*** DE NOVO PROTEIN 19-APR-13 2M7D ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2502030320261313339.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2502030320261313339.atom to be opened.
Openam> File opened: 2502030320261313339.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 540
First residue number = 1
Last residue number = 20
Number of atoms found = 8010
Mean number per residue = 14.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.268272 +/- 3.588274 From: -9.950000 To: 7.527000
= 0.029799 +/- 4.135815 From: -8.906000 To: 9.871000
= 0.542070 +/- 4.245571 From: -8.902000 To: 10.113000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 40.1571 % Filled.
Pdbmat> 115946672 non-zero elements.
Pdbmat> 12880578 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 3216.12 +/- 1027.49
Maximum number = 6260
Minimum number = 761
Pdbmat> Matrix trace = 2.576116E+08
Pdbmat> Larger element = 23098.2
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
540 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2502030320261313339.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2502030320261313339.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2502030320261313339.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 8010 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 540 residues.
Blocpdb> 45 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 51 atoms in block 2
Block first atom: 46
Blocpdb> 41 atoms in block 3
Block first atom: 97
Blocpdb> 41 atoms in block 4
Block first atom: 138
Blocpdb> 11 atoms in block 5
Block first atom: 179
Blocpdb> 52 atoms in block 6
Block first atom: 190
Blocpdb> 26 atoms in block 7
Block first atom: 242
Blocpdb> 45 atoms in block 8
Block first atom: 268
Blocpdb> 51 atoms in block 9
Block first atom: 313
Blocpdb> 41 atoms in block 10
Block first atom: 364
Blocpdb> 41 atoms in block 11
Block first atom: 405
Blocpdb> 11 atoms in block 12
Block first atom: 446
Blocpdb> 52 atoms in block 13
Block first atom: 457
Blocpdb> 26 atoms in block 14
Block first atom: 509
Blocpdb> 45 atoms in block 15
Block first atom: 535
Blocpdb> 51 atoms in block 16
Block first atom: 580
Blocpdb> 41 atoms in block 17
Block first atom: 631
Blocpdb> 41 atoms in block 18
Block first atom: 672
Blocpdb> 11 atoms in block 19
Block first atom: 713
Blocpdb> 52 atoms in block 20
Block first atom: 724
Blocpdb> 26 atoms in block 21
Block first atom: 776
Blocpdb> 45 atoms in block 22
Block first atom: 802
Blocpdb> 51 atoms in block 23
Block first atom: 847
Blocpdb> 41 atoms in block 24
Block first atom: 898
Blocpdb> 41 atoms in block 25
Block first atom: 939
Blocpdb> 11 atoms in block 26
Block first atom: 980
Blocpdb> 52 atoms in block 27
Block first atom: 991
Blocpdb> 26 atoms in block 28
Block first atom: 1043
Blocpdb> 45 atoms in block 29
Block first atom: 1069
Blocpdb> 51 atoms in block 30
Block first atom: 1114
Blocpdb> 41 atoms in block 31
Block first atom: 1165
Blocpdb> 41 atoms in block 32
Block first atom: 1206
Blocpdb> 11 atoms in block 33
Block first atom: 1247
Blocpdb> 52 atoms in block 34
Block first atom: 1258
Blocpdb> 26 atoms in block 35
Block first atom: 1310
Blocpdb> 45 atoms in block 36
Block first atom: 1336
Blocpdb> 51 atoms in block 37
Block first atom: 1381
Blocpdb> 41 atoms in block 38
Block first atom: 1432
Blocpdb> 41 atoms in block 39
Block first atom: 1473
Blocpdb> 11 atoms in block 40
Block first atom: 1514
Blocpdb> 52 atoms in block 41
Block first atom: 1525
Blocpdb> 26 atoms in block 42
Block first atom: 1577
Blocpdb> 45 atoms in block 43
Block first atom: 1603
Blocpdb> 51 atoms in block 44
Block first atom: 1648
Blocpdb> 41 atoms in block 45
Block first atom: 1699
Blocpdb> 41 atoms in block 46
Block first atom: 1740
Blocpdb> 11 atoms in block 47
Block first atom: 1781
Blocpdb> 52 atoms in block 48
Block first atom: 1792
Blocpdb> 26 atoms in block 49
Block first atom: 1844
Blocpdb> 45 atoms in block 50
Block first atom: 1870
Blocpdb> 51 atoms in block 51
Block first atom: 1915
Blocpdb> 41 atoms in block 52
Block first atom: 1966
Blocpdb> 41 atoms in block 53
Block first atom: 2007
Blocpdb> 11 atoms in block 54
Block first atom: 2048
Blocpdb> 52 atoms in block 55
Block first atom: 2059
Blocpdb> 26 atoms in block 56
Block first atom: 2111
Blocpdb> 45 atoms in block 57
Block first atom: 2137
Blocpdb> 51 atoms in block 58
Block first atom: 2182
Blocpdb> 41 atoms in block 59
Block first atom: 2233
Blocpdb> 41 atoms in block 60
Block first atom: 2274
Blocpdb> 11 atoms in block 61
Block first atom: 2315
Blocpdb> 52 atoms in block 62
Block first atom: 2326
Blocpdb> 26 atoms in block 63
Block first atom: 2378
Blocpdb> 45 atoms in block 64
Block first atom: 2404
Blocpdb> 51 atoms in block 65
Block first atom: 2449
Blocpdb> 41 atoms in block 66
Block first atom: 2500
Blocpdb> 41 atoms in block 67
Block first atom: 2541
Blocpdb> 11 atoms in block 68
Block first atom: 2582
Blocpdb> 52 atoms in block 69
Block first atom: 2593
Blocpdb> 26 atoms in block 70
Block first atom: 2645
Blocpdb> 45 atoms in block 71
Block first atom: 2671
Blocpdb> 51 atoms in block 72
Block first atom: 2716
Blocpdb> 41 atoms in block 73
Block first atom: 2767
Blocpdb> 41 atoms in block 74
Block first atom: 2808
Blocpdb> 11 atoms in block 75
Block first atom: 2849
Blocpdb> 52 atoms in block 76
Block first atom: 2860
Blocpdb> 26 atoms in block 77
Block first atom: 2912
Blocpdb> 45 atoms in block 78
Block first atom: 2938
Blocpdb> 51 atoms in block 79
Block first atom: 2983
Blocpdb> 41 atoms in block 80
Block first atom: 3034
Blocpdb> 41 atoms in block 81
Block first atom: 3075
Blocpdb> 11 atoms in block 82
Block first atom: 3116
Blocpdb> 52 atoms in block 83
Block first atom: 3127
Blocpdb> 26 atoms in block 84
Block first atom: 3179
Blocpdb> 45 atoms in block 85
Block first atom: 3205
Blocpdb> 51 atoms in block 86
Block first atom: 3250
Blocpdb> 41 atoms in block 87
Block first atom: 3301
Blocpdb> 41 atoms in block 88
Block first atom: 3342
Blocpdb> 11 atoms in block 89
Block first atom: 3383
Blocpdb> 52 atoms in block 90
Block first atom: 3394
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 3446
Blocpdb> 45 atoms in block 92
Block first atom: 3472
Blocpdb> 51 atoms in block 93
Block first atom: 3517
Blocpdb> 41 atoms in block 94
Block first atom: 3568
Blocpdb> 41 atoms in block 95
Block first atom: 3609
Blocpdb> 11 atoms in block 96
Block first atom: 3650
Blocpdb> 52 atoms in block 97
Block first atom: 3661
Blocpdb> 26 atoms in block 98
Block first atom: 3713
Blocpdb> 45 atoms in block 99
Block first atom: 3739
Blocpdb> 51 atoms in block 100
Block first atom: 3784
Blocpdb> 41 atoms in block 101
Block first atom: 3835
Blocpdb> 41 atoms in block 102
Block first atom: 3876
Blocpdb> 11 atoms in block 103
Block first atom: 3917
Blocpdb> 52 atoms in block 104
Block first atom: 3928
Blocpdb> 26 atoms in block 105
Block first atom: 3980
Blocpdb> 45 atoms in block 106
Block first atom: 4006
Blocpdb> 51 atoms in block 107
Block first atom: 4051
Blocpdb> 41 atoms in block 108
Block first atom: 4102
Blocpdb> 41 atoms in block 109
Block first atom: 4143
Blocpdb> 11 atoms in block 110
Block first atom: 4184
Blocpdb> 52 atoms in block 111
Block first atom: 4195
Blocpdb> 26 atoms in block 112
Block first atom: 4247
Blocpdb> 45 atoms in block 113
Block first atom: 4273
Blocpdb> 51 atoms in block 114
Block first atom: 4318
Blocpdb> 41 atoms in block 115
Block first atom: 4369
Blocpdb> 41 atoms in block 116
Block first atom: 4410
Blocpdb> 11 atoms in block 117
Block first atom: 4451
Blocpdb> 52 atoms in block 118
Block first atom: 4462
Blocpdb> 26 atoms in block 119
Block first atom: 4514
Blocpdb> 45 atoms in block 120
Block first atom: 4540
Blocpdb> 51 atoms in block 121
Block first atom: 4585
Blocpdb> 41 atoms in block 122
Block first atom: 4636
Blocpdb> 41 atoms in block 123
Block first atom: 4677
Blocpdb> 11 atoms in block 124
Block first atom: 4718
Blocpdb> 52 atoms in block 125
Block first atom: 4729
Blocpdb> 26 atoms in block 126
Block first atom: 4781
Blocpdb> 45 atoms in block 127
Block first atom: 4807
Blocpdb> 51 atoms in block 128
Block first atom: 4852
Blocpdb> 41 atoms in block 129
Block first atom: 4903
Blocpdb> 41 atoms in block 130
Block first atom: 4944
Blocpdb> 11 atoms in block 131
Block first atom: 4985
Blocpdb> 52 atoms in block 132
Block first atom: 4996
Blocpdb> 26 atoms in block 133
Block first atom: 5048
Blocpdb> 45 atoms in block 134
Block first atom: 5074
Blocpdb> 51 atoms in block 135
Block first atom: 5119
Blocpdb> 41 atoms in block 136
Block first atom: 5170
Blocpdb> 41 atoms in block 137
Block first atom: 5211
Blocpdb> 11 atoms in block 138
Block first atom: 5252
Blocpdb> 52 atoms in block 139
Block first atom: 5263
Blocpdb> 26 atoms in block 140
Block first atom: 5315
Blocpdb> 45 atoms in block 141
Block first atom: 5341
Blocpdb> 51 atoms in block 142
Block first atom: 5386
Blocpdb> 41 atoms in block 143
Block first atom: 5437
Blocpdb> 41 atoms in block 144
Block first atom: 5478
Blocpdb> 11 atoms in block 145
Block first atom: 5519
Blocpdb> 52 atoms in block 146
Block first atom: 5530
Blocpdb> 26 atoms in block 147
Block first atom: 5582
Blocpdb> 45 atoms in block 148
Block first atom: 5608
Blocpdb> 51 atoms in block 149
Block first atom: 5653
Blocpdb> 41 atoms in block 150
Block first atom: 5704
Blocpdb> 41 atoms in block 151
Block first atom: 5745
Blocpdb> 11 atoms in block 152
Block first atom: 5786
Blocpdb> 52 atoms in block 153
Block first atom: 5797
Blocpdb> 26 atoms in block 154
Block first atom: 5849
Blocpdb> 45 atoms in block 155
Block first atom: 5875
Blocpdb> 51 atoms in block 156
Block first atom: 5920
Blocpdb> 41 atoms in block 157
Block first atom: 5971
Blocpdb> 41 atoms in block 158
Block first atom: 6012
Blocpdb> 11 atoms in block 159
Block first atom: 6053
Blocpdb> 52 atoms in block 160
Block first atom: 6064
Blocpdb> 26 atoms in block 161
Block first atom: 6116
Blocpdb> 45 atoms in block 162
Block first atom: 6142
Blocpdb> 51 atoms in block 163
Block first atom: 6187
Blocpdb> 41 atoms in block 164
Block first atom: 6238
Blocpdb> 41 atoms in block 165
Block first atom: 6279
Blocpdb> 11 atoms in block 166
Block first atom: 6320
Blocpdb> 52 atoms in block 167
Block first atom: 6331
Blocpdb> 26 atoms in block 168
Block first atom: 6383
Blocpdb> 45 atoms in block 169
Block first atom: 6409
Blocpdb> 51 atoms in block 170
Block first atom: 6454
Blocpdb> 41 atoms in block 171
Block first atom: 6505
Blocpdb> 41 atoms in block 172
Block first atom: 6546
Blocpdb> 11 atoms in block 173
Block first atom: 6587
Blocpdb> 52 atoms in block 174
Block first atom: 6598
Blocpdb> 26 atoms in block 175
Block first atom: 6650
Blocpdb> 45 atoms in block 176
Block first atom: 6676
Blocpdb> 51 atoms in block 177
Block first atom: 6721
Blocpdb> 41 atoms in block 178
Block first atom: 6772
Blocpdb> 41 atoms in block 179
Block first atom: 6813
Blocpdb> 11 atoms in block 180
Block first atom: 6854
Blocpdb> 52 atoms in block 181
Block first atom: 6865
Blocpdb> 26 atoms in block 182
Block first atom: 6917
Blocpdb> 45 atoms in block 183
Block first atom: 6943
Blocpdb> 51 atoms in block 184
Block first atom: 6988
Blocpdb> 41 atoms in block 185
Block first atom: 7039
Blocpdb> 41 atoms in block 186
Block first atom: 7080
Blocpdb> 11 atoms in block 187
Block first atom: 7121
Blocpdb> 52 atoms in block 188
Block first atom: 7132
Blocpdb> 26 atoms in block 189
Block first atom: 7184
Blocpdb> 45 atoms in block 190
Block first atom: 7210
Blocpdb> 51 atoms in block 191
Block first atom: 7255
Blocpdb> 41 atoms in block 192
Block first atom: 7306
Blocpdb> 41 atoms in block 193
Block first atom: 7347
Blocpdb> 11 atoms in block 194
Block first atom: 7388
Blocpdb> 52 atoms in block 195
Block first atom: 7399
Blocpdb> 26 atoms in block 196
Block first atom: 7451
Blocpdb> 45 atoms in block 197
Block first atom: 7477
Blocpdb> 51 atoms in block 198
Block first atom: 7522
Blocpdb> 41 atoms in block 199
Block first atom: 7573
Blocpdb> 41 atoms in block 200
Block first atom: 7614
Blocpdb> 11 atoms in block 201
Block first atom: 7655
Blocpdb> 52 atoms in block 202
Block first atom: 7666
Blocpdb> 26 atoms in block 203
Block first atom: 7718
Blocpdb> 45 atoms in block 204
Block first atom: 7744
Blocpdb> 51 atoms in block 205
Block first atom: 7789
Blocpdb> 41 atoms in block 206
Block first atom: 7840
Blocpdb> 41 atoms in block 207
Block first atom: 7881
Blocpdb> 11 atoms in block 208
Block first atom: 7922
Blocpdb> 52 atoms in block 209
Block first atom: 7933
Blocpdb> 26 atoms in block 210
Block first atom: 7984
Blocpdb> 210 blocks.
Blocpdb> At most, 52 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 11 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 115946882 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 24030
Prepmat> Matrix trace = 257611560.0000
Prepmat> Last element read: 24030 24030 1031.7625
Prepmat> 22156 lines saved.
Prepmat> 900 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8010
RTB> Total mass = 8010.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 8010
RTB> Number of blocks = 210
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = ************
RTB> 762030 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1260
Diagstd> Nb of non-zero elements: 762030
Diagstd> Projected matrix trace = ************
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1260 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues =************
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1431.0478097 1897.2989116 2179.7135504 2713.2903088
2740.5482272 2775.6073695 2778.2981997 2788.2001306 2815.5648469
2820.4106070 2825.0998503 2844.1251545 2875.0698500 2886.0417757
2892.3448070 2897.7265288 2900.3713754 2920.3819290 2937.2888910
2945.1832586 2953.4171240 2980.2319259 2992.3050890 3021.7504052
3029.2552153 3055.8917165 3066.6578099 3080.1522274 3129.7090826
3159.1192108 3173.9082136 3267.9760413 3349.0063921 3391.9929467
3457.5276104 3471.9620683 3496.3799433 3499.5954608 3538.2790124
3560.2375130 3580.2220611 3601.1721179 3629.9449537 3647.3489511
3652.3683644 3673.6036967 3721.3271587 3779.2280560 3785.3036014
3792.1533881 3819.8521407 3851.3874093 3879.0996911 3925.2495198
3956.7419740 3967.9484581 3987.1205299 4010.0693734 4053.3388613
4066.0081568 4090.5438790 4114.9695205 4161.4325525 4191.9759804
4229.9695047 4334.2548590 4415.1175058 4462.1079665 4465.6633005
4507.5543647 4592.3050174 4640.5643168 4646.7238698 4695.5511582
4700.0909959 4710.7866035 4721.6113153 4748.6754546 4767.8422558
4785.5589377 4821.4925293 4825.7163865 4849.5222137 4854.0013877
4857.1479887 4868.2722880 4892.2700667 4920.5379069 4966.1136198
5033.6881617 5042.5207191 5079.1646695 5130.0884585 5161.0578051
5203.4199842 5288.6342663 5309.1071989 5331.1946895 5353.7449845
5380.0578957
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034151 0.0034205 0.0034287 0.0034414 0.0034623
0.0034895 4107.9235434 4730.0219820 5069.8486236 5656.4429608
5684.7844840 5721.0309366 5723.8034097 5733.9942338 5762.0635976
5767.0198988 5771.8120606 5791.2142463 5822.6338449 5833.7335181
5840.1003959 5845.5311435 5848.1982356 5868.3378166 5885.3000810
5893.2035506 5901.4356321 5928.1653920 5940.1609967 5969.3160668
5976.7241576 6002.9435707 6013.5086422 6026.7249393 6075.0137520
6103.4907051 6117.7603703 6207.7570559 6284.2473186 6324.4498116
6385.2529841 6398.5676530 6421.0283943 6423.9803310 6459.3871984
6479.3996219 6497.5594594 6516.5423159 6542.5236300 6558.1891439
6562.7002210 6581.7507557 6624.3642773 6675.7002867 6681.0641112
6687.1063187 6711.4839590 6739.1307648 6763.3326857 6803.4455733
6830.6832258 6840.3494891 6856.8549505 6876.5597866 6913.5600042
6924.3562392 6945.2168160 6965.9217506 7005.1382432 7030.7988501
7062.5884276 7149.1186132 7215.4997097 7253.7956627 7256.6849396
7290.6418961 7358.8617369 7397.4268345 7402.3346140 7441.1244593
7444.7207715 7453.1866250 7461.7448883 7483.0995836 7498.1861745
7512.1043993 7540.2549316 7543.5570199 7562.1407567 7565.6322683
7568.0840774 7576.7456915 7595.3972307 7617.3089629 7652.5047184
7704.3931061 7711.1495506 7739.1172577 7777.8167581 7801.2580175
7833.2091141 7897.0892733 7912.3597952 7928.8016163 7945.5528468
7965.0545571
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8010
Rtb_to_modes> Number of blocs = 210
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.8906E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9215E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9693E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0043E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0166E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0326E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1431.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1897.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2180.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2713.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2741.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2776.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2778.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2788.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2816.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2820.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2825.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2844.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2875.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2886.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2892.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2898.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2900.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2920.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2937.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2945.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2980.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2992.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3022.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3029.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3056.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3080.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3130.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3159.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3174.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3268.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3349.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3392.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3458.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3472.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3496.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3500.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3538.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3560.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3580.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3601.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3630.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3647.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3652.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3674.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3721.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3779.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3785.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3792.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3820.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3851.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3879.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3925.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3957.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3968.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3987.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4010.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4053.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4066.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4091.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4115.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4161.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4192.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4230.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4334.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4415.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4462.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4466.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4508.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4592.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4641.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4647.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4696.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4700.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4711.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4722.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4749.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4768.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4786.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4821.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4826.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4850.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4854.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4857.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4868.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4892.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4921.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4966.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5034.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5043.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5079.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5130.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5161.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5203.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5289.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5309.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5331.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5354.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5380.
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1260 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00000 0.99994 1.00000 0.99999 1.00004
1.00003 0.99999 1.00002 1.00002 0.99994
1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 0.99998
0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 1.00002
1.00001 1.00006 0.99999 0.99994 1.00002
1.00003 0.99996 0.99999 1.00000 1.00001
1.00004 0.99996 1.00001 0.99996 1.00002
1.00005 1.00001 0.99998 0.99998 1.00001
1.00001 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002
1.00005 1.00001 0.99998 0.99998 0.99999
1.00003 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
1.00003 0.99995 1.00002 1.00001 1.00002
0.99999 1.00003 1.00003 0.99998 0.99998
1.00003 1.00001 1.00002 1.00003 0.99997
1.00000 1.00002 0.99997 0.99999 0.99997
1.00002 0.99996 1.00000 0.99996 0.99998
1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 1.00003
1.00002 1.00002 1.00001 0.99995 1.00001
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 144180 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00003
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1.00003 0.99999 1.00002 1.00002 0.99994
1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 0.99998
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1.00001 1.00006 0.99999 0.99994 1.00002
1.00003 0.99996 0.99999 1.00000 1.00001
1.00004 0.99996 1.00001 0.99996 1.00002
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1.00001 0.99997 1.00000 0.99998 1.00002
1.00005 1.00001 0.99998 0.99998 0.99999
1.00003 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
1.00003 0.99995 1.00002 1.00001 1.00002
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1.00000 1.00002 0.99997 0.99999 0.99997
1.00002 0.99996 1.00000 0.99996 0.99998
1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 1.00003
1.00002 1.00002 1.00001 0.99995 1.00001
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502030320261313339.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502030320261313339.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2502030320261313339.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2502030320261313339.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 540
First residue number = 1
Last residue number = 20
Number of atoms found = 8010
Mean number per residue = 14.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.8906E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9215E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9693E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0043E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0166E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5380.
Bfactors> 106 vectors, 24030 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1431.000000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.000
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502030320261313339.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502030320261313339.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7965.
Chkmod> 106 vectors, 24030 coordinates in file.
Chkmod> That is: 8010 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 10 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 15 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 17 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 20 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 25 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 37 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 39 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 41 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 42 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 49 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 59 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 94 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502030320261313339.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502030320261313339.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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getting mode 9
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502030320261313339.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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11 models are in 2502030320261313339.11.pdb, 1 models will be skipped
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