*** ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 14051916424419054.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 14051916424419054.atom to be opened.
Openam> File opened: 14051916424419054.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 370
First residue number = 1
Last residue number = 370
Number of atoms found = 2860
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 10.139298 +/- 14.421229 From: -23.250000 To: 36.712000
= 11.216960 +/- 9.507194 From: -12.979000 To: 35.617000
= 40.122757 +/- 11.476958 From: 10.058000 To: 67.707000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.9681 % Filled.
Pdbmat> 1092615 non-zero elements.
Pdbmat> 119515 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.58 +/- 20.84
Maximum number = 131
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 2.390300E+06
Pdbmat> Larger element = 483.566
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
370 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 14051916424419054.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 14051916424419054.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
14051916424419054.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2860 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 370 residues.
Blocpdb> 10 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 10 atoms in block 2
Block first atom: 11
Blocpdb> 13 atoms in block 3
Block first atom: 21
Blocpdb> 15 atoms in block 4
Block first atom: 34
Blocpdb> 22 atoms in block 5
Block first atom: 49
Blocpdb> 16 atoms in block 6
Block first atom: 71
Blocpdb> 12 atoms in block 7
Block first atom: 87
Blocpdb> 13 atoms in block 8
Block first atom: 99
Blocpdb> 20 atoms in block 9
Block first atom: 112
Blocpdb> 12 atoms in block 10
Block first atom: 132
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 144
Blocpdb> 11 atoms in block 12
Block first atom: 158
Blocpdb> 18 atoms in block 13
Block first atom: 169
Blocpdb> 20 atoms in block 14
Block first atom: 187
Blocpdb> 17 atoms in block 15
Block first atom: 207
Blocpdb> 11 atoms in block 16
Block first atom: 224
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 235
Blocpdb> 14 atoms in block 18
Block first atom: 252
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 266
Blocpdb> 17 atoms in block 20
Block first atom: 282
Blocpdb> 17 atoms in block 21
Block first atom: 299
Blocpdb> 17 atoms in block 22
Block first atom: 316
Blocpdb> 18 atoms in block 23
Block first atom: 333
Blocpdb> 18 atoms in block 24
Block first atom: 351
Blocpdb> 16 atoms in block 25
Block first atom: 369
Blocpdb> 10 atoms in block 26
Block first atom: 385
Blocpdb> 11 atoms in block 27
Block first atom: 395
Blocpdb> 12 atoms in block 28
Block first atom: 406
Blocpdb> 15 atoms in block 29
Block first atom: 418
Blocpdb> 16 atoms in block 30
Block first atom: 433
Blocpdb> 25 atoms in block 31
Block first atom: 449
Blocpdb> 15 atoms in block 32
Block first atom: 474
Blocpdb> 19 atoms in block 33
Block first atom: 489
Blocpdb> 15 atoms in block 34
Block first atom: 508
Blocpdb> 16 atoms in block 35
Block first atom: 523
Blocpdb> 14 atoms in block 36
Block first atom: 539
Blocpdb> 10 atoms in block 37
Block first atom: 553
Blocpdb> 16 atoms in block 38
Block first atom: 563
Blocpdb> 14 atoms in block 39
Block first atom: 579
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 593
Blocpdb> 15 atoms in block 41
Block first atom: 608
Blocpdb> 14 atoms in block 42
Block first atom: 623
Blocpdb> 20 atoms in block 43
Block first atom: 637
Blocpdb> 17 atoms in block 44
Block first atom: 657
Blocpdb> 20 atoms in block 45
Block first atom: 674
Blocpdb> 18 atoms in block 46
Block first atom: 694
Blocpdb> 21 atoms in block 47
Block first atom: 712
Blocpdb> 13 atoms in block 48
Block first atom: 733
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 746
Blocpdb> 20 atoms in block 50
Block first atom: 764
Blocpdb> 13 atoms in block 51
Block first atom: 784
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 797
Blocpdb> 17 atoms in block 53
Block first atom: 813
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 830
Blocpdb> 12 atoms in block 55
Block first atom: 845
Blocpdb> 14 atoms in block 56
Block first atom: 857
Blocpdb> 14 atoms in block 57
Block first atom: 871
Blocpdb> 16 atoms in block 58
Block first atom: 885
Blocpdb> 20 atoms in block 59
Block first atom: 901
Blocpdb> 17 atoms in block 60
Block first atom: 921
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 938
Blocpdb> 15 atoms in block 62
Block first atom: 954
Blocpdb> 14 atoms in block 63
Block first atom: 969
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 983
Blocpdb> 23 atoms in block 65
Block first atom: 999
Blocpdb> 17 atoms in block 66
Block first atom: 1022
Blocpdb> 12 atoms in block 67
Block first atom: 1039
Blocpdb> 16 atoms in block 68
Block first atom: 1051
Blocpdb> 18 atoms in block 69
Block first atom: 1067
Blocpdb> 17 atoms in block 70
Block first atom: 1085
Blocpdb> 14 atoms in block 71
Block first atom: 1102
Blocpdb> 13 atoms in block 72
Block first atom: 1116
Blocpdb> 11 atoms in block 73
Block first atom: 1129
Blocpdb> 16 atoms in block 74
Block first atom: 1140
Blocpdb> 19 atoms in block 75
Block first atom: 1156
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1175
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1192
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 1208
Blocpdb> 21 atoms in block 79
Block first atom: 1231
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1252
Blocpdb> 13 atoms in block 81
Block first atom: 1267
Blocpdb> 13 atoms in block 82
Block first atom: 1280
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 1293
Blocpdb> 17 atoms in block 84
Block first atom: 1301
Blocpdb> 20 atoms in block 85
Block first atom: 1318
Blocpdb> 21 atoms in block 86
Block first atom: 1338
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1359
Blocpdb> 21 atoms in block 88
Block first atom: 1371
Blocpdb> 16 atoms in block 89
Block first atom: 1392
Blocpdb> 17 atoms in block 90
Block first atom: 1408
Blocpdb> 11 atoms in block 91
Block first atom: 1425
Blocpdb> 15 atoms in block 92
Block first atom: 1436
Blocpdb> 13 atoms in block 93
Block first atom: 1451
Blocpdb> 9 atoms in block 94
Block first atom: 1464
Blocpdb> 14 atoms in block 95
Block first atom: 1473
Blocpdb> 12 atoms in block 96
Block first atom: 1487
Blocpdb> 18 atoms in block 97
Block first atom: 1499
Blocpdb> 15 atoms in block 98
Block first atom: 1517
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1532
Blocpdb> 17 atoms in block 100
Block first atom: 1548
Blocpdb> 17 atoms in block 101
Block first atom: 1565
Blocpdb> 18 atoms in block 102
Block first atom: 1582
Blocpdb> 13 atoms in block 103
Block first atom: 1600
Blocpdb> 15 atoms in block 104
Block first atom: 1613
Blocpdb> 20 atoms in block 105
Block first atom: 1628
Blocpdb> 14 atoms in block 106
Block first atom: 1648
Blocpdb> 14 atoms in block 107
Block first atom: 1662
Blocpdb> 10 atoms in block 108
Block first atom: 1676
Blocpdb> 19 atoms in block 109
Block first atom: 1686
Blocpdb> 13 atoms in block 110
Block first atom: 1705
Blocpdb> 16 atoms in block 111
Block first atom: 1718
Blocpdb> 13 atoms in block 112
Block first atom: 1734
Blocpdb> 15 atoms in block 113
Block first atom: 1747
Blocpdb> 12 atoms in block 114
Block first atom: 1762
Blocpdb> 21 atoms in block 115
Block first atom: 1774
Blocpdb> 19 atoms in block 116
Block first atom: 1795
Blocpdb> 14 atoms in block 117
Block first atom: 1814
Blocpdb> 16 atoms in block 118
Block first atom: 1828
Blocpdb> 13 atoms in block 119
Block first atom: 1844
Blocpdb> 16 atoms in block 120
Block first atom: 1857
Blocpdb> 20 atoms in block 121
Block first atom: 1873
Blocpdb> 11 atoms in block 122
Block first atom: 1893
Blocpdb> 14 atoms in block 123
Block first atom: 1904
Blocpdb> 15 atoms in block 124
Block first atom: 1918
Blocpdb> 18 atoms in block 125
Block first atom: 1933
Blocpdb> 13 atoms in block 126
Block first atom: 1951
Blocpdb> 16 atoms in block 127
Block first atom: 1964
Blocpdb> 15 atoms in block 128
Block first atom: 1980
Blocpdb> 18 atoms in block 129
Block first atom: 1995
Blocpdb> 11 atoms in block 130
Block first atom: 2013
Blocpdb> 15 atoms in block 131
Block first atom: 2024
Blocpdb> 11 atoms in block 132
Block first atom: 2039
Blocpdb> 12 atoms in block 133
Block first atom: 2050
Blocpdb> 13 atoms in block 134
Block first atom: 2062
Blocpdb> 10 atoms in block 135
Block first atom: 2075
Blocpdb> 15 atoms in block 136
Block first atom: 2085
Blocpdb> 18 atoms in block 137
Block first atom: 2100
Blocpdb> 13 atoms in block 138
Block first atom: 2118
Blocpdb> 18 atoms in block 139
Block first atom: 2131
Blocpdb> 19 atoms in block 140
Block first atom: 2149
Blocpdb> 17 atoms in block 141
Block first atom: 2168
Blocpdb> 20 atoms in block 142
Block first atom: 2185
Blocpdb> 15 atoms in block 143
Block first atom: 2205
Blocpdb> 17 atoms in block 144
Block first atom: 2220
Blocpdb> 12 atoms in block 145
Block first atom: 2237
Blocpdb> 14 atoms in block 146
Block first atom: 2249
Blocpdb> 15 atoms in block 147
Block first atom: 2263
Blocpdb> 17 atoms in block 148
Block first atom: 2278
Blocpdb> 16 atoms in block 149
Block first atom: 2295
Blocpdb> 12 atoms in block 150
Block first atom: 2311
Blocpdb> 12 atoms in block 151
Block first atom: 2323
Blocpdb> 13 atoms in block 152
Block first atom: 2335
Blocpdb> 15 atoms in block 153
Block first atom: 2348
Blocpdb> 21 atoms in block 154
Block first atom: 2363
Blocpdb> 18 atoms in block 155
Block first atom: 2384
Blocpdb> 13 atoms in block 156
Block first atom: 2402
Blocpdb> 17 atoms in block 157
Block first atom: 2415
Blocpdb> 18 atoms in block 158
Block first atom: 2432
Blocpdb> 13 atoms in block 159
Block first atom: 2450
Blocpdb> 12 atoms in block 160
Block first atom: 2463
Blocpdb> 17 atoms in block 161
Block first atom: 2475
Blocpdb> 13 atoms in block 162
Block first atom: 2492
Blocpdb> 18 atoms in block 163
Block first atom: 2505
Blocpdb> 13 atoms in block 164
Block first atom: 2523
Blocpdb> 16 atoms in block 165
Block first atom: 2536
Blocpdb> 15 atoms in block 166
Block first atom: 2552
Blocpdb> 15 atoms in block 167
Block first atom: 2567
Blocpdb> 17 atoms in block 168
Block first atom: 2582
Blocpdb> 11 atoms in block 169
Block first atom: 2599
Blocpdb> 25 atoms in block 170
Block first atom: 2610
Blocpdb> 17 atoms in block 171
Block first atom: 2635
Blocpdb> 18 atoms in block 172
Block first atom: 2652
Blocpdb> 12 atoms in block 173
Block first atom: 2670
Blocpdb> 15 atoms in block 174
Block first atom: 2682
Blocpdb> 13 atoms in block 175
Block first atom: 2697
Blocpdb> 11 atoms in block 176
Block first atom: 2710
Blocpdb> 15 atoms in block 177
Block first atom: 2721
Blocpdb> 16 atoms in block 178
Block first atom: 2736
Blocpdb> 15 atoms in block 179
Block first atom: 2752
Blocpdb> 14 atoms in block 180
Block first atom: 2767
Blocpdb> 17 atoms in block 181
Block first atom: 2781
Blocpdb> 13 atoms in block 182
Block first atom: 2798
Blocpdb> 16 atoms in block 183
Block first atom: 2811
Blocpdb> 19 atoms in block 184
Block first atom: 2827
Blocpdb> 15 atoms in block 185
Block first atom: 2845
Blocpdb> 185 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1092800 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8580
Prepmat> Matrix trace = 2390300.0000
Prepmat> Last element read: 8580 8580 15.7362
Prepmat> 17206 lines saved.
Prepmat> 15139 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2860
RTB> Total mass = 2860.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2860
RTB> Number of blocks = 185
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 263427.8209
RTB> 71601 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1110
Diagstd> Nb of non-zero elements: 71601
Diagstd> Projected matrix trace = 263427.8209
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1110 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 263427.8209
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : .000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: .0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
.0000000 .0000000 .0000000 .0000000 .0000000
.0000000 2.0365970 2.0980778 4.0452183 5.1151785
6.5782927 7.8731034 8.1106123 9.2869026 10.4157948
11.7794428 12.6227426 14.4984314 15.3132237 15.8481744
17.5306887 17.9636000 18.3171333 19.0892773 20.4244489
21.2784370 21.9977963 22.3228092 23.0033215 23.8803870
24.2005551 24.5511766 25.1338004 26.1097592 26.2641728
27.0566472 27.1654179 28.4531957 28.4907772 29.9090754
30.6795070 31.8693629 32.3322760 33.0416856 33.7031612
33.8668933 34.3692422 34.9510501 35.9816958 36.3000678
37.0070953 37.8581067 38.7006856 39.4038281 40.0321468
40.5478871 40.6572441 41.3730109 42.1744000 43.4889823
44.1446250 44.4163985 45.1902587 45.8782790 46.8848255
47.5436490 48.0275331 48.2040519 49.0260448 49.6769169
49.8625896 50.6490756 51.8713186 51.9220788 52.0164304
53.2492303 53.7835888 54.4527599 55.3511074 56.0520797
56.3055516 56.7039539 58.2770782 58.9105533 59.3591360
59.4609844 60.2033724 61.0184748 61.7241192 62.4258627
63.7222546 63.8411285 64.5470876 64.9777386 65.8770043
66.3861340 66.5523149 67.7736946 68.0565361 68.1527924
68.9355258 69.9750616 70.6413913 71.5032218 71.8928533
72.0998113
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
.0034319 .0034334 .0034336 .0034347 .0034352
.0034369 154.9700700 157.2917963 218.4068520 245.5984805
278.5171085 304.6970563 309.2588244 330.9258756 350.4624461
372.6985083 385.8088124 413.4812208 424.9409589 432.2996674
454.6683979 460.2480621 464.7549593 474.4495328 490.7614641
500.9162747 509.3131252 513.0618273 520.8234801 530.6595205
534.2049946 538.0609024 544.4078278 554.8769871 556.5153450
564.8488765 565.9831160 579.2430156 579.6254266 593.8773663
601.4776145 613.0303425 617.4665262 624.2037555 630.4208948
631.9503515 636.6199712 641.9857589 651.3825113 654.2579349
660.5987988 668.1511587 675.5455066 681.6547860 687.0679982
691.4796358 692.4114625 698.4797894 705.2120697 716.1185153
721.4964459 723.7139614 729.9913168 735.5273724 743.5521473
748.7581040 752.5587687 753.9404649 760.3415244 765.3720478
766.8010436 772.8247857 782.0939463 782.4765235 783.1871499
792.4136489 796.3796784 801.3186095 807.9015428 813.0011232
814.8372771 817.7149757 828.9802141 833.4735671 836.6408499
837.3582969 842.5694147 848.2540739 853.1447661 857.9807752
866.8437995 867.6519712 872.4360565 875.3416163 881.3779902
884.7772949 885.8840113 893.9760025 895.8394854 896.4727803
901.6060693 908.3786641 912.6933838 918.2439709 920.7423947
922.0667132
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2860
Rtb_to_modes> Number of blocs = 185
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9880E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.287
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.42
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.65
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.31
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.10
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1110 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
.99998 .99999 .99999 1.00000 1.00001
1.00000 .99999 .99998 1.00001 1.00002
.99996 1.00001 1.00003 1.00003 .99999
1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00003
.99998 1.00001 1.00000 1.00002 .99998
.99998 .99996 1.00000 1.00001 .99997
.99999 1.00003 1.00002 .99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 .99999
1.00002 1.00001 .99998 1.00002 .99999
1.00000 1.00000 .99998 1.00002 .99998
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 .99999
.99998 .99998 1.00000 .99999 .99999
1.00001 .99998 1.00002 .99999 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 .99999
.99999 .99999 .99999 .99999 1.00001
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 .99999 1.00001 .99998 1.00001
1.00002 1.00000 1.00001 .99999 1.00000
1.00000 .99998 .99999 .99999 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 .99999 1.00000
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 51480 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
.99998 .99999 .99999 1.00000 1.00001
1.00000 .99999 .99998 1.00001 1.00002
.99996 1.00001 1.00003 1.00003 .99999
1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00003
.99998 1.00001 1.00000 1.00002 .99998
.99998 .99996 1.00000 1.00001 .99997
.99999 1.00003 1.00002 .99999 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 .99999
1.00002 1.00001 .99998 1.00002 .99999
1.00000 1.00000 .99998 1.00002 .99998
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 .99999
.99998 .99998 1.00000 .99999 .99999
1.00001 .99998 1.00002 .99999 1.00000
1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 .99999
.99999 .99999 .99999 .99999 1.00001
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 .99999 1.00001 .99998 1.00001
1.00002 1.00000 1.00001 .99999 1.00000
1.00000 .99998 .99999 .99999 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 1.00000 1.00000 .99999 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: .000
Vector 3: .000 .000
Vector 4: .000 .000 .000
Vector 5: .000 .000 .000 .000
Vector 6: .000 .000 .000 .000 .000
Vector 7: .000 .000 .000 .000 .000 .000
Vector 8: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000
Vector 9: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000
Vector 10: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 14051916424419054.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
14051916424419054.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 14051916424419054.atom
Openam> file on opening on unit 11:
14051916424419054.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 370
First residue number = 1
Last residue number = 370
Number of atoms found = 2860
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9880E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9966E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0017E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.037
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.098
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.045
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.115
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.578
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.873
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.111
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.287
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.00
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.00
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.88
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.10
Bfactors> 106 vectors, 8580 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : .000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : .000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 2.037000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= .609 for 370 C-alpha atoms.
Bfactors> = .022 +/- .02
Bfactors> = 28.788 +/- 10.94
Bfactors> Shiftng-fct= 28.766
Bfactors> Scaling-fct= 539.622
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 14051916424419054.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
14051916424419054.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4367E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 474.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 566.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 829.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 833.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 837.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 842.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 848.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 853.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 866.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 872.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 875.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 881.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 884.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 893.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 895.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 901.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 918.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 922.0
Chkmod> 106 vectors, 8580 coordinates in file.
Chkmod> That is: 2860 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
.0034 .7424
.0034 .7156
.0034 .8148
.0034 .8108
.0034 .7778
.0034 .9465
154.9787 .7131
157.2821 .6660
218.3916 .6057
245.5837 .1951
278.4990 .2517
304.6820 .7070
309.2529 .6891
330.9134 .4948
350.5181 .3981
372.6913 .5484
385.7503 .4083
413.4858 .3188
424.8780 .3120
432.3060 .1495
454.6399 .3756
460.1822 .4747
464.7714 .4770
474.4381 .4948
490.6869 .3514
500.9132 .3024
509.3168 .3804
513.0075 .3497
520.7635 .4713
530.6324 .3786
534.1759 .4747
538.0249 .4435
544.3433 .3311
554.8557 .4442
556.4472 .3022
564.8596 .6417
566.0065 .5081
579.1856 .2509
579.5926 .3716
593.8611 .2914
601.4566 .2702
613.0102 .5322
617.4183 .4089
624.1610 .3975
630.3643 .4967
631.9522 .4676
636.5997 .6349
641.9486 .4804
651.3392 .4857
654.2292 .3450
660.5964 .3631
668.1392 .4447
675.5105 .5026
681.5924 .3961
687.0201 .5167
691.4680 .4090
692.4052 .2484
698.4244 .6140
705.1450 .4414
716.0962 .4878
721.4277 .4333
723.7122 .4322
729.9579 .4132
735.5096 .3088
743.4820 .5363
748.6972 .4382
752.5458 .5394
753.8764 .4389
760.3396 .4744
765.3629 .4961
766.7482 .5919
772.7987 .4250
782.0504 .5273
782.4273 .4377
783.1804 .3422
792.3854 .3566
796.3189 .4347
801.2639 .5090
807.8588 .4952
812.9511 .5052
814.8345 .2783
817.6514 .4287
828.9654 .4339
833.4339 .4035
836.6110 .2860
837.3154 .4340
842.5096 .3883
848.2283 .5104
853.0797 .4218
857.9724 .5664
866.7913 .2186
867.6071 .4524
872.4183 .5247
875.3193 .2667
881.3602 .4860
884.7651 .5115
885.8306 .4472
893.9133 .5793
895.8238 .5366
896.4159 .3854
901.5966 .5178
908.3717 .5208
912.6452 .5334
918.1839 .5231
920.6846 .4945
922.0283 .4662
project conformational change on normal modes
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 14051916424419054.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
14051916424419054.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 14051916424419054.atom
Openam> file on opening on unit 11:
14051916424419054.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 14051916424419054.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
14051916424419054.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4367E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.4
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 901.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 918.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 922.0
Projmod> 106 vectors, 8580 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 370
First residue number = 1
Last residue number = 370
Number of atoms found = 2860
Mean number per residue = 7.7
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 370
First residue number = 1
Last residue number = 370
Number of atoms found = 2860
Mean number per residue = 7.7
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 2860 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 3.96
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- .00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= -.0017
Vector: 2 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0000
Vector: 3 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0015
Vector: 4 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0009
Vector: 5 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= -.0002
Vector: 6 F= .00 Cos= .000 Sum= .000 q= .0005
Vector: 7 F= 154.98 Cos= .897 Sum= .804 q= 189.9586
Vector: 8 F= 157.28 Cos= .076 Sum= .810 q= 16.0909
Vector: 9 F= 218.39 Cos= .189 Sum= .846 q= 39.9778
Vector: 10 F= 245.58 Cos= .135 Sum= .864 q= 28.5394
Vector: 11 F= 278.50 Cos= -.013 Sum= .864 q= -2.8173
Vector: 12 F= 304.68 Cos= -.011 Sum= .864 q= -2.2813
Vector: 13 F= 309.25 Cos= -.143 Sum= .884 q= -30.2923
Vector: 14 F= 330.91 Cos= .004 Sum= .885 q= .9511
Vector: 15 F= 350.52 Cos= -.034 Sum= .886 q= -7.1980
Vector: 16 F= 372.69 Cos= -.033 Sum= .887 q= -6.9885
Vector: 17 F= 385.75 Cos= -.017 Sum= .887 q= -3.7060
Vector: 18 F= 413.49 Cos= .000 Sum= .887 q= -.0151
Vector: 19 F= 424.88 Cos= -.020 Sum= .887 q= -4.2783
Vector: 20 F= 432.31 Cos= .029 Sum= .888 q= 6.1544
Vector: 21 F= 454.64 Cos= .004 Sum= .888 q= .8667
Vector: 22 F= 460.18 Cos= -.036 Sum= .890 q= -7.5978
Vector: 23 F= 464.77 Cos= .049 Sum= .892 q= 10.4040
Vector: 24 F= 474.44 Cos= .005 Sum= .892 q= 1.0810
Vector: 25 F= 490.69 Cos= .016 Sum= .892 q= 3.4289
Vector: 26 F= 500.91 Cos= .032 Sum= .893 q= 6.8754
Vector: 27 F= 509.32 Cos= -.028 Sum= .894 q= -5.8932
Vector: 28 F= 513.01 Cos= -.054 Sum= .897 q= -11.4764
Vector: 29 F= 520.76 Cos= -.021 Sum= .898 q= -4.4276
Vector: 30 F= 530.63 Cos= -.035 Sum= .899 q= -7.4666
Vector: 31 F= 534.18 Cos= -.002 Sum= .899 q= -.4599
Vector: 32 F= 538.02 Cos= .021 Sum= .899 q= 4.3787
Vector: 33 F= 544.34 Cos= -.032 Sum= .900 q= -6.6947
Vector: 34 F= 554.86 Cos= .019 Sum= .901 q= 4.0043
Vector: 35 F= 556.45 Cos= -.017 Sum= .901 q= -3.6324
Vector: 36 F= 564.86 Cos= -.014 Sum= .901 q= -2.9639
Vector: 37 F= 566.01 Cos= .000 Sum= .901 q= -.0485
Vector: 38 F= 579.19 Cos= -.010 Sum= .901 q= -2.0834
Vector: 39 F= 579.59 Cos= .028 Sum= .902 q= 5.9895
Vector: 40 F= 593.86 Cos= .006 Sum= .902 q= 1.2573
Vector: 41 F= 601.46 Cos= -.025 Sum= .903 q= -5.2138
Vector: 42 F= 613.01 Cos= .005 Sum= .903 q= 1.0341
Vector: 43 F= 617.42 Cos= .006 Sum= .903 q= 1.3091
Vector: 44 F= 624.16 Cos= .023 Sum= .903 q= 4.9523
Vector: 45 F= 630.36 Cos= .033 Sum= .904 q= 7.0197
Vector: 46 F= 631.95 Cos= -.003 Sum= .904 q= -.5976
Vector: 47 F= 636.60 Cos= -.010 Sum= .904 q= -2.1909
Vector: 48 F= 641.95 Cos= -.006 Sum= .904 q= -1.3173
Vector: 49 F= 651.34 Cos= .018 Sum= .905 q= 3.8954
Vector: 50 F= 654.23 Cos= .015 Sum= .905 q= 3.1099
Vector: 51 F= 660.60 Cos= .026 Sum= .906 q= 5.5384
Vector: 52 F= 668.14 Cos= .002 Sum= .906 q= .3308
Vector: 53 F= 675.51 Cos= .017 Sum= .906 q= 3.6667
Vector: 54 F= 681.59 Cos= .002 Sum= .906 q= .3410
Vector: 55 F= 687.02 Cos= .018 Sum= .906 q= 3.8921
Vector: 56 F= 691.47 Cos= -.015 Sum= .907 q= -3.1900
Vector: 57 F= 692.41 Cos= .007 Sum= .907 q= 1.5129
Vector: 58 F= 698.42 Cos= -.040 Sum= .908 q= -8.4729
Vector: 59 F= 705.15 Cos= .002 Sum= .908 q= .4405
Vector: 60 F= 716.10 Cos= .007 Sum= .908 q= 1.4460
Vector: 61 F= 721.43 Cos= .014 Sum= .908 q= 2.9011
Vector: 62 F= 723.71 Cos= -.036 Sum= .910 q= -7.5929
Vector: 63 F= 729.96 Cos= .020 Sum= .910 q= 4.3357
Vector: 64 F= 735.51 Cos= -.014 Sum= .910 q= -2.9793
Vector: 65 F= 743.48 Cos= -.013 Sum= .911 q= -2.7687
Vector: 66 F= 748.70 Cos= .020 Sum= .911 q= 4.1625
Vector: 67 F= 752.55 Cos= -.001 Sum= .911 q= -.2747
Vector: 68 F= 753.88 Cos= -.016 Sum= .911 q= -3.3601
Vector: 69 F= 760.34 Cos= -.001 Sum= .911 q= -.1684
Vector: 70 F= 765.36 Cos= -.029 Sum= .912 q= -6.0477
Vector: 71 F= 766.75 Cos= -.017 Sum= .912 q= -3.6621
Vector: 72 F= 772.80 Cos= -.012 Sum= .912 q= -2.4470
Vector: 73 F= 782.05 Cos= -.005 Sum= .912 q= -1.1144
Vector: 74 F= 782.43 Cos= -.001 Sum= .912 q= -.2922
Vector: 75 F= 783.18 Cos= .010 Sum= .913 q= 2.1901
Vector: 76 F= 792.39 Cos= .008 Sum= .913 q= 1.7137
Vector: 77 F= 796.32 Cos= .007 Sum= .913 q= 1.4495
Vector: 78 F= 801.26 Cos= -.025 Sum= .913 q= -5.2695
Vector: 79 F= 807.86 Cos= -.015 Sum= .913 q= -3.2386
Vector: 80 F= 812.95 Cos= .015 Sum= .914 q= 3.0850
Vector: 81 F= 814.83 Cos= -.002 Sum= .914 q= -.3758
Vector: 82 F= 817.65 Cos= -.010 Sum= .914 q= -2.1528
Vector: 83 F= 828.97 Cos= .014 Sum= .914 q= 3.0276
Vector: 84 F= 833.43 Cos= .015 Sum= .914 q= 3.2403
Vector: 85 F= 836.61 Cos= .017 Sum= .915 q= 3.5196
Vector: 86 F= 837.32 Cos= .009 Sum= .915 q= 1.9723
Vector: 87 F= 842.51 Cos= -.008 Sum= .915 q= -1.6899
Vector: 88 F= 848.23 Cos= -.015 Sum= .915 q= -3.2217
Vector: 89 F= 853.08 Cos= -.020 Sum= .915 q= -4.3341
Vector: 90 F= 857.97 Cos= -.003 Sum= .915 q= -.5425
Vector: 91 F= 866.79 Cos= -.016 Sum= .916 q= -3.3491
Vector: 92 F= 867.61 Cos= -.015 Sum= .916 q= -3.2780
Vector: 93 F= 872.42 Cos= -.008 Sum= .916 q= -1.7628
Vector: 94 F= 875.32 Cos= -.015 Sum= .916 q= -3.1535
Vector: 95 F= 881.36 Cos= .008 Sum= .916 q= 1.6348
Vector: 96 F= 884.77 Cos= -.030 Sum= .917 q= -6.3897
Vector: 97 F= 885.83 Cos= .040 Sum= .919 q= 8.5498
Vector: 98 F= 893.91 Cos= .008 Sum= .919 q= 1.6608
Vector: 99 F= 895.82 Cos= .030 Sum= .920 q= 6.3670
Vector: 100 F= 896.42 Cos= -.008 Sum= .920 q= -1.6401
Vector: 101 F= 901.60 Cos= .007 Sum= .920 q= 1.5634
Vector: 102 F= 908.37 Cos= .017 Sum= .920 q= 3.6477
Vector: 103 F= 912.65 Cos= -.007 Sum= .920 q= -1.4060
Vector: 104 F= 918.18 Cos= .001 Sum= .920 q= .1803
Vector: 105 F= 920.68 Cos= -.042 Sum= .922 q= -8.8284
Vector: 106 F= 922.03 Cos= .011 Sum= .922 q= 2.3349
Projmod> Best zero-frequency found : .003432
Projmod> 6 frequencies less than: .003437
Projmod> Lowest non-zero frequency : 154.978749
Projmod> Best overlap with diff.vect. = .90 for mode 7 with F= 154.98 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = .804 .860 .887 .893 .897 .922
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 14051916424419054 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
making animated gifs
11 models are in 14051916424419054.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 14051916424419054.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 14051916424419054.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to reference
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 370 5.513 81 2.122
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 370 5.159 92 2.092
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 370 4.808 216 1.267
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 370 4.460 222 1.136
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 370 4.115 229 1.303
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 370 3.775 231 1.513
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 370 3.440 240 1.367
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 370 3.112 256 1.590
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 370 2.795 271 1.789
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 370 2.492 299 1.727
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 370 2.208 318 1.713
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 14051916424419054 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
making animated gifs
11 models are in 14051916424419054.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 14051916424419054.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 14051916424419054.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to reference
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 370 4.282 217 1.156
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 370 4.120 221 1.098
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 370 3.986 223 1.263
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 370 3.882 224 1.272
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 370 3.811 229 1.303
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 370 3.775 231 1.513
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 370 3.774 232 1.275
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 370 3.809 231 1.371
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 370 3.879 223 1.233
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 370 3.982 222 1.143
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 370 4.115 216 1.085
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 14051916424419054 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
making animated gifs
11 models are in 14051916424419054.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 14051916424419054.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 14051916424419054.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to reference
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 370 4.499 222 1.310
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 370 4.302 226 1.257
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 370 4.128 228 1.494
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 370 3.980 232 1.462
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 370 3.861 232 1.501
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 370 3.775 231 1.513
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 370 3.722 230 1.212
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 370 3.705 234 1.374
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 370 3.724 227 1.219
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 370 3.778 226 1.278
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 370 3.867 161 2.077
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 14051916424419054 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
making animated gifs
11 models are in 14051916424419054.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 14051916424419054.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 14051916424419054.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to reference
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 370 4.416 213 1.602
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 370 4.235 217 1.420
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 370 4.078 221 1.350
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 370 3.947 227 1.312
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 370 3.845 232 1.282
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 370 3.775 231 1.513
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 370 3.737 232 1.492
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 370 3.735 230 1.283
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 370 3.766 225 1.360
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 370 3.831 217 1.443
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 370 3.928 209 1.259
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 14051916424419054 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
14051916424419054.eigenfacs
14051916424419054.atom
making animated gifs
11 models are in 14051916424419054.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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11 models are in 14051916424419054.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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compute RMSD to reference
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 370 4.162 216 1.490
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 370 4.024 219 1.307
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 370 3.913 221 1.214
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 370 3.834 223 1.299
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 370 3.787 231 1.445
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 370 3.775 231 1.513
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 370 3.796 231 1.245
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 370 3.851 227 1.233
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 370 3.939 223 1.410
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 370 4.057 164 2.043
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 370 4.203 162 2.010
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STDERR:
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