*** vB-P ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2502131145134657.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2502131145134657.atom to be opened.
Openam> File opened: 2502131145134657.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2014
First residue number = 1
Last residue number = 259
Number of atoms found = 15637
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.044466 +/- 18.755736 From: -52.829000 To: 40.467000
= -0.373368 +/- 27.199058 From: -63.109000 To: 59.693000
= 0.608006 +/- 16.508276 From: -39.272000 To: 44.284000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is -0.6159 % Filled.
Pdbmat> 6449202 non-zero elements.
Pdbmat> 706270 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 90.33 +/- 20.21
Maximum number = 132
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.412540E+07
Pdbmat> Larger element = 544.634
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
2014 non-zero elements, NRBL set to 11
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2502131145134657.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 11
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2502131145134657.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2502131145134657.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 15637 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 11 residue(s) per block.
Blocpdb> 2014 residues.
Blocpdb> 80 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 98 atoms in block 2
Block first atom: 81
Blocpdb> 81 atoms in block 3
Block first atom: 179
Blocpdb> 81 atoms in block 4
Block first atom: 260
Blocpdb> 93 atoms in block 5
Block first atom: 341
Blocpdb> 79 atoms in block 6
Block first atom: 434
Blocpdb> 78 atoms in block 7
Block first atom: 513
Blocpdb> 85 atoms in block 8
Block first atom: 591
Blocpdb> 76 atoms in block 9
Block first atom: 676
Blocpdb> 75 atoms in block 10
Block first atom: 752
Blocpdb> 83 atoms in block 11
Block first atom: 827
Blocpdb> 89 atoms in block 12
Block first atom: 910
Blocpdb> 73 atoms in block 13
Block first atom: 999
Blocpdb> 80 atoms in block 14
Block first atom: 1072
Blocpdb> 75 atoms in block 15
Block first atom: 1152
Blocpdb> 83 atoms in block 16
Block first atom: 1227
Blocpdb> 80 atoms in block 17
Block first atom: 1310
Blocpdb> 95 atoms in block 18
Block first atom: 1390
Blocpdb> 84 atoms in block 19
Block first atom: 1485
Blocpdb> 92 atoms in block 20
Block first atom: 1569
Blocpdb> 87 atoms in block 21
Block first atom: 1661
Blocpdb> 81 atoms in block 22
Block first atom: 1748
Blocpdb> 100 atoms in block 23
Block first atom: 1829
Blocpdb> 74 atoms in block 24
Block first atom: 1929
Blocpdb> 76 atoms in block 25
Block first atom: 2003
Blocpdb> 81 atoms in block 26
Block first atom: 2079
Blocpdb> 82 atoms in block 27
Block first atom: 2160
Blocpdb> 89 atoms in block 28
Block first atom: 2242
Blocpdb> 84 atoms in block 29
Block first atom: 2331
Blocpdb> 68 atoms in block 30
Block first atom: 2415
Blocpdb> 82 atoms in block 31
Block first atom: 2483
Blocpdb> 84 atoms in block 32
Block first atom: 2565
Blocpdb> 102 atoms in block 33
Block first atom: 2649
Blocpdb> 75 atoms in block 34
Block first atom: 2751
Blocpdb> 85 atoms in block 35
Block first atom: 2826
Blocpdb> 84 atoms in block 36
Block first atom: 2911
Blocpdb> 72 atoms in block 37
Block first atom: 2995
Blocpdb> 86 atoms in block 38
Block first atom: 3067
Blocpdb> 81 atoms in block 39
Block first atom: 3153
Blocpdb> 85 atoms in block 40
Block first atom: 3234
Blocpdb> 82 atoms in block 41
Block first atom: 3319
Blocpdb> 82 atoms in block 42
Block first atom: 3401
Blocpdb> 78 atoms in block 43
Block first atom: 3483
Blocpdb> 76 atoms in block 44
Block first atom: 3561
Blocpdb> 71 atoms in block 45
Block first atom: 3637
Blocpdb> 87 atoms in block 46
Block first atom: 3708
Blocpdb> 79 atoms in block 47
Block first atom: 3795
Blocpdb> 84 atoms in block 48
Block first atom: 3874
Blocpdb> 90 atoms in block 49
Block first atom: 3958
Blocpdb> 76 atoms in block 50
Block first atom: 4048
Blocpdb> 73 atoms in block 51
Block first atom: 4124
Blocpdb> 68 atoms in block 52
Block first atom: 4197
Blocpdb> 73 atoms in block 53
Block first atom: 4265
Blocpdb> 79 atoms in block 54
Block first atom: 4338
Blocpdb> 80 atoms in block 55
Block first atom: 4417
Blocpdb> 74 atoms in block 56
Block first atom: 4497
Blocpdb> 82 atoms in block 57
Block first atom: 4571
Blocpdb> 76 atoms in block 58
Block first atom: 4653
Blocpdb> 89 atoms in block 59
Block first atom: 4729
Blocpdb> 97 atoms in block 60
Block first atom: 4818
Blocpdb> 73 atoms in block 61
Block first atom: 4915
Blocpdb> 84 atoms in block 62
Block first atom: 4988
Blocpdb> 81 atoms in block 63
Block first atom: 5072
Blocpdb> 81 atoms in block 64
Block first atom: 5153
Blocpdb> 82 atoms in block 65
Block first atom: 5234
Blocpdb> 83 atoms in block 66
Block first atom: 5316
Blocpdb> 87 atoms in block 67
Block first atom: 5399
Blocpdb> 98 atoms in block 68
Block first atom: 5486
Blocpdb> 95 atoms in block 69
Block first atom: 5584
Blocpdb> 96 atoms in block 70
Block first atom: 5679
Blocpdb> 82 atoms in block 71
Block first atom: 5775
Blocpdb> 94 atoms in block 72
Block first atom: 5857
Blocpdb> 83 atoms in block 73
Block first atom: 5951
Blocpdb> 94 atoms in block 74
Block first atom: 6034
Blocpdb> 79 atoms in block 75
Block first atom: 6128
Blocpdb> 76 atoms in block 76
Block first atom: 6207
Blocpdb> 81 atoms in block 77
Block first atom: 6283
Blocpdb> 99 atoms in block 78
Block first atom: 6364
Blocpdb> 94 atoms in block 79
Block first atom: 6463
Blocpdb> 90 atoms in block 80
Block first atom: 6557
Blocpdb> 79 atoms in block 81
Block first atom: 6647
Blocpdb> 82 atoms in block 82
Block first atom: 6726
Blocpdb> 70 atoms in block 83
Block first atom: 6808
Blocpdb> 91 atoms in block 84
Block first atom: 6878
Blocpdb> 70 atoms in block 85
Block first atom: 6969
Blocpdb> 83 atoms in block 86
Block first atom: 7039
Blocpdb> 80 atoms in block 87
Block first atom: 7122
Blocpdb> 85 atoms in block 88
Block first atom: 7202
Blocpdb> 83 atoms in block 89
Block first atom: 7287
Blocpdb> 84 atoms in block 90
Block first atom: 7370
Blocpdb> 93 atoms in block 91
Block first atom: 7454
Blocpdb> 81 atoms in block 92
Block first atom: 7547
Blocpdb> 91 atoms in block 93
Block first atom: 7628
Blocpdb> 86 atoms in block 94
Block first atom: 7719
Blocpdb> 84 atoms in block 95
Block first atom: 7805
Blocpdb> 92 atoms in block 96
Block first atom: 7889
Blocpdb> 87 atoms in block 97
Block first atom: 7981
Blocpdb> 86 atoms in block 98
Block first atom: 8068
Blocpdb> 93 atoms in block 99
Block first atom: 8154
Blocpdb> 89 atoms in block 100
Block first atom: 8247
Blocpdb> 98 atoms in block 101
Block first atom: 8336
Blocpdb> 76 atoms in block 102
Block first atom: 8434
Blocpdb> 87 atoms in block 103
Block first atom: 8510
Blocpdb> 87 atoms in block 104
Block first atom: 8597
Blocpdb> 84 atoms in block 105
Block first atom: 8684
Blocpdb> 92 atoms in block 106
Block first atom: 8768
Blocpdb> 98 atoms in block 107
Block first atom: 8860
Blocpdb> 90 atoms in block 108
Block first atom: 8958
Blocpdb> 85 atoms in block 109
Block first atom: 9048
Blocpdb> 92 atoms in block 110
Block first atom: 9133
Blocpdb> 106 atoms in block 111
Block first atom: 9225
Blocpdb> 75 atoms in block 112
Block first atom: 9331
Blocpdb> 86 atoms in block 113
Block first atom: 9406
Blocpdb> 81 atoms in block 114
Block first atom: 9492
Blocpdb> 88 atoms in block 115
Block first atom: 9573
Blocpdb> 90 atoms in block 116
Block first atom: 9661
Blocpdb> 84 atoms in block 117
Block first atom: 9751
Blocpdb> 73 atoms in block 118
Block first atom: 9835
Blocpdb> 74 atoms in block 119
Block first atom: 9908
Blocpdb> 74 atoms in block 120
Block first atom: 9982
Blocpdb> 94 atoms in block 121
Block first atom: 10056
Blocpdb> 84 atoms in block 122
Block first atom: 10150
Blocpdb> 85 atoms in block 123
Block first atom: 10234
Blocpdb> 84 atoms in block 124
Block first atom: 10319
Blocpdb> 95 atoms in block 125
Block first atom: 10403
Blocpdb> 87 atoms in block 126
Block first atom: 10498
Blocpdb> 88 atoms in block 127
Block first atom: 10585
Blocpdb> 94 atoms in block 128
Block first atom: 10673
Blocpdb> 87 atoms in block 129
Block first atom: 10767
Blocpdb> 88 atoms in block 130
Block first atom: 10854
Blocpdb> 77 atoms in block 131
Block first atom: 10942
Blocpdb> 87 atoms in block 132
Block first atom: 11019
Blocpdb> 84 atoms in block 133
Block first atom: 11106
Blocpdb> 85 atoms in block 134
Block first atom: 11190
Blocpdb> 95 atoms in block 135
Block first atom: 11275
Blocpdb> 88 atoms in block 136
Block first atom: 11370
Blocpdb> 81 atoms in block 137
Block first atom: 11458
Blocpdb> 95 atoms in block 138
Block first atom: 11539
Blocpdb> 78 atoms in block 139
Block first atom: 11634
Blocpdb> 84 atoms in block 140
Block first atom: 11712
Blocpdb> 91 atoms in block 141
Block first atom: 11796
Blocpdb> 81 atoms in block 142
Block first atom: 11887
Blocpdb> 87 atoms in block 143
Block first atom: 11968
Blocpdb> 96 atoms in block 144
Block first atom: 12055
Blocpdb> 83 atoms in block 145
Block first atom: 12151
Blocpdb> 85 atoms in block 146
Block first atom: 12234
Blocpdb> 86 atoms in block 147
Block first atom: 12319
Blocpdb> 80 atoms in block 148
Block first atom: 12405
Blocpdb> 93 atoms in block 149
Block first atom: 12485
Blocpdb> 90 atoms in block 150
Block first atom: 12578
Blocpdb> 81 atoms in block 151
Block first atom: 12668
Blocpdb> 93 atoms in block 152
Block first atom: 12749
Blocpdb> 92 atoms in block 153
Block first atom: 12842
Blocpdb> 86 atoms in block 154
Block first atom: 12934
Blocpdb> 89 atoms in block 155
Block first atom: 13020
Blocpdb> 87 atoms in block 156
Block first atom: 13109
Blocpdb> 87 atoms in block 157
Block first atom: 13196
Blocpdb> 88 atoms in block 158
Block first atom: 13283
Blocpdb> 89 atoms in block 159
Block first atom: 13371
Blocpdb> 54 atoms in block 160
Block first atom: 13460
Blocpdb> 73 atoms in block 161
Block first atom: 13514
Blocpdb> 90 atoms in block 162
Block first atom: 13587
Blocpdb> 98 atoms in block 163
Block first atom: 13677
Blocpdb> 94 atoms in block 164
Block first atom: 13775
Blocpdb> 80 atoms in block 165
Block first atom: 13869
Blocpdb> 82 atoms in block 166
Block first atom: 13949
Blocpdb> 91 atoms in block 167
Block first atom: 14031
Blocpdb> 86 atoms in block 168
Block first atom: 14122
Blocpdb> 91 atoms in block 169
Block first atom: 14208
Blocpdb> 95 atoms in block 170
Block first atom: 14299
Blocpdb> 84 atoms in block 171
Block first atom: 14394
Blocpdb> 100 atoms in block 172
Block first atom: 14478
Blocpdb> 85 atoms in block 173
Block first atom: 14578
Blocpdb> 77 atoms in block 174
Block first atom: 14663
Blocpdb> 106 atoms in block 175
Block first atom: 14740
Blocpdb> 92 atoms in block 176
Block first atom: 14846
Blocpdb> 80 atoms in block 177
Block first atom: 14938
Blocpdb> 91 atoms in block 178
Block first atom: 15018
Blocpdb> 98 atoms in block 179
Block first atom: 15109
Blocpdb> 93 atoms in block 180
Block first atom: 15207
Blocpdb> 92 atoms in block 181
Block first atom: 15300
Blocpdb> 105 atoms in block 182
Block first atom: 15392
Blocpdb> 84 atoms in block 183
Block first atom: 15497
Blocpdb> 57 atoms in block 184
Block first atom: 15580
Blocpdb> 184 blocks.
Blocpdb> At most, 106 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 54 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 6449386 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 46911
Prepmat> Matrix trace = 14125400.0000
Prepmat> Last element read: 46911 46911 233.5206
Prepmat> 17021 lines saved.
Prepmat> 15425 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 15637
RTB> Total mass = 15637.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 15637
RTB> Number of blocks = 184
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 189901.3834
RTB> 54660 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1104
Diagstd> Nb of non-zero elements: 54660
Diagstd> Projected matrix trace = 189901.3834
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1104 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 189901.3834
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.3860823 1.7287420 2.2147758 3.1323092
3.9637300 4.2928000 4.7400853 5.4341728 5.5556492
6.6503099 7.3945965 8.1175174 8.4131320 9.0435366
9.8376975 10.1507251 10.3793109 11.2848002 11.5839471
11.9137795 12.0743218 12.9898653 13.1193754 13.7196409
13.9020995 14.4941279 14.7217839 15.2923290 15.9493800
16.3767431 17.3815560 17.9899778 18.4838414 18.6876668
18.8892111 19.3533461 19.8380295 20.7613075 21.1788164
21.6472684 21.8667423 22.2922753 22.9992108 23.1071003
23.6729245 23.8457173 24.2030966 25.1953341 25.2205335
25.7951380 26.1473445 26.6528786 27.0330547 27.5342322
27.7859610 28.2047179 28.4393913 28.8187132 28.9331203
29.4395221 29.9975065 30.4299701 30.4912301 30.9962142
31.6902539 31.8239349 32.0384901 32.1247878 32.6234152
33.1939535 33.3246006 33.9324869 34.4571787 34.6688903
34.8973207 35.3279113 35.6162529 35.8139962 36.1127538
36.5856090 36.7302044 37.1809529 37.2300234 37.6490594
38.0135238 38.3045502 38.6685534 38.8831356 39.1651100
39.8205370 40.0285015 40.5178652 40.6109300 41.3639461
41.6399176 41.9649997 42.2342747 42.3864654 43.1744450
43.5154539
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034334 0.0034338 0.0034346 0.0034346
0.0034352 127.8467800 142.7776986 161.6070003 192.1885874
216.1958288 224.9912385 236.4222578 253.1407148 255.9544514
280.0375187 295.2925702 309.3904438 314.9735843 326.5610851
340.5979372 345.9742794 349.8481178 364.7894064 369.5928521
374.8176724 377.3346210 391.3790769 393.3252799 402.2227694
404.8885329 413.4198503 416.6539464 424.6509461 433.6777918
439.4495744 452.7303463 460.5858526 466.8650857 469.4321412
471.9567370 477.7198776 483.6648716 494.7919568 499.7423138
505.2389591 507.7937183 512.7108160 520.7769426 521.9969981
528.3494226 530.2741734 534.2330448 545.0738419 545.3463550
551.5237366 555.2762200 560.6183916 564.6025583 569.8122285
572.4110263 576.7082454 579.1024855 582.9516999 584.1076800
589.1971785 594.7546669 599.0265107 599.6291718 604.5741958
611.3052700 612.5932668 614.6548327 615.4820822 620.2403156
625.6403798 626.8703904 632.5620384 637.4338731 639.3891329
641.4921152 645.4375992 648.0662327 649.8627913 652.5677154
656.8261342 658.1228242 662.1487118 662.5855108 666.3038848
669.5212183 672.0792136 675.2650041 677.1360255 679.5868328
685.2496721 687.0367149 691.2236007 692.0169753 698.4032665
700.7291931 703.4591655 705.7124846 706.9828543 713.5241254
716.3364318
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 15637
Rtb_to_modes> Number of blocs = 184
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9919E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.38
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.72
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.95
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.99
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.89
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.11
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.44
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.67
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.90
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.52
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1104 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 281466 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
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1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99997
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001
0.99998 1.00002 0.99999 0.99999 1.00003
1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000
1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502131145134657.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502131145134657.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2502131145134657.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2502131145134657.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2014
First residue number = 1
Last residue number = 259
Number of atoms found = 15637
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9919E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.386
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.729
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.215
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.132
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.964
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.293
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.740
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.044
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.81
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.52
Bfactors> 106 vectors, 46911 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.386000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.025 for 2014 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.007 +/- 0.01
Bfactors> = 41.945 +/- 20.86
Bfactors> Shiftng-fct= 41.937
Bfactors> Scaling-fct= 3483.612
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502131145134657.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502131145134657.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 216.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 236.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 326.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 466.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 477.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 551.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 648.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 658.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 666.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 677.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 705.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.3
Chkmod> 106 vectors, 46911 coordinates in file.
Chkmod> That is: 15637 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7469
0.0034 0.7882
0.0034 0.7557
0.0034 0.9644
0.0034 0.8139
0.0034 0.8237
127.8375 0.6404
142.7822 0.5261
161.6082 0.5272
192.1709 0.3723
216.1939 0.2497
224.9868 0.3066
236.4100 0.7210
253.1258 0.6970
255.9515 0.6788
280.0190 0.5932
295.2880 0.5493
309.3864 0.3320
314.9576 0.4133
326.5554 0.6279
340.5886 0.5213
345.9471 0.5937
349.8447 0.4562
364.6962 0.5536
369.5140 0.3988
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
getting mode 8
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generate a series of perturbations for mode 8
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MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502131145134657.8.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502131145134657.9.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502131145134657.10.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
21 models are in 2502131145134657.10.pdb, 3 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 17 will be plotted
MODEL 21 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2502131145134657 11 -100 100 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m40.113s
user 1m39.721s
sys 0m0.296s
rm: cannot remove '2502131145134657.sdijf': No such file or directory
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