*** ddd ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2502111056123569753.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2502111056123569753.atom to be opened.
Openam> File opened: 2502111056123569753.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 416
First residue number = 1
Last residue number = 420
Number of atoms found = 3270
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 22.330366 +/- 15.791357 From: -11.513000 To: 67.205000
= 7.818421 +/- 11.088048 From: -15.702000 To: 34.980000
= 50.935534 +/- 18.723196 From: 18.867000 To: 101.424000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.4731 % Filled.
Pdbmat> 1190135 non-zero elements.
Pdbmat> 130075 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.56 +/- 22.53
Maximum number = 128
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 2.601500E+06
Pdbmat> Larger element = 491.550
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
416 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2502111056123569753.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2502111056123569753.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2502111056123569753.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3270 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 416 residues.
Blocpdb> 26 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 25 atoms in block 2
Block first atom: 27
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 52
Blocpdb> 21 atoms in block 4
Block first atom: 76
Blocpdb> 15 atoms in block 5
Block first atom: 97
Blocpdb> 14 atoms in block 6
Block first atom: 112
Blocpdb> 27 atoms in block 7
Block first atom: 126
Blocpdb> 20 atoms in block 8
Block first atom: 153
Blocpdb> 22 atoms in block 9
Block first atom: 173
Blocpdb> 27 atoms in block 10
Block first atom: 195
Blocpdb> 28 atoms in block 11
Block first atom: 222
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 250
Blocpdb> 23 atoms in block 13
Block first atom: 266
Blocpdb> 26 atoms in block 14
Block first atom: 289
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 315
Blocpdb> 22 atoms in block 16
Block first atom: 342
Blocpdb> 15 atoms in block 17
Block first atom: 364
Blocpdb> 17 atoms in block 18
Block first atom: 379
Blocpdb> 16 atoms in block 19
Block first atom: 396
Blocpdb> 25 atoms in block 20
Block first atom: 412
Blocpdb> 23 atoms in block 21
Block first atom: 437
Blocpdb> 23 atoms in block 22
Block first atom: 460
Blocpdb> 21 atoms in block 23
Block first atom: 483
Blocpdb> 22 atoms in block 24
Block first atom: 504
Blocpdb> 24 atoms in block 25
Block first atom: 526
Blocpdb> 23 atoms in block 26
Block first atom: 550
Blocpdb> 24 atoms in block 27
Block first atom: 573
Blocpdb> 24 atoms in block 28
Block first atom: 597
Blocpdb> 26 atoms in block 29
Block first atom: 621
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 647
Blocpdb> 16 atoms in block 31
Block first atom: 669
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 685
Blocpdb> 26 atoms in block 33
Block first atom: 708
Blocpdb> 21 atoms in block 34
Block first atom: 734
Blocpdb> 24 atoms in block 35
Block first atom: 755
Blocpdb> 24 atoms in block 36
Block first atom: 779
Blocpdb> 22 atoms in block 37
Block first atom: 803
Blocpdb> 24 atoms in block 38
Block first atom: 825
Blocpdb> 25 atoms in block 39
Block first atom: 849
Blocpdb> 22 atoms in block 40
Block first atom: 874
Blocpdb> 26 atoms in block 41
Block first atom: 896
Blocpdb> 21 atoms in block 42
Block first atom: 922
Blocpdb> 31 atoms in block 43
Block first atom: 943
Blocpdb> 25 atoms in block 44
Block first atom: 974
Blocpdb> 30 atoms in block 45
Block first atom: 999
Blocpdb> 18 atoms in block 46
Block first atom: 1029
Blocpdb> 20 atoms in block 47
Block first atom: 1047
Blocpdb> 17 atoms in block 48
Block first atom: 1067
Blocpdb> 17 atoms in block 49
Block first atom: 1084
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 1101
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1119
Blocpdb> 26 atoms in block 52
Block first atom: 1144
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1170
Blocpdb> 28 atoms in block 54
Block first atom: 1195
Blocpdb> 28 atoms in block 55
Block first atom: 1223
Blocpdb> 26 atoms in block 56
Block first atom: 1251
Blocpdb> 27 atoms in block 57
Block first atom: 1277
Blocpdb> 25 atoms in block 58
Block first atom: 1304
Blocpdb> 24 atoms in block 59
Block first atom: 1329
Blocpdb> 30 atoms in block 60
Block first atom: 1353
Blocpdb> 21 atoms in block 61
Block first atom: 1383
Blocpdb> 29 atoms in block 62
Block first atom: 1404
Blocpdb> 23 atoms in block 63
Block first atom: 1433
Blocpdb> 27 atoms in block 64
Block first atom: 1456
Blocpdb> 29 atoms in block 65
Block first atom: 1483
Blocpdb> 22 atoms in block 66
Block first atom: 1512
Blocpdb> 21 atoms in block 67
Block first atom: 1534
Blocpdb> 21 atoms in block 68
Block first atom: 1555
Blocpdb> 22 atoms in block 69
Block first atom: 1576
Blocpdb> 20 atoms in block 70
Block first atom: 1598
Blocpdb> 24 atoms in block 71
Block first atom: 1618
Blocpdb> 23 atoms in block 72
Block first atom: 1642
Blocpdb> 22 atoms in block 73
Block first atom: 1665
Blocpdb> 22 atoms in block 74
Block first atom: 1687
Blocpdb> 26 atoms in block 75
Block first atom: 1709
Blocpdb> 19 atoms in block 76
Block first atom: 1735
Blocpdb> 23 atoms in block 77
Block first atom: 1754
Blocpdb> 23 atoms in block 78
Block first atom: 1777
Blocpdb> 30 atoms in block 79
Block first atom: 1800
Blocpdb> 27 atoms in block 80
Block first atom: 1830
Blocpdb> 22 atoms in block 81
Block first atom: 1857
Blocpdb> 22 atoms in block 82
Block first atom: 1879
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 1901
Blocpdb> 20 atoms in block 84
Block first atom: 1927
Blocpdb> 27 atoms in block 85
Block first atom: 1947
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 1974
Blocpdb> 25 atoms in block 87
Block first atom: 1996
Blocpdb> 29 atoms in block 88
Block first atom: 2021
Blocpdb> 31 atoms in block 89
Block first atom: 2050
Blocpdb> 20 atoms in block 90
Block first atom: 2081
Blocpdb> 22 atoms in block 91
Block first atom: 2101
Blocpdb> 28 atoms in block 92
Block first atom: 2123
Blocpdb> 25 atoms in block 93
Block first atom: 2151
Blocpdb> 18 atoms in block 94
Block first atom: 2176
Blocpdb> 29 atoms in block 95
Block first atom: 2194
Blocpdb> 25 atoms in block 96
Block first atom: 2223
Blocpdb> 27 atoms in block 97
Block first atom: 2248
Blocpdb> 17 atoms in block 98
Block first atom: 2275
Blocpdb> 20 atoms in block 99
Block first atom: 2292
Blocpdb> 25 atoms in block 100
Block first atom: 2312
Blocpdb> 23 atoms in block 101
Block first atom: 2337
Blocpdb> 31 atoms in block 102
Block first atom: 2360
Blocpdb> 23 atoms in block 103
Block first atom: 2391
Blocpdb> 27 atoms in block 104
Block first atom: 2414
Blocpdb> 18 atoms in block 105
Block first atom: 2441
Blocpdb> 22 atoms in block 106
Block first atom: 2459
Blocpdb> 28 atoms in block 107
Block first atom: 2481
Blocpdb> 18 atoms in block 108
Block first atom: 2509
Blocpdb> 26 atoms in block 109
Block first atom: 2527
Blocpdb> 23 atoms in block 110
Block first atom: 2553
Blocpdb> 26 atoms in block 111
Block first atom: 2576
Blocpdb> 25 atoms in block 112
Block first atom: 2602
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 2627
Blocpdb> 22 atoms in block 114
Block first atom: 2651
Blocpdb> 30 atoms in block 115
Block first atom: 2673
Blocpdb> 24 atoms in block 116
Block first atom: 2703
Blocpdb> 21 atoms in block 117
Block first atom: 2727
Blocpdb> 16 atoms in block 118
Block first atom: 2748
Blocpdb> 30 atoms in block 119
Block first atom: 2764
Blocpdb> 19 atoms in block 120
Block first atom: 2794
Blocpdb> 19 atoms in block 121
Block first atom: 2813
Blocpdb> 24 atoms in block 122
Block first atom: 2832
Blocpdb> 16 atoms in block 123
Block first atom: 2856
Blocpdb> 20 atoms in block 124
Block first atom: 2872
Blocpdb> 21 atoms in block 125
Block first atom: 2892
Blocpdb> 26 atoms in block 126
Block first atom: 2913
Blocpdb> 28 atoms in block 127
Block first atom: 2939
Blocpdb> 25 atoms in block 128
Block first atom: 2967
Blocpdb> 22 atoms in block 129
Block first atom: 2992
Blocpdb> 20 atoms in block 130
Block first atom: 3014
Blocpdb> 32 atoms in block 131
Block first atom: 3034
Blocpdb> 21 atoms in block 132
Block first atom: 3066
Blocpdb> 22 atoms in block 133
Block first atom: 3087
Blocpdb> 29 atoms in block 134
Block first atom: 3109
Blocpdb> 22 atoms in block 135
Block first atom: 3138
Blocpdb> 27 atoms in block 136
Block first atom: 3160
Blocpdb> 23 atoms in block 137
Block first atom: 3187
Blocpdb> 20 atoms in block 138
Block first atom: 3210
Blocpdb> 29 atoms in block 139
Block first atom: 3230
Blocpdb> 12 atoms in block 140
Block first atom: 3258
Blocpdb> 140 blocks.
Blocpdb> At most, 32 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1190275 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9810
Prepmat> Matrix trace = 2601500.0000
Prepmat> Last element read: 9810 9810 158.1466
Prepmat> 9871 lines saved.
Prepmat> 8557 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3270
RTB> Total mass = 3270.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3270
RTB> Number of blocks = 140
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 173994.0094
RTB> 45168 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 840
Diagstd> Nb of non-zero elements: 45168
Diagstd> Projected matrix trace = 173994.0094
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 840 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 173994.0094
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0525610 0.0888159 0.2723195 0.8441389
1.4367812 1.9227671 2.2474262 3.4370022 4.2261865
4.7566767 5.3536285 7.1904324 7.4613850 8.0731127
8.6671704 8.8325485 10.5779820 10.9988559 12.4001171
13.1965169 13.6956350 14.6605703 14.8169374 15.5514659
16.1214132 17.4768290 18.3104735 18.9143130 19.4889629
19.9958973 21.3340910 21.7619734 22.7002984 23.1202760
23.6668163 24.6535362 25.1917244 26.4695456 26.8219564
27.8369155 28.6042949 29.2090146 30.5684951 30.9825898
31.4019232 32.2638777 32.8911284 34.2767568 34.6777539
35.2892807 36.0343371 36.3413054 36.7637161 37.6556698
38.7842092 39.5000827 39.9683101 40.5699975 41.3389732
41.6474302 42.1219641 42.7768228 43.2215668 43.5834463
44.0939324 44.9621885 45.3221484 45.8607840 46.4792764
47.2272410 47.5950901 48.1928867 49.0940365 50.4201527
50.8908452 51.9586895 52.3874211 52.7664304 53.3175720
53.7136826 53.8817158 54.4757242 55.1970198 55.9745991
56.3845224 56.8533198 57.6456623 58.1222284 59.3851419
59.5428682 59.9673316 60.9173901 61.4157748 61.7605209
62.4069983 62.5880653 63.2471336 63.7487911 64.4603899
65.7030539
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034328 0.0034330 0.0034332 0.0034336 0.0034345
0.0034351 24.8958569 32.3623895 56.6675752 99.7705218
130.1639122 150.5769941 162.7938521 201.3191950 223.2387629
236.8356610 251.2577099 291.1875369 296.6231250 308.5430642
319.6936043 322.7292248 353.1804792 360.1380723 382.3914499
394.4799541 401.8707223 415.7868145 417.9982875 428.2338042
436.0103861 453.9694201 464.6704632 472.2702254 479.3907448
485.5855211 501.5709234 506.5757755 517.3816996 522.1457983
528.2812537 539.1813863 545.0347954 558.6869450 562.3937773
572.9356364 580.7789983 586.8859775 600.3884239 604.4413110
608.5179641 616.8130612 622.7800139 635.7628425 639.4708619
645.0846132 651.8588243 654.6294540 658.4229827 666.3623773
676.2740933 682.4868417 686.5199674 691.6681392 698.1924095
700.7924026 704.7735345 710.2308659 713.9133994 716.8958472
721.0820691 728.1468939 731.0557961 735.3871179 740.3293368
746.2624121 749.1630638 753.8531443 760.8685807 771.0763068
774.6671003 782.7523404 785.9751043 788.8131430 792.9219903
795.8619549 797.1058358 801.4875606 806.7762320 812.4390251
815.4084984 818.7912540 824.4770986 827.8781271 836.8241009
837.9346617 840.9160513 847.5511636 851.0111453 853.3962993
857.8511290 859.0947082 863.6061057 867.0242750 871.8499447
880.2135674
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3270
Rtb_to_modes> Number of blocs = 140
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9935E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9941E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.2561E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.8816E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2723
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8441
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.437
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.923
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.247
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.437
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.226
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.757
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.354
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.190
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.461
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.073
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.667
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.833
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.70
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 840 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
0.99999 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00003 1.00001
1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001
0.99998 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001
1.00003 0.99998 1.00001 1.00003 1.00000
1.00003 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999
1.00002 0.99998 0.99999 1.00001 0.99998
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000
1.00003 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
0.99996 1.00000 1.00004 1.00003 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997
0.99999 1.00002 0.99999 0.99998 1.00001
1.00003 0.99998 0.99995 1.00001 0.99999
1.00004 1.00002 1.00001 0.99999 0.99999
0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999
1.00002 1.00005 1.00002 0.99997 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00003 1.00002
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 58860 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 0.99998 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
0.99999 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00003 1.00001
1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00001
0.99998 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001
1.00003 0.99998 1.00001 1.00003 1.00000
1.00003 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999
1.00002 0.99998 0.99999 1.00001 0.99998
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000
1.00003 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
0.99996 1.00000 1.00004 1.00003 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997
0.99999 1.00002 0.99999 0.99998 1.00001
1.00003 0.99998 0.99995 1.00001 0.99999
1.00004 1.00002 1.00001 0.99999 0.99999
0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999
1.00002 1.00005 1.00002 0.99997 1.00000
1.00000 1.00001 0.99999 1.00003 1.00002
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502111056123569753.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502111056123569753.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2502111056123569753.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2502111056123569753.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 416
First residue number = 1
Last residue number = 420
Number of atoms found = 3270
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9935E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9941E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.2561E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.8816E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2723
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8441
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.437
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.923
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.247
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.437
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.226
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.757
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.354
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.190
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.461
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.073
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.667
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.833
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.70
Bfactors> 106 vectors, 9810 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.052561
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.299 for 416 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.201 +/- 0.44
Bfactors> = 80.975 +/- 16.95
Bfactors> Shiftng-fct= 80.774
Bfactors> Scaling-fct= 38.404
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2502111056123569753.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2502111056123569753.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 32.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 162.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 201.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 236.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 353.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 501.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 658.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 666.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 812.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 827.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 837.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 840.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 851.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 853.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 859.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 863.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 880.2
Chkmod> 106 vectors, 9810 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3270 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 16 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 97 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7278
0.0034 0.7403
0.0034 0.9839
0.0034 0.9338
0.0034 0.5228
0.0034 0.9099
24.8948 0.3458
32.3610 0.2750
56.6631 0.0824
99.7639 0.4190
130.1682 0.3465
150.5796 0.4227
162.7714 0.6227
201.3105 0.1551
223.2243 0.4522
236.8335 0.1157
251.2556 0.5417
291.1663 0.6434
296.6027 0.6665
308.5277 0.2189
319.6767 0.1702
322.7236 0.1775
353.1990 0.6627
360.1413 0.4153
382.3732 0.5656
394.5151 0.1417
401.9175 0.5935
415.7609 0.3474
418.0235 0.2657
428.1952 0.5385
435.9726 0.4384
453.9911 0.4515
464.6445 0.4724
472.1961 0.4432
479.3829 0.1470
485.6145 0.4605
501.5013 0.3446
506.5311 0.5402
517.3561 0.4514
522.1203 0.3389
528.2941 0.2726
539.1196 0.1561
544.9927 0.3167
558.6678 0.3987
562.3491 0.3609
572.9428 0.3829
580.7105 0.4446
586.8707 0.3945
600.3774 0.5802
604.3901 0.4832
608.4732 0.5360
616.7495 0.3953
622.7426 0.4862
635.7656 0.6096
639.4641 0.4451
645.0635 0.5049
651.7916 0.2255
654.5896 0.4180
658.3614 0.3719
666.3721 0.5162
676.2084 0.2629
682.4568 0.4943
686.5050 0.4766
691.6385 0.4693
698.1711 0.3700
700.7839 0.2456
704.7268 0.4686
710.2268 0.5468
713.8698 0.4957
716.8367 0.3282
721.0190 0.4856
728.0979 0.5634
731.0071 0.3176
735.3493 0.3727
740.3033 0.4605
746.2522 0.4072
749.1695 0.5526
753.7982 0.4030
760.8046 0.3771
771.0420 0.3896
774.6274 0.3153
782.7286 0.4021
785.9607 0.3956
788.8060 0.4839
792.9060 0.3611
795.8005 0.3753
797.0589 0.4608
801.4846 0.4048
806.7634 0.3528
812.3708 0.5025
815.3408 0.4015
818.7322 0.4071
824.4727 0.5142
827.8267 0.4339
836.8224 0.3259
837.8785 0.4772
840.8987 0.0665
847.5329 0.4980
851.0039 0.4485
853.3561 0.4429
857.8349 0.4154
859.0711 0.5495
863.5886 0.5278
866.9953 0.3893
871.8099 0.4289
880.1553 0.4870
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2502111056123569753 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
making animated gifs
11 models are in 2502111056123569753.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2502111056123569753 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
making animated gifs
11 models are in 2502111056123569753.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2502111056123569753 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
making animated gifs
11 models are in 2502111056123569753.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2502111056123569753 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
making animated gifs
11 models are in 2502111056123569753.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2502111056123569753 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2502111056123569753.eigenfacs
2502111056123569753.atom
making animated gifs
11 models are in 2502111056123569753.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2502111056123569753.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2502111056123569753.10.pdb
2502111056123569753.11.pdb
2502111056123569753.7.pdb
2502111056123569753.8.pdb
2502111056123569753.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m13.064s
user 0m12.996s
sys 0m0.068s
rm: cannot remove '2502111056123569753.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Last modification: April 8th, 2025.
|
