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LOGs for ID: EXAMPLE1

output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 14051616002320826.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 14051616002320826.atom to be opened. Openam> File opened: 14051616002320826.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 99 First residue number = 1 Last residue number = 99 Number of atoms found = 758 Mean number per residue = 7.7 Pdbmat> Coordinate statistics: = 44.333530 +/- 6.596488 From: 29.854000 To: 58.353000 = 44.227468 +/- 8.664383 From: 25.358000 To: 61.272000 = -11.527855 +/- 8.244856 From: -28.556000 To: 9.685000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 9.0834 % Filled. Pdbmat> 234959 non-zero elements. Pdbmat> 25604 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 67.56 +/- 24.09 Maximum number = 117 Minimum number = 12 Pdbmat> Matrix trace = 512080. Pdbmat> Larger element = 444.551 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 99 non-zero elements, NRBL set to 1 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 14051616002320826.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 1 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 14051616002320826.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 14051616002320826.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 758 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 1 residue(s) per block. Blocpdb> 99 residues. Blocpdb> 7 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 9 atoms in block 2 Block first atom: 8 Blocpdb> 8 atoms in block 3 Block first atom: 17 Blocpdb> 7 atoms in block 4 Block first atom: 25 Blocpdb> 8 atoms in block 5 Block first atom: 32 Blocpdb> 14 atoms in block 6 Block first atom: 40 Blocpdb> 9 atoms in block 7 Block first atom: 54 Blocpdb> 11 atoms in block 8 Block first atom: 63 Blocpdb> 7 atoms in block 9 Block first atom: 74 Blocpdb> 8 atoms in block 10 Block first atom: 81 Blocpdb> 7 atoms in block 11 Block first atom: 89 Blocpdb> 7 atoms in block 12 Block first atom: 96 Blocpdb> 8 atoms in block 13 Block first atom: 103 Blocpdb> 9 atoms in block 14 Block first atom: 111 Blocpdb> 8 atoms in block 15 Block first atom: 120 Blocpdb> 4 atoms in block 16 Block first atom: 128 Blocpdb> 4 atoms in block 17 Block first atom: 132 Blocpdb> 9 atoms in block 18 Block first atom: 136 Blocpdb> 8 atoms in block 19 Block first atom: 145 Blocpdb> 9 atoms in block 20 Block first atom: 153 Blocpdb> 9 atoms in block 21 Block first atom: 162 Blocpdb> 5 atoms in block 22 Block first atom: 171 Blocpdb> 8 atoms in block 23 Block first atom: 176 Blocpdb> 8 atoms in block 24 Block first atom: 184 Blocpdb> 8 atoms in block 25 Block first atom: 192 Blocpdb> 7 atoms in block 26 Block first atom: 200 Blocpdb> 4 atoms in block 27 Block first atom: 207 Blocpdb> 5 atoms in block 28 Block first atom: 211 Blocpdb> 8 atoms in block 29 Block first atom: 216 Blocpdb> 8 atoms in block 30 Block first atom: 224 Blocpdb> 7 atoms in block 31 Block first atom: 232 Blocpdb> 7 atoms in block 32 Block first atom: 239 Blocpdb> 8 atoms in block 33 Block first atom: 246 Blocpdb> 9 atoms in block 34 Block first atom: 254 Blocpdb> 9 atoms in block 35 Block first atom: 263 Blocpdb> 8 atoms in block 36 Block first atom: 272 Blocpdb> 6 atoms in block 37 Block first atom: 280 Blocpdb> 8 atoms in block 38 Block first atom: 286 Blocpdb> 7 atoms in block 39 Block first atom: 294 Blocpdb> 4 atoms in block 40 Block first atom: 301 Blocpdb> 11 atoms in block 41 Block first atom: 305 Blocpdb> 14 atoms in block 42 Block first atom: 316 Blocpdb> 9 atoms in block 43 Block first atom: 330 Blocpdb> 7 atoms in block 44 Block first atom: 339 Blocpdb> 9 atoms in block 45 Block first atom: 346 Blocpdb> 8 atoms in block 46 Block first atom: 355 Blocpdb> 8 atoms in block 47 Block first atom: 363 Blocpdb> 4 atoms in block 48 Block first atom: 371 Blocpdb> 4 atoms in block 49 Block first atom: 375 Blocpdb> 8 atoms in block 50 Block first atom: 379 Blocpdb> 4 atoms in block 51 Block first atom: 387 Blocpdb> 4 atoms in block 52 Block first atom: 391 Blocpdb> 11 atoms in block 53 Block first atom: 395 Blocpdb> 8 atoms in block 54 Block first atom: 406 Blocpdb> 9 atoms in block 55 Block first atom: 414 Blocpdb> 7 atoms in block 56 Block first atom: 423 Blocpdb> 11 atoms in block 57 Block first atom: 430 Blocpdb> 9 atoms in block 58 Block first atom: 441 Blocpdb> 12 atoms in block 59 Block first atom: 450 Blocpdb> 8 atoms in block 60 Block first atom: 462 Blocpdb> 9 atoms in block 61 Block first atom: 470 Blocpdb> 8 atoms in block 62 Block first atom: 479 Blocpdb> 8 atoms in block 63 Block first atom: 487 Blocpdb> 8 atoms in block 64 Block first atom: 495 Blocpdb> 9 atoms in block 65 Block first atom: 503 Blocpdb> 8 atoms in block 66 Block first atom: 512 Blocpdb> 6 atoms in block 67 Block first atom: 520 Blocpdb> 4 atoms in block 68 Block first atom: 526 Blocpdb> 10 atoms in block 69 Block first atom: 530 Blocpdb> 9 atoms in block 70 Block first atom: 540 Blocpdb> 5 atoms in block 71 Block first atom: 549 Blocpdb> 8 atoms in block 72 Block first atom: 554 Blocpdb> 4 atoms in block 73 Block first atom: 562 Blocpdb> 7 atoms in block 74 Block first atom: 566 Blocpdb> 7 atoms in block 75 Block first atom: 573 Blocpdb> 8 atoms in block 76 Block first atom: 580 Blocpdb> 7 atoms in block 77 Block first atom: 588 Blocpdb> 4 atoms in block 78 Block first atom: 595 Blocpdb> 7 atoms in block 79 Block first atom: 599 Blocpdb> 7 atoms in block 80 Block first atom: 606 Blocpdb> 7 atoms in block 81 Block first atom: 613 Blocpdb> 7 atoms in block 82 Block first atom: 620 Blocpdb> 8 atoms in block 83 Block first atom: 627 Blocpdb> 8 atoms in block 84 Block first atom: 635 Blocpdb> 8 atoms in block 85 Block first atom: 643 Blocpdb> 4 atoms in block 86 Block first atom: 651 Blocpdb> 11 atoms in block 87 Block first atom: 655 Blocpdb> 8 atoms in block 88 Block first atom: 666 Blocpdb> 8 atoms in block 89 Block first atom: 674 Blocpdb> 8 atoms in block 90 Block first atom: 682 Blocpdb> 7 atoms in block 91 Block first atom: 690 Blocpdb> 9 atoms in block 92 Block first atom: 697 Blocpdb> 8 atoms in block 93 Block first atom: 706 Blocpdb> 4 atoms in block 94 Block first atom: 714 Blocpdb> 6 atoms in block 95 Block first atom: 718 Blocpdb> 7 atoms in block 96 Block first atom: 724 Blocpdb> 8 atoms in block 97 Block first atom: 731 Blocpdb> 8 atoms in block 98 Block first atom: 739 Blocpdb> 12 atoms in block 99 Block first atom: 746 Blocpdb> 99 blocks. Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 235058 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 2274 Prepmat> Matrix trace = 512080.0000 Prepmat> Last element read: 2274 2274 108.9375 Prepmat> 4951 lines saved. Prepmat> 3897 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 758 RTB> Total mass = 758.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 758 RTB> Number of blocks = 99 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 121624.5885 RTB> 36423 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 594 Diagstd> Nb of non-zero elements: 36423 Diagstd> Projected matrix trace = 121624.5885 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 594 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 121624.5885 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : .000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: .0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: .0000000 .0000000 .0000000 .0000000 .0000000 .0000000 1.2904106 1.9193667 2.1457177 2.5601082 4.0829085 4.2974169 4.9753768 5.7602965 6.5446142 7.5494880 9.5961151 10.4467839 11.5943873 12.1011225 12.7220170 13.0473278 14.5857135 16.2559568 16.8834589 17.8358751 18.2440581 19.6976669 20.3962336 22.6128977 23.1067178 23.8364499 24.3067406 24.8462690 25.8653789 26.5555353 27.5118904 28.4332600 29.0418372 29.7979744 30.9142365 33.2004862 34.2236244 34.5141713 36.8936897 36.9696959 37.4429380 37.8419906 38.8967066 39.6236478 40.1374719 41.1093109 42.6479481 43.1378737 43.8311181 44.3091456 45.4210266 46.0304949 46.5918464 47.5311332 48.5466460 48.6873479 49.4351847 50.5658457 51.1785989 51.8717524 52.9912493 53.9347059 54.6427725 56.9893937 57.6762089 58.7083328 59.4905665 60.3357361 61.2788724 62.3280289 64.1432366 65.1503780 65.9519502 66.5008605 67.6037419 67.8338420 68.4339883 68.8269501 70.7651103 72.5395907 73.6126408 73.8426006 74.3537716 75.0952780 76.4092943 76.6927120 77.6868228 78.4164493 78.7118449 79.8829152 80.9799285 81.6367394 82.3975448 83.2699349 83.5649686 84.4917140 85.6675511 85.9823472 86.9082187 87.4720061 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): .0034324 .0034326 .0034329 .0034338 .0034340 .0034340 123.3557038 150.4437891 159.0675423 173.7498521 219.4219665 225.1121960 242.2190337 260.6259774 277.8032387 298.3692266 336.3899432 350.9834069 369.7593643 377.7531631 387.3229820 392.2437810 414.7239532 437.8260001 446.1963283 458.6089138 463.8269758 481.9507665 490.4223671 516.3847275 521.9926766 530.1711211 535.3756851 541.2848498 552.2741336 559.5936917 569.5810036 579.0400569 585.2040511 592.7733242 603.7741880 625.7019412 635.2699034 637.9608171 659.5858433 660.2649138 664.4774383 668.0089286 677.2541823 683.5534942 687.9712468 696.2502733 709.1601952 713.2218631 718.9299149 722.8396523 731.8528245 736.7465356 741.2253109 748.6595424 756.6149101 757.7105587 763.5075940 772.1895462 776.8541253 782.0972168 790.4917821 797.4976973 802.7154898 819.7705243 824.6955162 832.0418173 837.5665654 843.4951462 850.0621183 857.3081979 869.7024938 876.5036929 881.8792040 885.5414880 892.8544097 894.3726047 898.3202835 900.8957600 913.4922646 924.8745534 931.6900969 933.1442232 936.3684709 941.0259397 949.2232662 950.9820686 957.1256620 961.6097700 963.4192642 970.5596524 977.2011619 981.1560937 985.7173839 990.9218229 992.6757382 998.1650066 1005.0865388 1006.9315032 1012.3383853 1015.6166774 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 758 Rtb_to_modes> Number of blocs = 99 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9906E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9919E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9938E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9988E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.290 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.919 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.146 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.560 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.083 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.297 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.975 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.760 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.545 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.549 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.596 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.18 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> 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Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): .99999 .99997 .99996 1.00003 1.00000 1.00001 1.00000 .99997 .99999 1.00004 .99999 1.00004 1.00000 1.00001 1.00002 1.00002 1.00000 .99997 .99996 1.00001 1.00000 .99994 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 .99997 1.00000 .99999 .99997 1.00004 .99999 1.00001 .99999 1.00003 1.00001 .99999 1.00001 .99998 1.00000 1.00002 1.00001 .99999 1.00001 1.00001 .99998 1.00000 1.00000 1.00000 .99999 .99999 .99997 .99999 .99997 1.00000 1.00000 1.00006 .99999 1.00000 .99999 1.00000 1.00002 1.00003 .99999 1.00001 .99997 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 .99999 1.00000 .99998 1.00002 1.00000 .99999 1.00002 1.00003 1.00001 .99999 1.00001 .99995 .99998 .99998 1.00003 1.00001 1.00001 .99999 .99994 .99997 .99997 .99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 .99996 .99999 1.00000 .99998 1.00004 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: .000 Vector 3: .000 .000 Vector 4: .000 .000 .000 Vector 5: .000 .000 .000 .000 Vector 6: .000 .000 .000 .000 .000 Vector 7: .000 .000 .000 .000 .000 .000 Vector 8: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 Vector 9: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 Vector 10: .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 .000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 14051616002320826.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 14051616002320826.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 14051616002320826.atom Openam> file on opening on unit 11: 14051616002320826.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 99 First residue number = 1 Last residue number = 99 Number of atoms found = 758 Mean number per residue = 7.7 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9906E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9919E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9938E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9988E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.290 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.919 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.146 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.560 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.083 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.297 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.975 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.760 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.545 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.549 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.596 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.47 Bfactors> 106 vectors, 2274 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : .000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : .000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.290000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= .280 for 99 C-alpha atoms. Bfactors> = .090 +/- .18 Bfactors> = 31.076 +/- 10.13 Bfactors> Shiftng-fct= 30.986 Bfactors> Scaling-fct= 56.676 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 14051616002320826.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 14051616002320826.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 677.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 757.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 763.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 819.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 837.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 843.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 850.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 881.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 894.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 898.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 931.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 933.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 941.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 949.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 950.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 957.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 961.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 970.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 977.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 981.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 985.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 990.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 992.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 998.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1005. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1007. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1012. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016. Chkmod> 106 vectors, 2274 coordinates in file. Chkmod> That is: 758 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 22 is: .9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 61 is: 1.0002 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 86 is: .9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. .0034 .8768 .0034 .9218 .0034 .7403 .0034 .7358 .0034 .9609 .0034 .7846 123.3308 .0652 150.4230 .1124 159.0712 .1132 173.7387 .1859 219.4150 .0253 225.0916 .3070 242.1995 .2905 260.6081 .2191 277.7995 .1796 298.3468 .2148 336.3735 .2094 351.0224 .1485 369.6735 .3014 377.7194 .0805 387.2757 .2623 392.2671 .1212 414.7671 .3514 437.8616 .2608 446.1315 .3727 458.6423 .2156 463.7555 .4263 481.9586 .1572 490.4466 .2123 516.3295 .2233 522.0073 .3769 530.1878 .2763 535.3886 .3329 541.3023 .3827 552.2998 .2396 559.6167 .3438 569.5370 .2949 578.9820 .1247 585.1604 .3736 592.7680 .3356 603.7069 .2947 625.6705 .3481 635.2090 .1447 637.8949 .3780 659.5245 .4072 660.2393 .4286 664.4228 .2321 667.9627 .2867 677.2538 .4843 683.4927 .3512 687.9634 .3818 696.2262 .3525 709.1468 .1916 713.2088 .3993 718.8899 .3992 722.8156 .1488 731.8131 .1671 736.7109 .2535 741.1788 .2806 748.6185 .3227 756.6086 .0269 757.6987 .4007 763.5120 .3061 772.1881 .2796 776.8314 .2239 782.0504 .3239 790.4485 .3267 797.4287 .3467 802.6607 .3943 819.7397 .3963 824.6872 .2863 832.0179 .2863 837.5266 .3526 843.4887 .3611 850.0334 .2730 857.2850 .2304 869.6432 .0910 876.4635 .4803 881.8283 .4201 885.4977 .1359 892.7914 .2312 894.3089 .1947 898.2555 .3593 900.8770 .4600 913.4846 .4518 924.8375 .2203 931.6334 .2415 933.0877 .3510 936.3045 .3599 941.0151 .0841 949.1869 .3570 950.9244 .1867 957.1041 .1629 961.5903 .0985 963.3666 .3097 970.5003 .4126 977.1596 .0338 981.1336 .2418 985.6898 .4343 990.8797 .3319 992.6036 .1118 998.1120 .3260 1005.0578 .4037 1006.8745 .2740 1012.3053 .2929 1015.5614 .1008 project conformational change on normal modes Projmod> Version 1.36, April 2003. Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors. Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ? Getnam> 14051616002320826.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 14051616002320826.eigenfacs Getnam> Pdb file with the reference structure ? Getnam> 14051616002320826.atom Openam> file on opening on unit 11: 14051616002320826.atom Getnam> Pdb file with the other conformer ? Getnam> 14051616002320826.atom2 Openam> file on opening on unit 12: 14051616002320826.atom2 Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n) Getrep> F Projmod> All masses will all be assumed to be of 1. Getrep> Displacement along one mode ? (y/n) Getrep> F Openam> file on opening on unit 13: projmod.res Openam> file on opening on unit 14: dr.res Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 336.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 677.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur 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Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 1.37 Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- .00 Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum. 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will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 compute RMSD to reference MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 99 2.813 93 1.011 MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 99 2.307 94 0.954 MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 99 1.828 94 0.821 MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 99 1.403 94 0.725 MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 99 1.098 95 0.708 MODEL 6 MODE=7 DQ=0 99 1.025 96 0.742 MODEL 7 MODE=7 DQ=20 99 1.227 95 0.838 MODEL 8 MODE=7 DQ=40 99 1.603 94 0.898 MODEL 9 MODE=7 DQ=60 99 2.059 92 0.912 MODEL 10 MODE=7 DQ=80 99 2.554 91 0.962 MODEL 11 MODE=7 DQ=100 99 3.068 91 1.089 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 14051616002320826 8 -100 100 20 on on normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 14051616002320826.eigenfacs 14051616002320826.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 14051616002320826.eigenfacs 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 14051616002320826.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 compute RMSD to reference MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 99 2.602 86 0.980 MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 99 2.147 88 0.929 MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 99 1.720 91 0.916 MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 99 1.348 92 0.840 MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 99 1.086 96 0.834 MODEL 6 MODE=9 DQ=0 99 1.025 96 0.742 MODEL 7 MODE=9 DQ=20 99 1.196 94 0.801 MODEL 8 MODE=9 DQ=40 99 1.523 91 0.835 MODEL 9 MODE=9 DQ=60 99 1.928 90 0.938 MODEL 10 MODE=9 DQ=80 99 2.371 88 0.975 MODEL 11 MODE=9 DQ=100 99 2.835 86 1.019 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 14051616002320826 10 -100 100 20 on on normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure 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