blocpdb> 7 atoms in block 7
Block first atom: 54
Blocpdb> 11 atoms in block 8
Block first atom: 61
Blocpdb> 5 atoms in block 9
Block first atom: 72
Blocpdb> 9 atoms in block 10
Block first atom: 77
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 86
Blocpdb> 11 atoms in block 12
Block first atom: 100
Blocpdb> 5 atoms in block 13
Block first atom: 111
Blocpdb> 8 atoms in block 14
Block first atom: 116
Blocpdb> 9 atoms in block 15
Block first atom: 124
Blocpdb> 10 atoms in block 16
Block first atom: 133
Blocpdb> 8 atoms in block 17
Block first atom: 143
Blocpdb> 6 atoms in block 18
Block first atom: 151
Blocpdb> 8 atoms in block 19
Block first atom: 157
Blocpdb> 8 atoms in block 20
Block first atom: 165
Blocpdb> 7 atoms in block 21
Block first atom: 173
Blocpdb> 7 atoms in block 22
Block first atom: 180
Blocpdb> 11 atoms in block 23
Block first atom: 187
Blocpdb> 6 atoms in block 24
Block first atom: 198
Blocpdb> 7 atoms in block 25
Block first atom: 204
Blocpdb> 8 atoms in block 26
Block first atom: 211
Blocpdb> 5 atoms in block 27
Block first atom: 219
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 224
Blocpdb> 11 atoms in block 29
Block first atom: 232
Blocpdb> 5 atoms in block 30
Block first atom: 243
Blocpdb> 8 atoms in block 31
Block first atom: 248
Blocpdb> 8 atoms in block 32
Block first atom: 256
Blocpdb> 8 atoms in block 33
Block first atom: 264
Blocpdb> 12 atoms in block 34
Block first atom: 272
Blocpdb> 11 atoms in block 35
Block first atom: 284
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 295
Blocpdb> 11 atoms in block 37
Block first atom: 309
Blocpdb> 6 atoms in block 38
Block first atom: 320
Blocpdb> 9 atoms in block 39
Block first atom: 326
Blocpdb> 8 atoms in block 40
Block first atom: 335
Blocpdb> 9 atoms in block 41
Block first atom: 343
Blocpdb> 8 atoms in block 42
Block first atom: 352
Blocpdb> 7 atoms in block 43
Block first atom: 360
Blocpdb> 11 atoms in block 44
Block first atom: 367
Blocpdb> 8 atoms in block 45
Block first atom: 378
Blocpdb> 11 atoms in block 46
Block first atom: 386
Blocpdb> 7 atoms in block 47
Block first atom: 397
Blocpdb> 7 atoms in block 48
Block first atom: 404
Blocpdb> 11 atoms in block 49
Block first atom: 411
Blocpdb> 5 atoms in block 50
Block first atom: 422
Blocpdb> 8 atoms in block 51
Block first atom: 427
Blocpdb> 7 atoms in block 52
Block first atom: 435
Blocpdb> 7 atoms in block 53
Block first atom: 442
Blocpdb> 8 atoms in block 54
Block first atom: 449
Blocpdb> 7 atoms in block 55
Block first atom: 457
Blocpdb> 6 atoms in block 56
Block first atom: 464
Blocpdb> 4 atoms in block 57
Block first atom: 470
Blocpdb> 8 atoms in block 58
Block first atom: 474
Blocpdb> 9 atoms in block 59
Block first atom: 482
Blocpdb> 6 atoms in block 60
Block first atom: 491
Blocpdb> 8 atoms in block 61
Block first atom: 497
Blocpdb> 11 atoms in block 62
Block first atom: 505
Blocpdb> 6 atoms in block 63
Block first atom: 516
Blocpdb> 7 atoms in block 64
Block first atom: 522
Blocpdb> 10 atoms in block 65
Block first atom: 529
Blocpdb> 8 atoms in block 66
Block first atom: 539
Blocpdb> 11 atoms in block 67
Block first atom: 547
Blocpdb> 7 atoms in block 68
Block first atom: 558
Blocpdb> 8 atoms in block 69
Block first atom: 565
Blocpdb> 8 atoms in block 70
Block first atom: 573
Blocpdb> 8 atoms in block 71
Block first atom: 581
Blocpdb> 6 atoms in block 72
Block first atom: 589
Blocpdb> 10 atoms in block 73
Block first atom: 595
Blocpdb> 11 atoms in block 74
Block first atom: 605
Blocpdb> 6 atoms in block 75
Block first atom: 616
Blocpdb> 11 atoms in block 76
Block first atom: 622
Blocpdb> 11 atoms in block 77
Block first atom: 633
Blocpdb> 11 atoms in block 78
Block first atom: 644
Blocpdb> 7 atoms in block 79
Block first atom: 655
Blocpdb> 7 atoms in block 80
Block first atom: 662
Blocpdb> 8 atoms in block 81
Block first atom: 669
Blocpdb> 8 atoms in block 82
Block first atom: 677
Blocpdb> 10 atoms in block 83
Block first atom: 685
Blocpdb> 6 atoms in block 84
Block first atom: 695
Blocpdb> 8 atoms in block 85
Block first atom: 701
Blocpdb> 8 atoms in block 86
Block first atom: 709
Blocpdb> 8 atoms in block 87
Block first atom: 717
Blocpdb> 8 atoms in block 88
Block first atom: 725
Blocpdb> 7 atoms in block 89
Block first atom: 733
Blocpdb> 4 atoms in block 90
Block first atom: 740
Blocpdb> 5 atoms in block 91
Block first atom: 744
Blocpdb> 9 atoms in block 92
Block first atom: 749
Blocpdb> 8 atoms in block 93
Block first atom: 758
Blocpdb> 8 atoms in block 94
Block first atom: 766
Blocpdb> 6 atoms in block 95
Block first atom: 774
Blocpdb> 8 atoms in block 96
Block first atom: 780
Blocpdb> 6 atoms in block 97
Block first atom: 788
Blocpdb> 11 atoms in block 98
Block first atom: 794
Blocpdb> 12 atoms in block 99
Block first atom: 805
Blocpdb> 5 atoms in block 100
Block first atom: 817
Blocpdb> 8 atoms in block 101
Block first atom: 822
Blocpdb> 11 atoms in block 102
Block first atom: 830
Blocpdb> 7 atoms in block 103
Block first atom: 841
Blocpdb> 4 atoms in block 104
Block first atom: 848
Blocpdb> 11 atoms in block 105
Block first atom: 852
Blocpdb> 11 atoms in block 106
Block first atom: 863
Blocpdb> 11 atoms in block 107
Block first atom: 874
Blocpdb> 12 atoms in block 108
Block first atom: 885
Blocpdb> 7 atoms in block 109
Block first atom: 897
Blocpdb> 7 atoms in block 110
Block first atom: 904
Blocpdb> 5 atoms in block 111
Block first atom: 911
Blocpdb> 6 atoms in block 112
Block first atom: 916
Blocpdb> 8 atoms in block 113
Block first atom: 922
Blocpdb> 8 atoms in block 114
Block first atom: 930
Blocpdb> 11 atoms in block 115
Block first atom: 938
Blocpdb> 8 atoms in block 116
Block first atom: 949
Blocpdb> 7 atoms in block 117
Block first atom: 957
Blocpdb> 11 atoms in block 118
Block first atom: 964
Blocpdb> 8 atoms in block 119
Block first atom: 975
Blocpdb> 6 atoms in block 120
Block first atom: 983
Blocpdb> 7 atoms in block 121
Block first atom: 989
Blocpdb> 11 atoms in block 122
Block first atom: 996
Blocpdb> 12 atoms in block 123
Block first atom: 1007
Blocpdb> 7 atoms in block 124
Block first atom: 1019
Blocpdb> 7 atoms in block 125
Block first atom: 1026
Blocpdb> 7 atoms in block 126
Block first atom: 1033
Blocpdb> 7 atoms in block 127
Block first atom: 1040
Blocpdb> 7 atoms in block 128
Block first atom: 1047
Blocpdb> 10 atoms in block 129
Block first atom: 1054
Blocpdb> 8 atoms in block 130
Block first atom: 1064
Blocpdb> 8 atoms in block 131
Block first atom: 1072
Blocpdb> 7 atoms in block 132
Block first atom: 1080
Blocpdb> 7 atoms in block 133
Block first atom: 1087
Blocpdb> 9 atoms in block 134
Block first atom: 1093
Blocpdb> 134 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 382205 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 3306
Prepmat> Matrix trace = 834520.0000
Prepmat> Last element read: 3306 3306 226.0263
Prepmat> 9046 lines saved.
Prepmat> 7472 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1102
RTB> Total mass = 1102.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1102
RTB> Number of blocks = 134
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 186339.4784
RTB> 54607 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 804
Diagstd> Nb of non-zero elements: 54607
Diagstd> Projected matrix trace = 186339.4784
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 804 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 186339.4784
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.7839683 2.5896965 5.3681677 5.9990412
6.4762375 8.0943283 9.3197222 10.2808925 11.4017748
11.9785394 13.1145662 14.2222094 15.2347533 15.6240254
17.7467383 19.0761831 19.4004070 21.7870460 23.2984752
23.6844134 25.7198643 25.9883435 27.2142685 28.2455163
30.1259852 30.8708512 31.3533186 32.4683416 34.7239631
36.1727949 37.4586825 38.4214643 40.8091301 41.3480029
41.7311003 42.7178595 44.0835054 44.9529665 46.8057627
47.5551425 48.4520844 48.8937415 50.3523196 52.1812774
52.4182881 53.4291470 54.7983830 55.8656683 56.3540909
57.2720303 58.4293413 60.2724550 60.8833036 61.3601274
61.9546769 62.7319458 63.8591638 64.6403408 65.4946812
66.0340564 66.4158599 67.5354351 68.6327037 69.0512317
70.8533524 71.8730694 72.4348389 73.0169421 73.5968450
74.1773539 75.5024796 76.5149617 77.7655444 78.0894768
78.8584095 79.9320260 80.4482027 81.5102552 81.9211121
82.7206357 83.3118221 84.3954795 84.6205151 86.0276671
86.6958149 87.2642764 87.6999174 88.2249573 88.8858964
90.3747255 90.5617867 91.0503727 92.2889831 93.5848510
93.9778795 94.2690177 94.7086762 95.9083687 96.6130885
97.4088322
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034329 0.0034334 0.0034339 0.0034340 0.0034346
0.0034350 145.0403531 174.7510182 251.5986574 265.9721727
276.3482154 308.9482135 331.5100989 348.1855059 366.6751771
375.8349926 393.2531819 409.5234878 423.8507865 429.2316599
457.4615030 474.2867823 478.3003529 506.8675119 524.1541517
528.4776157 550.7184380 553.5853387 566.4917803 577.1252009
596.0269665 603.3503685 608.0468428 618.7644209 639.8967782
653.1099696 664.6171284 673.1041011 693.7036010 698.2686588
701.4959989 709.7412084 720.9968060 728.0722168 742.9249496
748.8486034 755.8776646 759.3148895 770.5574457 784.4271805
786.2066214 793.7512104 803.8576551 811.6481062 815.1884249
821.8008194 830.0624643 843.0526946 847.3140058 850.6255171
854.7366539 860.0816058 867.7745199 873.0660469 878.8166907
882.4279763 884.9753627 892.4032256 899.6235879 902.3624094
914.0616370 920.6156985 924.2065235 927.9126616 931.5901305
935.2569596 943.5738306 949.8793860 957.6104759 959.6028667
964.3158097 970.8579490 973.9876569 980.3957204 982.8634834
987.6480531 991.1710229 997.5963992 998.9255299 1007.1968371
1011.1005503 1014.4100105 1016.9389284 1019.9784795 1023.7919457
1032.3305411 1033.3983677 1036.1822399 1043.2063225 1050.5048379
1052.7084309 1054.3377854 1056.7935729 1063.4658107 1067.3657507
1071.7523605
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1102
Rtb_to_modes> Number of blocs = 134
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9939E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.784
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.590
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.368
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.999
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.476
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.094
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.320
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.41
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 804 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
1.00003 1.00001 0.99999 1.00002 0.99997
0.99998 1.00003 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 1.00003 1.00001 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 1.00001 0.99995 1.00001
0.99997 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001
0.99996 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00004
1.00001 0.99999 1.00001 0.99997 1.00000
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
0.99998 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99999
0.99999 1.00001 0.99998 1.00004 1.00002
1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000
1.00000 1.00002 0.99999 1.00004 1.00001
1.00000 1.00003 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99997 1.00004 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 19836 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999
1.00003 1.00001 0.99999 1.00002 0.99997
0.99998 1.00003 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 1.00003 1.00001 0.99998 1.00001
0.99999 0.99999 1.00001 0.99995 1.00001
0.99997 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001
0.99996 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00002 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001
1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 1.00004
1.00001 0.99999 1.00001 0.99997 1.00000
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
0.99998 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
1.00001 1.00003 1.00001 1.00000 0.99999
0.99999 1.00001 0.99998 1.00004 1.00002
1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000
1.00000 1.00002 0.99999 1.00004 1.00001
1.00000 1.00003 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 0.99999 0.99997 1.00004 1.00002
0.99999 1.00000 1.00001 1.00003 0.99999
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502041040431983891.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502041040431983891.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2502041040431983891.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2502041040431983891.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 134
First residue number = 0
Last residue number = 133
Number of atoms found = 1102
Mean number per residue = 8.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9939E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9970E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.784
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.590
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.368
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.999
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.476
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.094
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.320
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.41
Bfactors> 106 vectors, 3306 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.784000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.654 for 134 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.041 +/- 0.04
Bfactors> = 36.410 +/- 14.85
Bfactors> Shiftng-fct= 36.369
Bfactors> Scaling-fct= 405.016
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502041040431983891.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502041040431983891.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 266.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 409.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 474.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 720.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 803.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 843.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 850.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 860.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 873.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 878.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 899.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 902.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 914.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 935.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 943.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 949.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 959.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 964.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 970.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 974.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 980.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 982.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 987.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 991.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 998.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1007.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1014.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1017.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1020.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1024.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1033.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1036.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1043.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1053.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1054.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1057.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1063.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1067.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1072.
Chkmod> 106 vectors, 3306 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1102 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 24 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8456
0.0034 0.8337
0.0034 0.9790
0.0034 0.7321
0.0034 0.8453
0.0034 0.8395
145.0354 0.4944
174.7538 0.5145
251.5839 0.1781
265.9598 0.4548
276.3313 0.4564
308.9287 0.3520
331.5008 0.3564
348.1554 0.2551
366.6309 0.3796
375.8418 0.4100
393.1678 0.2837
409.4741 0.3258
423.7665 0.0926
429.1579 0.6951
457.4839 0.2700
474.3139 0.4500
478.2748 0.4848
506.8801 0.1367
524.1488 0.2891
528.4057 0.1985
550.6962 0.3705
553.5792 0.4279
566.4230 0.4089
577.1462 0.4250
596.0411 0.3882
603.3162 0.5977
607.9886 0.3650
618.7537 0.3660
639.8328 0.5372
653.0567 0.5404
664.6003 0.4402
673.0624 0.5409
693.6812 0.5086
698.2555 0.3436
701.4566 0.4786
709.7285 0.5342
720.9372 0.4395
728.0169 0.3685
742.9267 0.4997
748.8547 0.3741
755.8290 0.3067
759.2532 0.2770
770.5066 0.1867
784.3839 0.2865
786.1857 0.2459
793.7235 0.3858
803.8350 0.4278
811.6447 0.2328
815.1238 0.4045
821.7510 0.3673
830.0315 0.3018
842.9993 0.2540
847.2546 0.3843
850.5881 0.3971
854.6677 0.3749
860.0313 0.3049
867.7429 0.4797
873.0263 0.5229
878.7476 0.4477
882.3630 0.3319
884.9650 0.4494
892.3951 0.4032
899.5673 0.3229
902.3156 0.4604
914.0008 0.4407
920.5565 0.3937
924.1360 0.4087
927.8923 0.3081
931.5701 0.2942
935.2335 0.3025
943.5178 0.3703
949.8078 0.2269
957.5968 0.3246
959.5649 0.4119
964.2841 0.3622
970.8040 0.4543
973.9567 0.3614
980.3521 0.3644
982.8146 0.3996
987.6019 0.3364
991.1176 0.4611
997.5803 0.3544
998.8796 0.3325
1007.1673 0.3637
1011.0815 0.2859
1014.3416 0.2621
1016.8958 0.4205
1019.9060 0.2996
1023.7716 0.4936
1032.2592 0.3161
1033.3438 0.3487
1036.1356 0.4158
1043.1673 0.3455
1050.4325 0.3038
1052.6751 0.3266
1054.2980 0.4179
1056.7556 0.2949
1063.4292 0.1494
1067.3029 0.2675
1071.7128 0.1492
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041040431983891 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
making animated gifs
11 models are in 2502041040431983891.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041040431983891 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
making animated gifs
11 models are in 2502041040431983891.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041040431983891 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
making animated gifs
11 models are in 2502041040431983891.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041040431983891 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
making animated gifs
11 models are in 2502041040431983891.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2502041040431983891 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502041040431983891.eigenfacs
2502041040431983891.atom
making animated gifs
11 models are in 2502041040431983891.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502041040431983891.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2502041040431983891.10.pdb
2502041040431983891.11.pdb
2502041040431983891.7.pdb
2502041040431983891.8.pdb
2502041040431983891.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m7.588s
user 0m7.568s
sys 0m0.020s
rm: cannot remove '2502041040431983891.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 8th, 2025.
|
