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LOGs for ID: EXAMPLE3

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 14051917195825065.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 14051917195825065.atom to be opened. Openam> File opened: 14051917195825065.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 220 First residue number = 5 Last residue number = 224 Number of atoms found = 1714 Mean number per residue = 7.8 Pdbmat> Coordinate statistics: = 1.518405 +/- 8.555467 From: -17.412000 To: 20.474000 = -31.716337 +/- 15.444123 From: -60.847000 To: -.897000 = 5.882805 +/- 7.270063 From: -15.034000 To: 23.127000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 4.6225 % Filled. Pdbmat> 611216 non-zero elements. Pdbmat> 66783 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 77.93 +/- 21.42 Maximum number = 130 Minimum number = 16 Pdbmat> Matrix trace = 1.335660E+06 Pdbmat> Larger element = 470.948 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 220 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 14051917195825065.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 14051917195825065.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 14051917195825065.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 1714 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 220 residues. Blocpdb> 15 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 12 atoms in block 2 Block first atom: 16 Blocpdb> 15 atoms in block 3 Block first atom: 28 Blocpdb> 12 atoms in block 4 Block first atom: 43 Blocpdb> 18 atoms in block 5 Block first atom: 55 Blocpdb> 18 atoms in block 6 Block first atom: 73 Blocpdb> 20 atoms in block 7 Block first atom: 91 Blocpdb> 18 atoms in block 8 Block first atom: 111 Blocpdb> 12 atoms in block 9 Block first atom: 129 Blocpdb> 20 atoms in block 10 Block first atom: 141 Blocpdb> 11 atoms in block 11 Block first atom: 161 Blocpdb> 19 atoms in block 12 Block first atom: 172 Blocpdb> 15 atoms in block 13 Block first atom: 191 Blocpdb> 22 atoms in block 14 Block first atom: 206 Blocpdb> 10 atoms in block 15 Block first atom: 228 Blocpdb> 13 atoms in block 16 Block first atom: 238 Blocpdb> 18 atoms in block 17 Block first atom: 251 Blocpdb> 17 atoms in block 18 Block first atom: 269 Blocpdb> 16 atoms in block 19 Block first atom: 286 Blocpdb> 21 atoms in block 20 Block first atom: 302 Blocpdb> 17 atoms in block 21 Block first atom: 323 Blocpdb> 15 atoms in block 22 Block first atom: 340 Blocpdb> 19 atoms in block 23 Block first atom: 355 Blocpdb> 10 atoms in block 24 Block first atom: 374 Blocpdb> 16 atoms in block 25 Block first atom: 384 Blocpdb> 12 atoms in block 26 Block first atom: 400 Blocpdb> 17 atoms in block 27 Block first atom: 412 Blocpdb> 16 atoms in block 28 Block first atom: 429 Blocpdb> 15 atoms in block 29 Block first atom: 445 Blocpdb> 16 atoms in block 30 Block first atom: 460 Blocpdb> 13 atoms in block 31 Block first atom: 476 Blocpdb> 9 atoms in block 32 Block first atom: 489 Blocpdb> 15 atoms in block 33 Block first atom: 498 Blocpdb> 15 atoms in block 34 Block first atom: 513 Blocpdb> 17 atoms in block 35 Block first atom: 528 Blocpdb> 20 atoms in block 36 Block first atom: 545 Blocpdb> 14 atoms in block 37 Block first atom: 565 Blocpdb> 16 atoms in block 38 Block first atom: 579 Blocpdb> 17 atoms in block 39 Block first atom: 595 Blocpdb> 12 atoms in block 40 Block first atom: 612 Blocpdb> 24 atoms in block 41 Block first atom: 624 Blocpdb> 15 atoms in block 42 Block first atom: 648 Blocpdb> 12 atoms in block 43 Block first atom: 663 Blocpdb> 15 atoms in block 44 Block first atom: 675 Blocpdb> 15 atoms in block 45 Block first atom: 690 Blocpdb> 14 atoms in block 46 Block first atom: 705 Blocpdb> 16 atoms in block 47 Block first atom: 719 Blocpdb> 16 atoms in block 48 Block first atom: 735 Blocpdb> 16 atoms in block 49 Block first atom: 751 Blocpdb> 13 atoms in block 50 Block first atom: 767 Blocpdb> 17 atoms in block 51 Block first atom: 780 Blocpdb> 16 atoms in block 52 Block first atom: 797 Blocpdb> 13 atoms in block 53 Block first atom: 813 Blocpdb> 14 atoms in block 54 Block first atom: 826 Blocpdb> 12 atoms in block 55 Block first atom: 840 Blocpdb> 15 atoms in block 56 Block first atom: 852 Blocpdb> 11 atoms in block 57 Block first atom: 867 Blocpdb> 10 atoms in block 58 Block first atom: 878 Blocpdb> 15 atoms in block 59 Block first atom: 888 Blocpdb> 17 atoms in block 60 Block first atom: 903 Blocpdb> 14 atoms in block 61 Block first atom: 920 Blocpdb> 16 atoms in block 62 Block first atom: 934 Blocpdb> 16 atoms in block 63 Block first atom: 950 Blocpdb> 17 atoms in block 64 Block first atom: 966 Blocpdb> 19 atoms in block 65 Block first atom: 983 Blocpdb> 20 atoms in block 66 Block first atom: 1002 Blocpdb> 15 atoms in block 67 Block first atom: 1022 Blocpdb> 16 atoms in block 68 Block first atom: 1037 Blocpdb> 13 atoms in block 69 Block first atom: 1053 Blocpdb> 20 atoms in block 70 Block first atom: 1066 Blocpdb> 17 atoms in block 71 Block first atom: 1086 Blocpdb> 11 atoms in block 72 Block first atom: 1103 Blocpdb> 19 atoms in block 73 Block first atom: 1114 Blocpdb> 13 atoms in block 74 Block first atom: 1133 Blocpdb> 12 atoms in block 75 Block first atom: 1146 Blocpdb> 18 atoms in block 76 Block first atom: 1158 Blocpdb> 15 atoms in block 77 Block first atom: 1176 Blocpdb> 15 atoms in block 78 Block first atom: 1191 Blocpdb> 16 atoms in block 79 Block first atom: 1206 Blocpdb> 23 atoms in block 80 Block first atom: 1222 Blocpdb> 17 atoms in block 81 Block first atom: 1245 Blocpdb> 12 atoms in block 82 Block first atom: 1262 Blocpdb> 12 atoms in block 83 Block first atom: 1274 Blocpdb> 13 atoms in block 84 Block first atom: 1286 Blocpdb> 20 atoms in block 85 Block first atom: 1299 Blocpdb> 12 atoms in block 86 Block first atom: 1319 Blocpdb> 12 atoms in block 87 Block first atom: 1331 Blocpdb> 14 atoms in block 88 Block first atom: 1343 Blocpdb> 14 atoms in block 89 Block first atom: 1357 Blocpdb> 18 atoms in block 90 Block first atom: 1371 Blocpdb> 16 atoms in block 91 Block first atom: 1389 Blocpdb> 13 atoms in block 92 Block first atom: 1405 Blocpdb> 18 atoms in block 93 Block first atom: 1418 Blocpdb> 13 atoms in block 94 Block first atom: 1436 Blocpdb> 14 atoms in block 95 Block first atom: 1449 Blocpdb> 17 atoms in block 96 Block first atom: 1463 Blocpdb> 19 atoms in block 97 Block first atom: 1480 Blocpdb> 16 atoms in block 98 Block first atom: 1499 Blocpdb> 12 atoms in block 99 Block first atom: 1515 Blocpdb> 13 atoms in block 100 Block first atom: 1527 Blocpdb> 16 atoms in block 101 Block first atom: 1540 Blocpdb> 19 atoms in block 102 Block first atom: 1556 Blocpdb> 17 atoms in block 103 Block first atom: 1575 Blocpdb> 11 atoms in block 104 Block first atom: 1592 Blocpdb> 20 atoms in block 105 Block first atom: 1603 Blocpdb> 17 atoms in block 106 Block first atom: 1623 Blocpdb> 21 atoms in block 107 Block first atom: 1640 Blocpdb> 23 atoms in block 108 Block first atom: 1661 Blocpdb> 15 atoms in block 109 Block first atom: 1684 Blocpdb> 16 atoms in block 110 Block first atom: 1698 Blocpdb> 110 blocks. Blocpdb> At most, 24 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 611326 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 5142 Prepmat> Matrix trace = 1335660.0000 Prepmat> Last element read: 5142 5142 132.1285 Prepmat> 6106 lines saved. Prepmat> 5016 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1714 RTB> Total mass = 1714.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 1714 RTB> Number of blocks = 110 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 143164.1955 RTB> 37554 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 660 Diagstd> Nb of non-zero elements: 37554 Diagstd> Projected matrix trace = 143164.1955 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 660 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 143164.1955 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : .000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: .0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: .0000000 .0000000 .0000000 .0000000 .0000000 .0000000 .8980090 1.2609219 2.3546027 6.0466211 6.6105133 7.4050921 8.1141436 11.3000919 11.6246526 13.7651078 15.5275171 16.9112448 18.5287099 18.8337215 19.2669993 22.0548622 22.5230636 23.8775592 24.9057297 25.8811446 26.1277162 26.8123435 27.3101613 29.2527273 29.8716814 30.1220539 30.3792320 31.2380461 32.3353414 33.0696556 33.3707660 34.4393019 34.9716078 36.5989022 37.3152628 38.4301605 38.7592337 40.0004359 40.7429114 42.4417255 42.6460150 43.7262714 44.3024985 45.5356454 46.6977704 47.1945672 48.4208427 49.6547778 50.0127648 50.7564959 51.9800869 52.9088057 53.4430169 54.0506694 54.4577727 54.8760648 55.6378240 56.8622858 59.8466958 60.6601536 61.1812287 62.0101862 62.9501566 62.9830929 64.1183509 64.1551285 64.7290349 65.5877448 66.8213506 67.6228144 67.7020206 69.2002941 69.6343238 70.3172023 70.6103644 71.4573421 72.8876705 74.0332503 74.3877414 75.1428315 75.7077254 76.5518129 77.6653292 78.1721655 78.9271639 79.3401365 80.1580395 82.1958480 82.2517282 82.6811791 83.7295027 84.0974270 84.3376354 84.9900983 85.8489862 86.0692157 87.4755249 87.9151278 89.4649082 90.5591553 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): .0034331 .0034334 .0034335 .0034342 .0034346 .0034351 102.9047960 121.9380856 166.6303465 267.0248362 279.1983661 295.5020607 309.3261419 365.0364795 370.2416492 402.8887016 427.9039435 446.5633416 467.4313877 471.2630096 476.6529897 509.9733179 515.3579884 530.6281003 541.9321496 552.4424210 555.0677634 562.2929873 567.4889544 587.3249651 593.5060008 595.9880766 598.5269021 606.9280526 617.4957963 624.4678963 627.3044499 637.2684974 642.1745350 656.9454507 663.3435834 673.1802711 676.0563109 686.7958187 693.1405555 707.4435585 709.1441226 718.0695377 722.7854312 732.7756483 742.0674007 746.0042201 755.6339325 765.2014807 767.9548938 773.6438831 782.9134982 789.8766204 793.8542302 798.3545759 801.3554919 804.4272250 809.9912895 818.8558141 840.0697938 845.7597889 849.3845898 855.1194758 861.5761881 861.8015523 869.5337680 869.7831097 873.6648159 879.4408393 887.6727845 892.9803477 893.5031658 903.3358590 906.1643277 910.5966993 912.4929268 917.9493307 927.0908939 934.3480608 936.5823441 941.3238408 944.8554652 950.1080992 956.9932487 960.1107924 964.7360977 967.2567120 972.2295649 984.5102008 984.8447996 987.4124777 993.6525149 995.8332769 997.2544676 1001.1045749 1006.1503111 1007.4400297 1015.6371051 1018.1859177 1027.1210757 1033.3833545 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1714 Rtb_to_modes> Number of blocs = 110 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9953E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9966E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9974E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: .8980 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.261 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.355 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.047 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.611 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.405 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.114 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> 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Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00002 1.00000 .99999 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 1.00003 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 .99999 .99997 1.00004 .99999 .99999 .99999 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00003 .99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00002 .99999 1.00000 .99996 1.00001 1.00002 1.00003 .99998 .99997 1.00002 .99998 .99998 1.00000 .99997 1.00001 1.00002 1.00003 1.00001 1.00001 1.00002 1.00003 1.00000 .99998 .99998 .99998 .99997 .99999 1.00002 .99999 1.00001 1.00001 .99998 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 .99998 .99996 .99997 .99999 1.00000 1.00001 .99999 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 1.00002 1.00001 1.00001 1.00001 .99997 1.00000 .99999 .99999 1.00000 1.00000 1.00001 .99998 .99996 1.00002 .99998 1.00004 1.00001 1.00000 .99998 .99999 1.00002 .99999 1.00003 1.00001 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: .000 Vector 3: .000 .000 Vector 4: .000 .000 .000 Vector 5: .000 .000 .000 .000 Vector 6: .000 .000 .000 .000 .000 Vector 7: .000 .000 .000 .000 .000 .000 Vector 8: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 Vector 9: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 Vector 10: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 14051917195825065.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 14051917195825065.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 14051917195825065.atom Openam> file on opening on unit 11: 14051917195825065.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 220 First residue number = 5 Last residue number = 224 Number of atoms found = 1714 Mean number per residue = 7.8 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9953E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9966E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9974E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: .8980 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.261 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.355 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.047 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.611 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.405 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.114 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.81 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lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.82 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lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.56 Bfactors> 106 vectors, 5142 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : .000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : .000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : .898000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= .524 for 220 C-alpha atoms. Bfactors> = .042 +/- .03 Bfactors> = 20.362 +/- 9.84 Bfactors> Shiftng-fct= 20.320 Bfactors> Scaling-fct= 325.429 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 14051917195825065.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 14051917195825065.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 663.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 745.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 810.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 840.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 845.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 849.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 855.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 873.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 879.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 893.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 903.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 906.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 917.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 934.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 941.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 944.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 950.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 960.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 964.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 967.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 972.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 984.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 984.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 987.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 993.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 995.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1007. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1018. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1027. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1033. Chkmod> 106 vectors, 5142 coordinates in file. Chkmod> That is: 1714 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 15 is: 1.0001 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. .0034 .7670 .0034 .8921 .0034 .9527 .0034 .7246 .0034 .9189 .0034 .7809 102.8999 .7407 121.9366 .6116 166.6373 .6860 267.0217 .2976 279.1967 .6239 295.4875 .5745 309.3101 .2871 365.0193 .1250 370.1517 .2479 402.9430 .4112 427.9198 .4957 446.5277 .3024 467.4276 .3191 471.1962 .5459 476.6696 .4131 509.8952 .4018 515.3008 .3642 530.6324 .3839 541.9553 .3662 552.4065 .4531 555.0682 .5634 562.2443 .5717 567.4629 .4871 587.2724 .4100 593.4638 .4250 595.9422 .3388 598.5088 .3708 606.9210 .3957 617.5138 .5398 624.4443 .4174 627.2703 .3752 637.2476 .5627 642.1322 .4691 656.9271 .4274 663.3572 .3891 673.1500 .3573 676.0340 .4567 686.7626 .5432 693.0860 .4236 707.3988 .4518 709.1468 .5129 718.0693 .5541 722.7340 .4654 732.7792 .5078 742.0533 .6038 745.9361 .3476 755.5949 .5683 765.1318 .4500 767.9007 .5165 773.6374 .4418 782.8792 .4561 789.8516 .4477 793.7977 .4522 798.3154 .4052 801.3375 .4465 804.4215 .5549 809.9724 .5684 818.8042 .3968 840.0569 .4920 845.7224 .4170 849.3396 .5614 855.0815 .5071 861.5381 .4517 861.7434 .4229 869.5076 .3451 869.7788 .3563 873.6338 .3205 879.4182 .5551 887.6257 .4420 892.9234 .3776 893.4515 .3225 903.2952 .3931 906.0973 .3723 910.5757 .2865 912.4514 .4097 917.9270 .4421 927.0659 .3425 934.2874 .3599 936.5564 .4465 941.2657 .4977 944.8291 .4618 950.0561 .2316 956.9809 .4305 960.0563 .2774 964.7120 .4242 967.2144 .2425 972.1997 .4245 984.4928 .4842 984.7922 .3146 987.3631 .4146 993.6128 .2185 995.8058 .4379 997.2256 .3380 1001.0610 .4310 1006.1131 .3995 1007.4014 .3417 1015.6195 .4774 1018.1704 .5372 1027.0488 .4596 1033.3438 .4241 project conformational change on normal modes Projmod> Version 1.36, April 2003. Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors. Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ? Getnam> 14051917195825065.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 14051917195825065.eigenfacs Getnam> Pdb file with the reference structure ? Getnam> 14051917195825065.atom Openam> file on opening on unit 11: 14051917195825065.atom Getnam> Pdb file with the other conformer ? Getnam> 14051917195825065.atom2 Openam> file on opening on unit 12: 14051917195825065.atom2 Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n) Getrep> F Projmod> All masses will all be assumed to be of 1. Getrep> Displacement along one mode ? (y/n) Getrep> F Openam> file on opening on unit 13: projmod.res Openam> file on opening on unit 14: dr.res Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 121.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 663.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 745.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur 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Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 220 First residue number = 5 Last residue number = 224 Number of atoms found = 1714 Mean number per residue = 7.8 Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number). Projmod> 1714 atoms are considered. Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 5.59 Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- .00 Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum. Vector: 1 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0004 Vector: 2 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0000 Vector: 3 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0005 Vector: 4 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= -.0006 Vector: 5 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0004 Vector: 6 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0050 Vector: 7 F= 102.90 Cos= -.895 Sum= .802 q= -207.3613 Vector: 8 F= 121.94 Cos= -.105 Sum= .813 q= -24.2790 Vector: 9 F= 166.64 Cos= -.086 Sum= .820 q= -19.9074 Vector: 10 F= 267.02 Cos= -.039 Sum= .822 q= -9.0781 Vector: 11 F= 279.20 Cos= -.175 Sum= .852 q= -40.4212 Vector: 12 F= 295.49 Cos= .004 Sum= .852 q= .8893 Vector: 13 F= 309.31 Cos= .002 Sum= .852 q= .4708 Vector: 14 F= 365.02 Cos= -.005 Sum= .852 q= -1.1491 %Projmod-Wn> Eigenvector 15 Norm= 1.0001 Vector: 15 F= 370.15 Cos= -.016 Sum= .852 q= -3.7439 Vector: 16 F= 402.94 Cos= .052 Sum= .855 q= 12.1094 Vector: 17 F= 427.92 Cos= -.034 Sum= .856 q= -7.8940 Vector: 18 F= 446.53 Cos= .027 Sum= .857 q= 6.1729 Vector: 19 F= 467.43 Cos= .021 Sum= .857 q= 4.9275 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will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 compute RMSD to reference MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 220 3.306 142 1.418 MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 220 3.680 139 1.238 MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 220 4.076 138 1.237 MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 220 4.486 136 1.154 MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 220 4.908 131 1.362 MODEL 6 MODE=7 DQ=0 220 5.338 131 0.832 MODEL 7 MODE=7 DQ=20 220 5.775 39 2.139 MODEL 8 MODE=7 DQ=40 220 6.218 33 2.151 MODEL 9 MODE=7 DQ=60 220 6.664 27 2.196 MODEL 10 MODE=7 DQ=80 220 7.114 27 2.140 MODEL 11 MODE=7 DQ=100 220 7.567 25 2.122 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 14051917195825065 8 -100 100 20 on on normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 14051917195825065.eigenfacs 14051917195825065.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 14051917195825065.eigenfacs 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