*** R ***
output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2411211936201925108.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2411211936201925108.atom to be opened.
Openam> File opened: 2411211936201925108.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1085
First residue number = 31
Last residue number = 191
Number of atoms found = 8614
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 121.520307 +/- 15.302776 From: 82.590000 To: 159.704000
= 123.266310 +/- 18.448292 From: 79.864000 To: 163.831000
= 127.135516 +/- 21.619083 From: 71.568000 To: 177.780000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.9844 % Filled.
Pdbmat> 3287210 non-zero elements.
Pdbmat> 359559 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.48 +/- 21.54
Maximum number = 131
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 7.191180E+06
Pdbmat> Larger element = 519.904
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1085 non-zero elements, NRBL set to 6
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2411211936201925108.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 6
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2411211936201925108.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2411211936201925108.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 8614 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 6 residue(s) per block.
Blocpdb> 1085 residues.
Blocpdb> 54 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 52 atoms in block 2
Block first atom: 55
Blocpdb> 45 atoms in block 3
Block first atom: 107
Blocpdb> 17 atoms in block 4
Block first atom: 152
Blocpdb> 41 atoms in block 5
Block first atom: 169
Blocpdb> 53 atoms in block 6
Block first atom: 210
Blocpdb> 51 atoms in block 7
Block first atom: 263
Blocpdb> 47 atoms in block 8
Block first atom: 314
Blocpdb> 39 atoms in block 9
Block first atom: 361
Blocpdb> 18 atoms in block 10
Block first atom: 400
Blocpdb> 48 atoms in block 11
Block first atom: 418
Blocpdb> 54 atoms in block 12
Block first atom: 466
Blocpdb> 48 atoms in block 13
Block first atom: 520
Blocpdb> 53 atoms in block 14
Block first atom: 568
Blocpdb> 42 atoms in block 15
Block first atom: 621
Blocpdb> 49 atoms in block 16
Block first atom: 663
Blocpdb> 47 atoms in block 17
Block first atom: 712
Blocpdb> 56 atoms in block 18
Block first atom: 759
Blocpdb> 62 atoms in block 19
Block first atom: 815
Blocpdb> 47 atoms in block 20
Block first atom: 877
Blocpdb> 51 atoms in block 21
Block first atom: 924
Blocpdb> 50 atoms in block 22
Block first atom: 975
Blocpdb> 46 atoms in block 23
Block first atom: 1025
Blocpdb> 46 atoms in block 24
Block first atom: 1071
Blocpdb> 44 atoms in block 25
Block first atom: 1117
Blocpdb> 41 atoms in block 26
Block first atom: 1161
Blocpdb> 49 atoms in block 27
Block first atom: 1202
Blocpdb> 57 atoms in block 28
Block first atom: 1251
Blocpdb> 47 atoms in block 29
Block first atom: 1308
Blocpdb> 35 atoms in block 30
Block first atom: 1355
Blocpdb> 47 atoms in block 31
Block first atom: 1390
Blocpdb> 49 atoms in block 32
Block first atom: 1437
Blocpdb> 49 atoms in block 33
Block first atom: 1486
Blocpdb> 40 atoms in block 34
Block first atom: 1535
Blocpdb> 48 atoms in block 35
Block first atom: 1575
Blocpdb> 52 atoms in block 36
Block first atom: 1623
Blocpdb> 59 atoms in block 37
Block first atom: 1675
Blocpdb> 55 atoms in block 38
Block first atom: 1734
Blocpdb> 55 atoms in block 39
Block first atom: 1789
Blocpdb> 66 atoms in block 40
Block first atom: 1844
Blocpdb> 53 atoms in block 41
Block first atom: 1910
Blocpdb> 43 atoms in block 42
Block first atom: 1963
Blocpdb> 51 atoms in block 43
Block first atom: 2006
Blocpdb> 45 atoms in block 44
Block first atom: 2057
Blocpdb> 50 atoms in block 45
Block first atom: 2102
Blocpdb> 42 atoms in block 46
Block first atom: 2152
Blocpdb> 50 atoms in block 47
Block first atom: 2194
Blocpdb> 44 atoms in block 48
Block first atom: 2244
Blocpdb> 42 atoms in block 49
Block first atom: 2288
Blocpdb> 61 atoms in block 50
Block first atom: 2330
Blocpdb> 45 atoms in block 51
Block first atom: 2391
Blocpdb> 47 atoms in block 52
Block first atom: 2436
Blocpdb> 45 atoms in block 53
Block first atom: 2483
Blocpdb> 49 atoms in block 54
Block first atom: 2528
Blocpdb> 43 atoms in block 55
Block first atom: 2577
Blocpdb> 36 atoms in block 56
Block first atom: 2620
Blocpdb> 51 atoms in block 57
Block first atom: 2656
Blocpdb> 42 atoms in block 58
Block first atom: 2707
Blocpdb> 43 atoms in block 59
Block first atom: 2749
Blocpdb> 48 atoms in block 60
Block first atom: 2792
Blocpdb> 47 atoms in block 61
Block first atom: 2840
Blocpdb> 55 atoms in block 62
Block first atom: 2887
Blocpdb> 48 atoms in block 63
Block first atom: 2942
Blocpdb> 41 atoms in block 64
Block first atom: 2990
Blocpdb> 58 atoms in block 65
Block first atom: 3031
Blocpdb> 45 atoms in block 66
Block first atom: 3089
Blocpdb> 44 atoms in block 67
Block first atom: 3134
Blocpdb> 63 atoms in block 68
Block first atom: 3178
Blocpdb> 44 atoms in block 69
Block first atom: 3241
Blocpdb> 55 atoms in block 70
Block first atom: 3285
Blocpdb> 45 atoms in block 71
Block first atom: 3340
Blocpdb> 58 atoms in block 72
Block first atom: 3385
Blocpdb> 38 atoms in block 73
Block first atom: 3443
Blocpdb> 44 atoms in block 74
Block first atom: 3481
Blocpdb> 47 atoms in block 75
Block first atom: 3525
Blocpdb> 46 atoms in block 76
Block first atom: 3572
Blocpdb> 52 atoms in block 77
Block first atom: 3618
Blocpdb> 54 atoms in block 78
Block first atom: 3670
Blocpdb> 52 atoms in block 79
Block first atom: 3724
Blocpdb> 48 atoms in block 80
Block first atom: 3776
Blocpdb> 50 atoms in block 81
Block first atom: 3824
Blocpdb> 47 atoms in block 82
Block first atom: 3874
Blocpdb> 48 atoms in block 83
Block first atom: 3921
Blocpdb> 49 atoms in block 84
Block first atom: 3969
Blocpdb> 36 atoms in block 85
Block first atom: 4018
Blocpdb> 42 atoms in block 86
Block first atom: 4054
Blocpdb> 58 atoms in block 87
Block first atom: 4096
Blocpdb> 48 atoms in block 88
Block first atom: 4154
Blocpdb> 37 atoms in block 89
Block first atom: 4202
Blocpdb> 40 atoms in block 90
Block first atom: 4239
Blocpdb> 46 atoms in block 91
Block first atom: 4279
Blocpdb> 57 atoms in block 92
Block first atom: 4325
Blocpdb> 47 atoms in block 93
Block first atom: 4382
Blocpdb> 50 atoms in block 94
Block first atom: 4429
Blocpdb> 54 atoms in block 95
Block first atom: 4479
Blocpdb> 45 atoms in block 96
Block first atom: 4533
Blocpdb> 51 atoms in block 97
Block first atom: 4578
Blocpdb> 39 atoms in block 98
Block first atom: 4629
Blocpdb> 50 atoms in block 99
Block first atom: 4668
Blocpdb> 47 atoms in block 100
Block first atom: 4718
Blocpdb> 55 atoms in block 101
Block first atom: 4765
Blocpdb> 44 atoms in block 102
Block first atom: 4820
Blocpdb> 44 atoms in block 103
Block first atom: 4864
Blocpdb> 41 atoms in block 104
Block first atom: 4908
Blocpdb> 37 atoms in block 105
Block first atom: 4949
Blocpdb> 37 atoms in block 106
Block first atom: 4986
Blocpdb> 43 atoms in block 107
Block first atom: 5023
Blocpdb> 47 atoms in block 108
Block first atom: 5066
Blocpdb> 42 atoms in block 109
Block first atom: 5113
Blocpdb> 42 atoms in block 110
Block first atom: 5155
Blocpdb> 42 atoms in block 111
Block first atom: 5197
Blocpdb> 55 atoms in block 112
Block first atom: 5239
Blocpdb> 59 atoms in block 113
Block first atom: 5294
Blocpdb> 56 atoms in block 114
Block first atom: 5353
Blocpdb> 49 atoms in block 115
Block first atom: 5409
Blocpdb> 52 atoms in block 116
Block first atom: 5458
Blocpdb> 61 atoms in block 117
Block first atom: 5510
Blocpdb> 44 atoms in block 118
Block first atom: 5571
Blocpdb> 41 atoms in block 119
Block first atom: 5615
Blocpdb> 49 atoms in block 120
Block first atom: 5656
Blocpdb> 39 atoms in block 121
Block first atom: 5705
Blocpdb> 51 atoms in block 122
Block first atom: 5744
Blocpdb> 54 atoms in block 123
Block first atom: 5795
Blocpdb> 48 atoms in block 124
Block first atom: 5849
Blocpdb> 50 atoms in block 125
Block first atom: 5897
Blocpdb> 48 atoms in block 126
Block first atom: 5947
Blocpdb> 47 atoms in block 127
Block first atom: 5995
Blocpdb> 48 atoms in block 128
Block first atom: 6042
Blocpdb> 42 atoms in block 129
Block first atom: 6090
Blocpdb> 58 atoms in block 130
Block first atom: 6132
Blocpdb> 47 atoms in block 131
Block first atom: 6190
Blocpdb> 38 atoms in block 132
Block first atom: 6237
Blocpdb> 47 atoms in block 133
Block first atom: 6275
Blocpdb> 42 atoms in block 134
Block first atom: 6322
Blocpdb> 52 atoms in block 135
Block first atom: 6364
Blocpdb> 46 atoms in block 136
Block first atom: 6416
Blocpdb> 48 atoms in block 137
Block first atom: 6462
Blocpdb> 51 atoms in block 138
Block first atom: 6510
Blocpdb> 56 atoms in block 139
Block first atom: 6561
Blocpdb> 57 atoms in block 140
Block first atom: 6617
Blocpdb> 35 atoms in block 141
Block first atom: 6674
Blocpdb> 58 atoms in block 142
Block first atom: 6709
Blocpdb> 57 atoms in block 143
Block first atom: 6767
Blocpdb> 49 atoms in block 144
Block first atom: 6824
Blocpdb> 31 atoms in block 145
Block first atom: 6873
Blocpdb> 47 atoms in block 146
Block first atom: 6904
Blocpdb> 41 atoms in block 147
Block first atom: 6951
Blocpdb> 47 atoms in block 148
Block first atom: 6992
Blocpdb> 47 atoms in block 149
Block first atom: 7039
Blocpdb> 51 atoms in block 150
Block first atom: 7086
Blocpdb> 48 atoms in block 151
Block first atom: 7137
Blocpdb> 46 atoms in block 152
Block first atom: 7185
Blocpdb> 47 atoms in block 153
Block first atom: 7231
Blocpdb> 47 atoms in block 154
Block first atom: 7278
Blocpdb> 43 atoms in block 155
Block first atom: 7325
Blocpdb> 41 atoms in block 156
Block first atom: 7368
Blocpdb> 33 atoms in block 157
Block first atom: 7409
Blocpdb> 42 atoms in block 158
Block first atom: 7442
Blocpdb> 50 atoms in block 159
Block first atom: 7484
Blocpdb> 46 atoms in block 160
Block first atom: 7534
Blocpdb> 45 atoms in block 161
Block first atom: 7580
Blocpdb> 38 atoms in block 162
Block first atom: 7625
Blocpdb> 44 atoms in block 163
Block first atom: 7663
Blocpdb> 23 atoms in block 164
Block first atom: 7707
Blocpdb> 27 atoms in block 165
Block first atom: 7730
Blocpdb> 42 atoms in block 166
Block first atom: 7757
Blocpdb> 42 atoms in block 167
Block first atom: 7799
Blocpdb> 50 atoms in block 168
Block first atom: 7841
Blocpdb> 48 atoms in block 169
Block first atom: 7891
Blocpdb> 45 atoms in block 170
Block first atom: 7939
Blocpdb> 38 atoms in block 171
Block first atom: 7984
Blocpdb> 44 atoms in block 172
Block first atom: 8022
Blocpdb> 42 atoms in block 173
Block first atom: 8066
Blocpdb> 44 atoms in block 174
Block first atom: 8108
Blocpdb> 50 atoms in block 175
Block first atom: 8152
Blocpdb> 50 atoms in block 176
Block first atom: 8202
Blocpdb> 4 atoms in block 177
Block first atom: 8252
Blocpdb> 48 atoms in block 178
Block first atom: 8256
Blocpdb> 53 atoms in block 179
Block first atom: 8304
Blocpdb> 44 atoms in block 180
Block first atom: 8357
Blocpdb> 47 atoms in block 181
Block first atom: 8401
Blocpdb> 45 atoms in block 182
Block first atom: 8448
Blocpdb> 42 atoms in block 183
Block first atom: 8493
Blocpdb> 51 atoms in block 184
Block first atom: 8535
Blocpdb> 29 atoms in block 185
Block first atom: 8585
Blocpdb> 185 blocks.
Blocpdb> At most, 66 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3287395 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 25842
Prepmat> Matrix trace = 7191180.0000
Prepmat> Last element read: 25842 25842 145.9512
Prepmat> 17206 lines saved.
Prepmat> 15615 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8614
RTB> Total mass = 8614.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 8614
RTB> Number of blocks = 185
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 201991.5088
RTB> 54465 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1110
Diagstd> Nb of non-zero elements: 54465
Diagstd> Projected matrix trace = 201991.5088
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1110 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 201991.5088
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3313278 0.7754151 1.2731226 1.5224636
1.9635251 2.3937661 2.4057181 2.9810675 3.1977706
3.8180806 4.1557088 4.9228148 4.9890673 5.2460692
5.3646798 5.7710709 6.9051260 7.3549560 7.5322222
7.8208729 8.5582086 8.7313833 9.1961846 9.9166703
10.2529695 11.0937162 11.5948292 11.8297620 12.3815358
12.9296944 13.3873236 14.0359159 14.2896232 14.8695587
15.4850427 15.9884329 16.0495231 16.5770823 17.1389965
17.4179882 18.2283425 18.6632620 19.2662025 19.5826483
19.8296681 20.2391337 20.9341727 21.2806946 21.5403677
21.9680519 22.3123694 22.4805011 23.1243630 23.4316703
23.6112113 24.6239780 24.8672208 25.2715503 25.8968227
26.0912789 26.4568272 26.6813260 27.0807960 27.7440191
27.8264801 28.3851561 29.1453608 29.2404987 29.4552694
29.6051440 30.0578470 30.4027249 30.8799415 31.2220293
31.5858590 32.0248611 32.5317898 32.9386465 33.2340289
33.4300939 34.2090402 34.8193305 35.4158929 35.5801749
36.0645257 36.3593734 36.9648118 37.3026703 37.7765976
38.0558157 38.8462524 38.9217732 39.2195739 39.6215449
39.6913044 39.9227706 40.3685163 40.5190090 40.7984324
40.8776684
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034325 0.0034330 0.0034331 0.0034336
0.0034351 62.5063654 95.6230079 122.5266022 133.9888733
152.1645596 168.0103894 168.4293013 187.4913284 194.1864548
212.1865385 221.3695257 240.9361843 242.5520573 248.7209036
251.5169076 260.8696085 285.3521065 294.5000149 298.0278450
303.6846869 317.6776879 320.8756841 329.3056039 341.9622913
347.7123482 361.6877559 369.7664109 373.4937027 382.1048402
390.4715631 397.3215863 406.8325178 410.4929186 418.7398756
427.3182918 434.2084091 435.0371510 442.1293308 449.5603232
453.2045662 463.6271608 469.1255171 476.6431335 480.5416020
483.5629331 488.5300021 496.8475835 500.9428469 503.9899041
508.9686746 512.9418409 514.8708139 522.1919462 525.6502852
527.6602929 538.8580652 541.5130225 545.8976471 552.6097230
554.6805833 558.5527069 560.9174941 565.1008922 571.9788461
572.8282358 578.5500348 586.2461424 587.2021913 589.3547391
590.8522169 595.3525454 598.7582840 603.4391941 606.7724359
610.2975499 614.5240835 619.3687070 623.2297189 626.0179371
627.8618254 635.1345307 640.7748952 646.2408068 647.7379158
652.1318221 654.7921667 660.2212983 663.2316469 667.4315012
669.8935528 676.8147958 677.4723718 680.0591928 683.5353552
684.1368225 686.1287491 689.9484992 691.2333572 693.6126715
694.2858890
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8614
Rtb_to_modes> Number of blocs = 185
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.68
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.88
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1110 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00004 1.00001 1.00001 1.00000 1.00004
1.00000 1.00003 1.00001 1.00001 1.00003
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1.00000 1.00001 0.99997 1.00001 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999
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1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999
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1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 155052 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99997 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
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1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00002 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001
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0.99997 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 0.99999
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1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 0.99999
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2411211936201925108.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2411211936201925108.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2411211936201925108.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2411211936201925108.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1085
First residue number = 31
Last residue number = 191
Number of atoms found = 8614
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.731
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.196
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.29
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.88
Bfactors> 106 vectors, 25842 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.331300
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.681 for 1085 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.024 +/- 0.03
Bfactors> = 68.344 +/- 16.24
Bfactors> Shiftng-fct= 68.320
Bfactors> Scaling-fct= 647.551
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2411211936201925108.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2411211936201925108.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 62.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 95.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 212.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 329.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 369.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 373.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 382.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 410.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 434.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 476.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 488.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 496.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 663.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 677.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.3
Chkmod> 106 vectors, 25842 coordinates in file.
Chkmod> That is: 8614 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 62 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7075
0.0034 0.7578
0.0034 0.8447
0.0034 0.9248
0.0034 0.7343
0.0034 0.7854
62.5011 0.4481
95.6180 0.4803
122.5154 0.3924
133.9627 0.5680
152.1764 0.4106
168.0114 0.5462
168.4319 0.3809
187.4812 0.3432
194.1851 0.4135
212.1752 0.4243
221.3678 0.5200
240.9304 0.5933
242.5400 0.5060
248.7086 0.1074
251.5136 0.4332
260.8568 0.3851
285.3373 0.2971
294.4883 0.5325
298.0107 0.5961
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m43.578s
user 0m43.399s
sys 0m0.160s
rm: cannot remove '2411211936201925108.sdijf': No such file or directory
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